저당권으로 담보한 채권이 변제, 소멸시효 완성, 기타의 원인으로 인하여 소멸한 때에는 저당권도 소멸하는 것이므로 이 경우 저당권은 말소되어야 할 것입니다(민법 제369조). 그러나 어떤 등기가 경료되어 있던 중 그것이 실체적 권리체계에 부합하지 않는 것이어서 무효로 된 후 그 등기에 부합하는 실체적 권리관계가 있게 된 때에, 이 등기는 유효한가 하는 문제가 생기는데 이를 "무효등기유용(無效登記流用)"의 문제라고 합니다.

이러한 무효등기의 유용은 특히 저당권에 관하여 문제되는바, 위 사안과 같이 변제로 인한 피담보채권(被擔保債權)의 소멸로 인하여 이미 그 효력을 상실한 저당권등기가 아직 말소되지 않고 그대로 남아 있는 경우에, 당사자 사이의 약정으로써 그 무효로 된 등기를 다른 저당권을 위한 등기로 이용하여도 이를 유효한 것으로 볼 수 있느냐 하는 것입니다.

이에 관하여 판례는 "실질관계의 소멸로 무효로 된 등기의 유용은 그 등기를 유용하기로 하는 합의가 이루어지기 전에 등기상 이해관계가 있는 제3자가 생기지 않은 경우에는 허용된다."라고 하였습니다(대법원 1994.1.28. 선고, 93다31702 판결, 2002.12.6. 선고, 2001다2846 판결).

또한, "부동산의 소유자 겸 채무자가 채권자인 저당권자에게 당해 저당권설정등기에 의하여 담보되는 채무를 모두 변제함으로써 저당권이 소멸된 경우 그 저당권설정등기 또한 효력을 상실하여 말소되어야 할 것이나, 그 부동산의 소유자가 새로운 제3의 채권자로부터 금전을 차용함에 있어 그 제3자와 사이에 새로운 차용금 채무를 담보하기 위하여 잔존하는 종전 채권자 명의의 저당권설정등기를 이용하여 이에 터잡아 새로운 제3의 채권자에게 저당권이전의 부기등기를 경료하기로 하는 내용의 저당권등기유용의 합의를 하고 실제로 그 부기등기를 경료하였다면, 그 저당권이전등기를 경료받은 새로운 제3의 채권자로서는 언제든지 부동산의 소유자에 대하여 그 등기유용의 합의를 주장하여 저당권설정등기의 말소청구에 대항할 수 있다고 할 것이고, 다만 그 저당권이전의 부기등기 이전에 등기부상 이해관계를 가지게 된 자에 대하여는 위 등기유용의 합의사실을 들어 위 저당권설정등기 및 그 저당권이전의 부기등기의 유효를 주장할 수는 없다."라고 하였습니다(대법원 1998.3.24. 선고, 97다56242 판결).

이것은 구 등기가 소멸되었더라면 그 순위가 올라갔을 후순위 권리자에게는 구 등기가 유용됨으로써 입게 될 손해를 방지하기 위함입니다.

따라서 위 사안의 경우에 귀하는 구 등기에 부합하는 등기유용에 관한 합의 전에 등기부상 이해관계인 즉, 후순위저당권자 또는 확정일자 받은 임차인 등이 나타나 있지 않는 한 종전의 근저당권등기를 그대로 이용할 수 있을 것으로 보입니다.