【제 목】
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쟁점이월결손금은 청구법인의 법인세 과세표준계산시 ‘해당 사업연도에 공제되지 아니한 결손금’에 해당하고 미환류소득산정시 이월결손금은 재차 공제가 가능하다는 명시적 규정이 존재하지 아니하는 등 청구주장을 받아들이기 어려움 (기각) | ||
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| 【세목】 |
조세특례제한법 | 【구분】 |
심판청구 |
【주문】 심판청구를 기각한다. 【이유】 1. 처분개요 가. 청구법인은 1971.2.13. 설립되어 편의점 프랜차이즈업을 주업으로 하는 법인으로, 2021.7.1. 주식회사 A(이하 "피합병법인”이라 한다)을 흡수합병하였다. 나. 피합병법인은 청구법인과의 합병 이전에 통신판매업을 주요사업으로 하는 주식회사 B(이하 "B”이라 한다)과의 적격합병으로 B에서 발생한 이월결손금 OOO원을 승계하였고, 피합병법인은 2021.10.29. 기획재정부의 유권해석(법인세제과-374, 2021.8.19.)을 근거로 2017사업연도부터 2020사업연도까지의 미환류소득 계산 시 각 사업연도 소득금액에서 공제하지 아니한 이월결손금을 재차 차감하여 달라는 경정청구를 하였고, 2022.2.9. 처분청은 2017~2020사업연도 법인세 합계 OOO원을 청구법인에게 환급하였다. 다. 처분청은 이후 기획재정부의 유권해석(법인세제과-333, 2022.8.24.)에 따라 미환류소득에 대한 법인세 계산 시 이월결손금은 이후 사업연도에 재차 차감이 불가능한 것으로 보아, 2023.2.14. 청구법인에게 미환류소득에 대한 법인세 합계 OOO원을 아래 ＜표1＞과 같이 다시 각 경정ㆍ고지하였다. ＜표1 : 생 략＞ 미환류소득에 대한 법인세 경정ㆍ고지 내역 라. 청구법인은 이에 불복하여 2023.5.3. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 청구법인의 미환류소득 법인세 산정 시 차감하는 결손금은 "피합병법인의 각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 각 사업연도의 소득금액에서 공제되지 아니한 금액 전액”을 의미한다. (가) 2014.12.23. 「법인세법」의 개정(법률 제12850호)으로 당기 소득의 일정액 중 투자ㆍ임금증가ㆍ배당 등에 사용하지 않은 경우 법인세를 과세하는 기업소득 환류세제가 신설되었는데, 해당 법령에서는 미환류소득 산정을 위한 기업소득 계산 시 각 사업연도의 소득금액에서 법인세 등의 세금, 법령상 의무적립금, 이월결손금, 기부금 한도 초과액 등을 각각 차감하도록 규정하고 있는데, 제도 도입 초기부터 차감항목 중 「조세특례제한법 시행령」 제100조의32 제4항 제2호 라목(이하 "쟁점규정”이라 한다)의 결손금이 각 사업연도 말 법인세 과세표준 계산시 공제한 결손금인지 아니면 각 사업연도 말 현재 공제되지 아니한 결손금인지 그 의미 해석에 있어서 다소 혼란이 존재하였다. 이에 기획재정부는 기업소득환류세제 질의에 대해서 일괄적으로 답변(법인세제과-312, 2016.3.30.)한바, 각 사업연도의 소득금액에서 차감하는 쟁점규정의 결손금은 공제한도가 적용되는 각 사업연도 말 법인세 과세표준 계산 시 공제한 결손금이 아니라 "각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액" 이라고 유권해석하여 그 의미를 명확히 하였다. 이후 국세청(법령해석법인-1059, 2020.12.7.)에서도 동일하게 유권해석 하였다. (나) 위와 같은 유권해석이 계속하여 생성된 이유는 미환류소득 법인세 제도는 기업에게 충분한 소득이 누적되었음에도 불구하고 임금지급, 투자 등으로 환류하지 않는 경우 기업의 유보이익에 대해서 세금을 부과하는 제도인바, 해당 사업연도의 기업소득에서 미공제 이월결손금 전액을 차감하도록 하여 기업으로 하여금 당기에 소득이 발생하였다 하더라도 과거부터 누적된 결손금으로 인하여 유보이익이 존재하지 아니한 경우에는 미환류소득 법인세를 부담하지 않도록 하기 위함인 것으로 이해된다. 같은 취지에서 기획재정부(법인세제과-374, 2021.8.19.)는 쟁점규정에서의 "합병법인이 피합병법인으로부터 승계한 결손금”에 대해서도 각 사업연도말 과세표준 계산시 피합병법인 사업의 소득금액 범위 내에서 공제한 결손금이 아닌 "피합병법인의 해당 사업연도 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에 결손금으로서 과세표준을 계산할 때 공제되지 아니한 결손금”이라고 유권해석한 것으로 이해된다. (다) 이후 2022.2.15. 「조세특례제한법 시행령」의 개정(대통령령 제32413호)으로 쟁점규정의 결손금이 종전의 각 사업연도 말 과세표준 계산시 공제한 결손금(합병법인의 경우 피합병법인 사업소득금액 범위 내에서 공제한 피합병법인의 결손금 포함)에서, 기존의 유권해석과 동일하게 공제한도가 적용되지 아니하는 「법인세법」 제13조 제1항 제1호에 따라서 각 사업연도 말 과세표준 계산 시 공제가능한 결손금(각 사업연도말 공제되지 아니한 피합병법인의 결손금 포함)으로 변경되었다. 이와 같은 개정은 개정세법 해설에서도 명시된 바와 같이 미환류소득 산정 시 "기업소득 차감항목을 명확화”하는 데에 그 취지가 있다. 즉, 법령 개정 이후 신고분부터 개정된 규정을 적용하겠다는 의미가 아니라 종전에도 동일하게 적용되었던 규정을 법령 개정으로 좀 더 명확히 하여 납세자의 혼란을 방지하겠다는 의미로 이해된다. (2) 미환류소득 산정 시 피합병법인으로부터 승계한 결손금은 매사업연도마다 각 사업연도의 소득금액에서 재차 차감할 수 있다고 보는 것이 조세법률주의에 부합한 해석이다. (가) 만일 유권해석 및 개정된 법령 규정에서 "종전 사업연도의 미환류소득 계산 시에 이미 차감된 결손금은 제외한다”라고 명시하였다면, 처분청의 주장과 같이 미환류 소득 산정 시 이미 공제한 피합병법인의 결손금은 재차 차감할 수 없다는 취지의 해석이 가능할 것이나, 기존의 유권해석은 각 사업연도말 과세표준 계산시 공제가능한 결손금을 차감한다고만 하고 있고, 기존의 유권해석을 명확하게 한 현행 「조세특례제한법 시행령」의 규정 또한 차감항목인 결손금을 「법인세법」 제13조 제1항 제1호에 따라 해당 사업연도에 공제할 수 있는 결손금(각 사업연도 말 공제되지 아니한 피합병법인의 결손금 포함)이라 규정하고 있을 뿐, 기존 유권해석 및 개정된 법령 규정 어디에도 결손금의 재차 차감을 제한하는 취지의 문구는 기재되어 있지 않다. (나) 즉, 차감항목인 결손금은 각 사업연도말 과세표준 계산시 공제가능한 결손금(각 사업연도 말 공제되지 아니한 피합병법인의 결손금 포함) 그 자체이고, 재차 차감을 제한하는 별도의 문구는 존재하지 않으므로, 미환류소득 산정 시 피합병법인으로부터 승계한 결손금을 매사업연도마다 각 사업연도의 소득금액에서 재차 차감할 수 있다고 보는 것이 문언에 충실한 해석이다. (3) 기업소득 환류세제의 입법취지 등에 비추어 보더라도, 미환류소득 산정 시 피합병법인으로부터 승계한 결손금은 매 사업연도마다 기업소득 산정 시 각 사업연도의 소득금액에서 재차 차감할 수 있다고 보는 것이 합리적이다. (가) 기업소득 환류세제는 기업이 얻은 잉여금을 사내에 유보해 두기만 함으로써 국가경제의 활성화에 지장을 초래하고 있다는 관념에서 잉여금의 경제활동에의 투입(환류)을 촉진하기 위해 고안된 일종의 제재적 조세인 것으로 이해된다. 이는 해당 사업연도에 발생한 소득 중 일부를 투자, 임금 등으로 환류하도록 하는 데 목적이 있지만, 어디까지나 기업의 유보소득(잉여금)이 있음을 전제로 한다. 따라서 당기에 소득이 발생하였다 하더라도, 과거부터 누적된 이월결손금이 아직 공제되지 않고 남아있다면, 동 금액만큼은 사내에 유보한 잉여금이 아닌바(=정확히 반대되는 개념인바), 이에 대해서는 환류를 상정할 수 없고(=이를 투자, 임금증가 재원으로 사용할 수 없고), 그 귀결로 기업소득에서는 당연히 차감되어야 할 것으로 판단된다. (나) 이와 관련하여 기업소득 환류세제가 최초로 도입된 「법인세법」(2016.1.1. 시행)의 개정이유에서도 "투자나 임금의 재원이 될 수 있는” 기업의 소득에 대한 제도임을 명시하고 있다. 그런데 이월결손금의 경우 부의 소득이 누적된 것으로, 기업이 사내에 유보하여 투자나 임금의 재원이 될 수 있는 잉여금과는 반대되는 개념이므로 보전되어 소멸되지 않은 이상 기업소득 산정 시에는 재차 차감할 수 있다고 보는 것이 합리적인 해석이다. (4) 미환류소득 산정 시 피합병법인으로부터 승계한 결손금은 매사업연도마다 기업소득 산정 시 각 사업연도의 소득금액에서 재차 차감할 수 없다고 해석할 경우 「국세기본법」 제15조 및 제18조 제3항에 따른 신의성실의 원칙과 비과세관행에 반한다. (가) 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명하여야 하고, 납세자가 과세관청의 견해 표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 납세자가 그 견해 표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 과세관청이 위 견해 표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하며, 과세관청의 공적인 견해 표명은 원칙적으로 일정한 책임 있는 지위에 있는 세무공무원에 의하여 이루어질 것을 요한다(대법원 1996.1.23. 선고 95누13746 판결 등 다수). 앞서 살펴본 바와 같이, 과세관청은 다수의 예규를 통해 미환류소득 계산 시 차감하는 결손금의 의미에 대해 "각 사업연도의 과세표준 계산 할 때 공제되지 아니한 금액”이라고 공적 견해를 표명하였고, 현행 ‘법인세법 집행기준’에서도 기업소득의 차감항목으로 "이월결손금”을 명시하고 있는바, 동 견해에 따를 경우 어떤 사업연도의 기업소득 산정 시 차감된 이월결손금이라 하더라도, 법인세 과세표준 신고 시 각 사업연도 소득이 발생하여 보전되기 전까지는 이후 사업연도에도 여전히 "각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액” 및 "이월결손금”에 해당하므로 당연히 기업소득 계산 시 재차 차감이 가능한 것으로 귀결된다. (나) 위와 같은 과세관청의 공적인 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 있어 납세자인 청구법인의 귀책은 전혀 없고, 청구법인은 그 신뢰에 기하여 경정청구(합병법인의 미환류소득 계산 시 기업소득에서 차감하는 결손금을 "해당 사업연도 말 현재 공제가능한 피합병법인의 결손금 전액”으로 적용)를 통해 미환류소득에 대한 법인세를 처분청으로부터 환급받았는데, 과세관청이 그 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 결과적으로 납세자인 청구법인의 이익이 침해되었는바, 이 건 부과처분은 신의성실의 원칙에 반하는 것으로서 위법ㆍ부당하다. (다) 비과세관행이 성립하기 위해서는 상당한 기간에 걸쳐 그 사항에 대하여 과세하지 아니하였다는 객관적 사실과, 과세관청이 해당 사실관계가 세법 규정상의 과세요건에 해당하므로 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정 때문에 과세하지 아니한다는 의사가 존재해야 한다. 그리고 이러한 의사표시는 과세물건에 대한 비과세의 사실상태가 장기간에 걸쳐 지속된 경우 묵시적인 의향의 표시라고 볼 수 있는 정도이면 족하며, 전국에 걸쳐 통일적으로 이루어질 필요도 없다. 구체적으로, 대법원(대법원 2010.4.15. 선고 2007두19294 판결)은 국세청이 예규 및 기본통칙을 통하여 국내사업장이 없는 ‘외국법인 등에게’ 용역 등을 제공하고 그 대가를 외국환은행에서 원화로 받는 것이 아니라 ‘당해 외국법인 등에 대한 채무와 상계하는 방식’으로 지급받는 경우에도 영세율을 적용한다는 의사를 대외에 표시하여 왔고, 그와 같은 거래를 영세율 적용대상으로 신고하여 온 납세자에 대하여도 지속적으로 영세율 적용대상 거래로 보아 과세하지 아니한 경우 이로써 ‘외국법인 등에게 용역 등을 공급하고 상계방식으로 대금을 지급받는 경우’에도 영세율 적용대상 거래가 된다는 비과세관행이 성립한다고 보았다. 또한 이렇게 성립한 비과세관행의 소멸 시점은 향후 과세하겠다는 확정적인 의사표시가 있는 때라는 것이 대법원(대법원 2011.5.13. 선고 2008두18250 판결)의 입장이다. (라) 처분청은 기획재정부의 가장 최근 유권해석(법인세제과-333, 2022.8.24.)을 부과처분의 근거로 들고 있으나, 앞서 살펴본 바와 같이 미환류소득 계산 시 차감하는 결손금의 의미에 대해 "각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제되지 아니한 금액”으로 수차례 회신하여 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 이월결손금으로서 각 사업연도 과세표준 계산시 공제되지 않은 금액을 매년 미환류소득 계산시 재차 차감할 수 있게 한 종전의 유권해석들과는 정반대되는 입장으로, 2022.8.24. 이전에는 적용되지 않는다고 보는 것이 타당하다. 법 시행 당시부터 현재까지 상당한 기간에 걸쳐 기획재정부(법인세제과-312, 2016.3.30.) 유권해석을 근거로 기초 이월결손금을 기업소득에서 재차 차감하는 방식의 미환류소득에 대한 법인세 신고가 이루어져 왔고, 과세관청은 2022.8.24.에 생성된 기획재정부의 유권해석이 있기 전까지 이러한 미환류소득 법인세 신고에 대해서 아무런 부과처분을 하지 않는 등 재차 차감을 허용해온 객관적 사실이 존재하며, 실제로 과거의 유권해석의 입장에 따라 청구법인 주장을 받아들이고 경정청구를 인용하여 세액을 환급했다는 점(재차 차감으로 세무처리한 다른 법인들에 대해 과세하지 않았다는 점)에서 재차 차감을 허용하겠다는 묵시적 의사 역시 인정되는바, 이로써 "각 사업연도 소득에서 공제된 적 없는 피합병법인의 이월결손금은 매사업연도마다 미환류소득 차감항목에 해당한다”는 비과세관행이 성립하였음이 명백하다. 이러한 비과세관행은 2022.8.24. 이전에 이루어진 경정ㆍ결정분까지는 유효하다고 보는 것이 타당하므로, 설사 입법 당시부터 미환류소득 법인세 산정 시 기업소득에서 이월결손금을 재차 차감할 수 없다고 보는 것이 올바른 해석이라 할지라도, 유권해석 생성 시점인 2022.8.24. 이전 경정ㆍ결정분에 대해서 이루어진 이 건 부과처분은 비과세관행에 반하는 것으로서 위법ㆍ부당하다. (5) 처분청의 답변에 대한 청구법인의 항변은 다음과 같다. (가) 처분청은 기획재정부의 유권해석이 "공제가능한 이월결손금이 존재함에도 미환류소득 계산 시에 공제할 수 없게 되는 것을 방지하기 위한 취지”임을 인정하면서도, "미환류소득 계산 시 한번 공제되었다면 이후 법인세 과세표준에서 공제되지 않아 여전히 공제가능한 이월결손금이 존재하더라도 차기 미환류소득에서 차감이 불가하다”는 입장인바, 이는 주장 자체로 모순된 것이다. 이 건 유권해석은 법인세 과세표준에서 차감되지 않고 남아 있는 이월결손금이 있다면 이는 결국 환류 가능한 유보이익 및 그에 대해서 부과되는 "미환류소득에 대한 법인세”의 본질상 차감항목으로 인정하겠다는 취지로, 그러한 이월결손금에 대해서 굳이 "미환류소득 계산 시 재차 차감이 가능하다”고 기술하지 않더라도, 동 유권해석상의 문언만으로도 "이월결손금이 법인세 과세표준에서 차감되기 전까지는 기업소득 산정 시 재차 차감이 가능함”은 문리적 해석 및 논리상 너무나 당연한 귀결이라 할 것이다. 1) 즉, 청구법인은 이 건 유권해석의 명확한 문언에 따라 "미환류소득 계산시 각 사업연도말 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 이월결손금 금액을 차감”해 달라고 주장하는 것일 뿐, 그러한 금액이 전년도 미환류소득 계산시 차감되었더라도, 여전히 당해 사업연도의 법인세 과세표준에서 공제되지 않음에 따라(이월결손금을 상회하는 유보이익이 발생하지 않아), 당해 연도의 미환류소득 계산 시에도 재차 차감되는 것은 임의적 해석이 아니라 이 건 유권해석 및 미환류소득에 대한 법인세 제도의 취지에 부합하는 세무처리인 것이다. 2) 처분청이 인용한 기획재정부 법인세제과 보도자료의 "당기 소득이 있다 하더라도 과거에 누적된 이월결손금이 더 큰 경우는 기업소득환류세제 적용이 되지 아니함” 부분 역시, 당기 소득보다 누적 이월결손금이 크다면, 이월결손금 중 법인세 과세표준에서 공제되지 않고 남아 있는 부분이 존재하게 되고 이에 대해서는 미환류소득 계산시 차감하라는 내용을 명시한 것으로서, 청구법인의 주장을 뒷받침하는 내용으로 보아야 한다. 오히려 처분청의 의견이야말로 이 건 유권해석이 미환류소득의 차감항목으로 명시한 "각 사업연도 말 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액”에 대해 자의적으로 미환류소득의 차감항목에서 제외하는 것으로서 어떠한 법적 근거도 없다 할 것이다. (나) 처분청은 과세표준 산정 시 각 사업연도의 소득에서 차감한 이월결손금은 이후 사업연도에 재차 차감이 불가하다는 점을 들어, 미환류소득에 대한 법인세 산정시에도 마찬가지로 재차 차감이 불가하다고 보아야 한다고 의견이나, 이는 양자의 근거 법령과 관련 법인세 신고 서식의 차이에 대한 몰이해에서 비롯된 것이다. 1) 「법인세법」 제13조 제1항 및 같은 법 시행령 제10조 제2항은, "각 사업연도의 개시일 전 15년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금”을 먼저 발생한 사업연도의 결손금부터 차례대로 각 사업연도의 소득에서 공제한다고 규정하고 있고, 「법인세법 시행규칙」 [별지 제50호 서식] 자본금과 적립금조정명세서(갑)의 "Ⅱ. 이월결손금 계산서” 항목에도 이월결손금의 사용내역과 미공제 잔액을 구분 표시하고 있는바, 이를 통해 "한번 사용된 이월결손금은 미공제 잔액에서 제외되므로 법인세 과세표준 산정 시 이월결손금의 재차 공제가 불가능하다”는 결론이 도출되는 것이 자연스럽다. 2) 반면, 미환류소득에 대한 법인세 산정 시 기업소득에서 차감하는 이월결손금의 경우, "각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액”이라고만 해석하였고, 「조세특례제한법 시행규칙」 [별지 제114호 서식] 미환류소득에 대한 법인세 신고서의 "차감항목 ⑭”에도 이월결손금 공제액만 표기될 뿐, 기존에 기업소득에서 차감한 이월결손금과 미공제 잔액을 구분하고 있지 않다. 3) 처분청은 또한 미환류소득에 대한 법인세 산정 시 기업소득에서 이월결손금의 재차 공제를 허용한다는 명확한 해석이나 규정이 존재하지 않기 때문에 반대로 재차 공제가 불가능하다는 해석이 가능하다는 입장이나, 그처럼 해석되려면 적어도 법인세 과세표준의 산정 규정과 동일하게 이월결손금의 재차 공제가 불가능하다는 사실을 누구나 명확히 이해할 수 있을 만큼 기업소득에서 이월결손금의 차감 방법을 구체적으로 명시한 근거 규정 또는 관련 신고서식이 존재해야 함이 명백한바, 이에 반하는 처분청의 의견은 마땅히 배척되어야 할 것이다. (다) 처분청은 새로운 기획재정부의 유권해석(법인세제과-333, 2022.8.24.)에 따라 과세하는 것이 신의성실원칙에 위배되지 않는다는 입장이나, 기존의 유권해석에 따른 세무처리는 청구법인뿐만 아니라 미환류소득에 대한 법인세를 신고ㆍ납부하는 모든 법인이 공적인 견해표명에 해당하는 이 건 유권해석에 따라 동일하게 인식하고 수행해오고 있었고, 처분청을 포함한 과세관청 또한 이에 대해 아무런 문제제기 없이 적법ㆍ타당한 것으로 수용해 오거나 관련 경정청구를 인용하여 세액을 환급하는 등 납세자와 과세관청 모두에게 있어 주지의 사실이었음이 명백하다. 1) 또한, 비과세관행이 성립하려면 상당한 기간에 걸쳐 과세하지 아니한 객관적 사실이 존재할 뿐만 아니라, 과세관청 자신이 그 사항에 관하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정 때문에 과세하지 않는다는 의사가 있어야 하는바, 그것이 그 사항에 대하여 과세의 대상으로 삼지 아니하는 뜻의 과세관청의 명시적인 또는 묵시적인 의향의 표시로 볼 수 있는 경우 등에도 이를 인정할 수 있는 것으로 이해된다(대법원 2003.9.5. 선고 2001두7855 판결 등 참조). 2) 처분청은 미환류소득에 대한 법인세 제도 도입 초기인 2015년부터 새로운 기획재정부 해석례(법인세제과-333, 2022.8.24.)가 있기 전까지 기업소득의 차감항목 중 이월결손금이 관련 법령에서 "각 사업연도말 과세표준 계산시 공제한 결손금”이라 규정되었음에도 불구하고, 유권해석을 통해서 "각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 이월결손금”을 차감하는 것이라 하는 명시적인 의사표시를 하였고, 이에 따라 미환류소득 법인세 산정 시 미공제 이월결손금의 재차 차감을 허용하는 법인세 신고와 경정청구를 지속적으로 인정해 왔을 뿐더러, 이월결손금의 재차 차감을 이유로 법인세 추징을 시도한 사례가 없었으므로, 비과세관행이 적용된다고 보는 것이 타당하다. 나. 처분청 의견 (1) 미환류소득에 대한 법인세액 계산 시 각 사업연도 소득에서 이월결손금을 계속해서 재차 차감할 수는 없다. (가) 「조세특례제한법」상 투자ㆍ상생협력촉진세제는 기업의 소득을 투자ㆍ임금증가 등으로 활용하도록 하여 기업소득과 가계소득 간 선순환을 유도하기 위한 것으로서, 기업의 소득 중 투자, 임금증가액 등으로 사용하지 아니한 미환류소득이 있는 경우에 그에 대한 법인세를 납부하도록 한 것이다. 이때 미환류소득의 계산은 각 사업연도 소득에 국세 환급이자 등을 가산하고 이월결손금 등을 차감하여 지출 가능한 금액(기업소득)을 산정하는 구조이며, 이월결손금 상당액을 기업소득에서 차감하는 이유는 이월결손금의 발생으로 환류여력이 없는 기업에게 환류소득에 대한 법인세 부담을 완화해 주기 위한 것이다. 1) 이 건에 적용되는 「조세특례제한법 시행령」상 미환류소득 계산시 공제되는 이월결손금은 ‘「법인세법」 제13조 제1항 제1호에 따라 해당 사업연도에 공제한 결손금’이고, 이에 따르면 누적된 이월결손금이 남아 있더라도 과세표준 계산 시 공제되지 않은 결손금은 미환류소득 계산 시에 공제할 수 없게 된다. 즉, 공제 가능한 이월결손금이 존재함에도 미환류소득 법인세를 과다 납부하게 되는 결과가 발생하게 된다. 예를 들어 ‘2015.12.15. 법률 제13555호’의 개정으로 「법인세법」에 이월결손금 공제한도 80%가 신설되었고, 이에 따르면 미환류소득 계산 시에도 80% 공제한도가 적용되게 되어 공제되지 못한 이월결손금 20% 남아 있게 됨에도 미환류소득 법인세를 납부하게 되는 결과가 발생하게 된다. 이러한 문제를 해결하기 위해 기획재정부는 유권해석을 통해 위 시행령의 의미가 ‘당기 소득이 있다 하더라도 누적된 이월결손금이 더 큰 경우는 기업소득환류세제를 적용하지 않는다’는 취지의 해석을 한 것이다(법인세제과-312, 2016.3.30.). 2) 이는 누적된 이월결손금이 존재하는 경우에는 환류여력이 없는 것으로 보아 미환류소득 세제를 적용하지 않겠다는 취지인 것이지, 이월결손금의 재차공제를 허용하겠다는 의미로 볼 수는 없다. 법인세 과세표준 계산시에도 전체적으로 결손인 법인에 대하여 법인세를 부과하는 것을 방지하고자 이월결손금 공제제도를 두고 있으나, 한 번 공제한 이월결손금은 이후 사업연도에 계속해서 재차 공제하고 있지 않다. 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않지만, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다고 할 것이다(대법원 2008.2.15. 선고 2007두4438 판결 참조). 3) 이와 같이 미환류소득 계산 시 이월결손금 공제를 도입한 것은 이월결손금의 발생으로 환류여력이 없는 기업에게 환류소득에 대한 법인세 부담을 완화해 주기 위한 것이고, 해당 법령 및 유권해석은 누적된 이월결손금의 공제를 허용하고 있으나 재차공제를 허용하고 있지는 않다. 같은 취지인 법인세 과세표준의 이월결손금 공제 시에도 재차 공제를 허용하고 있지 않고, 미환류소득 세제에서도 이와 달리 볼 이유가 없으므로 이월결손금 공제 시 누적된 결손금을 재차 차감이 가능하다고 볼 수는 없는 것이다. 기획재정부도 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 이월결손금을 각 사업연도마다 재차 차감하는 것은 불가능하다고 회신하였다. (나) 청구법인은 기획재정부와 국세청의 유권해석을 통해 미환류소득에 대한 법인세액 산정 시 차감하는 ‘이월결손금’은 ‘각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액’임이 확인되었다고 하며 마치 이를 통해 이월결손금의 재차공제를 허용하는 것처럼 주장하나, 위 유권해석 내용 중 재차공제를 허용한다는 해석은 어디에도 존재하지 않는다. 1) 청구법인이 제시한 유권해석의 내용은, 미환류소득 계산 시 차감되는 이월결손금은 「조세특례제한법 시행령」에서 ‘「법인세법」 제13조 제1호에 따라 해당 사업연도에 공제한 결손금’이라고 규정되어 있는데, 이는 「법인세법」 제13조 제1호에 기재된 이월결손금 규정을 그대로 기재하고 있는 것임을 알 수 있다. 즉, 위 유권해석은 미환류소득 이월결손금 규정에 대해 「법인세법」상 이월결손금에 관한 규정을 기재하며 보충설명하고 있는 것으로서, ‘각 사업연도의 소득에서 과거에 누적된 결손금을 차감한 금액’을 기준으로 미환류소득세제를 적용하라는 의미인 것이지 재차 공제를 허용하고 있는 취지라고 볼 수는 없다. 2) 기획재정부의 보도자료(2016.4.1.)에서도 ‘해당 사업연도에 공제한 결손금’의 의미를 ‘각 사업연도의 소득에서 과거에 누적된 이월결손금을 차감한 금액을 기준으로 기업소득환류세제를 적용하는 것’과 ‘당기 소득이 있다 하더라도 과거에 누적된 이월결손금이 더 큰 경우는 기업소득환류세제 적용이 되지 아니한다’고 정의하고 있을 뿐이지, 누적된 결손금을 계속하여 재차 차감이 가능한 것으로 정의하고 있지는 않다. (다) 청구법인은 「조세특례제한법 시행령」이 ‘2022.2.15. 대통령령 제32413호’로 개정되어 미환류소득 계산 시 차감하는 이월결손금을 ‘공제할 수 있는 결손금’으로 규정한 것이 이월결손금의 재차 공제가 허용되는 근거라고 주장하나, 위 「조세특례제한법 시행령」은 2022.1.1. 이후 개시하는 사업연도분부터 적용되므로 2017~2020 사업연도인 이 건에 적용할 수 없는 것이고, 또한, 그 개정 내용을 살펴보더라도 재차공제를 허용하는 것으로 볼 수 없다. 1) 개정 내용의 취지는 과세표준 계산 시에는 이월결손금 60% 공제한도를 적용하지만 미환류소득 계산 시에는 이월결손금 공제한도를 적용하지 않는다는 것으로, 개정세법 해설에서도 ‘공제한 결손금’ 기재를 ‘공제 가능한 결손금’으로 개정하면서 그 부연 설명으로, 미환류소득 계산 시에는 60% 공제한도를 적용하지 않음을 기재하였으므로 해당 개정은 이월결손금 공제한도가 적용되지 않음을 명문화한 것이지 이월결손금의 재차 공제를 규정한 것이 아님을 확인할 수 있다. 2) 법인세 과세표준 계산 시 적용되는 이월결손금 60% 공제한도 규정을 미환류소득 계산 시에도 적용하게 되면 누적된 이월결손금이 남아있어 아직 환류여력이 없는 기업임에도 미환류소득 법인세를 과다 납부해야 하는 문제가 발생하게 되는데 이런 문제를 해결하고자 「조세특례제한법 시행령」이 개정된 것이다. 따라서 개정 이유를 고려하지 않고, 위 시행령의 의미를 이월결손금의 재차 차감이 가능한 것으로 임의로 해석한 청구법인의 주장은 타당하지 않다. (라) 청구법인의 주장대로 이월결손금의 재차 공제를 허용하게 되면 청구법인에게 누적되어 공제 가능한 이월결손금이 OOO원임에도 이를 재차 공제를 하여 청구법인은 총 OOO원의 이월결손금을 공제받게 된다. 이렇게 되면 누적된 이월결손금이 모두 공제되어 환류여력이 있음에도, 이월결손금을 재차 공제해 미환류소득 법인세를 과소 납부하는 결과가 초래된다. 따라서 이월결손금 재차 공제를 주장하는 청구법인의 주장은 미환류소득 이월결손금 공제제도의 도입취지에 반하고, 관련 법령 및 유권해석에도 반하는 것으로서 타당하지 않다 할 것이다. (2) 처분청이 기획재정부의 유권해석(법인세제과-333, 2022.8.24.)에 따라 과세한 것은 신의성실의 원칙 및 「국세기본법」상 비과세관행을 위반한 처분이 아니다. (가) 청구법인은 과세관청의 부과처분이 기존의 견해표명에 반하는 처분으로 청구법인의 이익이 침해되는 결과가 발생하였으므로 이는 신의성실의 원칙을 위반한 처분에 해당한다고 주장하나, 기존의 해석사례는 납세자의 질의에 대하여 과세관청이 「법인세법」상의 법률 조문을 그대로 기재하여 답변한 것으로 일반론적인 견해 표명에 해당하고, 이월결손금의 재차 공제를 허용하는 내용으로 볼 수 없고, 청구법인은 경정청구가 인용된 뒤에 다시 부과처분을 하는 것이 신의성실에 원칙에 반한다고도 주장하나, 경정청구 환급의 경우에도 당해 경정청구의 결정에 오류가 있음을 사후에 발견하고 이를 바로잡는 것은 공적인 견해표명이 있었다고 보기 어려워 신의성실의 원칙에 위반되지 않으며, 조세심판원에서도 같은 취지의 판단(조심 2014중1974, 2014.7.2.)을 하였다. (나) 청구법인은 상당기간 이월결손금을 기업소득에서 재차 차감하는 방식으로 미환류소득에 대한 법인세 신고가 이루어졌고 과세관청은 이러한 신고에 대해 부과처분을 하지 않아 재차 차감을 허용해 온 객관적 사실이 존재하며, 과거의 유권해석의 입장에 따라 청구법인의 주장을 받아들여 경정청구를 인용하는 등 재차 차감을 허용하는 묵시적 의사 또한 인정되어 비과세관행이 성립되었다고 주장하나, 「국세기본법」 제18조 제3항이 규정하고 있는 비과세의 관행은 비록 잘못된 해석 또는 관행이라도 특정납세자가 아닌 불특정한 일반납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여져 납세자가 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이른 것을 말하는 것인데(대법원 2010.4.15. 선고 2007두19294 판결 등 참조), 미환류소득에 대한 법인세 신고를 하는 법인들 중 특정납세자가 이월결손금 재차공제가 가능하다는 입장인 것이지, 불특정한 일반납세자에게 이월결손금이 계속하여 재차공제가 가능한 것으로 받아들여졌다고 보기는 어렵다. 또한, 비과세관행이 성립하려면 상당한 기간에 걸쳐 과세를 하지 아니한 객관적 사실이 존재할 뿐만 아니라, 과세관청이 그 사항에 관하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정 때문에 과세하지 아니한다는 의사표시가 있어야 하는데, 기존의 해석사례는 이월결손금의 재차 공제를 허용하는 내용으로 볼 수 없고, 비과세관행이 성립했다고도 볼 수 없으며, 비과세관행이 성립했다는 입증책임은 그 주장자인 청구법인에게 있으나(대법원 2002.8.2. 선고 2000두1652 판결 등 참조), 청구법인은 위 사항에 대한 입증을 하지 못하고 있다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 ① 미환류소득에 대한 법인세액 계산 시 이월결손금의 재차 차감(공제)이 가능한지 여부 ② 이 건 과세는 신의성실 원칙과 소급과세 금지원칙(비과세관행)에 위배된다는 청구주장의 당부 나. 관련 법령 (1) 국세기본법(2016.12.20. 법률 제14382호로 일부개정된 것) 제15조(신의ㆍ성실) 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다. 제18조(세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지) ① 세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다. ② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다. ③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다. (2) 조세특례제한법(2017.12.19. 법률 제15227호로 일부개정된 것) 제100조의32(투자ㆍ상생협력 촉진을 위한 과세특례) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 내국법인이 제2항 제1호 가목부터 다목까지의 규정에 따른 투자, 임금 등으로 환류하지 아니한 소득이 있는 경우에는 같은 항에 따른 미환류소득(제5항에 따른 차기환류적립금과 제7항에 따라 이월된 초과환류액을 공제한 금액을 말한다)에 100분의 20을 곱하여 산출한 세액을 미환류소득에 대한 법인세로 하여 「법인세법」 제13조에 따른 과세표준에 같은 법 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 1. 각 사업연도 종료일 현재 대통령령으로 정하는 자기자본이 500억원을 초과하는 법인(대통령령으로 정하는 중소기업은 제외한다) 2. 각 사업연도 종료일 현재 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제14조 제1항에 따른 상호출자제한기업집단에 속하는 법인 ② 제1항 각 호에 따른 내국법인은 다음 각 호의 방법 중 어느 하나를 선택하여 산정한 금액(산정한 금액이 양수인 경우에는 "미환류소득"이라 하고, 산정한 금액이 음수인 경우에는 음의 부호를 뗀 금액을 "초과환류액"이라 한다. 이하 이 조에서 같다)을 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월(「법인세법」 제76조의17에 따라 법인세의 과세표준과 세액을 신고하는 경우에는 각 연결사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 4개월) 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. (3) 조세특례제한법 시행령(2018.2.13. 법률 제28636호로 일부개정된 것) 제100조의32(투자ㆍ상생협력 촉진을 위한 과세특례) ① 법 제100조의32 제1항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 자기자본"이란 재무상태표상의 자산의 합계액에서 부채의 합계액을 공제한 금액을 말한다. ② 법 제100조의32 제1항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 제2조에 따른 중소기업을 말한다. ③ 법 제100조의32 제2항에 따라 신고를 하려는 내국법인은 「법인세법」 제60조 또는 제76조의17에 따른 과세표준 신고를 할 때 기획재정부령으로 정하는 미환류소득에 대한 법인세 신고서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. ④ 법 제100조의32 제2항 제1호 각 목 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 소득"이란 「법인세법」 제14조에 따른 각 사업연도의 소득에 제1호의 합계액을 더한 금액에서 제2호의 합계액을 뺀 금액(그 수가 음수인 경우 영으로 보고, 3천억원을 초과하는 경우 3천억원으로 본다)으로 한다. 2. 다음 각 목에 따른 금액의 합계액 라. 「법인세법」 제13조 제1호에 따라 해당 사업연도에 공제한 결손금(합병법인 등의 경우에는 같은 법 제45조 및 제46조의4에 따라 계산한 금액을 말한다) (4) 조세특례제한법 시행령(2022.2.15. 대통령령 제32413호로 일부개정된 것) 제100조의32(투자ㆍ상생협력 촉진을 위한 과세특례) ④ 법 제100조의32 제2항 제1호 각 목 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 소득"이란 「법인세법」 제14조에 따른 각 사업연도의 소득에 제1호의 합계액을 더한 금액에서 제2호의 합계액을 뺀 금액(그 수가 음수인 경우 영으로 본다. 이하 이 항에서 "기업소득"이라 한다)으로 한다. 다만, 「법인세법」 제2장의3에 따른 연결납세방식을 적용받는 연결법인으로서 각 연결법인의 기업소득 합계액이 3천억원을 초과하는 경우에는 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 하고, 그 밖의 법인의 경우로서 기업소득이 3천억원을 초과하는 경우에는 3천억원으로 한다. (중략) 2. 다음 각 목에 따른 금액의 합계액 라. 「법인세법」 제13조 제1항 제1호에 따라 해당 사업연도에 공제할 수 있는 결손금. 이 경우 같은 조 제1항 각 호 외의 부분 단서의 한도는 적용하지 않으며, 합병법인 등의 경우에는 같은 법 제45조 제1항ㆍ제2항과 제46조의4 제1항에 따른 공제제한 규정은 적용하지 않는다. (5) 법인세법(2016.12.20. 법률 제14386호로 일부개정된 것) 제13조(과세표준) 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각 호에 따른 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다. 다만, 「조세특례제한법」 제5조제1항에 따른 중소기업과 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인을 제외한 내국법인의 경우 제1호의 금액에 대한 공제의 범위는 각 사업연도 소득의 100분의 80으로 한다. 1. 각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액. 이 경우 결손금은 제14조 제2항의 결손금으로서 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정ㆍ경정되거나, 「국세기본법」 제45조에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금만 해당한다. 제14조(각 사업연도의 소득) ② 내국법인의 각 사업연도의 결손금은 그 사업연도에 속하는 손금의 총액이 그 사업연도에 속하는 익금의 총액을 초과하는 경우에 그 초과하는 금액으로 한다. 제56조(기업의 미환류소득에 대한 법인세) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 내국법인이 제2항 제1호 가목부터 라목까지의 규정에 따른 투자, 임금 또는 배당 등으로 환류하지 아니한 소득이 있는 경우에는 같은 항에 따른 미환류소득(제5항에 따른 차기환류적립금과 제7항에 따라 이월된 초과환류액을 공제한 금액을 말한다)에 100분의 10을 곱하여 산출한 세액을 미환류소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 1. 각 사업연도 종료일 현재 대통령령으로 정하는 자기자본이 500억원을 초과하는 법인(대통령령으로 정하는 중소기업은 제외한다) 2. 각 사업연도 종료일 현재 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제14조 제1항에 따른 상호출자제한기업집단에 속하는 법인 ② 제1항 각 호에 따른 내국법인은 다음 각 호의 방법 중 어느 하나의 방법을 선택하여 산정한 금액(산정한 금액이 양수인 경우에는 "미환류소득"이라 하고, 산정한 금액이 음수인 경우에는 음의 부호를 뗀 금액을 "초과환류액"이라 한다. 이하 이 조에서 같다)을 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. (6) 법인세법 시행령(2017.2.3. 법률 제27828호로 일부개정된 것) 제93조(기업의 미환류소득에 대한 법인세) ① 법 제56조 제1항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 자기자본"이란 재무상태표상의 자산의 합계액에서 부채의 합계액을 공제한 금액을 말한다. ② 법 제56조 제1항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 「조세특례제한법 시행령」 제2조에 따른 기업을 말한다. ③ 법 제56조 제2항에 따라 신고를 하려는 내국법인은 법 제60조 또는 제76조의17에 따른 과세표준 신고를 할 때 기획재정부령으로 정하는 미환류소득에 대한 법인세 신고서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. ④ 법 제56조 제2항 제1호 각 목 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 소득"이란 각 사업연도의 소득에 제1호의 합계액을 더한 금액에서 제2호의 합계액을 뺀 금액(그 수가 음수인 경우 영으로 본다)으로 한다. 2. 다음 각 목에 따른 금액의 합계액 라. 법 제13조 제1호에 따라 해당 사업연도에 공제한 결손금(합병법인 등의 경우에는 법 제45조ㆍ제46조의4에 따라 계산한 금액을 말한다) 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실관계가 나타난다. (가) 주식회사 A(피합병법인)은 2021.10.29. 미환류 소득에 대한 법인세를 위한 기업소득을 계산하는 경우 이월결손금은 매 사업연도마다 각 사업연도의 소득에서 계속하여 재차 차감대상으로 보아, 아래 ＜표2＞과 같이 2017~2020사업연도의 법인세 경정청구서를 제출하였고, 처분청은 2022.2.9. 청구법인에게 법인세 OOO원을 환급하였다. ＜표2 : 생 략＞ 미환류소득 계산 내역(이월결손금을 매년 재차 차감) (나) 처분청은 기획재정부의 유권해석(법인세제과-333, 2022.8.24.)에 따라 아래 ＜표3＞와 같이 이월결손금은 2016사업연도에만 최초 공제하는 것으로 각 사업연도의 과세대상 미환류소득을 재계산하여 2023.2.7. 2017~2020사업연도 법인세 합계 OOO원을 각 경정ㆍ고지하였다. ＜표3 : 생 략＞ 미환류소득에 대한 법인세 재계산(이월결손금 1회만 공제) (2) 청구법인 및 처분청이 제시한 기획재정부의 유권해석은 아래와 같다. (3) 「조세특례제한법 시행령」 제100조의32 제4항의 개정취지 및 개정내용은 아래와 같다. (4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 미환류소득에 대한 법인세와 관련한 기업소득 계산시 이월결손금은 재차 차감(공제)이 가능하다고 주장하나, 「조세특례제한법 시행령」 제100조의32 제4항 본문 및 제2호 라목에 따르면 미환류소득에 대한 법인세 관련 기업소득 산정 시 각 사업연도의 소득에서 ‘「법인세법」 제13조 제1호에 따라 해당 사업연도에 공제한 결손금(합병법인 등의 경우에는 같은 법 제45조 및 제46조의4에 따라 계산한 금액을 말한다)’ 등을 차감하도록 규정하고 있어, 이월결손금의 재차 차감(공제)이 가능하다는 명시적인 규정이 없는 점, 이월결손금은 기간과세의 한계를 극복하기 위해 각 사업연도 소득에서 순차적으로 공제하는 것인데, 청구법인의 주장처럼 이월결손금의 재차 차감(공제)을 하게 되면 피합병법인으로부터 승계한 이월결손금은 약 OOO원임에도 총 OOO원의 이월결손금을 차감(공제)하게 되는 불합리한 결과가 되는 등 이월결손금 공제 제도의 취지와도 맞지 않게 되는 것으로 보이는 점, 2022.2.15. 개정된 「조세특례제한법 시행령」 제100조의32 제4항 제2호에 따르면, 당초 "공제한 결손금”에서 "공제할 수 있는 결손금”으로 개정되었으나, 이는 법인세 과세표준 계산 시 적용되는 이월결손금 공제한도 규정이 미환류소득 계산 시에는 적용되지 않는다는 점을 명확히 한 것에 불과한 것으로 이월결손금의 재차 공제가 허용된다는 취지는 아닌 것으로 보이는 점 등에 비추어, 위와 같은 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다(조심 2023서7744, 2024.4.11., 조심 2023서7859, 2024.5.16., 조심 2023서7720, 2024.6.4. 등, 같은 뜻임). (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 「국세기본법」 제18조 제3항은 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 않는 것으로 규정하고 있으므로, 처분청의 의견처럼 기업소득 산정 시 각 사업연도의 소득금액에서 재차 차감할 수 없다고 해석할 경우, 「국세기본법」 제15조 및 제18조 제3항에 따른 신의성실의 원칙과 비과세관행에 반한다고 주장하나, 청구법인이 제시한 기획재정부의 유권해석(법인세제과-374, 2021.8.19.)에 미환류소득 산정 시 이월결손금을 재차 공제할 수 있다는 내용이 없는 점, 청구법인의 주장처럼, 처분청이 이 건 과세에 적용한 기획재정부의 유권해석(법인세제과-333, 2022.8.24.) 이전에 이월결손금을 재차 차감(공제)할 수 있다는 명시적인 해석 사례가 존재하지 않고, 이와 다른 세무상 관행이 존재한다고도 보기 어려운 점(감심 2023-396, 2024.1.9., 조심 2023서7720, 2024.6.4., 같은 뜻임) 등에 비추어 위와 같은 청구주장 또한 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. (다) 따라서 처분청이 미환류소득에 대한 법인세와 관련한 기업소득 계산 시 공제한 이월결손금을 이후 사업연도에는 재차 공제할 수 없는 것으로 보아 이 건 법인세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. |
주제어 : 세법해석의 기준, 소급과세의 금지
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