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조심2023서10533, 2025.06.23 기각
【제목】 청구법인이 새로이 취득한 특정된 주식은 쟁점주식의 양도일 이후에 취득한 것이고 그 기간도 상당한 차이가 있어 쟁점주식은 종전 보유하던 것으로 보아 취득가액을 산정하는 것이 타당함(기각)
【세목】 법인세법 【구분】 심판청구
주제어 자산의 취득가액 관심주제어 등록

【주문】
  심판청구를 기각한다.
【이유】
  1. 처분개요
  
  가. 청구법인은 2015.10.30. 재무 및 경영컨설팅업을 주목적으로 설립된 법인으로 대표이사는 a였고, 2015년 11월경 주식회사 b, 주식회사 c 등으로부터 d 주식회사(이하 "d"라 한다)가 발행한 비상장주식 5,242,000주를 OOO원에 취득하여 d의 최대주주(지분율 : 67.9%)가 되었다.
  
  나. 청구법인은 2017.7.6. 유한회사 e(이하 "e"라 한다)에 d 발행주식 771,000주(이하 "쟁점양도주식"이라 한다)를 OOO원에 양도하는 계약을 체결(이하 "쟁점양도거래"라고 한다)하였는데, 쟁점양도주식으로 OOO이 청구법인에게 행사(2017.5.10.)한 풋옵션에 따라 OOO으로부터 양수(이하 "쟁점양수거래"라 하고, 쟁점양도거래와 합하여 "쟁점거래"라 한다)예정인 d의 비상장주식 771,000주(이하 "쟁점풋옵션주식"이라 한다)를 양도하기로 하였다.
  
  다. 이후 청구법인은 OOO이 위 풋옵션 행사를 취소(2017.6.13.)함에 따라 쟁점풋옵션주식의 양도를 청구하는 소송(사건번호 : OOO, 이하 "주식반환소송"이라 한다)을 OOO에 제기(2017.7.18.)하였고, 2018.5.16. OOO이 쟁점풋옵션주식을 청구법인에게 양도하는 것으로 합의함에 따라, 쟁점거래에 대하여 <표1>과 같이 상계하여 투자자산처분이익 OOO원을 인식하였다.
  
  <표1> 쟁점거래 관련 회계처리 내역
  
  (단위 : 원)
  
  라. 서울지방국세청장(이하 "조사청"이라 한다)은 2023.1.4.부터 2023.3.4.까지 청구법인의 2017∼2021사업연도에 대한 법인통합조사를 실시한 결과, 청구법인이 2018.4.25. 양도한 쟁점양도주식의 취득가액은 OOO원이므로 투자자산처분이익으로 OOO원을 계상하여야 함에도, 양도일 이후인 2018.5.16. OOO으로부터 양수한 쟁점풋옵션주식의 취득가액인 OOO원을 적용함으로서 투자자산처분이익 OOO원을 과소계상하였고,
  
  손금으로 계상된 승용차 및 오피스텔 임차료 합계 OOO원(이하 "쟁점비용"이라 한다)을 법인의 업무와 무관한 비용으로 보아 손금불산입하도록 처분청에 통보하였으며, 이에 따라 처분청은 2023.8.3. 청구법인에게 2018사업연도 법인세 OOO원을 경정ㆍ고지(공시송달)하였다.
  
  마. 청구법인은 이에 불복하여 2023.10.26. 심판청구를 제기하였다.
  
  2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
  
  가. 청구법인 주장
  
  (1) 청구법인은 쟁점양도거래 시 2017.7.6. OOO의 풋옵션 행사로 인해 청구법인이 OOO으로부터 매수할 쟁점풋옵션주식을 e에게 양도하기로 잠정 합의하였다. 처분청은 이러한 계약을 잘못 해석하여 쟁점양도거래와 관련한 청구법인의 투자자산처분이익을 잘못 계산하였다.
  
  (가) 처분청은 청구법인과 e가 2018.4.25. 쟁점양도주식을 매매하기로 합의한 것으로 보고, 취득가액을 계산하여 청구법인이 투자자산처분이익 OOO원을 과소계상한 것으로 보아 이 건 처분을 하였는데, 청구법인과 e는 2018.4.25. 쟁점양도주식을 양수ㆍ도하기로 합의한 것이 아니라, 2017.7.6. OOO으로부터 양수한 쟁점풋옵션주식을 e에게 양도하기로 합의하였다.
  
  <2017.7.6.자 매매계약서(일부 발췌)>
  
  위 계약내용을 문언 그대로 해석하면 다른 특별한 사정이 발생하여 다른 d 발행주식으로 대체되기 전까지, 청구법인과 e는 쟁점풋옵션주식을 양수ㆍ도하기로 합의하였다고 볼 수밖에 없다. 만약 이와 같은 사실관계가 전제되지 않는다면 청구법인과 e가 OOO의 풋옵션 행사여부와 관련된 내용을 주식매매계약서에 기재하지 않았을 것이다.
  
  (나) OOO의 대표조합원인 f는 검찰 조사 과정에서, 2017년 3월경 d의 정기주주총회에서 OOO이 추천하는 감사를 선임하려고 주주제안을 하였으나, 이러한 제안이 d의 다른 주주들에 의해 받아들여지지 않자, 2017년 5월경 OOO의 권리인 풋옵션을 행사하였다고 진술하였다.
  
  이와 같은 사정이 청구법인과 e가 쟁점양도거래 계약을 체결하기 전에 발생하였다는 점과 청구법인이 풋옵션에 따라 OOO으로부터 양수한 d 주식의 수가 정확하게 일치한다는 점을 함께 고려하면 청구법인과 e는 쟁점풋옵션주식을 특정하여 양수ㆍ도하기로 한 것임을 알 수 있다.
  
  더 나아가 청구법인이 e와 쟁점양도거래 계약을 체결하고 난 후 2017.7.7.∼2017.7.10. 매매대금의 대부분인 OOO원을 지급받은 사실도 있으므로, 처분청이 위 계약에 따라 청구법인이 e에게 쟁점양도주식을 양도한 시점이라고 특정한 2018.4.25.은 쟁점양도주식 매매대금의 잔금 OOO원의 지급일을 의미할 뿐이다.
  
  그러므로 청구법인이 쟁점거래와 관련된 투자자산처분이익을 계산함에 있어, 쟁점양도주식의 취득가액을 청구법인이 OOO으로부터 쟁점풋옵션주식을 양수한 가격으로 계산한 것은 청구법인과 e간 체결한 2017.7.6.자 쟁점양도거래 계약의 내용을 근거로 한 것이다. 이와 다른 전제에서 쟁점양도주식의 취득가액을 계산한 처분청의 이 건 처분은 근거가 없어 위법하다.
  
  (2) 청구법인의 임원인 a는 청구법인의 영업을 위해서 청구법인 명의로 리스한 승용차를 사용하였다. 이 건에서 문제가 된 오피스텔은 d와 주식회사 g의 인수ㆍ합병 이후 기존 사무실에서 퇴거해야 할 상황에 맞춰 청구법인의 사무실로 사용하였다.
  
  (가) a는 청구법인의 업무를 수행할 때와 청구법인의 자회사인 d와 관련된 업무를 수행할 때 차량을 이용했다. 청구법인이 주식회사 g와 d의 인수ㆍ합병을 추진하기 전까지 청구법인의 주된 영업은 d의 모회사로서의 역할이었으므로 a가 자회사인 d와 관련된 직무를 수행한 것이 청구법인의 직무 범위를 벗어난 것이라고 단언하기 어렵다.
  
  (나) a는 2020년 3월경 주식회사 h의 OOO 기술의 사업성을 확인하고 주식회사 h의 해외 진출을 위한 자문계약을 체결하는 등 청구법인이 보유하고 있던 d 주식을 주식회사 g에 매각한 후 새롭게 추진할 사업에 대비했다. 초기에 구상했던 위와 같은 계획은 주식회사 g와의 인수ㆍ합병이 최종적으로 결렬되면서 이행되지 못하였지만, 청구법인은 주식회사 h가 외국 현지 법인을 설립하는 일에 기여하였다.
  
  이 건에서 문제가 된 오피스텔은 서울특별시 영등포구 OOO에 소재하여, 주식회사 h와의 합작 사업 등 청구법인이 d 주식을 주식회사 g에 매도하고 새로운 사업을 추진할 때, 투자자와 사업 관계자들이 접근하기 용이한 장소였고, 실제로 청구법인의 새로운 사업 추진은 오피스텔에서 이루어졌다.
  
  (3) 처분청의 답변에 대한 청구법인의 항변은 다음과 같다.
  
  (가) 처분청은 「소득세법」 제98조 및 제162조 제5항에 근거하여 쟁점양도거래에 대해 선입선출법에 따라 양도차익을 계산한 것으로 보이나, 이러한 처분청의 계산은 청구법인이 쟁점양도주식을 OOO으로부터 매수할 예정인 쟁점풋옵션주식으로 특정하였던 사실을 간과한 것이다.
  
  OOO은 2017.5.10. 풋옵션을 행사하였다가 돌연 아무런 근거 없이 이를 취소한다는 의사표시를 하였고, 그에 따라 청구법인은 OOO에 대하여 주식반환소송을 제기하였다. 주식반환소송은 소 제기 후 변론기일이 단 1회 진행된 후 바로 변론 종결되어 청구법인이 승소하였다. 제1심에서 패소한 OOO은 항소한 후 관련 법률자문을 받았으나, 그 자문 결과 항소심에서의 승소 가능성이 낮다고 판단하여 최종적으로는 상호합의하여 청구법인이 OOO에 쟁점풋옵션주식의 양수 대금으로 약 OOO원을 지급하였다.
  
  이러한 주식반환소송의 경과를 살펴보면, e와 쟁점양도거래 계약을 체결한 시점이 비록 OOO이 청구법인에게 풋옵션 행사 취소의 의사표시를 한 이후라고 할지라도, OOO이 행사한 풋옵션은 형성권이고 OOO의 행사 취소의 의사표시는 그 어떤 법적 근거도 없었으므로, 이러한 사정만으로는 쟁점양도거래 계약이 체결된 시점에 쟁점풋옵션주식을 OOO으로부터 인도받는 것에 어떠한 법률적 장애가 있었다고 볼 수 없다. 그러므로 쟁점양도주식 계약상 쟁점양도주식은 청구법인이 OOO으로부터 양수할 쟁점풋옵션주식으로 특정되었다고 볼 수 있다.
  
  청구법인은 쟁점양도주식의 매매대금 중 중도금을 지급받으면, 쟁점양도주식의 인도를 담보하기 위해서 같은 종류의 d 주식 771,000주를 e에게 담보로 제공한다고 합의하였다. 청구법인과 e가 위와 같이 양도대상 주식과 그 양도대상 주식의 인도를 담보할 담보주식을 구별하여 합의한 계약 내용을 살펴보아도, 청구법인이 e에게 양도하는 주식은 쟁점풋옵션주식으로 특정하였다고 볼 수밖에 없다.
  
  (나) 처분청은 이러한 쟁점양도거래 계약 내용을 간과한 채, 자산판매손익의 귀속사업 연도를 정하는 「법인세법」상 규정을 근거로 쟁점양도거래 계약 내용을 오해하는 잘못을 저질렀다.
  
  처분청은 「법인세법」 제68조에서 주식의 손익 귀속시기를 그 대금을 청산한 날로 보고, 대금 청산 전에 주식의 명의개서가 이루어진 경우 명의개서일로 보고 있으며, d가 제출한 2017사업연도의 주식변동상황명세서에는 OOO이 쟁점풋옵션주식을 보유한 것으로 기재되어 있고, e로 명의개서된 사실이 확인되지 않으므로 쟁점양도주식의 손익귀속시기는 대금 청산일로 보아야 한다는 의견이나, 청구법인이 e로부터 쟁점양도주식 매매대금 중 잔금을 지급받은 시기(2018.4.25.)가 청구법인이 OOO에게 쟁점풋옵션주식의 양도를 청구하는 주식반환소송에서 승소한 시점(2018.4.19.) 이후인 점은 오히려 청구법인이 e에게 매도하기로 한 주식은 OOO으로부터 매수하기로 한 쟁점풋옵션주식이라는 주장을 뒷받침한다.
  
  처분청은 청구법인이 OOO에게 쟁점풋옵션주식을 인도청구한 소송이 확정된 시점이 2018.5.24.이므로 그 시점 이전에는 청구법인이 OOO으로부터 쟁점풋옵션주식을 아직 매수하였다고 볼 수 없고, 위 날짜 이전인 2018.4.25. e가 청구법인에게 쟁점양도주식의 매매대금 중 잔금 OOO원을 지급한 것을 이유로 청구법인이 e에 쟁점풋옵션주식이 아니라, 청구법인이 2015년경부터 보유하고 있었던 다른 d 발행주식 771,000주를 양도한 것으로 보고, 청구법인이 쟁점양도주식과 관련된 투자자산처분이익을 잘못 계산하였다고 판단한 것으로 이해된다.
  
  그런데 법원에서는 부동산의 타인권리매매와 관련하여 부동산을 매수하고 소유권이전 등기까지 넘겨받은 경우 진정한 소유자가 제기한 등기말소청구소송에서 매도인과 매수인 앞으로 된 소유권이전등기의 말소를 명한 판결이 확정됨으로써 매도인의 소유권이전의무가 이행불능된 경우, 그 손해배상액 산정의 기준시점은 위 판결이 확정된 때(대법원 1993.4.9. 선고 92다25946 판결)라고 판시한바,
  
  청구법인의 주식반환소송 패소가 확정되지 않는 한, 청구법인의 풋옵션행사주식에 대한 주식인도청구권이 법률상 이행불능이 되었다고 볼 수 없다.
  
  즉, 처분청은 청구법인과 OOO 간 체결한 쟁점양수거래 계약상 OOO이 청구법인에게 행사한 풋옵션의 의사표시를 취소할 어떠한 법적 근거도 없었던 점을 고려하지 아니하고, 청구법인이 쟁점양도거래 계약 체결(2017.7.16.) 이후인 2017.7.18. OOO에게 주식반환소송을 제기하였다는 사정에 따라 소송이 확정된 시점 이후에야 청구법인이 OOO으로부터 쟁점풋옵션주식을 인도받아 e에게 다시 인도할 수 있다고 본 것으로, 이러한 처분청의 의견에는 청구법인과 OOO간에 체결한 쟁점양수거래 계약상 풋옵션의 내용을 오해하고 법률상 이행불능의 법리를 오해한 잘못이 있다.
  
  (다) 처분청은 쟁점양도주식의 특정 여부를 판단하는 전제로, 쟁점양도주식의 양도시기를 2018년으로 보면서, 「법인세법」상 법인의 손익의 귀속 사업연도를 정하는 규정을 근거로 삼고 있으나, 법령의 내용은 법인의 손익의 귀속 사업연도를 정하는 것일 뿐, 쟁점양도주식의 계약체결일과 쟁점양도주식 계약상 매매 목적물(양도자산)인 쟁점양도주식을 특정하는 근거가 되지 못함에도, 처분청은 위 법령을 근거로 쟁점양도주식의 양도일을 2018.4.25.로 확정하였다.
  
  나. 처분청 의견
  
  (1) 쟁점풋옵션주식의 양도 시기는 대금 청산이 완료된 2018.5.30.이다.
  
  (가) 「법인세법 시행령」 제68조는 주식의 손익 귀속시기를 그 대금을 청산한 날로 보고 있고, 대금 청산일 이전에 주식의 명의개서가 이루어진 경우에는 명의개서일로 보고 있다. d가 2017사업연도 법인세신고 시 제출한 주식등변동상황명세서에는 OOO이 쟁점풋옵션주식을 보유한 것으로 기재되어 있고, e로 명의개서된 사실이 확인되지 않으므로, 쟁점풋옵션주식의 손익귀속시기는 대금청산일로 보아야 한다.
  
  (나) 청구법인과 OOO 사이의 주식반환소송에 따르면 OOO이 쟁점풋옵션주식에 대하여 2017.5.10. 풋옵션을 행사하였다가 취소하였고, 청구법인은 주식반환소송을 제기하여 2018.4.19. 승소하였다.
  
  <표2> 청구법인과 OOO 간 소송 내역 등
  
  청구법인은 OOO의 풋옵션 행사가 완결될 것을 예상하고 2017.7.6. 쟁점양도주식을 e에게 양도하는 계약을 체결하고 2017년 7월 양도 대금의 일부인 OOO원을 수령하였으나, 주식반환소송으로 주식을 양도하지 못하다가 당해 소송이 확정된 2018.4.25. e로부터 잔금 OOO원을 수취(대금청산)한 이후, 주식양도 및 그 처분이익을 인식하였다. 청구법인의 회계처리 및 대금 수취내역으로 볼 때 쟁점풋옵션주식을 양도한 것이라는 청구주장은 이유 없다.
  
  <표3> 청구법인의 회계처리 내역
  
  (단위 : 원)
  
  (2) 청구법인이 손금으로 계상한 쟁점비용은 업무와 무관하게 지출한 것으로 손금으로 인정할 수 없다. 관련 형사재판에서 청구법인이 손금으로 계상한 차량 리스비, 오피스텔 임차 관련 비용을 업무상 횡령으로 판결한바 있다.
  
  (가) 청구법인의 대표이사 a의 부친 i는 2021년 계열법인(d 등)에 대한 횡령ㆍ배임혐의로 기소된 후 관련 혐의사실이 법원(OOO 판결)에서 확정되었으며 징역 6년형을 선고받고 복역 중이다.
  
  위 사건 1심 법원은 청구법인이 손금계상한 쟁점비용은 청구법인의 업무를 위한 것이 아니라 a의 개인적 이익을 위한 것으로 판단하여 a의 부친 i의 업무상 횡령을 확정하였으며, 2심과 3심에서 그대로 인정되었다.
  
  (나) 또한, 오피스텔 관련 비용에 대하여 매입세액을 불공제한 처분에 대해 진행된 조세심판(조심 OOO)에서도 형사재판 판결문을 인용하여 a 개인적 이익을 위한 것으로 봄이 상당하고, 업무에 사용하였음을 구체적으로 입증하지 못하였다고 보아 기각 결정하였다.
  
  처분청은 2023.2.15. 청구법인에 쟁점비용을 업무용도로 지급하였다는 증빙자료를 요구한바 있으나, 청구법인은 조사기간 중은 물론 현재까지 전혀 자료를 제출한 바가 없다.
  
  (3) 청구법인의 항변에 대한 처분청의 추가 답변은 다음과 같다.
  
  (가) 쟁점양도거래는 쟁점풋옵션주식이 아닌 청구법인이 보유하고 있던 다른 주식이 양도된 것으로, 쟁점풋옵션주식을 양도하였음은 청구법인이 입증하여야 한다.
  
  청구법인은 2018.4.25. e로부터 잔금을 모두 수취한 후 쟁점양도주식을 양도하였으며, 청구법인은 그 사실을 회계장부에 기재한 후 증권거래세도 신고하였다.
  
  청구법인은 OOO과의 주식반환소송에서 2018.4.19. 1심에서 승소하였고, 그에 따라 청구법인과 OOO은 2018.5.16. 주식반환소송에 대한 합의 목적으로 아래와 같은 계약서를 작성하였으며, 해당 계약에는 잔금을 지급받음과 동시에 실물주권을 양도하는 것으로 기재되어 있다.
  
  <2018.5.16. 작성된 주식반환소송 합의 목적 계약서>
  
  (나) 청구법인은 2018.5.16. OOO원, 2018.5.30. OOO원을 OOO에게 송금하였고, 2018.5.16. 매도가능증권 취득으로 회계처리하였다. 계약서와 회계처리 내역으로 볼 때, 청구법인은 OOO으로부터 잔금일인 2018.5.30.에 풋옵션행사주식을 수령한 것이다.
  
  즉, 쟁점양도주식과 쟁점풋옵션주식의 거래일이 1개월 이상 차이(쟁점양도주식 : 2018.4.25., 쟁점풋옵션주식 : 2018.5.30.)가 있어 쟁점양도거래는 쟁점풋옵션주식이 아닌 청구법인이 당초 보유하고 있던 쟁점양도주식을 e에 양도한 것임을 알 수 있다. 청구법인에서 쟁점풋옵션주식을 e에게 지급하였음을 입증할 만한 서류(주식명의개서대장 등)를 제출하지 않는 한 양도한 자산의 취득시기가 분명하지 아니한 경우로 보아 총평균법을 적용하여 과세한 당초 처분은 정당하다.
  
  3. 심리 및 판단
  
  가. 쟁점
  
  ① 쟁점양도주식의 취득가액을 총평균법을 적용ㆍ경정하여 과세한 처분의 당부
  
  ② 쟁점비용을 법인의 업무와 무관한 비용으로 보아 손금불산입한 처분의 당부
【관련법령】
  나. 관련 법령
  
  (1) 법인세법(2017.12.19. 법률 제15222호로 일부개정된 것)
  
  ○ 법인세법 제27조(업무와 관련 없는 비용의 손금불산입) 내국법인이 각 사업연도에 지출한 비용 중 다음 각 호의 금액은 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.
  
  2. 제1호 외에 그 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 지출금액으로서 대통령령으로 정하는 것
  
  ○ 법인세법 제40조(손익의 귀속사업연도) ① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.
  
  ② 제1항에 따른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
  
  ○ 법인세법 제41조(자산의 취득가액) ① 내국법인이 매입ㆍ제작ㆍ교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.
  
  1. 타인으로부터 매입한 자산(대통령령으로 정하는 금융자산은 제외한다)은 매입가액에 부대비용을 더한 금액
  
  ② 제1항에 따른 매입가액 및 부대비용의 범위 등 자산의 취득가액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
  
  (2) 법인세법 시행령(2018.2.13. 대통령령 제28640호로 일부 개정된 것)
  
  ○ 법인세법 시행령 제50조(업무와 관련이 없는 지출) ① 법 제27조 제2호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.
  
  1. 해당 법인이 직접 사용하지 아니하고 다른 사람(주주 등이 아닌 임원과 소액주주 등인 임원 및 사용인은 제외한다)이 주로 사용하고 있는 장소ㆍ건축물ㆍ물건 등의 유지비ㆍ관리비ㆍ사용료와 이와 관련되는 지출금. 다만, 법인이 「대ㆍ중소기업 상생협력 촉진에 관한 법률」 제35조에 따른 사업을 중소기업(제조업을 영위하는 자에 한한다)에 이양하기 위하여 무상으로 해당 중소기업에 대여하는 생산설비와 관련된 지출금 등은 제외한다.
  
  2. 해당 법인의 주주 등(소액주주 등은 제외한다)이거나 출연자인 임원 또는 그 친족이 사용하고 있는 사택의 유지비ㆍ관리비ㆍ사용료와 이와 관련되는 지출금
  
  ○ 법인세법 시행령 제68조(자산의 판매손익 등의 귀속사업연도) ① 법 제40조 제1항 및 제2항을 적용할 때 자산의 양도 등으로 인한 익금 및 손금의 귀속사업연도는 다음 각 호의 날이 속하는 사업연도로 한다.
  
  3. 상품 등외의 자산의 양도:그 대금을 청산한 날[「한국은행법」에 따른 한국은행이 취득하여 보유 중인 외화증권 등 외화표시자산을 양도하고 외화로 받은 대금(이하 이 호에서 "외화대금"이라 한다)으로서 원화로 전환하지 아니한 그 취득원금에 상당하는 금액의 환율변동분은 한국은행이 정하는 방식에 따라 해당 외화대금을 매각하여 원화로 전환한 날]. 다만, 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기(등록을 포함한다)를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그 이전등기일(등록일을 포함한다)ㆍ인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날로 한다.
  
  ○ 법인세법 시행령 제72조(자산의 취득가액 등) ② 법 제41조 제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.
  
  1. 타인으로부터 매입한 자산: 매입가액에 취득세(농어촌특별세와 지방교육세를 포함한다), 등록면허세, 그 밖의 부대비용을 가산한 금액[법인이 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등(이하 이 호에서 "건물등"이라 한다)을 함께 취득하여 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우 법 제52조 제2항에 따른 시가에 비례하여 안분계산한다]
  
  ○ 법인세법 시행령 제73조(평가대상 자산 및 부채의 범위) 법 제42조 제1항 제2호에서 "재고자산(在庫資産) 등 대통령령으로 정하는 자산과 부채"란 다음 각 호의 것을 말한다.
  
  2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 유가증권 등
  
  가. 주식 등
  
  ○ 법인세법 시행령 제75조(유가증권 등의 평가) ① 제73조 제2호 가목 및 나목에 따른 유가증권의 평가는 다음 각 호의 방법 중 법인이 납세지 관할세무서장에게 신고한 방법에 의한다.
  
  1. 개별법(채권의 경우에 한한다)
  
  2. 총평균법
  
  3. 이동평균법
  
  ② 제74조 제3항 내지 제6항의 규정은 제73조 제2호 가목 및 나목에 따른 유가증권의 평가에 관하여 이를 준용한다. 이 경우 제74조 제4항 중 "선입선출법"은 "총평균법"으로, 동조 제6항 중 "재고자산평가조정명세서"는 "유가증권평가조정명세서"로 본다.
  
  다. 사실관계 및 판단
  
  (1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면 다음과 같은 사실이 확인된다.
  
  (가) 청구법인과 e 간 체결된 쟁점양도거래 관련 계약서는 아래와 같다.
  
  <2017.7.6. 쟁점양도거래 관련 계약서>
  
  (나) 청구법인과 OOO이 체결한 쟁점양수거래(풋옵션) 관련 계약서는 아래와 같다.
  
  <2016.5.10. 쟁점양수거래(풋옵션) 관련 계약서(일부내용 발췌)>
  
  (다) OOO은 청구법인에 2017.5.10. 풋옵션을 행사하였다가 2017.6.13. 취소하였고, 그에 따라 청구법인이 제기한 주식반환소송에서 청구법인이 승소(OOO 판결)하였다.
  
  <OOO 판결문(일부 발췌)
  
  (라) 청구법인의 승소에 따라 2018.5.16. OOO과 체결한 쟁점풋옵션주식관련 계약서는 아래와 같다.
  
  <2018.5.16. OOO과 체결한 계약서>
  
  (마) 처분청은 d의 2017사업연도 주식등변동상황명세서상에 OOO이 쟁점풋옵션주식을 보유한 것으로 기재되어 있어, e로 명의개서된 사실이 확인되지 않는다는 의견이다.
  
  <2017사업연도 주식등변동상황명세서>
  
  (바) 청구법인은 쟁점비용은 업무와 관련된 지출이라고 주장하며, 주식회사 h가 보낸 메일 자료 등을 제출하였다.
  
  <주식회사 h가 보낸 메일>
  
  (2) 쟁점비용 관련 대법원의 판결은 아래와 같다.
  
  <대법원 OOO 판결>
  
  (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대하여 살펴본다.
  
  (가) 「법인세법 시행령」 제68조 제1항 제3호에서 상품 등 외의 자산(주식)을 양도하는 경우 손익의 귀속 사업연도는 그 대금을 청산한 날이고, 다만 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그 이전등기일ㆍ인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날로 한다고 규정하고 있는바,
  
  청구법인은 e에게 양도한 쟁점양도주식은 계약상 OOO으로부터 양수 예정이었던 쟁점풋옵션주식을 양도하는 것으로 특정하였기에 쟁점양도주식의 취득가액은 쟁점풋옵션주식의 취득가액인 OOO원이라고 주장하나, 쟁점풋옵션주식은 OOO이 청구법인에게 2017.5.10. 풋옵션을 행사하였다가 2017.6.13. 이를 다시 취소함에 따라 주식반환소송을 거쳐 최종적으로 2018.5.30. 청구법인이 쟁점풋옵션주식의 잔금을 OOO에게 송금한 것으로 확인되므로, OOO이 쟁점풋옵션주식을 청구법인에게 양도한 날인 대금청산일은 2018.5.30.로 보이는 점,
  
  d의 2017사업연도 주식등변동상황명세서상에 쟁점풋옵션주식의 주주는 OOO으로 신고되어 있는 등 청구주장과 같이 쟁점거래에 따라 쟁점풋옵션주식을 e에게 양도한 것으로 신고된 사실은 없는 점,
  
  청구법인은 e와 작성한 계약서 외에는 쟁점풋옵션주식이 양도된 사실을 입증할만한 구체적인 자료(주식명의개서대장 등)를 제출한 사실이 없고, 쟁점양도주식과 쟁점풋옵션주식의 대금청산일(거래일)이 1개월 이상 차이(쟁점양도주식 : 2018.4.25., 쟁점풋옵션주식 : 2018.5.30.)가 있어 쟁점양도거래는 쟁점풋옵션주식이 아닌 청구법인이 당초 보유하고 있던 d이 발행한 다른 비상장주주식을 e에 양도한 것으로 봄이 합리적인 점,
  
  또한, 청구법인과 e 간 체결(2017.7.6.)한 쟁점양도거래 관련 계약서의 제4조 제4항에는 "e가 계좌에 잔금을 입금함과 동시에 청구법인이 쟁점양도주식을 인도하지 아니 하면 어떠한 사정에도 불구하고 e가 담보권 실행으로 담보주식 771,000주를 양수인이 온전하게 취득한다"고 명시되어 있으므로, e가 청구법인에게 2018.4.25. 잔금을 지급함에 따라 e는 쟁점풋옵션주식을 양수한 것이 아니라, 담보된 d 발행 주식 771,000주를 양수한 것으로 보이는 점 등에 비추어, 청구법인의 주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.
  
  (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점비용과 관련한 승용차 및 오피스텔은 법인의 업무과 관련하여 사용되었으므로 쟁점비용을 손금불산입한 처분은 부당하다고 주장하나, 쟁점비용 관련 법원의 판결(OOO 판결)에 따르면, 청구법인의 임원 a가 실제로 청구법인에 출근하여 경영에 관여하거나 회사 업무를 수행하였다고 볼 만한 객관적인 자료가 없고, 이 건 승용차 및 오피스텔이 청구법인의 업무상 목적으로 사용되었다고 볼 만한 자료가 없는 것으로 보아, 청구법인이 손금으로 계상한 쟁점비용은 청구법인의 업무를 위한 것이 아니라 a의 개인적인 이익을 위한 것으로 판시한 점,
  
  이와 달리 업무용에 사용하였다고 볼만한 객관적ㆍ구체적인 자료를 제출한 사실이 없는 점 등에 비추어, 위 청구주장 또한 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.
  
  (다) 따라서, 처분청이 쟁점양도주식의 취득가액을 OOO원으로 보아 투자자산처분이익 OOO원을 익금산입하고, 쟁점비용을 손금불산입하여 청구법인에게 법인세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
  
  4.결론
  
  이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
  
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