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서면법령재산-864, 2020.10.06
【제목】 증권거래세법§3(1)나목에서 정하는 방법으로 거래되는 벤처기업의 주식의 양도에 대하여는 양도소득세 과세특례를 적용하는 것이나, 양도일 현재 벤처기업 주식에 해당하지 않는 주식의 양도에 대하여는 과세특례를 적용할 수 없는 것임
【세목】 조세특례제한법 【구분】 질의회신
주제어 창업기업 등에의 출자에 대한 과세특례 관심주제어 등록

【사실관계】
  ○ 2010.10월 벤처기업인 ㈜@@@(벤처기업)의 주식 4,500주를 프리보드* 시장을 통해 매수
  
  * 프리보드(FreeBoard) : 유가증권시장 및 코스닥시장에 상장되지 않은 주권의 매매거래를 위해 한국금융투자협회가 개설하고 운영하는 증권시장을 말하며, ’04.12월 정부는 벤처활성화 방안의 일환으로 제3시장을 개편하여 벤처자금의 선순환의 장으로 육성하기로 하였고, 이를 위해 벤처기업 소액주주의 양도소득세를 비과세하고 ’05.7월 기존 제3시장(유가증권시장과 코스닥시장에 이어 세 번째로 문을 열었다는 뜻)에서 프리보드로 새롭게 출범함
  
  ○ 2011.11월 ㈜##이 ㈜@@@을 인수하여 ㈜##@@@으로 상호가 변경되었으며, ㈜@@@은 대기업집단에 포함되어 벤처기업 종료
  
  ○ 2015.12월 금융투자협회가 운영하는 장외주식시장인 K-OTC**를 통하여 상기 주식 4,500주를 매도함
  
  ** K-OTC(Korea over-the-counter) : 금융투자협회가 운영하던 비상장주식 장외 매매시장인  "프리보드”를 확대 개편한 장외주식시장으로 ’14.8월 개장함
【질의】
  ○프리보드 시장에서 취득한 벤처기업 주식이 대기업 인수로 인해 양도시점에 벤처기업 주식에 해당하지 않는 경우 조세특례제한법§14에 따른 양도소득세 과세특례 적용 여부
【회신】
  귀 서면질의의 경우, 기획재정부 금융세제과-240, 2020.9.25.를 참고하시기 바랍니다.
  
  ○ 기획재정부 금융세제과-240, 2020.9.25.
  【질의】프리보드(現 K-OTC) 시장에서 취득한 벤처기업 주식을 벤처기업이 대기업에 인수되어 벤처기업에서 제외된 후, K-OTC시장에서 양도하는 경우, 조세특례제한법§14에 따른 과세특례 적용 여부
  (제1안) 과세특례를 적용하지 아니함
  (제2안) 과세특례를 적용함
  
  【회신】귀 질의의 경우 제1안이 타당합니다.
【관련법령】
  ○조세특례제한법(2015.1.28. 법률 제13082호로 개정된 것, 이하 같음) 제14조【창업자 등에의 출자에 대한 과세특례】
  
  ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(제1호ㆍ제2호ㆍ제2호의2ㆍ제2호의3ㆍ제3호ㆍ제4호 및 제6호에 따른 주식 또는 출자지분은 제13조제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 취득하는 경우만 해당한다)의 양도에 대해서는 「소득세법」제94조제1항제3호를 적용하지 아니한다. 다만, 제1호ㆍ제2호ㆍ제2호의2ㆍ제2호의3ㆍ제3호ㆍ제4호 및 제6호의 경우에는 타인 소유의 주식 또는 출자지분을 매입에 의하여 취득하는 경우는 제외한다.
  
  1. 중소기업창업투자회사 또는「여신전문금융업법」제3조제2항에 따라 신기술사업금융업만을 등록한 여신전문금융회사에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분
  
  2. 중소기업창업투자조합이 창업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분
  
  2의2. 한국벤처투자조합이 창업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분
  
  2의3. 농식품투자조합이 창업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분
  
  3. 신기술사업투자조합이 신기술사업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분
  
  4. 벤처기업에 출자함으로써 취득(「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제13조에 따른 조합을 통하여 벤처기업에 출자함으로써 취득하는 경우를 포함한다)한 대통령령으로 정하는 주식 또는 출자지분
  
  5. 삭제 <2007.12.31>
  
  6. 소재ㆍ부품전문투자조합이 창업자, 신기술사업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분
  
  7. 「증권거래세법」제3조제1호나목에서 정하는 방법으로 거래되는 벤처기업의 주식(「소득세법」제94조제1항제3호가목의 대주주가 아닌 자가 양도하는 것으로 한정한다)
  
  ○조세특례제한법 시행령(2016.1.22. 대통령령 제26922호로 개정된 것) 제13조【창업자 등에의 출자에 대한 과세특례】
  
  ① 법 제14조제1항제4호에서 "대통령령으로 정하는 주식 또는 출자지분"이란 제1호 및 제2호의 규정에 적합한 출자에 의하여 취득한 주식 또는 출자지분으로서 그 출자일부터 3년이 경과된 것을 말한다.
  
  1. 창업후 3년 이내인 벤처기업(「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제2조제1항의 규정에 의한 벤처기업을 말한다. 이하 같다) 또는 벤처기업으로 전환한지 3년 이내인 벤처기업에 대한 출자일 것
  
  2. 개인이 그와 「소득세법 시행령」 제98조제1항 또는 「법인세법 시행령」 제87조제1항의 규정에 의한 특수관계(이하 이 항에서 "특수관계"라 한다)가 없는 벤처기업에 대하여 행한 출자이거나 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제13조의 규정에 의한 조합이 그 조합원과 특수관계가 없는 벤처기업에 대하여 행한 출자일 것. 이 경우 「법인세법 시행령」 제87조제1항의 규정을 적용함에 있어서 동항 제6호중 "100분의 50"은 각각 "100분의 30"으로 본다.
  
  ② 삭제 <2009.2.4.>
  
  ○조세특례제한법 제13조【중소기업창업투자회사 등의 주식양도차익 등에 대한 비과세】
  
  ② 제1항제1호부터 제4호까지의 규정을 적용할 때 출자는 중소기업창업투자회사, 벤처기업출자유한회사ㆍ신기술사업금융업자 또는 기금운용법인등이 직접 또는 창투조합등을 통하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 창업자, 신기술사업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사의 주식 또는 출자지분을 취득하는 것으로 하되, 타인 소유의 주식 또는 출자지분을 매입에 의하여 취득하는 경우는 제외한다. <개정 2011.12.31, 2014.1.1>
  
  1. 해당 기업의 설립 시에 자본금으로 납입하는 방법
  
  2. 해당 기업이 설립된 후 7년 이내에 유상증자(有償增資)하는 경우로서 증자대금을 납입하는 방법
  
  3. 해당 기업이 설립된 후 7년 이내에 잉여금을 자본으로 전입(轉入)하는 방법
  
  4. 해당 기업이 설립된 후 7년 이내에 채무를 자본으로 전환하는 방법
  
  ○증권거래세법 제3조【납세의무자】
  
  증권거래세의 납세의무자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로 한다.
  
  1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주권을 계좌 간 대체(對替)로 매매결제하는 경우에는 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제294조에 따라 설립된 한국예탁결제원(이하 "예탁결제원"이라 한다)
  
  가. 증권시장에서 양도되는 주권
  
  나. 증권시장 밖에서 대통령령으로 정하는 방법에 따라 양도되는 주권
  
  ○증권거래세법 시행령 제1조의2【납세의무자】
  
  ① 법 제3조제1호 나목에서 "대통령령으로 정하는 방법"이란 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령」 제78조 또는 제178조제1항에 따른 기준에 따라 주권을 매매하는 것을 말한다.
  
  ○자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 제78조【다자간매매체결회사의 업무기준 등】
  
  ① 법 제78조제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 업무기준"이란 다음 각 호의 기준을 말한다.
  
  1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 매매체결대상상품에 대해서는 다자간매매체결업무를 영위하지 아니할 것
  
  가. 거래소가 법 제390조에 따른 증권상장규정에 따라 관리종목 또는 이에 준하는 종목으로 지정한 매매체결대상상품
  
  나. 의결권이 없는 상장주권
  
  다. 그 밖에 매매거래계약의 체결실적이 낮은 매매체결대상상품 등 투자자 보호와 거래의 특성 등을 고려하여 금융위원회가 정하여 고시하는 매매체결대상상품
  
  2. 거래참가자(법 제78조제1항제1호에 따른 다자간매매체결회사에서의 거래에 참가하는 자를 말한다)는 매매체결대상상품에 관한 투자매매업자 또는 투자중개업자로 할 것
  
  3. 거래소가 매매체결대상상품의 거래를 정지하거나 그 정지를 해제하였을 때에는 해당 매매체결대상상품의 거래를 정지하거나 그 정지를 해제할 것
  
  4. 매수하거나 매도하려는 호가ㆍ수량의 공개기준 및 매매체결의 원칙과 방법 등을 정할 것. 이 경우 매매체결대상상품의 가격의 변동에 관한 제한의 범위는 그 매매체결대상상품을 상장한 거래소의 기준에 따라야 한다.
  
  5. 법 제378조제1항에 따라 청산기관으로 지정된 거래소의 증권시장업무규정(법 제393조제1항에 따른 증권시장업무규정을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에서 정하는 바에 따라 매매확인, 채무인수, 차감 및 결제불이행에 따른 처리 등 청산에 관한 사항을 정할 것. 이 경우 매매거래에 따른 청산업무를 위하여 관련 내역을 거래소에 제공하는 절차 및 방법을 포함하여야 한다.
  
  6. 전자등록기관의 결제업무규정(법 제303조제1항에 따른 결제업무규정을 말한다)에서 정하는 바에 따라 증권의 인도와 대금의 지급 등 결제에 관한 사항을 정할 것
  
  7. 법 제78조제3항에 따른 지정거래소(이하 "지정거래소"라 한다)의 증권시장업무규정에 따라 수탁을 거부하여야 하는 사항 등 수탁에 관한 사항을 정할 것
  
  8. 종목별 매일의 가격과 거래량을 공표할 것
  
  9. 다자간매매체결업무를 정지하는 기간과 그 사유 및 중단하는 날을 정할 것
  
  10. 지정거래소의 시장감시규정(법 제403조에 따른 시장감시규정을 말한다)에서 정하는 바에 따라 법 제78조제3항 각 호의 사항을 지정거래소에 제공하는 절차 및 방법 등을 정할 것
  
  11. 법 제8조의2제5항제1호에 따른 경쟁매매의 방법을 사용할 경우 매매체결대상상품의 평균거래량이 제7조의3제2항 각 호의 요건에 적합하도록 다자간매매체결업무를 영위하는 기준과 방법을 정할 것
  
  12. 그 밖에 투자자 보호 및 다자간매매체결업무의 공정성 확보 등을 위하여 금융위원회가 정하여 고시하는 사항을 준수할 것
  
  (이하 생략)
  
  ○자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제78조【다자간매매체결회사에 관한 특례】
  
  ① 다자간매매체결회사는 다자간매매체결업무를 함에 있어서 다음 각 호의 사항에 대하여 대통령령으로 정하는 업무기준을 준수하여야 한다. (생략)
  
  ○자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 제178조【협회 등을 통한 장외거래】
  
  ① 협회는 법 제286조제1항제5호에 따라 증권시장에 상장되지 아니한 주권의 장외매매거래에 관한 업무를 수행하는 경우에는 다음 각 호의 기준을 준수하여야 한다. <개정 2010.6.11>
  
  1. 동시에 다수의 자를 각 당사자로 하여 당사자가 매매하고자 제시하는 주권의 종목, 매수하고자 제시하는 가격(이하 "매수호가"라 한다) 또는 매도하고자 제시하는 가격(이하 "매도호가"라 한다)과 그 수량을 공표할 것
  
  2. 주권의 종목별로 금융위원회가 정하여 고시하는 단일의 가격 또는 당사자 간의 매도호가와 매수호가가 일치하는 경우에는 그 가격으로 매매거래를 체결시킬 것
  
  3. 매매거래대상 주권의 지정ㆍ해제기준, 매매거래방법, 결제방법 등에 관한 업무기준을 정하여 금융위원회에 보고하고, 이를 일반인이 알 수 있도록 공표할 것
  
  4. 금융위원회가 정하여 고시하는 바에 따라 재무상태ㆍ영업실적 또는 자본의 변동 등 발행인의 현황을 공시할 것
  
  ○ 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제286조【업무】
  
  ① 협회는 정관이 정하는 바에 따라 다음 각 호의 업무를 행한다.
  
  5. 증권시장에 상장되지 아니한 주권의 장외매매거래에 관한 업무
  
  ○ 소득세법(2015.7.24. 법률 제13426호로 개정된 것) 제94조【양도소득의 범위】
  
  ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다. <개정 2010.12.27.>
  
  3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권과 대통령령으로 정하는 증권예탁증권을 포함한다. 이하 이 장에서 "주식등"이라 한다)의 양도로 발생하는 소득
  
  가. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 주권상장법인(이하 "주권상장법인"이라 한다)의 주식등으로서 소유주식의 비율ㆍ시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)가 양도하는 것과 같은 법에 따른 증권시장(이하 "증권시장"이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것
  
  나. 주권상장법인이 아닌 법인의 주식등
  
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