【제 목】
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당초 처분의 대상 과세기간 중 20ㅇㅇ년 제1기의 경우 청구법인이 제출한 자료를 보면 매입금액이 공사현장별로 기재되어 있고, 공사현장별 과세공급가액과 면세공급가액이 기재되어 있어 공사현장별로 공제받지 못할 매입세액을 계산할 수 있을 것으로 보이는 점 등에 비추어 처분청은 20ㅇㅇ년 제1기 과세기간에 대해서는 청구법인이 제출한 ‘매입액의 공사현장별 안분계산 내역’ 등을 근거로 경정함이 타당하다고 판단 (경정) | ||
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| 【세목】 |
부가가치세법 | 【구분】 |
심판청구 |
【주문】 OOO세무서장이 2021.12.6. 청구법인에게 한 2021년 제1기 부가가치세 OOO원의 부과처분은 청구법인이 제출한 매입액의 공사현장별 안분계산 내역 등을 근거로 매입세액 중 면세사업 등과 관련되어 공제받지 못할 매입세액을 재산정하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다. 【이유】 1.처분개요 가. 청구법인은 2007.7.1. 개업하여 OOO 등에서 미장ㆍ방수ㆍ조적공사업을 영위하고 있는 법인으로 부가가치세 신고 시 ‘국민주택규모 이하 아파트 건설에 공급한 용역’은 부가가치세 면세, ‘그 외의 건물 건설에 공급한 용역’은 부가가치세 과세로 신고하고 있다. 나. 청구법인은 2021.7.21. 2021년 제1기 부가가치세 확정신고 시 OOO원의 환급세액을 신고하였으나, 처분청은 해당 부가가치세 신고서상 ‘과ㆍ면세 공통매입세액 안분계산’에 오류가 있다고 보아 다른 과세기간을 추가 검토하였고, 그 결과 2021.12.6. 아래 ＜표1＞과 같이 청구법인에게 2018년 제1기~2021년 제1기 부가가치세 합계 OOO원을 경정ㆍ고지(이하 "당초 처분”이라 한다)하였다.  다. 청구법인은 이에 불복하여 OOO 심판청구를 제기한 결과, 우리 원은 "당초 처분에 대해 청구법인이 추가 제출한 ‘공제받지 못할 매입세액 명세서’ 세부내역 등을 토대로 과세사업ㆍ면세사업 여부 등을 재조사하여 그 결과에 따라 경정한다”(조심 OOO)고 결정하였다. 라. 처분청은 이에 따라 청구법인으로부터 ‘2021년 제1기 각 공사현장별 매입내역과 공급가액 자료’ 등을 제출받았으나 각 공사현장별로 매입내역이 객관적으로 확인되지 않는다는 이유 등으로 청구법인의 2018년 제1기~2021년 제1기 부가가치세 과세기간 동안의 매입 OOO원 중 OOO원(이하 "쟁점매입금액”이라 한다)을 과ㆍ면세 공통매입금액으로 본 당초 처분을 그대로 유지하는 것으로 2023.10.17. 청구법인에게 ‘심판청구 결정에 따른 처분결과’를 통지하였다. 마. 청구법인은 이에 불복하여 2024.1.12. 심판청구를 제기하였다. 2.청구법인 주장 및 처분청 의견 가.청구법인 주장 (1) 처분청의 당초 처분은 근거과세 원칙을 위반하였고, 적법한 절차에 따른 정당한 처분이 아니며, 납세고지서에 세액산출의 근거가 기재되어 있지 아니하는 등 처분의 하자가 중대하고 명백하므로 취소되어야 한다. (가) 당초 처분은 근거과세 원칙에 반하는 처분이다. 1) 처분청은 2021년 제1기 부가가치세 환급신고에 따른 현장확인 결과만을 근거로 2018년 제1기부터 2020년 제2기까지의 부가가치세 신고도 동일한 오류가 있을 것으로 추정하여 2021년 제1기 부가가치세 OOO원 외에 2018년 제1기부터 2020년 제2기까지의 부가가치세 합계 OOO원을 부과하였다. 그러나, 처분청에서 청구법인에 대한 세무조사를 하지 않고 청구법인의 매입액 구분이 잘못되었다는 사실을 파악하는 것은 불가능하다. 2) 「국세기본법」제81조의6 제3항 각 호에서 세무조사 선정사유를 열거하고 있는데, 청구법인은 이에 해당하는 것이 없으므로 청구법인이 제출한 부가가치세 신고서 및 부속서류는 진실한 것으로 추정되어야 하고, 처분청에서 부가가치세 신고내용을 부인하여 부과처분을 하려면 조세법률주의에 따라 경정사유를 구체적으로 제시하여야 한다. 처분청은 청구법인의 매입세액 구분이 잘못되었다는 입증자료를 전혀 제시하지 못하고 있는바, 당초 처분은 과세근거가 전혀 없어 그 하자가 명백하므로 취소되어야 한다. 3) 세무공무원이 구체적인 과세근거 없이 재량만으로 당초 처분을 한 것은 「국세기본법」제19조(세무공무원의 재량의 한계)에도 어긋난다. (나) 당초 처분은 적법한 절차에 따른 정당한 처분이 아니다. 「부가가치세법」 제59조 제1항 및 ‘부가가치세 사무처리규정’ 제53조 제2항에 따르면, 환급세액은 법정신고기한이 지난 후 30일 이내에 환급조치하여야 하고, 조세일실 등의 우려가 있어 환급을 보류할 필요가 있다고 판단되는 상당한 사유가 있는 경우에는 그 이유를 서면으로 통지하고 현장확인 또는 세무조사 종결 후 그 결과에 따라 개별결의하여야 한다. 그러나 처분청은 위와 같은 적법한 절차를 거치지 않고 당초 처분을 하였으므로 이는 명백하고 중대한 위법한 처분에 해당하여 당연무효이므로 취소되어야 한다. (다) 당초 처분의 납세고지서에는 세액산출 근거가 기재되어 있지 아니하다. 1) 처분청은 부과처분의 내용을 상세하게 알 수 있도록 세액의 산출근거를 납세고지서에 구체적으로 기재하여야 하는데 당초 처분 시 납세고지서에는 청구법인의 매입세금계산서 중 어떤 것이 귀속이 불분명하여 공통매입세액에 해당하는지 등에 대해 기재되어 있지 아니하는 등 처분청에서 송부한 납세고지서로는 세액의 산출방법을 알 수 없는바, 당초 처분은 위법하다. 2) 또한, 처분청은 2021년 제1기 부가가치세 납세고지서상 ‘고지에 대한 안내말씀’에 "2020년 제1기 확정 부가가치세 공통매입세액 안분계산에 정산에 따른 결정고지”라고 과세기간을 틀리게 기재하였다. 3) 처분청은 청구법인에게 유선상으로 신고오류에 대해 안내하였고, 청구법인이 내방하여 신고오류 내용 및 고지예정임을 안내하였으며, 당초 처분 30일 전 과세예고 통지서를 발송하여 청구법인이 정상적으로 수령하였다는 의견이나, 청구법인은 신고 오류가 무엇인지 구체적으로 안내받은 사실이 없다. (라) 처분청은 청구법인의 2018사업연도에 대해 통합세무조사를 실시하였는바, 당초 처분 중 2018년 제1ㆍ2기 과세기간에 대한 부가가치세 합계 OOO원의 부과처분은 취소되어야 한다. 처분청이 이미 세무조사를 한 과세기간에 대해 또다시 추징하려면 「국세기본법」제81조의4(세무조사권 남용금지) 제2항의 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우 등에 해당하여야 하나, 청구법인은 이에 해당하는 것이 없는바 처분청이 2018년 제1ㆍ2기 과세기간에 대한 부가가치세를 부과한 처분은 위법하다. (2) 조세심판원의 재조사결정은 불복의 이유가 있다고 판단하는 결정으로 처분청은 조세심판원의 결정내용과 같이 과세사업과 면세사업 등에 관련된 매입세액의 계산을 실지 귀속에 따라야 함에도 처분청은 청구법인의 매입세액 대부분을 공통매입세액으로 본 당초 처분을 그대로 유지하였는바 이는 심판결정의 기속력에 반한다. (가) 청구법인은 아파트 습식공사(미장, 방수, 조적) 전문건설업체로 과ㆍ면세 사업을 겸업하고 있어 각 현장별로 구분하여 매입세금계산서를 수취하고, 부가가치세 신고 시 면세사업 관련 매입세액과 공통매입액 중 공제받지 못할 매입세액을 산정하고 있다. 청구법인은 2021년 제1기 부가가치세 예정 신고 시에도 OOO원의 환급세액이 발생하였는데, 처분청은 2021년 제1기 부가가치세 확정신고와 달리 청구법인이 제출한 서류를 검토하여 환급해 주었다. (나) 청구법인은 매입액을 과ㆍ면세 사업의 실지 귀속대로 구분하여 부가가치세 신고를 하였고, 조세심판원도 청구법인의 부가가치세 신고내용이 신빙성이 있다고 보아 재조사 결정을 하였으므로 처분청은 조세심판원의 결정내용과 같이 청구법인의 매입세액이 과ㆍ면세 사업 중 어디에 귀속되는지를 구분하여야 함에도 재조사 이후에도 별다른 이유없이 당초 처분을 유지하였다. 나.처분청 의견 (1) 청구법인은 이 건 심판청구 시 당초 처분이 근거과세의 원칙을 위반하였다는 주장을 하고 있으나 이는 당초 조세심판원의 재조사 결정 내용과는 무관하다. (가) 당초 처분은 적법절차를 위반하지 아니하였다. 1) 청구법인은 처분청이 법정환급기한까지 미환급하였고, 환급보류에 따른 서면통지 누락, 환급현장확인 및 세무조사의뢰 없이 청구법인에게 부과한 당초 처분은 명백하고 중대한 위법 처분이라 주장하나, ‘부가가치세 사무처리규정’ 제52조를 보면 부가가치세 부당환급 신고 혐의가 있어 현장확인이 필요할 때는 현장확인을 실시할 수 있으며, 서면분석이나 현장확인을 통하여 고액의 부당환급혐의자, 자료상 혐의자 또는 탈루세액이 크고 여러 과세기간에 걸쳐 부당환급이 이루어져 세무조사가 필요하다고 판단되는 경우에 세무조사를 실시할 수 있도록 하여야 한다고 규정하고 있는바, 이 건은 부당환급, 자료상 혐의, 탈루목적이 아닌 단순 과ㆍ면세 공통매입분 안분계산오류로 현장확인이나 세무조사 대상은 아닌 것으로 판단될 뿐만 아니라, 현장확인이나 세무조사 의뢰는 부당환급 혐의가 있을 경우 할 수 있다는 임의규정일 뿐 반드시 시행하여야 하는 강제규정이 아니다. 2) 부가가치세는 전단계 세액공제 방식을 채택하고 있는 세목으로 매출세액에서 매입세액을 차감하여 납부세액 또는 환급세액이 결정되며, 환급신고의 경우 법정환급기한 내에 환급하여야 하나 청구법인의 경우 계산오류로 인해 환급세액이 발생한 것일 뿐 오류수정 시 납부세액이 발생하므로 법정환급기한 내 환급하지 않았다는 청구법인의 주장은 이유없는 것으로 보인다. 3) 과세처분이 당연무효라고 하기 위해서는 그 처분에 위법사유가 있다는 것만으로는 부족하고 그 하자가 중요한 법규를 위반한 것이고, 객관적으로 명백한 것이어야 하며, 하자가 중대하고도 명백한 것인가의 여부를 판별함에 있어서는 당해 과세처분의 근거가 되는 법규의 목적, 의미, 기능 등을 목적론적으로 고찰함과 동시에 구체적 사안 자체의 특수성에 관하여도 합리적으로 고찰함을 요하는바(대법원 1990.11.27. 선고 90다카10862 판결, 1999.5.28. 선고 97누16329 판결 등 참조), 당초 처분의 경위를 보면 2021년 8월～9월경 처분청은 청구법인에게 유선상으로 신고오류에 대해 안내하였으며, 청구법인이 내방하였을 때에도 신고오류 내용 및 고지예정임을 안내하였고, 당초 처분 30일 전인 2021.10.27. 과세예고 통지서를 발송하여 청구법인이 정상적으로 2021.11.1. 수령하였다. 청구법인은 납세고지서 수령 후 부동산 근저당권설정 내역 및 납세보증 보험증권을 제출하면서 납부를 위해 징수유예신청서를 제출한 것이 확인되는바, 이는 고지내용을 인정하고 납부하고자 한 것으로 보인다. 따라서 처분청이 위법한 처분을 하였다는 청구법인의 주장은 이유 없다. (나) 당초 처분이 청구법인의 주장처럼 신의성실 원칙 및 세무공무원의 재량의 한계, 납세자의 성실성 추정 원칙을 위반하였다고 볼 수 없다. 1) 청구법인은 건설하도급업을 영위하고 있는 사업자로 건설업 특성상 당해 과세기간에만 국한되어 공급이 이루어지지 않고 수개월 또는 수년에 걸쳐 사업이 진행되므로 해당 과세기간 신고서에 명백한 오류가 있음이 확인된 이상 이전 과세기간의 신고서에 동일한 오류가 있을 것으로 충분히 추정할 수 있다. 2) 또한 청구법인은 과ㆍ면세 겸업 사업자로 과세사업과 면세사업 등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(공통매입세액)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(공통매입세액 안분기준)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산하여야 하나, 청구법인이 제출한 부가가치세 신고서를 보면 공통매입세액 안분계산에 오류가 있음이 명백히 확인되므로 납세자가 성실하며 납세자가 제출한 신고서 등이 진실한 것으로 추정하여야 한다는 「국세기본법」 제81조의3은 적용되지 않는다. (다) 납세고지서에 세액의 산출근거 등을 명시하면 족할 뿐 세액산출의 실질적 근거와 경로, 경위 등을 기재하도록 요구할 근거는 없는 바(대법원 1997.6.27. 선고 96누5810 판결), 납세고지서에 세액의 산출근거를 구체적으로 기재하지 않았으므로 당초 처분이 위법하다는 청구법인의 주장을 받아들일 수 없다. 1) 처분청은 당초 처분 시 납세고지서에 귀속연도와 그 귀속연도의 과세표준, 세액의 산출근거 등을 기재하였고 청구법인에게 공통매입세액 경정 시 납부세액이 발생할 수 있음을 유선으로 안내한 반면, 청구법인은 실지 귀속에 따라 건설현장별로 안분계산 할 근거자료 및 계산내역을 제출하지 아니하였다. 2) 당초 처분과 관련하여 2021년 제1기 부가가치세 납세고지서상 ‘안내말씀’ 란의 과세기간이 잘못 기재되어 있으나, 귀속연도와 그 귀속연도의 과세표준, 세액의 산출근거 등은 올바르게 기재되어 있으므로 납세고지서의 하자가 당초 처분을 취소할 만큼 중대하지 않다. (라) 처분청은 청구법인의 2018년 제1기ㆍ제2기 부가가치세 신고서를 검토하여 부가가치세를 부과하였을 뿐 세무조사를 한 사실이 없는바 해당 부과처분은 위법한 세무조사에 근거한 처분이 아니다. (2) 청구법인이 제출한 자료만으로는 쟁점매입금액의 실지 귀속이 확인되지 아니하므로 처분청에서 쟁점매입금액 전부를 공통매입금액으로 보아 과ㆍ면세 공급가액 비율로 안분계산한 당초 처분을 유지한다고 청구법인에게 통지한 것은 타당하다. (가) 청구법인은 처분청의 조세심판원 결정에 따른 현장 확인 당시 2021년 제1기 매입에 대한 자료를 제출하였으나, 해당 자료만으로는 청구법인의 매입이 청구법인이 제시한 공사현장에서 발생한 것인지를 확인할 수 없었다. 또한, 청구법인이 발급받은 매입세금계산서에 공사현장이 기재되어 있지 아니하고, 공사현장별 공사계약서도 제출되지 아니하는 등 청구법인이 제출한 ‘공제받지 못할 매입세액 명세서’의 신빙성을 확인할 수 있는 증빙이 제출되지 아니하였다. (나) 청구법인은 처분청의 현장확인 당시 2021년 제1기를 제외한 나머지 과세기간에 대해서는 자료를 제출하지 아니하여 신고내용의 신빙성을 검증할 수 없었다. 3.심리 및 판단 가.쟁점 ① 당초 처분은 근거과세의 원칙 등에 위배되어 위법하다는 청구주장의 당부 등 ② 처분청이 쟁점매입금액을 과ㆍ면세 공통매입금액으로 본 당초 처분을 유지한 것이 우리 원 재조사 결정의 기속력에 반한다는 청구주장의 당부 나.관련 법령 : ＜별지＞ 기재 다.사실관계 및 판단 (1) 당초 처분과 관련된 심판청구 당시 양측이 제출한 자료에 의해 확인되는 사실관계는 다음과 같다. (가) 청구법인이 제출한 2018년 제1기~2021년 제1기 부가가치세 신고서상 ‘총수입금액 대비 면세수입 비율’과 ‘총 매입세금계산서 수취금액 대비 불공제 매입액의 비율’을 비교하면 아래 ＜표2＞와 같다. ＜표2＞ 청구법인의 부가가치세 신고 내역 (나) 처분청은 아래 ＜표3＞과 같이 ‘청구법인의 총 매입세액[세금계산서 수취분 + 그 밖의 공제매입세액(신용카드매출전표 등 수령명세서 제출분 등)]에서 직부인세액(비영업용 소형승용자동차, 접대비 관련 매입세액 등)’을 차감한 금액을 모두 공통매입세액으로 본 후, 그 금액에 ‘총수입금액 대비 면세수입금액의 비율’을 곱한 금액을 ‘면세사업과 관련된 불공제매입세액’으로 산정하였다. ＜표3＞ 당초 처분 시 매입세액 초과공제 금액 산정내역 ㅇㅇㅇ (2) 우리 원은 ‘청구법인이 제기한 당초 처분에 대한 심판청구’에 대하여 재조사로 결정(조심 OOO)하였는데, 결정서상 판단 부분의 내용은 아래 ＜표4＞와 같다. ＜표4＞ 결정서상 판단 부분의 내용 (3) 처분청은 우리 원의 재조사 결정에 따라 청구법인으로부터 자료를 제출받아 확인한 내용은 다음과 같다. (가) 처분청에서 청구법인에게 교부한 현장확인 안내문의 주요 내용은 아래 ＜표5＞와 같다. ＜표5＞ 처분청에서 교부한 현장확인 안내문 (나) 처분청이 청구법인으로부터 제출받은 자료는 다음과 같다. 1) 청구법인의 심판청구대리인이 처분청 담당 공무원에게 메일로 송부한 자료는 아래 ＜표6＞과 같고, 청구법인은 재조사대상 기간(2018년 제1기~2021년 제1기) 중 2021년 제1기 과세기간에 대한 자료만 제출한 것으로 나타난다. ＜표6＞ 청구법인이 현장확인 시 제출한 자료 2) 청구법인이 제출한 위의 ＜표6＞의 연번 1번 파일(2021년 제1기 부가가치세 예정 공제받지못할매입세액명세서)의 주요 내용은 아래 ＜표7＞과 같은데, ‘면세 관련 공제받지 못할 매입세액’의 합계액은 OOO원으로 기재되어 있다. ＜표7＞ 공제받지 못할 매입세액 명세서(2021년 제1기 예정) 중 일부 ㅇㅇㅇ 3) 청구법인이 제출한 위의 ＜표6＞의 연번 2번 파일(2021년 제1기 부가가치세 확정 공제받지못할매입세액명세서)의 주요 내용은 아래 ＜표8＞과 같은데, 면세 관련 공제받지 못할 매입세액의 합계액은 7백만원으로 기재되어 있다. ＜표8＞ 공제받지 못할 매입세액 명세서(2021년 제1기 확정) 중 일부 ㅇㅇㅇ 4) 청구법인이 제출한 위의 ＜표6＞의 연번 3번 파일[2021년 제1기 (예정, 확정)_현장별 안분] 주요 내용은 아래 ＜그림1＞과 같은데, 해당 파일상 불공제매입세액은 OOO원이다. ＜그림1＞ 2021년 제1기 매입액의 공사현장별 안분내역 ㅇㅇㅇ 5) 청구법인이 제출한 위의 ＜표6＞의 연번 4번 파일(2021년 제1기 현장별 매입내역)를 보면 매입 세금계산서별로 관련 공사현장명이 표시되어 있다. (다) 처분청에서 청구법인이 제출한 자료에 대해 검토서의 주요 내용은 아래 ＜표9＞와 같다. ＜표9＞ 검토서의 주요 내용 (4) 청구법인이 이 건 심판청구 시 제출한 증빙은 다음과 같다. (가) 청구법인이 쟁점①과 관련하여 제출한 증빙은 다음과 같다. 1) 청구법인은 2021년 제1기 부가가치세 납세고지서상 ‘고지에 대한 안내말씀’ 란의 과세기간이 잘못 기재되었다고 주장하며 아래 ＜그림2＞와 같이 해당 납세고지서 사본을 제출하였다. ＜그림2＞ 2021년 제1기 납세고지서 사본 ㅇㅇㅇ 2) 청구법인이 제출한 세무조사 사전통지서에 따르면 처분청에서 2020.5.4.부터 2020.6.12.까지 청구법인의 2018사업연도에 대한 통합조사(사업과 관련하여 세법에 따라 신고ㆍ납부의무가 있는 모든 세목)를 실시한 사실이 확인된다. (나) 청구법인은 쟁점②와 관련하여 2018~2020년 기간 동안의 매입세금계산서 목록(비고란에 현장명이 기재됨), 매출세금계산서 목록, 현장별 기성내역 등을 제출하였다. (5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, (가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 당초 처분이 근거과세의 원칙 등에 위배되고, 적법한 절차에 따른 처분이 아니며, 납세고지서에 세액산출 근거가 기재되어 있지 아니하다는 이유 등으로 당초 처분이 위법하다고 주장하나, 청구법인은 습식공사(미장, 방수, 조적) 전문건설업체로 영위하는 업종의 특성을 감안할 때 공사 단위 면적당 매입원가 대비 공사수입액의 비율이 크게 차이가 나지 않을 것으로 추정됨에도 청구법인은 2018년 제1기부터 2021년 제1기까지의 부가가치세 과세기간 동안 지속적으로 총 공사금액에서 면세수입금액이 차지하는 비율 대비 총 매입액에서 공제받는 매입액이 차지하는 비율을 높게 신고하여 공사수입액의 상당 부분은 면세사업에서 발생하고, 매입액의 상당 부분은 과세사업에서 발생한 것으로 신고하였는바, 청구법인의 매입세액 안분계산 내역이 적정하다고 보기 어려우므로 청구법인이 매입세액의 귀속을 과세사업과 면세사업으로 구분할 수 있는 자료를 제출하지 아니한 이상 처분청에서 청구법인의 공사용역과 관련된 매입액 전부를 과ㆍ면세 공통매입액으로 보아 과세한 것은 「부가가치세법」제40조에 따른 적법한 과세방법으로 보이는 점, 처분청이 별도의 현장확인이나 세무조사를 실시하지 않고, 과ㆍ면세 공통매입액 안분계산의 오류로 보아 당초 처분을 한 것이 세법에 따른 부과처분 절차를 위반하였다고 보기 어려운 점, 처분청이 청구법인에게 교부한 2021년 제1기 납세고지서 안내말씀에 과세기간이 잘못 기재되어 있다고 하더라도 귀속연도와 그 귀속연도의 과세표준, 세액의 산출근거 등은 올바르게 기재되어 있는바, 이를 두고 납세고지 시 절차적인 부분에서 중대ㆍ명백한 하자가 있다고 보기 어려운 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다. (나) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 우리 원의 결정에 따른 재조사 시 제출한 자료만으로는 쟁점매입금액의 실지 귀속이 확인되지 아니하므로 당초 처분을 그대로 유지함이 타당하다는 의견이나, 당초 처분의 대상 과세기간 중 2021년 제1기의 경우 청구법인이 제출한 자료(＜표6＞ 연번 3번 파일)를 보면 매입금액이 공사현장별로 기재되어 있고, 공사현장별 과세공급가액과 면세공급가액이 기재되어 있어 공사현장별로 공제받지 못할 매입세액을 계산할 수 있을 것으로 보이는 점, 처분청은 청구법인의 전체 매입액에 청구법인의 전체 공급가액에 대한 면세공급가액의 비율을 곱한 금액을 면세사업에 관련된 매입세액으로 보아 불공제하였으나, 청구법인은 공사현장별로 총공급가액에서 면세공급가액이 차지하는 비율이 달라지는 것으로 보이는바, 청구법인의 매입액을 공사현장별로 구분하여 면세사업과 관련되어 불공제되는 매입세액을 산정하는 것이 「부가가치세법」제40조에 따른 공통매입세액의 안분계산에 보다 부합하는 것으로 보이는 점, 처분청 의견 및 검토서와는 달리 청구법인이 우리 원에 제출한 2021년 제1기 전자세금계산서, 발주서 등에는 공사현장이 기재되어 있는 점 등에 비추어 처분청은 2021년 제1기 과세기간에 대해서는 청구법인이 제출한 ‘매입액의 공사현장별 안분계산 내역’ 등을 근거로 경정함이 타당하다고 판단된다. 다만, 청구법인은 2021년 제1기를 제외한 나머지 부가가치세 과세기간에 대해서는 처분청의 우리 원 결정에 따른 재조사 시 매입액을 과세사업과 면세사업으로 구분할 수 있는 증빙을 제출하지 아니하였는바, 부가가치세 신고 책임이 있는 청구법인이 과ㆍ면세 매입세액 구분과 관련된 자료를 제시하지 아니한 이상 처분청 입장에서 이를 확인하여 당초 처분을 경정하는 것은 곤란할 것으로 보이는 점, 청구법인이 제출한 ＜표6＞ 연번 3번 파일을 근거로 산정된 2021년 제1기 면세사업과 관련된 불공제 매입세액은 OOO원인바 청구법인이 당초 신고한 불공제 매입세액 OOO원과는 차이가 큰 반면, 처분청의 당초 처분 시 불공제 매입세액 OOO원과는 차이가 크지 않은 사실로 보아 청구법인이 구체적인 입증자료를 제출하지 않은 다른 과세기간의 경우 청구법인의 부가가치세 신고내용을 그대로 인정하기 보다는 처분청의 과세처분 내역대로 경정하는 것이 실질에 부합할 것으로 보이는 점 등에 비추어 2021년 제1기를 제외한 나머지 과세기간에 대해서는 당초 처분을 그대로 유지하는 것이 타당하다고 판단된다. 4.결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로「국세기본법」제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. 【관련법령】 (1) 부가가치세법(2021.12.8. 법률 제18577호 개정되기 전의 것) 제40조(공통매입세액의 안분) 사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액”이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 "공통매입세액 안분기준”이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산한다. 제49조(확정신고와 납부) ① 사업자는 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 그 과세기간이 끝난 후 25일(폐업하는 경우 제5조제3항에 따른 폐업일이 속한 달의 다음 달 25일) 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. 다만, 제48조제1항 및 제4항에 따라 예정신고를 한 사업자 또는 제59조제2항에 따라 조기에 환급을 받기 위하여 신고한 사업자는 이미 신고한 과세표준과 납부한 납부세액 또는 환급받은 환급세액은 신고하지 아니한다. ② 사업자는 제1항에 따른 신고(이하 "확정신고”라 한다)를 할 때 다음 각 호의 금액을 확정신고 시의 납부세액에서 빼고 부가가치세 확정신고서와 함께 각 납세지 관할 세무서장(제51조의 경우에는 주된 사업장 소재지의 관할 세무서장을 말한다)에게 납부하거나 「국세징수법」에 따른 납부서를 작성하여 한국은행등에 납부하여야 한다. 1. 제59조 제2항에 따라 조기 환급을 받을 환급세액 중 환급되지 아니한 세액 2. 제48조 제3항 본문에 따라 징수되는 금액 제57조(결정과 경정) ① 납세지 관할 세무서장, 납세지 관할 지방국세청장 또는 국세청장(이하 이 조에서 "납세지 관할 세무서장등”이라 한다)은 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에만 해당 예정신고기간 및 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정한다. 1. 예정신고 또는 확정신고를 하지 아니한 경우 2. 예정신고 또는 확정신고를 한 내용에 오류가 있거나 내용이 누락된 경우 제59조(환급) ① 납세지 관할 세무서장은 각 과세기간별로 그 과세기간에 대한 환급세액을 확정신고한 사업자에게 그 확정신고기한이 지난 후 30일 이내(제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 15일 이내)에 대통령령으로 정하는 바에 따라 환급하여야 한다. ② 제1항에도 불구하고 납세지 관할 세무서장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하여 환급을 신고한 사업자에게 대통령령으로 정하는 바에 따라 환급세액을 조기에 환급할 수 있다. 1. 사업자가 제21조부터 제24조까지의 규정에 따른 영세율을 적용받는 경우 2. 사업자가 대통령령으로 정하는 사업 설비를 신설ㆍ취득ㆍ확장 또는 증축하는 경우 3. 사업자가 대통령령으로 정하는 재무구조개선계획을 이행 중인 경우 (2) 부가가치세법 시행령(2022.2.15. 대통령령 제32419호로 개정되기 전의 것) 제81조(공통매입세액 안분 계산) ① 법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우로서 실지귀속(實地歸屬)을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액”이라 한다)이 있는 경우 면세사업등에 관련된 매입세액은 인원 수 등에 따르는 등 기획재정부령으로 정하는 경우를 제외하고 다음 계산식에 따라 안분하여 계산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(면세사업등에 대한 공급가액과 사업자가 해당 면세사업등과 관련하여 받았으나 법 제29조의 과세표준에 포함되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금 및 이와 유사한 금액의 합계액을 말한다. 이하 이 조부터 제83조까지의 규정에서 같다)의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다. 제106조(환급) ① 법 제59조에 따라 환급하여야 할 세액은 법 제48조ㆍ제49조 또는 이 영 제107조제5항에 따라 제출한 신고서 및 이에 첨부된 증명서류와 법 제54조에 따라 제출한 매입처별 세금계산서합계표, 신용카드매출전표등 수령명세서에 의하여 확인되는 금액으로 한정한다. (3) 부가가치세법 시행규칙(2022.3.18. 기획재정부령 제906호로 개정되기 전의 것) 제54조(공통매입세액 안분 계산) ① 영 제81조제1항에 따른 "인원 수 등에 따르는 등 기획재정부령으로 정하는 경우"란 도축업을 영위하는 사업자가 법 제40조에 따른 공통매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)을 과세사업과 면세사업에 관련된 도축 두수(頭數)에 따라 안분하여 계산하는 경우를 말한다. ② 영 제81조제1항 및 제2항에 따른 총공급가액은 공통매입세액과 관련된 해당 과세기간의 과세사업에 대한 공급가액과 영 제81조 제1항 단서에 따른 면세공급가액의 합계액으로 한다. ③ 과세사업과 면세사업등에 공통으로 사용되는 재화를 공급받은 과세기간 중에 그 재화를 공급하여 영 제63조제1항 및 제2항에 따라 공급가액을 계산한 경우 그 재화에 대한 매입세액의 안분(按分) 계산은 영 제63조제1항 및 제2항에 따라 계산한다. ④ 영 제81조제3항의 계산식에 따른 전 사업장의 총공급가액은 해당 과세기간의 모든 사업장(「전기통신사업법」에 따른 전기통신사업자의 경우에는 공통매입세액과 관련된 해당 과세기간의 모든 사업장)의 과세사업에 대한 공급가액과 면세사업등에 대한 수입금액의 합계액으로 하고, 같은 항의 계산식에 따른 전 사업장의 면세공급가액은 해당 과세기간의 모든 사업장(「전기통신사업법」에 따른 전기통신사업자의 경우에는 공통매입세액과 관련된 해당 과세기간의 모든 사업장)의 면세사업등에 대한 수입금액으로 한다. (4) 국세기본법(2021.12.21. 법률 제18586호로 개정하기 전의 것) 제15조(신의ㆍ성실) 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다. 제16조(근거과세) ① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이와 관계되는 증거자료에 의하여야 한다. ② 제1항에 따라 국세를 조사ㆍ결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다. ③ 정부는 제2항에 따라 장부의 기록 내용과 다른 사실 또는 장부 기록에 누락된 것을 조사하여 결정하였을 때에는 정부가 조사한 사실과 결정의 근거를 결정서에 적어야 한다. ④ 행정기관의 장은 해당 납세의무자 또는 그 대리인이 요구하면 제3항의 결정서를 열람 또는 복사하게 하거나 그 등본 또는 초본이 원본과 일치함을 확인하여야 한다. ⑤ 제4항의 요구는 구술(口述)로 한다. 다만, 해당 행정기관의 장이 필요하다고 인정할 때에는 열람하거나 복사한 사람의 서명을 요구할 수 있다. 제19조(세무공무원의 재량의 한계) 세무공무원이 재량으로 직무를 수행할 때에는 과세의 형평과 해당 세법의 목적에 비추어 일반적으로 적당하다고 인정되는 한계를 엄수하여야 한다. 제65조(결정) ① 심사청구에 대한 결정은 다음 각 호의 규정에 따라 하여야 한다. 3. 심사청구가 이유 있다고 인정될 때에는 그 청구의 대상이 된 처분의 취소ㆍ경정 결정을 하거나 필요한 처분의 결정을 한다. 다만, 취소ㆍ경정 또는 필요한 처분을 하기 위하여 사실관계 확인 등 추가적으로 조사가 필요한 경우에는 처분청으로 하여금 이를 재조사하여 그 결과에 따라 취소ㆍ경정하거나 필요한 처분을 하도록 하는 재조사 결정을 할 수 있다. ⑤ 제1항 제3호 단서에 따른 재조사 결정이 있는 경우 처분청은 재조사 결정일로부터 60일 이내에 결정서 주문에 기재된 범위에 한정하여 조사하고, 그 결과에 따라 취소ㆍ경정하거나 필요한 처분을 하여야 한다. 이 경우 처분청은 제81조의7 및 제81조의8에 따라 조사를 연기하거나 조사기간을 연장하거나 조사를 중지할 수 있다. 제80조(결정의 효력) ① 제81조에서 준용하는 제65조에 따른 결정은 관계 행정청을 기속(羈束)한다. ② 심판청구에 대한 결정이 있으면 해당 행정청은 결정의 취지에 따라 즉시 필요한 처분을 하여야 한다. 제81조(심사청구에 관한 규정의 준용) 심판청구에 관하여는 제61조 제3항ㆍ제4항, 제63조, 제65조(제1항 제1호 가목 중 심사청구와 심판청구를 같은 날 제기한 경우는 제외한다) 및 제65조의2를 준용한다. 이 경우 제63조 제1항 중 "20일 이내의 기간"은 "상당한 기간"으로 본다. 제81조의3(납세자의 성실성 추정) 세무공무원은 납세자가 제81조의6제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 납세자가 성실하며 납세자가 제출한 신고서 등이 진실한 것으로 추정하여야 한다. 제81조의4(세무조사권 남용 금지) ② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다. 1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우 2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우 3. 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우 4. 제65조 제1항 제3호 단서(제66조 제6항과 제80조의2에서 준용하는 경우를 포함한다) 또는 제81조의15 제5항 제2호 단서에 따른 재조사 결정에 따라 조사를 하는 경우(결정서 주문에 기재된 범위의 조사에 한정한다) 5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우 6. 제81조의11 제3항에 따른 부분조사를 실시한 후 해당 조사에 포함되지 아니한 부분에 대하여 조사하는 경우 7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우 제81조의6(세무조사 관할 및 대상자 선정) ③ 세무공무원은 제2항에 따른 정기선정에 의한 조사 외에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 세무조사를 할 수 있다. 1. 납세자가 세법에서 정하는 신고, 성실신고확인서의 제출, 세금계산서 또는 계산서의 작성ㆍ교부ㆍ제출, 지급명세서의 작성ㆍ제출 등의 납세협력의무를 이행하지 아니한 경우 2. 무자료거래, 위장ㆍ가공거래 등 거래 내용이 사실과 다른 혐의가 있는 경우 3. 납세자에 대한 구체적인 탈세 제보가 있는 경우 4. 신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우 5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우 ④ 세무공무원은 과세관청의 조사결정에 의하여 과세표준과 세액이 확정되는 세목의 경우 과세표준과 세액을 결정하기 위하여 세무조사를 할 수 있다. ⑤ 세무공무원은 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 자에 대해서는 제2항에 따른 세무조사를 하지 아니할 수 있다. 다만, 객관적인 증거자료에 의하여 과소신고한 것이 명백한 경우에는 그러하지 아니하다. 1. 업종별 수입금액이 대통령령으로 정하는 금액 이하인 사업자 2. 장부 기록 등이 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 사업자 (5) 조세특례제한법(2021.12.28. 법률 제18634호로 개정되기 전의 것) 제106조(부가가치세의 면제 등) 제106조(부가가치세의 면제 등) ①다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다. 이 경우 제1호, 제4호의2, 제5호, 제9호의2, 제9호의3, 제11호 및 제12호는 2022년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하고, 제2호, 제3호, 제4호의5 및 제9호는 2021년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하며, 제8호 및 제8호의2는 2014년 12월 31일까지 실시협약이 체결된 것에만 적용하고, 제8호의3은 2015년 1월 1일부터 2022년 12월 31일까지 실시협약이 체결된 것에만 적용한다. 4. 대통령령으로 정하는 국민주택 및 그 주택의 건설용역(대통령령으로 정하는 리모델링 용역을 포함한다) |
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