【제 목】
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개정 조특법 부칙 제1조(시행일)는 “이 법은 2020년 1월 1일부터 시행한다”고 규정하였고, 제2조(일반적 적용례) 제1항은 “이 법 중 소득세(양도소득세는 제외한다) 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 개시하는 과세연도분부터 적용한다”고 규정하고 있어 개정 조특법 제29조의7은 2020.1.1. 이후 개시하는 과세연도분부터 적용되는 것으로 보는 것이 타당한 점 등에 비추어 볼 때, 처분청이 증가한 전체 상시근로자의 인원 수를 한도로 2018사업연도 상시근로자의 증감 인원 수를 산정하여 청구법인의 2018사업연도 법인세 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다 (취소) | ||
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| 【세목】 |
조세특례제한법 | 【구분】 |
심판청구 |
【주문】 안양세무서장이 2024.5.22. 청구법인에게 한 2018사업연도 법인세 OOO원의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다. 【이유】 1. 처분개요 가. 청구법인은 「의료법」에 따라 설립된 의료재단법인으로 의료기관의 설치운영, 지역영세민 구료 및 무의촌 순회진료, 국내외 의료봉사 및 의료서비스업을 영위하는 것을 목적으로 하고 있는바, 청구법인의 2018사업연도 법인세에 대하여 「조세특례제한법」(2018.12.24. 법률 제16009호로 개정되기 전의 것, 이하 "개정전 조특법”이라 한다) 제29조의7의 규정에 따른 고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제(이하 "고용증대세액공제”라 한다)액 산정 시 전체 상시근로자 증가인원(20.91명) 한도가 아닌 청년등 외 상시근로자 증가인원(31.91명)에 대해 세액공제를 적용하여 2018사업연도 법인세 OOO원을 환급하여야 한다는 취지로 2024.3.27. 경정청구를 하였다. 나. 처분청은 2019.12.31. 법률 제16835호로 개정된 「조세특례제한법」(이하 "개정 조특법”이라 한다) 제29조의7 제1항 및 기획재정부 예규(조세특례제도과-322, 2022.5.4.) 등에 의하면 고용증대세액공제 산정은 증가한 전체 상시근로자의 인원 수를 한도로 계산해야 한다고 하면서 2024.5.22. 청구법인의 경정청구를 거부하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.8.8. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 청구법인의 2018사업연도 법인세 납세의무 성립일인 2018.12.31. 현재에는 개정 조특법 부칙 제17조에 따라 개정전 조특법 제29조의7 제1항 각 호를 통산하지 않고 각각 증가한 상시근로자의 인원수에 따라 세액공제되어야 한다. 개정전 조특법은 쟁점세액공제가 가능한 상시근로자 수를 계산할 때, ‘청년등 상시근로자의 인원 수’와 ‘청년등 상시근로자 외의 상시근로자 인원 수’를 각각 구분 계산하였으며, 어느 쪽에서 인원 감소가 발생하더라도 상호 인원 수를 통산한다는 규정이 없었으나, 개정 조특법에서 증가한 상시근로자의 인원 수를 한도로 하여 쟁점세액공제를 산정하도록 개정되었고, 이러한 개정내용은 개정 조특법 부칙 제1조 및 제2조에 따라 2020.1.1. 이후 개시하는 과세연도부터 적용된다. (2) 조세심판원도 "개정후 규정은 2020.1.1. 이후 개시하는 과세연도분부터 적용되는 것이고, 이 건 경정청구 대상 과세기간인 2018ㆍ2019년 귀속분에는 적용되지 아니하는 것으로 보는 것이 타당한 점, 세액공제 대상 상시근로자 인원 수의 산정에 있어 납세자에게 다소 불리하게 개정된 개정후 규정을 2019년 이전 귀속분에 대해서도 적용하는 것으로 해석할 경우 소급과세금지의 원칙을 위배할 소지가 있는 점” 등이 이유로 본 건과 동일한 쟁점에 대하여 경정청구를 거부한 처분은 위법하다고 결정(조심 2023부443, 2023.5.17.)하였다. 나. 처분청 의견 (1) 개정 조특법 제29조의7의 내용은 증가한 인원수 계산시 "증가한 상시근로자의 인원 수를 한도로 한다”라는 한도 규정을 일부 개정한 것으로 2020.1.1부터 시행한다고 정하고 있는데, 법률 개정 이후 "이 법 시행일인 2020년 1월 1일 이후에 개시하는 과세연도분부터 적용하는 것임”이라는 국세청예규(서면-2020-법인-1503, 2020.11.19)가 "고용증대세액공제액 산정시 한도 규정 적용 시기는 2020.1.1. 전 개시하는 과세연도에도 적용함”이라는 기획재정부 예규(조세특례제도과-322, 2022.5.4)로 변경된바, 상급기관인 기획재정부 예규에 따라 개정된 규정을 적용하여 한 이 건 거부처분은 정당하다. (2) 「국세기본법」 제18조 제3항의 소급과세금지의 원칙은 과세관청에 의한 과세처분이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 국세행정의 관행을 신뢰한 나머지 이로 인하여 어떠한 행위나 계산을 하였어야 하고 과세처분의 결과 납세자에게 조세부담등 경제적 불이익이 발생한 경우에 한하여 적용될 수 있다. 청구법인은 개정된 규정에 대한 기획재정부 예규가 고시되고 기획재정부 해석 변경에 따른 국세청 예규가 삭제된 2022.7.11. 이후에 쟁점세액공제에 대한 경정청구를 하였는바, 이는 소급과세금지의 원칙이 적용되기 위한 조건인 국세행정의 관행을 신뢰한 나머지 이로 인하여 어떠한 행위나 계산을 하였어야 함에 부합하지 않는 것으로 어떠한 행위나 계산을 법률 개정 후에 행하였고, 기획재정부 예규가 고시된 이후 한도 규정이 있음을 충분히 인지하고 난 이후의 경정청구로서 소급과세금지의 원칙에 해당하지 아니한다 (3) 또한 고용증대세액공제 규정은 당초 신규 일자리 창출에 대한 세제상 지원을 강화하기 위해 신설되었고, 특히 청년과 장애인의 고용증대에 대한 우대지원을 주요 골자로 하고 있다. 고용증대세액공제 규정의 입법취지에 대한 이해를 위해 일례를 들어보면, 청구인이 경정청구한 2018사업연도의 경우 청년등외 상시근로자는 31.91명 증가하였으나, 청년등 상시근로자는 11명이 감소하여 전체적으로 20.91명의 고용이 증가했는데, 그에 비해 청년등상시근로자의 고용은 유지하고, 청년등외 상시근로자의 고용은 21명 증가하여 전체적인 상시근로자의 고용이 21명 늘어난 사업자가 있다고 가정할 경우, 2018사업연도 대비 2019사업연도와 2020사업연도에도 고용인원이 감소하지 않았다는 전제하에서 청구법인의 주장대로라면 청구법인은 OOO원(31.91명×OOO원×3년)의 세액공제를 받게되고, 비교 대상사업자는 OOO원(21명×OOO원×3년)의 세액공제를 받게 되어 신규 일자리 창출을 더 많이 한 비교대상 사업자가 청구법인이 받는 세액공제액보다 1/2에 불과한 세액공제의 혜택을 받게 되는 불합리한 결과가 일어난다. 이는 더 많은 신규 고용을 창출한 기업에 대해 오히려 세제상 차별하는 상황이 되어 조세형평의 이념에도 반하고, 당초 입법취지에도 맞지 아니하는 결과를 초래하게 된다. 따라서 고용증대세액공제액 산정시 "증가한 상시근로자의 인원수 한도”는 이미 규정되어 있던 사항으로 당연히 2020.1.1. 전 개시하는 사업연도에도 적용되어야 하며 신규일자리 창출이라는 입법취지 및 입법목적에 비추어 보더라도 조세법률주의 및 조세평등주의에 부합하는 것으로 당초 경정청구 거부처분을 유지함이 타당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 고용증대세액공제액 계산 시 2019.12.31. 개정된 「조세특례제한법」 제29조의7 제1항의 증가한 전체 상시근로자 수의 한도를 적용하여 청구법인의 경정청구를 거부한 처분의 당부 나. 관련 법령 : ＜별지1＞ 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 법제처 국가법령정보센터에 의하면, 개정 조특법 제29조의7 제1항의 개정이유가 "고용을 증대시킨 기업의 세액공제금액을 계산할 때 청년 등 상시근로자 증가 인원 및 그 외 상시근로자 증가 인원은 전체 상시근로자 수 증가 인원을 한도로 함을 명확히 규정함”으로 기재되어 있다. (2) 개정전 조특법 제29조의7 제1항과 관련한 기획재정부 예규 및 개정 조특법 제29조의7 제1항과 관련한 2019년 간추린 개정세법의 내용은 ＜표1＞ㆍ＜표2＞와 같다. ＜표1 : 생 략＞ 기획재정부 예규 ＜표2 : 생 략＞ 2019년 간추린 개정세법 내용 (3) 청구법인의 2018사업연도 상시근로자 인원 수 등 내역은 ＜별지2＞와 같다. (4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 개정 조특법 제29조의7이 2020.1.1. 전 개시하는 사업연도에도 적용되므로 2018사업연도 고용증대세액공제액 산정 시에도 청년등 상시근로자의 증감 인원 수와 그 외 상시근로자의 증감 인원 수를 통산하여 증가한 전체 상시근로자의 인원 수를 한도로 산정하여야 한다는 의견이나, 2018사업연도에 적용되는 개정전 조특법 제29조의7 제1항은 ‘증가한 상시근로자의 인원 수를 한도로 한다’는 내용을 규정하고 있지 아니한 점, 개정 조특법 부칙 제1조(시행일)는 "이 법은 2020년 1월 1일부터 시행한다”고 규정하였고, 제2조(일반적 적용례) 제1항은 "이 법 중 소득세(양도소득세는 제외한다) 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 개시하는 과세연도분부터 적용한다”고 규정하고 있어 개정 조특법 제29조의7은 2020.1.1. 이후 개시하는 과세연도분부터 적용되는 것으로 보는 것이 타당한 점 등에 비추어 볼 때, 처분청이 증가한 전체 상시근로자의 인원 수를 한도로 2018사업연도 상시근로자의 증감 인원 수를 산정하여 청구법인의 2018사업연도 법인세 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다(조심 2023부443, 2023.5.17. 같은 뜻임). 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. 【관련법령】 (1) 조세특례제한법(2018.12.24. 법률 제16009호로 개정되기 전의 것) : 2018사업연도 적용법률(개정전 조특법) 제29조의7(고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제) ① 내국인(소비성서비스업 등 대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 내국인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 2020년 12월 31일이 속하는 과세연도까지의 기간 중 해당 과세연도의 대통령령으로 정하는 상시근로자(이하 이 조에서 "상시근로자”라 한다)의 수가 직전 과세연도의 상시근로자의 수보다 증가한 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 더한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 1. 청년 정규직 근로자와 장애인 근로자 등 대통령령으로 정하는 상시근로자(이하 이 조에서 "청년등 상시근로자”라 한다)의 증가한 인원 수 × 300만원[대통령령으로 정하는 중견기업(이하 이 조에서 "중견기업”이라 한다)의 경우에는 700만원, 중소기업의 경우에는 다음 각 목에 따른 금액] 가. 수도권 내의 지역에서 증가한 경우 : 1,000만원 나. 수도권 밖의 지역에서 증가한 경우 : 1,100만원 2. 청년등 상시근로자 외 상시근로자의 증가한 인원 수 × 0원(중견기업의 경우에는 450만원, 중소기업의 경우에는 다음 각 목에 따른 금액) 가. 수도권 내의 지역에서 증가한 경우 : 700만원 나. 수도권 밖의 지역에서 증가한 경우 : 770만원 ② 제1항에 따라 소득세 또는 법인세를 공제받은 중소기업 또는 중견기업이 공제를 받은 과세연도의 종료일부터 1년이 되는 날이 속하는 과세연도의 종료일까지의 기간 중 전체 상시근로자의 수가 공제를 받은 과세연도의 전체 상시근로자 수보다 감소하지 아니한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액을 공제를 받은 과세연도의 종료일부터 1년이 되는 날이 속하는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서도 공제한다. 1. 청년등 상시근로자 수가 감소하지 아니한 경우 : 제1항 제1호 및 제2호에 따라 공제받은 금액 상당액 2. 제1호 외의 경우 : 제1항 제2호에 따라 공제받은 금액 상당액 ③ 제1항 및 제2항에 따라 소득세 또는 법인세를 공제받은 내국인이 공제를 받은 과세연도의 종료일부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도의 종료일까지의 기간 중 각 과세연도의 청년등 상시근로자 수 또는 전체 상시근로자 수가 공제를 받은 과세연도보다 감소한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 공제받은 세액에 상당하는 금액을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다. 제144조(세액공제액의 이월공제) ①제5조, 제7조의2, 제7조의4, 제8조의3, 제10조, 제11조, 제12조제2항, 제12조의3, 제12조의4, 제13조의2, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의6까지, 제26조, 제29조의2부터 제29조의5까지, 제29조의7, 제30조의2, 제30조의4, 제94조, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18, 제104조의22, 제104조의25, 제122조의4 제1항, 제126조의6, 제126조의7 제8항 및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정만 해당한다)에 따라 공제할 세액 중 해당 과세연도에 납부할 세액이 없거나 제132조에 따른 법인세 최저한세액 및 소득세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 5년(제5조에 따라 공제할 세액을 중소기업이 설립일로부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 공제받지 못하는 경우는 7년, 제10조에 따라 공제할 세액을 중소기업이 설립일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 공제받지 못하는 경우는 10년) 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 소득세[사업소득(제126조의6을 적용하는 경우에는 「소득세법」 제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득을 포함한다)에 대한 소득세만 해당한다] 또는 법인세에서 공제한다. (2) 조세특례제한법(2019.12.31. 법률 제16835호로 개정되기 전의 것) : 2019사업연도 적용법률 제29조의7(고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제) ① 내국인(소비성서비스업 등 대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 내국인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 2021년 12월 31일이 속하는 과세연도까지의 기간 중 해당 과세연도의 대통령령으로 정하는 상시근로자(이하 이 조에서 "상시근로자"라 한다)의 수가 직전 과세연도의 상시근로자의 수보다 증가한 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 더한 금액을 해당 과세연도와 해당 과세연도의 종료일부터 1년[중소기업 및 대통령령으로 정하는 중견기업(이하 이 조에서 "중견기업"이라 한다)의 경우에는 2년]이 되는 날이 속하는 과세연도까지의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 1. 청년 정규직 근로자와 장애인 근로자 등 대통령령으로 정하는 상시근로자(이하 이 조에서 "청년등 상시근로자"라 한다)의 증가한 인원 수에 400만원[중견기업의 경우에는 800만원, 중소기업의 경우에는 1,100만원(중소기업으로서 수도권 밖의 지역에서 증가한 경우에는 1,200만원)]을 곱한 금액 2. 청년등 상시근로자 외 상시근로자의 증가한 인원 수 × 0원(중견기업의 경우에는 450만원, 중소기업의 경우에는 다음 각 목에 따른 금액) 가. 수도권 내의 지역에서 증가한 경우 : 700만원 나. 수도권 밖의 지역에서 증가한 경우 : 770만원 ② 제1항에 따라 소득세 또는 법인세를 공제받은 내국인이 공제를 받은 과세연도의 종료일부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도의 종료일까지의 기간 중 전체 상시근로자의 수가 공제를 받은 직전 과세연도에 비하여 감소한 경우에는 감소한 과세연도부터 제1항을 적용하지 아니하고, 청년등 상시근로자의 수가 공제를 받은 직전 과세연도에 비하여 감소한 경우에는 감소한 과세연도부터 제1항 제1호를 적용하지 아니한다. 이 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 공제받은 세액에 상당하는 금액을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다. (3) 조세특례제한법(2019.12.31. 법률 제16835호로 개정된 것) : 개정 조특법 제29조의7(고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제) ① 내국인(소비성서비스업 등 대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 내국인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 2021년 12월 31일이 속하는 과세연도까지의 기간 중 해당 과세연도의 대통령령으로 정하는 상시근로자(이하 이 조에서 "상시근로자"라 한다)의 수가 직전 과세연도의 상시근로자의 수보다 증가한 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 더한 금액을 해당 과세연도와 해당 과세연도의 종료일부터 1년[중소기업 및 대통령령으로 정하는 중견기업(이하 이 조에서 "중견기업"이라 한다)의 경우에는 2년]이 되는 날이 속하는 과세연도까지의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 1. 청년 정규직 근로자와 장애인 근로자 등 대통령령으로 정하는 상시근로자(이하 이 조에서 "청년등 상시근로자"라 한다)의 증가한 인원 수(증가한 상시근로자의 인원 수를 한도로 한다)에 400만원[중견기업의 경우에는 800만원, 중소기업의 경우에는 1,100만원(중소기업으로서 수도권 밖의 지역에서 증가한 경우에는 1,200만원)]을 곱한 금액 2. 청년등 상시근로자 외 상시근로자의 증가한 인원 수(증가한 상시근로자 인원 수를 한도로 한다) × 0원(중견기업의 경우에는 450만원, 중소기업의 경우에는 다음 각 목에 따른 금액) 가. 수도권 내의 지역에서 증가한 경우 : 700만원 나. 수도권 밖의 지역에서 증가한 경우 : 770만원 ② 제1항에 따라 소득세 또는 법인세를 공제받은 내국인이 최초로 공제를 받은 과세연도의 종료일부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도의 종료일까지의 기간 중 전체 상시근로자의 수가 최초로 공제를 받은 과세연도에 비하여 감소한 경우에는 감소한 과세연도부터 제1항을 적용하지 아니하고, 청년등 상시근로자의 수가 최초로 공제를 받은 과세연도에 비하여 감소한 경우에는 감소한 과세연도부터 제1항 제1호를 적용하지 아니한다. 이 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 공제받은 세액에 상당하는 금액을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다. ※ 부 칙 제1조(시행일) 이 법은 2020년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제118조 제1항 제22호의 개정규정 및 제121조의13 제5항의 개정규정은 2020년 4월 1일부터 시행하고, 제96조 제1항의 개정규정(감면세액과 관련된 부분에 한정한다), 제106조의2 제13항의 개정규정 및 제126조의2의 개정규정(신문 구독료와 관련된 부분에 한정한다)은 2021년 1월 1일부터 시행하며, 제38조의2의 개정규정은 2027년 1월 1일부터 시행하고, 제121조의2의 개정규정은 공포한 날부터 시행한다. 제2조(일반적 적용례) ① 이 법 중 소득세(양도소득세는 제외한다) 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 개시하는 과세연도분부터 적용한다. 제17조(고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제의 사후관리에 관한 적용례) 제29조의7 제2항의 개정규정은 이 법 시행 이후 과세표준을 신고하는 분부터 적용한다. (4) 국세기본법 제18조(세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지) ③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다. |
주제어 : 고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제
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