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제 목 창업중소기업감면 겸용사업 매출액 안분관련 질의
작성자 woo6***** 등록일 2025.05.15
상담분야 지방세 > 취득세 > 신·증축
관련 키워드 창업중소기업
겸용사업의 경우 (감면 해당 업종과 비해당 업종의 겸용) 매출액안분을 구체적으로 어떻게 해야하는가에 대한 질의. 
답변
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제 목 [답변] 창업중소기업감면 겸용사업 매출액 안분관련 질의 전동흔 상담위원 상담분야 지방세
등록일 2025.05.16

(1) 질의쟁점
아래의 사실관계에서 창업중소기업이 겸용으로 취득부동산을 사용하고 있을때 면적구분이 힘들다면 매출액으로 안분하는 것이 타당하나 5개년치 평균으로 매출액을 안분하여 감면을 적용하는게 합리적인지?
 
[사실관계] : 창업일 20.9.1. 부동산 취득일 24. 7. 5.,
25. 4. 25. 창업중소기업 감면으로 경정청구(화물운송 중개,대리 및 관련 서비스업에 해당) 매출원장을 확인한 결과 자동차관련 도소매업이 발견되어 창업일~24년까지의 매출 확인 요청 및 조정후수입금액명세서 요청
증빙자료 요청결과 조정후 수입금액명세서상 업태는 도매 및 소매업으로 되어있으나, 업종 코드 선택 과정에서 오류로 인한 형식적 표기에 불과하다. 실질인 매출원장 확인 결과. 2020년 감면해당업종으로 매출 5%사용 21년 90% 22년 93% 23년 86% 24년 97% 로 매출액 비율이 일정 하지 않습니다. 현지출장을 나간 결과 면적구분은 힘들다 판단하였다.
 
(2) 관련규정
[지방세특례제한법] 제58조의3(창업중소기업 등에 대한 감면) ① 2026년 12월 31일까지 과밀억제권역 외의 지역에서 창업하는 중소기업(이하 이 조에서 “창업중소기업”이라 한다)이 대통령령으로 정하는 날(이하 이 조에서 “창업일”이라 한다)부터 4년 이내(대통령령으로 정하는 청년창업기업의 경우에는 5년 이내)에 취득하는 부동산에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.
1. 창업일 당시 업종의 사업을 계속 영위하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 75를 경감한다.
④ 창업중소기업과 창업벤처중소기업의 범위는 다음 각 호의 업종을 경영하는 중소기업으로 한정한다. 이 경우 제1호부터 제8호까지의 규정에 따른 업종은 「통계법」 제22조에 따라 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 따른 업종으로 한다
9. 대통령령으로 정하는 물류산업
[지방세특례제한법 시행령]제29조의2(창업중소기업 등의 범위)⑦ 법 제58조의3제4항제9호에서 “대통령령으로 정하는 물류산업”이란 「조세특례제한법 시행령」 제5조제7항에 따른 물류산업을 말한다.
[지방세법시행령] 제45조(대도시 법인 중과세의 범위와 적용기준) ⑤ 법 제28조제2항을 적용할 때 법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우로서 법 제28조제2항 각 호의 등기에 대한 등록면허세의 과세표준이 구분되지 아니한 경우 해당 법인에 대한 등록면허세는 직전 사업연도(직전 사업연도의 매출액이 없는 경우에는 해당 사업연도, 해당 사업연도에도 매출액이 없는 경우에는 그 다음 사업연도)의 총 매출액에서 제26조제1항 각 호에 따른 업종(이하 이 항에서 “대도시 중과 제외 업종”이라 한다)과 그 외의 업종(이하 이 항에서 “대도시 중과 대상 업종”이라 한다)의 매출액이 차지하는 비율을 다음 계산식에 따라 가목 및 나목과 같이 산출한 후 그에 따라 안분하여 과세한다. 다만, 그 다음 사업연도에도 매출액이 없는 경우에는 유형고정자산가액의 비율에 따른다. (계산식 생략)
1. 대도시 중과 제외 업종과 대도시 중과 대상 업종을 겸업하는 경우
 
(3) 검토 및 회신
지방세특례제한법 제58조의3 제1항의 규정에 의거 과밀억제권역 외의 지역에서 창업하는 중소기업이 창업일부터 4년 이내에 취득하는 부동산으로서 창업일 당시 업종의 사업을 계속 영위하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 75를 경감하는것인바 이는 창업업종에 해당되어애 감면 대상인 것이고 화물운송 중개,대리 및 관련 서비스업에 직접사용하는 부동산면적에 한정하여 감면 대상으로 하는 것입니다. 귀문의 경우 사실관계가 명확하지 아니하나 감면제외업종(도매 및 소매업)과 감면대상 업종을 함께 겸용하는 경우에는 원칙적으로 감면업종에 직접 사용하는 면적 부분만을 감면하는 것이나 겸용하고 있어 그 직접 사용하는 면적 부분을 알수가 없는 경우에는 매출액 등을 기준으로 안분하더라도 합리적이나 지방세법시행령 제45조 제5항을 고려할 때 직전 사업연도(직전 사업연도의 매출액이 없는 경우에는 해당 사업연도, 해당 사업연도에도 매출액이 없는 경우에는 그 다음 사업연도)의 매출액을 기준으로 안분하여야 할 것입니다.(끝)
 
2025년 핵심실무 지방세해설(전동흔 저)를 근거하여 참고용으로 설명하였으며 더 세부적인 설명이 필요한 부분은 아래의 참고문헌을 참조하기 바랍니다.
[참고문헌] 2025년 핵심실무 지방세해설(전동흔 저), ㈜ 조세영화통람사, 지방세특례제한법 창업중소기업 감면부분을 참조하시기 바람
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