【제 목】
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관련규정 등에 비추어 이월결손금을 먼저 차감한 기업소득에서 초과환류액을 차감하여 미환류소득을 계산할 수 있을 뿐 이월결손금과 이월초과환류액의 공제 순서를 선택할 수 없음(기각) | ||
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| 【세목】 |
조세특례제한법 | 【구분】 |
심판청구 |
【주문】 심판청구를 기각한다. 【이유】 1. 처분개요 가. 청구법인은 1994.11.29. 설립 후 정보통신사업 관련 컨설팅 및 정보통신기기생산ㆍ판매를 주요 사업으로 영위하는 상호출자제한기업집단에 속하는 내국법인으로 a의 지주회사이며, 「조세특례제한법」(이하 "조특법"이라 한다) 제100조의32에 따른 미환류소득에 대한 법인세 과세제도(이하 "쟁점과세제도"라 한다) 적용대상이다. 청구법인은 2018.3.5. b 주식회사(이하 `피합병법인`이라 한다)를 흡수합병하면서 피합병법인으로부터 2016∼2018사업연도에 발생한 이월결손금 OOO원을 승계받았으며, 승계받은 사업에서 소득이 발생하지 않아 승계된 이월결손금이 아래 ＜표1＞과 같이 현재까지 그대로 남아 있다. ＜표1＞ 2023사업연도 이월결손금 기말잔액 청구법인은 2020사업연도 법인세를 당초 아래 ＜표2＞와 같이 신고하였다가, ＜표2＞ 당초 미환류소득 산정 내역 (단위: 원) 2021.11.22. 각 사업연도 법인세 과세표준 산정 시 「법인세법」제45조 제1항 및 제2항에 따라 합병법인의 이월결손금 공제가 제한되어, 합병법인으로서 보유하고 있는 이월결손금 중 승계이월결손금은 피합병법인으로부터 승계한 사업에서 발생한 소득 범위에서 공제하고, 그 밖의 이월결손금은 그 밖의 사업에서 발생한 소득 범위에서 공제하였으며, 미환류소득 산정 시에는 공제되지 아니한 이월결손금 합계액을 차감되는 결손금으로 그대로 가져와서 계산함으로써 2018∼2020사업연도의 미환류소득을 아래 ＜표3＞과 같이 재산정하여, 초과하여 납부된 세액 OOO원의 환급을 구하는 1차 경정청구를 하였고, 처분청은 2022.2.10. 청구법인의 청구를 받아들여 2020사업연도 법인세를 경정하였다. ＜표3＞ 미환류소득 재산정 내역(1차 경정청구) (단위: 원) 이후 처분청은 "합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 이월결손금으로서 각 사업연도 과세표준 계산 시 공제되지 않은 금액을 매년 미환류소득 계산 시 계속하여 차감할 수 없다"는 기획재정부 유권해석(기획재정부 법인세제과-333, 2022.8.24.)에 따라 청구법인에 법인세 수정신고를 안내하였고, 청구법인은 2022년 11월경, 승계이월결손금으로 차감된 부분은 다음 해에 재차 차감항목으로 적용되지 않도록 각 사업연도 미환류소득을 재산정하여 아래 ＜표4＞와 같이 2018∼2020사업연도 법인세를 수정신고 및 납부하였다. ＜표4＞ 미환류소득에 대한 법인세 수정신고ㆍ납부 내역 (단위: 원) 나. 이후, 청구법인은 2018∼2020사업연도 위 법인세 수정신고에 대해 "이월결손금과 이월된 초과환류액이 동시에 있는 경우, 이월된 초과환류액을 우선 공제할 수 있게 해달라(이하 "쟁점①"이라 한다)"는 주위적 청구사유를 적용하여 미환류소득을 재산정하여 아래 ＜표5＞와 같이 2차 경정청구를 하였으며, 이에 더하여 각 사업연도 과세표준에서 공제되지 아니한 피합병법인으로부터 승계받은 이월결손금을 미환류소득 계산 시 매년 재차 차감하여 달라(이하 "쟁점②"라 한다)는 예비적 청구사유를 제시하였다. ＜표5＞ 미환류소득에 대한 법인세 재산정 내역(2차 경정청구) (단위: 원) 이에 대해 처분청은 쟁점①은 처분청 유권해석(법규과-1905, 2023.7.20.)을 근거로, 쟁점②는 기획재정부 유권해석(기획재정부 법인세제과-333, 2022.8.24.)을 근거로 2024.7.12. 각 거부처분하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.9.27. 쟁점①에 대하여, 2024.10.8. 쟁점②에 대하여 각 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 쟁점과세제도의 취지, 과세형평성, 개정연혁 및 조문의 문리적 해석 등에 비추어 보면 "이월된 초과환류액의 공제"가 "이월결손금의 차감"보다 우선하여 이루어져야 한다. (가) 쟁점과세제도 취지는 기업 내에 유보되어 있는 유휴소득을 투자ㆍ임금증가ㆍ배당재원 등에 사용하도록 하여 기업소득과 가계소득 간 선순환을 유도하기 위한 것으로, 기업 내에 유보되어 있는 유휴소득이 충분하지 않다면, 법인세 추가 과세대상이 되는 미환류소득이 산정되지 않도록 함이 타당하다. 또한, 실질적인 담세력 및 환류여력이 있는 기업에 대하여만 미환류소득에 대한 법인세를 추가 과세하기 위해, 법인세 과세표준 산정 시 이월결손금의 공제한도를 두는 반면, 미환류소득 산정 시에는 이월결손금을 공제 한도 없이 전액 차감하도록 규정하였다. 이 취지를 충분히 실현하기 위해서는, 어느 사업연도에 이월된 초과환류액과 이월결손금이 모두 있는 경우 이를 모두 과세대상 미환류소득을 산정하는 과정에 반영하여야 할 것이다. 다만, 결손금은 발생한 사업연도에서 "15년 혹은 20년" 이월할 수 있는 반면, 초과환류액은 "다음 사업연도까지"만 이월할 수 있어, 이월가능기간에 큰 차이가 있기에, 이월결손금과 이월된 초과환류액이 모두 있는 경우라면, 이월할 수 있는 기간이 상대적으로 크게 제한되는 초과환류액만큼은 이월결손금에 우선하여 공제할 수 있다고 해석하는 것이 쟁점과세제도의 취지에 부합하는 것이다. (나) 위와 같이 초과환류액의 경우 이월할 수 있는 기간이 이월결손금보다 많이 제한되므로, 처분청의 과세논리대로 미환류소득에 대한 법인세 산정 과정에서 언제나 이월결손금을 차감한 후에 이월된 초과환류액의 공제를 할 수 있다고 한다면, 사안에 따라서는 과세형평에 반하는 부당한 결과가 초래된다. X1∼X3사업연도의 각 사업연도 소득, 이월결손금, 기업소득이 모두 동일한 A법인과 B법인이 있다고 가정할 때, A법인의 임금증가금액은 X1사업연도 OOO 원, 이후 OOO원이고, B법인의 임금증가액은 매 사업연도 각 OOO억 원씩 발생하였다고 한다면, 두 법인의 미환류소득 법인세 산출은 아래 ＜표6＞ㆍ＜표7＞과 같다. ＜표6＞ A법인의 각 사업연도 미환류소득에 대한 법인세 산정 ＜표7＞ B법인의 각 사업연도 미환류소득에 대한 법인세 산정 위 ＜표6＞ㆍ＜표7＞과 같이 두 법인은 사업연도별 임금증가액의 차이는 있으나, 3개 사업연도 전체를 보면 그 합계액은 서로 동일하고, 각 사업연도 소득, 이월결손금, 기업소득, 초과환류액 등 실질적인 환류여력의 측면에서 서로 다를 바 없으며, 임금증가금액 등을 통하여 가계소득으로 환류시킨 금액도 서로 동일함에도 불구하고, 처분청 논리에 따르면 A법인은 B법인과는 달리 3사업연도에 OOO원에 대한 법인세를 더 납부하여야 하는바, 이는 과세형평에 반한다. 만약, 이월결손금과 이월된 초과환류액이 모두 존재할 경우 초과환류액을 이월결손금에 우선하여 먼저 공제할 수 있다고 한다면, A법인의 경우 아래 ＜표8＞과 같이 미환류소득에 대한 법인세가 산정되고, 이 경우에는 A법인과 B법인이 동일한 미환류소득 법인세 납부의무를 부담하게 되는 타당한 결과가 도출된다. (초과환류액을 이월결손금에 우선하여 먼저 공제하는 경우) (다) 초과환류액의 이월가능기간이 당초 "1년"에서 "2년"으로 변경된 개정연혁에 비추어 보더라도, 이월된 초과환류액과 이월결손금이 모두 존재하는 경우에는 이월된 초과환류액의 공제가 이월결손금의 차감보다 우선하여야 한다고 해석함이 타당하다. 기획재정부는 연도별 투자금액 변동성으로 인해 추가 과세되는 부담을 완화하기 위해 아래 ＜표9＞와 같이 조특법을 2020.12.29. 법률 제17759호로 개정하면서 종전에 "다음 사업연도"까지만 이월하여 미환류소득에서 공제할 수 있었던 것을 2021.1.1. 이후 신고하는 초과환류액부터는 "그 다음 2개 사업연도까지" 이월하여 공제할 수 있도록 하였다. ＜표9＞ 조특법 2020.12.29. 법률 제17759호로 개정 전ㆍ후 조문 비교  (라) 「법인세법」상 세액 감면ㆍ공제에 관한 기본원칙을 고려하더라도, 미환류소득에 대한 법인세 산정 과정에서 이월된 초과환류액과 이월결손금이 모두 존재할 경우에는 이월된 초과환류액을 이월결손금에 우선하여 공제하여야 하고, 「법인세법 시행규칙」을 「법인세법」에 우선하여 적용할 수 없다. 2018.12.24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 「법인세법」 제59조 제1항에 따르면, 「법인세법」 및 다른 법률을 적용할 때 법인세의 감면에 관한 규정과 세액공제에 관한 규정이 동시에 적용되는 경우 그 적용순위는 별도의 규정이 있는 경우 외에는 아래 ＜표10＞과 같이 다음 각 호의 순서에 따라야 하고, 제1호와 제2호의 금액을 합한 금액이, 법인이 납부할 법인세액을 초과하는 경우, 그 초과금액은 없는 것으로 본다고 하면서 제56조에 따른 미환류소득에 대한 법인세는 초과부분에서 제외한다고 명시하고 있는바, 이 문언은 위 조항 자체가 우선 `미환류소득 법인세`에도 적용됨을 전제로 위와 같은 초과 부분 삭제규정만 미환류소득의 적용이 제외되도록 규정한 것이다. ＜표10＞ 감면 및 공제의 적용 순서 ※ 다음 각 호의 순서 1. 각 사업연도의 소득에 대한 세액 감면(면제를 포함한다) 2. 이월공제(移越控除)가 인정되지 아니하는 세액공제 3. 이월공제가 인정되는 세액공제. 이 경우 해당 사업연도 중에 발생한 세액공제액과 이월된 미공제액이 함께 있을 때에는 이월된 미공제액을 먼저 공제한다. 4. 제58조의3에 따른 세액공제. 이 경우 해당 세액공제액과 이월된 미공제액이 함께 있을 때에는 이월된 미공제액을 먼저 공제한다. 이상과 같은 법률에 비추어 보면, 2020.12.29. 법률 제17759호로 개정 전 조특법상 초과환류액과 이월결손금의 적용순위에 관한 `별도의 규정`이 없으므로 위 조항에 따라 적용순위가 정해져야 하며, 처분청은 「법인세법」 신고서식의 계산상 이월결손금이 이월된 초과환류액에 우선하여 공제되어야 한다고 주장하나, 「법인세법」 신고서식은 「법인세법 시행규칙」에 정해진 것으로서 법률규정의 명시적 위임을 받은 조항이 아니므로, 2018.12.24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 「법인세법」 제59조 제1항에 우선할 수 없다. 대법원 판례(2015.6.24. 선고 2012두7073 판결)에서도 시행령에 정해진 계산식과 시행규칙에 정해진 계산식이 서로 상충될 경우 상위법령인 시행령 산식이 우선해야 한다고 판시하였는바, 이에 의하면 법률조항인 2018.12.24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 「법인세법」 제59조 제1항이 시행규칙상의 산식에 우선한다고 봄이 타당하다. (마) 또한, 처분청은 이월결손금이 당연공제(차감)항목이라는 이유로 납세자 선택항목인 이월초과환류액보다 우선적용되어야 한다고 주장하면서 대법원 판례(2004.6.11. 선고 2003두13212 판결)을 인용하였는데, 해당 판결은 「법인세법」상 이월결손금에 관하여 `어느 사업연도에 이월결손금을 공제할 것인지 여부를 납세자의 선택에 맡길 경우 소득발생여부에 따라 자의로 각 사업연도의 과세표준 및 세액을 왜곡시킬 가능성이 있어 객관적으로 존재하는 이월결손금의 액수를 산정하는 것이 상당하다는 점` 등을 감안하여, 이월결손금은 당연공제(차감)항목이라고 판단한 것이고, 청구법인은 2018.12.24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 「법인세법」 제59조 제1항 제2호, 제3호에 근거하여 이월공제가 인정되지 아니하는 세액공제를 이월공제가 인정되는 세액공제보다 우선하여 공제되도록 해달라는 것으로 그 내용이 다르다. (2) 기획재정부의 유권해석, 쟁점과세제도의 도입 취지, 조세법률주의 등을 감안할 때 합병법인의 미환류소득 계산 시 "피합병법인으로부터 승계받은 이월결손금은 매 사업연도마다 사업연도의 소득금액에서 재차 차감할 수 있다. (가) 기획재정부는 두 차례 유권해석(기획재정부 법인세제과-312, 2016.3.30., 기획재정부 법인세제과-374, 2021.8.19.)에서 미환류소득 산정 시 차감되는 결손금을 「법인세법」상의 이월결손금과 동일하게 "각 사업연도의 개시일 전 일정 기간 내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후 각 사업연도 법인세 과세표준 계산 시 공제되지 아니한 금액"으로 명확히 하였고, 이후 다소 불명확하였던 조특법 시행령도 아래 ＜표11＞과 같이 위와 같은 해석에 부합하도록 명확하게 개정한바 있다. ＜표11＞ 조특법 시행령 제100조의32 제4항 제2호 라목(2022.2.15. 대통령령 제32413호) 개정 전ㆍ후 조문 비교 기획재정부는 위 <표11>의 개정 이유를 조문의 해석을 명확히 한 것으로 안내한바, 이 건에 적용되는 법령의 해석상 미환류소득을 산정할 때 차감되는 이월결손금은 「법인세법」상 이월결손금과 동일한 것으로 봄이 타당하고, 이에 따라 이월결손금은 재차 차감할 수 있는 것이다. (나) 미환류소득에 대한 법인세 과세제도와 이월결손금 차감규정의 각 취지에 비추어 보더라도, 「법인세법」상의 이월결손금이 잔존하는 경우 기업에 환류여력 또는 담세력이 있다고 볼 수 없으므로 미환류소득 산정 시 이월결손금은 차감되어야 하고, 기업의 정확한 환류여력을 파악하기 위해서는 합병법인의 승계이월결손금이 여러 사업연도에 걸쳐 법인세 과세표준 산정과정에서 공제되지 않고 남아 있을 경우 이를 그대로 미환류소득 산정과정에서 차감항목으로 적용하는 것이 타당하다. (다) 현행 법령체계상으로는 미환류소득 계산목적상의 이월결손금을 산정할 수 있도록 하는 근거규정, 서식 및 산식 등이 존재하지 않고, 법인세 과세표준 계산 목적상의 이월결손금을 산정할 수 있도록 하는 근거규정 및 서식 등만 존재할 뿐이므로, "미환류소득 산정을 위한 이월결손금"을 "법인세 과세표준 산정을 위한 이월결손금"과 구별하여 별도로 계산ㆍ관리할 수 있는 근거가 없다. 나. 처분청 의견 (1) 미환류소득 관련 법령 규정 및 계산체계에 따르면, "이월결손금" 공제가 "이월된 초과환류액"의 공제보다 우선하여 공제된다. (가) "미환류소득에 대한 법인세"의 계산은 각 사업연도의 소득에서 일정항목을 가산하고 일정항목을 차감한 금액(이하 "기업소득"이라 한다)을 계산한 후, 아래의 방법 중 법인이 선택하는 방식에 따라 계산한 미환류소득(이하 "당해 사업연도 미환류소득"이라 한다)에서 차기환류적립금과 이월된 초과환류액을 공제한 후의 금액, 즉 "과세대상 미환류소득"에 20%를 곱하여 산출한다.  이 때 기업소득은 각 사업연도의 익금 총액에서 손금 총액을 뺀 금액인 `각 사업연도의 소득`에 일정항목을 가산하고, 이월결손금 등 일정항목을 차감하여 산출되는바, 미환류소득에 대한 법인세 체계상, 이월된 초과환류액에 앞서 이월결손금이 공제되며 이를 그림으로 나타내면 아래 ＜그림1＞과 같다. ＜그림1＞ 과세대상 미환류소득 계산 흐름  이는 아래 ＜표12＞ 미환류소득에 대한 법인세 신고서식에서도 확인할 수 있는데, 신고서식을 보면, 이월결손금을 공제한 후에 산정되는 미환류소득(52)에 이월된 초과환류액(53)을 차감함으로써 과세대상 미환류소득이 계산되는바, 이월결손금의 공제가 이월된 초과환류액의 공제 보다 우선되는 것을 확인할 수 있다. ＜표12＞ 미환류소득에 대한 법인세 신고서  (나) 조특법 및 같은 법 시행령의 문언을 살펴보더라도, 아래 ＜그림2＞와 같이 당해 사업연도의 미환류소득은 조특령 제100조의32 제4항에 따라 이월결손금을 차감하여 계산하고 그 후에 조특법 제100조의32 제9항에 따라 당해 사업연도 미환류소득에서 이월된 초과환류액을 공제하여 "과세대상 미환류소득"을 계산하고 있다.  따라서, 조문을 문리적으로 해석하더라도 이월된 초과환류액은 당해 사업연도 미환류소득을 계산한 후에 과세대상 미환류소득을 계산할 때 차감되는 항목이며, 당해 사업연도 미환류소득에서 공제할 수 있도록 하고 있어 초과환류액의 공제 여부는 납세자의 선택사항에 해당함을 알 수 있다. √ 조세특례제한법 제100조의32 (투자ㆍ상생협력 촉진을 위한 과세특례) ⑨ 직전 사업연도에 종전의 「법인세법」(법률 제15222호로 개정된 것을 말한다) 제56조 제7항에 따라 발생한 초과환류액이 있는 경우에는 제2항에 따른 미환류소득에서 공제할 수 있다. 반면, 이월결손금은 당해 사업연도 미환류소득를 계산할 때 차감되는 항목이고, 법 문언에 따르면 각 사업연도 소득에서 이월결손금은 반드시 공제하도록 하고 있어 이월결손금의 공제 여부는 납세자의 선택사항이 아니다. √ 법인세법 제13조 (과세표준) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각 호의 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다. (단서생략) 1. 제14조제3항의 이월결손금 중 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 금액 가. 각 사업연도의 개시일 전 15년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금일 것 (다) 이월결손금을 먼저 공제할 경우 청구법인이 불리한 상황에 놓이게 된다는 이유만으로, 법령 규정을 확장해석하거나 유추해석할 수 없는바(대법원 2003.1.24. 선고 2002두9537 판결 등), 세액감면과 세액공제 규정이 동시에 적용되는 경우에는 세부담 측면에서 납세자에게 유리하도록 「법인세법」 제59조에 "이월공제가 적용되지 않는 세액공제를 먼저 적용"하도록 명시하고 있지만, "이월된 초과환류액"과 "이월결손금"의 공제순서에 대해서는 명문규정이 없다. (라) 이월결손금은 기업소득 계산 시 차감되는 항목으로 이월공제기간이 10년(15년)이나 이월된 초과환류액은 세율이 적용되는 과세표준(과세대상 미환류소득)에서 직접 차감되는 항목으로 이월기간이 1년(2년)이며, 이월결손금은 당연공제(차감) 항목이나 이월된 초과환류액은 납세자의 선택적 공제항목이므로 동일선상에서 공제순서를 판정할 수 없다. (마) 나아가 「법인세법」 제13조 과세표준 규정을 살펴보면 이월공제가 적용되지 않는 비과세 소득과 소득공제액을 이월결손금보다 먼저 적용하는 것이 납세자에게 유리함에도 실제 공제 순서를 이월결손금→ 비과세소득 → 소득공제액의 순서로 공제하도록 규정하고 있는바, 공제규정이 경합하는 경우 그 적용을 반드시 납세자에게 유리하게 적용하고 있는 것은 아니다. (바) 이월결손금의 공제여부를 선택사항으로 본다면, 청구법인은 이월결손금을 공제하지 않음으로써 이월된 초과환류액을 적용받을 것인데, 위에서 언급한 바와 같이 「법인세법」은 이월결손금의 공제를 선택사항으로 규정하지 않았고, 대법원 판례(2004.6.11. 선고 2003두13212 판결)에서도 이월결손금의 공제시기를 임의로 선택할 수 없다고 해석한 바 있다. 이월결손금의 공제시기를 임의로 선택할 경우, 과세소득이 적은 사업연도에는 이월결손금을 공제받지 않고, 많은 사업연도에는 이월결손금을 많이 공제받음으로써 낮은 세율 적용을 통한 세 부담 회피사례가 발생할 수 있다는 점에서도 이월결손금 공제시기를 선택사항으로 보는 것은 타당하지 않으며, 이는 공제여부를 임의로 선택할 수 없다는 것과 같은 의미로 해석된다. (2) 미환류소득 계산 시 각 사업연도 소득에서 이월결손금을 계속해서 재차 차감할 수 없다. (가) 투자ㆍ상생협력촉진세제 취지는 기업의 소득을 투자ㆍ임금증가 등으로 활용하도록 하여 기업소득과 가계소득 간 선순환을 유도하기 위한 것으로서, 기업의 소득 중 투자, 임금증가액 등으로 사용하지 아니한 미환류소득이 있는 경우에 그에 대한 법인세를 납부하도록 한 것이다. 이때 미환류소득 계산은 각 사업연도 소득에 국세 환급이자 등을 가산하고 이월결손금 등을 차감하여 지출가능한 금액(기업소득)을 산정하는 구조이며, 이월결손금 상당액을 기업소득에서 차감하는 이유는 이월결손금의 발생으로 환류여력이 없는 기업에게 환류소득에 대한 법인세 부담을 완화해 주기 위한 것이다. 법인세 과세표준 계산 시에도 전체적으로 결손인 법인에 대하여 법인세를 부과하는 것을 방지하고자 이월결손금 공제제도를 두고 있으나, 한 번 공제한 이월결손금은 이후 사업연도에 계속해서 재차 공제하고 있지는 않다. 이월결손금을 계속하여 재차 공제하게 되면 실제 누적된 이월결손금보다 더 많은 액수를 공제하게 되고, 기업으로서는 환류 여력이 있음에도 계산된 기업소득이 음수가 나오게 되어 미환류소득 법인세를 납부하지 않게 됨으로써 기업소득과 가계소득 간 선순환을 유도하기 위한 미환류소득 세제의 취지와 어긋나게 되며, 미환류소득 세제의 도입을 무용하게 하는 것으로서 타당하지 않고 기획재정부도 이러한이유로 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 이월결손금을 각 사업연도마다 재차 차감하는 것은 불가능하다고 회신(기획재정부 법인세제과-333, 2022.8.24.)하였다. (나) 청구법인은 기획재정부 유권해석(법인세제과-374, 2021.8.19.)에서 미환류소득 법인세 산정 시 차감하는 이월결손금은 "각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액"임이 확인되었다며, 마치 이를 통해 이월결손금의 재차공제를 허용하는 것처럼 주장하나, 실제 해당 유권해석은 아래 ＜표13＞과 같이 재차 공제를 허용한다는 것이 아닌, "각 사업연도의 소득에서 과거에 누적된 결손금을 차감한 금액"을 기준으로 미환류소득세제를 적용하라는 의미로 「법인세법」상 이월결손금에 관한 규정을 기재하며 보충설명하고 있는 것이다. ＜표13＞ 기획재정부 유권해석(법인세제과-374, 2021.8.19.) 및 관련 조문  (다) 기획재정부의 보도자료(2016.4.1.)에서도 `해당 사업연도에 공제한 결손금`의 의미를 `각 사업연도의 소득에서 과거에 누적된 이월결손금을 차감한 금액을 기준으로 기업소득환류세제를 적용하는 것`으로 정의하고 있을 뿐이지, 누적된 결손금을 계속하여 재차 차감이 가능한 것으로 정의하고 있지는 않다. ＜2016.4.1. 기획재정부 법인세제과 보도자료＞ 법인세액 관련 2 기업의 미환류소득 계산 시 각 사업연도의 소득에서 차감하는 "해당 사업연도에 공제한 결손금"의 의 미는? ㅇ 각 사업연도의 소득에서 과거에 누적된 결손금을 차감한 금액을 기준으로기업소득환류세제를 적용하 는 것임 - 당기 소득이 있다 하더라도 과거에 누적된 이월결손금이 더 큰 경우는 기업소득환류세제 적용이 되지 아니함 (라) 조세심판원에서도 쟁점②와 동일한 사안에 대하여 기각결정(조심 2023서7744, 2024.4.17., 조심 2023서7720, 2024.6.4. 외 다수)을 한 바 있다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 ① 합병법인의 과세대상 미환류소득 산정 시 이월된 초과환류액을 이월결손금 보다 우선하여 차감할 수 있는지 여부 ② 미환류소득에 대한 법인세 계산 시 차감한 피합병법인으로부터 승계한 이월결손금을 이후 사업연도에 계속하여 재차 차감할 수 있는지 여부 나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 처분청과 청구법인이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 내용이 확인된다. (가) 청구법인은 상호출자제한기업집단에 속하는 내국법인으로 미환류소득에 대한 법인세 적용대상이며, 2018.3.5. 피합병법인을 흡수합병하면서 피합병법인으로부터 2016∼2018사업연도에 발생한 이월결손금 OOO원을 승계받았으며, 승계받은 사업에서 소득이 발생하지 않아 승계된 이월결손금이 현재까지 그대로 남아 있다. 피합병법인은 2017.4.1.을 분할기일로 하여 해운사업부문을 물적분할하여 c 주식회사를 설립하고 사명을 c 주식회사에서 b 주식회사(피합병법인)로, 주업종을 원유수송ㆍ운수보관에서 금융투자 및 융자업으로 변경하였다. (나) 청구법인은 2018∼2020사업연도의 미환류소득 산정 시 공제되지 아니한 이월결손금 합계액을 차감되는 결손금으로 계산하여 재산정(쟁점② 방식)한 후, 초과하여 납부된 세액 OOO원의 환급을 구하는 1차 경정청구를 2021.11.22. 하였고, 처분청은 이를 받아들여 2022.2.10. 법인세를 경정ㆍ환급하였으나, 기획재정부 유권해석(법인세제과-333, 2022.8.24.)에 따라 다시 2018∼2020사업연도 법인세 OOO원을 수정신고ㆍ납부하였다. (다) 이후 청구법인은 2018∼2020사업연도 미환류소득 산정 시, 이월된 초과환류액을 공제하지 않아 그대로 소멸되었다는 것을 인지하고, 초과환류액을 먼저 공제한 후, 이월결손금을 공제를 적용하는 방식(쟁점① 방식)을 적용하여 다시 경정청구 하였으나, 처분청은 이월결손금을 먼저 공제하고 초과환류액을 공제한 청구법인의 당초 신고내용이 옳다는 이유로 2024.7.12. 경정청구를 거부하였다. (라) 이 건과 관련한 청구법인의 경정청구 내용은 아래 ＜표12＞와 같다. ＜표12＞ 쟁점① 관련 미환류소득에 대한 법인세 재계산 내역 (단위 : 원) (2) 이 건과 관련한 기획재정부 유권해석의 주요 내용은 아래와 같다. ＜기획재정부 법인세제과-333(2022.8.24.)＞ ㅇ「조세특례제한법」제100조의32 미환류소득에서 차감하는 합병법인이 피합병법인으로부터 승계 받은 이월결손금을 이후 사업연도에도 계속하여 재차 차감할 수 있는지 여부 (1안) 매 사업연도마다 이월결손금 차감 가능 (2안) 매 사업연도마다 이월결손금 차감 불가능 질의의 경우 2안이 타당합니다. ＜기획재정부 법인세제과-374(2021.8.19.)＞ ㅇ「조세특례제한법」제100조의32의 미환류소득 계산 시 차감하는 합병법인이 피합병법인으로부터 승계 받은 이월결손금의 의미 〈제1안〉피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서 해당 사업연도에 공제한 결손금 〈제2안〉피합병법인의 해당 사업연도 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금(2020 년 1월 1일 이후에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금은 15년)으로서 그 후의 각 사업연도 과세표준 계 산을 할 때 공제되지 아니한 금액 ㅇ (회신) 귀 질의의 경우 제2안(피합병법인의 해당 사업연도 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에 서 발생한 결손금(2020년 1월 1일 이후에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금은 15년)으로서 그 후의 각 사업연도 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액)이 타당함. ＜기획재정부 법인세제과-312(2016.3.30.)＞ ㅇ (질의) 기업의 미환류소득에 대한 법인세 계산방법 ㅇ (회신) 기업의 미환류소득 계산 시 각 사업연도의 소득에서 차감하는 「법인세법 시행령」제93조 제4 항 제2호 라목의 "해당 사업연도에 공제한 결손금"은 「법인세법」제13조 제1호의 "각 사업연도의 개시 일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액"임. (3) 이 건과 관련한 법령 제개정 내용 및 관련 보도자료 등은 아래와 같다. (가) 조특법 시행령(2022.2.15. 대통령령 제32413호로 개정된 것) 제100조의32 제4항의 개정취지 및 개정내용은 아래와 같다. 가. 개정취지 ○ 기업소득 환류여력 반영 및 납세편의 제고 나. 개정내용  (나) 기업소득 환류세제 관련, 기획재정부의 2014년 세법개정안의 내용을 보면, 기업소득을 투자, 임금증가, 배당에 활용토록 유도하기 위해 투자, 임금증가, 배당 등이 당기 소득의 일정액에 미달한 경우 추가 과세하도록 신설한 것으로 나타난다. (4) 2020.12.29. 법률 제17759호로 개정된 조특법 제100조의32 제7항의 세법개정안의 내용 등을 보면, 연도별 투자금액 변동성으로 인해 추가 과세되는 부담을 완화하기 위해 초과환류액 이월기간을 1년에서 2년으로 확대한 것으로 나타난다. (5) 조특법 시행령 제100조의32 각 항의 규정에 따른 같은 법 시행규칙 [별지 114호]의 미환류소득에 대한 법인세 신고서식에 의하면, 미환류소득의 계산은 각 사업연도 소득에서 가산항목을 더하고 차감항목인 이월결손금을 차감하여 기업소득을 구하고, 청구법인이 선택한 방식에 따라 계산한 미환류소득에서 초과환류액을 공제한 후 과세대상 미환류소득을 계산하는 구조로 되어 있다. (6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 「법인세법」 제59조 제1항의 감면 등 공제순서에 근거하여 이월공제 기간이 짧은 초과환류액을 이월공제 기간이 긴 이월결손금보다 우선하여 차감하여야 한다고 주장하나, 「법인세법」 제59조 제1항에 따르면, 이 법 및 다른 법률을 적용할 때 법인세의 감면에 관한 규정과 세액공제에 관한 규정이 동시에 적용되는 경우에 그 적용순위는 별도의 규정이 있는 경우 외에는 다음 각 호의 순서에 따른다고 규정하고 있는바, 미환류소득에 대한 법인세 계산은 조특법 제100조의32 및 같은 법 시행령 제100조의32와 같은 법 시행규칙[별지114호서식]에서 별도로 규정하고 있어 「법인세법」 제59조 제1항에 따른 감면 등 공제 순위 적용대상에 해당하지 아니하는 점, 조특법 및 같은 법 시행령 제100조의32에서 과세대상 미환류소득의 계산체계에 따라 같은 법 시행규칙에서 서식으로 규정하고 있고, 여기에서 먼저 이월결손금을 차감하여 산출한 기업소득을 기준으로 법인이 선택하는 방식에 따라 미환류소득을 우선 계산하는 것이고, 그 미환류소득에 이월된 초과환류액을 공제하여 과세대상 미환류소득을 산출하도록 되어있는바, 청구법인이 이월결손금과 초과환류액의 공제 순서를 선택하여 적용할 수 없다고 보이는 점 등에 비추어 청구주장은 받아들이기 어렵다 하겠다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 미환류소득에 대한 법인세 계산 시 차감한 피합병법인으로부터 승계한 이월결손금이 공제되지 아니한 상태에서는 다음 사업연도에 계속하여 재차 차감할 수 있다고 주장하나, 조특법 시행령 제100조의32 제4항 제2호에서 기업소득의 차감항목이 `공제한 결손금`에서 `공제할 수 있는 결손금`으로 2022.2.15. 개정되었으나, 이는 합병법인의 법인세 과세표준 계산 시 적용되는 이월결손금 공제한도를 기업소득 계산 시에는 적용하지 아니하는 것으로서 기획재정부 예규 법인세제과-312(2016.3.30.) 등을 명확화한 것이고, 이후 기획재정부 예규 법인세제과-333(2022.8.24.)에서도 재차 차감할 수 없다고 해석하고 있는 점, 청구법인의 미환류소득에 대한 법인세 계산 시에 이미 공제한 이월결손금을 다음 사업연도에 재차 차감하도록 명시적으로 규정하고 있지 아니한 점, 미환류소득에 대한 법인세와 관련한 기업소득 산정 시에 당초 승계된 이월결손금이 공제된 이상 법인세 과세표준 계산 시 공제되지 아니하였다 하더라도 다음 사업연도에는 재차 공제하지 아니하는 것이 쟁점과세제도의 취지에 부합하는 점 등에 비추어 청구주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다(조심 2023서7720, 2024.6.4. 같은 뜻임). 따라서, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. 【관련법령】 (1) 조세특례제한법(2020.12.29. 법률 제17759호로 개정되기 전의 것) ○ 조세특례제한법 제100조의32(투자ㆍ상생협력 촉진을 위한 과세특례) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 내국법인이 제2항 제1호 가목부터 다목까지의 규정에 따른 투자, 임금 등으로 환류하지 아니한 소득이 있는 경우에는 같은 항에 따른 미환류소득(제5항에 따른 차기환류적립금과 제7항에 따라 이월된 초과환류액을 공제한 금액을 말한다)에 100분의 20을 곱하여 산출한 세액을 미환류소득에 대한 법인세로 하여 「법인세법」 제13조에 따른 과세표준에 같은 법 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 1. 각 사업연도 종료일 현재 대통령령으로 정하는 자기자본이 500억원을 초과하는 법인. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인은 제외한다. 가. 대통령령으로 정하는 중소기업 나. 대통령령으로 정하는 비영리법인 다.「법인세법」제51조의2 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인 2. 각 사업연도 종료일 현재 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제14조 제1항에 따른 상호출자제한기업집단에 속하는 법인 ② 제1항 각 호에 따른 내국법인은 다음 각 호의 방법 중 어느 하나를 선택하여 산정한 금액(산정한 금액이 양수인 경우에는 "미환류소득"이라 하고, 산정한 금액이 음수인 경우에는 음의 부호를 뗀 금액을 "초과환류액"이라 한다. 이하 이 조에서 같다)을 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월(「법인세법」 제76조의17에 따라 법인세의 과세표준과 세액을 신고하는 경우에는 각 연결사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 4개월) 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. 1. 해당 사업연도(2020년 12월 31일이 속하는 사업연도까지를 말한다)의 소득 중 대통령령으로 정하는 소득(이하 이 조에서 "기업소득"이라 한다)에 100분의 60부터 100분의 80까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 비율을 곱하여 산출한 금액에서 다음 각 목의 금액의 합계액을 공제하는 방법 2. 기업소득에 100분의 10부터 100분의 20까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 비율을 곱하여 산출한 금액에서 제1호 각 목(가목에 따른 자산에 대한 투자 합계액은 제외한다)의 합계액을 공제하는 방법 ⑦ 해당 사업연도에 초과환류액(제6항에 따라 초과환류액으로 차기환류적립금을 공제한 경우에는 그 공제 후 남은 초과환류액을 말한다)이 있는 경우에는 그 초과환류액을 다음 사업연도(해당 사업연도 종료 이후 최초로 개시하는 사업연도로 한정한다)로 이월하여 다음 사업연도의 미환류소득에서 공제할 수 있다. ⑨ 직전 사업연도에 종전의 「법인세법」(법률 제15222호로 개정된 것을 말한다) 제56조 제7항에 따라 발생한 초과환류액이 있는 경우에는 제2항에 따른 미환류소득에서 공제할 수 있다. ⑩ 제1항부터 제9항까지의 규정을 적용할 때 투자 합계액, 임금증가금액, 상시근로자 수 또는 청년정규직근로자 수의 계산방법 등과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 조세특례제한법 시행령(2021.1.5. 대통령령 제31380호로 개정되기 전의 것) ○ 조세특례제한법 시행령 제100조의32(투자ㆍ상생협력 촉진을 위한 과세특례) ④ 법 제100조의32 제2항 제1호 각 목 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 소득"이란 「법인세법」 제14조에 따른 각 사업연도의 소득에 제1호의 합계액을 더한 금액에서 제2호의 합계액을 뺀 금액(그 수가 음수인 경우 영으로 본다. 이하 이 항에서 "기업소득"이라 한다)으로 한다. 다만, 「법인세법」 제2장의3에 따른 연결납세방식을 적용받는 연결법인으로서 각 연결법인의 기업소득 합계액이 3천억원을 초과하는 경우에는 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 하고, 그 밖의 법인의 경우로서 기업소득이 3천억원을 초과하는 경우에는 3천억원으로 한다.  2. 다음 각 목에 따른 금액의 합계액 라.「법인세법」제13조 제1항 제1호에 따라 해당 사업연도에 공제한 결손금(합병법인 등의 경우에는 같은 법 제45조(합병 시 이월결손금등 공제 제한) 및 제46조의4(분할 시 이월결손금등 공제 제한)에 따라 계산한 금액을 말한다) (3) 조세특례세한법 시행령(2023.2.28. 대통령령 제33264호로 개정되기 전의 것) ○ 조세특례세한법 시행령 제100조의32(투자ㆍ상생협력 촉진을 위한 과세특례) ④ 법 제100조의32 제2항 제1호 각 목 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 소득"이란 「법인세법」제14조에 따른 각 사업연도의 소득에 제1호의 합계액을 더한 금액에서 제2호의 합계액을 뺀 금액(그 수가 음수인 경우 영으로 본다. 이하 이 항에서 "기업소득"이라 한다)으로 한다. 다만, 「법인세법」제2장의3에 따른 연결납세방식을 적용받는 연결법인으로서 각 연결법인의 기업소득 합계액이 3천억원을 초과하는 경우에는 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 하고, 그 밖의 법인의 경우로서 기업소득이 3천억원을 초과하는 경우에는 3천억원으로 한다. 2. 다음 각 목에 따른 금액의 합계액 라.「법인세법」제13조 제1항 제1호에 따라 해당 사업연도에 공제할 수 있는 결손금. 이 경우 같은 조 제1항 각 호 외의 부분 단서의 한도는 적용하지 않으며, 합병법인 등의 경우에는 같은 법 제45조 제1항ㆍ제2항과 제46조의4 제1항에 따른 공제제한 규정은 적용하지 않는다. (4) 법인세법(2018.12.24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것) ○ 법인세법 제59조(감면 및 세액공제액의 계산) ① 이 법 및 다른 법률을 적용할 때 법인세의 감면에 관한 규정과 세액공제에 관한 규정이 동시에 적용되는 경우에 그 적용순위는 별도의 규정이 있는 경우 외에는 다음 각 호의 순서에 따른다. 이 경우 제1호와 제2호의 금액을 합한 금액이 법인이 납부할 법인세액(제55조의2에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인세, 제56조에 따른 미환류소득에 대한 법인세, 「조세특례제한법」 제100조의32에 따른 투자ㆍ상생협력 촉진을 위한 과세특례를 적용하여 계산한 법인세 및 가산세는 제외한다)을 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액은 없는 것으로 본다. 1. 각 사업연도의 소득에 대한 세액 감면(면제를 포함한다) 2. 이월공제(移越控除)가 인정되지 아니하는 세액공제 3. 이월공제가 인정되는 세액공제. 이 경우 해당 사업연도 중에 발생한 세액공제액과 이월된 미공제액이 함께 있을 때에는 이월된 미공제액을 먼저 공제한다. 4. 제58조의3에 따른 세액공제. 이 경우 해당 세액공제액과 이월된 미공제액이 함께 있을 때에는 이월된 미공제액을 먼저 공제한다. (5) 법인세법(2020.12.22 법률 제17652호로 개정되기 전의 것) ○ 법인세법 제13조(과세표준) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각 호의 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다. 다만, 제1호의 금액에 대한 공제는 각 사업연도 소득의 100분의 60[「조세특례제한법」 제5조 제1항에 따른 중소기업(이하 "중소기업"이라 한다)과 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인의 경우는 100분의 100]을 한도로 한다. 1. 제14조 제3항의 이월결손금 중 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 금액 가. 각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금일 것 나. 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정ㆍ경정되거나 「국세기본법」 제45조에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금일 것 (6) 법인세법(2020.12.22 법률 제17652호로 개정된 것) ○ 법인세법 제13조(과세표준) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각 호의 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다. 다만, 제1호의 금액에 대한 공제는 각 사업연도 소득의 100분의 80[「조세특례제한법」 제6조 제1항에 따른 중소기업(이하 "중소기업"이라 한다)과 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인의 경우는 100분의 100]을 한도로 한다. 1. 제14조 제3항의 이월결손금 중 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 금액 가. 각 사업연도의 개시일 전 15년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금일 것 나. 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정ㆍ경정되거나 「국세기본법」 제45조에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금일 것 ○ 법인세법 제14조(각 사업연도의 소득) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금(益金)의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금(損金)의 총액을 뺀 금액으로 한다. ② 내국법인의 각 사업연도의 결손금은 그 사업연도에 속하는 손금의 총액이 그 사업연도에 속하는 익금의 총액을 초과하는 경우에 그 초과하는 금액으로 한다. ③ 내국법인의 이월결손금은 각 사업연도의 개시일 전 발생한 각 사업연도의 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제되지 아니한 금액으로 한다. ○ 법인세법 제45조(합병 시 이월결손금 등 공제 제한) ① 합병법인의 합병등기일 현재 제13조 제1항 제1호에 따른 결손금 중 제44조의3 제2항에 따라 합병법인이 승계한 결손금을 제외한 금액은 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액[제113조 제3항 단서에 해당되어 회계를 구분하여 기록하지 아니한 경우에는 그 소득금액을 대통령령으로 정하는 자산가액 비율로 안분계산(按分計算)한 금액으로 한다. 이하 이 조에서 같다]의 범위에서는 공제하지 아니한다. ② 제44조의3 제2항에 따라 합병법인이 승계한 피합병법인의 결손금은 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제한다. (7) 법인법 시행규칙 [별지 제3호서식]  (8) 조세특례제한법 시행규칙 [별지 제114호서식]   |
| 주제어 | 주제어 : 비과세소득 |
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