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제 목 중과세 대상이 아닌줄 알고 일반 과세로 신고 납부후 중과세로 재 신고시 농특세등 납부 여부
작성자 wis0**** 등록일 2025.04.09
상담분야 지방세 > 취득세 > 신·증축
관련 키워드 지방교육세
제조 중견기업입니다.
서울에 회사 건물을 신설했는데 중과세로 신고하지 않고 일반과세로 신고했습니다. 이에 취득세는 지방세법 11조 1항 3호에 의거 납부했고 농특세(농특세법 5조 1항 6호)와 지방교육세도 납부했습니다.
 그런데 과세 관청에서 중과세 대상으로 재 신고하라는 의견을 받았고 세금을 납부하려고 하는데, 취득세는 중과세를 적용해서 추가 신고 납부하면 되는데 기존에 납부했던 농특세와 지방교육세는 납부하지 않아도 되는 것 아닌가요? 별도로 또 납부하나요?

 
답변
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제 목 [답변] 중과세 대상이 아닌줄 알고 일반 과세로 신고 납부후 중과세로 재 신고시 농특세등 납부 여부 전동흔 상담위원 상담분야 지방세
등록일 2025.04.09

(1) 질의쟁점
아래의 사실관계에서 취득세는 중과세를 적용해서 추가 신고 납부하면 되는데 농특세와 지방교육세는 납부하지 않아도 되는 것 아닌가요? 별도로 또 납부하나요?
 
[사실관계] 제조 중견기업입니다. 서울에 회사 건물을 신설했는데 중과세로 신고하지 않고 일반과세로 신고했습니다. 이에 취득세는 지방세법 11조 1항 3호에 의거 납부했고 농특세(농특세법 제5조 제1항 제6호로) 와 지방교육세도 납부했습니다. 과세 관청에서 중과세 대상으로 재 신고하라는 의견을 받았고 세금을 납부하려고 함,
 
(2) 관련규정
[농어촌특별세법] 제3조(납세의무자) 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 이 법에 따라 농어촌특별세를 납부할 의무를 진다.
5. 「지방세법」에 따른 취득세 또는 레저세의 납세의무자
제5조(과세표준과 세율) ①농어촌특별세는 다음 각 호의 과세표준에 대한 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.
6호 : 지방세법 제11조 제12조의 표준세율을 100분의2로 적용하여 지방세법, 지방세특례제한법조세특례제한법 에 따라 산출한 취득세액 : 100분의 10
 
[지방세법] 제151조(과세표준과 세율) ① 지방교육세는 다음 각 호에 따라 산출한 금액을 그 세액으로 한다.
1. 취득물건(제15조제2항에 해당하는 경우는 제외한다)에 대하여 제10조의2부터 제10조의6까지의 규정에 따른 과세표준에 제11조제1항제1호부터 제7호까지와 제12조의 세율(제14조에 따라 조례로 세율을 달리 정하는 경우에는 그 세율을 말한다. 이하 같다)에서 1천분의 20을 뺀 세율을 적용하여 산출한 금액(제11조제1항제8호의 경우에는 해당 세율에 100분의 50을 곱한 세율을 적용하여 산출한 금액)의 100분의 20. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 목에서 정하는 금액으로 한다.
가. 제13조제2항ㆍ제3항ㆍ제6항 또는 제7항에 해당하는 경우: 이 호 각 목 외의 부분 본문의 계산방법으로 산출한 지방교육세액의 100분의 300. 다만, 법인이 제11조제1항제8호에 따른 주택을 취득하는 경우에는 나목을 적용한다.
 
(3) 검토 및 회신
농어촌특별세법 제3조의 규정에 의거 「지방세법」에 따른 취득세의 납세의무자는 농어촌특별세를 납부할 의무를 부담하고 동법 제5조 제1항 제6호의 규정에 따라 농어촌특별세는 지방세법 제11조 제12조의 표준세율을 100분의2로 적용하여 지방세법에 따라 산출한 취득세액의 100분의 10의 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 하는 것입니다. 또한 지방세법 제151조 제1항 제1호의 규정에 따라 취득물건(제15조제2항에 해당하는 경우는 제외)에 대하여 과세표준에 표준세율에서 2%을 뺀 세율을 적용하여 산출한 금액의 100분의 20를 적용하는 것입니다. 다만, 제13조제2항ㆍ제3항ㆍ제6항 또는 제7항에 해당하는 경우에는 (표준세율-2%)에 3배한 지방교육세액으로 하는 것입니다. 귀문의 경우 사실관계가 명확하지 아니하나 취득세가 중과세대상이라도 농특세는 중과세가 적용이 되지 아니하고 중과기준세율(2%)를 적용한 세액의 10%를 농어촌특별세로 납부하는 것이고 지방교육세의 경우 본점사업용 부동산 중과세대상인 경우라면 중과세대상이 아니라 표준세율에 중과기준세율(2%)를 공제한 세액이 되는 것이므로 중과세 적용대상이 아닙니다(끝)
 
2025년 핵심실무 지방세해설(전동흔 저)를 근거하여 참고용으로 설명하였으며 더 세부적인 설명이 필요한 부분은 아래의 참고문헌을 참조하기 바랍니다.
[참고문헌] 2025년 핵심실무 지방세해설(전동흔 저), ㈜ 조세영화통람사, 지방세법 지방교육세 특례세율 부분을 참조하시기 바람
 

※ 상담에 대한 답변은 상담위원의 개인적인 견해로서 ㈜조세통람(택스넷)의 공식적인 의견과는 무관하며 권한 있는 기관(법원, 과세관청 등)의 유권해석과도 차이가 있을 수 있으니 참고자료로만 활용하시기 바랍니다. 따라서, 의사결정 등 실제적용에 있어서는 권한 있는 기관이나 해당 분야 전문가의 조언을 얻어 충분히 검토하시기 바라며, ㈜조세통람(택스넷)은 본 상담의 답변을 활용함으로 인해 발생되는 결과에 법적책임 등이 없음을 주지하시기 바랍니다.

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