【제 목】
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① 경정청구기간 내에 동일한 내용으로 재경정청구를 할 수 있는지, ② 이 사건 행사차액을 손금으로 인정할 수 있는지 여부(경정) | ||
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| 【세목】 |
국세기본법 | 【구분】 |
심사청구 |
【주문】 처분청은 2022. 6. 28. 청구인에게 한 법인세 경정청구 거부처분을 취소하고, 청구인이 임직원에게 부여한 자기주식교부형주식매수선택권의 행사차액을 손금산입하여 2017사업연도부터2019사업연도 귀속 법인세의 과세표준 및 세액을 경정하여야한다. 【이유】 1. 원 처분의 요지 가. 청구인은 코스닥 상장회사로서 일정 기간1) 내에 약정에 따라 미리정해진 가격(이하 "행사가격”이라 한다)으로 회사가 발행하는 신주를 인수(이하 "신주발행형”이라 한다)하거나 회사가 보유한 자기주식을 매수(이하 "자기주식교부형”이라 한다)할 수 있는 권리 또는 행사 시점 주식의 시가와 행사가격의 차액(이하 "행사차액”이라 한다)을 현금으로 받을 수 있는 권리2)가 있는 주식매수선택권3)을 임직원에게 부여4)하였다. 나. 청구인은 2020. 1. 7. 임직원 9명이 2017년과 2018년에 행사한 주식매수선택권 450,000개(신주발행형 50,000개, 자기주식교부형 400,000개)의 행사차액 계1,612,000,000원(신주발행형 126,500,000원, 자기주식교부형 1,485,500,000원)5)을 구「법인세법」(2017. 10. 31. 법률 제15022호로 개정되기 전의 것, 이하 "개정된 구「법인세법」”이라 한다) 제19조 및 구 「법인세법 시행령」(2018. 2. 13. 대통령령제28640호로 개정되어 2018. 4. 1. 시행되기 전의 것, 이하 "개정된 구 「법인세법 시행령」”이라한다) 제19조에 따라 손금으로 인정하고 정규직 근로자 전환 세액공제6)102,000,000원을 적용하여 과다납부한 법인세 계 433,600,101원(2017년 299,330,101원,2018년 134,270,000원)을 돌려 달라는 취지로 경정청구(이하 "당초 경정청구”라 한다)를 하였다. 다. 처분청은 2020. 3. 10. 당초 경정청구의 행사차액 중 신주발행형 주식매수선택권의 행사차액 126,500,000원을 손금으로 인정하고 2017사업연도 정규직근로자 전환 세액공제 95,000,000원을 인정하여 경정7)하였으나, 자기주식교부형 주식매수선택권의 행사차액 1,485,500,000원(이하 "이 사건 행사차액”이라 한다)에대해서는 청구인이 행사차액을 금전 또는 주식으로 지급하지 않았으므로 개정된구 「법인세법 시행령」제19조 제19호의2 가목 1)에서 정한 손금에 해당하지않는다는 사유로 경정을 거부하였다. *1) 주식매수선택권에는 임직원이 특정기간 동안 회사에 남아 계속 근무해야 주식매수선택권을 행사할 수 있도록 하는가득조건이 있는데, 이러한 가득조건을 충족한 후 주식매수선택권을 행사할 수 있는 시점을 의미함. 예를 들어부여일 이후 3년 이상 재직한 임직원에 한하여 3년 재직 후 향후 5년간 행사 가능한 주식매수선택권을 부여한 경우가득조건은 ‘3년 재직’이고 가득조건을 충족한 후 ‘5년간’의 기간에 어느 때라도 주식매수선택권을 행사할 수 있음 *2) ‘차액보상형’ 또는 ‘현금결제형’ 주식매수선택권이라 함 *3) 주식매수선택권(스톡옵션, Stock Option) 부여 시점에 회사는 임직원에게 미래에 신주를 인수할 수 있는 등의권리만을 주는 것이므로 부여 시점 현재에 보상을 위한 자금부담을 덜고, 임직원은 주식매수선택권 행사 시점에주식을 시가보다 낮은 가격으로 매수할 수 있어 행사차액(시가-행사가격)에 상당하는 이익을 얻게 되나 주식매수선택권 행사 시점에 주가가 하락하면 행사를 포기하거나 주가가 상승한 뒤 행사하면 되므로 주식매수선택권은회사와 임직원의 목표를 일치시켜 임직원에게 동기를 부여하기 위한 제도임 *4) 2011년부터 2017년 사이에 총 5회에 걸쳐 계 1,670,000개를 부여 *5) 청구인이 법인세 신고 시 누락한 신주발행형 주식매수선택권의 주식발행초과금 익금산입액 104,726,815원을감안하면 주식매수선택권 행사에 대한 경정청구금액은 1,507,273,185원(=1,612,000,000원-104,726,815원)임 *6) 구 「조세특례제한법」제30조의2 제1항에서 중견기업이 2016년 6월 30일 당시 고용하고 있는 기간제근로자 및단시간근로자 등을 2017년 12월 31일까지 정규직 근로자로 전환하는 경우 해당 인원에 500만 원을 곱한 금액을해당 과세연도의 법인세에서 공제하고, 2017년 6월 30일 당시 고용하고 있는 기간제근로자 및 단시간근로자 등을2018년 12월 31일까지 정규직 근로자로 전환하는 경우 해당 인원에 700만 원을 곱한 금액을 해당 과세연도의법인세에서 공제 *7) 신주발행형 주식매수선택권의 주식발행초과금 익금산입액 104,726,815원을 감안하면 총손금산입액은 21,773,185원(=126,500,000원-104,726,815원)이고, 2018사업연도 귀속 정규직 근로자 전환 세액공제 경정청구는 기각됨 라. 청구인은 2020. 6. 4. 서울지방국세청에 이 사건 행사차액을 손금으로인정하여 달라는 이의신청을 하였으나, 서울지방국세청은 당초 경정청구 거부처분이잘못이 없다며 같은 해 7. 16. 기각8)하였다. 마. 청구인은 2022. 3. 29. 2021년에 나온 ‘자기주식교부형 주식매수선택권의행사차액을 손금산입하여야 한다’는 취지의 기획재정부 유권해석9)과 조세심판원결정례10)를 첨부하여 이 사건 행사차액을 손금11)으로 인정해 달라며 당초 경정청구와 같은 내용으로 재차 경정청구(이하 "이 사건 재경정청구”라 한다)를 하였다. 바. 처분청은 2022. 6. 28. 이의신청에 따른 기각결정 이후 법해석 변경 등에따라 동일한 내용으로 재경정청구를 할 수 없다는 사유12)로 이 사건 재경정청구를각하(이하 "이 사건 거부처분”이라 한다)하였다. 2. 심사청구의 취지와 이유 가. 청구 취지 이 사건의 청구 취지는 이 사건 거부처분을 취소하고 이 사건 행사차액을손금으로 인정하여 달라는 것이다. *8) 이 사건 행사차액을 성과급으로 손금산입할 경우 상대편 계정에 동일한 금액의 자기주식처분이익이 계상되어 익금산입되므로 법인세 환급액이 발생하지 않는다는 사유로 기각 *9) 기획재정부 법인세제과-387(2021. 8. 26.) *10) 조세심판원 2021. 12. 20. 자 조심 2020중2462 결정 *11) 청구인에 따르면 이 사건 행사차액이 손금으로 인정될 경우 관련 법인세 환급액은 458,684,983원임 *12) 국세청 과세기준자문 결과에 따라 재경정청구 대상이 아니라고 판단 나. 청구 이유 1) 자기주식교부형 주식매수선택권의 행사 시 그 주식의 행사가격과 시가의차액인 이 사건 행사차액은 「법인세법」상 손금산입 요건을 충족하는데도 불구하고2017사업연도 및 2018사업연도 귀속 법인세 최초 신고ㆍ납부 시 이를 누락하여법인세를 과다 신고ㆍ납부하였다. 2) 구 「국세기본법」(2022. 12. 31. 법률 제19189호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)제45조의2 제1항은 법정신고기한 경과 후 5년 이내에 과세표준 및 세액에 대해경정청구를 할 수 있다고 되어 있을 뿐 경정청구기간 내에 동일한 사유로 재경정청구를 할 수 없다는 취지의 규정을 두고 있지 않다. 3) 이의신청 등 불복제도와 경정청구제도는 별개의 납세자 권리구제수단이고 거부처분에 대하여 불복절차를 두고 있는 것은 납세자의 권익보호를 위한것이지 납세자의 경정청구권을 제한하려는 것은 아니며,13) 경정청구제도의 취지는정당한 과세표준과 세액의 존부를 정하는 것인바, 납세자가 과다 신고한 과세표준및 세액의 감액을 주장할 수 있는 유일한 권리구제수단인 경정청구를 제한할근거는 없다. 4) 과세관청은 부과제척기간이 도과하기 전까지 언제든지 자유롭게 횟수에제한을 받지 않고 경정처분을 할 수 있는 데 반해 재경정청구를 할 수 없다는사유로 납세의무자의 경정청구권이 제한되는 것은 불합리하며, 감사원 심사결정례14)와 기획재정부 유권해석15)에 따르면 경정청구기간 이내라면 동일한사유로 재경정청구가 가능하다고 판단하고 있다. *13) 대법원 2014. 6. 26. 선고 2012두12822 판결 *14) 감사원 2020. 4. 23. 자 2018-심사-948 결정 *15) 기획재정부 조세법령운용과-18(2021. 1. 4.) 5) 기획재정부 및 국세청의 유권해석16) 및 조세심판원 결정례17)에 따르면자기주식교부형 주식매수선택권 행사 시 「법인세법」상 손금산입 대상은 일관되게행사차액으로 판단하고 있다. 6) 조세법률주의의 원칙상 조세법규는 특별한 사정이 없는한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석ㆍ유추해석을 하는 것은 허용되지 아니하며,18)이의신청 기각결정 후 동일한 사유로 재경정청구가 불가능하다고 해석이 가능한법조항도 존재하지 않는바, 처분청의 이 사건 거부처분은 조세법률주의에 부합하지 않는 행정편의주의에 불과하여 위법ㆍ부당하다. 3. 처분청의 의견 가. 청구인은 이 사건 행사차액을 자기주식으로 지급하지 않았으므로 이 사건행사차액은 개정된 구 「법인세법 시행령」제19조 제19호의2에 열거된 손금 유형에해당하지 않고, 「소득세법」과 「법인세법」은 과세 목적ㆍ대상ㆍ근거가 다르므로행사차액이 임직원의 소득으로 과세된다고 하여 「법인세법」상 손금과 반드시일치해야 하는 것은 아니다. 나. 조세법률주의의 원칙에서 파생된 엄격해석의 원칙에 따라 조세감면 요건을합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석할 수 없으므로 주식매수선택권 행사와관련하여 손금의 범위를 규정한 개정된 구 「법인세법」제19조 및 개정된 구「법인세법 시행령」제19조의 규정은 문리해석 외 다른 해석을 시도할 수 없을정도로 명확하므로 이 사건 행사차액을 손금으로 인정하지 아니한 것은 정당하다. 다. 구 「국세기본법」제45조의2에서 경정청구 사유에 별도로 제한을 두지 않고 있고, 최근 기획재정부 유권해석19) 및 하급심 판례20)에 따르면 일반적으로동일한 사유에 의해 재경정청구가 가능하나, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그의미를 명백히 하기 위해 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측 가능성을해치지 않은 범위 내에서 입법취지 및 목적 등을 고려하여 합목적적 해석을한다면21) 구 「국세기본법」제61조 제2항에 따라 이의신청에 대한 불복은 결정 후90일 이내에 제기하도록 함으로써 불복청구기간의 제한을 두고 있고 이의신청에대한 결정은 내부적 구속력을 가지는바,22) 재경정청구는 기확정된 이의신청결정의 효력을 부인하는 것이므로 허용되지 않아야 한다. *16) 국세청 사전-2020-법령해석법인-0814(2020. 10. 21.), 기획재정부 법인세제과-387(2021. 8. 26.) *17) 조세심판원 2021. 12. 20. 자 조심 2020중2462 결정 *18) 대법원 2002. 1. 25. 선고 2000두10489 판결 등 *19) 기획재정부 조세법령운용과-18(2021. 1. 4.) *20) 서울행정법원 2021. 4. 23. 선고 2019구단3431 판결 *21) 대법원 2008. 2. 15. 선고 2007두4438 판결 등 *22) 「국세심사사무처리규정」(2024. 9. 4. 국세청 훈령 제2642호) 제31조부터 제33조까지 조항 라. 청구인의 주장대로 재경정청구를 허용할 경우 경정청구에 대한 거부처분 후 이의신청, 그 후 다시 경정청구 등과 같이 경정청구기간 내 불복이무한히 반복되어 불복청구기간에 대한 제한을 실질적으로 형해화하므로 이 사건거부처분은 정당하다. 4. 우리 원의 판단 가. 다툼 이 사건의 다툼은 ① 경정청구기간 내에 동일한 내용으로 재경정청구를 할수 있는지, ② 이 사건 행사차액을 손금으로 인정할 수 있는지 여부이다. 나. 인정사실 이 사건 관련 기록 등을 검토해 보면 다음과 같은 사실이 인정된다. 1) 청구인은 1987년 3월 반도체장비 설비공사 등을 목적으로 설립되어 2000년1월 코스닥시장에 주식을 상장한 법인으로, [표 1]과 같이 2011년부터 2017년 사이에 총 5회에 걸쳐 주주총회의 결의를 따라 발행주식총수의 10%23)의 범위내에서 주식매수선택권 계 1,670,000개를 임직원에게 부여하였다. *23) 개정된 구 「법인세법 시행령」제19조 제19호의2에 따르면 해당 법인의 발행주식총수의 100분의 10 범위에서주식매수선택권을 부여한 경우에 한하여 그 행사차액을 손금으로 인정  2) 청구인의 임직원 9명은 [표 2]와 같이 2017년과 2018년에 행사가격이3,580원인 신주발행형 주식매수선택권 50,000개(행사차액 126,500,000원)와 자기주식교부형 주식매수선택권 400,000개(이 사건 행사차액 1,485,500,000원)를 행사하였다.  3) 청구인은 2017년과 2018년에 행사된 자기주식교부형 주식매수선택권400,000개의 부여 및 행사 시점에 [표 3]과 같이 회계처리 및 [표 4]와 같이세무조정을 하였고 이 사건 행사차액(2017년 907,000,000원, 2018년 578,500,000원)을세무조정으로 손금산입하지 아니하였다.   4) 청구인은 2017년과 2018년에 임직원이 행사한 주식매수선택권 450,000개의 행사차액 계 1,612,000,000원을 각 임직원의 기타소득24) 또는 근로소득25)으로원천징수하였다. 5) 청구인은 2020. 1. 7. [표 5]와 같이 개정된 구 「법인세법」제19조 및개정된 구 「법인세법 시행령」제19조에 따라 2017년과 2018년에 임직원이 행사한주식매수선택권 450,000개의 행사차액 계 1,612,000,000원을 손금으로 인정하고정규직 근로자 전환 세액공제 102,000,000원을 적용하여 과다납부한 법인세 계433,600,101원26)(2017년 299,330,101원, 2018년 134,270,000원)을 돌려 달라는 취지로당초 경정청구를 하였다. *24) 퇴직 전 부여받은 주식매수선택권을 퇴직 후 행사하거나 고용관계 없이 부여받은 주식매수선택권을 행사함으로써얻은 이익은 기타소득에 해당(「소득세법」제21조 제1항 제22호) *25) 법인의 임직원이 해당 법인 등으로부터 부여받은 주식매수선택권을 해당 법인 등에 근무하는 기간 중 행사함으로써얻은 이익(시가-매수가액)은 근로소득에 해당(「소득세법」제20조 및 같은 법 시행령 제38조 제1항 제17호) *26) 정규직 근로자 전환 세액공제액 102,000,000원을 제외한 주식매수선택권의 행사차액 손금산입에 따라 감소한 세액은331,600,101원임  6) 처분청은 2020. 3. 10. 당초 경정청구 내용 중 2017년 신주발행형 주식매수선택권 50,000개의 행사차액 126,500,000원을 손금으로 인정하고 2017사업연도정규직 근로자 전환 세액공제 95,000,000원27)을 인정하여 경정하였으나, 이 사건행사차액28)은 청구인이 금전 또는 주식으로 지급하지 않았으므로 개정된 구「법인세법 시행령」제19조 제19호의2 가목 1)에서 정한 손금에 해당하지 않는다는사유로 경정을 거부하였다. 7) 처분청은 2020. 3. 17. 청구인에게 2017사업연도 귀속 법인세를 경정하여100,182,760원(환급가산금 392,660원 포함)29)을 환급하였다. 8) 청구인은 2020. 6. 4. 서울지방국세청에 이 사건 행사차액을 손금으로 인정하여 326,810,000원(2017년 199,540,000원, 2018년 127,270,000원)을 돌려 달라며이의신청을 하였으나, 서울지방국세청은 같은 해 7. 16. 서울지방국세청은 당초경정청구 거부처분이 잘못이 없다며 청구인의 이의신청을 기각하였다. 9) 기획재정부는 2021. 8. 26. 자기주식교부형 주식매수선택권의 행사차액은「법인세법」상 손금산입 대상이라는 유권해석을 하였고,30) 조세심판원은 같은 해12. 20. 자기주식교부형 주식매수선택권의 행사차액은 손금에 산입된다는 결정을 하였다.31) 10) 청구인은 2022. 3. 29. "9)항”의 유권해석과 결정례를 첨부하여 이 사건행사차액을 손금으로 인정하여 과다납부한 법인세 및 미환류소득32)에 대한 법인세 계 458,684,983원(2017년 295,623,798원, 2018년 146,972,001원, 2019년16,089,184원)을 환급해 달라며 이 사건 재경정청구를 하였다. *27) 2018사업연도 귀속 정규직 근로자 전환 세액공제 경정청구는 기각됨 *28) 자기주식교부형 주식매수선택권 400,000개의 행사차액 1,485,500,000원 *29) 환급금은 신주발행형 주식매수선택권 행사차액 손금산입 및 주식발행초과금 익금산입으로 인한 산출세액 감소액 4,790,100원과 정규직 근로자 전환 세액공제 95,000,000원의 계 99,790,100원과 환급가산금 392,660원의 합계 *30) 기획재정부 법인세제과-387(2021. 8. 26.) *31) 조세심판원 2021. 12. 20. 자 조심 2020중2462 결정 *32) 기업이 벌어들인 소득을 투자, 임금, 배당 등으로 지출하지 아니하고 보유하고 있는 현금ㆍ예금 등을 말하며, 기업소득의 지출 확대를 통해 경제를 활성화하기 위해 각 사업연도 소득에 대한 법인세 외 추가 과세(자기자본 500억원을 초과하는 법인 등, 중소기업 제외) 11) 처분청은 2022. 6. 2. 「국세청 법령사무처리규정」(2022. 2. 3. 국세청 훈령제2487호) 제27조에 따라 국세청장에게 이의신청에 따른 기각결정 이후 법해석변경 등에 따라 동일한 사유로 재경정청구가 가능한지 여부에 대해 과세기준자문33)을 하였고, 국세청장은 같은 해 6. 27. 경정청구 거부처분에 대한 이의신청기각결정 후 구 「국세기본법」제61조 제2항에 따른 기간 내 심사 또는 심판 청구를하지 않은 경우 동일한 내용으로 경정을 다시 청구하는 것은 허용되지 않는다고회신하였다. 12) 처분청은 2022. 6. 28. 이의신청에 따른 기각결정 이후 법해석 변경 등에따라 동일한 사유로 재경정청구를 한 것은 국세청 과세기준자문 결과 경정청구대상이 아니므로 각하한다며 이 사건 거부처분을 하였다. 13) 감사원은 2024. 6. 10. 기획재정부장관에게 「감사원법」제45조에 따라개정된 구 「법인세법 시행령」제19조 제19호의2 가목 1)에 대한 법령 유권해석을요청하였고, 기획재정부장관(법인세제과장)은 2025. 3. 6. 자기주식교부형 주식매수선택권 행사 시점에 현금을 받고 약정된 수량의 자기주식을 지급한 경우 약정된수량을 넘어선 규모의 자기주식을 추가로 교부하지 아니하더라도 행사차액은 자기주식처분이익과 관계없이 손금산입이 가능하다고 회신34)하였다. *33) 「국세청 법령사무처리규정」제2조 및 제27조에 따르면 지방국세청장ㆍ세무서장 및 주무국장이 납세자와 이견이있거나 단독으로 판단하기 곤란한 세법해석 사항에 대하여 과세 전에 국세청장에게 자문을 하는 것을 말하는데지방국세청장ㆍ세무서장 및 주무국장은 세법령의 해석과 관련된 사항에 대하여 징세법무국장(법규과장)에게과세기준자문을 신청할 수 있음 *34) 기획재정부 법인세제과-134(2025. 3. 6.) 다. 관계 법령 등 이 사건과 관계되는 법령은 구 「국세기본법」제45조의2 제1항 등 [별지]기재와 같다. 라. 판단 이 사건의 다툼에 대해 살피기 전에 처분청이 이 사건 재경정청구에 대해‘각하’ 회신을 한 것이 감사원 심사청구의 대상으로 삼을 수 있는 처분인지 여부를먼저 살펴본다. 「감사원법」제43조 제1항에 따르면 감사원의 감사를 받는 자의 직무에관한 처분35)이나 그 밖에 감사원 규칙으로 정하는 행위에 관하여 이해관계가있는 자는 감사원에 그 심사의 청구를 할 수 있고, 「감사원심사규칙」제2조의2에따르면 법 제43조의 "그 밖에 감사원 규칙으로 정하는 행위”란 감사원의 감사를받는 자의 직무에 관한 처분 외의 행위 또는 부작위(직무상 행위를 해야 할 법률상의무가 있는 경우에 한한다)로서 상대방의 구체적 권리ㆍ의무에 직접적인 변동을초래하는 것을 말한다. 행정청의 어떤 행위가 항고소송의 대상이 되는 처분인지 여부는 행정청의의사에 좌우되는 것이 아니라 그러한 행정청의 행위로 인하여 상대방의 권리나이익을 침해당하였는지 여부에 의하여 결정하여야 하고,36) 거부처분은 관할행정청이 국민의 처분신청에 대하여 거절의 의사표시를 함으로써 성립되고,그 이후 동일한 내용의 새로운 신청에 대하여 다시 거절의 의사표시를 한경우에는 새로운 거부처분이 있는 것으로 보아야 한다.37) *35) 「행정심판법」제2조에 따르면 "처분”이란 행정청이 행하는 구체적 사실에 관한 법집행으로서의 공권력의 행사또는 그 거부, 그 밖에 이에 준하는 행정작용을 말함 *36) 대법원 2010. 11. 18. 선고 2008두167 전원합의체 판결, 서울행정법원 2021. 4. 23. 선고 2019구단3431 판결 참조 경정청구기간 내라면 동일한 사유로 재경정청구를 하는 것은 허용되고 그에따라 재경정청구권이 없음을 전제로 그 경정청구를 거절함으로써 청구인으로하여금 그릇된 조세 부담의 시정을 구할 권리를 침해한 것은 단순한 사실행위가아닌 행정소송의 대상이 되는 독립된 처분으로 보아야 하므로38) 이 사건재경정청구에 대한 ‘각하’ 회신은 감사원 심사청구의 대상이 되는 처분으로 보는것이 합리적이므로 다음과 같이 판단한다. 1) 경정청구기간 내에 동일한 내용으로 재경정청구를 할 수 있는지 여부 구 「국세기본법」제45조의2 제1항에 따르면 과세표준신고서를 법정신고기한까지제출한 자는 ‘과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때(제1호)’에는 최초신고 및수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한39)이지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있고, 결정 또는 경정으로인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로한정한다)에 경정을 청구할 수 있다. 과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 납세의무자에게 결정이나 경정으로 인한 처분을 불복 대상으로 삼아 하나의 불복절차에서 다툴 수 있도록 한 것은 소송경제나 납세자의 권익보호를 위한 것이지 납세자의 경정청구권을 제한하려는 것은 아니고, 당초의 신고 등에 경정청구기간이 남아 도중에 과세관청의결정이나 경정이 있다고 하여 납세자가 당초의 신고 등에 관하여 가지는 별개의불복수단인 경정청구권 행사가 제한된다고 보는 것은 불합리하며, 조세법률관계의조속한 안정을 도모하기 위해 결정이나 경정으로 새로이 증가된 과세표준과세액에 관한 경정청구권의 행사만을 제한하는 것으로 충분하다.40) *37) 대법원 2002. 3. 29. 선고 2000두6084 판결 참조 *38) 서울행정법원 2021. 4. 23. 선고 2019구단3431 판결 참조 *39) 구 「국세기본법」제2조 제16호에 따르면 ‘법정신고기한’이란 세법에 따라 과세표준신고서를 제출할 기한을 말하고,개정된 구 「법인세법」제60조 제1항에 따르면 납세의무가 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의말일부터 3개월 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 함 *40) 대법원 2014. 6. 26. 선고 2012두12822 판결 참조 위 관계 법령, 법리 및 인정사실 등에 비추어 경정청구기간 내에 동일한내용으로 재경정청구를 할 수 있는지 여부를 살펴보면, ① 구 「국세기본법」제45조의2 제1항은 과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 자는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및세액을 초과하는 때에 법정신고기한 경과 후 5년 이내에 최초신고 및 수정신고한국세의 과세표준 및 세액의 경정을 관할 세무서장에게 청구할 수 있다고 규정하고있을 뿐, 경정청구기간이 남아 있는데도 불구하고 동일한 내용으로 재경정청구를할 수 없다는 취지의 규정을 두고 있지 아니한 점, ② 구 「국세기본법」제45조의2제1항에 따르면 과세관청의 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및세액에 대하여만 조세법률관계의 조속한 안정을 도모하기 위해 해당 처분이 있음을안 날부터 90일 이내에 경정을 청구할 수 있도록 되어 있는바, 과세표준신고서를법정신고기한 내에 제출한 청구인에게 경정청구기간이 남아 있는데도 불구하고경정청구권 행사를 제한하는 것은 납세자의 권익보호를 침해하는 것으로 보이는 점,③ 납세자의 신고나 과세관청의 당초 부과처분에 오류ㆍ탈루가 있는 경우 과세관청은 부과제척기간이 도과하기 전까지 언제든지 자유롭게 횟수에 제한을 받지않고 경정처분41)을 할 수 있는 데 반해 납세의무자에게는 재경정청구를 할 수없다는 사유로 경정청구권을 제한하는 것은 형평성에도 어긋난 것으로 보이는 점,④ 이의신청 등 불복제도와 경정청구제도는 별개의 납세자 권리구제수단42)이고거부처분에 대하여 불복절차를 두고 있는 것은 납세자의 권익보호를 위한 것이지납세자의 경정청구권을 제한하려는 것은 아닌 점43) 등을 종합하여 볼 때 경정청구기간 내라면 동일한 사유로 재경정청구를 할 수 있다고 보는 것이 타당하다. 2) 이 사건 행사차액을 손금으로 인정할 수 있는지 여부 「상법」제340조의2 제1항에 따르면 회사는 정관으로 정하는 바에 따라 주주총회의 결의로 회사의 설립ㆍ경영 및 기술혁신 등에 기여하거나 기여할 수 있는회사의 이사, 집행임원, 감사 또는 피용자(被用者)에게 미리 정한 가액(이하 "주식매수선택권의 행사가액”이라 한다)으로 신주를 인수하거나 자기의 주식을매수할 수 있는 권리(이하 "주식매수선택권”이라 한다)를 부여할 수 있고, 주식매수선택권의 행사가액이 주식의 실질가액보다 낮은 경우에 회사는 그 차액을 금전으로 지급하거나 그 차액에 상당하는 자기의 주식을 양도할 수 있으며 이 경우주식의 실질가액은 주식매수선택권의 행사일을 기준으로 평가하고, 같은 조 제3항에따르면 제1항에 따라 발행할 신주 또는 양도할 자기주식은 회사의 발행주식총수의 100분의 10을 초과할 수 없다. *41) 「소득세법」제114조 제2항에 따르면 양도소득세와 관련하여 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에따라 예정신고를 한 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 한 자의 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는양도소득 과세표준과 세액을 경정한다고 되어 있고, 같은 조 제3항에 따르면 납세지 관할 세무서장 또는지방국세청장은 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는것이 발견된 경우에는 즉시 다시 경정한다고 되어 있음 *42) 이의신청 등 불복제도는 부당한 조세 부과 등으로 권리 또는 이익의 침해를 받은 자가 사법적 구제를 구하기에앞서 행정청에 대하여 시정을 요구할 수 있도록 하는 제도이므로 과세관청의 결정 또는 경정에 대응하기 위한경정청구제도와는 별개의 납세자 권리구제수단으로 볼 수 있음(대법원 2014. 6. 26. 선고 2012두12822 판결 참조) *43) 대법원 2014. 6. 26. 선고 2012두12822 판결 참조 개정된 구 「법인세법」제19조 제1항에 따르면 손금은 자본 또는 출자의 환급,잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 하고, 같은 조 제2항에따르면 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다. 「법인세법」은 익금과 손금의 범위를 완결적으로 규정한 것이 아니라 그 범위를예시적으로 포괄적으로 규정하고, 그 특례규정으로서 손금불산입과 손금산입의 각사항을 열거하여 규정하고 있으므로, 원칙적으로 자산총액을 감소시킨 것은 손금불산입 등으로 열거되어 있지 않은 한 손금이 된다고 보아야 한다.44) 한편, 관계 법령의 개정으로 인해 이 사건 행사차액이 손금에 해당하는지여부를 판단하기 위해 적용할 근거 법령이 달라지므로 연도별로 관계 법령 등을살펴본다. 가) 2017사업연도 귀속 법인세 관련 구 「법인세법」(2016. 12. 20. 법률 제14386호로 개정되어 2018. 1. 1. 시행되기 전의것, 이하 "개정 전 구 「법인세법」”이라 한다) 제20조 제1호에 따르면 내국법인의각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 잉여금의 처분을 손비로 계상(결산을 확정할 때 손비로 계상하는 것을 말한다)한 금액은 손금에 산입하지 아니하되, 단서조항에서 ‘대통령령으로 정하는 성과급’은 제외한다. *44) 대법원 2009. 6. 23. 선고 2008두7779 판결 참조 구 「법인세법 시행령」(2018. 2. 13. 대통령령 제28640호로 개정되기 전의 것,이하 "개정 전 구 「법인세법 시행령」”이라 한다) 제20조 제1항 제3호에 따르면 법제20조 제1호에서 ‘대통령령으로 정하는 성과급’이란 기획재정부령으로 정하는주식매수선택권 등(해당 법인의 발행주식총수의 100분의 10의 범위에서 부여하거나지급한 경우만 해당한다)을 부여받거나 지급받은 자에 대해 약정된 주식매수시기에약정된 주식의 매수가액과 시가의 차액을 금전 또는 해당 법인의 주식으로 지급하는 경우 해당 금액(가목) 또는 약정된 주식매수시기에 주식매수선택권 행사에따라 주식을 시가보다 낮게 발행하는 경우 그 주식의 실제 매수가액과 시가의차액(나목) 등을 말한다.45) 구 「법인세법 시행규칙」(2018. 3. 21. 기획재정부령 제671호로 개정되기 전의 것,이하 같다) 제10조의4에 따르면 영 제20조 제1항 제3호에서 ‘기획재정부령으로정하는 주식매수선택권 등’이란 주권상장법인 등46)이 부여하거나 지급한 주식매수선택권 등(「상법」제340조의2에 따라 부여한 경우만 해당한다)을 말한다. 나) 2018사업연도 이후 귀속 법인세 관련 개정된 구 「법인세법」제20조 제1항은 개정 전 구 「법인세법」제20조 제1호의단서조항 ‘대통령령으로 정하는 성과급’을 제외한다는 문구를 삭제하고, 손비의범위를 정한 개정된 구 「법인세법 시행령」제19조에 제19호의247)를 신설하여 「상법」제340조의2 등48)에 따른 주식매수선택권을 해당 법인의 발행주식총수의100분의 10 범위에서 부여한 경우 주식매수선택권을 부여받은 자(가목)에 대해약정된 주식매수시기에 약정된 주식의 매수가액과 시가의 차액을 금전 또는 해당법인의 주식으로 지급하는 경우의 해당 금액[가목 1)], 약정된 주식매수시기에주식매수선택권 행사에 따라 주식을 시가보다 낮게 발행하는 경우 그 주식의실제 매수가액과 시가의 차액에 해당하는 금액[가목 2)]을 손비로 규정49)하였고개정된 구 「법인세법 시행령」부칙(2018. 2. 13.) 제2조에 따르면 위 신설규정은2018. 1. 1. 이후 개시하는 사업연도분부터 적용한다. *45) 개정 전 구 「법인세법 시행령」제19조에 따르면 법 제19조 제1항에 따른 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는것을 제외하고는 제1호에서 제21호까지 손비의 범위를 예시적으로 열거하면서 제22호에 그 밖의 손비로서 그법인에 귀속되었거나 귀속될 금액으로 포괄적으로 규정하고 있음 *46) ① 「중소기업창업 지원법」에 따른 창업자, 「기술신용보증기금법」에 따른 신기술사업자 및 주권상장법인이 부여하거나 지급한 주식매수선택권 등(주식매수선택권은 「상법」제340조의2에 따라 부여한 경우만 해당) ② 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제2조 제1항에 따른 벤처기업이 부여하거나 지급한 주식매수선택권 등(주식매수선택권은 같은 법 제16조의3에 따라 부여한 경우만 해당) ③ 「부품ㆍ소재전문기업 등의 육성에 관한 특별조치법」제2조 제2호에 따른 부품ㆍ소재전문기업이 부여하거나지급한 주식매수선택권 등(주식매수선택권은 같은 법 제15조에 따라 부여한 경우만 해당) 기획재정부(법인세제과)는 2021. 8. 26. 자기주식교부형 주식매수선택권 행사 시「법인세법」상 손금산입 대상 금액은 행사차액(시가-행사가격)으로 보아야 한다는유권해석50)을 하였고, 감사원이 2024. 6. 10. 이 사건 심리를 위해 「감사원법」제45조에 따라 개정된 구 「법인세법 시행령」제19조 제19호의2 가목 1)에 대한법령 유권해석을 요청한 데에 대해 2025. 3. 6. 자기주식교부형 주식매수선택권행사 시점에 현금을 받고 약정된 수량의 자기주식을 지급한 경우 약정된 수량을넘어선 규모의 자기주식을 추가로 교부하지 아니하더라도 행사차액은 자기주식처분이익과 관계없이 손금산입이 가능하다고 답변하였다. *47) 해당 내용은 구 「조세특례제한법」(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것) 제15조 제4항 본문에 규정되어 있다가 2009. 2. 4. 구 「법인세법 시행령」(2009. 4. 21. 대통령령 제21431호로 개정되기 전의 것) 제20조제1항 제3호 본문으로 이관되었고, 2017. 12. 19. 「법인세법」제20조의 단서 규정(대통령령으로 정하는 성과급)과2018. 2. 13. 같은 법 시행령 제20조 제1항이 삭제되면서 「법인세법 시행령」제19조 제19호의2로 이관됨 *48) 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제16조의3 또는 「소재ㆍ부품전문기업 등의 육성에 관한 특별조치법」제15조 *49) 개정된 구 「법인세법 시행령」제88조 제1항 제3호 단서 규정에 따라 부당행위계산부인 규정의 적용(손금불산입)을배제하여 손금산입이 가능하고 이와 관련 기획재정부에서 발간한 「2006년 간추린 개정세법」, 「2008년 간추린개정세법」등에서도 부당행위계산부인 규정의 적용 배제는 추가적 혜택을 부여하는 것이라기보다는 주식매수선택권 행사차익이라는 필요경비적 성격의 비용에 대해 ‘손금’으로 인정하기 위한 것이라고 설명함 - 개정 된 구 「법인세법 시행령」제19조에 따르면 법 제19조 제1항에 따른 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는것을 제외하고는 제1호에서 제21호까지 손비의 범위를 예시적으로 열거하면서 제22호에 그 밖의 손비로서 그법인에 귀속되었거나 귀속될 금액으로 포괄적으로 규정 *50) 기획재정부 법인세제과-387(2021. 8. 26.) 위 관계 법령 및 인정사실 등에 비추어 이 사건 행사차액을 손금으로 인정할수 있는지 여부를 살펴보면, ① 개정된 구 「법인세법」제19조 제1항에 따르면손금에 해당하기 위해서는 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여발생한 것이어야 하는바, 자기주식교부형 주식매수선택권을 보유한 자가 그권리를 행사할 경우 해당 법인은 이미 법인의 자산을 구성하고 있는 자기주식을실질가치(시가)보다 낮은 행사가격으로 교부하여야 하므로51) 자기주식교부형주식매수선택권 행사 시점에 행사차액만큼 순자산의 감소가 발생52)한다고 볼수 있는 점,53) ② 이 사건 행사차액 중 2017사업연도 귀속 법인세에 적용되는규정을 살펴보면, 개정 전 구 「법인세법」제20조 제1호 단서조항과 개정 전 구「법인세법 시행령」제20조 제1항 제3호 가목 및 구 「법인세법 시행규칙」제10조의4에따르면 청구인과 같은 주권상장법인이 「상법」제340조의2에 따라 주식매수선택권을 부여받은 자에 대해 약정된 주식매수시기에 약정된 주식의 매수가액과시가의 차액을 금전 또는 해당 법인의 주식으로 지급하는 경우 해당 금액을손금에 산입하는 성과급으로 규정하고 있는 점, ③ 이 사건 행사차액 중 2018사업연도 이후 귀속 법인세에 적용되는 규정을 살펴보면, 개정된 구 「법인세법시행령」제19조 제19호의2 가목 1)에 따르면 「상법」제340조의2 등54)에 따라주식매수선택권을 부여받은 자에 대해 약정된 주식매수시기에 약정된 주식의행사차액을 금전 또는 해당 법인의 주식으로 지급하는 경우 해당 금액을 손금으로 명시하고 있는 점, ④ 처분청은 청구인이 이 사건 행사차액에 해당하는 자기주식을추가로 지급하지 않았으므로 이 사건 행사차액은 개정된 구 「법인세법 시행령」제19조 제19호의2에 열거된 손금 유형에 해당하지 않는다고 주장하나, 주식매수선택권은 임직원에게 일정 근무요건을 충족할 경우 사전에 약정된 가격으로사전에 정해진 수량의 주식을 매수할 수 있는 권리를 부여하는 것인데 처분청의주장은 자기주식교부형 주식매수선택권의 실무 관행55)과 다르고, 기획재정부도행사차액에 해당하는 주식을 추가로 교부할 필요가 없고 자기주식처분이익과관계없이 자기주식교부형 주식매수선택권의 행사차액을 손금산입 대상이라고일관되게 해석하고 있는 점,56)57) ⑤ 청구인은 「소득세법」제2조 제2항에 따라이 사건 행사차액 계 1,485,500,000원을 각 임직원의 기타소득 또는 근로소득으로보아 원천징수하여 처분청에 납부한 점, ⑥ 「법인세법 시행령」제19조 제19호와제19호의2 및 제20조 제1항 제3호의 연혁을 보면 행사차액이 손금 대상인 주식매수선택권의 범위는 차액보상형 또는 자기주식교부형 주식매수선택권에서 2015년에신주발행형 주식매수선택권으로 확대되었고 2022년에는 주식매수선택권 이외우리사주매수선택권을 포함하게 되면서 그 적용 범위가 지속적으로 확대되고있는데, 이는 주권상장법인 등이 우수인력을 유치할 수 있도록 지원하기 위한정책적 목적에서 비롯된 점58) 등을 종합적으로 고려하면 이 사건 행사차액은 손금에 해당한다고 보는 것이 타당하다. 따라서 이 사건 행사차액은 손금산입 대상인데도 동일한 내용으로 재경정청구를 할 수 없다는 사유로 이 사건 거부처분을 한 것은 법리를 오해한 잘못이있다. *51) 자기주식교부형 주식매수선택권을 보유한 자는 해당 법인 주식의 시가가 행사가격보다 높은 경우에만 주식매수선택권을 행사할 것이고 해당 법인은 법인의 자산인 자기주식을 시가보다 낮은 행사가격에 교부하여야 함 *52) 이 사건 행사차액을 금전 또는 해당 법인의 주식으로 지급하는 경우의 해당 금액과 주식매수선택권 행사로약정된 수량의 자기주식을 지급한 경우는 결과적으로 시가와 행사가격 차액 상당의 순자산감소 효과가 동일 *53) 대법원 2020. 3. 26. 자 2019두60813 심리불속행 상고 기각 판결(2심: 서울고등법원 2019. 11. 6. 선고 2019누31589 판결) 참조 *54) 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제16조의3 또는 「소재ㆍ부품전문기업 등의 육성에 관한 특별조치법」제15조 *55) 자기주식교부형 주식매수선택권이 부여되거나 행사되는 경제적 배경 등을 고려하면 법인으로서는 임직원이 제공하는 근로의 대가로서 임금이나 상여금을 금전으로 지급할 수 있는데, 그에 대하여 주식매수선택권을 부여함으로써임직원으로서는 해당 주식을 매수가액(행사가격)에 구매하면서 시가와 매수가액의 차액 상당의 소득 증감의효과가 발생하는 것이고, 법인으로서도 자기주식의 시가와 매수가액의 차액 상당을 상여금 등으로 지급할 의무를면하는 등의 경제적 효과가 있어 실무상 차액 상당을 금전 또는 자기주식으로 지급하는 외에 행사가격에 자기주식을 구매할 수 있는 방식으로 활용 *56) 기획재정부 법인세제과-387(2021. 8. 26.) *57) 기획재정부 법인세제과-134(2025. 3. 6.) *58) 대법원 2020. 3. 26. 자 2019두60813 심리불속행 상고 기각 판결(2심: 서울고등법원 2019. 11. 6. 선고 2019누31589 판결) 참조 5. 결론 그렇다면 이 사건 심사청구는 이유 있다고 인정되므로 「감사원법」제46조제2항에 따라 주문과 같이 결정한다. 【관계법령】 □ 구 「국세기본법」(2022. 12. 31. 법률 제19189호로 개정되기 전의 것) ○ 구 국세기본법 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 1.~15의2. (생략) 16. "법정신고기한”이란 세법에 따라 과세표준신고서를 제출할 기한을 말한다. 17.~21. (생략) ○ 구 국세기본법 제45조의2(경정 등의 청구) ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한자 및 제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다. 1. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때 2. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때 ② (생략) ③ 제1항과 제2항에 따라 결정 또는 경정의 청구를 받은 세무서장은 그 청구를 받은 날부터 2개월 이내에 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 한다. 다만, 청구를 한 자가 2개월 이내에 아무런 통지(제4항에 따른 통지를 제외한다. 이하 이 항에서 같다)를 받지 못한 경우에는 통지를 받기 전이라도 그 2개월이 되는 날의 다음 날부터 제7장에 따른 이의신청, 심사청구,심판청구 또는 「감사원법」에 따른 심사청구를 할 수 있다. ④ 제1항과 제2항에 따라 청구를 받은 세무서장은 제3항 본문에 따른 기간내에 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정이 곤란한 경우에는 청구를 한 자에게 관련 진행상황 및 제3항 단서에 따라 제7장에 따른 이의신청, 심사청구, 심판청구 또는 「감사원법」에 따른 심사청구를 할 수 있다는 사실을 통지하여야 한다. ⑤~⑥ (생략) ○ 구 국세기본법 제61조(청구기간) ① 심사청구는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 한다. ② 이의신청을 거친 후 심사청구를 하려면 이의신청에 대한 결정의 통지를받은 날부터 90일 이내에 제기하여야 한다. 다만, 제66조 제7항에 따른 결정기간 내에 결정의 통지를 받지 못한 경우에는 결정의 통지를 받기 전이라도그 결정기간이 지난 날부터 심사청구를 할 수 있다. ③ 제1항과 제2항 본문의 기한까지 우편으로 제출(제5조의2에서 정한 날을 기준으로 한다)한 심사청구서가 청구기간을 지나서 도달한 경우에는 그 기간의만료일에 적법한 청구를 한 것으로 본다. ④ 심사청구인이 제6조에 따른 사유로 제1항에서 정한 기간에 심사청구를할 수 없을 때에는 그 사유가 소멸한 날부터 14일 이내에 심사청구를 할 수있다. 이 경우 심사청구인은 그 기간에 심사청구를 할 수 없었던 사유, 그사유가 발생한 날과 소멸한 날, 그 밖에 필요한 사항을 기재한 문서를 함께제출하여야 한다. □ 구 「법인세법」(2016. 12. 20. 법률 제14386호로 개정되어 2018. 1. 1. 시행되기 전의 것) ○ 구 법인세법 제19조(손금의 범위) ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다. ② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다. ③ 「조세특례제한법」제100조의18 제1항에 따라 배분받은 결손금은 제1항의손금으로 본다. ④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 손비의 범위 및 구분 등에 관하여필요한 사항은 대통령령으로 정한다 ○ 구 법인세법 제20조(자본거래 등으로 인한 손비의 손금불산입) 다음 각 호의 손비는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다. 1. 잉여금의 처분을 손비로 계상[결산을 확정할 때 손비로 계상(計上)하는 것을말한다. 이하 같다]한 금액. 다만, 대통령령으로 정하는 성과급은 제외한다. 2. 삭제 3. 주식할인발행차금 □ 구 「법인세법」(2017. 10. 31. 법률 제15022호로 개정되기 전의 것) ○ 구 법인세법 제19조(손금의 범위) ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다. ② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다. ③ 「조세특례제한법」제100조의18 제1항에 따라 배분받은 결손금은 제1항의손금으로 본다. ④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 손비의 범위 및 구분 등에 관하여필요한 사항은 대통령령으로 정한다. ○ 구 법인세법 제20조(자본거래 등으로 인한 손비의 손금불산입) 다음 각 호의 손비는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다. 1. 잉여금의 처분을 손비로 계상[결산을 확정할 때 손비로 계상(計上)하는 것을말한다. 이하 같다]한 금액 2. 삭제 3. 주식할인발행차금 ○ 구 법인세법 제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 "특수관계인”이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다. ② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가”라 한다)을 기준으로 한다. ③ 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 각 사업연도에 특수관계인과거래한 내용이 적힌 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. ④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정(算定) 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. ○ 구 법인세법 제60조(과세표준 등의 신고) ① 납세의무가 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내에 대통령령으로 정하는 바에따라 그 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다. ②~⑨ (생략) □ 구 「법인세법 시행령」(2018. 2. 13. 대통령령 제28640호로 개정되기 전의 것) ○ 구 법인세법 시행령 제19조(손비의 범위) 법 제19조 제1항에 따른 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다. 1.~18. (생략) 19. 임직원이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식매수선택권 또는 주식이나 주식가치에 상당하는 금전으로 지급받는 상여금으로서 기획재정부령으로 정하는 것(이하 "주식기준보상”이라 한다)을 행사하거나 지급받는 경우 해당 주식매수선택권 또는 주식기준보상(이하 "주식매수선택권등”이라 한다)을 부여하거나 지급한 법인에 그 행사 또는 지급비용으로서 보전하는 금액 가. 「금융지주회사법」에 따른 금융지주회사로부터 부여받거나 지급받은 주식매수선택권등(주식매수선택권은 「상법」제542조의3에 따라 부여받은경우만 해당한다) 나. 기획재정부령으로 정하는 해외모법인으로부터 부여받거나 지급받은주식매수선택권등으로서 기획재정부령으로 정하는 것 20.~22. (생략) ○ 구 법인세법 시행령 제20조(성과급 등의 범위) ① 법 제20조 제1호 단서에서 "대통령령으로 정하는 성과급”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다. 1. 삭제 2. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」제165조의3에 따라 취득한 자기주식으로 지급하는 성과급으로서 우리사주조합을 통하여 지급하는 것. 이경우 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 유가증권시장에서 해당 법인의 주식을 취득하여 조합원에게 분배한 우리사주조합에 해당 법인이 성과급으로 그 대금을 지급하는 것을 포함한다. 3. 기획재정부령으로 정하는 주식매수선택권등(해당 법인의 발행주식총수의100분의 10의 범위에서 부여하거나 지급한 경우만 해당한다)을 부여받거나지급받은 자에 대한 다음 각 목의 금액 가. 주식매수선택권을 부여받은 경우 약정된 주식매수시기에 약정된 주식의 매수가액과 시가의 차액을 금전 또는 해당 법인의 주식으로 지급하는 경우 해당 금액 나. 주식매수선택권을 부여받은 경우 약정된 주식매수시기에 주식매수선택권 행사에 따라 주식을 시가보다 낮게 발행하는 경우 그 주식의실제 매수가액과 시가의 차액 다. 주식기준보상으로 금전을 지급하는 경우 해당 금액 4. 내국법인이 근로자[다음 각 목의 어느 하나의 직무에 종사하는 자(이하 "임원”이라 한다)는 제외한다]와 성과산정지표 및 그 목표, 성과의 측정 및배분방법 등에 대하여 사전에 서면으로 약정하고 이에 따라 그 근로자에게 지급하는 성과배분상여금 가. 법인의 회장, 사장, 부사장, 이사장, 대표이사, 전무이사 및 상무이사등 이사회의 구성원 전원과 청산인 나. 합명회사, 합자회사 및 유한회사의 업무집행사원 또는 이사 다. 유한책임회사의 업무집행자 라. 감사 마. 그 밖에 가목부터 라목까지의 규정에 준하는 직무에 종사하는 자 ② 삭제 ③ 법 제20조 제3호에서 "주식할인발행차금”이라 함은 「상법」제417조의 규정에 의하여 주식을 액면미달의 가액으로 발행하는 경우 그 미달하는 금액과 신주발행비의 합계액을 말한다. ④ 제1항의 규정에 의한 성과급의 손금산입은 그 잉여금처분금액을 당해 사업연도의 세무조정계산서에 계상하고 이를 법인세 과세표준신고서에 손금으로 산입하는 방법에 의한다. □ 구 「법인세법 시행령」(2018. 2. 13. 대통령령 제28640호로 개정되어 2018. 4. 1.시행되기 전의 것) ○ 구 법인세법 시행령 제19조(손비의 범위) 법 제19조 제1항에 따른 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다. 1.~18. (생략) 19. 임직원이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식매수선택권 또는 주식이나 주식가치에 상당하는 금전으로 지급받는 상여금으로서 기획재정부령으로 정하는 것(이하 "주식기준보상”이라 한다)을 행사하거나 지급받는 경우 해당 주식매수선택권 또는 주식기준보상(이하 "주식매수선택권등”이라 한다)을 부여하거나 지급한 법인에 그 행사 또는 지급비용으로서 보전하는 금액 가. 「금융지주회사법」에 따른 금융지주회사로부터 부여받거나 지급받은주식매수선택권등(주식매수선택권은 「상법」제542조의3에 따라 부여받은경우만 해당한다) 나. 기획재정부령으로 정하는 해외모법인으로부터 부여받거나 지급받은주식매수선택권등으로서 기획재정부령으로 정하는 것 19의2. 「상법」제340조의2, 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제16조의3 또는 「소재ㆍ부품전문기업 등의 육성에 관한 특별조치법」제15조에 따른주식매수선택권 또는 금전을 부여받거나 지급받은 자에 대한 다음 각목의 금액. 다만, 해당 법인의 발행주식총수의 100분의 10 범위에서 부여하거나 지급한 경우로 한정한다. 가. 주식매수선택권을 부여받은 경우로서 다음의 어느 하나에 해당하는경우 해당 금액 1) 약정된 주식매수시기에 약정된 주식의 매수가액과 시가의 차액을 금전 또는 해당 법인의 주식으로 지급하는 경우의 해당 금액 2) 약정된 주식매수시기에 주식매수선택권 행사에 따라 주식을 시가보다낮게 발행하는 경우 그 주식의 실제 매수가액과 시가의 차액 나. 주식기준보상으로 금전을 지급하는 경우 해당 금액 20.~22. (생략) ○ 구 법인세법 시행령 제88조(부당행위계산의 유형 등) ① 법 제52조 제1항에서 "조세의 부담을부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 1. 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산을과대상각한 경우 2. 무수익 자산을 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산에 대한 비용을 부담한 경우 3. 자산을 무상 또는 시가보다 낮은 가액으로 양도 또는 현물출자한 경우. 다만, 제19조 제19호의2 각 목 외의 부분에 해당하는 주식매수선택권등의 행사 또는 지급에 따라 주식을 양도하는 경우는 제외한다. 3의2. 특수관계인인 법인 간 합병(분할합병을 포함한다)ㆍ분할에 있어서 불공정한 비율로 합병ㆍ분할하여 합병ㆍ분할에 따른 양도손익을 감소시킨경우. 다만, 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」제165조의4에 따라합병(분할합병을 포함한다)ㆍ분할하는 경우는 제외한다. 4.~9. (생략) ②~④ (생략) □ 구 「법인세법 시행령」 부칙(2018. 2. 13.) ○ 제2조(일반적 적용례) 이 영은 2018년 1월 1일 이후 개시하는 사업연도분부터 적용한다. □ 구 「법인세법 시행령」(2023. 2. 28. 대통령령 제33265호로 개정되어 2023. 3. 1.시행되기 전의 것) ○ 구 법인세법 시행령 제11조(수익의 범위) 법 제15조 제1항에 따른 이익 또는 수입[이하 "수익”(收益)이라 한다]은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각호의 것을 포함한다. 1. (생략) 2. 자산의 양도금액 2의2. 자기주식(합병법인이 합병에 따라 피합병법인이 보유하던 합병법인의 주식을 취득하게 된 경우를 포함한다)의 양도금액. 이 경우 제19조 제19호의2각 목 외의 부분 본문에 따른 주식매수선택권의 행사에 따라 주식을양도하는 경우에는 주식매수선택권 행사 당시의 시가로 계산한 금액으로 한다. 3.~11. (생략) □ 구 「법인세법 시행규칙」(2018. 3. 21. 기획재정부령 제671호로 개정되기 전의 것) ○ 구 법인세법 시행규칙 제10조의4(주식매수선택권등의 범위) 영 제20조 제1항 제3호에서 "기획재정부령으로 정하는 주식매수선택권등”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다. 1. 「중소기업창업 지원법」에 따른 창업자, 「기술신용보증기금법」에 따른 신기술사업자 및 주권상장법인이 부여하거나 지급한 주식매수선택권등(주식매수선택권은 「상법」제340조의2에 따라 부여한 경우만 해당한다) 2. 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제2조제1항에 따른 벤처기업이 부여하거나 지급한 주식매수선택권등(주식매수선택권은 같은 법 제16조의3에 따라 부여한 경우만 해당한다) 3. 「부품ㆍ소재전문기업 등의 육성에 관한 특별조치법」제2조제2호에 따른 부품ㆍ소재전문기업이 부여하거나 지급한 주식매수선택권등(주식매수선택권은 같은 법 제15조에 따라 부여한 경우만 해당한다) □ 「소득세법」 ○ 소득세법 제2조(납세의무) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 개인은 이 법에 따라 각자의 소득에 대한 소득세를 납부할 의무를 진다. 1. 거주자 2. 비거주자로서 국내원천소득(國內源泉所得)이 있는 개인 ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 이 법에 따라 원천징수한 소득세를 납부할 의무를 진다. 1. 거주자 2. 비거주자 3. 내국법인 4. 외국법인의 국내지점 또는 국내영업소(출장소, 그 밖에 이에 준하는 것을 포함한다. 이하 같다) 5. 그 밖에 이 법에서 정하는 원천징수의무자 ③~⑤ (생략) ○ 소득세법 제20조(근로소득) ① 근로소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다. 1. 근로를 제공함으로써 받는 봉급ㆍ급료ㆍ보수ㆍ세비ㆍ임금ㆍ상여ㆍ수당과이와 유사한 성질의 급여 2. 법인의 주주총회ㆍ사원총회 또는 이에 준하는 의결기관의 결의에 따라상여로 받는 소득 3. 「법인세법」에 따라 상여로 처분된 금액 4. 퇴직함으로써 받는 소득으로서 퇴직소득에 속하지 아니하는 소득 5. 종업원등 또는 대학의 교직원이 지급받는 직무발명보상금(제21조 제1항제22호의2에 따른 직무발명보상금은 제외한다) 6. 사업자나 법인이 생산ㆍ공급하는 재화 또는 용역을 그 사업자나 법인(「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 계열회사를 포함한다)의 사업장에 종사하는 임원등에게 대통령령으로 정하는 바에 따라 시가보다 낮은 가격으로 제공하거나 구입할 수 있도록 지원함으로써 해당 임원등이 얻는이익 ② 근로소득금액은 제1항 각 호의 소득의 금액의 합계액(비과세소득의 금액은 제외하며, 이하 "총급여액”이라 한다)에서 제47조에 따른 근로소득공제를적용한 금액으로 한다. ③ 근로소득의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. ○ 소득세법 제21조(기타소득) ① 기타소득은 이자소득ㆍ배당소득ㆍ사업소득ㆍ근로소득ㆍ연금소득ㆍ퇴직소득 및 양도소득 외의 소득으로서 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다. 1.~21. (생략) 22. 퇴직 전에 부여받은 주식매수선택권을 퇴직 후에 행사하거나 고용관계없이 주식매수선택권을 부여받아 이를 행사함으로써 얻는 이익 22의2.~26. (생략) ②~⑤ (생략) ○ 소득세법 제114조(양도소득과세표준과 세액의 결정ㆍ경정 및 통지) ① 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 하여야 할 자또는 제110조에 따라 확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한경우에는 해당 거주자의 양도소득과세표준과 세액을 결정한다. ② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를한 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 한 자의 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다. ③ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득 과세표준과 세액을결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 경우에는 즉시 다시 경정한다. ④~⑨ (생략) □ 「소득세법 시행령」 ○ 소득세법 시행령 제38조(근로소득의 범위) ① 법 제20조에 따른 근로소득에는 다음 각 호의 소득이 포함되는 것으로 한다. 1.~16. (생략) 17. 법인의 임원등이 해당 법인 또는 해당 법인과 「법인세법 시행령」제2조제8항에 따른 특수관계에 있는 법인(이하 이 호에서 "해당 법인등”이라 한다)으로부터 부여받은 주식매수선택권을 해당 법인등에서 근무하는 기간 중 행사함으로써 얻은 이익(주식매수선택권 행사 당시의 시가와 실제매수가액과의 차액을 말하며, 주식에는 신주인수권을 포함한다) 18.~20. (생략) ②~④ (생략) □ 「상법」 ○ 제340조의2(주식매수선택권) ① 회사는 정관으로 정하는 바에 따라 제434조의 주주총회의 결의로 회사의 설립ㆍ경영 및 기술혁신 등에 기여하거나기여할 수 있는 회사의 이사, 집행임원, 감사 또는 피용자(被用者)에게 미리정한 가액(이하 "주식매수선택권의 행사가액”이라 한다)으로 신주를 인수하거나 자기의 주식을 매수할 수 있는 권리(이하 "주식매수선택권”이라 한다)를부여할 수 있다. 다만, 주식매수선택권의 행사가액이 주식의 실질가액보다낮은 경우에 회사는 그 차액을 금전으로 지급하거나 그 차액에 상당하는자기의 주식을 양도할 수 있다. 이 경우 주식의 실질가액은 주식매수선택권의 행사일을 기준으로 평가한다. ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자에게는 제1항의 주식매수선택권을부여할 수 없다. 1. 의결권 없는 주식을 제외한 발행주식총수의 100분의 10 이상의 주식을가진 주주 2. 이사ㆍ집행임원ㆍ감사의 선임과 해임 등 회사의 주요 경영사항에 대하여사실상 영향력을 행사하는 자 3. 제1호와 제2호에 규정된 자의 배우자와 직계존비속 ③ 제1항에 따라 발행할 신주 또는 양도할 자기의 주식은 회사의 발행주식총수의 100분의 10을 초과할 수 없다. ④ 제1항의 주식매수선택권의 행사가액은 다음 각 호의 가액 이상이어야 한다. 1. 신주를 발행하는 경우에는 주식매수선택권의 부여일을 기준으로 한 주식의 실질가액과 주식의 권면액(券面額) 중 높은 금액. 다만, 무액면주식을발행한 경우에는 자본으로 계상되는 금액 중 1주에 해당하는 금액을 권면액으로 본다. 2. 자기의 주식을 양도하는 경우에는 주식매수선택권의 부여일을 기준으로한 주식의 실질가액 ○ 제542조의3(주식매수선택권) ① 상장회사는 제340조의2 제1항 본문에 규정된 자 외에도 대통령령으로 정하는 관계 회사의 이사, 집행임원, 감사 또는피용자에게 주식매수선택권을 부여할 수 있다. 다만, 제542조의8 제2항 제5호의 최대주주 등 대통령령으로 정하는 자에게는 주식매수선택권을 부여할수 없다. ② 상장회사는 제340조의2 제3항에도 불구하고 발행주식총수의 100분의 20의 범위에서 대통령령으로 정하는 한도까지 주식매수선택권을 부여할 수 있다. ③ 상장회사는 제340조의2 제1항 본문에도 불구하고 정관으로 정하는 바에따라 발행주식총수의 100분의 10의 범위에서 대통령령으로 정하는 한도까지이사회가 제340조의3 제2항 각 호의 사항을 결의함으로써 해당 회사의 집행임원ㆍ감사 또는 피용자 및 제1항에 따른 관계 회사의 이사ㆍ집행임원ㆍ감사 또는 피용자에게 주식매수선택권을 부여할 수 있다. 이 경우 주식매수선택권을 부여한 후 처음으로 소집되는 주주총회의 승인을 받아야 한다. ④ 상장회사의 주식매수선택권을 부여받은 자는 제340조의4 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 주식매수선택권을 부여하기로한 주주총회 또는 이사회의 결의일부터 2년 이상 재임하거나 재직하여야 주식매수선택권을 행사할 수 있다. ⑤ 제1항부터 제4항까지에서 규정한 사항 외에 상장회사의 주식매수선택권부여, 취소, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. □ 「감사원법」 ○ 제43조(심사의 청구) ① 감사원의 감사를 받는 자의 직무에 관한 처분이나 그 밖에 감사원규칙으로 정하는 행위에 관하여 이해관계가 있는 자는 감사원에 그 심사의 청구를 할 수 있다. ② 제1항의 심사청구는 감사원규칙으로 정하는 바에 따라 청구의 취지와 이유를 적은 심사청구서로 하되 청구의 원인이 되는 처분이나 그 밖의 행위를한 기관(이하 "관계기관”이라 한다)의 장을 거쳐 이를 제출하여야 한다. ③ 제2항의 경우에 청구서를 접수한 관계기관의 장이 이를 1개월 이내에 감사원에 송부하지 아니한 경우에는 그 관계기관을 거치지 아니하고 감사원에직접 심사를 청구할 수 있다. ○ 제45조(심사청구의 심리) 심사청구의 심리는 심사청구서와 그 밖에 관계기관이 제출한 문서에 의하여 한다. 다만, 감사원은 필요하다고 인정하면 심사청구자나 관계자에 대하여 자료의 제출 또는 의견의 진술을 요구하거나 필요한 조사를 할 수 있다. ○ 제46조(심사청구에 대한 결정) ① 감사원은 심사의 청구가 제43조 및 제44조와 감사원규칙으로 정하는 요건과 절차를 갖추지 못한 경우에는 이를각하한다. 이해관계인이 아닌 자가 제출한 경우에도 또한 같다.② 감사원은 심리 결과 심사청구의 이유가 있다고 인정하는 경우에는 관계기관의 장에게 시정이나 그 밖에 필요한 조치를 요구하고, 심사청구의 이유가 없다고 인정한 경우에는 이를 기각한다. ③~④ (생략) □ 「감사원심사규칙」 ○ 제2조의2(심사청구의 대상) 법 제43조의 "그 밖에 감사원 규칙으로 정하는행위”란 감사원의 감사를 받는 자의 직무에 관한 처분 외의 행위 또는 부작위(직무상 행위를 해야 할 법률상 의무가 있는 경우에 한한다)로서 상대방의 구체적 권리ㆍ의무에 직접적인 변동을 초래하는 것을 말하며, 다만 사법상의법률관계로 인한 경우는 제외한다. □ 「행정심판법」 ○ 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 1. "처분”이란 행정청이 행하는 구체적 사실에 관한 법집행으로서의 공권력의 행사 또는 그 거부, 그 밖에 이에 준하는 행정작용을 말한다. 2. "부작위”란 행정청이 당사자의 신청에 대하여 상당한 기간 내에 일정한처분을 하여야 할 법률상 의무가 있는데도 처분을 하지 아니하는 것을말한다. 3. "재결(裁決)”이란 행정심판의 청구에 대하여 제6조에 따른 행정심판위원회가 행하는 판단을 말한다. 4. "행정청”이란 행정에 관한 의사를 결정하여 표시하는 국가 또는 지방자치단체의 기관, 그 밖에 법령 또는 자치법규에 따라 행정권한을 가지고있거나 위탁을 받은 공공단체나 그 기관 또는 사인(私人)을 말한다. □ 「국세심사사무처리규정」(2024. 9. 4. 국세청 훈령 제2642호) ○ 제31조(취소결정 등의 처리) ① 납세자보호담당관은 세무서장이 이의신청의 대상이 된 처분의 취소, 경정 또는 필요한 처분을 한다는 결정을 하였을때에는 지체 없이 처분담당과장에게 통보한다. ② 제1항의 통보를 받은 처분담당과장은 그 결정내용에 따라 7일 이내에 취소,경정 또는 필요한 처분을 하고, 변경된 처분의 결과를 ‘이의신청 결정에 따른 처리결과 통지(별지 제17호 서식)’에 의하여 신청인에게 통지하여야 한다. ③ 세무서의 납세자보호담당관은 세무서장이 이의신청 결정에 따라 해당 처분을 취소하거나 경정한 경우에는 즉시 국세청 대내포털시스템에 이의신청으로 인한 감세액을 정수로 입력하여야 한다. ○ 제32조(재조사결정의 처리) ① 이의신청의 대상이 된 처분에 대하여 재조사한다는 결정을 한 경우에는 해당 처분을 한 담당과장은 재조사를 실시하여야 한다. 다만, 조사업무를 담당하지 않는 과장으로서 재조사와 관련하여현장확인 등을 실시하였음에도 재조사 결정의 목적을 달성할 수 없는 경우에는 즉시 관서장의 결재를 받아 조사업무를 담당하는 과장에게 재조사를의뢰할 수 있다. ② 제1항에 따라 재조사를 실시하는 담당과장은 그 결과에 따라 경정 등 후속처분을 하고, 재조사 결정일로부터 60일 이내에 이의신청인에게 ‘이의신청 결정에 따른 처리결과 통지(별지 제17호 서식)’에 의해 처리결과를 통지하고,이를 납세자보호담당관에게 통보하여야 한다. ③ 재조사의 범위는 결정서 주문에 기재된 부분에 한정한다. ④ 당초 업무처리자는 재조사를 담당할 수 없다. ⑤ 부득이한 사정이 있어 그 기한까지 재조사를 완료할 수 없을 때에는 법제81조의8 제1항 단서 및 「조사사무처리규정」제36조에 따라 그 기한을 연장할 수 있다. ⑥ 이의신청의 대상이 되는 처분이 제15조 제4항과 같이 사업장 또는 재산소재지 관할 세무서장ㆍ지방국세청장의 조사ㆍ결정에 따른 것인 경우에는해당 관서에서 재조사를 담당한다. ⑦ 재조사를 실시한 세무서 또는 지방국세청의 담당과장은 재조사에 대한결과가 확정되면 재조사 종결복명서와 재조사과정에서 확보한 증빙을 국세청 대내포털시스템에 전자문서로 수록하여야 한다. ⑧ 세무서의 납세자보호담당관은 이의신청에 대한 재조사가 종료되면 그 결과를 국세청 대내포털시스템에 즉시 입력하여야 한다. ○ 제33조(지방국세청장 결정에 대한 처리) ① 세무서장은 지방국세청장으로부터 이의신청의 대상이 된 처분의 취소, 경정 또는 필요한 처분을 한다는결정통지를 받은 날부터 14일 이내에 제31조 제1항 및 제2항을 준용하여처리하여야 한다. ② 이의신청의 대상이 된 처분이 지방국세청장이나 제15조 제4항에 따른 사업장 관할 세무서장 등이 조사ㆍ결정 또는 처리하였거나 하였어야 할 것인경우, 그 결정통지를 받은 납세지 관할 세무서장은 즉시 이의신청 결정서사본과 취소, 경정 또는 필요한 처리를 위해 필요한 사항을 3일 이내에 지방국세청장이나 사업장 관할 세무서장 등에게 통보하여야 한다. ③ 제2항의 통보를 받은 지방국세청장이나 사업장 관할 세무서장 등은 통보받은 날부터 7일 이내에 이의신청 결정에 따라 취소, 경정 또는 필요한 처리를 하고 결의서(안), 조사서 사본, ‘이의신청 결정에 따른 처리결과 통지(별지 제17호 서식)’(안) 등을 납세지 관할 세무서장에게 회보하여야 한다. ④ 이의신청의 대상이 된 처분을 재조사한다는 결정통지를 받은 경우 그에 대한 처리는 제32조를 준용한다. □ 「국세청 법령사무처리규정」(2022. 2. 3. 국세청 훈령 제2487호) ○ 제27조(신청기관) 지방국세청장ㆍ세무서장ㆍ법규과장 및 주무국장은 세법령의 해석과 관련된 사항에 대하여 징세법무국장(법무과장)에게 과세기준자문을 신청할 수 있다. ○ 제28조의5(처리결과의 통지) 징세법무국장(법무과장)은 과세기준자문의 처리를 종결한 때에는 그 결과를 신청기관에 서면으로 통지하여야 한다. |
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