「민법」제247조 제1항은 취득시효로 인한 권리취득의 효력은 점유를 개시한 때에 소급한다고 규정하고 있으나, 이 규정상의 소급효는 연속된 사실관계를 그대로 권리관계로 인정함으로써 사회적 안정을 꾀하려는 취득시효의 취지에서 나온 것으로서 제3자와의 관계에서는 예외적으로 취득시효의 소급효를 제한하여 원소유자에 의하여 이루어진 법률관계는 그대로 유효한 것으로 됩니다. 즉, 시효기간 중에 시효취득자가 취득한 과실(果實)은 정당한 소유자로서 취득한 것으로 보아야 하고, 시효기간중에 시효취득자가 한 임대 그 밖의 처분은 유효한 것으로 되지만, 시효기간 중에 원소유자가 한 처분이 무효로 되는 것은 아니라고 해석하여야 할 것입니다.

판례도 토지를 20년간 소유의 의사로 평온, 공연하게 점유한 자는 등기를 함으로써 비로소 그 소유권을 취득하는 것이므로, 점유자가 원소유자에 대하여 점유로 인한 취득시효기간이 만료되었음을 이유로 취득시효완성을 원인으로 한 소유권이전등기청구를 하는 등 그 권리행사를 하거나 원소유자가 취득시효완성사실을 알고 점유자의 권리취득을 방해하려고 하는 등의 특별한 사정이 없는 한, 원소유자는 점유자 명의로 소유권이전등기가 경료되기까지는 소유자로서 그 토지에 관한 적법한 권리를 행사할 수 있고, 따라서 그 권리행사로 인하여 점유자의 토지에 대한 점유의 상태가 변경되었다면, 그 뒤 소유권이전등기를 경료한 점유자는 변경된 점유의 상태를 용인하여야 하며(대법원 1999.7.9. 선고, 97다53632 판결, 2006.5.12. 선고, 2005다75910 판결), 또한 이미 점유취득시효기간이 경과된 체납자소유의 부동산에 대한 국세징수법에 의한 압류 후에 취득시효완성으로 인한 소유권이전등기를 한 경우 취득시효로 인한 권리취득의 소급효가 제3자인 압류채권자에게는 미치지 않는다고 하였습니다(대법원 1991.2.26. 선고, 90누5375 판결).

따라서 귀하는 비록 을의 취득시효기간중 원소유자인 갑으로부터 근저당권을 설정받았을지라도 귀하의 근저당권은 유효하다 할 것입니다.