교회의 법률적 성질을 살펴보면 교회가 주무관청의 허가를 받아 설립등기를 마치면 민법상 비영리법인으로서 성립하고, 교회가 법인격을 취득하지 않은 경우에도 일정 요건을 갖추게 되면 법인 아닌 사단으로서의 실체를 인정하고 있습니다.

교회의 재산귀속관계에 관하여 기존 판례는 "단일교회가 2개 이상으로 분열된 경우 그 재산의 처분에 있어서는 교회의 장정(章程), 회칙(會則), 기타 일반적으로 승인된 규정이 있다면 그에 따를 것이지만, 그와 같은 규정이 없는 경우에는 그 재산은 분열당시의 그 교회교도의 총유(總有)에 속하는 것이므로, 종전교회의 교종(敎從)들의 총의에 따른 의결방법에 의하여 그 귀속을 결정해야 할 것이다."라고 하였으며(대법원 1971.2.9. 선고, 70다2478 판결), 또한 "교회의 사용ㆍ수익과 관련하여 분열된 각 교회는 별개의 독립된 교회로서 각각 상대방교회의 사용ㆍ수익을 방해하지 않는 범위 내에서 총유권자로서 교회건물(교회당) 등 종전의 교회재산을 사용ㆍ수익할 수 있는 것으로서 교회재산을 사용ㆍ수익하는 가장 중요한 방법은 예배행위라 할 것인즉, 교회의 구성원이 계속적으로 변경되어 가는 교회의 속성에 비추어 볼 때 분열된 각 교회는 새로운 교인을 받아들일 수 있음은 물론 예배행위를 주관할 목사를 초빙하여 총유재산인 교회당을 사용할 수 있다."(대법원 1988.3.22. 선고, 86다카1197 판결, 1990.12.21. 선고, 90다카22056 판결)라고 하였습니다.

그러나 2006.4.20. 대법원은 "그동안 대법원 판례는 각종의 법인 아닌 사단 중 오직 교회에 대하여서만 법인 아닌 사단에 원칙적으로 적용되는 법리와는 달리 교회의 분열을 허용하고 분열시의 재산관계는 분열당시 교인들의 총유(또는 합유)라고 판시하여 왔으나, 교회가 법인 아닌 사단으로서 존재하는 이상 그 법률관계를 둘러싼 분쟁을 소송적인 방법으로 해결함에 있어서는 법인 아닌 사단에 관한 민법의 일반 이론에 따라 교회의 실체를 파악하고 교회의 재산 귀속에 대하여 판단한다는 전제아래, 소속 교단에서의 탈퇴 내지 소속 교단의 변경은 사단법인 정관변경에 관한 민법 제42조 제1항을 유추적용하여 총 구성원의 2/3 이상의 찬성 결의에 의해 교단변경 결의요건을 갖추게 되면 종전 교회의 실체는 교단을 탈퇴한 교회로서 존속하고 종전 교회 재산은 위 탈퇴한 소속 교인들의 총유로 귀속된다."라고 하면서 기존의 견해를 변경하였습니다(대법원 2006.4.20. 선고, 2004다37775 전원합의체 판결).