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사전법규법인-222, 2025.05.29 전문가추천
【제목】 연결모법인이 다른 내국법인을 인수한 후 동일 사업연도에 연결자법인을 합병한 경우, 해당 내국법인에 대한 연결납세 적용방법 → ‘연결법인 변경신고서’를 제출함이 타당
【세목】 법인세법 【구분】 사전답변
주제어 연결납세방식의 취소 관심주제어 등록

【사실관계】
  ○(현황) 연결모법인인 A법인은 ’23사업연도까지 B법인을 연결자법인으로 하여 연결납세방식 적용
  
  ○(자회사 인수) 2024.11.xx. A법인은 C법인의 주식 100%를 인수
  
  ○(연결자법인 흡수합병) 2024.12.xx. A법인은 C법인 인수 직후 기존 연결자법인인 B법인을 흡수합병
【질의】
  ○연결모법인이 다른 내국법인을 인수한 후 동일 사업연도에 연결자법인을 합병한 경우, 해당 내국법인에 대한 연결납세 적용방법
【회신】
  연결모법인이 연결사업연도 중에 다른 내국법인의 주식을 전부 취득하고 기존 연결자법인을 흡수합병한 경우, 해당 연결모법인은 「법인세법」 제76조의11 제1항에 따라 다음 연결사업연도부터 해당 내국법인을 연결자법인으로 하여 연결납세방식을 적용하는 것임.
  이 경우, 같은 조 제3항 및 같은 법 시행령 제120조의16 제1항에 따라 연결법인 변경신고서를 제출하면 되는 것임
【관련법령】
  ○ 법인세법 제2조【정의】
  
  6. "연결납세방식"이란 둘 이상의 내국법인을 하나의 과세표준과 세액을 계산하는 단위로 하여 제2장의3에 따라 법인세를 신고ㆍ납부하는 방식을 말한다.
  
  7. "연결법인"이란 연결납세방식을 적용받는 내국법인을 말한다.
  
  8. "연결집단"이란 연결법인 전체를 말한다.
  
  9. "연결모법인"(連結母法人)이란 연결집단 중 다른 연결법인을 연결지배하는 연결법인을 말한다.
  
  10. "연결자법인"(連結子法人)이란 연결모법인의 연결지배를 받는 연결법인을 말한다.
  
  10의2. "연결지배"란 내국법인이 다른 내국법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 90 이상을 보유하고 있는 경우를 말한다. 이 경우 그 보유비율은 다음 각 목에서 정하는 바에 따라 계산한다.(각 목 생략)
  
  11. "연결사업연도"란 연결집단의 소득을 계산하는 1회계기간을 말한다.
  
  ○ 법인세법 제76조의8【연결납세방식의 적용 등】
  
  ① 다른 내국법인을 연결지배하는 내국법인[비영리법인 등 대통령령으로 정하는 법인은 제외하며, 이하 이 항에서 "연결가능모법인"이라 한다]과 그 다른 내국법인[청산 중인 법인 등 대통령령으로 정하는 법인은 제외한다. 이하 이 장에서 "연결가능자법인"이라 한다]은 대통령령으로 정하는 바에 따라 연결가능모법인의 납세지 관할지방국세청장의 승인을 받아 연결납세방식을 적용할 수 있다. 이 경우 연결가능자법인이 둘 이상일 때에는 해당 법인 모두가 연결납세방식을 적용하여야 한다.
  
  ○ 법인세법 시행령 제120조의13【연결납세방식의 적용 신청 등】
  
  ① 연결납세방식을 적용받으려는 내국법인과 해당 내국법인의 법 제76조의 8 제1항의 연결가능자법인(이하 이 조에서  "연결대상법인등”이라 한다)은 최초의 연결사업연도 개시일부터 10일 이내에 기획재정부령으로 정하는 연결납세방식 적용 신청서를 해당 내국법인의 납세지 관할세무서장을 경유하여 관할지방국세청장에게 제출하여야 한다.
  
  ○ 법인세법 제76조의9【연결납세방식의 취소】
  
  ① 연결모법인의 납세지 관할지방국세청장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 연결납세방식의 적용 승인을 취소할 수 있다.
  
  1. 연결법인의 사업연도가 연결사업연도와 일치하지 아니하는 경우
  
  2. 연결모법인이 연결지배하지 아니하는 내국법인에 대하여 연결납세방식을 적용하는 경우
  
  3. 연결모법인의 연결가능자법인에 대하여 연결납세방식을 적용하지 아니하는 경우
  
  4. 제66조제3항 단서에 따른 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 연결법인의 소득금액을 계산할 수 없는 경우
  
  5. 연결법인에 제69조제1항에 따른 수시부과사유가 있는 경우
  
  6. 연결모법인이 다른 내국법인(비영리내국법인은 제외한다)의 연결지배를 받는 경우
  
  ○ 법인세법 제76조의11【연결자법인의 추가】
  
  ① 연결모법인이 새로 다른 내국법인을 연결지배하게 된 경우에는 연결지배가 성립한 날이 속하는 연결사업연도의 다음 연결사업연도부터 해당 내국법인은 연결납세방식을 적용하여야 한다.
  
  ③ 연결모법인은 제1항 및 제2항에 따라 연결자법인이 변경된 경우에는 변경일 이후 중간예납기간 종료일과 사업연도 종료일 중 먼저 도래하는 날부터 1개월 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할지방국세청장에게 신고하여야 한다.
  
  ○ 법인세법 시행령 제120조의16【연결법인의 변경신고 등】
  
  ① 법 제76조의11제3항 또는 제76조의12제4항에 따라 연결모법인이 연결자법인의 변경 사실을 신고하는 때에는 기획재정부령으로 정하는 연결법인 변경신고서를 납세지 관할세무서장을 경유하여 관할지방국세청장에게 제출하여야 한다.
  
  ○ 법인세법 제76조의12【연결자법인의 배제】
  
  ① 연결모법인의 연결지배를 받지 아니하게 되거나 해산한 연결자법인은 해당 사유가 발생한 날이 속하는 연결사업연도의 개시일부터 연결납세방식을 적용하지 아니한다. 다만, 연결자법인이 다른 연결법인에 흡수합병되어 해산하는 경우에는 해산등기일이 속하는 연결사업연도에 연결납세방식을 적용할 수 있다.
  
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