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심사부가2025-9, 2025.05.14 기각
【제목】 관계회사에 자금을 지급하기 위한 거래구조에 따른 매입세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액 불공제는 정당함 (기각)
【세목】 부가가치세법 【구분】 심사청구
주제어 용역의 공급시기-일반적인 경우 관심주제어 등록

【주문】
  이 건 심사청구는 기각합니다.
【이유】
  1.처분개요
  
  가.청구법인은 2015.9.27. 설립되어 전자지급결제대행업을 영위하는 사업자로 사업장은 **호이다.
  
  나.청구법인은2021.7.9. ㈜A와 전자상거래서비스에 따른 전자결제와 관련하여 전자지불대행서비스를 제공하고 지불대행금액의 0.5%를 수수료(이하  "쟁점서비스수수료”라 한다)로 수취하는 「B페이 전자지불대행 표준 계약」(이하  "쟁점서비스계약”이라 하며, 문구에 따라  "쟁점서비스계약서”이라고도 한다)을 체결하고, 2021년 제2기 과세기간 중 쟁점서비스수수료 5,178,703,941원에 대한 매출세금계산서(이하  "쟁점매출세금계산서”라 한다)를 발급하였다.
  
  다.청구법인은 2021년 7월 ㈜C와는 ㈜C가 모집한 상점에 대하여 전자지불대행서비스를 제공하고 지불대행금액의 0.4%를 중개수수료(이하  "쟁점중개수수료”라 한다)로 지급하는 「B 전자 결제서비스 파트너 계약」(이하  "쟁점파트너계약”이라 하며, 문구에 따라  "쟁점파트너계약서”라고도 한다)을 체결하고, 2021년 제2기 과세기간 중 쟁점중개수수료 2,797,556,503원에 대한 매입세금계산서(이하  "쟁점매입세금계산서”라 하며, 쟁점 매출세금계산서와 함께  "쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하였다.
  
  라.처분청은 2024.4.29.부터 2024.9.2.까지 2021년 제2기 과세기간에 대한 부가가치세 세목별 조사를 실시한 결과, 2024.10.7 청구법인이 ㈜C으로부터 수취한 쟁점매입세금계산서를 실제 용역의 거래 없이 수취한 사실과 다른 세금계서로 보아 매입세액을 불공제하여 2021년 제2기 부가가치세 534,086,090원(부당과소신고가산세 111,902,260원, 납부지연가산세 58,509,299원, 세금계산서가공매입가산세 83,926,695원, 합계 254,334,254원 포함)을 경정ㆍ고지하였다.
  
  마.청구법인은 이에 불복하여 2024.12.5. 이의신청을 제기하였으며, D지방국세청장은 2025.2.6.  "청구법인이 0.5%를 ㈜A로부터 지급받아 0.4%를 ㈜C에 지급하는 거래구조는 ㈜A가 ㈜C에 자금을 지원하기 위해 설계된 것으로 봄이 상당하므로 청구법인을 통하여 ㈜C에 흘러간 0.4% 상당액은 용역의 제공에 따른 매입이 아닐 뿐 아니라 ㈜A에 대한 청구법인의 매출에도 해당하지 않는다 "며 ㈜A에 대한 매출을 재조사하라고 결정하였다.
  
  바.처분청은 2025.2.27.부터 2025.3.28.까지 재조사를 실시하여 청구법인이 ㈜C로부터 수취한 쟁점매입세금계산서에 상당하는 청구법인의 ㈜A에 대한 매출 2,797,556,503원을 과세표준에서 제외하여 2021년 제2기 부가가치세를 감액 경정(경정 후 잔액 139,877,825원)하였다.
  
  사.청구인은 이에 불복하여 2025.2.25. 이 건 심사청구를 제기하였다.
  
  2.청구법인 주장
  
  가.소위 PG라고 부르는 전자결제서비스와 관련되는 내용을 전반적으로 설명드린다.
  
  1)전자금융거래법은 전자상거래가 활성화되는데 따라 2007.1.1.에 최초 제정되었으며, 여러 번의 개정을 거쳐 2024.9.14.에 개정된 법률 제19734호가 현재 적용되고 있으며, 청구법인의 거래 등이 있던 시점에 적용된 법률은 2020.6.9. 개정된 법률 제17354호였다. 청구법인은 같은 법에 의하여 등록된 전자 금융업자이다.
  
  2)한편 전자금융업자들은 하단에 주로 가맹점 유치를 대가로 일정한 수수료를 받는 형태의 가맹모집업체를 대거 보유하고 있으며, 그 명칭은 회사마다 달라 파트너, 리셀러, 영업대행업체 등으로 부르고 있다. 청구법인은 내부적으로 이와 같은 업체를 파트너사로 지칭하며 관련 업종의 대형업체라 할 수 있는 ㈜E의 영업대행계약서를 증거로 제출한다. 해당 내용을 살펴보면 청구법인의 계약서와 대동소이한 내용을 가지고 있다.
  
  3)한편 이와 같은 가맹모집업체의 경우 *** 사태 등을 거치고 2024년 개정된 전자금융거래법에서는 전자금융거래법에 따른 전자금융업자로 등록되지 않은 자는 "가맹모집" 계약체결이 금지되었다. 전자금융거래법 시행령 개정안 주요 내용, 금융위의 해당 자료에서 확인할 수 있는데, 이를 역으로 해석하자면 본 거래가 있었던 2021년 당시에는 전자금융거래법상의 전자금융업자가 아닌 자도  "가맹모집” 계약을 하는 것이 합법적인 거래 형태였던 것을 알 수 있다.
  
  한편 이러한 "가맹모집" 계약체결과 관련하여서는 특수관계자 등에 관한 제약도 없어 대기업의 경우 오히려 관계사가 아닌 곳을 찾아보기 어려울 정도이다. 이 역시 *** 사태를 거치며 관련한 문제가 지적된 바가 있으나, 이의 개선은 현재도 논의 중인 단계에 불과하다. 또한 수수료에 대한 규제도 특별히 정해진 바가 없다.
  
  나.쟁점매입세금계산서는 실물 거래 없이 수취한 세금계산서가 아니라 실제 거래에 근거한 세금계산서이다.
  
  1)청구법인은 ㈜C과 쟁점파트너계약, ㈜A와는 쟁점서비스 계약을 체결하였으며, 그 내용에 따라 대금을 지급하였다. 계약서는 두 가지 모두 인쇄된 양식 형태의 계약서로 다른 업체들이 사용한 것과 동일하며, 특별히 다른 내용은 없다. 또 유사업체인 ㈜E의 계약서와도 거의 차이가 없다.
  
  2)대금지급과 관련하여 거래상대방의 사업자등록증을 확인하였으며, 정상적으로 세금계산서를 발급한 뒤 대금을 지급하였다. 또 매입처인 ㈜C이 추후에 부가가치세를 미납할 것이라는 인식을 전혀 하지 못한 상태로 거래를 하였다.
  
  3)처분청은 해당 거래가 비정상적이라고 주장하나 이에 대한 입증책임이 처분청에 있음(대법원 2011두220275)에도 이와 판련하여 아무런 입증을 하지 않았다. 오히려 타사 수수료율(F 1.8%, G 2.0%)를 보면, 최종적으로 ㈜A에 적용된 수수료율은 매우 저렴한 편에 속한다.
  
  4)처분청의 주장과 같이 ㈜C이 청구법인의 관계사 채무 상환을 위하여 과도하게 마진을 책정하였다면, 굳이 0.5%가 아닌 타사 수준의 2% 정도로 책정하였으면 채무를 금방 변제할 수 있었을 것이다.
  
  5)따라서 청구법인은 해당 거래와 관련하여 부가가치세를 탈루하거나 조세를 회피한 사실이 없다.
  
  다.처분청의 주장에 대해 다음과 같이 반박한다.
  
  1) "지불하지 못한 미지급한 금액에 대해 해당 회사가 아무런 청구를 하지 않는 점 등 실지 거래로 볼 수 있는 여지가 없다”는 주장에 대해 살펴보면 다음과 같다.
  
  가)㈜C과 체결한 쟁점파트너계약을 살펴보자면, 쟁점중개수수료는 ‘매출금액’을 기준으로 산정하되, ‘불량매출 및 매출취소’건은 제외하고 지급하도록 되어 있다. 관련 미수금은 청구법인이 해당 계약에서 ‘상점’에 해당하는 ㈜A의 정산대금이 정상적으로 입금되지 않은 등 ‘불량매출’로 인정 한데 따른 지극히 정상적인 조치이고, ㈜C의 청구권이 애초에 인정되지 않는 금액이라 할 것이다. ㈜C이 청구를 하지 않은 내심을 청구법인이 알 수는 없으나 이러한 청구권의 부재로 인한 것이 아닌가 추측할 뿐이다.
  
  나)한편 이와 같은 문구는 청구법인이 제출한 ㈜E 영업대행 계약서에도 다음과 같은 유사한 조항이 있다.  "신규 CP가 후발적인 사유로 제6조 제1항의 유효한 영업대행이 아닌 CP가 된 경우에는 ‘갑’은 ‘을’과의 협의에 따라 기 지급한 영업대행수수료를 환수할 수 있다.”고 정하고 있다. 즉 이는 관련 업종에서 아주 일반적이고 통장적인 계약 내용인 것이다.
  
  2) "정상적인 거래라면 청구법인이 ㈜A로부터 0.1%의 수수료만 수취하면 되는 구조”라는 주장은 전자금융사업자 관련하여 영업대행을 수행하는 업역을 부정하는 주장이다.
  
  가)리셀러, 파트너사 등의 명칭으로 다양한 영업대행을 하는 기업들이 있으며, 이는 당시로서는 합법적이고 정상적인 거래이다. 당연히 0.1%에서 이러한 파트너사 등의 마진을 가산한 금액이 최종적으로 ‘상점’에 부과되는 수수료이다. 무엇보다 이렇게 결정된 최종 0.5%의 수수료율이라는 것이 타사 대비해서도 매우 낮다. 각 사들의 수수료율은 고객에 따라서 다르고 그 세부 내역은 영업 비밀이라 정확히 알기는 어려우나, 홈페이지에 그 요율을 공개한 대표적인 국내 대형업체인 F와 G의 경우 본 건에 해당하는 계좌이체의 경우 각각 1.8%, 2%이다. 따라서 0.1%가 정당하다는 처분청의 주장은 현실과 너무 동떨어진 근거없는 이야기이다.
  
  나)더구나 이와 같은 요율이 비정상적으로 높다는 것은 청구법인이 아니라 처분청이 입증하여야 함에도 이렇게 기초적인 조사도 하지 않은 것은 과세처분이 대단히 신중하지 못하게 이루어졌음을 방증한다 할 수 있다.
  
  3) "청구법인과 ㈜C간 수수한 세금계산서는 실제 용역 등 제공이 없는 가공의 거래로 봄이 타당하다”는 주장은 전혀 터무니가 없다.
  
  가)쟁점파트너계약을 살펴보면, 파트너사인 ㈜C의 의무는 ‘상점’과 ‘회사’가 전자결제서비스에 관한 계약을 용이하게 체결하는 것 등이다. 즉 해당 계약은 다른 당사자 간에 계약이 체결되도록 하는 것을 내용으로 하는 ‘도급’계약으로 ㈜A와 청구법인이 계약을 체결하는 순간  "그 일이 완성된 것”(민법 제664조)으로 ㈜C은 추가적으로 제공할 용역이 없고, 청구법인은 추후 거래 내용에 따라 보수를 지급할 의무를 지게 된다. 이는 ㈜E의 영업대행계약서도 다음과 같이 유사한 내용으로 구성되어 있다.
  
  ②본 계약 상  "을”의 의무는 다음 각 호와 같다
  
  1. 영업대행을 통한 신규 CP의 수효 증대
  
  2. 영업대행을 통해 모집한 신규 CP에 관한 정보 제공
  
  3. 영업대행 중  "갑”에 대한 명예훼손행위 금지
  
  4. 영업대행을 통한 모든 신규 CP와의 계약 조건(정산주기 등)에 대해 "갑"과 사전 협의
  
  나)처분청이 주장하는 실제 용역은 계약 내용 이외에 추가적으로 어떤 용역이 더 필요하다고 주장하는지 모르겠으나, 있다면 이는 처분청이 그를 구체적으로 입증해야 할 책임이 있다고 할 것이다.
  
  라.D지방국세청장의 이의신청 결정에 대한 반박은 다음과 같다.
  
  1) "청구법인 주장대로라면 쟁점파트너계약의 ‘상점’은 ㈜A가 되어야 하는데, ‘상점’은 영업을 통하여 모집한 업체로 명시하고 있고, 상점의 개점은 일반적인 온라인쇼핑몰플랫폼상의 ‘가맹점’과 다르지 않은 것처럼 보이는 등 동 계약내용과 이 사건 거래형태가 일치하지 않는 점”이라는 판단에 관하여 살펴보면 다음과 같다.
  
  가)‘상점’은 ㈜A가 맞다. 전자금융업법에서는 관계사간 거래를 특별히 금하는 바가 없다는 내용은 앞서 자세히 설명한 바 있다. 따라서 ㈜A도 영업으로 모집한 업체이며, 관계사라는 이유로 영업으로 모집한 업체가 아닌 것으로 보는 것은 잘못이다.
  
  나)‘상점’의 개념이 일반 온라인쇼핑몰플랫폼과 다르지 않은 것 역시 맞는 말이다. 해당 계약이 일반적인 계약형태와 다르다는 것은 구체적으로 어떤 근거를 가지고 판단했는지 내용이 없어 알 수 없으나 해당 계약은 일종의 인쇄된 형태의 약관으로 다른 기업과 체결한 사항과 동일하다. 또 전술한 바와 같이 유사기업의 계약서 내용도 거의 유사하다.
  
  다)계약내용과 거래내용이 다르다는 내용 역시 앞서 자세히 반박한 바 있다.
  
  라)결론적으로 본 거래는 다른 온라인쇼핑몰 등의 거래와 다를 것이 전혀 없고, 계약 내용과 거래 내용이 일치하는 정상적인 거래이다.
  
  2)쟁점중개수수료는 ㈜C이 청구법인에게 ㈜A를 소개해 준 데 대한 소개비로 보기에는 이례적으로 큰 금액이라는 주장에 대해 다음과 같이 반박한다.
  
  가)기본적으로 대한민국은 사적자치의 원칙이 적용되는 국가이므로, 계약에 관하여 체결 여부, 대상, 내용, 방식 등을 강행법규에 반하지 않는 한 자유롭게 할 수 있다. 따라서 이를 부정할 명확한 법적 근거가 없는 한 원칙적으로 계약의 내용은 유효하다.
  
  나)「민법」 제104조에서는 현저하게 공정을 잃은 법률행위는 무효로 한다고 정하고 있다. 하지만 해당 조문을 근거로 주장하기에는 그 전제인  "당사자의 궁박, 경솔 또는 무경험”이 있지 않기에 성립하지 않는다. 따라서 수수료율이 과다하는 사정(청구법인은 이를 인정하지 않는다)만으로 계약 내용을 무효로 볼 수 없다.
  
  다)「부가가치세법」 제28조제4항에서는 부당행위계산부인 규정을 두고 있다. 하지만 동 규정을 주장하려면 특수관계인이 성립하여야 가능한데, 그렇지 않으므로 이와 같은 주장은 성립할 수 없다.
  
  라)대법원 판례(대법원 2011.12.22. 선고 2011두220275 판결)에서는 ‘거래의 관행상 정당한 사유가 없다는 점도 과세관청이 중명하여야 한다.’고 판시한 바, 이와 같은 수수료율이 정당하지 않은 것이라면 정당한 요율은 어떤 것이고, 왜 정당하지 않은지에 대해 과세관청이 증명을 해야 하나, 이에 대해 아무런 설명을 들은 바가 없다.
  
  마)무엇보다 최종적으로 적용된 0.5%의 수수료율은 과다하다는 주장과 달리 타사(F 1.8%, G 2.0%) 대비하여 매우 낮은 편이다. 따라서 ㈜C에 이익을 몰아줘서 관계사의 채권을 회수하기 위해 부당하게 높은 수수료율을 적용했다는 말은 성립하기 어렵다.
  
  바)계약도 유효하고, 세법상 해당 계약금액을 달리 볼 근거도 없고, 정상 계약이 무엇이며, 그와의 차이가 무엇인지 등에 대해 과세관청에서 증명한 바가 전혀 없으므로 해당 결정은 그 근거가 없다.
  
  3)㈜C은 청구법인 대표이사 H이 운영하는 ㈜J에 고액의 채무를 지고 있어, 재정적 문제가 있었던 것으로 보이고, ㈜J와 대표이사가 동일한 청구법인도 이를 잘 알고 있었을 것으로 추정되는 점.....(중략)... 쟁점 매입세금계산서에 대응되는 수수료는 ㈜C에게 지급되지 않고 ㈜J에게 지급되므로 ㈜C이 납부하여야 할 부가가치세 또한 ㈜C에 지급되지 않을 것이라는 것을 청구법인이 예측할 수 있었을 것으로 보이는 점에 대해 다음과 같이 반박한다.
  
  가)㈜C은 ㈜A에 대한 영업이 유일한 사업이 아니었다. 청구법인이 아닌 다른 전자금융업자의 영업대행업무도 수행해서 다수의 수수료를 수취하고 있는 것으로 알고 있었으므로 ㈜J에 대한 채무상환액을 제외하더라도 부가가치세 납부를 포함한 기업의 정상적인 운영에 필요한 자금은 충분히 지급할 수 있을 정도의 형편으로 생각했다.
  
  나)무엇보다 당시에 관계사인 ㈜A의 매출이 1조원을 넘어가는 등 적어도 당시에 청구법인은 관련 사업이 순항하고 있는 것으로 믿었으므로, 부가가치세 체납을 비롯한 운전자금 부족 문제가 발생할 것은 전혀 예상하지 못하였다. 관계사만 매출이 많고, ㈜C 법인 자체에는 수입이 적지 않겠냐는 주장이 있을 수 있으나 운전자금이라는 것이 매출액에 비하여 워낙 소액이라 필요하면 관계사 차입 등으로도 충분히 해결 가능한 수준이라 국세 체납 등은 전혀 생각하지 못하였다.
  
  다)결정적으로 만약 청구법인이 ㈜A와 ㈜C의 내부 자금 사정이 악화되어 세금 체납을 포함한 다수의 채무불이행이 일어날 것을 알았다면, 청구법인이 ㈜A에 선지급으로 인해 2021년 12월에 1,265,184,819원의 손실을 입었는데 이를 설명할 방법이 없다.
  
  라)따라서 청구법인이 ㈜C이 부가가치세를 체납할 것을 미리 알았다는 주장은 그 근거가 없으며, 청구법인은 체납의도를 알지 못한 상태, 즉 선의로 거래한 것이므로 매입세액 공제는 이루어져야한다 할 것이다(대법원 89누749).
  
  마.처분청 의견에 대한 항변자료
  
  1)쟁점매입세금계산서는 실물 거래 없이 수취한 세금계산서라는 의견에 대하여 다음과 같이 반박한다.
  
  가)처분청은 청구법인과 ㈜C의 채권ㆍ채무가 있었다는 이유로 해당 거래가 실물 거래 없이 수취한 세금계산서라고 주장하고 있다. 그러나 이는 거래의 동기 중 하나에 불과하고 해당 거래 자체가 실재하지 않았다고 볼 아무런 근거가 없다.
  
  나)처분청은 청구법인의 0.5% 수수료 중 0.4%는 이러한 채권회수를 위한 가공의 세금계산서이며 0.1%의 수수료를 적용했어야 한다고 주장한다. 그런데 최초 심사청구서에서 제출한 증거자료와 같이 유사한 서비스를 제공하는 대형사들의 적용 수수료는 2% 전후이며, 이런 회사들의 경우 은행들과의 협상력 등이 청구법인보다 우위에 있어 원가도 더 낮으므로 그 차액은 결국 마케팅이나 영업비용 등에 쓰인다고 보는 것이 타당할 것이다. 오히려 청구법인은 원가에 해당하는 0.1%가 아니라 대형사와 같은 2%를 받고 싶었지만, 여러가지 역량의 미비로 그러지 못하였던 것에 불과하다. 거래 가액의 정당성을 따질 때 가장 기본적인 유사사례 조사도 실시하지 않은 처분청의 주장은 기각되어야 한다 할 것이다.
  
  2)청구법인은 ㈜C에 대한 미지급금과 ㈜A에 대한 미수금에 대한 사후조치를 하지 않고 있으므로 실지거래로 볼 수 없다는 의견에 대하여 다음과 같이 반박한다.
  
  가)처분청은 ‘채권양수도계약을 주장하며’라고 기재하고 있으나, 청구법인이 ㈜C으로부터 수취한 세금계산서의 대금을 ㈜J에 직접 송금한 것은 법이 정한 요건을 갖추어 정상적인 ‘채권양수도계약’을 통하여 양수도된 채권이다.
  
  나)처분청은 ㈜J가 ㈜C에 남은 채권회수노력을 하지 않고 청구법인이 ㈜C에 미지급금을 추가지불할 계획이 없다고 주장하고 있으나, 계약상 불량매출에 대해서는 수수료 지급 의무가 없으므로, ‘미지급금’ 자체가 존재하지 않으므로 회수할 금원이 없다. 이와 같이 불량매출에 대해 수수료를 지급하지 않는 것은 다른 업체의 경우를 살펴봐도 너무나 통상적인 계약 내용인데, 이는 청구법인의 공모 사실 등을 증명하는 것이 아니라 다만 청구법인이 제출한 해당 계약서 내용을 살펴보지 않은 사실을 보여 줄 뿐이다. ㈜J가 ㈜C에 청구하지 않은 것은 본 건 거래가 있기 전에도 마찬가지로 해당 거래의 존부를 따지는 것과 전혀 무관하다.
  
  3)2021년 12월 전후 거래 현황은 다음과 같다.
  
  가)㈜A는 청구법인의 PG결제시스템을 이용하여 고객으로부터 금전을 수취하였다. ㈜A는 정산은행으로부터 자금의 전액을 직접 지급받았으며, 청구법인은 월간 거래 내역에 대한 정산(세금계산서 발부와 대금 지급을 묶어서 지칭)을 익월 초(매 10일 이전)에 받았으며, 그 내역은 다음과 같다. 즉 청구법인은 ㈜A로부터 수수료를 후불로 받았다. 한편 청구법인은 ㈜A와의 정산이 완료되는 시점에서 ㈜C과의 정산(세금계산서 발부와 대금지급을 묶어서 지칭)을 수행하였다.
  
  나)㈜A는 단기간에 폭발적인 거래대금 증가가 일어났으나 12월 중순부터 ㈜A가 일반 고객을 상대로 영업하는 시스템을 정지(시스템 정지는 영업정지로 이해해도 무방하다) 후 재개한 적이 있다. 그리고 12월말에 다시 시스템이 완전히 정지되었다.
  
  다)청구법인은 그 전까지는 정산이 되었으나 ㈜A가 영업을 멈춘 연말 이후에 도래하는 12월 매출에 대한 수수료와 관련하여 정상적으로 세금 계산서를 발급하였으나, 대금의 입금은 받지 못하였다. 따라서 이를 계약서상 불량매출로 간주하여 ㈜C에 관련 수수료 지급을 하지 않았으며, ㈜C도 관련된 세금계산서는 발급하지 않았다. 청구법인은 관련 매출액 12억원에 대하여 관련 부가가치세 및 법인세에 대한 납세 의무를 충실히 이행하였다.
  
  라)청구법인에서는 수수료 지급이 중단되어 당황하던 차, 2022년 5월에 청구법인으로 구로경찰서의 압수수색이 이루어져 비로소 일종의 폰지사기가 벌어졌다는 것을 인지하였다. 최초 청구법인도 일종의 공모 관계로 보고 수사가 이루어졌으나, 해당 수사는 혐의없음으로 종결되었으며 피의자인 ㈜A의 대표는 중한 처벌을 받은 것으로 알고 있다.
  
  마)처분청은 ㈜C 및 ㈜A와 청구법인이 공모하여 허위세금 계산서를 발급했다고 주장하나, 이는 다음과 같은 면에 비추어 볼 때 사실이 아니다.
  
  (1)사법기관에서 공모 혐의를 압수수색까지 해서 조사한 결과 혐의없음으로 불기소 종결되었다.
  
  (2)㈜A의 12월분 수수료에 대하여 청구법인은 약 12억원의 대손을 입었다. 이중 ㈜C의 중개수수료로 지급할 금원을 제외하더라도 청구 법인의 원가에 해당하는 은행 등에 지급한 수수료에 해당하는 대략 0.1%가 253,036,963원(부가가치세 25,303,690원)에 달하며 이는 모두 청구법인의 순손실이다. 이는 조세포탈의 공모 관계에서는 나올 수 없는 일이다. 상대가 세금체납을 할 정도로 재무상태가 나쁘다는 것을 알고 있으면서, 이와 같은 거액을 후불로 받는 계약을 한다는 것은 전혀 설명력이 없다.
  
  (3)처분청은 이와 같은 대손으로 해당 매출을 계약상 불량매출로 보아 ㈜C에 수수료 해당 금원을 지급하지 않은 사실을 공모의 증거로 주장하나, 오히려 수수료 해당 금원을 지급하고 세금계산서를 발급받을 경우 청구법인에는 세금계산서 발급액만큼 더 이익으로 이는 전혀 근거가 없는 주장이다. 이는 해당 금원이 실제 관계사 채권 상계로 쓰이므로 실제 현금 유출이 없고, 부가가치세 매입세액 공제만 추가로 발행하기 때문이다. 따라서 처분처의 주장과 같이 계약 내용에도 불구하고 정상적으로 수수료를 청구했다면 오히려 이것이 조세포탈의 공모의 증거라 할 수 있다.
  
  4)청구법인이 ㈜A로부터 0.1%의 수수료만 수취하는 것이 합리적 구조라는 의견에 대한 반론은 다음과 같다.
  
  가)0.1%는 청구법인 입장에서 원가에 해당하는 금액인데, 원가가 그렇다고 실제 요금을 그렇게 받아야 한다는 처분청의 주장은 실소를 금할 수 없는 황당한 이야기이다.
  
  나)앞서 설명한 바와 같이 유사한 거래의 수수료율이 2% 전후이고, 비교 업체들의 경우 규모의 경제로 인해 원가 경쟁력이 더 높은데, 그 업체들은 도대체 무엇이란 말인가? 처분청은 원가보다 마케팅 비용이 높은 것이 정상적이지 않은 거래라고 주장하고 있으나, 유사 사례를 볼 때 이는 전혀 특이하지 않은 상황이다.
  
  다)만약 처분청이 단지 수수료율의 크기를 기초로 이 거래가 정상적이지 않은 거래라고 판단한다면 처분청이 주장하는 정상적인 거래의 수수료율은 얼마인지 그 근거는 무엇인지 묻지 않을 수 없다.
  
  라)특히나 이와 같이 거래 가액의 크기를 가지고 논하기 위해서는 법인세법에서 정한 부당행위계산부인과 같이 뚜렷한 법적 근거가 필요한데, 처분청은 아무런 법적 근거 없이 단지 비정상이라고 우기고 있을 뿐인 위법, 부당한 행위이다. 이러한 황당한 주장의 배경에는 유사사례 같은 기초적인 조사조차 실시하지 않은 처분청의 불성실함 내지는 이미 과세하기로 결론 내리고 짜맞추기를 한 정황이라 할 수 있을 것이다.
  
  5)기타 내용은 다음과 같다.
  
  가)청구법인은 2025.2.6. 있은 경정결정과 관련하여 그 처분의 근거 및 이유에 대한 설명을 요청하는 공문을 2025.4.2. 제출하였으나, 현재까지 그에 대한 답변을 듣지 못하고 있는 상황이다.
  
  나)처분청이 제출한 의견서도 청구법인이 제출한 청구내용에 대한 반박이 아니라 그냥 최초의 주장을 재차 반복하는 것에 불과한 매우 부실한 내용이다.
  
  다)앞서 설명한 바와 같이 다른 PG사들의 수수료율에 대한 조사도 하지 않고 부당한 요율이라고 주장하거나, 청구법인과 ㈜A의 거래가 후불로 이루어져 도저히 거래 사실의 세금체납을 예상하였다고 보는 것이 불가능한 사실 등에 대해 반증은 고사하고 처음부터 제대로 된 조사조차 하지 않았다.
  
  라)이러한 일련의 내용을 볼 때, 처분청은 성실한 조사 끝에 상당한 근거를 가지고 과세를 결정한 것이 아니라 결론을 미리 내고 형식적인 조사를 한 것이 아닌가 하는 강한 의심을 가지지 않을 수 없다.
  
  6)결론
  
  가)쟁점세금계산서는 용역의 제공에 따른 정상 세금계산서이다.
  
  나)처분청의 주장대로 청구법인과 ㈜C 등이 공모관계였다면, ㈜A의 수수료 지급을 후불로 설정하여 청구법인이 직접적인 손실을 본다는 것이 전혀 설명되지 않는다. 처분청은 청구법인의 관계사 채권, 채무 관계라는 정황 이외에 세금계산서가 허위라는 아무런 입증을 하지 못하고 있는데 이는 대법원 판례(2011두220275)를 기준으로 볼 때 해당 세금계산서를 볼 수 없음이 명백하다 할 수 있다.
  
  다)해당 판례를 제외하고 보라도 이는 근거과세의 원칙에서 벗어나 심증만으로 과세한 위법, 부당한 처분이라 할 수 있다.
  
  바.심리자료 열람 후 추가의견
  
  1)채권회수를 위하여 거래를 하였다는 것은 거래의 동기에 불과하며 세금계산서가 허위인 것 내지는 용역이 실존하였는지를 판단하는 것과는 전혀 무관한 사항이다. 우리가 주변에서 편의점을 연다고 할 때 본사에서 지원금, 대여금 등을 지급하는데 그렇다고 편의점 프랜차이즈 용역이 없는 것은 아니며, 프랜차이즈 수수료로 창업 대여금을 갚아 나가는 것도 매우 일반적인 일이다.
  
  2)또한, 실제 현금 거래가 없었으나 기존 채무상환이 지속적으로 일어나고 있었던 사정을 볼 때 경제적 대가가 지급되고 있는 거래를 허위 거래라고 볼 근거가 없다.
  
  3)그 수수료율 등도 특수관계자 등의 사정으로 계산 부인을 하는 등의 사정이 있지 않는 한 부가가치세 계산에는 영향을 줄 수 없다. 한편 처분청이 0.1%의 수수료를 주장한 적이 없다는 주장은 거짓이다. 처분청은  "합리적 경제주체라면 청구법인이 ㈜A로부터 0.1%의 수수료만 수취하면 되는 것이다”라고 의견서에 기재하였다.
  
  4)처분청은 ㈜C과 ㈜A의 용역의 내용 및 그로 인한 채권 채무와 관련하여 혼동하고 있다. ㈜A와는 PG용역, ㈜C과는 영업대행(파트너계약)용역을 체결하였다. 현재 처분청이 주장하는 것은 ㈜C과의 용역과 관련한 세금계산서 부분이지 ㈜A와의 PG용역 관련 내용이 아니다.
  
  5)처분청 의견서에서  "청구법인과 ㈜A간 거래와 관련하여 12월 매출에 대한 수수료가 정상 발행된 세금계산서라면 응당 그에 대응되는 청구 대금에 대해 정상적인 추심 절차와 청구ㆍ독촉 절차를 진행하는 것이 정상적 채권 회수를 위한 노력”이라 하고 있는데, 이는 ㈜A와의 PG용역에 관한 채권인데 해당 채권에 대한 회수노력이 부족해 보인다는 것이 ㈜C과의 거래가 허위로 판단하는 근거인지 묻지 않을 수 없다. 더구나 대표이사가 현재 수감되어 있는 상태이고 회사가 사실상 실체가 없어지다시피 했는데 이런 상태에서 추심의 노력을 평가하는 것이 어떤 의미가 있는지 반문하지 않을 수 없다.
  
  6) 더구나 불량매출로 인식한다는 것은 해당 채권을 포기한다는 것이 아닌, 해당 시점에 ‘㈜C’에 지급할 채무가 발생하는지 여부를 가리는 기초에 불과한 것으로 추후 불량매출이 회수되면 그 시점에 당연히 지급할 채무가 발생하는 것이다. 이와 관련되는 세금계산서 미발행을 자인했다는 주장은 발행 의무가 있는 것을 전제로 하는 것이므로 잘못이다. 해당 시점에는 관련 채권, 채무가 발생하지 않았으므로 발행할 의무가 없다.
  
  7)독립된 사업자이므로 매출처 거래대금 회수가 대금 지급을 하지 않는 사유가 되지 못한다는 주장은 파트너계약서 특약과 같은 내용의 계약을 체결하지 않았을 때나 성립한다. 계약을 따르면 그에 따르는 것이 정상이다. 또 못 받을 것을 예상하여 세금계산서를 발행하지 않은 것이 아니라 정해진 날짜에 입금되지 않은 것을 확인하고 이루어진 일이므로 이는 허위의 주장이다.
  
  8)청구법인이 어떠한 손해도 보지 않았다는 주장은 거짓이다. 실제 청구법인은 ㈜A와의 거래에 있어, 은행 송금수수료 등을 자신의 부담으로 지급 하여야 하며, 2021년 12월에만 이와 관련하여 2.5억원 정도의 실제 손실을 입었다.
  
  9)청구법인은 재조사결과 통지는 받았으나 처분청이 그 감액의 근거를 밝혀 달라는 요청에 응하지 않고 있는데 이는 위법(국세기본법 제81조의12)이다. 이와 관련하여 감액 등의 법적 근거가 명확하지 않은 바 이를 감추기 위하여 위법을 무릅쓰고 해당 이유제시를 하지 않는 것으로 의심하지 않을 수 없다. 처분청이 주장하는 국세심사사무처리규정 제32조는 내부 규정에 불과하여 청구법인의 권리를 제한하는 근거가 될 수 없고, 따라서 이유제시 의무를 면하는 근거가 될 수 없다.
  
  10)대법원 판례(대법원 2011.1.20. 선고 2009두13474 판결)에서, 부가가치세 포탈을 통해 이익이 창출되는 것이 부가가치세법상  "비정상적인 거래”라고 보고 있는데, 본 건 거래는 처분청도 주장하는 바와 같이 부가가치세 탈루가 목적이 아닌 당초 채무상환이 목적이었으므로 ㈜C을 속칭 ‘자료상’으로 보는 것은 잘못이다. 즉 ㈜C 등은 선량한 사람들의 돈을 편취하는 ‘사기꾼’은 맞으나, 부가가치세 탈루를 목적으로 하는 ‘자료상’은 아니다. 사기를 치다가 원하는 바를 못 이루다 보니 부가가치세 탈루도 발생한 것이지, 당초부터 부가가치세 탈루를 목적으로 일을 벌인 정황은 어디에서도 발견할 수 없다.
  
  11)처분청은 ㈜C이 청구법인의 관계사와 대출금 채무가 있었다는 것 이외에 별다른 증거 없이 계속 거래가 정상이 아닌 것 같다는 일종의 의혹제시만 반복하고 있는 바, 근거과세의 관점에 입각하여 처분청의 부가가치세 부과 결정 처분은 취소되어야 한다.
  
  3.처분청 의견
  
  가.쟁점매입세금계산서는 실물 거래 없이 수취한 세금계산서이다.
  
  1)청구법인은 거래처인 ㈜C(K)과 ㈜C이 모집한 업체에 청구 법인이 전자지불대행서비스를 제공하면 그 대가로 전자지불대행금액의 0.4%의 쟁점 중개수수료를 청구법인이 ㈜C에 지급한다는 쟁점파트너계약을 체결하였다.
  
  2)또한 청구법인은 ㈜A(K)와는 전자지불대행서비스 제공 계약을 하고 지불대행금액의 0.5%를 쟁점중개수수료로 수취하기로 한 쟁점서비스 계약을 맺었다.
  
  3)하지만 위 두 계약은 청구법인의 대표이사인 H이 대표인 ㈜J가 ㈜C에 가지고 있던 대부 채권 2,744,285,220원의 원활한 회수를 위한 것으로 확인되었다.
  
  4)㈜C의 경영악화와 수입 저하 등의 이유로 ㈜J가 ㈜C에 가진 채권 회수가 불가능해지자 청구법인은 ㈜A로부터는 0.5%의 쟁점서비스 수수료를 수취하고 ㈜C에는 0.4%의 쟁점중개수수료를 지불하는 형식적 계약을 맺은 후 3자간 채권양수도라는 형식을 만들어 ㈜J의 채권 회수를 용이 하게 한 것으로 확인된다.
  
  나.청구법인은 매입처인 ㈜C에 대한 미지급금과 매출처인 ㈜A에 대한 미수금과 관련하여 조사 종결일에 이르기까지 어떠한 사후 조치도 하지 않고 있는 점 등으로 보아 실지 거래로 볼 수 없다.
  
  1)청구법인이 ㈜C으로부터 수취한 매입세금계산서 공급가액 2,797,556,503원(공급대가 3,077,312,153원)을 청구법인이 ㈜C에 지불하지 않고 채권 양수도계약을 주장하며 ㈜J에 직접 송금한 금액이 2,153,572,477원이다.
  
  2)이 후 조사 종결일까지 ㈜J는 청구법인이나 ㈜C에 남은 채권 금액과 관련하여 어떠한 회수 조치나 회수 노력을 기하지 않았으며, 청구법인 역시 남은 미지급금을 지불하지 않고 있고 추가 지불 계획이 없는 점 등 실지 거래로 볼 수 있는 여지가 없다.
  
  3)청구법인은 2021.7.1.부터 2021.12.31.까지 약 1,045,295,283,600원을 ㈜A에게 전자지불대행서비스를 제공했으며, 동 서비스 제공 대가로 쟁점서비스수수료 0.5%인 5,226,476,418원(공급대가 5,749,124,059원)의 세금계산서를 발급하고 동 대금지급요청하였으나, ㈜A는 2,500,168천원만 지급하고 나머지 대금은 미지급하였다.
  
  3)이런 이유로 청구법인 역시 ㈜C에게 0.4%에 해당되는 세금계산서 4,181,181,134원을 수취하여야 하나 쟁점세금계산서만 수취하였으며, 관련 대금 역시 청구법인이 ㈜J에 지급한 2,153,572,477원이 전부임이 확인되었다.
  
  다.합리적 경제 주체라면 청구법인이 ㈜A로부터 0.1%의 수수료만 수취하면 되는 구조이다.
  
  1)H이 2024.8.21. 답변한 심문조서(이하  "1차심문조서”라 한다) 10p를 보면 H은 전자지불대행서비스 수수료가 0.1%라도 수익이 좋다고 진술하고 있다. 또한 ㈜A와 ㈜C 대표인 K가 이런 사업 아이템을 개발하였고 K의 지시에 따라 ㈜A에는 0.5%의 쟁점서비스수수료를 청구하고 ㈜C에는 0.4%의 쟁점중개수수료를 지급한 것으로 확인된다.
  
  2)정상적인 거래라면 청구법인이 ㈜A로부터 0.1%의 수수료만 수취하면 되는 구조이나, ㈜C의 ㈜J에 대한 채무변제를 용이하게 하기 위해 청구법인과 ㈜A간의 수수료율을 0.5%로 설정하고 이 중 0.4%를 ㈜C에 지급하는 계약을 만들고 청구법인은 추후 동 대금을 ㈜C에 지불하지 않고 ㈜J로 지불하였다.
  
  3)또한 청구법인은 ㈜A로부터 0.5%의 수수료 수취와 ㈜C에 0.4%의 수수료 지급이 합리적인 경제주체로서의 정상적인 경제활동이라 주장하지만,
  
  가)통상적인 경제관념에 비추어 보더라도 인적ㆍ물리적 형태를 갖추고 실질적ㆍ전체적 업무를 수행하는 실지 경제주체인 청구법인보다 단 1회 거래로 쌍방을 소개해 준 대가로 ㈜C이 받는 소개수수료가 청구법인의 수익에 비해 400%나 된다는 것은 청구법인이 주장하는 정상적인 경제관념에 비추어 보아도 크게 벗어나는 행태이다.
  
  나)따라서 청구법인의 쟁점세금계산서는 용역의 제공에 따른 정상 세금 계산서라는 청구주장은 이유가 없다.
  
  라.청구법인 항변에 대한 보충의견
  
  1)쟁점매입세금계산서는 실물 거래 없이 수취한 세금계산서가 아니라는 반박에 대하여
  
  가)청구법인의 대표이사 H은 조사 진행 중 2024.8.21. 작성한 1차 심문조서에서 H이 대표이사인 ㈜J가 ㈜C에 가진 채권을 원활히 회수하기 위해 K가 대표인 ㈜A에 0.5% 수수료 계약을 하고, 또한 K가 대표인 ㈜C에 0.4% 수수료 계약을 한 것이라 진술하고 있다.
  
  나)처분청은 청구법인이 ㈜A, ㈜C과 맺은 0.5%와 0.4%의 수수료 계약과 관련하여 청구법인이 순액인 0.1%의 수수료를 적용해야 한다고 주장한 바 없다.
  
  다)처분청은 오히려 청구법인 대표이사 H이 진술한 바와 같이 왜 K와 0.5%와 0.4% 수수료 계약을 하였는지에 대해 질문을 하였으며 명확한 수수료율에 대한 산정 근거를 제시받지 못하였다.
  
  2)청구법인은 ㈜C에 대한 미지급금은 지급할 의무가 없고, ㈜A에 대한 미수금 자체가 존재하지 않는다는 반박에 대하여
  
  H은 1차심문조서(p12, p13)에서 청구법인이 ㈜A로부터 0.5%의 쟁점서비스수수료를 받은 후, ㈜C에 0.4%의 쟁점중개수수료를 지불하여야 하나, 청구법인은 0.4% 수수료를 ㈜C에 지불하지 않고 채권양수도 계약을 이유로 ㈜J로 지급하였으며 이는 ㈜J가 ㈜C에 가진 채권 회수를 용이하게 하기 위함이라는 점을 인정하고 있다.
  
  3)청구법인은 ㈜A가 영업을 멈춘 연말 이후 도래하는 12월 매출에 대한 쟁점서비스수수료와 관련하여 정상적으로 세금계산서를 발급하였으나, 대금의 입금은 받지 못하였다. 따라서 이를 계약서상 불량매출로 간주하여 ㈜C에 관련 수수료 지급을 하지 않았으며, ㈜C도 관련된 세금계산서를 발급하지 않았음을 자인하였다.
  
  가)먼저 청구법인과 ㈜A간 거래와 관련하여 12월 매출에 대한 수수료가 정상 발행된 세금계산서라면 응당 그에 대응되는 청구 대금에 대해 정상적인 추심 절차와 청구ㆍ독촉 절차를 진행하는 것이 정상적 채권 회수를 위한 노력이라 할 것이다. 매출처가 대금을 지불하지 못한다는 이유로 이를 단순 불량매출로 인식하고 채권을 포기하는 것은 정상 사업을 운영하는 일반 사업자 로서는 있을 수 없는 일일 것이다.
  
  나)또한 청구법인과 ㈜C의 거래와 관련하여서도 청구법인과 ㈜A, ㈜C은 엄연히 각기 독립된 법인격의 사업자이다. 청구법인이 매출처 로부터 거래대금을 회수하지 못한 사유가 청구법인이 매입처에게 대금을 지불하지 못하는 사유가 될 수 없으며, 매입처 또한 정상적인 용역의 제공이 완료 되었음에도 불구하고 대금 정산을 못 받을 것을 예상하여 용역에 대응되는 세금계산서를 발행하지 않는다는 것 역시 절대 정상적인 거래 형태라 할 수 없을 것이다.
  
  다)청구법인은 ㈜A와의 수수료 수령계약을 후불로 설정하여 청구법인이 직접적인 손실은 본 것이 설명되지 않는다고 주장을 하지만,
  
  청구법인은 채권 회수를 위한 어떠한 조치도 하지 않았으며 설령 ㈜A에게 매출 대금을 회수하지 못해 손실을 봤다고 가정하더라도 이를 이유로 매입처인 ㈜C에도 대금을 지불하지 않았기에 어떠한 손해를 본 사실도 없다는 논리가 된다.
  
  4)D지방국세청장의 2025.2.6.의 결정은 이의신청에 따른 재조사 결정이다. 국세심사사무처리규정 제32조에 따르면 이의신청에 따른 재조사를 실시한 후, 재조사 결정일로부터 60일 이내에 「이의신청 결정에 따른 처리결과 통지」(별지 제 17호 서식)에 의해 처리결과를 통지할 것으로 명시되어 있다. 이에 따라 2025.3.31. 결과통지를 하였다.
  
  5)결어
  
  쟁점세금계산서는 청구법인과 ㈜C간 용역의 제공 없이 청구법인 대표이사인 H이 대표인 ㈜J가 ㈜C에게 가진 채권을 용이하게 회수하기 위해 수수한 거짓 세금계산서이다.
  
  가)청구법인은 매출처인 ㈜A에 매출세금계산서를 발행하였으나 정상적인 대금 회수가 되지 않아 부실채권으로 처리하고 청구법인이 손해는 봤지만 어떠한 회수 노력도 하지 않고 당 손해를 모두 감례했다고 주장하며,
  
  나)매입처인 ㈜C에는 매출처인 ㈜A로부터 매출 대금을 받지 못했기 때문에 매입 대금도 지급할 수 없었고 대금을 지급하지 못했기 때문에 ㈜C은 정상적인 용역을 제공하였지만 세금계산서를 발행하지 않았고 청구법인도 세금계산서를 수취하지 않았다고 주장하고 있다.
  
  다)이는 정상적ㆍ합리적 사고를 가진 일반 상거래에서는 결코 발생할 수 없는 거래 형태이다. 이러한바 청구법인과 ㈜C간 수수한 세금계산서는 거짓 세금계산서이며, 청구법인에게 고지한 부가가치세 가산세 139,877,825원에 대한 처분청의 결정은 정당한 결정이다.
  
  4.심리 및 판단
  
  가.쟁점
  
  용역의 제공이 없는 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입과 매출을 부인하는 것은 부당하다는 청구주장의 당부
  
  나.관련법령
  
  1)부가가치세법 제2조【정의】(2021.12.8. 법률 제18577호로 일부개정되기 전의 것)
  
  이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
  
  2. "용역”이란 재화 외에 재산 가치가 있는 모든 역무(役務)와 그 밖의 행위를 말한다. 용역의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
  
  2)부가가치세법 제11조【용역의 공급】
  
  ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.
  
  1. 역무를 제공하는 것
  
  3)부가가치세법 제32조【세금계산서 등】
  
  ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.
  
  1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭
  
  2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호
  
  3. 공급가액과 부가가치세액
  
  4. 작성 연월일
  
  5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항
  
  4)부가가치세법 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】
  
  ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
  
  2.세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급 가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다).(단서 생략)
  
  5)부가가치세법 제60조【가산세】
  
  ③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.
  
  1. 재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 세금계산서 또는 제46조 제3항에 따른 신용카드매출전표등(이하 "세금계산서등"이라 한다)을 발급한 경우: 그 세금계산서등에 적힌 공급가액의 3퍼센트
  
  2. 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서등을 발급받은 경우: 그 세금계산서등에 적힌 공급가액의 3퍼센트
  
  5. 재화 또는 용역을 공급하고 세금계산서등의 공급가액을 과다하게 기재한 경우: 실제보다 과다하게 기재한 부분에 대한 공급가액의 2퍼센트
  
  6. 재화 또는 용역을 공급받고 제5호가 적용되는 세금계산서등을 발급받은 경우: 실제보다 과다하게 기재된 부분에 대한 공급가액의 2퍼센트
  
  다.사실관계
  
  1)청구법인의 부가가치세 신고 등
  
  가)청구법인은 2015.9.27. 설립되어 전자지급결제대행업을 영위하고 있으며, 사업장은 ***호이다.
  
  나)청구법인의 2020년 제1기부터 2022년 제2기까지 과세기간의 부가가치세 신고내역은 다음과 같고, H은 2020.1.13. 청구법인의 대표이사로 취임하였으며, 2020.5.4. 상호변경하였다.
  
  <청구법인의 부가가치세 신고>(표 생략)
  
  다)청구법인의 2020사업언도 법인세 신고서상 주주현황은 다음과 같으며, ㈜A와 ㈜C의 대표이사인 K는 2020.12.31. 청구법인의 지분 70%를 ㈜M에 양도하였다.
  
  <청구법인의 2020사업연도 주주현황>(표 생략)
  
  라)㈜M은 2016.10.31. 설립되어 농수산물 도소매업을 운영하고 있으며, 2020.12.31. 현재 청구인과 청구인의 형이 지분 89.7%를 보유하고 있고, 이후 변동내역은 확인되지 않는다.
  
  2)㈜C의 부가가치세 신고 등
  
  가)㈜C은 2015.5.8. 설립되어 전자지급결재대행업을 영위하다가 2024.5.22. 직권폐업되었으며 대표이사는 K이다. ㈜C의 2021년 제2기 과세기간의 부가가치세 신고내역은 다음과 같으며 심리일 현재까지 납부한 사실은 확인되지 않는다.
  
  <㈜C의 부가가치세 신고>(표 생략)
  
  나)N세무서장은 2022.2.7.부터 2022.8.8.까지 ㈜C의 2021년 제2기 부가가치세 세목별조사를 실시한 후 ㈜C이 실물 거래 없이 청구법인에 세금 계산서 2,797,556,503원을 발급한 것으로 보아 2022.10.13. 2021년 제2기 부가가치세를 경정하였다.
  
  다)㈜A는 2016.1.4. 설립되어 포인트마일리지 사업을 영위하다가 2022.9.19. 직권폐업되었으며 대표이사는 K이다. ㈜A의 2021년 제2기 과세기간의 부가가치세 신고내역은 다음과 같으며 심리일 현재까지 납부한 사실은 확인되지 않는다.
  
  <㈜A의 부가가치세 신고>(표 생략)
  
  라)청구법인과 ㈜C, ㈜A의 2020년 제1기부터 2022년 제2기 까지 과세기간의 세금계산서 발급 및 수취 내역은 다음과 같다.
  
  <청구법인 → ㈜C 등 세금계산서 발급 및 수취>(표 생략)
  
  3)청구법인의 쟁점서비스계약 등
  
  가)청구법인은 2021.7.1. ㈜A와 쟁점서비스계약을 체결하였으며, 계약상 ‘자금이체 출금수수료’로 기재되어 있는 쟁점서비스수수료는 ‘출금 금액의 0.5%’로 약정하고 있다.
  
  나)청구법인은 2021년 7월(일자 미상) ㈜C과 쟁점파트너계약을 체결하였으며, 계약상 ‘영업대행수수료’로 기재되어 있는 쟁점중개수수료는 0.4%로 약정하고 있다.
  
  4)청구법인에 대한 당초 부가가치세 조사
  
  가)처분청은 2024.4.29.부터 2024.9.2.까지 청구법인의 2021년 제2기 과세 기간에 대한 부가가치세 세목별 조사를 실시하였으며, 처분청이 2024.8.21. 청구법인의 대표이사인 H과 작성한 1차심문조서의 주요 내용은 다음과 같다.
  
  (1)청구법인의 실제 사업장은 서울이며, 사업장을 서울로 옮기면 과밀지역 입주에 대한 과태료 4천만원 정도를 부담하게 되어 **에 사업장을 두고 있다.
  
  (2)청구법인이 대랑결제시스템을 통해 이체해 주는 자금은 월 100억원 규모이며 수수료는 0.1%∼0.2% 정도이다.
  
  문 : 현재 ㈜B은 정상 사업을 영위 중입니까? 영위 중이라면 어떤 사업을 하고 있습니까?
  
  답 : 지금 현재도 ㈜B은 pg사업을 영위중입니다.
  
  문 : 지금은 ㈜B이 가맹점으로부터 대금을 수령하고 대량결제시스템을 통해 이체해 주는 자금이 월 얼마 정도 됩니까?
  
  답 : 약 100억원이 안되고 있습니다.
  
  문 : 위 100억원에 대한 수수료는 얼마인가요?
  
  답 : 약 0.1∼0.2% 정도입니다.
  
  (3)청구법인은 ㈜C에 지불할 용역대금을 ㈜J에 직접 지급하였다. ㈜J가 ㈜C에 채권을 가지고 있었기에 채권양수도계약에 따라 청구법인이 2021년 9월부터 2021년 12월까지 2,153,572,477원을 ㈜J에 대금을 지급하였다.
  
  문 : ㈜B은 ㈜C으로부터 쟁점매입세금계산서를 수취하고 이와 관련한 대금을 ㈜C에게 어떻게 지급하였습니까?
  
  답 : 위 쟁점매입세금계산서를 수취한 것과 관련한 대금은 ㈜J로 송금하였습니다.
  
  문 : ㈜C으로부터 수취한 매입세금계산서에 대한 대금을 왜 ㈜J로 송금하였습니까?
  
  답 : ㈜J가 ㈜C에 채권을 가지고 있었기에 ㈜B이 ㈜C에 지급할 대금을 양자간 채권양수도계약에 따라 ㈜B이 ㈜J에 대금을 지급한 것입니다.
  
  (중략)
  
  문 : 그렇다면 2020년 말 현재 ㈜J가 ㈜C에 가진 채권 잔액은 정확히 얼마입니까?
  
  답 : 2,744,285,220원이 맞습니다.
  
  문 : ㈜J가 ㈜C에게 가진 채권을 ㈜B이 ㈜C을 대신하여 ㈜J에 지급한 이유가 무엇입니까?
  
  답 : ㈜B이 ㈜C에 지불해야 할 대금이 있었지만 ㈜J와 ㈜C, ㈜B간 체결한 양수도 계약으로 인해 ㈜B이 ㈜J에 자금을 지불 하였습니다.
  
  문 : ㈜J가 ㈜C에 가지고 있던 채권에 대한 회수가 어려워지자 ㈜B과 ㈜C 간 이루어진 거래에 따른 대금 수수 관계에 있어 ㈜C이 ㈜B에 용역을 제공하고 받을 대금을 ㈜C을 대신하여 ㈜J가 대금을 수령하였다는 말입니까?
  
  답 : 예 그렇습니다.
  
  문 : ㈜J가 ㈜C에게 가지고 있던 채권 잔액 2,744,285,220원 중 얼마를 ㈜C을 대신해 ㈜B이 지불하였습니까?
  
  답 : 당초 소명한 내용과 같이 2021.9월경부터 2021.12월까지 7회에 걸쳐 공급대가로 2,153,572,477원을 송금하였습니다.
  
  (4)㈜J는 ㈜C으로부터 받지 못한 채권 366,632,797원을 대출금 잔액으로 보유하고 있으며, ㈜C의 대표 K가 구속중이라 추가조치를 할 수 없었다.
  
  문 : 그렇다면 2,744,285,220원과 2,153,572,477원의 차액 590,712,743원은 2021년 기말 현재 어떤 상태로 남아 있습니까?
  
  답 : 미수금 잔액으로 남아 있을 겁니다.
  
  (중략) 590,712,743원 중 신용카드매출취소로 224,079,946원의 채권이 소멸되고 최종 366,632,797원이 된 과정 설명
  
  문 : 위 남은 채권 366,632,797원과 관련하여 아직 미회수 잔액이 있습니까 있다면 현재 회수 노력은 어떻게 하고 있으며 없다면 언제 어떻게 회수하셨습니까
  
  답 : 회수한 적이 없으니 미회수 채권으로 남아 있습니다. ㈜C도 없어지고 K 대표도 구속 중이라 제가 할 수 있는게 없습니다.
  
  (5)청구법인이 ㈜A로부터 대금을 받지 못하여 ㈜C에 지급하지 않은 금액은 7억원이다.
  
  문 : ㈜B이 ㈜C에 지급해야 할 대금이 얼마입니까?
  
  답 : 세금계산서 수취금액인 공급대가로 3,077,312,155원입니다.
  
  문 : 위 금액 중 ㈜C에 지불하지 않고 ㈜C을 대신하여 ㈜J에 지불한 금액은 공급대가로 2,153,572,477원이 맞습니까?
  
  답 : 예
  
  문 : 그렇다면 3,077,312,155원과 2,153,572,477원의 차액 923,739,678원은 2021년 기말 현재 어떤 상태로 남아 있습니까?
  
  답 : 정확히 모르겠습니다. ㈜A로부터 대금을 못받아서 아직 ㈜C 에는 지급하지 않은 것으로 알고 있습니다.
  
  문 : ㈜B의 미지급금으로 남아 있던 위 923,739,678원은 아직 미지급 상태입니까? 아니면 다 지급한 상태입니까?
  
  답 : 아직 지급하지 않았습니다. 그렇지만 실제 지급하지 않은 대금은 9억여원이 아니라 7억 정도 미지급금이 남아 있습니다.
  
  문 : 9억원이 아니라 7억원입니까?
  
  답 : 신용카드 매출채권 취소와 변호사 비용 등으로 2억원을 상계하고 남은 것은 7억원 정도로 알고 있습니다.
  
  (6)청구법인은 ㈜A의 대표 K의 제안으로 청구법인, ㈜A, ㈜C간 거래가 시작되어 청구법인의 ㈜A로부터 0.5%의 쟁점서비스수수료를 수취하고 ㈜C에 0.4%의 쟁점중개수수료를 지급하게 되었다.
  
  문 : 위에서 서술한 바와 같이 ㈜B은 ㈜C으로부터 용역을 공급받고 이에 대한 대가로 매입세금계산서 5매 공급가액 2,797,556,503원을 수취하고 관련 대금 중 일부인 2,153,572,477원을 ㈜J에 지불하고 나머지는 지불하지 않았습니다. 이와 관련하여 당초 ㈜B과 ㈜C간에는 어떤 용역계약을 체결 하였습니까
  
  답 : ㈜B은 대량전자지급결제를 대행하는 서비스를 제공하는 업체입니다. 2021년에 ㈜C 대표 K가 ㈜A 대표를 겸하면서 ㈜A의 대량전자지급결제를 해야하는데 이를 도와주면 지급결제금액의 0.5%를 수수료로 준다고 하였으며 이에 대한 수수료로 ㈜C에 0.4%의 수수료를 줄 수 있냐고 해서 그렇게 시작된 것입니다.
  
  문 : ㈜B과 ㈜C, ㈜A의 관계를 자세히 설명해 주시겠습니까
  
  답 : 위에서 말씀드린 바와 같이 2019년부터 2020년까지 ㈜C은 ㈜J에 채무가 있었습니다. 하지만 여러 가지 이유로 ㈜C의 영업이 어려워지면서 ㈜C은 ㈜J 채무 상환이 어려워졌었습니다. 그런데 그 때 쯤 ㈜C과 ㈜A 대표인 K가 신규 사업 아이템을 개발하였고 이에 K는 ㈜B 대표인 저에게 ㈜B은 대량전자지급결제시스템을 가지고 있으니 ㈜A에서 발생된 자금을 ㈜B의 대량전자지급결제시스템을 이용하여 대량 송금해 주면 송금액의 0.5%를 수수료로 준다고 하였습니다. 그리고 이에 대해 ㈜A로부터 0.5%의 수수료를 받으면 ㈜C에 0.4%의 수수료를 내려주라고 하였습니다. 이에 저는 실제 0.1%의 수수료만 받아도 수익이 좋다고 생각을 했고 또한 ㈜C이 ㈜A에 ㈜B을 소개한 것이므로 이에 대한 수수료로 0.4%를 주는 것이라고 K가 얘기하여 제 입장 에서는 0.1%의 수수료도 상당한 수익이었기에 이를 마다할 이유가 없었습니다.
  
  문 : ㈜B의 신한은행(***) 및 하나은행(***) 계좌의 2021.10.18.부터 2021.12.31. 까지 계좌 거래내역을 보면 계좌 총 입금액 926,152,346,405원 중 ㈜A로부터 입금된 것으로 보이는 금액은 896,565,082,501원입니다. 동 ㈜A로부터 입금된 896,565,082,501원이 ㈜A에게 용역을 제공하고 계좌이체해 준 금액이 맞습니까
  
  답 : 예 맞습니다.
  
  문 : 위 896,565,082,501원에 대한 0.5% 수수료는 4,482,825,412원인데 진술인이 제출한 붙임 5 자료를 보면 ㈜A에 발행한 세금계산서 공급가액은 5,178,703,941원입니다. 두 수수료가 차이나는 이유가 무엇입니까
  
  답 : 아마 세금계산서는 2021년 7월부터 발행한 것이고, 계좌는 조사관님이 말씀 하신대로 2021.10.18.부터 거래내역이라 차이가 나는 것이라 생각됩니다.
  
  (7)청구법인은 ㈜C이 ㈜A를 청구법인에 소개해 준 것에 대한 수수료를 쟁점중개수수료로 지급하였으며, ㈜J가 ㈜C에 대하여 가지는 채권회수에 도움이 된다고 판단하였다.
  
  문 : ㈜B이 ㈜C으로부터 제공받은 용역은 정확히 무엇입니까
  
  답 : ㈜B이 ㈜C으로부터 제공받은 용역은 ㈜C이 ㈜A를 소개해 준 것에 대한 수수료입니다.
  
  문 : 자세히 설명 부탁합니다.
  
  답 : 위에서 말씀드린 바와 같이 ㈜C은 2020년 말에 ㈜J에 20여 억원의 채무가 있었습니다. 이에 ㈜J도 채권회수를 위해 다방면으로 노력하고 있었습니다. 그러다가 2021년에 K가 ㈜A를 통해 대량으로 자금을 전송할 사업이 있다고 했고 그 일을 ㈜B에서 가능했기 때문에 K가 ㈜C이 ㈜B을 ㈜A에 소개하는 형식으로 해서 일을 진행하자고 했습니다. 그래서 저는 비록 ㈜C과 ㈜A 대표 K가 동일하지만 정상적인 계약에 의해 ㈜A에 대량전자지급결제시스템을 제공하고 0.5%의 수수료를 받고, ㈜A를 소개해 준 ㈜C에 소개비 0.4%를 주는 계약이 아무 문제가 없다고 생각하고 이를 진행하였습니다.
  
  문 : ㈜C으로부터 지급받은 용역이 따로 있는 것이 아니라 ㈜A에 ㈜B을 소개해 준 소개비라는 말씀입니까
  
  답 : 예 그렇습니다.
  
  (중략)
  
  문 : ㈜B은 실제는 0.1%의 수수료만 받는 것인데 왜 굳이 ㈜A에 0.5%의 수수료를 받아 매출세금계산서를 발행하고, ㈜C에 0.4%의 수수료를 지불하고 매입세금계산서를 수취한 것입니까? 단순히 ㈜A와 0.1%의 수수료 계약만 하면 되는 것 아닙니까?
  
  답 : 실제로 ㈜B이 취하는 마진은 거래대금의 0.1%입니다. 저는 K와의 관계에서 철저히 을의 입장이었기에 K가 0.5%와 0.4% 수수료를 얘기했을 때 그대로 따를 수밖에 없었고 이렇게 하는 것이 ㈜J가 ㈜C에 대한 채권회수에도 도움이 된다고 생각했기 때문입니다.
  
  문 : 그렇다면 위에서 진술하신 내용과 같이 ㈜J의 채권회수를 원활히 하기 위해 ㈜C에게 수수료를 지불한 후, ㈜C이 수익이 발행하면 그 자금을 ㈜J가 회수한 것이 맞습니까?
  
  답 : 그렇게 볼 수 있습니다.
  
  문 : ㈜B이 ㈜A로부터 0.5%의 수수료를 받은 후 ㈜C에 0.4%의 수수료를 지불하고, 동 자금을 ㈜B은 ㈜C에 지불하지 않고 채권양수도 계약을 이유로 ㈜J로 지급한 것은 ㈜B이 ㈜J가 ㈜C에 가진 채권 회수를 용이하게 하기 위함으로 보이는데 아닙니까
  
  답 : 그 점도 맞습니다.
  
  문 : N세무서의 ㈜C에 대한 조사 결과 ㈜C이 ㈜B에 발급한 쟁점매입 세금계산서는 가맹점 모집 및 유지에 대한 업무대행수수료가 아닌 ㈜J의 채무를 상환하기 위한 거짓세금계산서로 확인되었으며, 동 조사자는 실제 ㈜B은 0.1%의 수수료만 받고 이에 따른 매출세금계산서를 발행하면 되나 굳이 0.5%의 수수료 계약을 체결하여 0.4%의 수익을 다른 업체에 내려주어 각 업체간 외형을 부풀릴 뿐만 아니라 0.4%의 수수료를 수령할 ㈜C의 대금을 자신이 대표인 ㈜J로 하여금 채권을 원활히 회수할 수 있게 하기 위한 것으로 보여지는데 진술인의 생각은 어떻습니까?
  
  답 : 외형을 부풀릴 필요는 이유는 없었습니다. 다만 ㈜B 입장에서는 0.1%의 수수료 수익이 발생하니 좋은 것이고 ㈜J 입장에서도 ㈜C에 대한 채권을 회수할 수 있었기 때문에 시작한 것입니다.
  
  나)처분청의 청구법인에 대한 2021년 제2기 부가가치세 조사결과는 다음과 같다.
  
  (1)청구법인의 대표이사인 H이 대표자인 ㈜J가 ㈜C에 가진 채권의 회수를 용이하게 하기 위하여 청구법인이 ㈜C으로부터 용역의 제공 없이 세금계산서를 수취한 것으로 보아 2024.10.7. 쟁점매입세금계산서의 매입세액 279,751,848원을 불공제하여 2021년 제2기 부가가치세 534,086,090원을 경정ㆍ고지하였다.
  
  (2)처분청은 2024.10.21. ㈜C으로부터 실제 용역의 공급없이 쟁점매입 세금계산서를 수취한 것에 대하여 청구법인과 대표이사 H을 「조세범처벌 절차법」 제10조제3항의 규정에 따라 P지방검찰청에 고발하였으며, 심리일 현재 추가 확인되는 사항은 없다.
  
  5)청구법인의 이의신청 및 재조사 등
  
  가)청구법인은 2024.12.5. 쟁점매입세금계산서의 매입세액 불공제는 부당(주위적 청구)하며, 쟁점중개수수료 상당액은 부가가치세 과세표준에서 제외(예비적 청구)되어야 한다며 이의신청을 제기하였고, 재결청(D지방국세청장)은 2025.2.6. 다음과 같이 청구법인을 통하여 ㈜C에 흘러간 0.4% 상당액은 용역의 제공에 따른 매입이 아니고 청구법인의 매출에도 해당하지 않으므로 ㈜A에 대한 매출의 감액여부를 재조사하라고 결정하였다.
  
  청구법인 주장대로라면 쟁점파트너계약(제3조  "회사(㈜B)는 파트너(㈜C)가 모집한 상점에 대하여 각 결제수단별 pg수수료를 적용하며”)의 ‘상점’은 ㈜A가 되어야 하는데, ‘상점’은  "영업을 통하여 모집한 업체(제1조)”로 명시되어 있고, 상점의 개념은 일반적인 온라인쇼핑플랫폼상의 ‘가맹점’과 다르지 않은 것처럼 보이는 등 동 계약내용과 이 사건 거래형태가 일치하지 않는 점, 쟁점중개수수료는 ㈜C이 청구법인에게 ㈜A를 소개해 준 데 대한 소개비로 보기에는 이례적으로 큰 금액이고, 그 소개받은 대가로 전체 매출 0.5% 중 0.4%의 수수료를 계속하여 지급한다는 것은 납득할 수 없는 점, 청구법인이 ㈜A로부터 0.5%를 지급받은 것은  "0.4%를 ㈜C에 내려주라”는 ㈜A K의 요청에 의한 것임을 처분청ㆍ청구법인 모두 인정하는 점, ㈜J(대표 H) 또한 청구법인(대표 H)을 통하여 ㈜C에 가지는 채권을 회수할 필요가 있었던 점 등을 종합하면, 청구법인이 ㈜C에 지급한 0.4%는 ㈜A가 청구법인을 통하여 ㈜C에 자금지원한 것으로 보일 뿐 정상적인 용역제공에 의한 대가라고 보기는 어렵다.
  
  청구법인이 ㈜C에 지급한 0.4% 상당금액이 용역의 대가가 아니라면 거액의 자금을 지급할 이유가 없고, 앞서 살펴본 바와 같이 청구법인이 0.5%를 ㈜A로부터 지급받아 0.45%를 ㈜C에 지급하는 거래구조는 ㈜A가 ㈜C에 자금을 지원하기 위해 설계된 것으로 봄이 상당하므로 청구 법인을 통하여 ㈜C에 흘러간 0.4% 상당액은 용역의 제공에 따른 매입이 아닐 뿐 아니라 ㈜A에 대한 청구법인의 매출에도 해당하지 않으므로 동 금액 상당액은 청구법인의 매출에서도 감액함이 타당하다고 판단된다.
  
  다만, 청구법인에 대한 2021년 제2기 부가가치세 세목별 조사는 수취자 조사로서 ㈜A에 대한 매출에 대한 조사를 이루어지지 않았으므로 2021년 제2기 과세기간의 청구법인의 ㈜A에 대한 매출을 재조사하여 쟁점매입세금 계산서 공급가액을 과세표준에서 차감함이 타당하다고 판단된다.
  
  나)처분청이 2025.2.27.부터 2025.3.28.까지 재조사를 실시하여 2025.3.17. 청구법인의 대표이사인 H과 작성한 심문조서(이하  "2차심문조서”라 한다)의 주요 내용은 다음과 같다.
  
  (1)청구법인이 ㈜A에 발급한 쟁점매출세금계산서는 일반가맹점 신용카드 매출정산용역(수수료 3.9%)과 쟁점서비스수수료와 관계된 펌뱅킹 대량 전자지급결제대행용역(수수료 0.5%)을 제공하였다.
  
  문 : 쟁점매출세금계산서는 정확히 어떤 재화나 용역을 제공하고 발급한 것인지 말씀해주시겠습니까?
  
  답 : ㈜B은 대량전자지급결제를 대행하는 서비스를 제공하는 업체입니다. 2021년에 ㈜A 대표 K가 ㈜C 대표를 겸하면서 ㈜A의 대량 전자지급결제를 해야하는데 이를 도와주면 지급결제금액의 0.5%를 수수료로 준다고 하였으며 이 거래에 대한 중개수수료로 ㈜C에 0.4%의 수수료를 줄 수 있냐고 하여 ㈜B 입장에서는 결과적으로 0.1%의 수수료 수익이 발생하므로 동 조건으로 계약하여 거래하게 되었습니다.
  
  문 : ㈜B이 ㈜A에 전자지급결제대행 용역을 제공하고 이에 대한 수수료 매출에 대하여 발행한 매출세금계산서)14매, 총 공급가액 5,226,476,418원 (수정취소 상계된 2매 포함)의 품목명을 보면 매출정산서비스 및 매출정산서비스(카드)(6매, 총 공급가액 47,692,584원)와 매출정산서비스(firm) 및 수납대행수수료(6매, 총 공급가액 5,178,783,834원)으로 구분되어 있는데 구분하여 발행한 이유를 설명해 주시겠습니까?
  
  답 : 네. ㈜A와의 전자지급 결제대행 계약 내용에 보면 수수료율 3.9%인 일반가맹점 신용카드 매출정산용역과 수수료율 0.5%인 펌뱅킹 대량 전자 지급 결제대행 서비스가 있습니다. 3.9% 수수료 매출 거래는 세금계산서 품목명을 매출정산서비스 및 매출정산서비스(카드)로 하여 발행하였고, 0.5% 수수료 매출 거래는 세금계산서 품목명을 매출정산서비스(firm) 및 수납대행수수료로 하여 발행하였습니다.
  
  (2)청구법인이 2021년 제1기 과세기간 중 ㈜A에 발급한 매출 세금계산서 14매, 5,226,476,418원을 유형별로 분류하면 다음과 같이 수수료율 0.5%인 쟁점매출세금계산서 5,178,783,834원의 점유비가 99.1%로 대부분이다.
  
  <쟁점매출세금계산서 품목별 세부 내역>(표 생략)
  
  (3)청구법인은 ㈜A에 대한 쟁점서비스수수료와 관련하여 ㈜C에 0.4%의 쟁점중개수수료를 지급하였으며, 청구법인은 2021년 12월부터 ㈜A에서 쟁점서비스수수료 중 2,901,525,458원(공급가액)를 받지 못하여 파트너 계약사 불량매출로 간주하여 ㈜C에 쟁점중개수수료 2,321,220,366원의 지급 의무가 없다고 주장하고 있으며, 관련 매입세금계산서도 수취하지 않았다.
  
  문 : ㈜B이 ㈜A에게는 전자지급결제대행 용역을 제공하고 0.5%의 수수료를 받고 매출세금계산서를 발행하고, ㈜C에게는 상기 거래의 소개비로 0.4%의 수수료를 주고 매입세금계산서를 수취했다는 말입니까?
  
  답 : 예 맞습니다. 다만 ㈜A가 12월부터 전자결제지급대행 용역 제공에 대한 수수료 매출세금계산서 발행금액을 입금하지 않아 부득이하게 ㈜C 에게 그에 상응하는 금액만큼 중개수수료를 지급하지 않았고 매입세금계산서도 수취하지 않았습니다.
  
  문 : ㈜B과 ㈜A와의 쟁점매출세금계산서 거래에 대한 대금 수취 현황에 대해서 말씀해주시겠습니까?
  
  답 : (거래대금 현황 자료를 제출하면서) 전자결제지급대행 용역을 제공하고 수수료 0.5% 상당액 5,178,783,834원(공급가액)의 매출세금계산서를 발행하여 부가세 포함 5,696,767,191원의 지급을 청구하였으나 ㈜A는 2,500,168,299원은 지급하고 나머지 잔액 3,191,678,004원(11월분 2,778,995,185원 중 978,995,185원 지급, 12월분 1,391,688,004원 전액 미지급)은 미지급하여 부득이하게 ㈜C에게 그 상응하는 금액을 입금하지 않았고 매입세금계산서 수취도 하지 않아 ㈜A에게 당해 거래의 소개비로 지급하고 수취한 매입세금 계산서는 총 공급가액 2,797,556,503원입니다.
  
  (4)청구법인의 대표이사인 H이 대표인 ㈜J는 ㈜C에 채권을 가지고 있었고, 0.1%의 수수료도 상당한 수익이며 ㈜J의 ㈜C에 대한 채권회수에도 도움이 된다고 생각하여 ㈜A, ㈜C과 거래를 하였다.
  
  문 : ㈜B과 ㈜C, ㈜A간의 거래관계를 자세히 설명해 주시겠습니까?
  
  답 : 2019년부터 2020년까지 ㈜C은 ㈜J에 채무가 있었습니다. 하지만 여러 가지 이유로 ㈜C의 영업이 어려워지면서 ㈜C은 ㈜J 채무 상환이 어려워졌었습니다. 그런데 그 때 쯤 ㈜C과 ㈜A 대표인 K가 신규 사업 아이템을 개발하였고 이에 K는 ㈜B 대표인 저에게 ㈜B은 대량전자지급걸제시스템을 가지고 있으니 ㈜A에서 발생된 자금을 ㈜B의 대량전자지급결제시스템을 이용하여 대량 송금해주면 송금액의 0.5%를 수수로로 준다고 하였습니다. 그리고 이에 대해 ㈜A로부터 0.5%의 수수료를 받으면 ㈜C에 0.4%의 수수료를 내려 주라고 하였습니다. 그리고 ㈜J가 ㈜C에 채권을 가지고 있었기에 ㈜B이 ㈜C에 지급할 대금을 양자간 채권양수도계약에 따라 ㈜B이 ㈜J에 대금을 지급하였습니다. 이에 저는 실제 0.1%의 수수료만 받아도 수익이 좋다고 생각을 했고 또한 ㈜C이 ㈜A에 ㈜B을 소개한 것이므로 이에 대한 수수료로 0.4%를 주는 것이라고 K가 얘기하여 제 입장에서는 0.1%의 수수로도 상당한 수익이었고 ㈜J의 ㈜C에 대한 채권회수에도 도움이 된다고 생각했기 때문에 이를 마다할 이유가 없었습니다.
  
  (5)청구법인은 ㈜A K의 의견에 따라 0.5%와 0.4%의 거래가 이루어졌고, 청구법인은 경제적으로 가장 유리한 선택을 하였다.
  
  문 : 위 거래에서 ㈜B은 실제는 0.1%의 수수료만 받는 것인데 왜 굳이 ㈜A에 0.5% 수수료를 받아 매출세금계산서를 발행하고, ㈜C에 0.4% 수수료를 지불하고 매입세금계산서를 수취한 것입니까. 단순히 ㈜A와 0.1%의 수수료 계약만 하는 되는 것 아닙니까?
  
  답 : 실제로 ㈜B이 취하는 마진은 거래대금의 0.1%입니다. 저는 K와의 관계 에서 철저히 을의 입장이었기에 K가 0.5%와 0.4% 수수료를 얘기했을 때 그대로 따를 수 밖에 없었고 이렇게 하는 것이 ㈜J의 ㈜C에 대한 채권회수 에도 도움이 된다고 생각했기 때문입니다.
  
  문 : 그렇다면 위에서 진술하신 내용과 같이 ㈜J의 채권 회수를 원활히 하기 위해 ㈜C에게 수수료를 지불한 후 ㈜C이 수익이 발생하면 그 자금을 ㈜J가 회수한 것이 맞습니까?
  
  답 : ㈜J가 자금을 회수한 것은 맞지만 단순히 ㈜J 자금회수 목적으로 거래를 했다기보다는 전체 거래구조가 ㈜B 입장에서 경제적으로 유리하고 세금탈세가 없는 거래구조라고 판단했기 때문에 거래에 응한 것입니다.
  
  문 : ㈜B이 ㈜A로부터 0.5%의 수수료를 받은 후 ㈜C에 0.4%의 수수료를 지불하고, 동 자금을 ㈜B은 ㈜C에 지불하지 않고 채권양수도 계약을 이유로 ㈜J로 지급한 것은 ㈜B이 ㈜J가 ㈜C에 가진 채권 회수를 용이하게 하기 위함으로 보인는데 아닙니까?
  
  답 : 그 점도 맞습니다.
  
  (중략)
  
  문 : ㈜B이 ㈜A로부터 0.5%를 지급받아 0.4%를 ㈜C에 지급하는 거래 구조는 ㈜A가 ㈜C에 자금을 지원하기 위해 설계된 것으로 봄이 상당하므로 ㈜C에 흘러간 0.4% 상당액인 총 공급가액 2,797,556,503원은 ㈜A에 대한 ㈜B의 매출에도 해당하지 않는 것으로 동 금액 상당액에 해당하는 매출세금계산서는 사실과 다르게 과다기 재 하여 발행한 것으로 보여지는데 귀하의 생각은 어떻습니까?
  
  답 : ㈜B은 영리를 추구하는 사업자이며 경제주체로서 경제활동을 할 대 경제적 목적을 달성하기 위해 여러 가지 법률관계 중 하나를 선택할 수 있고, 그 선택은 조세회피 목적이 없는 한 가장 경제적으로 유리하고 합리적인 법률관계를 선택하는 것이 정상적인 경제주체로서 당연한 결정이라고 생각합니다.
  
  다)이의신청 재조사결정에 따른 처분청의 부가가치세 조사 결과는 다음과 같다.
  
  (1)청구법인이 ㈜C으로부터 수취한 쟁점매입세금계산서 2,797,556,503원에 상당하는 청구법인의 ㈜A에 대한 매출 2,797,556,503원을 매출에서 제외하여 2021년 제2기 부가가치세를 감액경정(경정 후 잔액 139,877,825원)하였다.
  
  (2) 처분청은 2025.4.15. ㈜A에 실제 용역의 공급없이 매출 세금계산서 2,797,556,503원을 발급한 것에 대하여 청구법인과 대표이사 H을 「조세범처벌절차법」 제10조제1항의 규정에 따라 P지방검찰청에 고발하였으며, 심리일 현재 추가 확인되는 사항은 없다.
  
  6)청구법인이 제출한 영업대행계약서 및 압수수색검증영장 등
  
  가)청구법인이 쟁점서비스수수료 0.5%는 수수료율이 높은 편이 아니라고 주장하며 결제대행업을 영위하는 ㈜E의 영업대행계약서를 제출하였으며, ㈜E의 신용카드결제서비스 수수료는 2.4%, 휴대폰결제서비스 수수료는 3.8%이다.
  
  나)청구법인은 2022.6.14.의 Q법원에서 발급한 「압수수색검증 영장」 사본을 제출하였으며, 수색장소는 청구법인의 사무실로 기재되어 있고, 범죄사실 등을 요약하면 다음과 같다.
  
  (1)피의자 K 등은 R, S, ㈜A, T 등 관련 업체 임직원들로 R유사수신조직의 상위 사업자들인 그룹장, 팀장, 센터장들과 2021.9.25.부터 2021.12.14.까지 S홈페이지 및 전국 각지에 센터를 설치하고 투자설명회를 개최하는 등 온ㆍ오프라인을 통해 불특정다수인을 상대로  "전자지급결제대행 및 전자지갑 결제서비스 회사를 운영하는데 가맹점으로 가입하고 투자를 하면 3일이 지나 4일째 되는 날 원금과 4%의 수익금을 주겠다”,  "회사가 25년 되었고 지사만 7개 있으며 계열사까지 15개가 있다. 공과금 납부를 하는데 이것을 하면 4%의 이윤을 준다. 그리고 다른 사람을 소개하면 2대에 걸쳐 그 사람이 투자한 금액의 1%를 주겠다”,  "투자를 하면 3일이 지나 4일이 되는 날 원금과 이자 9%를 준다”,  "쇼핑몰도 운영하고 있고 여러 계열사가 있으며 회사에 돈을 입금하면 원금에서 수수료를 공제하고 3일 후 원금과 원금의 4%를 이자로 지급하겠다”,  "회사 계좌로 입금하면 그 계좌에 3일간 예치를 하고 3일 후 3%를 제외한 원금과 원금에 대한 이자 6%를 지급하겠다”,  "투자한 원금의 9%에 해당하는 리워드를 코인으로 지급하고 투자한 원금을 3일 후에 회원이 지정한 계좌로 입금이 안되는 현상은 절대 발생할 수 없기에 투자한 원금 손실이 없는 안정적인 서비스다”라고 사업 설명하였다.
  
  (2) 피의자들은 코인 제작 발행 외는 회사의 별도 수익 창출 사업이 없어 투자자들로부터 금원을 받더라도 그들에게 약속한 수익금을 지급하는 것은 불가능하여 결국 후 순위 투자자들로부터 수신한 투자금으로 기존 투자자들에게 투자금 전액 또는 이를 초과하는 금액을 순차적으로 지급해 줄 수 밖에 없다는 사실을 잘 알고 있었다.
  
  (3)그런데도 피의자들은 피해자들을 기망하고 이에 속은 피해자들로부터 공과금 등 납부 절차에 대한 투자금 명목으로 금액을 이체받아 투자금을 모집하였다.
  
  (4)피해규모가 상당하기에 범죄사실에 대한 혐의 입증자료를 확보하고자 피해자금 중 상당한 액수가 이체된 청구법인 사무실에 대하여 컴퓨터, 인터넷 서버 및 원페이시스템 등을 압수하여 객관적 증거자료 확보하고자 압수수색검증영장을 신청한다.
  
  라.판단
  
  1)관련 법리
  
  「부가가치세법」 제39조제1항제2호는 발급받은 세금계산서의 필요적 기재 사항의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있다.
  
  2)용역의 제공이 없는 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입과 매출을 부인하는 것이 부당한지에 대한 판단
  
  가)위 법리와 앞서 살펴본 사실관계 및 다음 내용으로 볼 때 청구법인이 ㈜C에서 수취한 쟁점매입세금계산서 2,797,556,503원은 용역의 제공이 없는 사실과 다른 세금계산서에 해당하고, 이 금액은 청구법인이 ㈜A에 제공한 매출에도 해당하지 않는 것으로 판단된다.
  
  (1)청구법인의 대표이사 H은 처분청과의 1차심문조서 및 2차심문 조서에서 쟁점파트너계약과 쟁점수수료계약은 ㈜A K의 요청에 의한 것이며, 이 거래를 통해 ㈜J의 ㈜C에 대한 채권회수에 도움이 될 것으로 판단하였다는 취지로 진술하였으며, 실제로 ㈜J는 ㈜C에 대한 채권 2,153,572,477원을 회수하였다.
  
  (2)H은 처분청과의 1차심문조서 및 2차심문 조서에서 청구법인이 대량 결제시스템을 통해 월 100억원 규모의 자금을 이체(㈜A와의 거래분 제외)하고 약 0.1%~0.2% 정도의 수수료를 받는다고 진술하였다.
  
  (가)청구법인이 제시한 신용카드 결제 관련 ㈜E의 수수료(2.4% 및 3.8%)는 청구법인이 ㈜A에 청구하는 매출정산서비스 3.9%와 비슷한 수준이며, 청구법인이 통장에 입금된 금액을 분할하여 계좌로 이체하는 쟁점서비스 수수료 0.5%와 비교 대상은 아닌 것으로 보인다.
  
  (나)청구법인이 ㈜A에서 0.5% 상당의 쟁점서비스수수료를 받아 ㈜C에 0.4% 상당의 쟁점중개수수료를 지급하는 형식을 취하였으므로 자금이체를 통한 청구법인의 실제 수수료 0.1%는 H이 진술하는 다른 업체에 대한 대량결제시스템의 수수료와 유사하다.
  
  (3)청구법인은 ㈜C이 청구법인에 ㈜A를 소개한 대가로 쟁점파트너계약에 따라 쟁점중개수수료를 지급하였고, 소개비를 지급하는 것은 일반적인 관행이므로 정당하다고 주장하고 있으나,
  
  (가)쟁점파트너계약 등의 과정에서 ㈜C이 청구법인에 어떤 용역을 제공하고 그에 따라 청구법인이 쟁점중개수수료를 지급하게 된 것인지 구체적으로 입증되지 않으며, K가 ㈜C과 ㈜A의 대표가 아니라면 청구법인이 쟁점파트너계약을 체결할 여지가 있었는지 불분명하다.
  
  (나)쟁점중개수수료는 소개비로 보기에는 이례적으로 큰 금액이며, 쟁점파트너계약 체결 이후 ㈜C이 청구법인에 추가 용역을 제공한 내용이 입증되지 않고 계약을 체결하였다는 사실만으로 소개비를 계속하여 지급할 사유가 있다고 인정하기 어렵다.
  
  (4)K의 제안으로 쟁점서비스계약 및 쟁점파트너계약이 이루어진 점, 타업체에 대한 대량결제시스템의 수수료가 0.1%~0.2%임에도 0.5%로 약정한 점, ㈜J가 ㈜C에 대한 대여금 채권을 보유하고 있었고 청구법인이 ㈜C을 대신하여 ㈜J에 쟁점중개수수료 상당액을 대신 지급하는 형식을 통해 실제로 채권을 회수한 점
  
  등에 비추어 보건대 ㈜A가 청구법인에 0.5%의 쟁점서비스수수료를 지급하고 청구법인이 ㈜C에 0.4%의 쟁점중개수수료를 지급하는 거래구조는 ㈜A가 ㈜C에 자금을 지원하기 위해 설계된 것으로 봄이 타당하므로 쟁점매입세금계산서 상당액의 용역거래가 있었다고 인정하기 어렵다.
  
  나)따라서, 처분청이 ㈜C에서 수취한 2021년 제2기 쟁점매입세금계산서 2,797,556,503원을 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하고 ㈜A에 대한 같은 금액의 매출을 감액한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
  
  5. 결론
  
  이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 「국세기본법」 제65조제1항제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
  
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