기업부설연구소와 관련 세제혜택 - 지방세를 중심으로 -
BY 송영관 2024.01.15
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기업부설연구소 관련법령
국가는 정책적으로 연구개발 행위를 중요하게 생각하므로 다양한 세목에서 전방위적으로 혜택을 부여하는데 이하에서 먼저 관련 법령을 확인해 보도록 하겠습니다.(법령 요약 or 링크) ■ 조세특례제한법 제10조 (연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제) ① 내국인의 연구개발 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 “연구ㆍ인력개발비”라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2024년 12월 31일까지 발생한 해당 연구ㆍ인력개발비에 대해서만 적용하며, 제1호 및 제2호를 동시에 적용받을 수 있는 경우에는 납세의무자의 선택에 따라 그 중 하나만을 적용한다. ■ 조세특례제한법 제12조 (기술이전 및 기술취득 등에 대한 과세특례) ① 중소기업 및 중견기업이 대통령령으로 정하는 자체 연구ㆍ개발한 특허권, 실용신안권, 기술비법 또는 기술(이하 이 조에서 "특허권등"이라 한다)을 2026년 12월 31일까지 내국인에게 이전(대통령령으로 정하는 특수관계인에게 이전한 경우는 제외한다)함으로써 발생하는 소득에 대해서는 해당 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. ■ 조세특례제한법 제24조 (통합투자세액공제) ① 대통령령으로 정하는 내국인이 제1호가목 또는 나목에 해당하는 자산에 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다. 이하 이 조에서 같다)하는 경우에는 제2호 각 목에 따른 기본공제 금액과 추가공제 금액을 합한 금액을 해당 투자가 이루어지는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 다만, 2023년 12월 31일이 속하는 과세연도에 투자하는 경우에는 제3호 각 목에 따른 기본공제 금액과 추가공제 금액을 합한 금액을 공제한다. ■ 지방세특례제한법 제46조 (연구개발 지원을 위한 감면) ① 기업이 대통령령으로 정하는 기업부설연구소(이하 이 조에서 “기업부설연구소”라 한다)에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내인 것으로 한정한다. 이하 이 조에서 같다)에 대해서는 취득세의 100분의 35[대통령령으로 정하는 신성장동력 또는 원천기술 분야를 연구하기 위한 기업부설연구소(이하 이 조에서 “신성장동력ㆍ원천기술 관련 기업부설연구소”라 한다)의 경우에는 100분의 50]를, 과세기준일 현재 기업부설연구소에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 35(신성장동력ㆍ원천기술 관련 기업부설연구소의 경우에는 100분의 50)를 각각 2025년 12월 31일까지 경감한다. ■ 지방세특례제한법시행령 제23조 (기업부설연구소) ① 법 제46조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 기업부설연구소”란 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조의 2 제1항에 따라 인정받은 기업부설연구소를 말한다. 다만, 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제14조 제1항에 따른 상호출자제한기업집단등이 「수도권정비계획법」 제6조 제1항 제1호에 따른 과밀억제권역 내에 설치하는 기업부설연구소는 제외한다. ② 법 제46조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 신성장동력 또는 원천기술 분야를 연구하기 위한 기업부설연구소”란 제1항에 따른 기업부설연구소로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업의 부설 연구소를 말한다. 1. 「연구산업진흥법」 제2조 제1호 가목 또는 나목의 산업을 영위하는 국내 소재 기업으로서 「조세특례제한법 시행령」 제9조 제2항 제1호 가목에 따른 신성장ㆍ원천기술연구개발업무(이하 이 조에서 “신성장ㆍ원천기술연구개발업무”라 한다)를 수행(신성장ㆍ원천기술연구개발업무와 그 밖의 연구개발을 모두 수행하는 경우를 포함한다)하는 기업일 것 2. 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조의 2 제1항에 따라 기업부설연구소로 인정받은 날부터 3년 이내에 「조세특례제한법 시행령」 제9조 제12항에 따른 신성장ㆍ원천기술심의위원회로부터 해당 기업이 지출한 신성장ㆍ원천기술연구개발비의 연구개발 대상 기술이 같은 영 별표 7에 해당된다는 심의 결과를 통지받은 기업일 것 ■ 관세법 제90조(학술연구용품의 감면) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 물품이 수입될 때에는 그 관세를 감면할 수 있다. 1. 국가기관, 지방자치단체 및 기획재정부령으로 정하는 기관에서 사용할 학술연구용품ㆍ교육용품 및 실험실습용품으로서 기획재정부령으로 정하는 물품 2. 학교, 공공의료기관, 공공직업훈련원, 박물관, 그 밖에 이에 준하는 기획재정부령으로 정하는 기관에서 학술연구용ㆍ교육용ㆍ훈련용ㆍ실험실습용 및 과학기술연구용으로 사용할 물품 중 기획재정부령으로 정하는 물품 3. 제2호의 기관에서 사용할 학술연구용품ㆍ교육용품ㆍ훈련용품ㆍ실험실습용품 및 과학기술연구용품으로서 외국으로부터 기증되는 물품. 다만, 기획재정부령으로 정하는 물품은 제외한다. 4. 기획재정부령으로 정하는 자가 산업기술의 연구개발에 사용하기 위하여 수입하는 물품으로서 기획재정부령으로 정하는 물품기업부설연구소 및 전담부서 세제혜택 요약
세법에서는 기업부설연구소와 기업전담부서를 다르게 취급하고 있어, 전담부서만 설치하였다고 모든 혜택을 받을 수 있는 것이 아니므로 주의해야 합니다. 연구소와 전담부서에 따른 세제혜택의 차이에 대해 아래 표로 정리해 보겠습니다.구분 | 혜택 | 연구소 | 전담부서 |
---|---|---|---|
국세 | 연구인력개발비 세액공제 | O | O |
연구설비투자 세액공제 | O | O | |
연구활동비 비과세 | O | X | |
기술이전 과세특례 | O | O | |
지방세 | 취득세 및 재산세 감면 | O | X |
관세 | 학술연구용품의 감면 | O | O |
기업부설연구소 주요 QnA
이번에는 기업부설연구소와 관련하여 자주 나오는 QnA를 살펴보고 넘어가겠습니다. 세제혜택의 핵심은 해당 비용 등이 실제 연구개발에 쓰였는지, 연구개발에 직접 사용되었는지와 연구용역의 전업 여부 등이 관건이라 할 것입니다. 실험용 연구기기의 설치·운용에 필수적으로 필요한 테이블, PC 등 ‘사무기기’도 통합투자세액공제 해당여부 적용되나요? 조세특례제한법 제24조 및 동법 시행령 제21조 제3항, 동법 시행규칙 제12조 제2항에 따라 설비 등이 세액공제대상에 해당하기 위해서는 전담부서 및 연구소에서 연구시험용 시설로서 직접 사용되는 것에 한하는 것으로, 시험연구소에서 사용하는 설비라고 하더라도 연구시험용에 직접 사용하지 않는 일반 사무용 집기. 비품 등은 세액공제대상에 해당하지 않습니다. 연구인력개발비 세액공제를 받기위해 내부적으로 갖춰야할 적격 증빙과 관련된 문서는 무엇이 있을까요? 기업부설연구소의 연구직원의 인건비 등은 연구및인력개발비 세액공제 대상이나, 이 직원이 연구에만 전업 종사했는지 사실관계 판단을 위해 연구과제총괄표와 연구과제별로 연구개발계획서, 연구개발보고서, 연구노트 등을 작성하고 보관해야 합니다. 연구 및 인력개발비 세액공제 대상 인건비는 어떻게 보아야 할까요? 연구요원은 ‘과학기술분야의 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자’(주주인 임원으로서 시행령에 해당하는 자를 제외)를 대상으로 보아야 합니다.(법인, 서면2팀-2279, 2006.11.09.) 기업부설연구소 취득 후 제출해야 할 서류는 무엇이 있을까요? 신고서 및 지방세 감면신청서를 필수서류로 하여 매매(분양)계약서, 부동산거래확인신고필증, 인가증, 기업부설연구소 인증당시 사업계획서 등입니다.미리 관할 과세청에 안내를 구하는 것도 방법입니다.
사례로 구성된 지방세법상 기업부설연구소 쟁점해설
그럼 이제 자주 나오는 QnA도 살펴보았고 사례를 각색하여 보다 구체적인 사안을 들여다 보겠습니다. [사례] - 사례의 법인은 중소기업 인증서, 기업부설 연구소 인정서로 지특법 제46조제4항에 따른 중소기업 기업부설연구소 직접사용 감면 대상인 것으로 확인 - 기업부설연구소를 짓기 위해 2023년 5월부터 토지를 여러차례 취득 - 연구소를 짓기 위해 취득한 토지도 감면 대상으로 보아, 경정청구를 진행중 - 취득 토지를 일부 분할, 합병을 계속 하면서, 일부는 도로로, 일부는 연구소 부속토지로 합병함(한 필지로 만들어 건축물 대장 상 대지 지번이 됨) - 취득한 토지 중 일부는 연구소 옆 도로로 최종 변경이 되었고, 일부는 연구소 부지로 사용되었음. - 연구소 건축물 면적 1,200㎡(연구소 인정 면적 1,198.8㎡), 연구소 건축물 대장상 부속토지 면적 2,000㎡(주차장 100㎡ 포함) [질의] 지특법 제46조제1항 기업이 대통령령으로 정하는 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내인 것으로 한정한다)에 대해서는 취득세의 100분의 35를 감면으로 명시 지특법 제46조4항제1항에도 불구하고 중소기업기본법에 따른 중소기업이 기업부설연구소에 직접 사용하기 위해 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 60을 감면 질의 1 제46조제1항에는 부속토지의 경우 건축물 바닥면적의 7배 이내이면 감면대상이라고 하였는데, 제46조제4항을 적용할 때도 부속토지 배수 감면기준은 같은지? 질의 2 연구소 건축면적은 1,200㎡, 건축물 대장상 부속토지 면적은 2,000㎡(주차장 100㎡ 포함)인데 토지 감면대상에서 주차장도 감면대상으로 봐야하는지? 질의 3 연구소 건축면적은 1,200㎡인데 연구소 인정 면적은 1,198.8㎡이므로, 감면시에는 면적차이가 적으나 감면은 인정 면적인 1,198.8㎡만 해야 하는지? [해설] 지방세특례제한법 제46조 제1항에서 기업이 대통령령으로 정하는 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내인 것으로 한정한다. 이하 이 조에서 같다)에 대해서는 취득세의 100분의 35[대통령령으로 정하는 신성장동력 또는 원천기술 분야를 연구하기 위한 기업부설연구소의 경우에는 100분의 50]를, 과세기준일 현재 기업부설연구소에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 35를 각각 2025년 12월 31일까지 경감한다고 규정하고 동조 제4항에서 제1항에도 불구하고「중소기업기본법」 제2조 제1항에 따른 중소기업이 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 60)을, 과세기준일 현재 기업부설연구소에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 50을 각각 2025년 12월 31일까지 경감한다고 규정하고 있습니다. 질의 1에 대하여 - 지방세특례제한법 제46조 제1항에서 부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내인 것으로 한정한다. 이하 이 조에서 같다라고 규정하고 있으므로 제46조에서 기업부설연구소의 부속토지에 대해서는 동일하게 적용해야 한다고 판단됩니다. 질의 2에 대하여 - 부속토지는 기업부설연구소의 건축물의 부속토지로서 주차장이 건축물로 떨어진 구외에 있지 아니한 이상 주차장도 부속토지로 보아 감면대상에 해당되는 것이고, - 감면 대상으로서 주차장의 경우 기업부설연구소로 인정받은 전용부분의 정상적인 이용에 필요한 공용부분 역시 기업부설연구소용에 직접 사용되고 있다고 보아야 할 것[(대법원2015두39477, 2015.6.23.); (서울고법2014누50189, 2015.1.29.) 판결 참조]으로 주차장이 연구원들을 위한 주차장으로 쓰이는 것이 확인되고, - 여타 다른 목적(임대와 같은 수익목적 등)으로 사용되는 것이 아니라면 감면을 배제(조심2015지1852, 2016.3.7.)할 사유가 없다고 보입니다. - 다만, 기업부설연구소로서 인정받은 면적이 당해 건물의 전용면적만 인정받은 경우라면 주차장의 면적을 전용면적을 기준으로 기업부설연구소가 직접사용하는 부분을 한정하여 공용면적 비율을 산정하여 감면함이 타당(지방세특례제도과-4001, 2016.12.29)할 것으로 사료됩니다. 질의 3에 대하여 - 지방세특례제한법상 기업부설연구소로 인정받은 면적(1,198.8㎡)만을 의미하는 것이라고 보아야 할 것입니다. [사례] - 2020.10. A법인 토지,건물 취득 - 기업부설연구소용 부동산 감면 받음 (지특법 제46조제3항) - A법인은 타 지역에 기업부설연구소를 운영 중으로 해당 부동산은 연구소 확장을 위하여 취득1. 취득 당일 매도인(B)과 임대차 계약 체결 (계약기간:2020.10.~ 2021.7. 9개월간)2. 2021.5. 임차인(B) 퇴거 3. 2021.5.~2021.6. 기업부설연구소 내부 공사4. 2022.9. A법인 기업부설연구소 인정 받은 후 연구소로 직접 사용 [질의] 기업부설연구소로 인정받기 전 일시적으로 임대를 했을 때에도 직접 사용하기 위한 부동산으로 볼 수 있는지 여부? (갑설) 취득세 등 감면대상 기업부설연구소에 직접 사용하는 부동산이란 부동산을 취득하여 기업부설연구소를 설치하기 위한 일련의 절차를 거쳐 취득일로부터 1년 이내에 기업부설연구소로 인정받고 당해 용도에 직접 사용하는 부동산을 의미한다고 볼 때, 인정받기 전 기간은 설치에 필요한 준비기간인 것으로써, 일시적이라 하더라도 해당 기업 본연의 업무가 아닌 당초부터 제3자에게 임대 후 기업부설연구소로 사용하는 것까지 ‘직접 사용’에 포함하는 것은 아니다. (을설) 조세법률주의의 원칙상 합리적 이유없이 확장·유추해석은 허용되지 않으므로, 법문대로 보았을 때 기업부설연구소 설치 후 4년 이내에 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용시 추징한다 규정하고, ‘설치’란 ‘인정받은 날’을 의미하므로 설치 이전에 다른 용도(임대)로 일시적 사용했다 하더라도 추징대상은 아니다. [해설] 지방세특례제한법 제46조 제1항에 따라 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여 취득세를 경감한다고 규정되어 있습니다. 또한 직접사용은 지방세특례제한법 제2조 제1항 제8호에 규정에 따라 부동산 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것으로 규정하고 있어, 기업부설 연구소 취득 후 연구소 승인 유예기간에 타인에게 임대한 것은 기간 사용기간에 불구하고 직접사용에 해당되지 않는다고 판단됩니다. 일시적이라도 직접사용 기간이 절연되어 있다면 감면 혜택에 배제될 수 있음을 명심해야 할 것입니다.최근 유권해석과 판례 견해
최근 예규나 심판례 등을 확인하여 실제 판례에서는 어떻게 판단하고 있는지 체크해 보겠습니다. (지방세특례제도과-4001, 2016.12.29) 【질의내용】 기업부설연구소로 인정받은 전용면적 외에 그에 따른 공용면적(기계실, 주차장, 복도, 계단 등)도 감면대상으로 볼 수 있는지 여부 【회신내용】 가. 「지방세특례제한법」제46조 및 같은법 시행령 제23조에서는「기술연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」제14에서 규정한 기준을 갖춘 연구소로서 미래창조과학부장관에게 신고하여 인정받은 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세 및 재산세의 50%를 2016년 12월 31일까지 경감한다고 하면서 그 단서에서 연구소 설치 후 4년 이내에 정당한 사유 없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세를 추징한다고 규정하고 있습니다. 나. 이와 같이 기업부설연구소 부동산 취득에 대하여 면세혜택을 주는 것은 기업의 과학기술연구를 장려하여 고도의 기술혁신을 이룩하는 데 그 취지가 있다(대법원85누444, 1987.10.26., 판결 참조) 할 것입니다. 다. 살피건대, 조세감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합하는 점(대법원2008두11372, 2009.8.20., 판결 참조) 등에 비추어 보면, 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행규칙」제2조에서 기업부설연구소 등의 인정 기준으로 ‘연구시설’은 ‘연구공간은 고정벽체와 별도의 출입문으로 다른 부서와 구분하여 독립적인 공간을 확보할 것’이라고 규정하고 있고 라. 제3호에서는 부대시설에 대하여 ‘기업부설연구기관 등의 연구개발 활동을 위하여 제작한 구축물과 연구전담 요원 등이 전용으로 사용하는 회의실, 기숙사 등 연구개발 활동에 필요한 편의시설로서 기업부설연구기관 등의 주소지에 있을 것(부대시설을 두는 경우만 해당한다)’이라고 규정하고 있어「기술연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」시행령 제14조의 규정에 의한 기준을 갖춘 연구소로서 미래창조과학부장관의 인정을 받은 것’이라는 부분은 기업부설연구소의 인적ㆍ물적 시설의 기준을 의미하는 것이다(대법원2006두19570, 2008.11.27., 판결 참조) 할 것이므로 기업부설연구소로 인정을 받을 경우 비로소 그 인정받은 것에 대해 취득세 감면 범위를 확정하도록 규정하고 있는 것입니다. 마. 따라서 위 조항의 문언과 규정 취지 등에 비추어 볼 때, 기업부설연구소로 직접사용하는 것은「기술연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령」 제14조의 규정에 의한 기준에 따라 기업부설연구소 인정받은 면적을 의미한다 할 것이지만 기업이 선택에 의하여 기업부설연구소로 인정받은 면적이 당해 건물의 전용면적만 인정받은 경우라면 전용면적을 기준으로 기업부설연구소가 직접사용하는 부분을 한정하여 공용면적 비율을 산정 감면함이 타당하다 할 것이지만, 이에 해당하는지 여부는 과세권자가 사실조사 등을 통하여 최종 판단할 사안이라 할 것입니다. 끝. 해설 공용면적(기계실, 주차장, 복도, 계단 등)도 감면대상임은 맞으며, 가장 합리적인 기준인 면적에 따라 공용면적을 안분하여 감면하겠다는 취지로 해석됩니다. 따라서 공용면적에 대해 감면신청을 놓쳤다면 실무상 추가적인 경정청구 검토가 가능한 부분입니다. (조심2021지5810, 2022.09.21) 【요지】 청구인은 2019.4.18. 쟁점건물을 취득하고 2020.1.30. 기업부설연구소 면적을 28.8㎡로 하여 기업부설연구소 변경신고를 하였으나, 청구인은 쟁점면적을 취득한 직후부터 사실상 기업부설연구소로 사용해왔고, 한국산업기술진흥협회는 2021.7.6. 기존에 착오로 잘못 기재된 기업부설연구소 면적을 바로잡아 쟁점면적을 기업부설연구소로 인정한 사실이 확인되어 쟁점면적은 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로서 취득세 등의 감면대상으로 보는 것이 타당하므로 처분청이 쟁점면적에 대한 감면세액을 부인하여 청구인에게 취득세 등을 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단됨. 해설 감면 면적을 형식상 변경신고 면적을 기준으로 하는 것이 아닌 실질과세에 따라 변경신고를 통해 인정받은 면적도 추가적인 감면대상으로 판단한 사례입니다. 따라서 최초에 인정된 면적보다 증가되었다면 실질에 따라 추가 증가부분에 대한 감면청구도 가능하다는 합리적인 사례로 보입니다. (대법원2019두32283, 2019.05.10) 【요지】 원고의 신청에 따라 연구활동 중단(자진 취소)을 이유로 기업부설연구소 인정이 취소되었더라도 연구소(Convergence연구소)로 계속 사용되었다고 보이므로, 이 사건 취득세 등 부과처분은 구 지방세법 제282조 단서의 추징 요건을 갖추지 못하여 위법함. 구 지방세법 제282조 및 구 지방세특례제한법 제46조 본문에서 정한 재산세 면제 대상이 ‘기업부설연구소로 인정받은 면적’에 한정된다고 보기는 어렵고, 과세기준일 현재 ‘기업부설연구소용’에 ‘직접 사용’하는 부동산이라면 재산세 면제 대상이라고 봄 해설 기업부설연구소에 대한 지방세 감면은 기업의 과학기술 연구를 장려하여 경쟁력 향상을 위한 연구개발 투자를 확대시키고 이를 지원하기 위한 특별한 세제혜택을 부여하는 것으로 여타 감면이나 공제에 비해 실질만 만족하면 폭넓게 인정해주는 경향이 있습니다. 따라서 기업부설연구소는 실질에 따른 면적 등의 사실관계를 정확하게 판단하여 특례를 신청하는게 중요하다고 판단됩니다.마치면서
이번 포스트에서는 특별히 기업부설연구소를 중점적으로 살펴보았습니다. 사실 기업부설연구소를 마련한 기업은 세액공제와 감면에 대해 신경써야 할 부분이 많이 있습니다. 그래도 국가 정책적으로 이렇게 다양한 혜택이 부여된 조항을 찾기 힘든 것도 사실입니다. 그만큼 국가에서 연구개발 투자를 유도하여 다른 나라의 경쟁력을 갖추는 것에 대해 중요하게 생각하는 것으로, 실무자들이 꼼꼼히 챙겨 충분한 혜택을 누려야 할 것입니다. 조금 스페셜하게 마련한 이번 포스트로 해당 분야의 독자분들에게 갈증해소가 되시길 바라면서 이만 마칩니다. 다음번에도 더욱 유익한 내용으로 찾아오겠습니다. 눈이 자주 오는 이번 겨울, 독감 조심하시고 이어지는 상반기 세무스케쥴도 잘 이겨내시길 바랍니다. 감사합니다.최신 포스트