법인세 과세소득

법인세는 법인이 얻은 소득에 대하여 그 법인에게 부과되는 조세입니다. 이러한 법인세 과세소득에는 각 사업연도 소득, 토지 등 양도소득, 청산소득이 있으며, 비영리법인의 경우 각 사업연도의 소득과 토지 등 양도소득에 대하여만 법인세를 부과합니다.

1) 각 사업연도의 소득

비영리법인은 법인세법 제4조와 같은 법 시행령 제3조에서 열거한 수익사업에서 발생된 소득에 대하여만 법인세 납세의무를 지는바 당해 소득에 대한 과세표준 및 세액의 산정방법, 신고납부절차는 일반 영리법인과 일반적으로 동일합니다.

2) 토지 등 양도소득

비영리법인이 토지 등을 양도하는 경우 고정자산처분이익에 대해 각사업연도소득에 대한 법인세(처분일 현재 3년 이상 계속하여 당해 고유목적사업에 직접 사용한 경우 제외. 다만, 비영리법인이 수익사업에 속하는 고정자산을 2018년 2월 13일 이후 고유목적사업에 전입한 후 처분하는 경우에는 전입 시 시가로 평가한 가액을 그 고정자산의 취득가액으로 하여 처분으로 인하여 생기는 수입 제외)가 과세되며, 대통령령으로 정하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함) 및 주거용 건축물로서 상시 주거용으로 사용하지 아니하고 휴양·피서·위락 등의 용도로 사용하는 건축물, 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지 등 양도소득에 대한 법인세가 추가 과세됩니다. 다만, 2009년 3월 16일부터 2012년 12월 31일까지 취득한 토지 등을 양도함으로써 발행한 소득에 대해서는 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 과세하지 아니합니다.

토지 등 양도소득의 법인세 계산

토지 등 양도소득에 대한 법인세의 계산구조는 다음과 같습니다.

• 토지 등 양도소득 = 양도가액 - 양도당시의 세법상 장부가액
• 토지 등 양도소득에 대한 법인세 = 토지 등 양도소득 x 세율

세율

토지 등 양도소득에 대한 법인세율은 다음과 같다. 이 경우 하나의 자산이 다음의 규정 중 둘 이상에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용합니다. 미등기 토지 등이라 함은 토지 등을 취득한 법인이 그 취득에 관한 등기를 하지 아니하고 양도하는 토지 등을 말합니다. 다만, 다음의 경우에는 미등기토지 등에서 제외합니다.

• ㉠ 장기할부조건으로 취득한 토지 등으로서 그 계약조건에 의하여 양도당시 그 토지 등의 취득등기가 불가능한 토지 등
• ㉡ 법률의 규정 또는 법원의 결정에 의하여 양도당시 취득에 관한 등기가 불가능한 경우
• ㉢ 법인이 직접 경작하던 농지로서 소득세법 시행령 제153조 제1항의 규정에 해당하는 농지의 교환 또는 분합에 해당하는 경우

양도차익과 양도차손의 통산

법인이 각 사업연도에 토지 등 양도소득에 대한 법인세의 규정을 적용받는 둘 이상의 토지 등을 양도하는 경우에 토지 등 양도소득은 당해 사업연도에 양도한 자산별로 양도소득을 합산한 금액으로 합니다. 이 경우 양도한 자산 중 양도 당시의 장부가액이 양도금액을 초과하는 토지 등이 있는 경우에는 양도차손을 차감하여 토지 등 양도소득을 계산합니다.

법인세 납세의무자

법인세의 납세의무자는 법인이며, 여기에는 국세기본법에 의해 법인으로 보는 단체도 포함됩니다.

1) 내국법인과 외국법인

내국법인이라 함은 국내에 본점이나 주사무소 또는 사업의 실질적 관리장소를 둔 법인을 말하며, 외국법인이라 함은 외국에 본점 또는 주사무소를 둔 법인(국내에 사업의 실질적 관리장소가 소재하지 아니하는 경우에 한한다)을 말합니다.

2) 영리법인과 비영리법인

영리법인은 경제적 이익을 목적으로 설립되고 이윤의 극대화를 위해 노력하며 그 과실을 구성원이나 사원 개개인에게 배분하는 것을 기본원리로 합니다. 비영리법인은 민법 제32조의 규정에 의거 학술, 종교, 자선, 기예, 사교 기타 영리 아닌 사업을 목적으로 설립되는 법인을 말합니다.

사업연도와 납세지

1) 사업연도

사업연도라 함은 법인의 소득을 계산하는 1회계기간을 말합니다. 사업연도는 법령 또는 법인의 정관 등에서 정하는 1회계기간으로 합니다. 다만, 그 기간은 1년을 초과하지 못합니다. 법령 또는 정관 등에 사업연도에 관한 규정이 없는 내국법인은 따로 사업연도를 정하여 법인 설립신고 또는 사업자등록과 함께 납세지관할세무서장에게 이를 신고하여야 합니다. 사업연도를 신고하여야 할 법인이 그 신고를 하지 아니하는 경우에는 매년 1월 1일부터 12월 31일까지를 그 법인의 사업연도로 하며, 법인의 최초 사업연도의 개시일 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정합니다.

사업연도의 개시일

법인의 최초사업연도의 개시일은 다음 각 호의 날로 합니다. ① 내국법인 내국법인의 경우에는 설립등기일이며, 법인으로 보는 단체의 경우에는 다음의 날.

• ㉠ 법령에 의하여 설립된 단체에 있어서 당해 법령에 설립일이 정하여진 경우에는 그 설립일
• ㉡ 설립에 관하여 주무관청의 허가 또는 인가를 요하는 단체와 법령에 의하여 주무관청에 등록한 단체의 경우에는 그 허가일·인가일 또는 등록일
• ㉢ 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 단체는 그 기본재산의 출연을 받은 날
• ㉣ 국세기본법 제13조 제2항의 규정에 의하여 납세지관할세무서장의 승인을 얻은 단체의 경우에는 그 승인일

② 외국법인 외국법인의 경우에는 국내사업장을 가지게 된 날(국내사업장이 없는 경우에는 법 제6조 제4항의 규정에 의한 소득이 최초로 발생한 날). 최초 사업연도의 개시일 전에 생긴 손익을 사실상 그 법인에 귀속시킨 것이 있는 경우 조세포탈의 우려가 없을 때에는 최초사업연도의 기간이 1년을 초과하지 아니하는 범위 내에서 이를 당해 법인의 최초사업연도의 손익에 산입할 수 있습니다. 이 경우 최초사업연도의 개시일은 당해 법인에 귀속시킨 손익이 최초로 발생한 날로 합니다.

2) 납세지

납세지란 납세의무자가 납세의무를 이행하고 과세권자가 부과징수를 행하는 기준이 되는 장소로 법인세는 납세지를 관할하는 세무서장 또는 지방국세청장이 과세합니다. ① 내국법인 내국법인의 법인세 납세지는 당해 법인의 등기부에 따른 본점이나 주사무소의 소재지(국내에 본점 또는 주사무소가 있지 아니하는 경우에는 사업을 실질적으로 관리하는 장소의 소재지)로 합니다. 다만, 법인으로 보는 단체의 경우에는 당해 단체의 사업장소재지를 말하되, 주된 소득이 부동산임대소득인 단체의 경우에는 그 부동산의 소재지를 말합니다. 이 경우 둘 이상의 사업장 또는 부동산을 가지고 있는 단체의 경우에는 주된 사업장 또는 주된 부동산의 소재지(직전사업연도의 사업수입금액이 가장 많은 사업장 또는 부동산의 소재지)를 말하며, 사업장이 없는 단체의 경우에는 당해 단체의 정관 등에 기재된 주사무소의 소재지를 말합니다. ② 외국법인 외국법인의 법인세 납세지는 국내사업장의 소재지로 합니다. 다만, 국내사업장이 없는 외국법인으로서 부동산 또는 부동산상의 권리 및 내국법인의 주식 또는 출자지분의 양도소득 등의 소득이 있는 외국법인의 경우에는 각각 그 자산의 소재지로 합니다. 둘 이상의 국내사업장이 있는 외국법인에 대하여는 주된 사업장의 소재지를 납세지로 하고, 둘 이상의 자산이 있는 법인에 대하여는 국내원천소득이 발생하는 장소 중 당해 외국법인이 납세지로 신고하는 장소를 말합니다. 이 경우 그 신고는 둘 이상의 국내원천소득이 발생하게 된 날부터 1월 이내에 기획재정부령이 정하는 납세지신고서에 의하여 납세지관할세무서장에게 하여야 합니다.

법인세 신고 및 납부

1) 법인세 신고기한¹⁾

1) 사업연도가 1.1. ~ 12.31.인 법인을 가정함

2) 비영리법인의 과세특례

영리법인과의 차이점은 청산소득에 대한 법인세 납세의무가 없으며 그 외 다음과 같은 과세특례가 적용된다는 것입니다.

고유목적사업준비금의 손금산입

비영리내국법인은 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음에 해당하는 금액의 합계액 범위 안에서 각 사업연도 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입할 수 있습니다.

이자소득에 대한 선택적 분리과세

비영리법인의 이자소득에 대하여는 다른 소득과 달리 과세표준 신고를 하지 아니할 수 있습니다. 이 경우 과세표준에 포함하지 아니한 이자소득(이자소득 중 일부도 가능함)은 이자소득 수령 시 원천징수납부 한 것으로 신고의무가 종결됩니다. 즉, 종합과세인 신고납부방법과 분리과세인 원천징수방법 중 하나를 택할 수 있습니다. 법인세법에서는 이자소득에 대해 고유목적사업준비금 전액을 손금에 산입할 수 있도록 규정하고 있지만 원천징수방법을 선택할 경우 고유목적사업준비금의 설정대상에서 제외되어 이자소득을 지급받을 때 원천징수된 법인세를 공제받을 수 없습니다. 또한 과세표준신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 수정신고, 기한 후 신고 또는 경정 등에 의하여 이를 과세표준에 포함 시킬 수 없으므로 이자소득에 대해 원천징수된 법인세가 있는 경우에는 고유목적사업준비금을 설정할 수 있는 비영리법인의 경우 고유목적사업준비금을 적립하는 법인세 신고·납부 방법을 선택해야 원천징수된 법인세를 공제받을 수 있습니다.

자산양도소득에 대한 과세특례

① 개요 법인세법 제4조 제3항 제1호에 규정하는 수익사업을 영위하지 아니하는 비영리내국법인이 다음 중 어느 하나에 해당하는 양도소득에 한하여 선택에 따라 각 사업연도 소득에 포함하여 법인세를 신고·납부하는 대신 소득세법의 규정을 준용하여 계산한 세액을 법인세로 신고·납부할 수 있습니다.

• ㉠ 소득세법 제94조 제1항 제3호에 해당하는 주식 등과 대통령령으로 정하는 주식 등 : 대주주의 상장주식과 장외거래 상장주식, 비상장주식 등(2024년 12월 31일까지 양도분에 한함)
• ㉡ 토지 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)
• ㉢ 소득세법 제94조 제1항 제2호 및 제4호의 자산 : 부동산을 취득할 수 있는 권리, 지상권, 전세권, 등기된 부동산임차권, 영업권, 이용권, 회원권 등

이처럼 법인세의 과세표준 신고를 하지 않은 소득은 이를 각 사업연도의 소득에 포함하지 않으며, 소득세법에 따라 가중된 세율을 적용하는 때에는 토지 등 양도소득에 대한 법인세 과세특례의 규정을 적용하지 않습니다. ② 과세표준과 세액계산

• 과세표준 = 양도가액 - 취득가액 - 자본적지출액 - 양도비 - 장기보유특별공제 - 양도소득기본공제
• 산출세액 = 과세표준 x 양도소득세의 세율

③ 제도의 취지 사업소득이 없는 비영리법인은 부동산 등 양도소득에 대하여 일반법인세를 납부하는 방법과 일반법인세 대신 양도소득세와 사실상 동일한 특례법인세를 납부하는 방법 중 한 가지를 자유롭게 선택할 수 있도록 한 것입니다. ④ 납세절차 특례법인세의 신고·납부·결정·경정 및 징수에 관하여는 일반법인세 과세표준의 신고·납부·결정·경정 및 징수에 관한 규정을 준용하되, 일반법인세액에 합산하여 신고·납부·결정·경정 및 징수합니다. 이 경우 일반법인세에 관한 무기장가산세의 규정도 준용합니다. 이렇게 계산한 세금에 대하여는 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부도 하여야 하며, 예정신고를 한 경우에는 특례법인세의 과세표준 신고를 한 것으로 봅니다. 다만, 해당 사업연도에 누진세율의 적용대상 자산에 대한 예정신고를 2회 이상 하는 경우로서 소득세법 제110조 제4항 단서에 해당하는 경우에는 소득세법상 예정신고를 하였더라도 특례법인세의 과세표준 신고를 하여야 합니다.

당기순이익 과세특례

① 개요 다음 어느 하나에 해당하는 법인의 각 사업연도소득에 대한 법인세는 2025년 12월 31일 이전에 끝나는 사업연도까지 법인세법 제13조 및 같은 법 제55조의 규정에 불구하고 해당 법인의 결산재무제표상 당기순이익(법인세 등을 공제하지 아니한 당기순이익을 말한다)에 법인세법 제24조의 규정에 의한 기부금(당해 법인의 수익사업과 관련된 것만 해당한다)의 손금불산입액과 같은 법 제25조에 따른 기업업무추진비(해당 법인의 수익사업과 관련된 것만 해당한다)의 손금불산입액을 합한 금액에 9%(해당금액이 20억원을 초과하는 경우 그 초과분에 대해서는 12%)의 세율을 적용하여 과세합니다. 다만, 해당 법인이 대통령령으로 정하는 바에 따라 당기순이익과세를 포기한 경우에는 그 이후의 사업연도에 대하여 당기순이익과세를 하지 아니합니다.

• ㉠ 신용협동조합법에 따라 설립된 신용협동조합 및 새마을금고법에 따라 설립된 새마을금고
• ㉡ 농업협동조합법에 따라 설립된 조합 및 조합공동사업법인
• ㉢ 수산업협동조합법에 따라 설립된 조합(어촌계를 포함한다) 및 조합공동사업법인
• ㉣ 중소기업협동조합법에 따라 설립된 협동조합·사업협동조합 및 협동조합연합회
• ㉤ 산림조합법에 따라 설립된 산림조합(산림계를 포함한다) 및 조합공동사업법인
• ㉥ 엽연초생산협동조합법에 따라 설립된 엽연초생산협동조합
• ㉦ 소비자생활협동조합법에 따라 설립된 소비자생활협동조합

조합법인 등이 수익사업부문의 소득에 대하여 당기순이익과세방법을 선택한 경우에는 고유목적사업준비금을 설정할 수 없으며, 이처럼 낮은 세율을 적용하는 대신에 조세특례제한법상의 대부분의 조세혜택을 적용하지 않습니다. ② 과세표준과 세액계산

• 과세표준 = 법인세차감전순이익 + 기부금의 손금불산입액 + 기업업무추진비의 손금불산입액 + 대통령령이 정하는 손금불산입액
• 산출세액 = 과세표준 = 9%(20억 초과분은 12%)

기부금손금불산입액을 계산함에 있어 법인세법상 전기 기부금한도초과액의 이월공제 규정은 적용되지 않습니다. ③ 결산재무제표상 당기순이익의 범위(조특법 기본통칙 72-0…1)

• ㉠ 조세특례제한법 제72조 제1항에서 결산재무제표상 당기순이익이라 함은 법인세법 시행령 제79조의 규정에 의한 기업회계기준 또는 관행에 의하여 작성한 결산재무제표상 법인세비용차감전순이익을 말합니다. 이 경우 당해 법인이 수익사업과 비수익사업을 구분경리한 경우에는 각 사업의 당기순손익을 합산한 금액을 과세표준으로 합니다.
• ㉡ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 조합법인 등이 법인세추가납부세액을 영업외비용으로 계상한 경우 이를 결산재무제표상 법인세비용차감전순이익에 가산합니다.
• ㉢ 제1항의 규정에 의한 과세표준에는 법인세법 제3조 제2항 제5호 및 같은 법 시행령 제2조 제2항의 규정에 의한 3년 이상 고유목적사업에 직접 사용하던 고정자산의 처분익을 포함합니다.
• ㉣ 기업회계기준상 당기순손익을 과소계상한 조합법인이 그 다음사업연도 결산시 당해 과소계상상당액을 전기오류수정손익으로 이익잉여금처분계산서에 계상한 경우 법인세 과세표준계산은 국세기본법상 수정신고 또는 경정청구를 통해 과소계상한 사업연도의 과세표준을 조정하여야 합니다.

법인세 신고시 필요서류

법인세 과세표준과 세액의 신고의무는 각 사업연도의 소득금액이 없거나 결손금이 있는 법인의 경우에도 이를 적용해야 하며, 다음의 서류를 첨부하여야 합니다.

1) 사업소득이 있는 비영리법인

• ① 법인세과세표준 및 세액신고서
• ② 법인세과세표준 및 세액조정계산서
• ③ 원천납부세액명세서(갑),(을)
• ④ 소득금액조정합계표
• ⑤ 과목별 소득금액조정명세서
• ⑥ 소득구분계산서

• ⑦ 자본금과 적립금조정명세서(갑),(을)
• ⑧ 중소기업기준검토표
• ⑨ 비영리법인의 수익사업수입명세서
• ⑩ 고유목적사업준비금조정명세서
• ⑪ 기타 세무조정부속서류

2) 이자소득만 있는 비영리법인

• ① 이자소득만 있는 비영리법인의 법인세·농어촌특별세 과세표준 및 세액신고서(법인칙 별지 56호 서식)
• ② 고유목적사업준비금 조정명세서[법인칙 별지 27호 서식(갑)(을)]
• ③ 원천납부세액명세서[법인칙 별지 제10호 서식(갑)(을)] 내지 농어촌특별세과세대상감면세액합계표(법인칙 별지 제13호 서식)