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서면법인-4056, 2023.01.11
【제목】 연결모법인이 적격분할하여 분할신설법인을 설립 후 분할신설법인을 새로운 연결모법인으로 하여 연결납세방식을 적용받고 있던 중 분할법인이 승계한 연결자법인의 주식을 재취득하여 완전지배하는 경우 분할법인은 완전지배가 성립한 날이 속하는 연결사업연도의 다음 연결사업연도부터 연결납세방식을 적용하는 것임
【세목】 법인세법 【구분】 질의회신
주제어 연결납세방식의 취소 관심주제어 등록

【사실관계】
  ○ AA 주식회사(이하  "질의법인”)는 다수의 연결자법인을 보유하고 있는 연결모법인으로서 이동전화 통신사업 등을 영위하고 있음
  
  ○ 질의법인은 ’21.11.2.에 적격분할(인적분할)*하여「공정거래법」에 따른 지주회사인 ㈜BB(이하  "분할신설법인”)를 설립
  
  - 질의법인은 분할과정에서 연결자법인 CC(이하  "CC”)과 DD*(이하  "DD”) 주식을 분할신설법인에 승계
  
  * DD는 CC가 100%지분을 보유하고 있는 회사임
  
  - 적격분할에 따른 연결자법인(CC, DD)의 연결납세 적용 내역은 다음과 같음
  
  
  
  ○ 질의법인은 ’22.2.9.에 사업영역 확대를 위해 DD지분 전부를 CC로부터 재취득하여 DD를 완전지배
  
  - 질의법인 및 분할신설법인은 DD가 연결자법인에 추가ㆍ배제되어 관련 규정에 따라 서울지방국세청으로부터 연결법인 변경을 승인 받음*
  
  * DD는 2023연결사업연도부터 질의법인을 연결모법인으로 하여 연결납세 적용
【질의】
  ○ 질의법인이 연결자법인(DD)의 주식을 재취득시 연결납세 적용 방법
  
  - (갑설)법 제76조의11 제1항 규정 적용*
  
  *완전지배가 성립한 날이 속하는 연결사업연도의 다음 연결사업연도부터 연결납세방식을 적용
  
  - (을설)법 제76조의12 제1항 규정 적용*
  
  *’21.11.2. 적격분할시 질의법인의 연결집단에서 연결자법인(DD)가 배제되었으므로 배제된 사업연도와 그 후 4년간 질의법인을 연결모법인으로 하여 연결납세 적용 불가
【회신】
  연결모법인(이하 "분할법인”이라 한다)이 「법인세법」제46조 제2항에 따라 적격분할하여 분할신설법인을 설립 후 연결자법인 중 일부의 연결자법인의 주식(이하 "승계한 연결자법인의 주식”이라 한다)을 분할신설법인에 승계하여 같은 법 제76조의8 제6항에 따라 분할신설법인을 새로운 연결모법인으로 하여 연결납세방식을 적용받고 있던 중 분할법인이 적격분할시 승계한 연결자법인의 주식을 재취득하여 완전지배하는 경우 분할법인은 같은 법 제76조의11 제1항에 따라 완전지배가 성립한 날이 속하는 연결사업연도의 다음 연결사업연도부터 해당 연결자법인에 대하여 연결납세방식을 적용하는 것입니다.
【관련법령】
  ○ 법인세법 제76조의8 【연결납세방식의 적용 등】
  
  ① 다른 내국법인을 완전 지배하는 내국법인[비영리법인 등 대통령령으로 정하는 법인은 제외하며, 이하 이 항에서 "완전모법인"(完全母法人)이라 한다]과 그 다른 내국법인[청산 중인 법인 등 대통령령으로 정하는 법인은 제외한다. 이하 이 장에서 "완전자법인"(完全子法人)이라 한다]은 대통령령으로 정하는 바에 따라 완전모법인의 납세지 관할지방국세청장의 승인을 받아 연결납세방식을 적용할 수 있다. 이 경우 완전자법인이 둘 이상일 때에는 해당 법인 모두가 연결납세방식을 적용하여야 한다.
  
  ⑤ 제2조제9호ㆍ제10호 및 이 장에서 "완전 지배"란 내국법인이 다른 내국법인의 발행주식총수(주식회사가 아닌 법인인 경우에는 출자총액을 말하며, 의결권이 없는 주식등을 포함하되, 「상법」 또는 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따라 보유하고 있는 자기주식을 제외한 주식을 전부 보유하고 있는 경우에는 그 자기주식은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)의 전부(「근로복지기본법」 제2조제4호에 따른 우리사주조합을 통하여 근로자가 취득한 주식 등 대통령령으로 정하는 주식으로서 발행주식총수의 100분의 5 이내의 주식은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)를 보유하는 경우를 말하며, 내국법인과 그 내국법인의 완전자법인이 보유한 다른 내국법인의 주식등의 합계가 그 다른 내국법인의 발행주식총수의 전부인 경우를 포함한다.
  
  ⑥ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 합병, 분할 또는 주식의 포괄적 교환ㆍ이전의 경우에는 그 합병일, 분할일 또는 교환ㆍ이전일이 속하는 연결사업연도에 한정하여 제2항, 제76조의11제1항 및 제76조의12제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 연결납세방식을 적용할 수 있다.
  
  1. 제1항에 따라 연결납세방식을 적용받는 연결모법인 간의 적격합병
  
  2. 제1항에 따라 연결납세방식을 적용받는 연결모법인 간의 주식의 포괄적 교환ㆍ이전(「조세특례제한법」 제38조에 따라 과세이연을 받는 경우만 해당한다)
  
  3. 제1항에 따라 연결납세방식을 적용받는 연결모법인의 적격분할
  
  ○ 법인세법 제76조의9 【연결납세방식의 취소】
  
  ① 연결모법인의 납세지 관할지방국세청장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 연결납세방식의 적용 승인을 취소할 수 있다.
  
  1. 연결법인의 사업연도가 연결사업연도와 일치하지 아니하는 경우
  
  2. 연결모법인이 완전 지배하지 아니하는 내국법인에 대하여 연결납세방식을 적용하는 경우
  
  3. 연결모법인의 완전자법인에 대하여 연결납세방식을 적용하지 아니하는 경우
  
  4. 제66조제3항 단서에 따른 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 연결법인의 소득금액을 계산할 수 없는 경우
  
  5. 연결법인에 제69조제1항에 따른 수시부과사유가 있는 경우
  
  6. 연결모법인이 다른 내국법인(비영리내국법인은 제외한다)의 완전 지배를 받는 경우
  
  ③ 제1항에 따라 연결납세방식의 적용 승인이 취소된 연결법인은 취소된 날이 속하는 사업연도와 그 다음 사업연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 사업연도까지는 연결납세방식의 적용 당시와 동일한 법인을 연결모법인으로 하여 연결납세방식을 적용받을 수 없다.
  
  ○ 법인세법 제76조의11【연결자법인의 추가】
  
  ① 연결모법인이 새로 다른 내국법인을 완전 지배하게 된 경우에는 완전 지배가 성립한 날이 속하는 연결사업연도의 다음 연결사업연도부터 해당 내국법인은 연결납세방식을 적용하여야 한다.
  
  ② 법인의 설립등기일부터 연결모법인이 완전 지배하는 내국법인은 제1항에도 불구하고 설립등기일이 속하는 사업연도부터 연결납세방식을 적용하여야 한다.
  
  ③ 연결모법인은 제1항 및 제2항에 따라 연결자법인이 변경된 경우에는 변경일 이후 중간예납기간 종료일과 사업연도 종료일 중 먼저 도래하는 날부터 1개월 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할지방국세청장에게 신고하여야 한다.
  
  ○ 법인세법 제76조의12【연결자법인의 배제】
  
  ① 연결모법인의 완전지배를 받지 아니하게 되거나 해산한 연결자법인은 해당 사유가 발생한 날이 속하는 연결사업연도의 개시일부터 연결납세방식을 적용하지 아니한다. 다만, 연결자법인이 다른 연결법인에 흡수합병되어 해산하는 경우에는 해산등기일이 속하는 연결사업연도에 연결납세방식을 적용할 수 있다.
  
  ③ 제1항 본문에 따라 연결납세방식을 적용하지 아니하는 경우에는 제76조의9제3항부터 제6항까지의 규정을 준용한다.
  
  ④ 제1항에 따라 연결자법인이 변경된 경우 그 변경신고에 관하여는 제76조의11제3항을 준용한다.
  
  ○ 법인세법 시행령 제120조의12【연결납세방식의 적용제외 법인 등】
  
  ⑦ 법 제76조의8제6항제3호의 사유가 발생한 경우 분할로 인하여 분할신설법인의 완전자법인으로 된 분할법인의 연결자법인은 다음 각 호에 따라 연결납세방식을 적용할 수 있다.
  
  1. 분할등기일이 속하는 분할법인의 연결사업연도 개시일부터 분할등기일까지의 기간 : 분할법인을 연결모법인으로 하여 해당 기간을 1 연결사업연도로 의제하여 연결납세방식을 적용. 이 경우 분할법인이 분할 후 소멸하지 않는 경우에는 기존의 연결자법인은 종전대로 연결납세방식을 적용하며, 분할신설법인의 연결자법인으로 되는 분할법인의 연결자법인은 1연결사업연도로 의제된 기간을 통산하여 연결납세방식을 적용한다.
  
  2. 분할등기일 다음 날부터 분할신설법인의 연결사업연도 종료일까지의 기간 : 분할신설법인을 연결모법인으로 하여 해당 기간을 1 연결사업연도로 의제하여 연결납세방식을 적용. 이 경우 연결납세방식을 적용받으려는 분할신설법인은 분 할등기일부터 1개월 내에 기획재정부령으로 정하는 연결납세방식 적용신청서를 납세지 관할세무서장을 경유하여 관할지방국세청장에게 제출하여야 한다.
  
  ○ 법인세법 시행령 제120조의16【연결법인의 변경신고 등】
  
  ① 법 제76조의11제3항에 따라 연결모법인이 연결자법인의 변경 사실을 신고하는 때에는 기획재정부령으로 정하는 연결법인 변경신고서를 납세지 관할세무서장을 경유하여 관할지방국세청장에게 제출하여야 한다.
  
  ② 법 제76조의12제2항 각 호 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우"란 연결자법인이 파산함에 따라 해산하는 경우 또는 연결자법인이 다른 연결법인에 흡수합병되어 해산하는 경우를 말한다. <신설 2016.2.12>
  
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