「부동산등기법」제55조는 "사건이 그 등기소의 관할에 속하지 아니한 때", "사건이 등기할 것이 아닌 때", "신청서에 기재된 사항이 등기원인을 증명하는 서면과 부합하지 아니한 때"는 등기관은 등기신청을 각하하도록 규정하고 있습니다(같은 조 제1호, 제2호, 제7호). 또한 같은 법 제178조는 등기관의 결정 또는 처분을 부당하다고 하는 자는 관할지방법원에 이의신청을 할 수 있도록 하고 있습니다.

따라서 등기관이 등기신청인의 신청에 따라 등기를 마친 경우에도, 그 등기가 부동산등기법 제55조 제1호 "사건이 그 등기소의 관할에 속하지 아니한 때"나 제2호 "사건이 등기할 것이 아닌 때"에 해당하는 경우에는「부동산등기법」제178조에 따라 관할지방법원에 이의신청을 함으로써, 등기를 바로잡을 수 있고, 위 사유에 해당하지 않는 경우에는 소송으로 그 등기의 효력을 다툴 수밖에 없습니다.

한편, "사건이 등기할 것이 아닌 때"라 함은 등기신청이 그 신청 취지 자체에 의하여 법률상 허용될 수 없음이 명백한 경우를 말합니다(대법원 2000.1.7. 자 99재마4 결정), 위 사안과 관련하여 판례는 "등기신청서의 기재사항이 등기원인을 증명하는 서면과 부합하지 아니함에도 신청서대로 등기가 경료되었다면 이는 부동산등기법 제55조 제2호에 해당하는 것이 아니므로 일단 등기가 경료된 후에는 등기관이 이를 직권으로 말소할 수 없고, 등기의무자가 불응하는 경우 그를 상대로 말소등기의 회복등기절차의 이행을 명하는 판결을 받아 부적법하게 말소된 등기를 회복하여야 한다."라고 하였습니다(대법원 2004.5.14. 선고, 2004다11896 판결).

따라서 을은 갑에게 잘못 경료된 등기의 말소를 요구하고 갑이 이에 응하지 않으면 말소등기의 회복등기절차의 이행을 구하는 소를 제기해야 할 것으로 보입니다.