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조심2024중4919, 2025.04.21 기각
【제목】 쟁점금액이 필요경비에 해당한다고 볼만한 구체적 증빙이 제출되지 아니하여 청구주장을 받아들이기 어려움 (기각)
【세목】 소득세법 【구분】 심판청구
주제어 자산의 취득가액 관심주제어 등록

【주문】
  심판청구를 기각한다.
【이유】
  1. 처분개요
  
  가. 청구인은 2022.5.12. 경기도 용인시 처인구 OOO 외 10필지(이하  "쟁점토지”라 한다)를 A 주식회사에 양도가액을 OOO원으로 하여 양도하고 양도소득세 OOO원을 신고ㆍ납부하였다가, 2023.10.23. 쟁점토지 중 경기도 용인시 처인구 OOO(이하  "쟁점316토지”라 한다)의 취득가액을 당초 OOO원에서 OOO원으로 수정하여 추가납부세액을 OOO원으로 계산한 쟁점토지에 대한 양도소득세 과세표준 수정신고를 하였으나 무납부하였다.
  
  나. 청구인은 2024.1.2. 처분청에 쟁점토지 중 경기도 용인시 처인구 OOO, 쟁점316토지, 같은 리 330의 취득가액을 환산취득가액에서 실지거래가액으로 정정하고, 쟁점316토지의 지목변경공사를 위해 지출한 OOO원을 필요경비에 반영하여 2022년 귀속 양도소득세 OOO원의 환급을 구하는 취지의 경정청구를 하였다.
  
  다. 중부지방국세청장(이하  "조사청”이라 한다)은 청구인의 경정청구서를 검토한 결과, ① 쟁점316토지에 대해서 제출된 부동산 매매계약서를 실제 거래계약서로 인정하여 취득가액을 OOO원에서 OOO원으로 정정하고, ② 청구인이 제시한 필요경비 내역 중 개발행위 준공허가와 관련하여 지출사실이 확인되는 개발부담금 등 OOO원과 거래명세서 또는 세금계산서, 금융증빙으로 확인되는 공사비 OOO원을 합한 OOO원을 필요경비로 반영하여 양도소득세를 경정할 것을 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2024.2.29. 청구인에게 아래 <표1>과 같이 2022년 귀속 양도소득세 OOO원을 환급하고, 나머지 경정청구는 거부하였다.
  
  <표1> 양도소득세 경정 내역
  
  ○○○
  
  라. 청구인은 이에 불복하여 2024.4.29. 이의신청을 거쳐, 2024.8.27. 심판청구를 제기하였다.
  
  2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  
  가. 청구인 주장
  
  청구인은 쟁점토지 9,917.35㎡(약 3,000평)을 취득하여 2008년부터 2010년 사이에 당초 농지였던 쟁점토지에 농원을 운영하기 위하여 주위보다 지대를 낮게 만들고 저지대를 흙과 돌로 다지고 둑을 쌓는 형질변경 과정을 거쳤으나 세무상식이 없어 계산서, 계약서, 견적서 등을 수취하지 않고 공사대금 대부분을 공사자의 계좌에 입금하거나 현금으로 지급하였다.
  
  청구인은 경정청구 당시 필요경비로 쟁점토지의 형질변경에 따른 자본적지출 OOO원을 필요경비에 산입하여 달라고 주장하였으나, 처분청은 그 중 거래내역서 및 금융증빙이 모두 확인되는 OOO원만을 필요경비에 산입하고, 나머지 금액에 대한 필요경비 인정을 거부하였다.
  
  아래 <표2> 기재 금액은 2009년 공사과정에서 쟁점토지를 형질변경하는 과정에서 사용된 금액(OOO원)으로, 이 중 이미 경정청구 과정에서 인정된 OOO원을 제외한 나머지 OOO원(이하  "쟁점공사비”라 한다)도 필요경비로 인정되어야 할 것이다.
  
  <표2> 청구인이 주장하는 필요경비 내역
  
  ○○○
  
  나. 처분청 의견
  
  청구인은 쟁점토지의 형질변경을 위하여 잡석(돌)을 매입하는 등 비용을 지출하였고 관련 계약서, 견적서 등은 분실하였으나 금융거래내역(입금증)을 통해 지급사실이 확인되므로 해당 금액 전체를 양도소득세 산정시 자본적 지출로 인정하여야 한다고 주장한다.
  
  그러나 청구인이 제출한 금융거래내역(입금증)만으로는 해당 금액이 쟁점토지의 형질변경을 목적으로 지출된 것인지 여부를 확인할 수 없고, 지방자치단체(경기도 용인시 처인구청)에 확인한 결과 쟁점316토지의 지목변경을 위한 공사가 있었다는 것은 개발부담금 자료를 통해 확인할 수 있었으나, 그 외에 제출된 입금증만으로는 지출된 금액이 쟁점토지의 형질변경을 위한 자재(예를 들면 돌)를 구입하기 위하여 지출된 것인지, 거래상대방이 해당 공사와 관련이 있는 자에 해당하는지 등을 확인할 수 없었으며 그 외에 지목변경공사와 관련한 경비로 인정하기 위한 추가 증빙이 제출되지 아니하여 해당 금액을 자본적 지출로 인정할 수 없었다.
  
  필요경비는 납세자에게 유리한 것으로 그 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서 그가 입증하는 것이 손쉽다는 점을 감안해 보면, 납세의무자가 입증활동을 하지 않고 있는 필요경비에 대해 부존재의 추정을 용인하여 납세의무자에게 입증의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에도 부합하는 것(대법원 2004.9.23. 선고 2002두1588 판결 참조)인바, 청구인이 제출한 자료 중 세금계산서, 계산서와 같은 정규증빙이 아니더라도 거래명세서, 금융증빙 등을 통해 거래상대방의 인적사항 등이 파악되는 비용에 대하여는 이미 모두 필요경비로 인정하였고, 그 외에 청구인의 경정청구를 거부하였으므로 이 건 처분은 정당하다.
  
  3. 심리 및 판단
  
  가. 쟁점
  
  쟁점공사비를 필요경비로 인정하여 양도소득세를 재산정해야한다는 청구주장의 당부
  
  나. 관련 법령 : <별지> 기재
  
  다. 사실관계 및 판단
  
  (1) 청구인은 당초 쟁점토지 취득금액을 환산취득가액으로 하여 신고하였다가 매매계약서를 첨부하여 실지거래가액으로 변경하는 내용의 경정청구를 하였는데, 처분청은 아래 <표3> 기재와 같이 경기도 용인시 처인구 OOO, 쟁점316토지, 같은 리 321에 대하여 취득가액을 변경한 것으로 확인된다.
  
  <표3> 취득가액 경정내역
  
  ○○○
  
  (2) 청구인은 2024.1.2. 쟁점토지 중 쟁점316토지의 지목변경공사를 위해 지출한 OOO원을 필요경비에 반영하여 2022년 귀속 양도소득세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구서를 제출하였고, 처분청은 지목변경과 관련한 공사비용으로 OOO원, 개발부담금 비용 OOO원을 필요경비로 인정하고 나머지 경정청구를 거부하였다. 구체적 내역은 아래 <표4>와 같다.
  
  <표4> 쟁점316토지 지목변경을 위한 공사비용(경정청구시 인정된 금액)
  
  ○○○
  
  (가) 청구인은 입금증(2009.4.30. 청구인→D, OOO원 입금내역)을 증빙으로 제출하였다.
  
  (나) 청구인은 거래명세서(2009.12.16. 등, 공급자 B→C)를 증빙으로 제출하였다.
  
  (다) 청구인은 이 건 심판청구시 C의 계정별원장을 제출하였으나 계정별원장 기재내역과 거래명세서상 기재내역이 일치하지 않고, C은 면세사업자로 청구인은 C과 관련된 소득을 개인의 사업소득으로 신고한 사실이 확인될 뿐, C이 지출한 경비의 구체적 내역이나 그 거래상대방 등이 확인되지는 않는다.
  
  (3) 개발부담금과 관련된 경정청구 내역은 아래 <표5>ㆍ<표6> 기재와 같다.
  
  <표5> 개발부담금 관련 비용(전체 경정청구 내역)
  
  ○○○
  
  <표6> 개발부담금 관련 비용(경정청구시 인정된 금액)
  
  ○○○
  
  (4) 처분청의 경정청구 검토서에 의하면, 청구인은 쟁점토지를 취득한 후 2012년 개발행위허가를 받아 근린생활시설을 신출하여 C 사업장으로 운영하였던 것으로 확인된다. 구체적 내용은 다음과 같다.
  
  2) 필요경비 적정여부
  
  ○ 청구인의 지목변경과 관련한 서류를 확인하기 위하여 용인시청 토지정보과에 확인을 요청한바, 2012.1.2. 개발행위(토지형질변경) 허가가 있고, 2012.10.15. 건축물 사용승인일로 쟁점토지 9,907㎡의 제1종 근린생활시설(소매점) 부지조성과 관련된 개발행위가 있었던 사실을 확인하였음
  
  ○ 청구인이 운영하는 C은 2009.5.18. 개업하여 경기도 용인시 처인구 OOO에 소재하고 있음
  
  - 2008년에서 2009년 사이의 항공사진을 보면 2008년에는 농지였으나 2009년에는 2008년과 다른 형태를 갖추고 있고, 2010년 로드뷰에는 석재로 보이는 자재가 적재되어 있는 모습을 확인할 수 있음
  
  3) 검토의견
  
  ○ (필요경비) 청구인은 지목변경과 관련하여 개발부담금OOO원 공사비용 OOO원을 인정해달라는 경정청구를 하였으나, 공사계약서 및 견적서 등 경비 대부분의 증빙을 제출하지 못함
  
  - 다만, 개발부담금 등 지방자치단체에 납부한 금액인 OOO원은 청구인이 제출한 자료 및 지방자치단체에 요청하여 받은 공문 회신을 통해 확인되므로 「소득세법 시행령」 제163조에 따라 필요경비 반영이 가능하고, 추가로 거래명세서 및 금융증빙을 첨부한 OOO원을 필요경비로 인정하고자 함
  
  (가) 경기도 용인시장의 회신 공문에 의하면, 쟁점316토지에 2012.1.2. 개발행위(토지 형질변경) 허가가 있고, 2012.10.15. 건축물이 사용승인된 것으로 확인된다.
  
  (나) 쟁점316토지의 2008년~2009년 항공사진에 의하면 2008년에는 농지였으나 2009년에는 2008년과 다른 형태를 갖추고 있는 것으로 확인된다.
  
  (다) 쟁점316토지의 2010년 당시 로드뷰 사진에 의하면 석재로 보이는 자재가 적재되어 있는 모습을 확인할 수 있다.
  
  (5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 필요경비의 공제는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비의 기초가 되는 사실관계는 대부분 납세의무자의 지배영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 증명이 곤란한 경우가 있으므로 그 증명의 곤란이나 당사자 사이의 형평을 고려하여 납세의무자로 하여금 증명케 하는 것이 합리적인 경우에는 증명의 필요를 납세의무자에게 돌려야 하는바(대법원 1992.7.28. 선고 91누10909 판결 등, 같은 뜻임), 청구인은 쟁점공사비가 쟁점316토지의 토지형질변경과정에서 투입된 금액으로 필요경비로 인정되어야 한다고 주장하나, 청구인이 이에 대한 증빙으로 제출한 것은 입금증, 거래명세서, C의 계정별원장에 불과한데, 해당 거래에 대한 세금계산서가 발행되지 아니하였고, 청구인이 제시한 입금표상 거래상대방의 주민등록번호 또는 사업자등록번호 등이 기재되어 있지 아니하여 부가가치세 신고ㆍ납부내역 등도 확인되지 아니하며, 관련 계약서 등도 제출되지 아니하였는바 제출된 입금증만으로는 해당 금액이 양도자산의 용도변경ㆍ개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용에 해당하는지 여부를 확인할 수 없는 점, 계정별원장 기재내역과 거래명세서상 기재내역이 일치하지 않는 점, C은 면세사업자로 청구인은 C과 관련된 소득을 개인의 사업소득으로 신고한 사실이 확인될 뿐, 경비의 구체적 내역이나 그 거래상대방 등이 확인되지 않아 제출된 자료만으로는 청구주장의 당부를 확인할 수 없는 점, 그 외 적격증빙이 없더라도 거래내역서 및 금융증빙이 확인되는 OOO원은 이미 처분청에 의해 필요경비로 인정된 점 등에 비추어, 쟁점공사비를 추가로 필요경비로 산입하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.
  
  4. 결 론
  
  이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
【관련법령】
  (1) 소득세법
  
  제97조[양도소득의 필요경비 계산] ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.
  
  2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것
  
  제160조의2[경비 등의 지출증명 수취 및 보관] ② 제1항의 경우 사업소득이 있는 자가 사업과 관련하여 사업자(법인을 포함한다)로부터 재화 또는 용역을 공급받고 그 대가를 지출하는 경우에는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 증명서류를 받아야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.
  
  1. 제163조 및 「법인세법」 제121조에 따른 계산서
  
  2. 「부가가치세법」 제32조에 따른 세금계산서
  
  3. 「여신전문금융업법」에 따른 신용카드매출전표(신용카드와 유사한 것으로서 대통령령으로 정하는 것을 사용하여 거래하는 경우 그 증명서류를 포함한다)
  
  4. 제162조의3 제1항에 따라 현금영수증가맹점으로 가입한 사업자가 재화나 용역을 공급하고 그 대금을 현금으로 받은 경우 그 재화나 용역을 공급받는 자에게 현금영수증 발급장치에 의하여 발급하는 것으로서 거래일시ㆍ금액 등 결제내역이 기재된 영수증(이하  "현금영수증”이라 한다)
  
  (2) 소득세법 시행령
  
  제89조[자산의 취득가액등] ① 법 제39조 제2항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액에 따른다.
  
  1. 타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 취득세ㆍ등록면허세 기타 부대비용을 가산한 금액
  
  2. 자기가 행한 제조ㆍ생산 또는 건설등에 의하여 취득한 자산은 원재료비ㆍ노무비ㆍ운임ㆍ하역비ㆍ보험료ㆍ수수료ㆍ공과금(취득세와 등록면허세를 포함한다)ㆍ설치비 기타 부대비용의 합계액
  
  3. 제1호 및 제2호의 자산으로서 그 취득가액이 불분명한 자산과 제1호 및 제2호의 자산 외의 자산은 해당 자산의 취득 당시의 기획재정부령이 정하는 시가에 취득세ㆍ등록면허세 기타 부대비용을 가산한 금액
  
  제163조[양도자산의 필요경비] ③ 법 제97조 제1항 제2호에서 "자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류를 수취ㆍ보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다.
  
  1. 제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액
  
  3. 양도자산의 용도변경ㆍ개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용
  
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