위 사안에 관하여 판례는 "[1] 타인의 토지를 20년간 소유의 의사로 평온ㆍ공연하게 점유한 자는 등기를 함으로써 비로소 그 소유권을 취득하게 되므로 점유자가 원소유자에 대하여 점유로 인한 취득시효기간이 만료되었음을 원인으로 소유권이전등기청구를 하는 등 그 권리행사를 하거나 원소유자가 취득시효완성 사실을 알고 점유자의 권리취득을 방해하려고 하는 등의 특별한 사정이 없는 한 원소유자는 점유자 명의로 소유권이전등기가 마쳐지기까지는 소유자로서 그 토지에 관한 적법한 권리를 행사할 수 있다. [2] 원소유자가 취득시효의 완성 이후 그 등기가 있기 전에 그 토지를 제3자에게 처분하거나 제한물권의 설정, 토지의 현상 변경 등 소유자로서의 권리를 행사하였다 하여 시효취득자에 대한 관계에서 불법행위가 성립하는 것이 아님은 물론 위 처분행위를 통하여 그 토지의 소유권이나 제한물권 등을 취득한 제3자에 대하여 취득시효의 완성 및 그 권리취득의 소급효를 들어 대항할 수도 없다 할 것이니, 이 경우 시효취득자로서는 원소유자의 적법한 권리행사로 인한 현상의 변경이나 제한물권의 설정 등이 이루어진 그 토지의 사실상 혹은 법률상 현상 그대로의 상태에서 등기에 의하여 그 소유권을 취득하게 된다. 따라서 시효취득자가 원소유자에 의하여 그 토지에 설정된 근저당권의 피담보채무를 변제하는 것은 시효취득자가 용인하여야 할 그 토지상의 부담을 제거하여 완전한 소유권을 확보하기 위한 것으로서 그 자신의 이익을 위한 행위라 할 것이니, 위 변제액 상당에 대하여 원소유자에게 대위변제를 이유로 구상권을 행사하거나 부당이득을 이유로 그 반환청구권을 행사할 수는 없다."라고 하였습니다(대법원 2006.5.12. 선고, 2005다75910 판결).

위와 같은 판례의 취지에 따르면, 시효취득자가 그 등기 전에 원소유자가 부담하던 해당 토지상 근저당권의 피담보채무를 변제하였더라도 시효취득자는 해당 토지에 관한 시효취득을 원인으로 한 이전등기 당시의 사실상ㆍ법률상 상태 그대로의 소유권을 취득하므로 위와 같은 변제는 시효취득자로서 당연히 부담하여야 할 것이고, 따라서 시효취득자의 원소유자가 설정한 근저당권 피담보채무 변제는 자신의 이익을 위한 행위로서 시효취득자는 이를 이유로 원소유자에게 구상권이나 부당이득반환을 구할 수 없습니다.

이에 관하여 시효취득자가 물상보증인과 같은 지위에 놓이는 것이 아닌가 하는 이론적 다툼이 있을 수는 있으나, 판례의 입장은 시효취득자가 원소유자에 대한 대가지급 없이 해당 부동산의 소유권을 취득한다는 경제적 이익에 관한 사실적 고려와 시효취득의 법적성질이 원시취득이고 소유권취득 시점이 등기시이며 등기 전 제3자에 대한 대항력이 없다는 법리적 고려에 바탕을 둔 것으로 보입니다.