【제 목】
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청구법인이 구분한 쟁점토지, 쟁점건물 및 쟁점기계설비의 가액이 감정평가가액 등에 의하여 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 점, 2018.12.31. 개정된 「부가가치세법」제29조 제9항의 개정이유가 자산별 가액의 자의적 구분을 통한 조세회피를 방지하기 위한 것으로 2019.1.1. 이후 재화를 공급하는 분부터 적용되는 점 등에 비추어 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨 (기각) | ||
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| 【세목】 |
부가가치세법 | 【구분】 |
심판청구 |
【주문】 심판청구를 기각한다. 【이유】 1. 처분개요 가. 청구법인은 2002.5.28. 석재(현무암 경계석 및 판석)를 제조하기 위하여 개업한 법인으로, 2022.2.14. 제주특별자치도 제주시 OOO 토지 6,612㎡(이하 "쟁점토지”라 한다), 건물 1,086㎡(공장동 건물 960㎡ 및 기숙사동 건물 126㎡, 이하 "쟁점건물”이라 한다) 및 기계설비(이하 "쟁점기계설비”라 하고, 쟁점토지 및 쟁점건물과 함께 "쟁점부동산”이라 한다)를 A(이하 "매수인”이라 한다)에게 아래 ＜표1＞과 같이 양도(이하 "쟁점거래”라 한다)하고, 2022.2.28. ‘쟁점건물 및 쟁점기계설비’에 대하여 공급가액 OOO원으로 하여 세금계산서를 발급한 후, 이를 반영하여 2022년 제1기 부가가치세를 신고ㆍ납부하였다. ＜표1＞ 이 사건 부동산 매매대금 나. 처분청은 쟁점부동산의 실지거래가액이 「부가가치세법」제29조 제9항 제2호 및 같은 법 시행령 제64조 제1항 제2호에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있다고 보아 아래 ＜표2＞의 금액을 공급가액으로 하여 2024.1.10. 청구법인에게 2022년 제1기 부가가치세OOO원을 경정ㆍ고지하였다. ＜표2＞ 안분계산 내역 다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.4.9. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 쟁점거래에 따른 부가가치세 공급가액을 산정함에 있어 쟁점부동산의 실지거래가액을 부인하고 재계산(안분계산)하여 부가가치세를 부과한 처분은 위법하다. (가) 쟁점부동산의 실지거래가액이 기준시가 등으로 안분계산한 금액과 30% 이상 차이가 난다는 이유만으로 매매계약 및 세금계산서상의 실지거래가액을 인정하지 않는 것은 실질과세의 원칙과 근거과세의 원칙에 반하고, 「부가가치세법」상 거래징수제도와 매입세액공제제도의 왜곡을 초래하여 거래당사자 일방에게 손해를 끼치는 결과를 초래하게 된다. (나) 청구법인은 쟁점거래 전에 쟁점건물과 쟁점기계설비에 대하여 일일이 검수를 한 결과, 쟁점건물 및 쟁점기계설비의 준공(취득)시기, 구조 및 용도 등을 고려하여 당사자 간 합의에 의한 가격(공장동 건물 OOO원, 기숙사동 건물OOO원, 쟁점기계설비 OOO원)을 결정하였고, 이는 주식회사 OOO감정평가법인이 평가한 가액(공장동 건물 OOO원, 기숙사동 건물 OOO원, 쟁점기계설비 OOO원)과 비교하여도 합리적인 가격인바, 처분청이 경정한 쟁점기계설비의 공급가액(OOO원)은 소급감정가액(OOO원), 장부가액(OOO원)이나 취득가액(OOO원)보다 훨씬 높아 실지거래가액으로 받아들이기 어렵다. (다) 쟁점토지, 쟁점건물 및 쟁점기계설비의 가액 구분이 불분명하다고 볼 수 없고, 쟁점토지, 쟁점건물 및 쟁점기계설비의 가격을 조정한다고 하더라도 쟁점거래에 따른 청구법인의 수익은 동일하고, 매수인이 쟁점거래에 대한 매입세액을 공제받을 수 있어 청구법인은 쟁점건물과 쟁점기계설비에 대한 가격을 낮추어 신고할 이유가 없다. (라) 청구법인은 쟁점부동산과 관련하여 매매대금반환 등의 소송(제주지방법원 OOO) 중에 있는바, 제주지방법원 녹취서 9면에 의하면 ‘토지 2,000평을 평당 OOO원으로 한 OOO원과 건물 및 기계시설 OOO원으로 한 총OOO원으로 한다’는 사실에 대하여 매수인과 B이 증언하고 있고, 청구법인은 위 증언내용과 동일하게 세금계산서를 교부하였으므로 청구법인의 쟁점거래에 대한 부가가치세 신고내용은「부가가치세법」을 위반한 것이 아니다. (마) 「부가가치세법」제29조 제9항에서도 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에도 양도 당시의 건물 및 기계설비 등이 상당기간 경과되어 그 기능이 상실한 경우에는 당사자 간 합의에 의하여 통상 매매계약서상 거래금액이 실지거래가액이고 토지와 건물의 가액이 구분되어 있는 경우에는 이를 실질거래가액으로 인정하여야 하고(국심 2001부522, 2001.5.22. 대법원 1995.2.24. 선고 93누18194 판결), 「부가가치세법」제29조 제9항 단서규정은 부가가치세 과세대상인 건물 등과 비과세대상인 토지의 공급가액이 불분명한 경우에 과세대상인 건물 등의 공급가액을 계산하기 위한 특례규정으로서 쟁점거래의 매매계약처럼 세금계산서에 의하여 공급가액이 구분 표시되는 등 그 기재가 허위 또는 누락이 있다고 인정되지 아니한 이상 위 규정이 적용되지 아니한다고 보는 것이 근거과세원칙에 비추어도 타당하다(서울고등법원 2020.5.14. 선고 2019누46093 판결, 서울행정법원 2012.9.14. 선고 2012구합4463 판결, 조심 2012서1606, 2012.9.4.). (2) 통상 건물과 기계장치는 토지와 달리 감가상각으로 그 가치가 감소되어 장부가액을 우선하여 기계장치를 안분계산하는 것은 시가를 왜곡할 수 있으므로 기계장치도 동일하게 감정평가가액으로 안분계산하는 것이 합리적이다. (가) 매수인은 2022.2.14. 쟁점토지 및 쟁점건물의 소유권을 이전등기하면서 대출을 실행할 목적으로 주식회사 OOO감정평가법인을 통하여 감정평가를 하였기에 쟁점기계설비에 대하여는 평가의 실익이 없어 감정평가를 진행하지 못하였는바(평가대상 목록에는 기재되어 있음), 청구법인은 쟁점부동산의 부가가치세 과세표준 안분의 왜곡을 방지하고자 위 감정평가법인을 통하여 2023.7.3. 쟁점기계설비에 대하여 감정평가를 받았다. (나) 청구법인의 기계장치에 대한 소급감정의 목적은 계약일 현재 토지, 건물의 감정가액은 있으나 기계장치의 감정가액이 없어 이를 방치할 경우 부가가치세의 과세표준이 심각하게 왜곡될 수 있고, 소급감정가액도 객관적이고 합리적인 방법으로 평가하여 매매 당시 시가를 적절히 반영하며, 법원에서도 비특수관계인 간의 거래가격이 없는 경우에도 공신력 있는 감정기관의 소급감정에 의한 감정가액을 시가로 인정하고 있는 점 등을 고려하면 쟁점거래도 쟁점기계설비를 포함하여 감정가액으로 과세표준을 안분 계산하는 것이 타당하다(적부 2019-114, 2020.5.27., 서울행정법원 2019.11.27. 선고 2019구단62973 판결, 제주지방법원 2022.6.28. 선고 2021구합5301 판결, 국심 1998서 3047, 1999.8.12.). (다) 소급감정가액을 인정하여 감정평가가액으로 쟁점부동산의 공급가액을 안분계산한다면, 쟁점건물과 쟁점기계설비의 공급가액은 청구법인이 당초 신고한 OOO원보다 OOO원이 증가하게 되므로 쟁점부동산을 감정평가가액으로 안분계산한 금액으로 부가가치세를 경정하여야 한다. 나. 처분청 의견 (1) 쟁점부동산의 실지거래가액은 「부가가치세법」제29조 제9항 제2호 및 같은 법 시행령 제64조 제1항 제2호에 따라 안분계산한 금액과 30% 이상 차이가 있는 경우에 해당하므로, 위 규정에 따라 안분계산한 쟁점건물 및 쟁점기계설비의 금액을 공급가액으로 하여 부가가치세를 부과한 것은 정당하다. (2) 「부가가치세법 시행령」제64조 제1항 제1호는 안분계산 시 인정되는 감정평가가액을 공급시기가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 평가한 가액으로 규정한바, 쟁점부동산의 공급시기는 2022년 제1기에 해당하고, 청구법인이 평가한 쟁점기계설비의 감정가액은 2023년 7월에서야 평가한 소급감정가액으로 위 법령상 인정되는 감정평가가액이 아니다. (3) 청구법인은 계약 및 세금계산서상 실지거래가액을 인정하지 않는 것은 실질과세의 원칙과 근거과세의 원칙에 반한다고 주장하나, 이러한 이유로 과소신고된 과세표준에 대하여 부가가치세를 부과할 수 없다면, 국가의 부가가치세 징수권을 무력화시키는 결과가 발생할 수 있으며, 이는 자산별 가액을 자의적으로 구분하여 조세회피를 방지하기 위해 2018.12.31. 개정된 「부가가치세법」제29조 제9항의 개정 취지에도 부합하지 않는다. (4) 또한 청구법인은 기계장치의 안분계산 결과가 취득가액이나 장부가액보다 높아 불합리하다고 주장하나, 이는 자산별 가액의 자의적 구분을 통한 조세회피를 방지하고자 일괄적인 계산방식을 적용한 결과로 한도 규정 등이 특별히 마련되어 있지 않고, 청구법인의 사업은 제주도내 허가 할당제가 적용되는 사업으로 쟁점토지 및 쟁점건물 뿐만 아니라 석재를 가공하는 쟁점기계설비 또한 전체 광업재산을 구성하는 중요한 요소로 경제적 합리성이 떨어지는 결과로 보기 어렵다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 ① 실지거래가액으로 구분하여 일괄로 양도된 쟁점토지, 쟁점건물 및 쟁점기계설비의 가액이 감정평가가액 등으로 안분계산한 금액과 30% 이상 차이나는 것으로 보아 부가가치세를 부과한 처분의 당부 ② 쟁점기계설비에 대한 소급감정가액을 인정하여 이에 따라 쟁점부동산의 공급가액을 안분계산하여 달라는 청구주장의 당부 나. 관련 법령 (1) 부가가치세법 제29조(과세표준) ⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다. 1. 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우 2. 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우. 다만, 다른 법령에서 정하는 바에 따라 가액을 구분한 경우 등 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우는 제외한다. (2) 부가가치세법 시행령 제64조(토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산) ① 법 제29조 제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호 본문에 따른 안분계산한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다. 1. 토지와 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등”이라 한다)에 대한 「소득세법」 제99조에 따른 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우 : 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가법인등이 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다. 2. 토지와 건물등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우 : 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분 계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대해서는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분 계산한 금액으로 한다. 3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우 : 국세청장이 정하는 바에 따라 안분하여 계산한 금액 ② 법 제29조 제9항 제2호 단서에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 건물등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 1. 다른 법령에서 정하는 바에 따라 토지와 건물등의 가액을 구분한 경우 2. 토지와 건물등을 함께 공급받은 후 건물등을 철거하고 토지만 사용하는 경우 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인이 쟁점부동산에 대하여 계약한 내용과 세금계산서 발급내역은 아래와 같다. (가) 청구법인은 2022.1.28. 매수인과 쟁점부동산에 대하여OOO원(부가가치세 OOO원 포함)을 매매대금으로 하는 계약서를 작성하였고, 쟁점토지, 쟁점건물 및 쟁점기계설비에 대한 상세내역을 아래 ＜표3＞과 같이 별지로 첨부하였다. ＜표3＞ 쟁점부동산 매매내역 (나) 청구법인은 2022.2.28. 매수자에게 쟁점부동산 중 쟁점건물 및 쟁점기계설비에 대하여 공급가액 OOO원, 부가가치세액 OOO원으로 하여 전자세금계산서를 발급하였다. (2) 처분청은 아래 ＜표4＞와 같이 쟁점부동산의 각 가액을 확인하고 쟁점부동산의 실지거래가액이 아래 ＜표5＞ㆍ＜표6＞과 같이 「부가가치세법」제29조 제9항 제2호 및 같은 법 시행령 제64조 제1항 제2호에 따라 안분계산한 금액과 30% 이상 차이가 난다고 보았다. ＜표4＞ 쟁점부동산의 가액 ＜표5＞ 쟁점부동산의 장부가액을 기준으로 1차 안분계산한 가액 ＜표6＞ 감정가액을 기준으로 쟁점토지 및 쟁점건물을 안분계산(2차)한 가액 (3) 청구법인은 쟁점부동산 매매가액의 안분계산이 불합리하다고 주장하면서, 아래 ＜표7＞과 같이 주식회사 OOO감정평가법인이 2022.2.14. 작성한 ‘쟁점토지 및 쟁점건물’에 대한 감정평가내역과 2023.7.3. 작성한 쟁점기계설비에 대한 감정평가내역을 제출하였고, 2023.11.16. 작성된 아래 ＜표8＞과 같은 제주지방법원(사건번호 OOO)의 녹취서를 제출하였다.  ＜표8＞ 제주지방법원 녹취서(발췌) 피고들 대리인 증인(B)에게 문 : 원고와 피고 회사 간의 토지ㆍ건물 및 장비 매매계약은 토지 2,000평을 평당 OOO원으로 한 OOO원과 건물 및 기계시설 OOO원으로 한 총 OOO원이었지만 편의상 토지가격을 34억원으로 한 합계 OOO원의 계약서를 작성한 사실을 증인은 알고 있나요. 답 : 예 문 : 최초 위와 같이 다운계약한 상태로 세금신고를 하려다가 원고 측의 이의로 피고 회사가 제대로 OOO원으로 세금신고를 한 사실을 증인은 알고 있나요. 답 : 네 (4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 「부가가치세법」제29조 제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호는 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 같은 법 시행령 제64조에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 그 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다고 규정하고 있는바, 청구법인이 구분한 쟁점토지, 쟁점건물 및 쟁점기계설비의 가액이 감정평가가액 등에 의하여 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 점, 2018.12.31. 개정된 「부가가치세법」제29조 제9항의 개정이유가 자산별 가액의 자의적 구분을 통한 조세회피를 방지하기 위한 것으로 2019.1.1. 이후 재화를 공급하는 분부터 적용되는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점토지, 쟁점건물 및 쟁점기계설비에 대한 가액을 안분계산하여 청구법인에게 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 「부가가치세법 시행령」제64조는 토지와 건물 등에 대한 기준시가가 모두 있는 경우 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 안분계산하되, 토지와 건물 등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우 그 가액에 비례하여 안분계산한다고 규정하면서, 감정평가가액은 공급시기가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 평가한 것을 말한다고 규정하고 있는바, 청구법인이 제시한 쟁점기계설비의 감정평가서는 2022.2.14.을 기준일로 하여 2023.7.3. 작성된 것으로, 쟁점부동산의 공급시기가 속하는 과세기간(2022년 제1기)의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 평가한 것에 해당하지 아니하므로, 감정평가가액에 따라 안분계산한 금액을 쟁점건물 및 쟁점기계설비의 공급가액으로 하여 부가가치세를 경정하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. |
주제어 : 과세표준의 토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액
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