[세무조사시 쟁점이 될 수 있는 부가가치세 이슈] 부실 세금계산서 수수 시 부과제척기간 적용 쟁점과 최근 개정사항
BY 택스넷 2025.05.27
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사례
(Case1) 납세자가 재화 또는 용역의 공급 없이 세금계산서만을 발급받아, 매입세액 공제 / 손금 산입(그 대가로 ‘부가가치세+수수료’ 지급하고, 상대방도 매출세액 신고납부) (Case2) 납세자(하수급자)가 원수급자에게 용역을 공급하고 용역대가(100) 중 일용노무비(60) 공제 후 금액(40)을 수취하고 수취금액에 대해서만 세금계산서를 발급, 일용노무비는 원도급자가 일용노무자에게 직접 지급하고 원천징수의무 이행
국세기본법상 부과제척기간 규정
국세기본법 제26조의2 제1항과 제2항에서는 통상적인 부과제척기간을 규정하고 있는데, 무신고의 경우 7년, “대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위”로 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우 10년, 그 외의 경우에는 5년이 적용됩니다. 2012. 2. 2. 대통령령 제23592호로 일부개정시 신설된 국세기본법 시행령 제12조의2 제1항은 위의 “대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위”란 “조세범처벌법 제3조 제6항에 해당하는 행위”를 말한다고 규정하고 있습니다. 조세범처벌법 제3조 제6항은 2010. 1. 1. 법률 제9919호로 전부개정시 신설된 조항으로서, 현행 규정의 내용은 다음과 같습니다. 제3조【조세 포탈 등】 ① 사기나 그 밖의 부정한 행위로써 조세를 포탈하거나 조세의 환급ㆍ공제를 받은 자는 2년 이하의 징역 또는 포탈세액, 환급ㆍ공제받은 세액(이하 "포탈세액 등"이라 한다)의 2배 이하에 상당하는 벌금에 처한다. (중략) ⑥ 제1항에서 "사기나 그 밖의 부정한 행위"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위로서 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위를 말한다. 1. 이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기장 2. 거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취 3. 장부와 기록의 파기 4. 재산의 은닉, 소득ㆍ수익ㆍ행위ㆍ거래의 조작 또는 은폐 5. 고의적으로 장부를 작성하지 아니하거나 비치하지 아니하는 행위 또는 계산서, 세금계산서 또는 계산서합계표, 세금계산서합계표의 조작 6.「조세특례제한법」제5조의2 제1호에 따른 전사적 기업자원 관리설비의 조작 또는 전자세금계산서의 조작 7. 그밖에 위계(僞計)에 의한 행위 또는 부정한 행위 즉, 2012년부터는 조세포탈범 해당 여부와 장기(10년) 부과제척기간 적용대상 해당 여부의 판단 기준이 동일함을 알 수 있습니다(참고로, 국세기본법 제47조의2, 제47조의3에 따른 부당무·과소신고가산세 적용대상 해당 여부의 판단에도 동일한 기준이 적용됩니다). 한편, 조세포탈범, 장기 부과제척기간 및 부당무·과소신고가산세의 판단 기준을 일치시키기 전의 규정을 살펴보면, 1961. 12. 8. 법률 제820호로 일부개정된 조세범처벌법 제9조 제1항이 “사기 기타 부정한 행위로서 조세를 포탈하거나 환부를 받은 자”를 처벌한다고 규정하고 있었고, 1984. 8. 7. 법률 제3746호로 일부개정시 신설된 국세기본법 제26조의2 제1항 제2호가 “사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우”에는 5년의 제척기간을 적용한다고 규정하고 있었을 뿐, “사기 기타 부정한 행위”가 구체적으로 어떠한 것을 말하는지, 양자가 동일한 의미인지 등에 대한 명문의 규정은 두고 있지 않았습니다.적용 요건에 관한 판례의 내용
(1) 조세포탈죄의 성립 요건
“사기 기타 부정한 행위로 조세를 포탈함으로써 성립하는 조세포탈범은 고의범이지 목적범은 아니므로 피고인에게 조세를 회피하거나 포탈할 목적까지 가질 것을 요하는 것이 아니며, 이러한 조세포탈죄에 있어서 범의가 있다고 함은 납세의무를 지는 사람이 자기의 행위가 사기 기타 부정한 행위에 해당하는 것을 인식하고 그 행위로 인하여 조세포탈의 결과가 발생한다는 사실을 인식하면서 부정행위를 감행하거나 하려고 하는 것이다.” [(대법원98도667, 1999.4.9.) 판결 등] “조세범처벌법 제9조 소정의 조세포탈죄의 고의가 있다고 하려면 과다계상된 세금계산서에 의하여 매입세액의 공제를 받는다는 인식 이외에 그 거래상대방이 부가가치세의 과세표준 및 납부세액을 신고함에 있어서 과다계상된 분에 대한 매출세액을 제외하고 신고, 납부하거나 또는 세금계산서의 기재된 매출세액 전부를 신고, 납부한 후 그것이 허위의 세금계산서에 의거한 것이라는 이유로 과다계상된 분에 대한 매출세액을 환급받는 등으로 과다계상된 분에 대한 부가가치세의 납부의무를 면탈함으로써 결과적으로 위 피고인이 과다계상분에 대한 매입세액의 공제를 받는 것이 국가의 조세수입의 감소를 가져오게 될 것이라는 인식이 있어야 할 것이다.” [(대법원90도1955, 1990.10.16.) 판결 등](2) 장기 부과제척기간의 적용 요건
“납세자가 허위의 계약서를 작성한 다음 그에 따라 교부받은 허위의 세금계산서에 의하여 매입세액의 공제 또는 환급을 받은 경우 그러한 행위가 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호가 규정한 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우에 해당하여 10년의 부과제척기간이 적용되기 위하여는, 납세자에게 허위의 세금계산서에 의하여 매입세액의 공제 또는 환급을 받는다는 인식 외에, 허위의 세금계산서를 발급한 자가 그 세금계산서상의 매출세액을 제외하고 부가가치세의 과세표준 및 납부세액을 신고·납부하거나 또는 그 세금계산서상의 매출세액 전부를 신고·납부한 후 경정청구를 하여 이를 환급받는 등의 방법으로 그 세금계산서상의 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 납세자가 그 매입세액의 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있어야 한다.” [(대법원2013두19516, 2014.02.27) 판결 등] 즉, 오래전부터 조세포탈죄는 고의범으로 보아 납세자의 부정행위로 인해 조세포탈의 결과가 발생한 사실 외에도 조세포탈의 결과가 발생한다는 점에 대한 납세자의 인식이 있어야 성립한다고 보았는데,* 장기 부과제척기간의 적용요건을 다룬 사건에서도 조세포탈에 대한 납세자의 인식이 필요하다고 판시함으로써, 양자간에 차이가 없음을 알 수 있습니다.
* [판례평석] <(대법원2013두19516, 2014.2.27.) 판결> 백제흠, 장기부과제척기간의 적용요건으로서의 사기 기타 부정한 행위와 조세포탈 결과의 인식

(Case1)에 대한 부과제척기간 적용
허위 세금계산서를 발급받아 부가가치세를 탈루한 사례에서, 대법원은 납세자가 허위의 세금계산서에 의해 매입세액을 공제(환급) 받았다고 하더라도 거래상대방이 해당 세액을 매출세액으로 신고납부한 경우에는 결과적으로 국가의 조세수입의 감소를 가져오게 될 것이라는 인식까지 있었다고 보기 어려우므로 부가가치세 포탈에 관한 고의가 있다고 볼 수 없다고 판단한 바 있습니다[(대법원90도1955, 1990.10.16.) 판결, (대법원2008도8868, 2010.1.14.) 판결, (대법원2005도5772, 2007.6.1.) 판결, (대법원2011도527, 2011.4.28.) 판결 등]. 한편, 허위 세금계산서를 발급받아 법인세를 탈루한 사례에서, 대법원은 피고인이 자료상으로부터 허위의 세금계산서를 구입한 후 그 세금계산서상의 공급가액에 상당하는 유류를 실제 매입한 것처럼 위장하여 이를 손금에 반영함으로써 법인세 과세표준을 과소신고한 사례에서는, 이는 단순히 세법상의 미신고나 허위신고에 그친 것이 아니라 법인세의 부과징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적 행위를 한 경우에 해당하므로, 법인세 포탈에 관한 고의가 있다고 판단하였습니다[(대법원2011도527, 2011.4.28.) 판결 등]. (Case1)의 부가가치세의 경우에는, 납세자가 부당하게 공제받은 매입세액을 상대방이 매출세액으로 납부함으로써 결과적으로 국가의 조세수입의 감소가 없어 조세포탈의 고의를 인정하기 어려우므로, 5년의 부과제척기간을 적용하는 것이 타당할 것입니다. 그러나, 법인세의 경우에는 충분히 포탈의 고의가 인정되므로, 장기(10년) 부과제척기간이 적용될 것입니다.(Case2)에 대한 부과제척기간 적용
세금계산서를 발급받는 자 입장인 (Case1)과 달리 세금계산서를 발급하는 자 입장인 (Case2)는 유사 사례가 없는 관계로, 기존 판례를 종합적으로 고려하여 판단할 필요가 있겠습니다. 우선, 정상거래와 비교하여 (Case2)에서 세액의 감소가 발생하였는지를 살펴보겠습니다.구분 | 정상거래 | (Case2) | 차이 | ||||
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원수급자 | 하수급자(납세자) | 합계 | 원수급자 | 하수급자(납세자) | 합계 | ||
부가가치세 | 5 [=15-10] | 10 | 15 | 11[=15-4] | 4 | 15 | 0 |
법인세 (세율 10% 가정) | 5 [=(150-100)×10%] | 4 [=(100-60)×10%] | 9 | 5 [=(150-60-40)×10%] | 4 [=40×10%] | 9 | 0 |
원천세 (세율 6% 가정) | 3.6 [=60×6%] | 3.6 | 3.6 [=60×6%] | 3.6 | 0 | ||
합계 | 10 | 17.6 | 27.6 | 19.6 | 8 | 27.6 | 0 |
최근 개정사항에 따른 부과제척기간 특례
국세기본법 제26조의2는 최근에도 여러 차례 개정되어, 일부 사안에 대해서는 종전과 달리 제척기간이 새롭게 발생하거나 연장될 수 있도록 특례를 신설하였습니다. 다음은 실무상 참고가 될 수 있는 주요 개정 사례입니다. ① 이월결손금 공제에 따른 제척기간 특례 (2024.12.31. 신설) 과거 과세기간에 발생한 이월결손금 등을 공제한 경우, 해당 결손금이 발생한 과세기간의 제척기간은 종전의 규정(5년 또는 10년)에 불구하고 공제한 과세기간의 법정신고기한으로부터 1년까지 연장됩니다. 예를 들어, 2016년 귀속 사업연도에 발생한 결손금을 2023년 법인세 신고 시 공제한 경우, 종전에는 2023년 기준으로 2016년의 과세권이 소멸된 것으로 보았으나, 개정 규정에 따라 2024년 3월 31일(신고기한 기준 +1년)까지 과세권이 살아있게 됩니다. ② 명의신탁재산에 대한 증여세 제척기간 특례 (2022.12.31. 신설) 명의신탁이 드러난 경우, 기존에는 최초 귀속시점부터 제척기간이 기산되었으나, 개정 이후에는 해당 사실을 '안 날'부터 1년 이내에 과세할 수 있도록 규정이 바뀌었습니다. 예를 들어, 2010년에 타인 명의로 부동산을 취득한 사실이 2024년에 적발된 경우, 적발된 시점으로부터 1년 이내에는 증여세 부과가 가능합니다. ③ 해외 정보 입수에 따른 과세 가능성 확대 (2023.12.31. 신설) 해외 세무당국으로부터의 정보제공 등을 통해 이전에 확인하지 못했던 사실이 밝혀지는 경우, 해당 정보를 '안 날'부터 1년 이내에 과세가 가능하도록 제척기간의 특례가 신설되었습니다. 예를 들어, 해외 로열티 지급에 대해 상대국의 실효세율이 당초 예상보다 낮았다는 사실이 2025년에 확인되면, 2025년 기준으로 과거 지급분에 대해 과세가 가능해지는 것입니다. 정리 이러한 최근 개정은 기존의 부과제척기간 개념이 단일하게 적용되던 방식에서 벗어나, 신고·공제·정보 입수 등 구체적인 행위 시점을 기준으로 새로운 과세권이 발생할 수 있음을 보여주는 사례입니다. 실무에서는 기존 과세기간이 경과했다고 하여 과세가 불가능하다고 단정짓기보다는, 해당 특례 적용 가능성을 반드시 검토해야 할 것입니다.최신 포스트