임대차보증금의 지급을 명하는 확정판결의 기판력이 임대차보증금에 의해 담보되는 연체차임채무 등의 부존재에도 미치는지에 관하여 판례는 "확정판결은 주문에 포함한 것에 한하여 기판력이 있는 것이므로, 확정판결의 기판력은 소송물로 주장된 법률관계의 존부에 관한 판단의 결론 자체에만 미치고 그 전제가 되는 법률관계의 존부에까지 미치는 것은 아니라고 할 것인바(대법원 1990.12.21. 선고, 88다카26482 판결, 2005.12.23. 선고, 2004다55698 판결), 임대차보증금은 임대차종료 후에 임차인이 임차목적물을 임대인에게 반환할 때 연체차임 등 모든 피담보채무를 공제한 잔액이 있을 것을 조건으로 하여 그 잔액에 대하여서만 임차인의 반환청구권이 발생하고, 또 임대차보증금의 지급을 명하는 판결이 확정되면 변론종결 전의 사유를 들어 당사자 사이에 수수된 임대차보증금의 수액 자체를 다투는 것은 허용되지 아니한다 하더라도, 임대차보증금반환청구권행사의 전제가 되는 연체차임 등 피담보채무의 부존재에 대하여 기판력이 작용하는 것은 아니라고 할 것이다."라고 하였습니다(대법원 2001.2.9. 선고, 2000다61398 판결).

또한, "임대차보증금의 지급을 명하는 판결이 확정됨으로써 당사자 사이에 수수된 임대차보증금의 수액 자체를 다툴 수는 없게 되었다 하더라도, 임대인은 별소로 그 임대차보증금에서 아직 공제되지 아니한 연체차임 등의 지급을 구하거나 위 연체차임 등의 채권으로 임차인이 임대인에 대하여 가지고 있는 다른 채권과 상계를 할 수도 있음은 물론, 임대차보증금에 관한 확정판결이 있다 하여 그 임대차보증금의 성질이 달라진다고 볼 것은 아니므로, 아직 반환하지 아니한 임대차보증금에서 위 연체차임 등을 공제하고 이를 반환할 수도 있다고 할 것이다."라고 하였습니다(대법원 2001.2.9. 선고, 2000다61398 판결).

따라서 위 사안의 경우 청구이의의 소에 있어서 이의원인은 변론종결 후에 생긴 것에 한하는 것이나, 건물임대차에 있어서의 임대차보증금은 임대차존속 중의 차임뿐만 아니라 건물명도 의무이행에 이르기까지 발생한 손해배상채권 등 임대차계약에 의하여 임대인이 임차인에 대하여 갖는 일체의 채권을 담보하는 것으로서, 임대차종료 후에 임차건물을 임대인에게 명도 할 때에 연체차임 등 모든 피담보채권을 공제한 잔액이 있을 것을 조건으로 하여 그 잔액에 관한 임차인의 보증금반환청구권이 발생하는 것이며, 위 연체차임 등이 위 임대차보증금반환청구소송의 변론종결일 이전에 이미 발생하여 공제를 주장할 수 있었던 것이라고 하여도 갑은 청구이의의 소를 제기하여 임차보증금에서 연체차임 등의 공제를 주장해 볼 수 있을 것으로 보입니다.

참고로 민사재판에 있어서 이미 확정된 관련 민사사건에서 인정된 사실은 특별한 사정이 없는 한 유력한 증거가 되므로, 합리적인 이유설시 없이 이를 배척할 수 없고(대법원 2000.4.11. 선고, 99다51685 판결), 특히 전후 두 개의 민사소송이 당사자가 같고 분쟁의 기초가 된 사실도 같으나 다만 소송물이 달라 기판력에 저촉되지 아니한 결과 새로운 청구를 할 수 있는 경우에 있어서는 더욱 그러하다 할 것이나(대법원 1990.12.11. 선고, 90다카7545 판결, 1995.6.29. 선고, 94다47292 판결), 위 사안과 같은 경우에는 의제자백으로 을이 승소한 경우이므로 전소(前訴)인 임대차보증금의 지급을 구하는 소송의 확정판결에서는 연체차임 등의 존부에 관하여 아무런 판단도 하지 않았을 것이어서 위와 같은 문제는 발생되지 않을 것으로 보입니다.