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조심2020구595, 2020.12.17 재조사
【제목】 청구법인은 POS시스템에 나타난 매출액 기준으로 경정청구하였고, 청구법인 명의의 계좌 거래내역 및 20xx.xx월분 ‘현금매출 입금현황’ 자료 등 일부 원시자료 등을 통하여 POS시스템상 매출액이 진실된 매출액으로 보이기도 하나, 청구법인이 제시한 계좌 이외에 다른 계좌의 거래내역이 있을 수 있고, 과ㆍ면세 매출의 구분이 객관적으로 이루어졌는지에 대한 명확한 근거자료가 없으므로 처분청이 추가로 POS시스템 상의 현금매출금액이 적정한지 여부, 과ㆍ면세 수입금액이 적정하게 계산되었는지 여부 등을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정함이 타당함 (재조사)
【세목】 부가가치세법 【구분】 심판청구
주제어 재화의 공급장소 관심주제어 등록

【주문】
  OOO세무서장이 2019.12.2. 청구법인에게 한 2017년 제2기분 부가가치세 경정청구 거부처분은 청구법인이 제시하는OOO시스템 상의 현금매출금액이 적정한지 여부, 과ㆍ면세 수입금액이 적정하게 계산되었는지 여부 등을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준와 세액을 경정한다.
【이유】
  1. 처분개요
  
  가. 청구법인은 2015.11.9.부터 OOO에서 식자재 마트를 운영하는 법인으로 2017년 제2기 부가가치세 과세대상 매출금액을 OOO원으로 하여 신고하였다
  
  나. 청구법인은 2019.10.11. 현금매출액 등이 과다하게 신고되었으므로 청구법인의 OOO시스템 상의 수입금액인 OOO원으로 정정하여 2017년 제2기 부가가치세 OOO원을 환급하여 달라고 처분청에 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 OOO시스템의 출력물만으로는 부가가치세 과세매출금액이 과다하게 신고된 것으로 입증되었다고 보기 어렵다고 보아 2019.12.2. 청구법인의 경정청구를 거부하는 처분을 하였다.
  
  다. 청구법인은 이에 불복하여 2020.1.21. 심판청구를 제기하였다.
  
  2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
  
  가. 청구번인 주장
  
  청구법인의 업무미숙과 착오로 인하여 2017년 제2기 부가가치세 과세대상 매출금액 OOO원을 과다하게 신고하였다.
  
  (1) (과다신고의 경위) 청구법인은 식자재 마트를 운영하면서 잦은 단말기 교체와 직원 이직 등으로 인수인계가 미비한 상태에서 2017년 제2기 부가가치세 등을 신고하였다.
  
  청구법인의 특성상 OOO시스템을 기초로 매출 신고를 수행하여야 하나 이에 대한 업무능력과 세무대리인과의 상호 간의 소통 부족으로 신용카드, 현금영수증 및 세금계산서 등을 합계하여 부가가치세를 신고하는 과정에서 실제 OOO시스템 상의 금액과 차이가 발생하였다. 이러한 사실을 2017사업연도 법인세를 신고하는 과정에서 인지하고 2018년 3월경에 경정청구를 하려 하였으나, 처분청의 사무실 이전 등의 사정이 있어 이를 보류하고 있다가 2019.10.11.에 이 건 경정청구를 하였다.
  
  (2) 청구법인은 OOO시스템을 통하여 매출액을 집계하고 있고 이는 조작이 불가능한 진실된 금액이다. 이는 청구법인 명의의 OOO의 거래내역, 원시자료인 ‘일별 현금매출 입금현황’ 및 ‘월별 매출매입정리’ 자료 등을 통하여 OOO시스템상의 금액이 실제 과세대상 매출금액임을 확인할 수 있다.
  
  나. 처분청 의견
  
  OOO시스템 상의 단순출력물을 근거로 한 이 건 경정청구는 OOO시스템의 신빙성에 의심이 있고, 청구법인의 현금 매출금액이 객관적으로 확인이 되지 아니하므로 이를 거부한 처분은 정당하다.
  
  (1) 청구법인은 OOO시스템상의 금액이 조작이 불가능하다고 주장하나, OOO시스템은 청구법인의 독점적 관리통제 하에 있고 일반적으로OOO시스템에 의한 기록은 신고 후에도 임의적으로 변경이 가능하다. 또한 국세청에서 확인이 가능한 매출금액(세금계산서, 신용카드 및 현금영수증)을 제외한 부분을 전액 현금매출로 보고 그 부분이 과다신고되었다고 주장하는 경우 이를 주장하는 청구법인이 입증하여야 하나, 이에 대한 입증이 없었다.
  
  (2) 청구법인의 측의 주장과 같이 경정청구를 받아들일 경우에 아래 <표1>과 같이 2017년 제2기 부가가치세 과세기간의 부가율이 다른 과세기간에 비하여 현저히 저조하여 청구법인의 주장을 받아들이기 어렵다.
  
  <표1> 청구법인의 각 과세기간별 부가율 내역(면세 제외)
  
  3. 심리 및 판단
  
  가. 쟁점
  
  착오로 부가가치세 과세대상 매출금액 OOO원을 과다신고하였다는 청구주장의 당부
  
  나. 관련 법률
  
  (1) 부가가치세법
  
  제49조(확정신고와 납부) ① 사업자는 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 그 과세기간이 끝난 후 25일(폐업하는 경우 제5조제3항에 따른 폐업일이 속한 달의 다음 달 25일) 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. 다만, 제48조제1항 및 제4항에 따라 예정신고를 한 사업자 또는 제59조제2항에 따라 조기에 환급을 받기 위하여 신고한 사업자는 이미 신고한 과세표준과 납부한 납부세액 또는 환급받은 환급세액은 신고하지 아니한다.
  
  제71조(장부의 작성ㆍ보관) ① 사업자는 자기의 납부세액 또는 환급세액과 관계되는 모든 거래사실을 대통령령으로 정하는 바에 따라 장부에 기록하여 사업장에 갖추어 두어야 한다.
  
  ② 사업자가 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역의 공급과 함께 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하거나 제42조 제1항을 적용받는 경우에는 과세되는 공급과 면세되는 공급 및 면세농산물등을 공급받은 사실을 각각 구분하여 장부에 기록하여야 한다.
  
  ③ 사업자는 제1항 및 제2항에 따라 기록한 장부와 제32조, 제35조 및 제36조에 따라 발급하거나 발급받은 세금계산서, 수입세금계산서 또는 영수증을 그 거래사실이 속하는 과세기간에 대한 확정신고 기한 후 5년간 보존하여야 한다. 다만, 제32조에 따라 전자세금계산서를 발급한 사업자가 국세청장에게 전자세금계산서 발급명세를 전송한 경우에는 그러하지 아니하다.
  
  ④ 사업자가 「법인세법」 제112조 및 「소득세법」 제160조에 따라 장부기록의무를 이행한 경우에는 제1항에 따른 장부기록의무를 이행한 것으로 본다.
  
  (2) 국세기본법
  
  제45조의2(경정 등의 청구) ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.
  
  1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때
  
  다. 사실관계 및 판단
  
  (1) 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다.
  
  (가) 청구법인은 아래 <표2>와 같이 2017년 제2기 부가가치세 과세기간의 과세대상 매출금액 OOO원을 감액하는 것으로 경정청구를 하였다.
  
  <표2> 청구법인의 수정신고 및 경정청구 내역
  
  (단위 : 원)
  
  (나) 처분청은 청구법인이 제시하는 OOO시스템에 나타난 자료만으로 실제 매출금액을 확정할 수 없다며 경정청구를 거부하였다.
  
  (2) 청구법인은 OOO시스템상의 ‘일자별 매출현황’ 자료를 제시하고 있는바, 동 자료에는 일자별 총매출(현금, 신용카드, 외상매출)과 과세와 면세액으로 안분되어 있다.
  
  (3) 우리 원의 현지확인 조사(2020.11.13.) 결과는 다음과 같다.
  
  (가) 2017년 제2기 부가가치세 과세기간 동안에 OOO시스템 이외에 현금매출과 관련한 자료가 엑셀파일로는 정리가 되어 보관중이나 당시에 증빙서류 등과 일치하는지는 명확히 확인되지 아니한다.
  
  (나) 2017년 11월분 ‘현금매출 입금현황’ 자료가 현금지출 영수증과 함께 보관중으로 이를 확인한 바에 의하면, 당일 현금매출액과 지출액을 기재한 후 차액을 계좌입금액으로 정리한 것으로 나타나고, 동 현금매출액은OOO시스템상의 매출액과 일치되며, 현금지출액에 대한 일부 영수증 등이 존재하고, 차액은 청구법인 명의의 OOO에 입금(일부 누락)한 것으로 나타난다.
  
  (다) 2016ㆍ2017년 ‘월 매출ㆍ매입현황’자료에 의하면, 계좌상 매출금액, 총 매출금액, 면세제외 매출금액, 상품매입내역, 판매비와 관리비 지출내역 및 어음관리내역 등이 기재되어 있으나, 과ㆍ면세 안분에 대한 객관적인 근거자료는 다소 부족한 것으로 나타난다.
  
  (4)이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 OOO시스템에 나타난 매출액 기준으로 경정청구하였고, 청구법인 명의의 계좌 거래내역 및 2017년 11월분 ‘현금매출 입금현황’ 자료 등 일부 원시자료 등을 통하여OOO시스템상 매출액이 진실된 매출액으로 보이기도 하나, 청구법인이 제시한 계좌 이외에 다른 계좌의 거래내역이 있을 수 있고, 과ㆍ면세 매출의 구분이 객관적으로 이루어졌는지에 대한 명확한 근거자료가 없으므로 처분청이 추가로 OOO시스템 상의 현금매출금액이 적정한지 여부, 과ㆍ면세 수입금액이 적정하게 계산되었는지 여부 등을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.
  
  4. 결론
  
  이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
  
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