【제 목】
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청구법인은 2020년 2월에 ‘기공승낙서’를 제출하였으며, 그 후 쟁점토지를 포함한 구간에서 공사가 진행되어 도로가 개설되었음이 2020.9.18. 촬영한 항공사진에 의해 확인되는 점 등에 비추어 청구법인이 2020년 2월 제출한 기공승낙서를 통해 매수인이 임야인 쟁점토지에 도로 개설을 위한 공사를 시작하여 쟁점토지를 독자적으로 사용·수익한 것으로 보인다. 따라서 쟁점토지의 양도일은 쟁점토지에 대한 사용수익권이 매수인에게 실질적으로 이전된 기공승낙서 제출일(2020년 2월)이 속하는 2020사업연도로 보아야 할 것이므로 처분청이 이와 다르게 쟁점토지 보상금 수령일이 속하는 2021사업연도를 양도시기로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다 (취소) | ||
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| 【세목】 |
법인세법 | 【구분】 |
심판청구 |
【주문】 동화성세무서장이 2023.12.21. 청구법인에게 한 2021사업연도 법인세 경정청구 거부처분은 이를 취소한다. 【이유】 1.처분개요 가.청구법인은 2007.1.14. 법인으로 보는 단체(종친회)로 승인받은 비영리법인으로, 2017.1.3. 경기도 OOO에 소재한 병원건물을 매입한 후 수익사업(부동산임대)을 개시하였으며, 청구법인이 소유한 OOO(이하 "쟁점토지”라 한다) 임야가 국토교통부에 수용되자 보상금(OOO원) 수령일인 2021.7.28.을 잔금청산일로 하여 2021사업연도 법인세 OOO원을 신고ㆍ납부하였다. 나.청구법인은 2022.10.7. 쟁점토지가 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산(종중선산)으로 과세소득에서 제외되어야 한다는 취지로 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2022.12.7. ‘2020년 항공사진상 도로로 사용된 것이 확인되어 계속하여 3년 이상 사용하지 아니하였다’는 이유로 경정청구를 거부하였다. 이에 청구법인은 2023.8.30. 쟁점토지의 양도시기는 잔금청산일이 속한 2021년이 아닌 양수인인 서울지방국토관리청에 쟁점토지에 대한 도로공사를 사용승낙한 2020년이라는 취지로 경정청구를 다시 제기하였고, 처분청은 2023.12.21. 청구법인이 제출한 ‘기공승낙서’의 승낙일(사용수익일)이 속한 2020사업연도가 아닌 수용재결에 따라 보상금을 수령한 2021사업연도가 양도시기라는 이유로 경정청구를 거부하였다. 다.청구법인은 이에 불복하여 2024.1.30. 심판청구를 제기하였다. 2.청구법인 주장 및 처분청 의견 가.청구법인 주장 (1)OOO 임야는 1971.7.16.부터 OOO의 조상묘를 관리해오던 선산이었으나 OOO～OOO 고속도로 민간투자사업(이하 "쟁점사업”이라 한다) 계획으로 일부가 쟁점토지로 분할되어 국토교통부에 수용되었다. (가)쟁점사업의 보상업무 공동시행자인 서울지방국토관리청은 2019년 12월경 토지수용에 따른 보상금을 받는 것은 확실하고 현재 공사가 지연되고 있으니 토지를 빨리 사용할 수 있도록 해달라고 청구법인을 재촉하였고, 청구법인은 2019.12.22. 종중 총회를 개최하여 ‘쟁점토지에 대한 도로건설을 승인한다’는 결의를 하였으며 2020.2.12. 서울지방국토관리청에 기공승낙서를 작성하여 제출하였다. 기공승낙서에 따르면 ‘매매계약 이전에 기공을 승낙하고 수용토지의 측량 결과의 면적이 변동해도 기공승낙의 효력에 변함이 없는 것’으로 약정하여 청구법인은 서울지방국토관리청의 쟁점토지 사용에 대한 승낙의사를 분명히 하였다. 서울지방국토관리청은 기공승낙서를 수령하고 2020년 2월경 해당 구간의 시공사인 A㈜를 통하여 도로공사를 진행하였으며, 2020년 말경 쟁점토지는 도로의 형태로 형질이 변경되었고 청구법인은 쟁점토지를 더 이상 선산의 고유목적사업으로 사용할 수 없게 되었으며, 이러한 사실은 국토지리정보원에서 2020.9.18. 촬영한 항공사진에서 쟁점토지가 도로로 변경되어 있음을 통해 확인할 수 있다. (나)국세청은 ‘상품 등 외의 자산의 양도로 인한 손익의 귀속시기는 「법인세법 시행령」제68조 제1항 제3호의 규정에 의하여 대금청산일, 소유권 등의 이전등기일, 인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날로 하는 것이며, 이 경우 "사용수익일”은 당사자 간의 계약에 의하여 사용수익하기로 약정한 날로 하는 것이나, 별도 약정이 없는 경우에는 양도법인이 사용승낙을 하고 매수인이 당해 자산을 실질적으로 사용할 수 있게 된 날로 한다(서이46012-11509, 2003.8.19.)’고 하였다. 청구법인과 서울지방국토관리청이 2020.2.12. 약정한 기공승낙서 내용으로 볼 때, 청구법인이 쟁점토지에 대한 사용승낙을 하고 매수인인 서울지방국토관리청이 2020사업연도에 실질적으로 사용하였으므로 기공승낙서 작성일인 2020년 2월이 「법인세법 시행령」제68조 제1항 제3호에서 규정한 사용수익일에 해당한다 할 것이다. 또한 국세청은 ‘토지수용의 경우에 보상금 지급일 또는 공탁일이 속하는 사업연도가 손익의 귀속시기가 아니고 지급일 등을 잔금청산일로 보아 잔금청산일 전에 사용수익일이 빠르면 사용수익일이 속하는 사업연도를 손익의 귀속시기’(법인세과-200, 2011.3.17.)로 보고 있다. 따라서 수용재결로 인해 청구법인이 보상금을 수령한 날(잔금청산일)은 2021.7.28.이고, 서울지방국토관리청에서 쟁점토지를 사용수익(도로공사)할 수 있도록 약정한 사용수익일인 2020.2.12.이 잔금청산일보다 더 빠르므로 쟁점토지 양도시기는 사용수익일이 속하는 2020사업연도이다. (2)처분청의 경정청구 거부 사유는 아래와 같은 점에서 부당하다. (가)처분청은 경정청구 거부사유의 하나로 ‘기공승낙서의 승낙일이 불분명하여 정확한 날짜를 확인할 수 없다’는 의견을 제시하고 있으나, 청구법인은 확인서 내용과 같이 2020.2.12. 서울지방국토관리청에 기공승낙서를 제출하였다. 1)처분청은 시행사인 B 주식회사가 기공승낙서 수령일자를 별도로 기록하는 업무절차가 없어서 기공승낙서를 제출받은 정확한 일자를 확인할 수 없다고 답변하자, 청구법인이 주장하는 제출일자인 2020.2.12.을 부인하였다. 하지만 시행사의 답변은 기공승낙서를 제출받은 사실은 인정하지만 수령일자를 기록하는 절차가 없어서 확인하기 어렵다고 답변한 것으로, 청구법인이 기공승낙서를 2020.2.12.에 제출한 사실을 부인하는 것이 아니므로 반대증거가 없는 한 청구법인이 주장하는 제출일자를 인정하여야 한다. 2)기공승낙서에 날짜가 기재되어 있지는 아니하나 ‘2020년 2월’로 기재되어 있고, 기공승낙서를 수령한 매수인(서울지방국토관리청)이 실제 사용수익을 하였음이 국토지리정보원 항공사진(2020.9.18. 촬영)으로 확인되는바 쟁점토지 사용수익일을 2020사업연도로 보아야 한다. 또한 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」(이하 "토지보상법”이라 한다) 제62조에 따르면 토지소유자의 승낙이 있으면 보상금을 지급하기 전에 공사 착수가 가능한 것으로 규정되어 있는 점에 비추어도 기공승낙서가 2020사업연도에 제출되었기 때문에 공사가 진행되었다는 점은 분명하다 할 것이다. (나)또한 처분청은 ‘기공승낙서의 승낙일 시점에 협의 및 계약체결의 절차를 거치지 아니하여 보상액이 확정되지 아니하였다’는 의견을 제시한다. 그러나 일반적인 사적 매매거래에서는 매매계약 체결 시 매매금액 및 매수ㆍ매도인 등의 당사자가 결정되고 그 후 잔금지급일 전에 사용수익일이 있는 경우가 일반적이나, 이 건의 경우에는 공익사업에 해당하는 강제수용으로 일반적인 사적 매매계약과는 다르며 사업인정고시일에 공익사업의 시행자에게 수용권이 발생하고 수용할 목적물의 범위가 확정(대법원 1995.12.5. 선고 95누4889 판결)되는바, 쟁점사업에 대한 사업인정고시(2017.2.8.)에 서울지방국토관리청은 쟁점토지에 대한 수용권을 가져 매수인임이 확정된 상태에서 2020.2.12. 청구법인으로부터 사용승낙을 받았다. 쟁점토지에 대한 보상금액 역시 같은 사업연도인 2020.6.1.에 OOO원으로 결정되었다. 토지보상법 제28조 제1항에 따르면 협의가 성립되지 아니하거나 협의를 할 수 없을 때 사업시행자는 토지수용위원회에 재결을 신청할 수 있다고 규정되어 있는바 계약체결 절차가 없어도 공익사업에 사용될 토지는 수용재결의 절차로 사업시행자가 취득 가능하다. 또한 「법인세법」제68조는 자산 양도에 따른 귀속사업연도는 사용수익일이 속하는 사업연도의 익금으로 한다는 규정이지, 사용수익일에 반드시 매매계약체결이 있어야 하고 대금이 확정되어야 한다는 등의 규정은 없는바 위 처분청 의견은 법적 근거가 없다 할 것이다. (다)마지막으로 처분청은 기공승낙서 작성이 공사진행에 편의를 제공한 것에 불과하다는 의견이나, 행정편의 제공이란 매수인에게 인허가를 위한 절차에 협조하는 정도를 말하는 것이지, 이 건과 같이 토지의 형질을 변경하는 공사의 승낙은 행정편의 제공과는 다른 것이며, 토지보상법 제72조 제2호에서는 토지의 사용으로 인하여 토지의 형질이 변경되는 경우에는 토지소유주가 사업시행자에게 토지의 매수를 청구할 수 있는 권리를 부여하고 있는바, 청구법인과 사업시행자(서울지방국토관리청) 사이의 기공승낙서 약정은 단순한 행정편의 제공을 넘어 청구법인이 쟁점토지의 형질변경으로 즉시 시행자에게 소유권 매수청구가 가능한 사항에 해당한다. 청구법인과 서울지방국토관리청 사이의 기공승낙서 약정에 따라 매수인이 도로공사로 쟁점토지의 형질을 변경할 수 있도록 하였다는 점에서 기공승낙서 약정일은 「법인세법 시행령」제68조 제1항 제3호에서 규정한 사용수익일에 해당한다 할 것이다. 나.처분청 의견 (1)내국법인이 보유 중인 토지의 양도로 인한 손익의 귀속사업연도는 「법인세법 시행령」제68조 제1항 제3호에 따라 그 대금을 청산한 날이 속하는 사업연도로 하나, 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그 이전등기일ㆍ인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날이 속하는 사업연도로 하는 것이며, 이 경우 ‘사용수익일’이라 함은 당사자 간의 계약에 의하여 사용수익을 하기로 약정한 날을 말하는 것이나, 별도의 약정이 없는 경우에는 자산을 양도하는 법인의 사용승낙으로 인하여 매수인이 해당 자산을 실질적으로 사용할 수 있게 된 날을 말한다. (2)청구법인이 제출한 기공승낙서의 승낙일이 불분명하여 정확한 날짜를 확인할 수 없는 점, 기공승낙서의 승낙일 시점에 협의 및 계약 체결의 절차를 거치지 아니하여 보상액이 확정되지 아니한 점, 기공승낙서 작성은 매매계약 및 보상이 완료되기 전에 쟁점사업으로 인해 공사를 진행할 수 있도록 편의를 제공한 것에 불과한 점 등에 비추어 기공승낙서의 승낙일을 쟁점토지 양도에 대한 사용수익일로 보기는 어렵다. 3.심리 및 판단 가.쟁점 쟁점토지의 수용에 따른 손익귀속시기가 기공승낙서 승낙일인지 아니면 수용보상금 수령일인지 여부 나.관련 법령 (1) 법인세법 제40조【손익의 귀속사업연도】① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다. ② 제1항에 따른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 법인세법 시행령 제68조【자산의 판매손익 등의 귀속사업연도】① 법 제40조 제1항 및 제2항을 적용할 때 자산의 양도 등으로 인한 익금 및 손금의 귀속사업연도는 다음 각 호의 날이 속하는 사업연도로 한다. 3. 상품 등외의 자산의 양도：그 대금을 청산한 날. 다만, 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기(등록을 포함한다)를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그 이전등기일(등록일을 포함한다)ㆍ인도일 또는 사용수익일중 빠른 날로 한다. (3) 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제3조【적용 대상】사업시행자가 다음 각 호에 해당하는 토지ㆍ물건 및 권리를 취득하거나 사용하는 경우에는 이 법을 적용한다. 1. 토지 및 이에 관한 소유권 외의 권리 2. 토지와 함께 공익사업을 위하여 필요한 입목(立木), 건물, 그 밖에 토지에 정착된 물건 및 이에 관한 소유권 외의 권리 제16조【협의】사업시행자는 토지등에 대한 보상에 관하여 토지소유자 및 관계인과 성실하게 협의하여야 하며, 협의의 절차 및 방법 등 협의에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제19조【토지등의 수용 또는 사용】① 사업시행자는 공익사업의 수행을 위하여 필요하면 이 법에서 정하는 바에 따라 토지등을 수용하거나 사용할 수 있다. 제25조【토지등의 보전】① 사업인정고시가 된 후에는 누구든지 고시된 토지에 대하여 사업에 지장을 줄 우려가 있는 형질의 변경이나 제3조제2호 또는 제4호에 규정된 물건을 손괴하거나 수거하는 행위를 하지 못한다. 제28조【재결의 신청】① 제26조에 따른 협의가 성립되지 아니하거나 협의를 할 수 없을 때(제26조 제2항 단서에 따른 협의 요구가 없을 때를 포함한다)에는 사업시행자는 사업인정고시가 된 날부터 1년 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 관할 토지수용위원회에 재결을 신청할 수 있다. 제62조【사전보상】사업시행자는 해당 공익사업을 위한 공사에 착수하기 이전에 토지소유자와 관계인에게 보상액 전액(全額)을 지급하여야 한다. 다만, 제38조에 따른 천재지변 시의 토지 사용과 제39조에 따른 시급한 토지 사용의 경우 또는 토지소유자 및 관계인의 승낙이 있는 경우에는 그러하지 아니하다. 제72조【사용하는 토지의 매수청구 등】사업인정고시가 된 후 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 해당 토지소유자는 사업시행자에게 해당 토지의 매수를 청구하거나 관할 토지수용위원회에 그 토지의 수용을 청구할 수 있다. 이 경우 관계인은 사업시행자나 관할 토지수용위원회에 그 권리의 존속(存續)을 청구할 수 있다. 1. 토지를 사용하는 기간이 3년 이상인 경우 2. 토지의 사용으로 인하여 토지의 형질이 변경되는 경우 3. 사용하려는 토지에 그 토지소유자의 건축물이 있는 경우 다.사실관계 및 판단 (1)청구법인과 처분청이 제출한 자료는 다음과 같다. (가)쟁점사업과 관련한 ‘국토교통부고시 제2017-58호’의 주요 내용은 다음과 같다. (나)청구법인은 2019.12.22. 개최한 정기총회 의사록 및 ㈜A OOO 고속도로 제3공구 현장소장인 A이 작성한 ‘확약서’ 등을 제출하였고, 주요 내용은 아래와 같다. ＜2019년도 정기총회 의사록＞ ＜확약서＞ (다)청구법인이 2020년 2월 작성하여 서울지방국토관리청에 제출한 ‘기공승낙서’ 내용은 다음과 같다. ㅇㅇㅇ (라)청구법인은 사업시행자(서울지방국토관리청)가 2020.3.30. 작성한 ‘보상계획공고’ 및 한국감정원이 2020.6.1. 청구법인에게 보낸 ‘보상에 관한 협의(계약) 요청’ 문서를 제출하였고, 한국감정원 문서에 쟁점토지 보상내역이 포함되어 있음이 확인된다. (마)청구법인은 국토지리정보원이 2020.9.18. 쟁점토지 인근을 촬영한 것이라며 사진을 제출하였다. ㅇㅇㅇ (바)청구법인의 대표자 D이 2024.1.7. 작성한 확인서 내용은 아래와 같다. (사)처분청은 기공승낙서와 관련하여 서울지방국토관리청, 사업시행자인 B 주식회사에 공사착수 관련 서류를 요청하였고, B 주식회사의 회신내용은 아래와 같다. ㅇㅇㅇ (아)청구법인이 제출한 수용재결서에 기재된 수용재결 신청 경위, 청구법인의 보상 관련 주장은 아래와 같다. ＜이하 그림 삽입을 위한 여백＞ ㅇㅇㅇ (자)처분청은 한국부동산원에 수용재결 관련 서류(협의취득 불가사유 및 보상금 지급 처리내역)를 요청하였고, 그 회신내역은 다음과 같다. ㅇㅇㅇ (차)처분청은 청구법인의 이 건 경정청구에 대하여 2023.12.11. 과세사실판단 자문위원회를 개최하였고, 의결결과에 따라 청구법인의 경정청구를 거부하였다. (2)이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가)「법인세법 시행령」제68조 제1항 제3호에서는 상품 등 외의 자산의 양도로 인한 손익의 귀속사업연도는 대금을 청산한 날이 속하는 사업연도로 하되, 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그 이전등기일ㆍ인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날이 속하는 사업연도로 하는 것으로 규정하였고, 대법원에서는 ‘사용수익일에는 양수인이 매매목적물인 자산을 현실적으로 사용ㆍ수익하기 시작한 날은 물론 매매계약의 내용 중 특약으로 정한 사용ㆍ수익이 가능한 날도 포함된다고 할 것이지만, 양수인이 양도인으로부터 매매목적물인 자산을 이용ㆍ관리할 수 있도록 하는 승낙을 받았다고 하더라도 그것이 그 자산을 잠정적으로 보존ㆍ유지ㆍ관리하거나 제한적인 목적에서 일시적으로 이용하도록 하는 것에 불과한 경우에는 양수인으로 하여금 그 자산을 독자적으로 사용ㆍ수익할 수 있게 한 것이 아니므로 그와 같은 승낙일은 이 건 조항에서 정한 사용수익일에 해당한다고 할 수 없다’(대법원 2015.12.10. 선고 2015두48266 판결)고 판시하였다. (나)처분청은 청구법인이 제출한 기공승낙서의 승낙일이 불분명하여 정확한 날짜를 확인할 수 없고, 기공승낙의 내용도 매매계약 및 보상이 완료되기 전에 쟁점사업으로 인해 공사를 진행할 수 있도록 편의를 제공한 것에 불과하므로 사용수익일에 해당하지 않는다는 의견이나, 청구법인은 본인이 소유한 경기도 OOO 토지 19,379㎡ 중 쟁점사업에 편입된 8,069㎡ 외 잔여지(11,310㎡)에 공공도로와 연결되는 진입로를 개설하기로 하였음(기공승낙서 작성 등의 조건)이 2019년 12월 작성된 청구법인 정기총회의 의사록 및 ㈜A 현장소장의 확약서 등에 나타나고, 청구법인은 2020년 2월 서울지방국토관리청에 ‘기공승낙서’를 제출하였으며, 그 후 쟁점토지를 포함한 구간에서 공사가 진행되어 도로가 개설되었음이 국토지리정보원에서 2020.9.18. 촬영한 항공사진에 의해 확인되는 점 등에 비추어 청구법인이 2020년 2월 제출한 기공승낙서를 통해 매수인인 국토교통부가 임야인 쟁점토지에 도로 개설을 위한 공사를 시작하여 쟁점토지를 독자적으로 사용ㆍ수익한 것으로 보인다. 따라서 쟁점토지의 양도시기는 쟁점토지에 대한 사용수익권이 매수인에게 실질적으로 이전된 기공승낙서 제출일(2020년 2월)이 속하는 2020사업연도로 보아야 할 것이므로 처분청이 이와 다르게 쟁점토지 보상금 수령일이 속하는 2021사업연도를 양도시기로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다. 4.결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. |
주제어 : 상품 등 이외 자산의 양도손익의 귀속사업연도
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