【제 목】
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조특법 시행령 제2조 제2항 본문의 “최초로 그 사유가 발생한 날”은 최초로 중소기업 유예기간을 적용할 사유(매출액 규모기준 초과 등)가 발생한 때로 해석함이 타당한 점등에 비추어, 청구법인이 종전에 중소기업 유예기간을 적용받은 사실이 없음에도 처분청이 유예기간 적용을 배제하여 법인세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨 (취소) | ||
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| 【세목】 |
조세특례제한법 | 【구분】 |
심판청구 |
【주문】 창원세무서장이 2024.4.4. 청구법인에게 한 2021사업연도 법인세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다. 【이유】 1. 처분개요 가. 청구법인은 2001.12.20. 개업하여 OOO 소재지에서 금속박판가공업 등을 영위하고 있는 업체로, 2010.3.2. ㈜A의 지분인수(지분율 51%)로 인하여 상호출자제한기업집단에 속하게 되었으나, 2013.4.19. ㈜A가 보유지분 전부를 매각함에 따라 상호출자제한기업집단에서 제외되었다. 나. 이후, 청구법인은 2021사업연도 법인세 신고 시 「조세특례제한법 시행령」(이하 "조특법 시행령”이라 한다) 제2조 제2항 중소기업 유예규정에 따라 중소기업공제율(10%)을 적용하여 OOO원의 통합투자세액을 공제받았고, 2022.8.3. 중소기업에 대한 고용증대세액공제를 적용하여 2021사업연도 법인세 OOO원의 환급을 요구하는 경정청구를 제기하였으며, 처분청은 이에 따라 2022.9.30. 청구법인에게 위 법인세를 환급하였다. 다. 한편, 부산지방국세청장(이하 "조사청”이라 한다)은 2023.10.10.~2023.10.27. 기간 동안 처분청에 대한 종합감사를 실시한 결과, 청구법인이 위 중소기업 유예규정 적용대상에 해당하지 아니한다고 보아 2021사업연도 통합투자세액공제 및 고용증대세액공제에 대하여 중견기업에 대한 공제율 및 공제금액을 적용하여 관련 법인세 부과를 지시하였고, 처분청은 이에 따라 2024.4.4. 청구법인에게 2021사업연도 법인세 OOO원(농어촌특별세 OOO원 감액)을 경정ㆍ고지하였다. 라. 청구법인은 이에 불복하여 2024.7.1. 이의신청을 거쳐, 2024.11.22. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 청구법인은 2010사업연도에 규모의 확대로 중소기업 유예기준을 적용받아야 함에도 동일한 사업연도에 독립성 기준을 동시에 위배하여 유예기간의 적용 없이 중소기업에서 제외되는 등 설립 후 중소기업 유예기간을 적용받은 사실이 없다. 따라서 청구법인은 독립성 기준이 해소된 이후 사업연도에 계속 중소기업에 해당하였다가 2021사업연도에 다시 매출액 규모기준을 초과하여 비중소기업이 된 경우이므로 법인설립 후 적어도 1회의 중소기업 유예는 적용되어야 한다. (2) 조특법 시행령 제2조 제2항은 "중소기업이 대기업 집단에 속하거나 또는 실질적 독립성 위반한 경우”에 중소기업 유예를 적용하지 않는다고 규정하고 있을 뿐 대기업 집단 또는 실질적 독립성 위반 해소 이후 중소기업이 되었다가 이후 규모의 초과 등으로 중소기업에 해당하지 않게 된 경우의 유예기간 적용에 관해서는 명확한 규정이 없으므로, 관련 법령 등을 고려하여 합목적적으로 해석하지 아니하고 유예기간 적용을 배제한 이 건 처분은 부당하다. (3) 중소기업의 범위 및 유예기간 적용에 관한 법령의 개정 이력, 조세심판원의 선결정례 등을 고려하면 그 이전의 중소기업 해당ㆍ졸업 여부와 관계없이 최초 1회에 한하여 유예기간을 적용할 수 있다고 해석함이 타당하다. (가) 조특법 시행령 제2조의 주요 개정 이력을 보면, 2000.12.29. 중소기업 유예기간이 반복적으로 적용되지 아니하도록 유예기간을 "1회에 한하여” 부여하도록 개정되었고, 2010.12.30. 유예기간 중에 중소기업→일반기업→중소기업이 되는 경우 잔존 유예기간을 보장하려는 취지에서 "최초로”로 조문을 개정하였으며, 2012.2.2. 중소기업 규모ㆍ졸업기준 판단 시 관계기업과 합산하여 판단하도록 「중소기업기본법 시행령」(이하 "중기법 시행령”이라 한다)이 개정된 것을 반영하였고, 2015.2.3. 관계기업 합산매출액 초과 시에도 유예기간을 적용하도록 완화하면서 그 부칙 제4조에서 2015.1.1. 이후 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 사유가 발생한 경우부터 적용하도록 개정되었다. 특히, 2000.12.29. 및 2010.12.30. 개정 내용에 따르면 이는 종전의 중소기업 졸업횟수 및 사유, 유예기간 적용배제와는 무관하게 법인설립 후 1회의 중소기업 유예기간을 적용(유예기간의 재차 적용은 불허)하도록 한 취지로 보이므로, 조특법 시행령 제2조 제2항 본문의 "최초로 그 사유가 발생한 날”은 최초로 중소기업 유예기간을 적용할 사유(매출액 규모기준 초과 등)가 발생한 때로 해석하여야 한다. (나) 조특법 시행령 제2조 제2항은 중소기업 졸업유예기간 적용횟수 폐지 등 중소기업에 대한 지원제도 확대를 목적으로 2010.12.30. 대통령령 제22583호로 개정되었는데, 구체적으로는 종전의 "최초 1회에 한하여”를 "최초로”로 개정하여 중소기업 졸업횟수와 무관한 유예기간 적용을 명시하였으므로, 위 시행령 개정 후 최초로 매출액 규모 기준을 초과한 청구법인은 유예기간 적용대상에 해당한다. (다) 처분청은 청구법인에 대하여는 유예규정이 적용되지 아니한다면서 국세청의 유권해석(사전-2021-법령해석법인-490, 2021.6.15.)을 제시하였는데, 여기서 조특법 시행령 제2조 제2항의 "최초로”의 의미를 해석함에 있어서 "중소기업이 된 때”로 보고 있으나 "최초로”의 의미는 "유예기간의 최초 적용”으로 해석하여야 한다. (라) 한편, 국세청의 유권해석(법인세과-3038, 2008.10.23.)에 따르면, 2005년 중기법 시행령 제3조 제2호에 의한 독립성 기준 미충족에도 불구하고 관련 부칙에 따라 3년간 중소기업으로 본 기업의 경우에도 그 후 독립성 기준을 충족하여 중소기업에 해당된 법인의 경우 최초 1회에 한하여 중소기업의 유예기간을 추가로 적용받을 수 있는 것으로 해석하고 있고, 이와 유사한 논리로 조세심판원도 "최초로”의 의미를 2015.1.1. 이후의 "유예기간의 최초 적용”으로 결정한 바 있다(조심 2021광3262, 2022.4.25. 등 참조). (마) 또한, 조세심판원도 "2000.12.29. 및 2010.12.30.의 개정 내용에 따르면 법인설립 후 1회의 중소기업 유예기간을 적용(유예기간의 재차 적용은 불허)”하도록 한 취지에서 조특법 시행령 제2조 제2항 본문의 "최초로 그 사유가 발생한 때”는 최초로 중소기업 유예기간을 적용할 사유(매출액 규모기준 초과 등)가 발생한 때로 해석함이 타당하다고 결정하였다(조심 2024중1912, 2024.7.8. 참조). (4) 중기법 시행령의 개정 연혁, 중소기업 M＆A 활성화 및 세법해석 정리 사례 등의 측면을 고려할 때 실질적 독립성 기준이 해소된 중소기업은 중소기업 유예규정을 적용받을 수 있도록 함이 합리적이다. (가) 중기법 시행령은 2016.4.26. 대통령령 제27106호로 개정되어 실질적 독립성 기준을 위반한 경우에도 중소기업 유예를 적용받게 되었음에도 조특법 시행령상 명문규정 없이 실질적 독립성 기준이 해소된 중소기업이 유예조차 적용받을 수 없다고 해석하는 것은 불합리하다. (나) 중소기업 간 M＆A 측면에서 "공시대상 기업집단에 속하는 회사” 또는 "실질적 독립성 기준을 위반한 회사”에 투자함에 있어서, 투자 이후 해당 피투자회사(청구법인)는 규모의 확대 등으로 중소기업 규모를 초과하는 즉시 비중소기업으로 분류되나, 투자한 중소기업(청구법인의 모회사)은 조특법 시행령 제2조 제2항에 따라 중소기업으로 적용받을 수 있는 불합리한 결과가 초래될 수도 있다. 즉, 처분청은 중소기업이 애초에 중소기업에 투자하는 경우만 이후 규모 등이 확대되어도 해당 피투자회사가 중소기업 유예를 적용받을 수 있다고 해석하고 있는바, 이는 중소기업의 M＆A를 저해하는 해석임이 명백하다. (다) 또한, 기획재정부도 관계기업 관련 중기법 시행령의 개정에 따라 중견기업이 된 경우에도 중소기업 유예기간을 적용할 수 있도록 해석(기획재정부 조세특례제도과-360, 2021.5.7.)하고 있고, 유예기간 적용 중 실질적 독립성 기준을 위반한 경우에도 잔존 유예기간을 계속 적용하는 것으로 해석(기획재정부 조세특례제도과-865, 2020.11.11.)하고 있는바, 실질적 독립성 기준이 해소된 중소기업은 중소기업 유예를 적용받을 수 있는 것으로 봄이 타당하다. (5) 조특법 시행령 부칙 제25조는 중소기업 유예기간 적용에 관한 내용으로, 그 취지는 같은 법 시행령 개정 전에 자산 및 매출액 규모 초과로 중소기업 유예기간을 적용받은 경우에는 조특법 시행령 제2조 제2항에 따라 다시 유예를 적용받을 수 없도록 하기 위하여 개정 전의 법률을 적용해야 한다는 취지임에도 같은 법 시행령 개정 전인 2010년~2013년 당시 청구법인이 매출액 규모를 초과하여 중소기업 유예를 받을 수 있었으나 독립성 기준을 미충족하여 유예를 받지 못한 것에 대하여 처분청은 매출액 규모를 초과하였다는 사실만으로 이미 유예를 받은 것으로 간주하여 위 부칙 제25조를 확대해석하여 개정 전 법률에 따라 유예를 다시 받을 수 없다고 보았다. 따라서 청구법인은 매출액 규모 초과 사유로 중소기업 유예를 받은 사실이 없으므로 조특법 시행령 부칙 제25조를 적용받지 아니하고, 매출액 규모 초과로 중소기업 유예기간을 최초로 적용받을 사유가 발생한 때인 2021년부터 중소기업 유예를 적용받을 수 있다고 보아야 한다. 나. 처분청 의견 (1) 현행 조특법 시행령 제2조에서는 중소기업 범위를 규정하면서, 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 해당 기간이 경과한 후에는 과세연도별로 중소기업 해당 여부를 판정하도록 하면서 단서 규정을 두어 어느 하나의 사유에 해당하는 경우에는 유예기간 적용을 배제하도록 하고 있다. (가) 중소기업 유예기간 관련 개정 연혁을 살펴보면, 중소기업 범위에 대하여 개별기업은 중소기업 규모라 하더라도 대기업의 자회사이거나 계열사들과 합한 규모가 중소기업 규모 기준을 초과하는 기업도 중소기업으로 인정하는 것에 대한 불합리성이 지속적으로 제기되어 이와 같은 기업들을 중소기업에서 배제하여 중소기업 지원예산의 효율적 분배와 합리적 지원을 위하여 중기법 시행령이 1995.7.1. 대통령령 제14695호로 개정되면서 독립성 기준이 도입되었고, 이에 따라 「조세감면규제법 시행령」도 1995.12.30. 대통령령 제14869호로 일부 개정 시 독립성 기준을 도입하면서 중소기업 유예기간 적용대상에서 배제하였다. 이후 조특법 시행령이 2000.12.29. 대통령령 제17034호로 개정되면서 중소기업 유예기간이 반복적으로 적용되지 아니하도록 유예기간을 "최초 1회에 한하여” 적용하도록 하였고, 중소기업 유예기간에서 제외하는 사유를 명확하게 정비하였다. (나) 한편, 중기법 시행령은 2009.3.25. 대통령령 제21368호로 일부 개정되면서 관계기업제도를 도입하여 중소기업의 규모기준 및 졸업기준을 판정할 때 관계기업에 해당하는 경우 지배기업과 종속기업의 상시근로자 수, 자본금, 매출액, 자기자본 또는 자산총액을 합산하도록 하는 등 독립성 기준을 강화하였고, 이에 따라 조특법 시행령도 2010.12.30. 대통령령 제22583호로 일부 개정 시 관계기업제도를 도입하였으며, 중소기업 유예기간 내 중소기업으로 복귀하였다가 다시 일반기업이 된 경우에는 중소기업 유예기간을 적용받지 못하게 되는 문제를 해소하기 위해 조문을 "최초로”로 개정하면서 최초 중소기업 졸업 시부터 유예기간 4년 동안에는 유예기간 적용횟수를 폐지하였다. (다) 또한, 조특법 시행령 제2조 제1항 및 제2항은 2015.2.3. 대통령령 제26070호로 개정되면서 2014.4.14. 대통령령 제25302호로 개정되어 2015.1.1. 시행된 중기법 시행령의 개정 사항을 반영하여 중소기업 요건을 간소화하였고, 관계기업에 대하여도 유예기간을 적용하는 것으로 개정되었다. 위 개정 전 조특법 시행령 제2조 제2항에서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 졸업기준에 해당하지 않거나 규모기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 중소기업으로 보고, 그 이후에는 과세연도별로 중소기업 해당 여부를 판정하도록 하면서 단서 규정을 두어 각 호의 사유에 해당하는 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하도록 하였는데, 이로 인하여 조특법 시행령 제2조 제2항 제3호의 사유에 관계기업이 제외되었다. (라) 위와 같이 중소기업 유예기간을 적용함에 있어 종전에는 독립성 기준을 충족하지 못할 경우 유예기간 적용을 배제하였으나, 2015.2.3. 개정으로 독립성 기준 중 "중기법 시행령 제3조 제1항 제2호 다목”에 해당하는 관계기업에 대해서는 매출액 등 합산 시 중소기업의 요건을 충족하지 못하게 된 경우에 유예기간을 적용하도록 확대 개정된 것이며, 중기법 시행령 제3조 제1항 제2호 가목 및 나목 사유에 해당하는 경우에는 독립성 기준 도입 시부터 계속하여 중소기업 유예기간 적용을 배제하고 있다. (마) 또한, 2015.2.3. 대통령령 제26070호로 개정된 조특법 시행령 부칙 제4조(이하 "쟁점부칙조항”이라 한다)는 중소기업이었으나 관계기업제도 시행에 따라 관계기업 매출액 등 합산 시 중소기업 기준을 초과하여 중소기업 유예기간을 적용받지 못한 기업에 대하여 적용하는 것이고, 그 부칙 제25조에서는 2015.1.1. 전에 개시하는 사업연도에 중소기업의 규모기준 또는 졸업기준을 초과하여 중소기업에 해당하지 않게 된 기업의 경우에는 조특법 시행령 제2조 제2항의 개정에도 불구하고 종전의 규정을 따를 것을 명확하게 규정하고 있다. (2) 청구법인은 이미 중소기업 유예기간을 경과하여 이 건 과세기간은 유예기간에 해당하지 않는다. 조세법률주의는 문리해석을 근간으로 확장이나 유추해석을 허용하지 아니하고 엄격하게 해석하여야 하는바, 조특법 시행령 제2조 제2항에서 중소기업 유예기간을 "최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도”로 명시하고 있는데, 청구법인은 2010사업연도에 매출액이 최초로 OOO원을 초과하여 2010~2013사업연도까지를 유예기간으로 볼 수 있으나, 독립성 기준을 충족하지 못하여 유예기간을 적용받지 못한다. 한편, 최근 조세심판원의 결정례(조심 2024중1912, 2024.7.8.)와 같이 "최초로”의 의미를 "최초로 중소기업 유예기간을 적용할 사유(매출액 규모기준 초과 등)”로 해석한다고 하더라도 청구법인은 2013사업연도에 독립성 기준이 충족되었으나 매출액이 OOO원을 초과하여 해당 사업연도가 규모의 확대 등으로 최초로 중소기업 유예기간을 적용할 사유가 발생한 연도에 해당하게 된다. 위 규정의 문언에 의하면 중소기업이 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 그 유예기간 동안은 조세감면 요건인 중소기업에 해당하는지 여부를 별도로 판단하는 과정을 거치지 아니하고 중소기업으로 간주하는 것으로 해석함이 상당하므로(대구고등법원 2016.1.29. 선고 2015누5147 판결 참조), 청구법인이 실질적인 조세감면 등의 혜택을 받지 못하였다고 하더라도 유예기간이 이미 경과되었으므로 그 이후에는 과세기간별로 중소기업 해당 여부를 판정하여야 한다. (3) 청구법인은 당초 상호출자제한기업집단 편입에 따라 실질적인 독립성 요건을 미충족하여 중소기업 유예기간 적용이 배제되었다. 즉, 청구법인은 2012.1.1. 관계기업제도 시행 전인 2010.3.2. 이미 "중기법 시행령 제3조 제1항 제2호 가목”의 상호출자제한기업집단에 속한 기업에 해당됨에 따라 중소기업 유예기간 적용이 배제된 것이며, 기획재정부의 다수의 유권해석(조세특례제도과-371, 2024.5.3. 등 참조)과 같이 독립성 기준을 충족하지 못하여 중소기업 유예기간 적용이 배제된 기업은 중소기업이 되었다가 재차 중소기업에 해당하지 않게 되더라도 중소기업 유예기간을 적용받지 못한다. (4) 또한, 청구법인은 개정된 조특법 시행령 제2조 제2항 시행 전에 중소기업 졸업기준을 초과하였으므로 종전 규정을 따라야 한다. 즉, 청구법인은 이 건 개정법률 시행 전인 2010~2013사업연도 매출액이 OOO원을 초과함에 따라 개정 전 조특법 시행령 제2조 제2항 졸업기준에 해당되어 중소기업에 해당하지 않게 된 것이다. 따라서 개정된 부칙 제25조에서 명백히 규정하는 바와 같이 청구법인은 종전 규정을 따라야 하므로 쟁점부칙조항을 적용받을 수 없고, 매출액 OOO원을 초과한 2010사업연도에 실질적 독립성 요건을 충족하지 못하여 유예기간 적용이 배제되었으므로 유예기간을 적용하지 아니하거나 독립성 기준을 충족한 2013사업연도를 최초 사유 발생연도로 본다 하더라도 이미 중소기업 유예기간이 경과되었으므로 청구법인은 이후 사업연도부터 과세연도별로 중소기업 해당 여부를 판정하여야 한다. (5) 중소기업의 해당 여부나 유예 여부는 조특법과 그 시행령에 따라 판단하여야 하는바(대법원 2015.4.23. 선고 2013두10458 판결, 참조), 청구법인은 중기법 시행령의 개정 취지에 비추어 "종전의 중소기업 졸업횟수, 사유, 유예기간 적용배제와는 무관하게 법인설립 후 1회의 중소기업 유예기간을 적용하는 것”으로 해석하여야 한다고 주장하나, 중기법 및 그 시행령은 중소기업을 육성하기 위한 시책의 기본적인 사항을 규정한 것인 반면, 조특법과 그 시행령은 조세의 감면 또는 중과 등 조세특례와 이에 대한 제한에 관한 사항을 규정하는 것으로서 법령 적용의 범위가 다르며, 조특법에서 중소기업의 요건과 범위에 관하여 중기법과 일부 달리 규정하고 있는 점 등을 고려하면 조특법에 규정된 중소기업의 해당 여부나 그 유예 여부는 조특법에 따라 판단하여야 하고, 중기법에 의하여 판단할 수 없다. 또한, 청구법인은 2000.12.29. 및 2010.12.30. 조특법 시행령의 개정취지에 비추어 보아도 위와 같이 해석할 수 있다고 주장하는데, 2000.12.29. 개정은 중소기업 유예기간이 반복적으로 적용되지 아니하도록 조문을 "최초 1회에 한하여”로 한 것이고, 2010.12.30. 개정은 최초 졸업 시부터 유예기간 4년을 보장하기 위하여 4년 동안에는 유예적용 횟수를 폐지하는 것으로 한 것이므로, 해당 개정취지의 근거로 "종전의 중소기업 졸업 횟수, 사유, 유예기간 적용배제와는 무관하게 법인설립 후 1회의 중소기업 유예기간을 적용하는 것”으로 해석하는 것이야말로 확대해석한 것이라 할 수 있다. 더욱이 청구법인은 2013사업연도에 독립성 기준이 충족되었으나, 매출액 기준을 초과하였으므로, 실질적인 조세감면 등의 혜택을 받지 못하였다고 하더라도 명백히 1회의 중소기업 유예기간을 적용받은 경우에 해당한다. (6) 청구법인이 제시한 예규 및 선결정례 등은 청구법인의 이 건 사실관계와 일치하지 아니하여 해당 예규 등을 청구법인의 사례에 적용할 수 없다. 청구법인은 심판결정례(조심 2021광3262, 2022.4.25.)를 제시하며 2015.1.1. 이후 최초로 중소기업에 해당하지 아니하는 경우부터 유예기간을 적용할 수 있다고 주장하나, 해당 사례는 중소기업이었던 기업이 2012.1.1. 관계기업제도 시행으로 "중기법 시행령 제3조 제1항 제2호 다목”에 따라 중소기업에 해당하지 않게 되었으나 유예기간 적용이 배제된 기업에 대한 것으로, 쟁점부칙조항을 적용받을 수 있는 경우인 반면, 청구법인은 관계기업제도 시행과 관계없이 이미 단독기업으로서 졸업기준을 초과하였고 "중기법 시행령 제3조 제1항 제2호 가목”의 상호출자제한기업집단에 속하게 되어 중소기업에 해당하지 않게 되어 중소기업 유예기간 적용도 배제되었으므로 동일한 경우로 볼 수 없다. 또한, 최근 심판결정례(조심 2024중1912, 2024.7.8.)에서와 같이 종전의 중소기업 졸업횟수, 사유, 유예기간 적용배제와는 무관하게 법인설립 후 1회의 중소기업 유예기간을 적용(유예기간 재차 적용은 불허)하도록 한 취지에서 "최초로 그 사유가 발생한 때”의 의미를 "중소기업 유예기간을 적용할 사유(매출액 규모기준 초과 등)가 발생한 때”로 해석한다 하더라도 청구법인의 경우 그에 부합하는 사업연도는 2013사업연도이므로 이미 중소기업 유예기간이 경과되었다. 한편, 청구법인은 국세청의 유권해석(국세청 법인세과-3038, 2008.10.23.)을 제시하였는데, 동 예규는 조특법 시행령 제2조 제1항 제3호에서 "실질적인 독립성이 중기법 시행령 제3조 제2호의 규정에 적합할 것”이라고 규정하고 있는 것에 대하여 2005.12.27. 중기법 시행령 제3조가 개정되면서 그 부칙에 경과규정을 두어 3년간 중소기업으로 보도록 함에 따라 경과규정을 적용받는 동안에는 중기법 시행령에 의한 중소기업으로서 조특법 시행령상 독립성 기준 미충족으로 보지 아니하여 중소기업으로 인정한 것인바, 이는 독립성 기준을 미충족한 법인이 중소기업 유예기간 적용이 배제되었다가 독립성 기준 충족 시 그 적용이 가능하다는 것이 아니며, 해당 부칙에 따르더라도 상호출자제한기업집단에 속하는 회사는 경과규정 적용대상에 해당하지 않는다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 설립 후 중소기업 유예기간을 적용받지 않은 청구법인이 독립성 기준이 해소된 이후 중소기업에 해당하였다가 2021사업연도에 다시 매출액 규모기준을 초과하여 비중소기업이 된 경우도 중소기업 유예기간이 적용되어야 한다는 청구주장의 당부 나. 관련 법령 (1) 조세특례제한법 시행령(2015.2.3. 대통령령 제26070호로 개정되기 전의 것) 제2조【중소기업의 범위】① 「조세특례제한법」(이하 "법”이라 한다) 제5조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업”이란 작물재배업, (중략), 도서관ㆍ사적지 및 유사 여가 관련 서비스업(독서실 운영업은 제외한다)을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업”이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상 또는 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다. 1. 상시 사용하는 종업원수ㆍ자본금 또는 매출액이 업종별로 「중소기업기본법 시행령」 별표 1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 "중소기업기준”이라 한다) 이내일 것 3. 실질적인 독립성이 「중소기업기본법 시행령」 제3조 제1항 제2호에 적합할 것. 이 경우 「중소기업기본법 시행령」 제3조 제1항 제2호 나목에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외한다)를 포함하며, 같은 영 제3조 제1항 제2호 다목을 적용할 때 "별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는”은 "「조세특례제한법 시행령」 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는”으로 본다. ② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각 호 외의 부분 단서에 해당되거나 동항 제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간(이하 이 조에서 "유예기간”이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다. 1. 「중소기업기본법」의 규정에 의한 중소기업 외의 기업과 합병하는 경우 2. 유예기간 중에 있는 기업과 합병하는 경우 3. 제1항 제3호의 규정에 의한 기업 외의 기업에 해당되는 경우 4. 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우 (2) 조세특례제한법 시행령(2015.2.3. 대통령령 제26070호로 개정된 것) 제2조【중소기업의 범위】① 「조세특례제한법」(이하 "법”이라 한다) 제5조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업”이란 (중략) 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업”이라 한다)을 말한다. 다만, 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다. 1. 매출액이 업종별로 「중소기업기본법 시행령」 별표 1에 따른 규모 기준( "평균매출액 등”은 "매출액”으로 보며, 이하 이 조에서 "중소기업기준”이라 한다) 이내일 것 3. 실질적인 독립성이 「중소기업기본법 시행령」 제3조 제1항 제2호에 적합할 것. 이 경우 「중소기업기본법 시행령」 제3조 제1항 제2호 나목의 주식 등의 간접소유 비율을 계산할 때 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외하며, 「중소기업기본법 시행령」 제3조 제1항 제2호 다목을 적용할 때 "평균매출액 등이 별표 1의 기준에 맞지 아니하는 기업”은 "매출액이 「조세특례제한법 시행령」 제2조 제1항 제1호에 따른 중소기업기준에 맞지 아니하는 기업”으로 본다. ② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당되거나 같은 항 제1호 또는 제3호(「중소기업기본법 시행령」 제3조 제1항 제2호 다목의 규정으로 한정한다)의 요건을 갖추지 못하게 되어 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 해당 기간(이하 이 조에서 "유예기간”이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다. 1. 「중소기업기본법」의 규정에 의한 중소기업 외의 기업과 합병하는 경우 2. 유예기간 중에 있는 기업과 합병하는 경우 3. 제1항 제3호(「중소기업기본법 시행령」 제3조 제1항 제2호 다목의 규정은 제외한다)의 요건을 갖추지 못하게 되는 경우 4. 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우 부칙＜제26070호, 2015.2.3.＞ 제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.(단서 생략) 제2조(일반적 적용례) ① 이 영 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 법률 제12853호 조세특례제한법 일부개정 법률 시행 이후 개시하는 과세연도분부터 적용한다. 제3조(중소기업의 범위에 관한 적용례) 제2조 제1항의 개정규정은 법률 제12853호 조세특례제한법 일부개정 법률 시행 이후 개시하는 과세연도분부터 적용한다. 제4조(중소기업 유예기간 적용에 관한 적용례) 제2조 제2항의 개정규정은 법률 제12853호 조세특례제한법 일부개정 법률 시행 이후 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 사유가 발생한 경우부터 적용한다. 제25조(중소기업 유예기간 적용에 관한 경과조치) 법률 제12853호 조세특례제한법 일부 개정법률 시행 전에 종전의 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 해당하거나 종전의 제2조 제1항 제1호의 기준을 초과한 기업에 대해서는 제2조 제2항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다. (3) 중소기업기본법 시행령(2014.4.14. 대통령령 제25302호로 개정된 것) 제3조【중소기업의 범위】① 「중소기업기본법」(이하 "법”이라 한다) 제2조 제1항 제1호에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다. 2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하지 아니하는 기업일 것 가. 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제14조 제1항에 따른 상호출자제한기업집단 또는 채무보증제한기업집단에 속하는 회사 나. 자산총액이 5천억원 이상인 법인(외국법인을 포함하되, 제3조의2 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외한다)이 주식 등의 100분의 30 이상을 직접적 또는 간접적으로 소유한 경우로서 최다출자자인 기업. 이 경우 최다출자자는 해당 기업의 주식 등을 소유한 법인 또는 개인으로서 단독으로 또는 다음의 어느 하나에 해당하는 자와 합산하여 해당 기업의 주식 등을 가장 많이 소유한 자를 말하며, 주식 등의 간접소유 비율에 관하여는 「국제조세조정에 관한 법률 시행령」 제2조 제2항을 준용한다. 1) 주식 등을 소유한 자가 법인인 경우 : 그 법인의 임원 2) 주식 등을 소유한 자가 1)에 해당하지 아니하는 개인인 경우 : 그 개인의 친족 다. 관계기업에 속하는 기업의 경우에는 제7조의4에 따라 산정한 평균매출액 등이 별표 1의 기준에 맞지 아니하는 기업 부칙＜제25302호, 2014.4.14.＞ 제1조(시행일) 이 영은 2015년 1월 1일부터 시행한다.(단서 생략) 제3조(중소기업 간주 범위 변경에 관한 특례) 제9조 제3호의 개정규정에도 불구하고 이 영 시행 전에 법 제2조 제3항 본문에 따라 중소기업으로 보는 기간에 있었거나 그 기간에 있는 기업이 이 영 시행 후 중소기업에 해당하게 되는 경우에는 이 영 시행 전에 중소기업으로 보았던 횟수에 관계없이 이 영 시행 후 1회에 한정하여 중소기업으로 볼 수 있다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인은 2021사업연도 법인세 신고 시 중소기업 유예규정에 따라 중소기업공제율(10%)을 적용하여 통합투자세액 등을 공제하였는바, 청구법인의 사업연도별 법인세 신고 내역은 아래 ＜표1＞과 같다. ＜표1＞ 청구법인의 법인세 신고 내역 ○○○ (2) 이후, 청구법인은 2022.8.3. 중소기업에 대한 고용증대세액공제 누락을 이유로 아래 ＜표2＞와 같이 2021사업연도 법인세 OOO원의 환급을 요구하는 경정청구를 제기하였고, 처분청은 이에 따라 2022.9.30. 청구법인에게 위 법인세를 환급하였다. ＜표2＞ 청구법인의 경정청구 내역 ○○○ (3) 조사청이 처분청에 대한 종합감사를 실시한 결과, 청구법인이 조특법 시행령 제2조 제2항 적용대상에 해당하지 아니한다고 지적함에 따라 처분청은 아래 ＜표3＞과 같이 통합투자세액공제 및 고용증대세액공제에 대하여 중견기업에 대한 공제율 및 공제금액을 적용하여 이 건 법인세를 경정ㆍ고지하였다. ＜표3＞ 이 건 법인세 부과 내역 ○○○ (4) 청구법인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 2001.12.20. 설립되어 철강재 제조업 등을 영위하는 업체로, 2010사업연도 매출액 OOO원으로 최초로 중소기업 규모기준(매출액 OOO원 이상)을 초과하여 중소기업에 해당하지 아니하게 되었으나, ㈜A가 2010.3.2. 청구법인의 지분 51%를 인수함으로써 상호출자제한기업집단에 속하게 됨에 따라 실질적인 독립성 요건을 충족하지 못하여 조특법 시행령 제2조 제2항에 따라 중소기업 유예기간을 적용받지 못하였고, 이후 ㈜A가 2013.4.19. 보유지분 전부를 대표이사 B에게 매각함에 따라 상호출자제한기업집단에서 제외되었는바, 청구법인의 주주현황은 아래 ＜표4＞와 같다. ＜표4＞ 청구법인의 주주현황 ○○○ (나) 청구법인의 사업연도별 매출액 및 중소기업 기준 충족 여부에 따른 법인세 신고 시 법인 종류는 아래 ＜표5＞와 같다. ＜표5＞ 사업연도별 매출액 및 중소기업 기준 충족 여부 ○○○ (5) 기획재정부 및 국세청이 발간한 간추린 개정세법과 개정세법 해설 등에 따르면 중소기업 여부에 관한 법령의 개정 취지 등은 다음과 같다. (가) 기획재정부가 발간한 2000 간추린 개정세법을 보면, 2000.12.29. 조특법 시행령 제2조 제2항에서 개정 전에는 규모의 확대 등에 의해 중소기업 기준을 초과한 후 유예기간 중에 다시 규모가 축소되어 중소기업 기준 이내에 포함되는 경우 다시 유예기간을 부여받게 되어 유예기간이 장기적으로 연장되는 불합리한 경우가 있어, 같은 법 동 조항을 개정하면서 이를 해소하기 위하여 유예기간은 1회에 한하여 부여하고, 동 개정 규정은 2001.1.1. 이후 최초로 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 분부터 적용하도록 하였다. 조특법 시행령＜제17034호, 2000.12.29.＞ 제2조【중소기업의 범위】② (중략) 최초 1회에 한하여 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3과세연도까지는(중략). 다만, 중소기업이 다음 각 호의 1의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니한다. 1. 중소기업기본법의 규정에 의한 중소기업 외의 기업과 합병하는 경우 2. 유예기간 중에 있는 법인과 합병하는 경우 3. 제1항 제3호의 규정에 의한 기업 외의 기업에 해당되는 경우 4. 창업일이 속하는 과세연도의 다음 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우 (나) 조특법 시행령 제2조 제2항은 중소기업 졸업유예기간 적용횟수 폐지 등 중소기업에 대한 지원제도 확대를 목적으로 2010.12.30. 대통령령 제22583호로 개정되었고, 특히 유예기간의 적용과 관련하여 종전 "최초 1회에 한하여”를 "최초로”로 개정되었으며 2011년 개정세법 해설에 나타나는 개정 취지는 다음과 같다.  (다) 국세청이 발간한 2011년 개정세법 해설에 따른 중소기업에 관한 중기법 시행령 등의 개정 연혁은 다음과 같다. 1) 조특법 시행령이 2012.2.2. 대통령령 제23590호로 개정될 때, 중기법 시행령이 개정(2009.3.25.)되어 중소기업 규모ㆍ졸업기준 판단 시 관계회사 간 합산하여 계산하도록 변경됨에 따라 조특법상 중소기업 규모ㆍ졸업기준 판단 시에도 관계회사 간 합산하여 계산하도록 하여 중소기업 범위에 대한 일관성을 유지하도록 조특법 시행령 제2조 제1항 제3호를 개정한 것으로 나타난다. 2) 위 개정 시 관계회사제도 기준 변경으로 인해 중소기업에서 제외되는 경우에도 규모기준 변경, 상호출자제한 기준 변경, 자산총액 5천억원 이상 법인의 직ㆍ간접 소유기준 변경 등의 경우와 동일하게 유예기간을 적용할 필요가 있어 중기법의 관계회사 기준 변경에 따라 중소기업에서 제외되는 경우에도 중소기업 유예기간(4년)을 적용하는 것으로 하였는바, 중기법 시행령상 중소기업의 독립성 기준에 관한 개정 연혁은 아래 ＜표6＞과 같다.  (라) 기획재정부가 발간한 2014년 간추린 개정세법 등에 따라 중소기업 유예기준 배제사유 등의 개정 연혁을 정리하면 다음과 같다. 1) 2015.2.3. 대통령령 제26070호로 개정된 조특법 시행령 제2조 제1항 및 제2항(유예기간)은 중기법 시행령 개정 사항(2014.4.14. 대통령령 제25302호로 개정되어 2015.1.1. 시행된 것)을 반영하여 중소기업 요건을 간소화하고 관계기업에 대해서도 중소기업 유예기간을 적용하는 것으로 개정되었다. 2) 위 개정 전 조특법 시행령 제2조 제2항(유예기준)에서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 졸업기준에 해당하지 않거나 규모기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 해당 기간이 경과한 후에는 과세연도별로 중소기업 해당 여부를 판정하도록 하면서 단서 규정을 두어 각 호의 사유에 해당하는 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하도록 하였는데, 이 건 개정으로 인하여 아래 ＜표8＞과 같이 조특법 시행령 제2조 제2항 제3호의 배제사유에서 관계기업이 제외되었다.  3) 위와 같이 중소기업 유예기간을 적용함에 있어서 개정 전에는 독립성 기준인 "중기법 시행령 제3조 제1항 제2호 가~다목 전부”를충족하지 못하는 경우 유예기간 적용이 배제되었으나, 이 건 개정으로 인하여 독립성 기준 중 "중기법 시행령 제3조 제1항 제2호 다목”에 해당하는 관계기업에 대하여는 매출액 등 합산 시 중소기업의 요건을 충족하지 못하게 된 경우에도 유예기간을 적용하도록 확대ㆍ개정된 것이므로, 중기법 시행령 제3조 제1항 제2호 가목 및 나목에 해당하는 경우에는 독립성 기준 도입 시부터 계속하여 중소기업 유예기간 적용을 배제하고 있다. 4) 한편, 위 중기법 시행령 부칙 제3조에서는 중소기업으로 보았던 기업이 중소기업이 되었다가 그 평균매출액 등의 증가 등으로 다시 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 2015.1.1. 전에 중소기업으로 보았던 횟수에 관계없이 2015.1.1. 이후 1회에 한정하여 중소기업으로 볼 수 있도록 정하고 있는바, 2015.2.23. 조특법 시행령 제2조 개정 전ㆍ후의 중소기업 범위 등을 비교하면 아래 ＜표9＞와 같다.  5) 또한, 위 조특법 시행령 부칙 제4조(쟁점부칙조항) 및 제25조는 다음과 같이 개정되었는바, 동 부칙 제4조는 제2조 제2항(중소기업 유예기간)의 개정 규정을 2015.1.1. 이후 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 사유가 발생한 경우부터 적용하도록 규정하고 있고, 동 부칙 제25조는 2015.1.1. 이전에 개시하는 사업연도에 중소기업의 규모기준 또는 졸업기준을 초과하여 중소기업에 해당하지 않게 된 기업의 경우에는 위 유예기준의 개정에도 불구하고 종전의 규정을 따르도록 규정하고 있다. (6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 처분청은 2015.2.3. 조특법 시행령 제2조 제2항 본문에서 "최초로 그 사유가 발생한 날”의 의미를 "최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 날”로 해석하여야 하는데, 청구법인은 이미 2010~2012사업연도 동안 독립성 기준을 위배하여 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 되었다가(매출액 규모기준도 2010~2013사업연도 동안 초과), 2019사업연도에 다시 매출액 규모기준을 초과하여 중소기업에서 배제된 것인 등 청구법인에게 2021사업연도에 중소기업 유예기간을 적용할 수 없다는 의견이나, 조특법 시행령 제2조의 주요 개정 이력을 보면, 2000.12.29. 중소기업 유예기간이 반복적으로 적용되지 아니하도록 유예기간을 "1회에 한하여” 부여하도록 개정되었고, 2010.12.30. 유예기간 중에 중소기업→일반기업→중소기업이 되는 경우 잔존 유예기간을 보장하려는 취지에서 "최초로”로 조문을 개정하였으며, 2012.2.2. 중소기업 규모ㆍ졸업기준 판단 시 관계기업과 합산하여 판단하도록 중기법 시행령이 개정된 것을 반영하였고, 2015.2.3. 관계기업 합산매출액 초과 시에도 유예기간을 적용하도록 완화하면서 부칙 제4조에서 2015.1.1. 이후 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 사유가 발생한 경우부터 적용하도록 개정되어 왔는바, 특히 2000.12.29. 및 2010.12.30.의 개정 내용에 따르면 이는 종전의 중소기업 졸업횟수, 사유, 유예기간 적용배제와는 무관하게 법인설립 후 1회의 중소기업 유예기간을 적용(유예기간의 재차적용은 불허)하도록 한 취지로 보이므로, 조특법 시행령 제2조 제2항 본문의 "최초로 그 사유가 발생한 날”은 최초로 중소기업 유예기간을 적용할 사유(매출액 규모기준 초과 등)가 발생한 때로 해석함이 타당한 점 (조심 2024중1912, 2024.7.8., 같은 뜻임) 등에 비추어, 청구법인이 종전에 중소기업 유예기간을 적용받은 사실이 없음에도 처분청이 유예기간 적용을 배제하여 법인세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. |
주제어 : 중소기업의 범위
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