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법인세 세액공제나 세액감면을 적용할 때 주의할 내용은 어떤 것들이 있나요?

BY 김수종 2024.03.14

조회 1629 5

#법인세세액공제#세액감면#법인세신고#중소기업특별세액감면#창업중소기업세액감면#연구인력개발비세액공제#통합고용세액공제

고민해 대리는 오늘도 고민이 많아 보입니다. 법인결산까지는 마쳤으나, 법인세 신고시 세액공제나 세액감면을 적용받을 때 주의할 주요 내용들을 정리해서 보고하라는 이사회의 지시사항이 있었는데요. 며칠째 검색도 해보고 강의도 들으며 공부했지만 그 중 중요한 내용만 추리기가 어렵습니다.

세무사님, 안녕하세요~

네, 안녕하세요. 그런데 안색이 안 좋아 보여요. 무슨 걱정거리라도 있나요?

네, 매년 이 시기면 이사회에서 법인세 신고와 관련해서 지시가 많아지다보니 예민해지네요. 며칠 잠도 잘 못자고 있어요.

어떤 지시 때문에 잠도 설칠 정도인가요?

우리 회사가 이익은 매년 발생하는데 세액공제나 세액감면 받는 것에 꽤 관심이 많아요. 특히 이사회에서 재무이사님이 이 부분을 늘 강조하는데 숨이 막힐 정도로 많은 지시를 하니까 저까지 덩달아 예민해지네요.

아~ 그럼 오늘은 주요 세액공제나 세액감면 규정 중에서 주의할 사항 위주로 설명드릴까요? 기본적인 내용은 그동안 많이 설명했으니 주의할 사항 위주로 검토해보면 대리님도 이사회에 보고할 때 한결 수월할 것 같아요.

네, 우리회사가 적용받을 수 있는 세액공제나 세액감면 중 주의할 사항 위주로 보고하면 이사회에서 결정할 때 저도 도움이 될 것 같아요.

네, 그럼 기본내용은 생략하고 주의할 사항 위주로 설명드릴게요.

첫째, 중소기업특별세액감면 적용시 주의사항입니다.

1. 조세특례제한법상 중소기업에 해당하는지 반드시 확인하여야 하며, 특히 중소기업배제업종(소비성 서비스업)을 주된 사업으로 한다면 적용받을 수 없습니다. 2. 소기업 기준에 해당하는 회사의 경우 중기업 보다 좀 더 높은 감면율을 적용받을 수 있습니다. 수년간 소기업 기준을 충족해오던 회사가 당해연도에 매출액이 증가해서 소기업 기준을 초과하는데도 이를 미처 확인하지 못하고 소기업의 감면율을 적용하는 경우가 있으니 주의하여야 합니다. 3. 내국법인의 본점이 수도권에 소재하는 경우 사업장이 수도권 밖에 소재하더라도 수도권 소재지 사업장의 감면율을 적용하여야 하는데, 간혹 수도권 밖 소재하는 사업장의 감면율을 적용하는 경우가 있으니 주의하여야 합니다. 4. 중소기업특별세액감면 대상 업종을 주된 사업으로 하지 않는 경우에도 주된 사업외의 사업이 중소기업특별세액감면 대상 업종이라면 구분경리를 통해서 이 부분에 대해서는 감면을 적용 받을 수 있으니 소득구분에 있어서 주의 하여야 합니다.

둘째, 창업중소기업세액감면 적용시 주의사항입니다.

1. 창업중소기업세액감면은 원칙적으로 수도권과밀억제권역 밖에서 창업한 경우에 적용받을 수 있습니다. 물론 예외적으로 청년창업중소기업과 소규모창업중소기업에 해당하는 경우라면 수도권과밀억제권역 안에서 창업을 한 경우라도 적용받을 수 있습니다. 2. 청년창업중소기업세액감면과 관련해서는 좀 더 주의할 내용이 있습니다. ① 법인으로 창업한 경우를 전제하면 대표자가 청년의 나이요건(창업일 현재 15세 이상 34세 이하)을 충족하여야 합니다. 여기서 창업일은 법인설립등기일을 의미하며 사업자등록일이 아니라는 점에 주의하여야 합니다. ② 청년창업중소기업으로 감면을 적용받으려면 청년이 법인의 대표자로서 주주지분을 꼭 확인하여야 하는데 그 요건은 지배주주 등으로서 최대주주 요건을 매 사업연도별로 유지하고 있는지 매년 주주지분의 변동여부와 지분율을 유지하고 있는지 확인하여야 합니다. ③ 청년창업중소기업으로 감면을 적용받을 때 수도권과밀억제권역 밖의 지역에서 창업한 경우라면 감면율 100%를, 수도권과밀억제권역 안에서 창업한 경우라면 감면율 50%를 적용합니다. 만약 창업 당시에는 수도권과밀억제권역 밖에서 창업하여 감면율 100%를 적용받다가 당해 사업연도에 수도권과밀억제권역으로 이전한 경우에는 감면율 50%를 적용받게 되므로 주의하여야 합니다. 3. 고용인원이 증가하여 추가감면율을 적용하고자 하는 경우 고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제 또는 통합고용세액공제와 중복적용을 받을 수 없으므로 선택시 주의하여야 합니다.

셋째, 연구인력개발비세액공제 적용시 주의사항입니다.

1. 연구원으로 등록된 근무자의 인건비에 대해 적용할 수 있는데 연구원으로 발령한 시점과 입사한 시점이 다른 경우 주의하여야 합니다. 예를들어 2022년 7월에 입사한 직원을 연구원으로 2023년 5월에 발령한 경우 해당 연구원의 인건비 중에서 발령일 이후의 인건비만 세액공제대상이 되는 인건비로 인정받을 수 있습니다. 이를 확인하기 위해서는 매년 연구원 현황을 점검하여 사업연도 중에 변동여부를 확인하여야 합니다. 2. 연구원으로 등록된 근무자가 회사의 다른 업무와 겸직하는 경우 세액공제 대상 인건비에 포함하여서는 안됩니다. 3. 연구원의 인건비에 대하여 세액공제를 적용받을 때 인건비는 근로소득원천징수영수증상 총급여 뿐만 아니라 국민연금, 건강보험, 장기요양보험, 고용보험의 회사부담을 포함하는 것이므로 세액공제대상 인건비 산정시 이를 확인하여야 합니다. 산재보험료는 세액공제대상 인건비에 포함하지 않으므로 주의하여야 합니다.

넷째, 통합고용세액공제 적용시 주의사항입니다.

1. 당해 사업연도 중 취득한 유형자산과 무형자산 전부에 대하여 적용하는 것이 아닙니다. 예를들어 건물을 취득하는 경우와 업무용 승용차를 구입하는 경우, 비품을 구입하는 경우 모두 법인의 유형자산이 증가하기는 하지만 이는 세액공제 대상 자산의 범위에 포함하지 않으므로 항상 세액공제 대상에 포함되는 자산인지 여부를 확인하여야 합니다. 2. 중고품을 취득한 경우에는 세액공제를 적용받을 수 없습니다. 법인세 신고시 통합투자세액공제를 적용한 경우 신고 후에 사후검증시 통합투자세액공제를 적용받은 자산의 계약서 또는 취득관련 서류를 제출하여야 하는 경우가 있는데 이는 중고품 여부를 확인하기 위한 경우가 대부분이므로 세액공제 전에 취득한 자산이 중고품인지 신품인지 꼭 확인하여야 합니다. 3. 수도권과밀억제권역 내에 소재하는 사업장에서 투자한 경우라면 설립시기 또는 중소기업 여부에 따라 세액공제를 적용받을 수 없는 경우도 있으므로 투자지역이 수도권과밀억제권역인지 아니면 수도권과밀억제권역 밖에서 투자한 것인지 확인하여야 합니다. 4. 통합투자세액공제를 적용받은 후에는 사후관리 기간동안 처분이나 임대한 경우 공제받은 세액을 추징함은 물론 이자상당액까지 추징되므로 자산의 사후관리에 주의를 기울여야 합니다. 5. 이미 취득하여 사용하던 자산에 대해 자본적 지출을 한 경우 회계상, 세무상 자산의 취득원가로 계상하고 감가상각을 적용하지만 통합투자세액공제 적용대상 금액은 아니므로 주의하여야 합니다.

다섯째, 고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제, 중소기업사회보험료 세액공제, 통합고용세액공제(이하 고용관련세액공제라 함)를 적용할 경우 주의사항입니다.

1. 상시근로자 산정시 상시근로자의 범위에서 제외되는 근무자를 잘 파악하여야 합니다.예를들어 대표이사, 감사 등 임원, 법인의 최대주주와 그 배우자 및 이들의 친족은 상시근로자에서 제외되는 대표적인 경우입니다. 2. 고용관련세액공제 규정은 모두 직전연도 대비 당해연도에 전체 상시근로자가 증가한 경우에만 적용할 수 있습니다. 그러므로 청년으로 구분되는 상시근로자와 청년외로 구분되는 상시근로자 중 어느 한쪽이 증가하였더라도 이를 전부 합친 전체 상시근로자의 수가 직전연도 대비 증가한 경우이어야 적용할 수 있는 것입니다. 3. 상시근로자 중 청년 상시근로자로 구분할 경우 청년의 나이가 15세 이상 29세 이하로 구분하는 경우와 15세 이상 34세 이하로 구분하는 경우가 있으니 주의하여야 합니다.

15세 이상 29세 이하	15세 이상 34세 이하
고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제중소기업사회보험료 세액공제	통합고용세액공제

4. 청년등 상시근로자로 구분되는 범위에 있어서도 차이가 있습니다.

	고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제	중소기업사회보험료 세액공제	통합고용세액공제
청년 상시근로자	청년, 60세이상, 장애인	청년, 경력단절여성	청년, 60세이상, 장애인, 경력단절여성
청년외 상시근로자	경력단절여성,그 외 상시근로자	60세이상, 장애인, 그 외 상시근로자	그 외 상시근로자

기본내용 설명해주실 때 모두 검토했던 사항이기는 하지만 이를 모아놓고 보니 생각보다 주의할 내용들이 꽤 있네요?

네, 그렇죠. 개별 조항의 내용들을 검토할 때 구체적인 세액공제 내용에 집중하기 때문에 전체적인 차이점을 파악하지 못하는 경우가 더러 있어서 더욱 주의해야 합니다.

이것 말고도 최저한세, 중복적용 배제, 농어촌특별세 과세 여부도 모두 확인하여야겠지요?

네, 당연히 확인하여야 합니다. 이때쯤이면 다들 시간이 부족할 것 같아서 공제 및 감면 개별 조항에서 꼭 확인하여야 할 내용 위주로 설명드린 것이므로 실제 적용시에는 좀 더 면밀히 확인하여야 합니다.법인세 신고 마무리 잘 하시고, 다음에 뵙기로 해요.

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