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심사부가2025-19, 2025.06.11 기각
【제목】 기성공사비가 확정된 것으로 보여 그 기성공사비에 해당하는 부분의 공급시기가 도래하였다고 판단됨 (기각)
【세목】 부가가치세법 【구분】 심사청구
주제어 과세 관할 관심주제어 등록

【주문】
  이 건 심사청구는 기각합니다.
【이유】
  1.처분개요
  
  가.청구법인은 2015.6.3. 설립되어 건축공사업을 영위하고 있는 법인으로, 2022.3.4. A(이하  "도급인”이라 한다)과 경기 남양주시 B 외 3필지 C 신축공사(이하  "쟁점공사”라 한다) 도급계약을 맺고 공사를 착공하였다.
  
  나.청구법인은 2022.10.4. 공급대가 1,417,674,500원에 대하여 1회차 기성 청구하였으며, 2022.12.20. 공급대가 1,437,384,580원에 대하여 2회차 기성 청구하여 2022년제2기 과세기간 동안 공급대가 총 2,855,059,080원, 공급가액 2,595,508,255원에 대하여 기성청구하였으나 동 과세기간 동안 도급 업체에게 1,270,000,000원의 세금계산서를 발급하여, 처분청은 기성청구 금액과 세금계산서 발급금액과의 차액인 1,325,508,255원의 세금계산서 발급이 누락 되었다고 보아 2025.1.7. 부가가치세 193,020,500원을 고지하였다.
  
  다.청구법인은 이에 불복하여 2025.4.10. 이 건 심사청구를 제기하였다.
  
  2.청구주장
  
  가.이 사건 결정처분은 처분청이 단순한 금전거래를 세금계산서 발급대상인 재화의 공급이나 용역의 제공이 있었다고 추정하여 그 해당 금전거래 금액을 수입금액 누락으로 결정처분하였다.
  
  처분청은 금전거래금액에 대하여 세금계산서 발급대상인 재화의 공급 이나 용역의 제공이 있었다는 사실 자체를 충분하게 검토하지 않았다.
  
  수입금액 누락이 되고, 세금계산서 미발급이 되기 위해서는 부가가치세법에서 규정하고 있는 재화 또는 용역의 공급이 있었지만 재화의 공급 또는 용역이 제공이 없는 경우여야 하는데, 청구인은 공사원가가 투입되고 진행정도에 따라 도급인과 협의하여 정상적으로 세금계산서를 발급하고 신고하였다.
  
  처분청은 수익금액 누락 약 1,325,000,000원 정도가 세금계산서 미발급 되었다고 보았는데, 처분청의 주장대로 하면 수입금액 누락액 만큼 재화의 공급에 해당되는 정도가 되어야 할 것이다.
  
  그렇지만 쟁점공사와 관련하여 청구법인이 제출한 매입내역과 노무비 이외에는 추가로 투입되어 제공한 용역이 없다.
  
  세금계산서 미발급 사유가 발생하기 위한 재화 또는 용역의 제공이 없었는데도 처분청은 도급인과 청구인의 단순 금전거래 자체를 재화 또는 용역의 공금으로 보고 수입금액 누락에 따른 세금계산서 미발급으로 보고 과세를 결정하여 통지하였다.
  
  나.결론
  
  처분청은 이 사건 결정처분에 대하여 청구인과 도급인 간의 금전거래 금액에 대하여 추가적인 재화의 공급 또는 용역의 공급이 있었는지 여부를 검토하지 않았다.
  
  처분청은 해당 금전거래금액이 있었으니 세금계산서를 발급하지 않았고 이에 따라 수입금액의 누락이 발생하였다고 판단하여 세금계산서 미발급으로 단순 판단하였다.
  
  재화의 공급 또는 용역의 제공에 따른 세금계산서 미발급사유를 구체적인 사실관계에 맞추어 충분하게 법적 검토가 이루어지지 않은 처분에 해당된다고 보여진다.
  
  3.처분청 의견
  
  청구법인은 처분청의 과세근거가 청구법인과 도급인과의 금융거래내역 중 쟁점공사와 무관한 금액을 용역의 공급대가로 판단하여 과세하였다고 주장하나, 처분청에서는 공사진행률에 따라 작성된 기성대금청구서를 근거로 과세하였다.
  
  용역의 공급은 계약상, 법률상의 모든 원인에 따른 역무를 제공하는 것이고, 용역의 공급시기는 「부가가치세법」 제16조 및 동법 시행령 제29조에 규정되어 있어, 쟁점공사의 경우 청구법인과 도급법인이 체결한  "민간건설 공사 표준도급계약서” 및  "기성대금청구서” 내용에 근거하여 당해 건설 용역의 제공이 완료되기 전에 그 대가를 역무의 완성도에 따라 분할하여 받기로 약정한 것에 해당하는  "완성도기준지급조건부”로 용역을 공급하였다고 판단할 수 있다.
  
  완성도기준지급조건부는 공급자가 일의 완성도를 측정하여 기성고를 청구하면, 공급받는 자는 기성고를 확인하고 대가를 확정하는 일련의 행위가 있어야 하며, 실제 대가의 수령 여부에 관계없이 계약상 그 대가를 받기로 한 때를 용역의 공급시기로 판단한다.
  
  쟁점공사 기성대금청구서를 보면 공사진행률과 함께 기성부분금액, 기성 기준일 등이 기재되어 있으며 청구법인과 도급인 모두가 기명날인한 사실이 확인된다.
  
  또한 공정확인서에는 기성청구를 뒷받침하는 구체적인 공정별 진행율과 금액이 계산되어 있고 도급계약서에는 기성고 금액의 지급일이 명시되어 있지 않으나 이 경우 「부가가치세법 집행기준」 16-29-2에 따라 공사 완성도가 결정되어 대금을 지급받을 수 있는 날을 공급시기로 보거나, 건설용역에 대한 검사를 거쳐 대가의 각 부분의 지급이 확정되는 경우에는 검사 후 대가의 지급이 확정되는 때를 공급시기로 볼 수 있으며, 쟁점공사의 경우 규정에 따라 기성대금청구서의 기성기준일이 공급시기에 해당한다고 보았다.
  
  종합하여 판단하면 쟁점공사의 용역 제공 사실은 기성대금청구서로 알 수 있으며 용역의 공급시기는 완성도지급조건부로 대가의 각 부분을 받기로 한 때로, 청구법인은 2022년 제2기 과세기간 동안 2회 기성청구를 하였으며 기성고 금액과 세금계산서 발급내역을 정리하면 아래 표와 같다.
  
  
  
  따라서 청구법인은 2022년 제2기 과세기간에 공급가액 2,595,508,225원의 세금계산서를 도급인에게 발급하여야 하나 실제 1,270,000,000원을 발급하였고, 1,325,508,255원의 세금계산서 발급을 누락하였으므로 당초 부가가치세를 과세한 처분은 정당하다.
  
  4. 심리 및 판단
  
  가. 쟁점
  
  청구법인은 공사진행률에 따라 세금계산서를 적정하게 발급하였다는 청구주장의 당부
  
  나. 관련법령
  
  1) 부가가치세법 제11조【용역의 공급】
  
  ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.
  
  1. 역무를 제공하는 것
  
  2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것
  
  2) 부가가치세법 제16조【용역의 공급시기】
  
  ① 용역이 공급되는 시기는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때로 한다.
  
  1. 역무의 제공이 완료되는 때
  
  2. 시설물, 권리 등 재화가 사용되는 때
  
  ② 제1항에도 불구하고 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기는 대통령령으로 정한다.
  
  2-1) 부가가치세법 시행령 제29조【할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기】
  
  ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 법 제16조제2항에 따른 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기로 본다. 다만, 제2호와 제3호의 경우 역무의 제공이 완료되는 날 이후 받기로 한 대가의 부분에 대해서는 역무의 제공이 완료되는 날을 그 용역의 공급시기로 본다.
  
  1.기획재정부령으로 정하는 장기할부조건부 또는 그 밖의 조건부로 용역을 공급하는 경우
  
  2. 완성도기준지급조건부로 용역을 공급하는 경우
  
  3. 기획재정부령으로 정하는 중간지급조건부로 용역을 공급하는 경우
  
  4. 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우
  
  2-2)부가가치세법 기본통칙 16-29…2 【지급일을 명시하지 아니한 완성도 기준지급조건부 건설공사의 공급시기 】
  
  건설공사 계약시에 완성도에 따라 기성대가를 수차에 걸쳐 지급받기로 했으나 그 지급일을 명시하지 아니한 경우에는 공사완성도가 결정되어 그 대금을 지급받을 수 있는 날을 그 공급시기로 본다.
  
  2-3)부가가치세법 집행기준 16-29-1【완성도기준지급조건부 용역의 공급시기 사례】
  
  ① 완성도기준지급조건부로 건설용역을 공급함에 있어 당사자의 약정에 의하여 준공검사일 이후 잔금을 받기로 한 경우 해당 잔금에 대한 공급시기는 건설용역의 제공이 완료되는 때로 한다.
  
  ②완성도기준지급조건부로 건설용역을 공급하면서 당사자간 기성금 등에 대한 다툼이 있어 법원의 판결에 의하여 대가가 확정되는 경우 해당 건설용역의 공급시기는 법원의 판결에 의하여 대가가 확정되는 때로 한다.
  
  ③완성도기준지급조건부 건설용역을 공급함에 있어 기성부분에 대한 공급 시기는 기성청구 후 대가의 지급이 확정되어 그 대가를 실제로 받은 날이 되지만, 기성부분에 대한 대가를 기성고 확정일로부터 약정된 날까지 지급받지 못한 때에는 그 약정일의 종료일이 된다.
  
  2-4)부가가치세법집행기준16-29-2【지급일을명시하지아니한 완성도기준지급조건부 용역의 공급시기】
  
  ①건설용역을 공급함에 있어 건설공사기간에 대한 약정만 체결하고 대금지급기일에 관한 약정이 없는 경우의 공급시기는 다음과 같다.
  
  1.해당 건설공사에 대한 건설용역의 제공이 완료되는 때. 다만, 해당 건설용역 제공의 완료 여부가 불분명한 경우에는 준공검사일
  
  2.해당 건설공사의 일부분을 완성하여 사용하는 경우에는 그 부분에 대한 건설용역의 제공이 완료되는 때. 다만, 해당 건설용역 제공의 완료 여부가 불분명한 경우에는 그 부분에 대한 준공검사일
  
  ②건설공사 계약 시 완성도에 따라 기성고 대금을 나누어 받기로 하였으나, 그 지급일을 명시하지 아니한 경우에는 공사기성고가 결정되어 그 대금을 받을 수 있는 때를 그 공급시기로 한다.
  
  ③사업자가 완성도기준지급 또는 중간지급조건부 건설용역의 공급 계약서상 특정내용에 따라 해당 건설용역에 대하여 검사를 거쳐 대가의 각 부분의 지급이 확정되는 경우에는 검사 후 대가의 지급이 확정되는 때를 그 공급시기로 본다.
  
  3) 부가가치세법 제32조【세금계산서 등】
  
  ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.
  
  1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭
  
  2.공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호
  
  3. 공급가액과 부가가치세액
  
  4. 작성 연월일
  
  5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항
  
  4) 부가가치세법 제34조【세금계산서 발급시기】
  
  ①세금계산서는 사업자가 제15조 및 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기에 재화 또는 용역을 공급받는 자에게 발급하여야 한다.
  
  ② 제1항에도 불구하고 사업자는 제15조 또는 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기가 되기 전 제17조에 따른 때에 세금계산서를 발급할 수 있다.
  
  ③ 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 재화 또는 용역의 공급일이 속하는 달의 다음 달 10일(그 날이 공휴일 또는 토요일인 경우에는 바로 다음 영업일을 말한다)까지 세금계산서를 발급할 수 있다.
  
  1. 거래처별로 달의 1일부터 말일까지의 공급가액을 합하여 해당 달의 말일을 작성 연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우
  
  2. 거래처별로 달의 1일부터 말일까지의 기간 이내에서 사업자가 임의로 정한 기간의 공급가액을 합하여 그 기간의 종료일을 작성 연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우
  
  3. 관계 증명서류 등에 따라 실제거래사실이 확인되는 경우로서 해당 거래일을 작성 연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우
  
  다. 사실관계
  
  1)국세청 전산자료로 확인되는 청구법인의 사업자등록 내역은 다음과 같다.
  
  
  
  2)국세청 전산자료로 확인되는 이 사건과 관련된 청구법인에 대한 부가가치세 경정내역은 다음과 같다.
  
  
  
  3)쟁점공사(C 신축공사)의 계약금액은 당초 96억원이었으나 2023.7.31. 52억원(당초 금액의 54.4%)으로 변경되었고, 3개 동의 다세대 주택이 2024.2.6. 소유권보존 등기된 것으로 확인된다.
  
  
  
  4)청구법인이 쟁점공사와 관련하여 발행한 세금계산서 내역과 이 사건과 관련된 기성대금 청구서 내용은 아래와 같다.
  
  
  
  [제1회 기성대금 청구서, 제2회 기성대금청구서]
  ○○○
  
  5)청구법인은 기성대금 청구서(제2회)의 공정률은 51.87%로 기재되어 있으나 2022년말까지 쟁점공사의 원가투입 비율은 예정공사원가의 약 20% 정도에 불과하다고 주장하고 있다.
  
  
  
  6)매입세금계산서 내역만으로 쟁점공사 진행상황을 명확히 가늠할 수는 없겠으나, 청구법인의 매입세금계산서 내역 중 품목란에  "B”이 기재된 세금계산서 내역은 아래와 같으며, 이중 청구법인이 제출한 2022년 지출내역 에서 8건 250백만원의 매입세금계산서 내역은 확인되지 않으며, 2022.8.11.  "흙막이1차”, 2022.12.2.  "신축 전기공사”, 2023.1.16.  "기계감리 골조완료 40%” 등 공사 진행상황을 대략적으로 추정할 수 있는 부분만 일부 확인된다.
  
  
  
  
  
  
  6)처분청이 확인한 청구법인이 쟁점공사와 관련하여 도급인으로부터 입금 받은 금액과 반환한 금액의 내역은 다음과 같고 5,463,824,039원을 쟁점공사의 대가로 받은 것으로 보인다(2022년 순 입금액 2,117,924,039원).
  
  
  
  7)쟁점공사와 관련하여 계약금액, 세금계산서 발행내역 및 지급받은 금액 등을 정리하면 다음과 같다.
  
  
  
  라. 판단
  
  1) 관련 법리
  
  「부가가치세법」 제16조제2항, 같은 법 시행령 제29조제1호, 제2호는 통상적인 용역 공급의 경우에는 ‘역무의 제공이 완료된 때’를, 완성도 기준지급조건부로 용역을 공급하는 경우에는 ‘그 대가의 각 부분을 받기로 한 때’를 용역의 공급시기로 정하고 있고, 「부가가치세법」 기본통칙 16-29-2는 건설공사기간에 대한 약정만 체결하고 대금지급기일에 관한 약정이 없는 경우에는 ‘건설공사 계약시에 완성도에 따라 기성대가를 수차에 걸쳐 지급받기로 했으나 그 지급일을 명시하지 아니한 경우에는 공사완성도가 결정되어 그 대금을 지급받을 수 있는 날’을 공급시기로 보면서, 16-29-1에서는 완성도기준지급조건부 건설용역을 공급함에 있어 ‘기성부분에 대한 공급시기는 기성청구 후 대가의 지급이 확정되어 그 대가를 실제로 받은 날이 되지만, 기성부분에 대한 대가를 기성고 확정일 로부터 약정된 날까지 지급받지 못한 때에는 그 약정일의 종료일’을 그 공급시기로 정하고 있다.
  
  2) 처분청이 세금계산서 발급이 누락된 것으로 본 것이 부당한지에 대한 판단
  
  가) 위 법리와 앞서 인정한 사실관계 및 아래와 같은 점으로 볼 때, 2022년 제2기 기성청구 금액에 대하여는 공급시기가 도래하였음에도 세금계산서를 과소 발행한 것으로 판단된다.
  
  (1)쟁점공사는 「부가가치세법 시행령」 제29조제1항제2호의 완성도 기준 지급 조건부로 용역을 공급하는 경우에 해당하고, 그러하다면 기성부분에 대한 공급시기는 기성청구 후 대가의 지급이 확정되어 그 대가를 받기로 한 때라 할 수 있는데,
  
  2022년 제2기 부가가치세 신고 시에 쟁점공사의 도급인과 청구법인이 동일한 기성대금청구서를 제출하였고 감리자가 확인한 공정율(기성고)이므로 기성공사비가 확정된 것으로 보이므로 그 기성공사비에 해당하는 부분의 공급 시기가 도래하였다고 판단하는 것이 타당한 것으로 보이는 점
  
  (2)쟁점공사 도급계약서의 기성지급조건 항목에  "협의 후 지급”으로 기재되어 있으며, 감리자인 건축사사무소 장인이 날인한 공정확인서가 첨부된 기성대금청구서에는 기성대금 송금계좌만 기재되어 있고 지급일이 별도로 기재되어 있지 않으며, 도급인이 기성대금 청구서를 2022년 2기 부가가치세 신고 시 제출한 것으로 보아, 제2회 기성 대금 청구서의 작성일인 2022.12.20.이 지급약정일인 것으로 판단되는 점
  
  (3)청구법인은 공사원가가 투입된 정도에 따라 도급인과 협의하여 정상적으로 세금계산서를 발급했다고 주장하고 있으나, 세금계산서 발급 내역, 도급인으로부터 수령한 금액, 기성대금청구서상 금액이 모두 불일치 하여 청구법인의 주장이 사실과 부합한다고도 보기 어려운 점
  
  나) 따라서 처분청이 세금계산서 발급이 누락되었다고 보아 부가가치세를 고지 처분한 것은 잘못이 없다고 판단된다.
  
  5. 결론
  
  이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제65조제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
  
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