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심사부가2023-41, 2023.10.18 기각
【제목】 임차인 부담으로 신축한 건물을 임대인 명의로 보존등기한 것은 재화와 용역의 교환거래(건물↔임대용역 제공)로 보아 부가가치세 과세대상임 (기각)
【세목】 부가가치세법 【구분】 심사청구
주제어 가공계약에 의한 재화의 공급 관심주제어 등록

【주문】
  이 건 심사청구는 기각합니다.
【이유】
  1. 처분개요
  
  가. 청구인은 2007.8.6.개업하여 현재 ‘AAA정비’라는 상호로, ○○시 ○○구 ○○동 239-47에서 자동차 정비업을 영위하고 있다.
  
  사업장은 제빵ㆍ제과 제조업을 주업으로 하고 있는 주식회사 甲기업(이하  "甲기업”라 한다)로부터 2017.2.1.부터 2027.1.31.까지(10년 간) 토지 및 건물을 임차한 것이다.
  
  나. ○○지방국세청장(이하  "조사청”이라 한다)은 2022년 甲기업에 대한 법인통합조사를 실시하여, ○○시 ○○구 ○○동 239-47 및 239-54 토지 3,553㎡(AAA정비 사업장, 이하  "쟁점토지”라 한다) 위에 임차인인 청구인 부담으로 건물 1,740.64㎡(이하  "쟁점건물”이라 한다)을 신축하여 2018.3.12. 임대인 甲기업 명의로 보존등기한 사실을 발견하고, 이는 「부가가치세법」 제9조 제1항 및 같은 법 시행령 제18조 제1항 제3호에 따라 청구인이 甲기업에 재화(쟁점건물)를 공급하고, 甲기업은 용역을 공급(쟁점토지 임대제공)하는 교환거래를 한 것으로 보아 처분청에 2023.1.9. 과세자료를 통보하였다.
  
  다. 이에 처분청은 쟁점건물의 설치가액 1,338,515,071원(공급가액, 이하  "쟁점금액”이라 한다)을 과세표준에 산입하여 2023.7.7. 청구인에게 2018년 제1기 부가가치세 233,655,204원을 경정고지하였다.
  
  라. 청구인은 이에 불복하여 2023.7.12. 이 건 심사청구를 제기하였다.
  
  2. 청구인 주장
  
  가. 청구인 부담으로 신축한 쟁점건물은 임차계약 종료시 철거조건임에도 신축비용을 임차료와 건물의 교환거래로 보아 이 건 부가가치세를 과세하는 것은 부당하다.
  
  1) 청구인은 2007.8.6.부터 자동차 정비업을 영위하고 있다.
  
  가) 청구인은 2007.8.6. 개업하여, ○○시 ○○구 ●●동 471-1에서 자동차 정비업을 영위하다가 2018.3.1. 현재 사업장인 쟁점건물로 사업을 이전하여 사업을 계속하고 있다.
  
  나) 청구인과 甲기업는 2018.1.31. 다음 <표1>과 같은 내용으로 임대차계약을 체결하였다.
  
  <표1> 甲기업와의 임대차계약 주요 내용
  
  다) 한편, 청구인과 甲기업는 2023.6.30. 위 임대차계약을 변경하는 계약을 체결하였는데, 그 내용은 ‘건물에 대한 사항 중 임대기간 종료 후 임대인이 원할시 건물은 무상으로 임대인에게 귀속한다’는 규정을 삭제하는 것으로 변경한 것이다.
  
  2) 청구인은 본인 비용으로 쟁점건물을 신축하여 2018.3.12. 임대인 甲기업 명의로 보존등기를 하였다.
  
  청구인은 2017.2.1. 甲기업로부터 쟁점토지를 임차한 다음 설계비를 지급하기 시작하여 2018.2.7. 쟁점토지 지상에 쟁점건물인 자동차 관련 시설 1,764.64㎡를 신축하였다. 그리고 쟁점건물의 소유권 보존등기는 甲기업 명의로 하였고, 취득세 등은 청구인이 부담하였다.
  
  쟁점건물의 총신축비용은 쟁점금액(1,356,535,071원, 취득세 30,020,000원 별도)이고, 쟁점건물 공사비는 950,000,000원이다.
  
  3) 처분청은 청구인이 쟁점건물을 신축하여 사용하고 있는 행위가 일종의 재화와 용역의 교환거래(건물신축 ↔ 임대료)라는 의견이나, 임대차계약 종료 후 철거조건이므로 교환거래로 볼 수 없다.
  
  가) 청구인의 쟁점건물 신축은 교환거래가 아니다.
  
  (1) 쟁점건물 신축은 교환거래가 아니므로 BOT*, BTO** 또는 기부채납 등과는 다르다.
  
  * Build-Operate-Transfer: BOT 방식은 시설의 준공(B) 후 일정기간 동안 사업시행자에게 시설 소유권(O)이 인정되고, 그 기간이 만료되면 소유권은 국가 또는 지방자치단체에 귀속되는 방식
  
  ** Build-Transfer-Operate: BTO 방식은 시설의 준공(B)과 동시에 해당 시설의 소유권이 국가나 지방자치단체에 귀속(T)되고, 이후 사업시행자에게 일정기간 동안 시설관리 운영권(O)을 인정하는 방식으로 「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제4조 제3호에 따라 무상사용함
  
  (2) 교환거래의 경우 토지 사용은 무상 또는 저가라는 대전제가 있으나, 청구인의 임대차계약은 토지에 대한 적정 사용료를 부담하고 있어 교환거래라는 규정이 적용될 여지가 없다.
  
  그리고 교환거래의 경우 토지를 사용한 후 그 지상 건물을 토지 소유자에게 무상으로 이전해 주어야 하지만 청구인의 임대차계약은 임대 종료 후 철거하는 조건이다. 더구나 2017.2.1. 당초 계약은 원칙적으로 계약 종료 후 건물을 철거하고 예외적으로 임대인이 원할 경우 무상이전 조건이었으나, 2023.6.30. 변경계약을 통하여 예외 조항을 삭제하였는바, 이는 사적 계약의 원칙상 계약변경이 가능한 것이고, 이로서 청구인은 임대차계약이 종료될 때 쟁점건물을 철거하여야 하기 때문에 건물 무상이전을 조건으로 하는 교환거래가 아니다.
  
  나) 한편, 처분청은 청구인 사업장과 연접한 사업장에 대하여 부가가치세를 부과처분하지 않았으므로 청구인만 과세하는 것은 위법한 것이 된다.
  
  청구인 사업장과 연접한 ㈜乙기업과 甲기업는 2017.1.19. 청구인과 같은 계약조건으로 임대차계약을 하였고, 2019.12.12. 임차인이 정○○으로 변경되면서 제5조 건물에 대한 사항(예외적으로 임대인이 원할 경우 무상이전 조건)을 삭제하였다. 청구인도 2023.6.30. 정○○과 동일한 내용으로 임대차계약을 변경하였다.
  
  그리고 청구인과 정○○이 甲기업로부터 사업장을 임차한 내역을 다음 <표2>와 같이 비교해 보아도 청구인이 저가로 쟁점토지를 임차한 것이 아니라는 사실이 나타난다.
  
  <표2> 甲기업로부터 청구인과 정○○이 토지를 임차한 내역 비교
  
  다) 다음과 같은 국세청 해석례(부가가치세과-797, 2014.10.1.)를 보아도 쟁점건물은 임대차계약 종료 후 철거하여야 하기 때문에 청구인이 부담한 건물신축비용은 부가가치세 과세대상이 아닌 사실을 알 수 있다.
  
  * 부가가치세과-797, 2014.10.1.
  
  [제목] 토지임대료 외 시설물가액이 임대용역대가에 포함되는지 여부
  
  [회신] 임대인이 토지사용에 대한 적정 임대료를 지급받으면서 임차인이 임대인 소유의 토지 위에 임차인의 계산과 책임으로 시설물을 설치하고 토지사용기간이 만료되거나 임대차계약이 해지되는 때에 임차인이 해당 시설물을 철거하여 토지만을 반환하기로 하는 토지에 대한 임대차계약을 체결한 경우 철거가 예정된 해당 시설물의 설치가액은 토지에 대한 임대용역의 공급가액에 포함하지 아니하는 것입니다
  
  나. 과세관청은 쟁점토지에 대한 적정임대료 금액에 대한 입증책임을 다하지 못했다.
  
  1) 교환거래가 성립되기 위해서는 토지 임대료에 대하여 무상 또는 저가라는 조건이 필요함에도 불구하고, 처분청은 쟁점 토지 임대료에 대하여 저가인지 여부에 대하여 어떠한 입증도 없으며 조사조차 실시하지 않았다.
  
  2) 쟁점토지 임대료가 저가인지 여부에 대한 입증은 처분청이 부담하는 것으로서(대법원 2012.12.13. 선고 2012두14712판결, 심사부가 2015-0114, 2016.3.2., 같은 뜻임), 과세관청은 쟁점 토지 임대료가 저가인지 여부에 대한 어떠한 입증이 없었다. 오히려, 위에서 살펴 본 바와 같이, 청구인이 甲기업에 대하여 쟁점 토지 적정 임대료를 지급한 사실만 확인될 뿐이다.
  
  따라서, 청구인이 甲기업에 토지 적정 임대료를 지급한 이상 교환거래 자체가 성립될 여지가 없다.
  
  3) 甲기업는 쟁점토지를 2017.1.20. (주)丙기업으로부터 40억원에 매입하면서, ○○은행으로부터 수십억원의 차입금을 재원으로 삼아 취득하였는데, ○○은행은 청구인의 명의로 쟁점건물의 소유권 보존등기를 할 경우 향후 담보권 실행에 막대한 장애를 초래할 것을 우려하여, 청구인의 명의로 쟁점건물 신축하는 것을 승낙하지 않아 어쩔 수 없이 甲기업 명의로 건물 소유권 보존등기를 하게 되었다.
  
  만약, 청구인의 명의로 쟁점건물 소유권보존등기를 하였다가, 甲기업로 다시 소유권 이전등기를 할 경우 취득세를 이중으로 부담하는 경제적 손실이 발생된다.
  
  다. 설령 쟁점건물 신축비용을 교환거래로 보아 부가가치세를 과세하는 것은 타당하다고 하더라도 과세표준 산정에 오류가 있다.
  
  1) 수원지방법원은 2008.1.16.  "부동산임대용역의 가치를 감정을 통하여 산출한 다음 당해 금액을 계약기간의 월수로 나눈 금액의 각 과세대상기간의 합계액에서 같은 기간에 사업시행자가 지급한 사용료를 공제한 나머지 금액을 과세표준으로 하여 과세하였어야 함에도, 이와는 달리 단순히 휴게소 등 시설물의 신축원가 상당액을 약정된 사업기간의 월수로 나눈 금액의 각 과세기간별 합계액을 과세표준으로 하여 부가가치세를 부과한 위법이 있다.” 판결하였다(수원지방법원 2008.1.16. 선고 2006구합9956 판결 항소심 서울고등법원 2008.9.23. 선고 2008누6952 판결 상고심 2011.6.30. 선고 2008두18393 판결 같은 판단임).
  
  2) 한편, 「부가가치세법 시행령」 제61조 제2항 제7호 및 국세청 ‘부가가치세 집행기준’에서 시설물의 신축원가가 아닌  "그 시설의 설치가액”을 과세표준으로 삼도록 규정하고 있는데, 이에 따르더라도 쟁점건물의 설치가액은 ㈜丁기업의 건축공사비 950,000,000원이므로 이 금액을 과세표준으로 하여야 하나, 처분청이 신축원가인 쟁점금액(1,356,535,071원)을 과세표준으로 보는 것은 잘못이다.
  
  라. 甲기업가 제기한 심판청구를 조세심판원이 20**.*.**. 기각결정한 것에는 오류가 있다.
  
  1) 우선, 심판결정 당시에는 쟁점토지 임대차계약기간 종료 후  "임대인이 원할 경우 건물은 임대인의 귀속으로 한다.”는 단서조항 계약조건이 존재하고 있었으나, 이후 2023.6.30. 임대차계약 내용을 변경하여 단서조항을 삭제 하였으므로 조세심판원 결정을 선결정례로 삼을 수 없다.
  
  2) 조세심판원은 토지 임대료가 적정하게 지급된 것인지 저가인지 여부에 대하여 어떠한 조사나 심의를 거치지 않고 단순히 단서 조항만을 문제삼아 기각결정을 하였는데, 시가에 대한 입증책임을 따져보지도 않은 채 심리한 위법이 있다. 그리고 토지의 적정한 임대료를 지급하였는지 여부에 대한 심리를 하지 않은 잘못이 있다.
  
  청구인이 쟁점토지에 대한 적정한 임대료를 부담하고 있는 이상 교환거래 여부를 따질 필요가 없다. 즉, 토지 적정 임대료에 대한(시가) 입증이 전제된 다음에 무상이전에 따른 부과처분의 정당성 여부를 따져 보아야 한다.
  
  3) 더 나아가, 당초 계약에 의하더라도 쟁점토지 임대차계약기간 종료 후 임대인이 원할지도 원하지 않을지도 분명하지 않음에도, 즉 불분명한 미래 사건을 분명한 것으로 전제한 다음, 마치 교환거래나 BOT방식과 유사하다고 판단한 오류가 있다. 그러므로 이 사건의 경우 쟁점토지 임대차계약이 종료되어야 비로소 과세여부를 결정할 수 있다.
  
  4) 한편, 甲기업에 대한 부과처분을 보면 쟁점건물 신축가액을 950,000,000원으로 보았는데, 처분청이 신축가액을 쟁점금액으로 보는 것은 잘못이다.
  
  마. 처분청이 이 건을 과세하기 이전에 과세전적부심사 절차를 이행하지 않은 것은 위법하므로 이 건 부과처분은 취소되어야 한다.
  
  조사청이 甲기업를 조사한 후 이 건을 과세하게 된 과세자료를 생성한 시점은 알 수 없으나, 甲기업에 대한 조사가 2022년 6월에 종료되었는바, 처분청이 과세자료를 수보한 시점부터 충분한 시간이 있었음에도 「국세기본법」 제81조의15 제3항 제3호(과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우)를 들어 청구인에게 과세전적부심사를 할 기회를 주지 않아 절차상 위법하다(조심 2019중3428, 2020.4.27.외 다수).
  
  3. 처분청(조사청) 의견
  
  가. 청구인 부담으로 쟁점건물을 신축한 비용을 임차료와 건물의 교환거래로 보아 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 적법하다.
  
  1) 임차인이 임차할 예정인 건물을 자기 계산으로 증축한 후 임대인의 명의로 등기한 후 해당 건물과 토지를 임대하는 경우에는 「부가가치세법 시행령」 제61조【외상거래 등 그 밖의 공급가액의 계산】제2항 제7호에 따라 임차인은 임대인에게 건물 설치가액을 공급가액으로 하여 세금계산서를 발급하는 것이며, 임대인은 임차인에게 건물 설치가액을 임대차 계약기간의 개월 수로 나눈 금액에 현금으로 수령하는 월임대료를 공급가액으로 하여 부동산임대용역 수입에 대하여 세금계산서를 발급하는 것이다(법령해석부가-0496, 2015.6.18.).
  
  2) 토지 소유주가 임차인으로부터 건물의 신축가액을 기준으로 임대료를 산정할지, 아니면 향후 이전받을 때의 시가를 추정하여 그 금액을 기준으로 할지 문제가 되며, 이에 대하여 과거 국세청은 BOT방식(Build-Operate- Transfer)은 건설ㆍ이전ㆍ사용하는 BTO방식(Build-Transfer-Operate)과 다를 바 없으므로 신축가액을 기준으로 한다고 보아 과세하였다.
  
  그러나 법원은 부가가치세 과세표준은 당해 과세기간에 실제로 공급한 토지임대용역 중 휴게소 등과 대가관계에 있는 부분의 시가를 합산하여야 한다고 판결함에 따라(대법원 2011.6.30. 선고 2008두18939 판결) 국세청은 실무상 논란을 해소하기 위하여 설치가액을 기초로 공급가액을 계산한다는 규정을 명문화하기 위하여 2013.2.15. 대통령령 제24359호로 「부가가치세법 시행령」 제61조 제2항 제7호를 신설하였다.
  
  3) 청구인은 국세청 해석례(부가가치세과-797, 2014.10.1.)를 들어 쟁점건물의 설치가액은 토지에 대한 임대용역의 공급가액에 포함되지 않는다고 주장한다.
  
  하지만, 동 해석례는 실시협약 체결(2010년 8월)이 「부가가치세법 시행령」개정 전이며, 질의 내용 자체가 토지 소유주가 시설물의 소유권을 무상 이전받지 아니하는 경우에도 해당 시설물의 설치가액이 토지임대용역의 공급가액에 포함하는지를 질의한 것이어서 본 이 사건 쟁점과는 달라서 원용할 수 없다.
  
  4) 한편, 기획재정부는 다음과 같은 질의회신의 내용과 같이 2013.2.15. 개정 후에 성립된 계약의 경우 타인의 토지위에 시설물을 신축하고 해당 시설물을 토지소유자에게 무상 이전하는 경우, 건물의 설치가액으로 사업기간 동안 안분하여 익금에 산입하는 것으로 해석하였다.
  
  * 질의회신, 기획재정부 법인세제과-316, 2014.5.15.
  
  [제목] 사업시행자로부터 BOT방식으로 시설물을 무상 이전받은 토지소유자의 임대수입금액 계산방법
  
  [요지] 구「부가가치세법 시행령」(2013.2.15.개정) 제48조 제15항(해당 규정은 2013.6.28. 「부가가치세법 시행령」 전면개정으로 제61조제1항 제7호로 변경) 개정 전에, 성립된 계약에 따라 BOT방식으로 시설물을 무상 이전받는 토지소유자의 토지 임대용역은 소유권이 이전될 때의 시설물의 시가를 사업기간 동안 안분하여 익금산입
  
  [회신] 사업시행자가 타인의 토지 위에 시설물을 신축하고 사업기간 동안 운영한 후 사업기간 종료시에 해당 시설물을 토지소유자에게 무상이전하는 경우, 개정된 「부가가치세법 시행령」제61조 제1항 제7호에 따라 토지소유자의 임대수입금액은 그 시설물의 설치가액을 사업기간 동안 안분하여 익금산입하는 것이나, 동 시행령 개정 전에 성립된 용역공급계약에 따라 공급하는 임대용역의 임대수입금액은 시설물의 소유권이 토지소유자에게 이전될 때의 시가를 안분하여 익금산입하는 것임
  
  나. 청구인은 설령 쟁점건물 신축비용을 교환거래로 보아 부가가치세를 과세하는 것은 타당하다고 하더라도 과세표준 산정에 오류가 있다고 주장하나, 이유가 없다.
  
  청구인은 「부가가치세법 시행령」 제61조 제2항 제7호 및 국세청 ‘부가가치세 집행기준’에서 시설물의 신축원가가 아닌  "그 건축물의 설치가액의 합계액”을 과세표준으로 삼도록 규정하고 있는데, 이에 따르더라도 쟁점건물의 설치가액은 ㈜丁기업의 건축공사비 950,000,000원이므로 이 금액을 과세표준으로 삼아야 하나, 처분청이 신축원가인 쟁점금액(1,356,535,071원)을 과세표준으로 삼고 있는 것은 잘못이라는 주장이다.
  
  그러나 청구인은 본인 부담으로 쟁점건물을 신축하여 그 건물을 토지 소유주인 甲기업 명의로 등기하였는데, 청구인이 기장한 장부를 통하여 확인되는 쟁점건물 설치가액 총액은 950,000,000원이 아닌 1,338,515,071원인 것으로 확인되므로 청구주장은 이유가 없다.
  
  4. 심리 및 판단
  
  가. 쟁점
  
  임차한 토지에 본인부담으로 건물을 신축하고 임대인 명의로 보존등기한 것에 대하여 신축가액을 용역(임대용역 제공)의 대가(선급임차료)와 교환거래로 보아 부가가치세를 과세하는 것은 부당하다는 청구주장의 당부
  
  나. 관련 법령
  
  1) 부가가치세법 제9조 【재화의 공급】 (2017.12.19. 법률 제15223호로 일부개정된 것, 이하 같다)
  
  ① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다.
  
  1-1) 부가가치세법 시행령 제18조 【재화 공급의 범위】 (2018.2.13. 대통령령 제28641호로 일부개정된 것, 이하 같다)
  
  ① 법 제9조 제1항에 따른 재화의 공급은 다음 각 호의 것으로 한다.
  
  3. 재화의 인도 대가로서 다른 재화를 인도받거나 용역을 제공받는 교환계약에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것
  
  2) 부가가치세법 제11조 【용역의 공급】
  
  ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.
  
  1. 역무를 제공하는 것
  
  2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것
  
  3) 부가가치세법 제15조 【재화의 공급시기】
  
  ① 재화가 공급되는 시기는 다음 각 호의 구분에 따른 때로 한다. 이 경우 구체적인 거래 형태에 따른 재화의 공급시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
  
  1. 재화의 이동이 필요한 경우: 재화가 인도되는 때
  
  2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우: 재화가 이용가능하게 되는 때
  
  4) 부가가치세법 제16조 【용역의 공급시기】
  
  ① 용역이 공급되는 시기는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때로 한다.
  
  1. 역무의 제공이 완료되는 때
  
  2. 시설물, 권리 등 재화가 사용되는 때
  
  ② 제1항에도 불구하고 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기는 대통령령으로 정한다.
  
  4-1) 부가가치세법 시행령 제29조 【할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기】
  
  ② 법 제16조 제2항에 따른 용역의 공급시기는 다음 각 호의 구분에 따른다.
  
  4. 사업자가 「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제4조 제3호의 방식을 준용하여 설치한 시설에 대하여 둘 이상의 과세기간에 걸쳐 계속적으로 시설을 이용하게 하고 그 대가를 받는 경우: 예정신고기간 또는 과세기간의 종료일
  
  5) 부가가치세법 제29조 【과세표준】
  
  ① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다.
  
  ③ 제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되, 부가가치세는 포함하지 아니한다.
  
  2. 금전 외의 대가를 받는 경우: 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가
  
  6. 외상거래, 할부거래, 대통령령으로 정하는 마일리지 등으로 대금의 전부 또는 일부를 결제하는 거래 등 그 밖의 방법으로 재화 또는 용역을 공급하는 경우: 공급 형태 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 가액
  
  ⑩ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산 임대용역을 공급하는 경우의 공급가액은 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.
  
  3. 사업자가 둘 이상의 과세기간에 걸쳐 부동산 임대용역을 공급하고 그 대가를 선불 또는 후불로 받는 경우
  
  5-1) 부가가치세법 시행령 제61조 【외상거래 등 그 밖의 공급가액의 계산】
  
  ② 법 제29조 제3항 제6호에서 "대통령령으로 정하는 가액"이란 다음 각 호의 구분에 따른 가액을 말한다.
  
  6. 사업자가 제29조 제2항 제3호에 따라 둘 이상의 과세기간에 걸쳐 용역을 제공하고 그 대가를 선불로 받는 경우: 해당 금액을 계약기간의 개월 수로 나눈 금액의 각 과세대상기간의 합계액. 이 경우 개월 수의 계산에 관하여는 해당 계약기간의 개시일이 속하는 달이 1개월 미만이면 1개월로 하고, 해당 계약기간의 종료일이 속하는 달이 1개월 미만이면 산입하지 아니한다.
  
  7. 사업자가 제29조 제2항 제4호에 따라 둘 이상의 과세기간에 걸쳐 용역을 제공하는 경우: 그 용역을 제공하는 기간 동안 지급받는 대가와 그 시설의 설치가액을 그 용역제공 기간의 개월 수로 나눈 금액의 각 과세대상기간의 합계액. 이 경우 개월 수의 계산에 관하여는 해당 용역제공 기간의 개시일이 속하는 달이 1개월 미만이면 1개월로 하고, 해당 용역제공 기간의 종료일이 속하는 달이 1개월 미만이면 산입하지 아니한다.
  
  5-2) 부가가치세법 시행령 제62조 【시가의 기준】
  
  법 제29조 제3항 및 제4항에 따른 시가(時價)는 다음 각 호의 가격으로 한다.
  
  1. 사업자가 특수관계인이 아닌 자와 해당 거래와 유사한 상황에서 계속적으로 거래한 가격 또는 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격
  
  2. 제1호의 가격이 없는 경우에는 사업자가 그 대가로 받은 재화 또는 용역의 가격(공급받은 사업자가 특수관계인이 아닌 자와 해당 거래와 유사한 상황에서 계속적으로 거래한 해당 재화 및 용역의 가격 또는 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격을 말한다)
  
  3. 제1호나 제2호에 따른 가격이 없거나 시가가 불분명한 경우에는 「소득세법 시행령」 제98조 제3항 및 제4항 또는 「법인세법 시행령」 제89조 제2항 및 제4항에 따른 가격
  
  6) 부가가치세법 시행령 제22조 【용역의 공급시기】 (2013.2.15. 대통령령 제24359호로 일부개정된 것, 이하 같다)
  
  법 제9조 제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각 호에 따른다. 다만, 폐업 전에 공급한 용역의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다.
  
  6. 사업자가 「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제4조 제3호의 방식을 준용하여 설치한 시설에 대하여 둘 이상의 과세기간에 걸쳐 계속적으로 시설을 이용하게 하고 그 대가를 받는 경우에는 예정신고기간 또는 과세기간의 종료일
  
  7) 부가가치세법 시행령 제48조 【과세표준의 계산】
  
  ⑮ 사업자가 제22조제6호에 따라 둘 이상의 과세기간에 걸쳐 용역을 제공하는 경우에는 그 용역을 제공하는 기간 동안 지급받는 대가와 그 시설의 설치가액을 그 용역제공 기간의 월수로 나눈 금액의 각 과세대상기간의 합계액을 과세표준으로 한다. 이 경우 월수의 계산에 관하여는 용역제공 기간의 개시일이 속하는 달이 1개월 미만인 경우에는 1개월로 하고, 그 용역제공 기간의 종료일이 속하는 달이 1개월 미만인 경우에는 산입하지 아니한다. <신설 2013.2.15>
  
  8) 부가가치세법 시행령 제48조 【과세표준의 계산】 (2013.2.15. 대통령령 제24359호로 일부개정되기 전의 것, 이하 같다)
  
  ① 법 제13조제1항에 규정하는 과세표준에는 거래상대자로부터 받은 대금ㆍ요금ㆍ수수료 기타 명목여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치있는 것을 포함한다.
  
  ⑤ 기부채납의 경우에는 당해 기부채납의 근거가 되는 법률에 의하여 기부채납된 가액(부가가치세가 포함된 경우에는 이를 제외한다)을 과세표준으로 한다.
  
  ⑫ 사업자가 제22조 제5호에 따라 둘 이상의 과세기간에 걸쳐 용역을 제공하고 그 대가를 선불로 받는 경우에는 해당 금액을 계약기간의 월수로 나눈 금액의 각 과세대상기간의 합계액을 그 과세표준으로 한다. 이 경우 월수의 계산에 관하여는 해당 계약기간의 개시일이 속하는 달이 1개월 미만인 경우에는 1개월로 하고, 해당 계약기간의 종료일이 속하는 달이 1개월 미만인 경우에는 산입하지 아니한다.
  
  9) 부가가치세법 시행령 제49조의2 【부동산임대용역에 대한 과세표준계산의 특례】
  
  ④ 사업자가 둘 이상의 과세기간에 걸쳐 부동산임대용역을 공급하고 그 대가를 선불 또는 후불로 받는 경우에는 해당 금액을 계약기간의 월수로 나눈 금액의 각 과세대상기간의 합계액을 그 과세표준으로 한다. 이 경우 월수의 계산에 관하여는 제48조제12항 후단을 준용한다.
  
  10) 사회기반시설에 대한 민간투자법관한 법률 제4조 【민간투자사업의 추진방식】 (2016.3.29. 법률 제14098호로 일부개정된 것)
  
  1. 사회기반시설의 준공과 동시에 해당 시설의 소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되며, 사업시행자에게 일정기간의 시설관리운영권을 인정하는 방식(제2호에 해당하는 경우는 제외한다)
  
  2. 사회기반시설의 준공과 동시에 해당 시설의 소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되며, 사업시행자에게 일정기간의 시설관리운영권을 인정하되, 그 시설을 국가 또는 지방자치단체 등이 협약에서 정한 기간 동안 임차하여 사용ㆍ수익하는 방식
  
  3. 사회기반시설의 준공 후 일정기간 동안 사업시행자에게 해당 시설의 소유권이 인정되며 그 기간이 만료되면 시설소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되는 방식
  
  4. 사회기반시설의 준공과 동시에 사업시행자에게 해당 시설의 소유권이 인정되는 방식
  
  ※ 국세청 ‘부가가치세 집행기준’ 9-18-2 [재화와 용역의 교화거래 사례]
  
  ① 사업자가 타인 소유의 토지 위에 건물을 신축하여 일정기간 동안 사용하기로 약정하고 토지 소유자의 명의로 신축건물을 보존등기하는 경우 해당 건축물의 이전은 재화의 공급에 해당한다.
  
  ② 제1항의 토지 소유자가 소유토지를 토지 임차인에게 무상 또는 저리로 임대하고 해당 건축물을 이전받는 경우 부동산임대용역에 대한 공급가액은 임대차기간 동안 지급받는 대가와 그 건축물의 설치가액의 합계액을 그 임대차기간의 개월 수로 나눈 금액의 각 과세대상기간의 합계액으로 한다.
  
  
  
  다. 사실관계
  
  1) 기초 사실관계
  
  가) 국세청 대내포털시스템(NTIS)에 따라 청구인이 쟁점토지 및 쟁점건물을 사업장으로 하여 사업자등록한 내역은 다음과 같으며, 2018.2.27. 현재 사업장으로 사업장 정정신고를 한 것으로 나타난다.
  
  나) 처분청이 쟁점건물의 설치가액을 과세표준에 산입하여 이 건 부가가치세를 부과처분한 내역은 다음 <표3>과 같다.
  
  <표3> 2018년 제1기 부가가치세 경정내역
  
  다) 청구인과 임대인 甲기업 쟁점토지 및 쟁점건물에 관하여 다음과 같이 임대차계약을 맺었다.
  
  (1) 2018.1.31. 맺은 임대차계약서의 주요 내용은 다음과 같으며, 그 중 제5조를 보면, 임대차계약 종료시 쟁점건물을 철거하여 원상회복하거나 임대인이 원하는 경우 무상이전할 수 있다고 규정하고 있다.
  
  (2) 청구인과 임대인 甲기업가 2018.6.30. 당초 임대차계약(2018.1.31. 작성)을 변경하여 임대차계약서를 작성하였는데, 이 계약서 제5조를 보면, 임대차계약 종료시 쟁점건물을 철거하여 원상회복하여야 하고, 임대인이 원하는 경우 무상이전할 수 있다는 당초 규정이 삭제되어 있다.
  
  라) 쟁점토지 및 쟁점건물은 ○○시 ‘○○’ 인근에 위치하고 있으며, 지리정보는 다음과 같다.
  
  마) 쟁점건물에 관한 일반건축물대장과 등기사항전부증명서의 주요내용은 다음과 같다.
  
  (1) 쟁점건물에 관한 일반건축물대장을 보면, 쟁점건물 건축주는 甲기업이고, 공사시공자는 丁기업(주)이며, ‘변동내역 및 원인’란에는 2018.2.7. 사용승인(증축)에 따른 신규작성(건축과-***)이라고 기재되어 있다.
  
  (2) 쟁점건물에 관한 등기사항 전부증명서의 주요 내용은 다음과 같다.
  
  바) 한편, 청구인(○○센터)이 작성한 계정별원장(건설중인자산)을 다음과 같이 보면, 쟁점건물의 신축가액은 쟁점금액(1,338,515,071원)이고, 청구인이 주장하는 쟁점건물의 설치가액 950,000,000원은 쟁점금액 중 건물신축공사한 시공자 丁기업(주)에 지급한 공사비용인 것으로 나타난다.
  
  2) 쟁점건물에 관한 임대인 甲기업의 조세불복 내용
  
  조사청이 甲기업를 조사하여, ① 청구인 부담으로 신축한 쟁점건물 신축가액(950,000,000원)을 선수임대료로 보았고, ② 쟁점건물과 동일하게 甲기업가 본인 부담으로 건물을 신축하여 임대인 명의로 등기한 후 장기 임차하여 사용하고 있는 것에 대하여 신축비용을 선급임차료로 보아 부가가치세를 부과처분하였고, 이에 甲기업가 심판청구하였으나, 조세심판원은 20**.*.**. 기각결정(조심20**)한 것으로 나타난다.
  
  라. 판단
  
  이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.
  
  1) 관련 법리
  
  「부가가치세법」 제9조 제1항은  "재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다.”고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제18조 제1항 제3호는  "재화의 인도 대가로서 다른 재화를 인도받거나 용역을 제공받는 교환계약에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것”을 재화의 공급으로 보고 있다.
  
  한편, 「부가가치세법」 제9조 제1항은 재화의 공급에 대한 부가가치세 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화의 공급가액을 합한 금액이라고 규정하고 있고, 기획재정부는 「법인세법」상으로 사업시행자가 타인의 토지 위에 시설물을 신축하고 사업기간 동안 운영한 후 사업기간 종료시에 해당 시설물을 토지소유자에게 무상이전하는 경우, 「부가가치세법 시행령」제61조 제1항 제7호에 따라 토지소유자의 임대수입금액은 그 시설물의 설치가액을 사업기간 동안 안분하여 익금산입한다고 해석하고 있다(기획재정부 법인세제과-316, 2014.5.15. 참조).
  
  2) 청구인이 임차한 토지에 본인부담으로 쟁점건물을 신축하여 임대인 명의로 보존등기한 것을 재화의 공급으로 볼 수 있는지 여부에 대한 판단
  
  청구인은 본인 부담으로 신축한 쟁점건물을 임대인 甲기업 명의로 보존등기한 것을 재화와 용역의 교환거래(쟁점건물↔임대용역 제공)로 보는 것은 부당하다고 주장하나, 다음과 같은 이유에서 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.
  
  첫째, 사업자가 타인 소유의 토지 위에 건물을 신축하여 일정기간 동안 사용하기로 약정하고 토지 소유자의 명의로 신축건물을 보존등기하는 경우 해당 건축물의 이전은 재화의 공급으로 보고 있는바, 청구인과 쟁점토지 소유자 甲기업 간 2018.1.31. 맺은 쟁점토지에 관한 임대차계약서에 따르면, 청구인 부담으로 쟁점건물을 신축하고 소유권보존등기는 甲기업 명의로 하기로 되어 있고, 실제로도 甲기업가 그 계약에 따라 쟁점건물을 소유권보전등기를 하여 쟁점토지 및 쟁점건물의 소유권자로 법적 권리를 갖게 된 것으로 보인다.
  
  둘째, 이 임대차계약서상 임대차계약 종료시점에 임차인이 쟁점건물을 철거 후 원상회복 내지 임대인이 원하는 경우 무상 귀속하는 조건이 같이 있는 것으로 보아 甲기업는 임대차계약 종료시점에 쟁점건물을 철거 후 쟁점토지를 사용하거나, 쟁점건물을 부동산임대업 영위 등에 사용ㆍ수익할 수도 있을 것으로 보여, 甲기업가 임대차계약 종료시 쟁점건물을 계속 사용할지 아니면 철거할지를 선택할 수 있으므로 쟁점건물의 철거가 확실시 되는 경우라고 보기 어렵다.
  
  한편, 청구인은 ‘임대인이 원하는 경우 무상 귀속하는 조건’을 삭제한 2023.6.30.자 변경된 임대차계약서를 제시하며, 쟁점건물의 철거가 확실하므로 쟁점건물의 설치가액을 재화와 용역의 교환거래로 보는 것은 부당하다고 주장하나, 이렇게 변경계약을 맺은 때가 조사청이 2023.1.9. 처분청에 쟁점건물 신축에 대하여 부가가치세 과세자료를 통보한 이후이고 변경계약을 체결하게 된 구체적인 이유가 불분명해 보이는 점, 청구인이 쟁점건물을 임대료와 교환거래한 시기가 2018년 2월경이고 이 건이 그 교환거래에 대한 부과처분인 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다.
  
  또한, 처분청이 청구인이 기장한 장부를 통하여 쟁점건물의 설치가액이 950,000,000원이 아닌 쟁점금액인 것으로 확인하여, 쟁점금액을 과세표준에 추가로 산입하여 부가가치세를 과세한 것으로 나타나므로 이에 따른 이 건 처분은 달리 잘못이 없어 보인다.
  
  그리고 청구인은 이 건 부과처분이 과세전적부심사 기회를 부여하지 않은 것이므로 절차상 위법하다고 주장하나, 처분청이 「국세기본법」 제81조의15 제3항 제3호(과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우)에 따라 과세전적부심사 절차를 거치지 않고 곧바로 과세처분하였는바, 이는 적법해 보이므로 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다(대법원 2012.10.11. 선고 2010두19713 판결, 대법원 2016.4.15. 선고 2015두52326 판결, 서울행정법원 2022.11.10. 선고 2021구합70189 판결 등 참고).
  
  5. 결론
  
  이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없다고 인정되므로「국세기본법」제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
  
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