이와 관련된 판례는 "부동산소유권이전등기등에관한특별조치법에 의한 등기는 특별조치법 소정의 적법한 절차에 따라 마치어진 것으로서, 실체관계에 부합하는 등기로 추정되어 그 등기의 말소를 소구하는 자에게 적극적으로 그 추정을 번복시킬 주장ㆍ입증책임이 있지만, 상대방이 등기의 기초가 된 보증서나 확인서의 실체적 기재내용이 허위임을 자인하거나, 실체적 기재내용이 진실이 아님을 의심할 만큼 증명이 된 때에는 등기의 추정력은 번복된 것으로 보아야 하고 이러한 보증서 등의 허위성의 입증정도가 법관이 확신할 정도가 되어야만 하는 것은 아니다."라고 하였습니다(대법원 1995.12.26. 선고, 95다28601 판결, 1996.2.23. 선고, 95다11184 판결).

따라서「부동산소유권이전등기등에관한특별조치법」에 의하여 경료된 소유권보존등기의 말소를 구하려는 자는 그 보존등기명의자가 부동산관계대장의 명의변경을 함에 있어 첨부된 원인증서인 특별조치법 소정의 보증서 내지 확인서가 허위 또는 위조되었다던가 그밖에 다른 어떤 사유로 인하여 그 소유권보존등기가 특별조치법상의 절차에 따라 적법하게 이루어진 것이 아니라는 주장과 입증을 하여야만 그 말소를 구할 수 있으므로, 귀하의 경우도 갑이 귀하 소유의 부동산에 관하여 위 특별조치법에 따라 그 보존등기를 경료하는 과정에서 위 특별조치법 소정의 절차에 따르지 않았다던가, 또는 위 등기절차경료시 첨부한 보증서 또는 확인서가 위조 또는 허위라는 증거가 있어야만 귀하는 위 부동산에 관한 갑의 소유권보존등기와 을의 이전등기의 각 말소를 구할 수 있다고 할 것입니다.

그리고 주의할 것은 위 소유권보존등기가 무효라고 하여도 을이 갑으로부터 소유권을 이전받아「민법」제245조 제2항의 등기부취득시효의 요건을 갖추었다면, 그 효력으로 인하여 소유권을 회복할 수 없을 것이며, 갑에 대하여 불법행위로 인한 손해배상청구를 해야 할 것이나 그 경우에도 같은 법 제766조에 규정된 손해 및 가해자를 안 날로부터 3년 이내, 불법행위를 한 날로부터 10년 이내에 청구하여야만 할 것입니다.