영세율세금계산서를 발급하지 않고 부가가치세액을 별도로 적은 일반세금계산서를 발급한 경우 사실과 다른 세금계산서에 해당하는지?

한이사님! 영세율 적용대상인 사실을 인지하지 못하여 거래처에 ‘영세율세금계산서’가 아닌 부가가치세액을 별도로 적은 ‘일반세금계산서’를 발급하고 부가가치세를 신고ㆍ납부하였으며 거래처는 매입세액공제를 받았습니다. 이 경우 공급받는 자는 영세율 적용대상인 거래에 대하여 일반세금계산서를 발급받은 경우 매입세액공제가 가능한지, 영세율 수정세금계산서를 발급받아 수정신고하여야 하는지요?
설랑대리! 영세율 적용대상 거래를 착오로 일반세금계산서를 발급하고 신고ㆍ납부한 경우 「부가가치세법 시행령」제70조 제1항 제9호에 의하여 착오사실을 인식한 날에 당초 발급한 일반세금계산서를 영세율세금계산서로 수정하여 발급할 수 있다네. 이 경우 수정세금계산서를 발급하고 경정청구한, 공급하는 자는 세금계산서 관련 가산세는 적용되지 않는 것이나, 착오 발급된 일반세금계산서에 의해 매입세액 공제받은 사업자의 경우 영세율 매입세금계산서로 수정 발급됨에 따라 수정신고ㆍ납부할 경우 과다공제분에 대해서는 신고불성실 및 납부불성실가산세가 적용되는 것이라네.
부가가치세법시행령 제70조 【수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서의 발급사유 및 발급절차】 ① 법 제32조 제7항에 따른 수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서는 다음 각 호의 구분에 따른 사유 및 절차에 따라 발급할 수 있다. 9. 세율을 잘못 적용하여 발급한 경우(제5호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우로서 과세표준 또는 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우는 제외한다): 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급하고, 수정하여 발급하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 발급
관련 예규 경정 등의 청구 가능 여부 및 부가가치세 과세표준의 범위 등 사업자가 영세율 적용대상 거래에 대하여 착오로 10%의 세율을 적용한 세금계산서를 교부하고 부가가치세를 신고ㆍ납부한 경우에는 영세율을 적용하는 수정세금계산서를 교부하여 경정 등의 청구를 할 수 있는 것임. - (부가, 부가가치세과-123, 2011.2.9.) -
한이사님! 영세율세금계산서를 발급해야 할 사업자가 10%의 세율을 적용한 세금계산서를 발급하고 수정세금계산서를 발급한 경우 아무런 가산세가 없나요?
설랑대리! 당초 발급한 일반세금계산서를 영세율세금계산서로 수정하여 발급한 사업자가 경정청구 등을 하는 경우 세금계산서 관련 가산세는 적용되지 않으나 영세율첨부서류미제출에 따른 영세율과세표준불성실가산세가 적용되는 것이라네.
관련 예규 부가가치세 과세거래에 해당하지 아니하는 거래에 대하여 세금계산서를 교부한 경우 적용되는 가산세 등 부가가치세 과세거래에 해당하지 아니하는 거래에 대하여 거래상대방에게 10%의 세율을 적용한 세금계산서를 교부하여 사업자와 거래상대방이 부가가치세 신고 시 매출(매입)처별 세금계산서합계표를 제출한 경우에는 매출(매입)처별 세금계산서합계표 관련 가산세가 적용되지 아니하는 것임. - (부가, 부가가치세과-1585, 2009.11.3.) -
한이사님! 영세율과세표준불성실가산세는 영세율 과세표준을 과소신고하거나 신고하지 아니한 경우에 적용되는 가산세로 알고 있는데, 일반과세로 신고한 경우라 할지라도 과세표준을 과소신고하지 않았음에도 불구하고 가산세가 적용되나요?
설랑대리! ‘영세율과세표준불성실가산세’는 영세율과세표준을 무신고하거나 과소신고한 것뿐만 아니라 ‘영세율 첨부서류’를 미제출하는 경우에도 적용되는 것이므로, 영세율에 해당함에도 일반과세를 적용하여 신고한 경우에는 영세율 첨부서류를 제출하지 않은 것에 대한 영세율과세표준신고불성실가산세를 적용하는 것이라네.
관련 법령 부가가치세법 기본통칙 24-101-6 【영세율 과세표준 신고누락 및 첨부서류 미제출 시 영세율 적용】 영세율 적용대상 과세표준을 예정신고 또는 확정신고시에 신고를 하지 아니한 경우, 신고한 과세표준이 신고하여야 할 과세표준에 미달한 경우 또는 영세율 첨부서류를 제출하지 아니한 경우(제출하여야 할 2가지 서류 중 1가지 서류를 제출하지 아니한 경우를 포함한다)에도 해당 과세표준이 영세율 적용대상임이 확인되는 때에는 영의 세율을 적용한다. 이 경우 「국세기본법」제47조의 2 제1항 단서에 따른 영세율과세표준 무신고가산세 또는 같은 법 제47조의 3 제1항 단서에 따른 영세율과세표준과소신고가산세는 적용한다.
「국세기본법」제47조의 3 제2항에 의하면 영세율과세표준과소신고가산세는 과소신고한 영세율과세표준금액의 0.5%가 부과되는 것이며, 「국세기본법」제48조에 의하여 6개월 내 수정신고하는 경우에 영세율과세표준과소신고가산세의 50%가 감면되는 것이라네.
국세기본법 제47조의 3 【과소신고ㆍ초과환급신고가산세】 ② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 호에 따른 금액을 가산세로 한다. 2. 「부가가치세법」에 따른 사업자가 같은 법 제48조 제1항ㆍ제4항, 제49조 제1항, 제66조 및 제67조에 따른 신고를 한 경우로서 영세율과세표준을 과소신고하거나 신고하지 아니한 경우: 제1항 각 호의 구분에 따른 금액에 그 과소신고되거나 무신고된 영세율과세표준의 1천분의 5에 상당하는 금액을 더한 금액
국세기본법 제48조 【가산세 감면 등】 ② 정부는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 이 법 또는 세법에 따른 해당 가산세액에서 다음 각 호에서 정하는 금액을 감면한다. 1. 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자가 법정신고기한이 지난 후 제45조에 따라 수정신고한 경우(제47조의 3에 따른 가산세만 해당하며, 과세표준과 세액을 경정할 것을 미리 알고 과세표준수정신고서를 제출한 경우는 제외한다)에는 다음 각 목의 구분에 따른 금액 다. 법정신고기한이 지난 후 3개월 초과 6개월 이내에 수정신고한 경우: 해당 가산세액의 100분의 50에 상당하는 금액
한이사님! 영세율 적용대상 거래에 대하여 ‘영세율세금계산서’가 아닌 부가가치세액을 별도로 적은 ‘일반세금계산서’를 발급한 것에 대하여 ‘영세율수정세금계산서’를 발급하지 않고 일반세금계산서를 발급한 것에 대하여 공급받은 자는 매입세액공제를 받아도 되고 공급자는 세금계산서 관련 가산세 등 불이익이 있는지요?
설랑대리! 세율을 잘못 적용하여 세금계산서를 발급한 경우 수정세금계산서 발급이 가능한 것이며, 영세율 거래에 대하여 일반세금계산서를 발급받은 경우 해당 재화나 용역을 ‘면세사업’에 사용하는 경우에 매입세액은 불공제되는 것이라네.
관련 예규 영세율 거래에 대하여 일반 세금계산서 발급 시 처리 방법 세율을 잘못 적용하여 세금계산서를 발급한 경우 「부가가치세법 시행령」제70조에 따라 수정발급 가능하며 영세율 거래에 대하여 일반 세금계산서를 발급받은 경우 해당 용역등을 면세사업에 사용하는 경우에는 「부가가치세법」제39조에 따라 매입세액은 불공제되는 것입니다. - (부가, 서면-2017-부가-2035[부가가치세과-2251], 2017.9.28.) -
다만, 국세청 해석사례를 볼 때 영세율을 적용할 수 있는 거래에 대해 부가가치세 10%를 별도로 기재한 일반세금계산서를 발급하고 부가가치세를 신고ㆍ납부한 경우라도, 해당 용역 등을 ‘면세사업’이 아닌 ‘과세사업’에 사용하고 조세탈루 사실이 없는 경우는 사실과 다른 세금계산서로 보지 아니하므로 매입세액공제 가능할 것이라네.
한이사님! 반대로 영세율이 적용되는 거래가 아닌 ‘과세거래분’에 대하여 ‘영세율세금계산서’를 착오로 발급한 경우에도 수정세금계산서를 발급하면 되는지요?
설랑대리! 영세율 적용대상 거래가 아님에도 영세율로 기재하여 적법하게 발급되지 아니한 세금계산서에 대하여는 수정세금계산서를 발급할 수 없는 것이라네.
즉, 과세세금계산서를 발급해야 함에도 영세율세금계산서를 발급한 경우는 수정세금계산서를 발급할 수 없으며 이 경우 당초 세금계산서를 미발급한 것에 해당된다네. 이 경우 공급자는 해당 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 세금계산서를 발급할 수 있으나, 세금계산서 지연발급가산세가 적용되는 것이며, 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 세금계산서를 발급하지 않는다면 그 공급가액의 2퍼센트에 상당하는 세금계산서 미발급가산세가 적용되는 것이네. 또한 부가가치세의 과소납부 또는 과다환급에 해당하므로 과소신고ㆍ초과환급신고가산세와 납부불성실가산세가 적용되는 것이라네. ‘공급받는 자’는 해당 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 세금계산서를 수취한 경우라면 매입세액공제가 가능하나 ‘지연수취가산세’가 적용되며, 「부가가치세법 시행령」제75조에 의하여 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한이 경과 후 1년 이내에 세금계산서를 발급받는 경우라면 지연수취가산세가 적용되나 매입세액은 공제할 수 있는 것이라네.
부가가치세법시행령 제75조 【세금계산서 등의 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 경우 등에 대한 매입세액 공제】 법 제39조 제1항 제2호 단서에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 7. 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한이 지난 후 세금계산서를 발급받았더라도 그 세금계산서의 발급일이 확정신고기한 다음 날부터 1년 이내이고 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 가. 「국세기본법 시행령」제25조 제1항에 따른 과세표준수정신고서와 같은 영 제25조의 3에 따른 경정청구서를 세금계산서와 함께 제출하는 경우 나. 해당 거래사실이 확인되어 법 제57조에 따라 납세지 관할 세무서장, 납세지 관할 지방국세청장 또는 국세청장(이하 이 조에서 “납세지 관할 세무서장등”이라 한다)이 결정 또는 경정하는 경우
한이사님! 면세거래에 대하여 계산서를 발급해야 하나 영세율세금계산서로 잘못 발급한 경우에는 가산세가 있나요?
설랑대리! 부가가치세 면제거래에 대하여 영세율세금계산서를 발급한 경우에는 부가가치세법상 가산세는 적용되지 아니하는 것이나, 「법인세법」제75조의 8에 의하여 계산서를 발급시기에 발급하지 않아 계산서미발급가산세가 적용되는 것이네. 하지만 「법인세법」제121조 제6항에 따라 「부가가치세법」에 따라 세금계산서를 발급한 것에 대해서는 계산서를 발급한 것으로 보아 계산서미발급가산세를 적용하지 않는다네.
법인세법 제75조의 8 【계산서 등 제출 불성실 가산세】 ① 내국법인(대통령령으로 정하는 법인은 제외한다)이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액을 가산세로 해당 사업연도의 법인세액에 더하여 납부하여야 한다. 4. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우: 공급가액의 100분의 2(가목을 적용할 때 제121조 제1항 후단에 따른 전자계산서를 발급하지 아니하였으나 전자계산서 외의 계산서를 발급한 경우와 같은 조 제8항에 따른 계산서의 발급시기가 지난 후 해당 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 사업연도 말의 다음 달 25일까지 같은 조 제1항 또는 제2항에 따른 계산서를 발급한 경우는 100분의 1로 한다) 가. 재화 또는 용역을 공급한 자가 제121조 제1항 또는 제2항에 따른 계산서를 같은 조 제8항에 따른 발급시기에 발급하지 아니한 경우
한이사님! 영세율세금계산서 발행을 계산서로 잘못 발행한 경우도 있을 수 있는데, 이 경우 계산서를 수정하여 발급하는 경우 가산세 등 불이익이 있는지요?
설랑대리! 영세율세금계산서를 발급하여야 할 것을 계산서로 발급하였다가 해당 재화의 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 당초 계산서를 취소하고 영세율세금계산서를 발급하는 경우 지연발급가산세가 적용되는 것이라네.
관련 예규 영세율 적용대상 재화 공급 후 계산서를 발급하였다가 영세율세금계산서 발급 시 가산세 적용 사업자가 부가가치세 영세율이 적용되는 재화를 공급하고 계산서를 발급하였다가 해당 재화의 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 당초 계산서를 취소하고 영세율세금계산서를 발급하는 경우 세금계산서 지연발급 가산세가 적용되는 것임. - (부가, 사전법령부가-350, 2019.8.7.) -