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조심2024서152, 2024.10.10 기각
【제목】 2018.12.31. 법률 제16101호로 개정된 「부가가치세법」제29조 제9항 제2호에서 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 같은 법 시행령 제64조에 따라 안분 계산한 금액과 100분의 30 이상의 차이가 있는 경우에는 같은 법 시행령 제64조에서 정하는 바에 따라 안분 계산한 금액을 공급가액으로 한다고 규정하고 있고, 이는 2019.1.1. 이후 재화를 공급하는 분부터 적용되는 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단됨 (기각)
【세목】 부가가치세법 【구분】 심판청구
주제어 과세표준의 토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 관심주제어 등록

【주문】
  심판청구를 기각한다.
【이유】
  1. 처분개요
  
  가. 청구인은 서울특별시 강서구 공항동 OOO 및 같은 동 OOO 소재 토지 및 건물(이하  "쟁점토지” 및  "쟁점건물”이라 하고 이들을 합하여  "쟁점부동산”이라 한다)을 2021.11.17. OOO역지역주택조합(이하  "주택조합”이라 한다)에게 OOO원에 양도한 후, 주택조합과의 합의내용 등에 따라 쟁점건물의 양도가액을 ‘OOO’원으로 하여 양도소득세 신고ㆍ납부를 하였고, 2021년 제2기 부가가치세 신고 시 쟁점건물에 대한 부가가치세 신고는 하지 않았다.
  
  나. 청구인의 주소지 관할 세무서장인 노원세무서장은 청구인의 양도소득세 신고내용에 대한 서면검토를 실시한 결과, 청구인이 실지거래가액으로 신고한 쟁점건물의 가액(OOO원)과 기준시가로 안분계산한 금액이 100분의 30 이상의 차이가 있는 것으로 보아 관련 자료를 처분청에 통보하였다.
  
  다. 처분청은 이에 따라「부가가치세법」제29조 및 같은 법 시행령 제64조에 따라 쟁점건물의 공급가액을 기준시가로 안분계산한 금액인 OOO원으로 하여 2023.11.1. 청구인에게 2021년 제2기 부가가치세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다.
  
  라. 청구인은 이에 불복하여 2023.12.13. 심판청구를 제기하였다.
  
  2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  
  가. 청구인 주장
  
  쟁점부동산은 거래 당사자 간 쌍방의 합의에 따라 주택조합이 쟁점부동산을 취득한 후 쟁점건물을 철거하고 신축공사에 착수할 계획이었으며, 매매계약서상 쟁점건물의 가액을 ‘OOO’원으로 하고 매매대금의 전부를 쟁점토지의 가액으로 하여 거래를 하였는바, 청구인에게 쟁점건물에 대한 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 부당하다.
  
  「부가가치세법」상 재화의 공급에 해당하기 위해서는 부가가치세의 성질에 비추어 그 인도 또는 양도되는 재화를 사용ㆍ소비할 수 있어야 하는바, 주택조합이 쟁점건물을 취득 후 사용ㆍ수익한 사실이 없으므로 재화 공급의 전제 조건을 충족하지 못하였다.
  
  2018.12.31. 법률 제16101호로 개정된「부가가치세법」제29조 제9항의 개정 이유는 자산별 가액의 자의적 구분을 통한 조세회피를 방지하기 위한 것으로, 주택조합이 쟁점부동산을 취득한 후 쟁점건물을 철거하고 아파트를 신축할 예정에 있는 등 쟁점건물의 사용가치는 전혀 없었으므로 조세회피를 위한 것이 아니다.
  
  나. 처분청 의견
  
  청구인이 쟁점부동산을 주택조합에 양도할 당시의「부가가치세법」제29조 제9항 제2호는 토지와 건물을 일괄 양도한 경우로서 건물의 실지거래가액이 토지와 건물의 기준시가로 안분계산한 가액과 100분의 30 이상의 차이가 나는 경우 기준시가로 안분계산한 가액을 건물의 공급가액으로 보아 부가가치세를 부과하도록 규정하고 있다.
  
  주택조합이 쟁점건물을 사용ㆍ수익한 사실의 유무와 상관 없이 쟁점건물을 포함한 쟁점부동산의 양도는「부가가치세법」제29조 제9항에서 규정하는 ‘사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상의 차이가 있는 경우’에 해당한다.
  
  청구인은 쟁점건물을 양도하기 전 2021년 귀속 종합소득세 신고 시 쟁점토지의 장부가액은 OOO원, 쟁점건물의 장부가액은 OOO원으로 각각 계상하였는바, 동 건물 양도 당시 쟁점건물이 상당한 재산적 가치가 있었다는 반증이다.
  
  따라서 청구인이 신고한 쟁점부동산의 실지거래가액(OOO원) 중 쟁점토지와 쟁점건물(OOO원) 가액의 구분이 불분명하므로 기준시가로 안분계산한 가액을 공급가액으로 하여 청구인에게 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 정당하다.
  
  3. 심리 및 판단
  
  가. 쟁점
  
  쟁점부동산(토지, 건물)의 양도에 대하여 기준시가에 따른 건물의 안분가액과 청구인의 신고가액이 100분의 30 이상의 차이가 나는 경우에 해당하는 것으로 보아 건물의 안분가액을 공급가액으로 하여 부가가치세를 부과한 처분의 당부
  
  나. 관련 법령
  
  (1) 부가가치세법
  
  (가) 2018.12.31. 법률 제16101호로 개정된 것
  
  제29조(과세표준) ⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다.
  
  1. 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우
  
  2. 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우
  
  부칙 <제16101호, 2018.12.31.>
  
  제1조(시행일) 이 법은 2019년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제53조의2 제1항의 개정규정은 2019년 7월 1일부터 시행한다.
  
  제2조(일반적 적용례) 이 법은 이 법 시행 이후 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 재화를 수입신고하는 분부터 적용한다.
  
  (나) 2021.12.8. 법률 제18577호로 개정된 것
  
  제29조(과세표준) ⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다.
  
  1. 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우
  
  2. 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우. 다만, 다른 법령에서 정하는 바에 따라 가액을 구분한 경우 등 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우는 제외한다
  
  부칙 <제18577호, 2021.12.8.>
  
  제2조(일반적 적용례) 이 법은 이 법 시행 이후 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 경우 또는 재화를 수입신고하는 경우부터 적용한다.
  
  제7조(토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우의 공급가액에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 토지와 건물 등을 함께 공급한 경우의 공급가액에 관하여는 제29조 제9항 제2호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
  
  (2) 부가가치세법 시행령
  
  (가) 2022.2.15. 대통령령 제32419호로 개정되기 전의 것
  
  제64조(토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산) 법 제29조 제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호에 따른 안분계산한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다.
  
  1. 토지와 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)에 대한「소득세법」제99조에 따른 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우 : 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」제2조 제4호에 따른 감정평가업자가 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.
  
  2. 토지와 건물등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우 : 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분 계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대해서는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분 계산한 금액으로 한다.
  
  3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우 : 국세청장이 정하는 바에 따라 안분하여 계산한 금액
  
  (나) 2022.2.15. 대통령령 제32419호로 개정된 것
  
  제64조(토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산) ② 법 제29조 제9항 제2호 단서에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 건물등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다.
  
  1. 다른 법령에서 정하는 바에 따라 토지와 건물등의 가액을 구분한 경우
  
  2. 토지와 건물등을 함께 공급받은 후 건물등을 철거하고 토지만 사용하는 경우
  
  다. 사실관계 및 판단
  
  (1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 사실이 확인된다.
  
  (가) 국세청 전산자료에 의하면, 청구인은 2008.5.20. 쟁점토지에 대한 임대업을 개시한 후 2008.8.19. 주업종을 건물신축판매업으로, 2009.2.27. 쟁점건물을 신축ㆍ보존등기한 후 주업종을 부동산임대업으로 각각 변경ㆍ영위하다가, 2021.11.17. 쟁점부동산을 주택조합에게 일괄양도한 것으로 나타난다.
  
  (나) 국세청 전산자료에 의하면, 청구인의 쟁점건물 임대사업에 대한 2021년 제2기부터 2022년 제2기까지의 부가가치세 신고내역은 아래 <표1>과 같고, 청구인이 2021년 제2기 부가가치세 신고 시 제출한 매출처별 세금계산서합계표상 총 공급가액 OOO원의 전자세금계산서(품목 : 사무실 임대료)를 발급한 것으로 나타나고, 쟁점건물 양도와 관련한 매출세금계산서는 발급하지 아니한 것으로 나타난다.
  
  <표1> 쟁점건물 임대사업에 대한 부가가치세 신고내용
  
  (단위 : 백만원)
  
  OOO
  
  (다) 청구인이 2020년 및 2021년 귀속 종합소득세 신고 시 제출한 재무상태표 등에 의하면, 청구인은 쟁점부동산을 양도(2021.11.17.)하기 전인 2020년 귀속 재무상태표상 쟁점토지의 장부가액을 OOO원, 쟁점건물의 장부가액을 OOO원으로 각각 계상한 것으로 나타난다.
  
  (라) 청구인은 2022.2.3. 주소지 관할 세무서장인 노원세무서장에게 쟁점부동산의 양도에 대한 2021년 귀속 양도소득세 예정신고를 하면서 쟁점토지의 양도가액을 OOO원, 쟁점건물의 양도가액을 0원으로 각각 신고한 것으로 나타난다.
  
  (마) 노원세무서장은 청구인의 2021년 귀속 양도소득세 예정신고에 대한 서면검토를 실시한 결과, 쟁점건물의 양도에 대한 부가가치세 과소신고 검토대상 자료를 작성하여 처분청에 통보하였는바, 과세자료 요약서상 주요내용은 다음과 같다.
  
  
  
  (바) 처분청은「부가가치세법」제29조 제9항 제2호에 따라 쟁점부동산의 가액을 기준시가로 안분하여 쟁점건물의 공급가액(부가가치세 과세표준)을 OOO원(아래 <표2> 참조)으로 계산하였다.
  
  <표2> 쟁점부동산에 대한 안분가액(부가가치세 포함)
  
  (단위 : 원)
  
  OOO
  * OOO원×OOO(쟁점건물 부수토지)/OOO원(전체 토지)
  
  (사) 처분청은 2023.10.12. 서울특별시 강서구청 주택과에 쟁점건물의 해체 및 철거 허가내역을 요청한 결과, 2023.6.9. 쟁점건물에 대한 해체가 허가되었으나, 이후 해체완료 신고는 접수되지 않았다는 취지로 회신되었다.
  
  (아) 언론보도 자료에 의하면, 주택조합은 2019.7.29. 그 설립이 인가되었고, 2022.12.1. 주택건설사업계획이 승인되었으며, 대지면적 11,484.80㎡에 건축면적 4,125.75㎡, 연면적 62,934.70㎡ 규모의 지하 3층, 지상 14층, 공동주택 5개동, 총 450가구의 아파트가 신축될 예정인 것으로 나타난다.
  
  (2) 청구인은 다음과 같이 증빙 등을 제시하면서 이 건 처분이 부당하다고 항변한다.
  
  (가) 청구인이 제시한 쟁점부동산의 매매계약서를 보면, 목적 부동산의 표시란에  "쟁점부동산의 매매가액은 OOO원, 위 쟁점부동산의 매매가격은 토지가격이며, 건물가격은 OOO원으로 함”이라고 기재되어 있다.
  
  (나) 청구인이 제시한 건물철거확인서를 보면, 작성자는 ‘주택조합’, 작성일은 ‘2021.10.1.’, 목적 부동산의 표시란에 ‘쟁점부동산’, 확인내용에 ‘매수인 주택조합은 쟁점부동산을 매수 후 즉시 건물을 철거할 예정이며, 어떠한 사용행위나 임대 행위를 하지 않을 것을 확인합니다’라고 각각 기재되어 있다.
  
  (다) 청구인은 2018.12.31. 법률 제16101호 및 2021.12.8. 법률 제18577호로 개정된「부가가치세법」제29조 및 같은 법 시행령 제64조의 개정 취지 및 내용 등을 제시하였다.
  
  (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점부동산에 대한 매매계약서상 쟁점건물의 가액을 ‘OOO’원으로 하고 매매대금의 전부를 쟁점토지의 가액으로 하여 거래를 하였는바, 청구인에게 쟁점건물에 대한 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 부당하다고 주장하나, 2018.12.31. 법률 제16101호로 개정된「부가가치세법」제29조 제9항 제2호에서 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 같은 법 시행령 제64조에 따라 안분 계산한 금액과 100분의 30 이상의 차이가 있는 경우에는 같은 법 시행령 제64조에서 정하는 바에 따라 안분 계산한 금액을 공급가액으로 한다고 규정하고 있고, 이는 2019.1.1. 이후 재화를 공급하는 분부터 적용되는 점, 청구인은 쟁점부동산을 양도하기 전인 2020년 귀속 재무상태표상 쟁점건물의 장부가액을 약 OOO원으로 계상한 것으로 나타나는 점, 쟁점부동산에 대한 매매계약서상 쟁점건물의 철거 및 멸실에 대한 구체적인 내용, 그 가액을 OOO원으로 기재한 합리적인 이유 등이 기재되어 있지 아니한 점, 2021.12.8. 법률 제18577호로 개정된「부가가치세법」제29조 제9항은 동 법 시행(2022.1.1.) 이후 재화나 용역을 공급하는 경우부터 적용되는 것이고, 그 부칙 제7조에 ‘이 법 시행 전에 토지와 건물 등을 함께 공급한 경우의 공급가액에 관하여는 제29조 제9항 제2호의 개정 규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다’고 규정하고 있는 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.
  
  4. 결론
  
  이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
  
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