【제 목】
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청구법인은 조합원이 부담할 발코니 확장용역 등 공사대금을 총공사비에 포함·지급한 후 이를 공통원가로 보아 안분 손금산입한바, 이를 수익사업에 대응하는 비용에 해당한다고 보기 어려움(기각) | ||
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| 【세목】 |
조세특례제한법 | 【구분】 |
심판청구 |
【주문】 심판청구를 기각한다. 【이유】 1.처분개요 가.청구법인은 2009.2.6. 「도시 및 주거 환경 정비법」(이하 "도시정비법"이라 한다) 제35조 제2항에 따라 설립된 주택재개발정비사업조합으로 서울특별시 송파구 OOO 일대를 재개발하는 A(이하 "쟁점정비사업"이라 한다) 추진하여 2021.12.31. 아파트 1,945세대(수익사업 분양면적 비율 57.17%)를 준공하고 준공인가를 받았다. 나.처분청은 청구법인에 대한 법인통합조사를 실시한 결과 청구법인이 2019년 9월경 시공사 B 주식회사(이하 "시공사"라 한다)와 체결한 공사도급계약(이하 "쟁점공사도급계약"이라 한다)에 따라 시공사가 청구법인의 조합원 대상 분양 아파트에 발코니 확장 등 마감재리스트 품목상 유상옵션 품목(이하 "쟁점품목"이라 한다)을 공급하고, 쟁점품목에 대한 비용을 청구법인이 쟁점공사도급계약상 공사도급계약금액에 포함하여 시공사에 지급한 후 이를 공통 원가로 계상한 것으로 보아 쟁점품목에 대한 조합원이 부담하여야 할 비용 상당액 합계 OOO원(이하 "쟁점비용"이라 한다)을 손금불산입하여 2024.7.19. 청구법인에게 2021사업연도 법인세 OOO원을 경정ㆍ고지하고, 청구법인의 조합원들에게 OOO원을 배당으로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하였다. 다.청구법인은 이에 불복하여 2024.10.11. 심판청구를 제기하였다. 2.청구법인 주장 및 처분청 의견 가.청구법인 주장 (1) 쟁점품목의 원가에 대하여 일반분양자와 같이 쟁점공사도급계약상 공사도급계약금액에 포함되지 않은 별도의 옵션비용으로 보는 것이 합리적이고, 쟁점품목의 경우 시공사가 쟁점정비사업의 수주를 위해 청구법인의 조합원들에게 무상으로 제공하였으므로, 청구법인이 이와 관련된 쟁점비용을 수익사업분 손금에 산입한 사실이 없다. (가) 「공동주택 분양가격의 산정등에 관한 규칙」제4조는 분양가격에서 포함되지 아니하는 품목으로 쟁점품목과 같은 발코니 확장 등을 규정하고 있고, 쟁점품목과 같은 추가 선택품목의 경우 공동주택의 분양가격과 구분하여 수분양자의 선택에 따라 별도의 계약을 체결한 후 그 비용을 수분양자가 직접 지급하고 있는 것과 같이 쟁점품목에 대하여도 관련 공사비용을 청구법인의 조합원이 지급하여야 함에도, 시공사가 청구법인의 조합원에게 특화 서비스로서 이를 무상으로 제공한 것이며, 통상적으로 건설회사가 재건축 및 재개발사업의 건설공사 수주를 위해 조합원들에게 쟁점품목과 같은 품목을 무상으로 제공하는 사실이 다수의 다른 정비사업 사례를 통해 확인되므로, 쟁점정비사업의 수주를 위하여 시공사도 청구법인의 조합원에게 특화 서비스 차원에서 쟁점품목을 무상으로 제공한 사실을 확인하고 있는 이상, 시공사가 청구법인의 조합원에게 쟁점품목을 무상으로 제공하였다고 보아야 한다. (나) 한편, 처분청은 쟁점공사도급계약서에 첨부된 마감재 리스트상 조합원 세대 공급 아파트에 대하여 쟁점품목이 제공되는 것으로 기재되어 있으므로 쟁점공사도급계약상 공사도급계약금액에 쟁점비용이 포함된 것으로 보아야 한다는 의견이나, 통상적으로 건설회사가 주된 공사를 수주하기 위해 철거 공사 및 조경 공사 등을 무상으로 공급하고 있는 점을 고려할 때 쟁점품목의 공급과 관련된 공사도 시공사가 유상으로 제공하였다고 단정할 수 없고, 또한 처분청의 의견과 같이 쟁점품목의 공사비가 공사도급계약금액에 포함되었다면, 조합원 세대 중 쟁점품목을 선택하지 아니한 경우 해당 조합원 세대의 분담금을 감소시켜 주거나 별도로 환급을 해주어야만 하므로, 쟁점공사도급계약상 쟁점품목의 개별원가를 명시하여야 하며, 조합원 세대 중 쟁점품목의 미선택에 따른 공사 도급액의 감액규정이 있어야 함에도 쟁점공사도급계약상 그러한 규정이 없는 바, 조합원세대의 쟁점품목의 선택여부와 상관없이 평당 도급단가로 결정되어 쟁점품목에 대한 공사비는 쟁점공사도급계약상 공사도급계약금액에 전혀 영향을 주지 않고 있다는 사실이 입증된다. (다) 청구법인은 시공사로부터 세금계산서를 수취한 부분에 대하여 쟁점정비사업의 공통비용으로 보아 수익사업과 비수익사업의 건축물 연면적 비율로 안분한 금액을 손금으로 산입하였고, 세금계산서를 수취하지 않은 부분에 대한 공사비를 수익사업의 손금으로 산입한 사실이 없으며, 시공사가 쟁점품목의 공사와 관련하여 세금계산서를 미발급한 사실이 확인되는 바, 쟁점품목과 관련된 공사비를 손금으로 산입하지 않았으므로, 이를 손금산입한 것으로 보아 처분청이 한 이 건 처분은 위법ㆍ부당하다. (라) 조세심판원은 공사도급계약서상 시공사가 부담하기로 한 조합원의 기본이주비 이자를 도급액에 제외하여 해당 금액을 손금불산입한 처분에 대하여 ""이자 대납이 공사 수주를 위해 부담한 것으로서 비정상적이고 이례적인 거래라고 단정하기 어렵고, 시공사의 입장에서 판매촉진비 등으로 부담할 명분이 충분하여 그 지출의 정당성, 목적성 및 사업성이 인정된다""라고 보아 과세관청의 법인세 부과처분이 위법ㆍ부당하다고 결정(조심 OOO, 2020.2.26.)하였는바, 이 건에 있어서도 시공사가 쟁점정비사업 수주를 위해 청구법인 및 청구법인의 조합원들에게 특화 서비스로서 쟁점품목을 제공한 것으로 볼 수 있고, 시공사도 이러한 사실을 인정하고 있으며, 청구법인도 쟁점품목과 관련된 공사비를 시공사에 지급한 사실이 없는 점을 종합적으로 고려할 때 쟁점품목의 공사비는 쟁점공사도급계약상 공사도급계약금액에 포함되었다고 볼 수 없다. (2) 통상적으로 정비사업을 수주한 건설회사가 분양가 규제를 피해 분양가를 낮추는 대신 사업수익성을 확보하기 위해 유상옵션 품목에 대한 가액을 높게 책정하고 있는 점을 고려할 때 처분청이 일반 분양입주자 공고문의 추가 선택품목 공급가액을 기준으로 산정한 쟁점비용은 과다한 수준으로서, 이에 근거한 이 건 처분은 근거과세원칙에 반하는 것으로서 위법ㆍ부당하다. (가) 처분청은 쟁점품목에 대한 실제 공사비를 조사한 사실 없이 시공사가 사업수익성을 위해 일반 분양 입주자 공고문상의 추가 선택품목 공급가액을 기준으로 쟁점비용을 산정하였는데, 쟁점품목 중 발코니 확장에 대한 공사비의 경우 국토교통부의 발코니 확장비 심사참고기준(2020.2.27.)에 따른 공사비용에 비해 2배를 초과한 수준으로 산정하였는바, 이는 과도한 수준임이 확인된다. ＜표1＞ 처분청의 발코니 확장비용 산정금액 및 국토교통부 발코니 확장심사기준단가 비교 ○○○ (나) 처분청은 발코니 확장비용 이외 쟁점품목의 원가를 산정함에 있어 일반 분양자의 옵션 품목별 공급가액에 시공사의 국내공사 매출원가율(86.75%)을 적용하였는데, 유사성이 더 높은 시공사의 분양공사 매출원가율(60.58%)을 적용하는 것이 더 합리적이라고 볼 수 있다. (다) 한편 처분청은 쟁점품목 중 바닥재 및 주방가구에 대하여 일반 분양자의 옵션 공급가액을 기준으로 관련 공사비를 산정하였는데, 수분양자가 유상 옵션(수입원목 및 외국산 가구)을 선택하지 않을 경우 기본 마감재로 시공되어야 하는 점을 고려할 때 유상 옵션 제품과 기본마감재의 공급가액 차액만큼만 쟁점품목 중 해당 품목의 공사비용으로 보아야 할 것이다. (라) 또한 처분청의 의견과 같이 쟁점품목의 원가가 쟁점공사도급계약상 공사도급계약금액에 포함된 것으로 본다면, 시공사의 최종 평당 도급단가는 OOO원으로 산정되고, 이와 관련된 총 공사비용 OOO원이 골조공사 등 일반건축비(조합원 분양분 건축비 OOO원)의 20%를 상회하는 수준으로서 처분청이 산정한 쟁점품목 공사비용이 지나치게 과다한 수준임이 확인된다. ＜표2＞ 처분청의 쟁점품목 공사비용 포함시 공사도급액 내역 ○○○ (3) 쟁점품목의 공사비용이 조합원 분양가에 포함되었는지 여부와 상관없이 조합원 부담금에는 변동이 없어 청구법인의 각 조합원들이 이익을 취한 사실이 없으므로, 쟁점비용에 대한 소득처분을 ""기타 사외유출""로 하여야 할 것이지, 이를 청구법인의 조합원에게 배당으로 소득처분 한 이 건 처분은 위법ㆍ부당하다. (가) 도시정비법 제89조 및 같은 법 시행규칙 별지 제6호 서식에서는 정비사업의 총수입 및 총사업비 등을 반영한 비례율 및 조합원 권리가액을 조합원 분양가액에서 차감하여 조합원 분담금을 산정하도록 규정하고 있고, 쟁점공사도급계약 제23조 제2항은 조합원 분양가액이 권리가액을 초과하는 경우 그 차액을 조합원이 공사대금 명목으로 조합원분담금으로 납부하도록 규정하고 있다. (나) 처분청의 의견과 같이 쟁점품목의 공사비용이 조합원 분양가액에 당초부터 포함된 것으로 볼 경우와 이를 조합원 분양가에 추가로 포함시킬 경우를 비교하면 아래 ＜표3＞과 같은데, 조합원 분양가액의 증가는 총수입의 증가로 인해 비례율이 조정되고, 분양가액 증가액만큼 권리가액도 증가하여 조합원분담금은 동일하게 산정되어 실제 조합원이 쟁점품목과 관련하여 무상으로 얻는 이익이 발생하지 않는 사실이 확인되므로, 쟁점비용을 손금불산입하더라도 이를 조합원의 배당으로 소득처분하여 한 이 건 처분은 위법ㆍ부당하다. ＜표3＞ 처분청의 쟁점품목 공사비용 포함시 공사도급액 내역 ○○○ (다) 또한 처분청은 조합원 분양가 산정을 위한 감정평가시 쟁점품목에 대한 가치평가를 한 사실이 없어 조합원분양가가 낮게 산정되었으므로 그로 인한 이익이 청구법인의 조합원에게 발생한 것이라는 의견이나, 「감정평가에 관한 규칙」제15조에 따라 건물에 대한 평가는 구조, 사용자재, 시공상태, 마감재의 상태, 부대설비, 용도, 현상 및 관리상태 등을 종합하여 원가법으로 평가하도록 규정하고 있는바, 조합원 분양가 산정을 위한 감정평가서상 쟁점품목의 마감재 부분을 배제하였다는 명시적인 내용이 없는 한 감정평가시 이를 반영하여 감정가액을 산정하였다고 보는 것이 합리적이다. (라) 한편, 과세관청은 정비조합이 수익사업의 손금으로 계상한 비수익사업의 비용을 손금불산입하는 경우 ""기타사외유출""로 소득처분을 하여야 한다고 해석(국세청 예규, 서면-2019-법령해석법인-2127, 2021.7.16.)하고 있고, 쟁점품목의 공사비가 공사도급계약금액에 포함되어 조합원귀속분으로 보아 이를 손금불산입한다 하더라도, 앞서 살펴본 바와 같이 조합원은 쟁점품목의 공사비가 조합원 분양가액에 포함여부와 상관없이 조합원분담금이 동일하여 결과적으로 쟁점품목의 공급으로 인한 어떠한 이익도 얻지 않았으므로 이를 조합원에 대한 배당으로 소득처분하여 한 이 건 처분은 위법ㆍ부당하다. 나. 처분청 의견 (1) 쟁점비용의 경우 청구법인의 조합원들이 별도로 납부해야 할 비용임에도 청구법인과 시공사간의 쟁점공사도급계약상 공사도급계약금액에 포함되어 있으므로 이는 청구법인이 청구법인의 조합원들이 부담하여야 할 비용을 대납한 것으로 보아야 한다. (가) 청구법인은 정비사업의 수주 관행상 시공사가 조합원 세대에게 특별 제공품목을 무상으로 제공한 것과 같이 이 건 쟁점품목 또한 시공사가 조합원에게 무상으로 제공한 것이라고 주장하나, 각 재개발 사업장의 공사도급계약서, 분양계약서 및 감정평가서 등 내용이 상이할 수 밖에 없음에도 정확한 사실관계 확인없이 같은 기준을 적용할 수 없고, 쟁점공사도급계약 제7조 제1항 및 제3항에 따라 쟁점품목의 공사비용이 공사도급계약금액에 포함되어 있음이 명백하게 확인되며, 시공사도 쟁점품목의 공사비용이 공사도금계약금액상 포함되어 있다고 인정하여 이를 총 공사비에 포함하여 청구법인으로부터 수취하였는바, 쟁점비용의 경우 청구법인의 조합원들이 부담할 비용을 청구법인이 대신 부담하여 총 공사비에 포함한 후 이를 시공사에 지급한 것으로 보아야 한다. (나) 또한 청구법인은 시공사가 조합원에게 무상으로 특화 서비스를 제공하였다고 처분청에 회신하였으므로 쟁점품목의 경우 시공사가 무상으로 조합원에게 제공한 것이라고 주장하나, 쟁점공사도급계약상 시공사가 조합원에게 쟁점품목과 관련된 공사를 포함한 건축공사 등을 진행하도록 규정하고 있고, 시공사가 청구법인의 조합원과 쟁점품목의 무상공급에 대한 별도의 계약서를 작성한 사실이 없으며, 시공사와 청구법인의 조합원간의 분양계약서상에도 쟁점품목에 대한 기재 내용이 없는 이상 시공사가 쟁점품목을 청구법인의 조합원들에게 무상으로 제공하였다고 보기 어렵다. (다) 한편 청구법인은 시공사가 쟁점품목의 제공과 관련하여 「부가가치세법」제12조 제2항에 따른 용역의 공급에 해당하지 않는 것으로 보아 관련 세금계산서를 발급하지 않았다고 회신한 것을 고려할 때 시공사가 쟁점품목을 청구법인의 조합원들에게 무상으로 제공한 것이라고 볼 수 있다고 주장하나, 이는 시공사가 쟁점품목 중 발코니 확장공사 용역에 대한 세금계산서 미발급 오류로 인해 이와 관련된 부가가치세 부과를 우려한 나머지 발코니 확장 등 쟁점품목과 관련된 건설용역을 무상으로 제공하였다고 주장한 것으로 볼 수 있고, 조합원에게 쟁점품목을 무상으로 제공하였음을 입증할 수 있는 객관적인 증거자료를 제출한 사실이 없는 이상 위 주장을 받아들이기 어렵다. (라) 만약, 청구법인의 조합원을 대상으로 하는 쟁점비용을 공사도급계약에 포함하지 않았더라면, 청구법인과 시공사간의 공사도급계약상 면적당 도급단가인 평당 OOO원보다 더 낮은 가격으로 공사도급계약을 체결할 수 있었을 것인바, 청구법인이 청구법인의 조합원이 부담하여야 할 쟁점비용을 포함하여 공사도급금액으로 지급하고 이를 수익사업 면적비율로 안분함에 따라 비용이 과다 계상되어 법인세 과세표준이 과소 계상되는 결과를 초래하게 되었다고 볼 수 있다. (마) 또한 청구법인의 주장과 같이 쟁점품목을 시공사가 청구법인의 조합원들에게 무상으로 제공하였다고 인정하더라도, 이는 「상속세 및 증여세법」상 증여에 해당한다고 볼 수 있고, 청구법인의 조합원별 이에 대한 증여세를 개별적으로 신고ㆍ납부하였어야 하나 그러한 사실도 없으며, 이러한 점을 청구법인이 검토한 내역도 확인되지 않는 이상 청구법인의 조합원들이 쟁점품목을 시공사로부터 무상으로 제공받았다는 청구법인의 주장을 받아들이기 어렵다. (2) 처분청이 일반 분양 입주자 공고문상 추가 선택품목에 대한 추가 공급금액을 기준으로 산정한 쟁점비용의 경우 경제적 합리성ㆍ타당성을 갖춘 방법에 따른 것으로서 근거과세의 원칙에 반한다는 청구법인의 주장을 받아들이기 어렵다. (가) 처분청은 일반분양 입주자 모집공고문상 기재된 쟁점품목과 동일한 사양의 추가 선택품목별 공급가액을 기준으로 시공사의 2021사업연도 손익계산서상 국내 공사부문 매출원가율(86.75%)과 쟁점정비사업 중 수익사업 부문의 분양면적비율(57.17%)을 고려하여 쟁점비용을 산출하였고, 공동명의 세대의 경우 인별 지분율을 고려하여 조합원별 소득금액을 산출하였다. (나) 「법인세법 시행령」 제104조 제2항이 추계결정의 방법을 제한적으로 열거하고 있다고 볼 것은 아니고, 그 방법이 일반적으로 용인될 수 있는 객관적, 합리적인 것이고 그 결과가 고도의 개연성과 진실성을 가진 것이라면 그 방법에 의한 추계도 허용된다고 보아야 할 것인바(대법원 2011.4.28. 선고 2011도527 판결 참조), 청구법인이 시공사와 충분한 합의를 거쳐 일반분양자 대상 추가 선택품목별 공급가액을 결정한 후, 이를 불특정 다수의 일반분양자들이 자발적인 의사에 따라 추가 선택품목을 추가로 선택한 후 시공사와 별도의 옵션계약을 체결하여 그 공급가액을 납부하였으며, 쟁점품목과 일반분양자 대상 추가 선택품목이 동일한 것으로 시공사가 확인한 이상 청구법인이 쟁점비용과 관련된 자료제출 요구에 협조하지 않은 상태에서 처분청이 최선을 다하여 일반 분양 입주자 모집공고문상 추가 선택품목 공급가액을 기준으로 시공사의 매출원가율을 감안하여 쟁점품목의 원가를 산정한 산출방법 및 내역 모두 경제적 합리성 및 타당성이 있다고 볼 수 있다. (다) 한편, 청구법인은 쟁점품목에 대한 비용으로서 처분청이 산정한 쟁점비용이 과다하다고 주장하나, 필요경비는 납세의무자에게 유리한 것이고 그 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서, 구체적 비용지출 사실에 관한 장부기장과 증빙 등 일체의 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 입증할 필요가 있다고 보아야 할 것인바(대법원 2006.2.9. 선고 2005두8306 판결 참조), 처분청이 청구법인에 대한 세무조사 과정 중 쟁점품목에 관한 비용 세부 내역을 제출해달라고 요구하였음에도 이에 대한 자료를 제출한 사실이 없고, 쟁점품목의 원가 산정과 관련된 구체적인 방법에 대하여도 제시한 사실이 없으므로 청구법인의 주장을 받아들이기 어렵다. 1) 청구법인이 국토교통부장관이 2020.2.27. 발표한 ""발코니 확장비 심사참고기준""을 고려할 때 처분청이 산정한 쟁점비용이 과다 하다고 주장하나, 이는 2020.3.1. 고시하여 그 이후 입주자 모집 승인을 신청하는 분부터 적용되는 것으로 국토교통부 보도자료를 통해 확인되어, 쟁점정비사업의 최초 입주자 모집공고일이 2019.8.19.인 것을 고려할 때 위 기준의 적용 대상이 아니고, ""발코니 확장비 심사참고기준""은 분양가 산정시 건설사와 지방자치단체의 해당 부서에서 심사할 때 대략적 기준을 제시한 참고기준일 뿐, 의무사항을 규정한 것으로도 볼 수 없으며, 위 심사참고기준의 경우 정확한 원가계산방법 또한 아니고, 공사전문가가 아닌 아상 다양한 규격과 여러 조건을 빠짐없이 파악하여 정확한 원가를 계산할 수 없는 이상 청구법인의 주장대로 단순히 (단열창 공사+골조 및 마감공사) 합계 금액을 쟁점품목과 관련된 공사원가로 인정하기 어렵다. 2) 청구법인은 시공사의 분양공사부분 매출원가율(60.58%) 대비 국내공사부분 매출원가율(86.75%)이 과도하게 높아 이를 기준으로 쟁점품목의 원가를 산정하는 것은 불합리하다고 주장하나, 시공사의 분양공사부분의 경우 시공사가 자체적으로 사업발굴, 기획, 금융조달, 시공 및 운영관리를 전반적으로 진행하는 사업부분으로 쟁점공사도급계약에 따라 시공만 진행하는 경우와 다르고, 청구법인의 매출원가율(88.82%) 및 쟁점정비사업의 사업지 인근에서 재개발사업을 추진한 조합의 매출원가율(88.72%)과 유사한 수준의 시공사의 국내공사 매출원가율(86.75%)을 기준으로 한 처분청의 비용 산정방식이 합리적인 것으로 볼 수 있다. 3) 청구법인은 처분청이 산정한 쟁점품목의 원가를 추가하여 전체 도급가액을 산정할 경우 전체 분양단가 대비 조합원 세대 분양단가가 지나치게 과다하게 산정된다고 주장하나, 쟁점공사도급계약상 공사도급계약금액은 아파트 건설공사 외에도 부대복리시설(상가) 및 조경시설, 도로 등 기타 시설 등을 모두 포함하여 산정된 것으로서 청구법인의 산정방식과 같이 아파트 공사 비용만을 대상으로 조합원 세대 및 일반 분양 세대별 분양원가를 계산하여 비교하는 것은 부정확할 수 밖에 없고, 일반 분양면적에는 상가 분양 면적 등이 포함되어 있어 이를 단순 비교하는 것은 부적절한 것으로 판단된다. (3) 청구법인이 청구법인의 조합원이 부담하여야 할 쟁점품목에 대한 공사비 중 쟁점비용을 수익사업에 따른 소득으로 충당한 것으로 인정되는 이상, 청구법인의 수익이 조합원들에게 분배되었다고 볼 수 있으므로, 「법인세법」 제67조 및 같은 법 시행령 제106조에 따라 청구법인의 조합원들에게 배당으로 소득처분 한 이 건 처분은 정당하다. (가) 「법인세법」제67조 및 같은 법 시행령 제106조 제1항 제1호 가목은 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우로서 그 귀속자가 주주 등인 경우 배당으로 소득처분하도록 규정하고 있는데, 재건축 조합이 그 사업 시행으로 신축한 아파트 중에서 일반 분양분 아파트를 분양하면서 그 분양대금으로 일반 분양분 아파트의 토지 지분의 장부가액과 공사비 등을 초과한 금액 상당을 받은 후，조합원에게는 그 취득원가가 그들의 출자가액을 초과하는 조합원분 아파트를 분양하였다면, 일반 분양분 아파트 분양을 통하여 발생한 소득이 조합원의 출자가액을 초과하는 조합원분 아파트를 분양하는 과정을 통하여 그 조합원에게 분배된 것이라고 보아야 할 것이고(대법원 2010.6.10. 선고 2007두19799 판결 참조), 일반 분양으로 얻은 소득이 조합원들이 부담해야할 건축비에 충당된 경우 위 소득이 조합에 귀속되었다가 조합원들에게 배분된 것으로서 보아야 할 것인바(대법원 2011.7.14. 선고 2008두17479 판결 참조), 청구법인이 조합원이 부담하여야할 쟁점품목의 공사비용을 쟁점공사도급계약에 따라 총 공사비에 포함하여 시공사에 지급한 이상 쟁점정비사업 중 일반 분양으로 얻은 소득으로 조합원들이 부담할 건축비로 충당된 것으로 볼 수 있으므로 쟁점비용이 청구법인의 조합원들에게 배분된 것으로 보아 이를 배당으로 소득처분한 이 건 처분은 정당하다. (나) 청구법인은 쟁점품목의 원가 상당액을 쟁점정비사업의 총수입과 조합원 권리가액에 반영하여 계산한 조합원분담금이 실제 부담한 도시정비법상 청구법인의 조합원분담금과 동일한 점을 고려할 때 청구법인의 조합원들이 실제 이익을 얻은 사실이 없다고 볼 수 있으므로, 청구법인의 조합원들에게 배당으로 소득처분한 이 건 처분이 위법하다고 주장하나, 일반적으로 도시정비법상 조합원분담금의 경우 아래 ＜표4＞와 같이 조합원별 분양가에서 조합원별 종전자산 평가액에 비례율을 적용하여 산정하도록 되어 있는데, 대법원은 종전자산 평가액을 조합원의 출자가액으로 보아야 하고, 조합원 분양 아파트의 취득원가가 그들의 출자가액을 초과하는 아파트를 분양하는 과정을 통해 정비사업의 소득이 조합원들에게 분배된 것으로 보아야 한다고 판시(대법원 2010.6.10. 선고 2007두19799 판결 등)한 이상 조합원의 출자가액에 비례율을 고려하여 산정되는 도시정비법상 조합원분담금의 증감 여부가 「법인세법」에 따른 이 건 처분의 과세 판단에 영향을 미친다고 볼 수 없다. ＜표4＞ 도시정비법상 조합원분담금 산정방식 ○ 조합원분담금=조합원별 분양가 - 조합원별 분양기준가액 ○ 조합원별 분양기준가액=조합원별 종전소유토지등의 평가액×비례율 ○ 비례율(%)=(사업완료 후의 대지 및 건축시설의 총수입*-총사업비**) / 분양대상토지, 건물 등의 소유 자 종전총평가액×100 * 조합원아파트, 일반분양아파트, 조합원상가, 일반분양상가, 임대아파트 등의 분양수입 ** 직간접공사비, 보상비, 기타 사업비 등 비용 (다) 또한 청구법인은 쟁점정비사업의 조합원 대상 분양가 산정시 감정평가 관련 법령에 따라 원가법으로 감정평가를 하였으므로 쟁점품목 등이 고려된 것으로, 조합원 분양가에 쟁점품목 등이 고려된 것이라고 주장하나, 쟁점정비사업의 조합원 분양가 산정을 위한 감정평가서는 2015년 2월경 작성, 제출된 것으로서 쟁점품목에 대한 세부 내역이 확정된 시점도 아니고, 감정평가서상 이를 반영하였다고 인정할 수 있는 내용도 없으며, 당초 청구법인의 주장과 같이 쟁점품목을 시공사가 조합원에게 무상으로 제공하였다고 인정하면 조합원 분양가에 쟁점품목의 공사비 등이 포함되었다고도 볼 수 없으므로, 청구법인의 주장을 받아들이기 어렵다. (라) 한편 청구법인은 정비조합이 손금산입한 금액을 손금불산입할 경우 소득처분을 기타사외유출로 보아야 된다는 과세관청의 해석사례를 고려할 때 이 건 소득처분 또한 조합원에 대한 배당이 아닌 기타사외유출로 소득처분이 되어야 한다고 주장하나, 청구법인이 조합원들이 부담하여야 할 쟁점품목의 공사비를 대신 부담하여 쟁점정비사업에 따른 수익에서 충당된 것으로 확인되는 이상, 쟁점비용을 손금불산입하고 그 귀속을 청구법인의 조합원들로 보아 배당으로 소득처분한 이 건 처분은 정당하다. 3.심리 및 판단 가.쟁점 ① 시공사가 무상으로 제공한 쟁점품목(발코니 확장 및 유상 옵션 품목)에 대한 비용을 청구법인의 조합원이 부담해야 할 비용임에도 공사도급계약상 공사비에 포함한 것으로 보아 이를 손금불산입한 처분이 위법ㆍ부당하다는 청구주장의 당부 ② 처분청이 산정한 쟁점품목에 대한 비용(쟁점비용)이 근거과세 원칙을 위배한 것으로서 위법ㆍ부당하다는 청구주장의 당부 ③ 쟁점비용과 관련하여 이를 청구법인의 조합원에게 귀속된 것으로 보아 배당으로 소득처분하여 한 이 건 처분이 위법ㆍ부당하다는 청구주장의 당부 나.관련 법령 등 : ＜별지＞ 기재 다.사실관계 및 판단 (1) 청구이유서 및 처분청 답변서 등의 이 건 심리자료를 종합하면, 아래와 같은 사실들이 나타난다. (가) 청구법인은 쟁점정비사업(A) 추진을 위해 설립된 조합으로 서울특별시 송파구 OOO 일원에서 아파트 1,945세대(조합원 분양 823세대, 일반분양 745세대, 임대주택 368세대)를 준공하였고, 정비사업 주요 추진 경과 및 결과는 아래 ＜표5＞ 및 ＜표6＞과 같다. ＜표5＞ 청구법인의 A 추진 경과 ○○○ ＜표6＞ 청구법인의 A 추진 결과 ○○○ (나) 청구법인은 수익사업 및 비수익사업의 연면적을 기준으로 공통손금을 구분경리하고, 아래 ＜표7＞과 같이 법인세를 신고ㆍ납부하였다. ＜표7＞ 청구법인의 법인세 신고내역 및 세무상 잉여금 내역 ○○○ (다) 청구법인이 2019년경 시공사와 체결한 쟁점공사도급계약은 아래 ＜표8＞과 같고, 쟁점공사도급계약에 따른 총 공사비 OOO원 중 국민주택규모 초과 공급분(총 공급연면적 중 4.71%)에 대하여 아래 ＜표9＞과 같이 세금계산서를 수취한 것으로 확인된다. ＜표8＞ 쟁점공사도급계약서 ○○○ ＜표9＞ 시공사의 세금계산서 발급 내역 ○○○ (라) 청구법인의 2021.10.23.자 정기총회의결에 따른 관리처분계획(변경)서(2021.12.24. 서울특별시 송파구청장 관리처분계획 인가)에 따르면 조합원 세대 분양주택에 대한 분양가를 2개 감정평가법인의 감정평가액(감정평가서 작성일 2015.2.6.)의 산술평균 금액으로 기준으로 산정된 것으로 확인된다. ＜표10＞ 청구법인의 관리처분계획서(공동주택의 공급 면적 및 분양가격 산정 내용 일부 발췌) ○○○ ＜표11＞ 감정평가법인의 조합원 분양예정 공동주택의 대지 및 건축물 추산액 평가내역 ○○○ (2) 처분청이 이 건 부과처분과 관련하여 제출한 자료는 다음과 같다. (가) 처분청의 청구법인에 대한 조사복명서상 주요 내용은 아래 ＜표12＞과 같다. ＜표12＞ 청구법인에 대한 조사복명서 ○○○ (나) 처분청의 쟁점품목별 공급가액에 대한 문의에 대하여 청구법인은 쟁점품목의 공급가액과 관련하여 구분 경리하여 보관한 장부는 없고, 쟁점공사도급계약상 공사계약도급금액에 포함된 것이라는 취지로 회신하였고, 시공사의 경우 쟁점품목의 공급가액과 관련된 별도 회신을 하지 아니하면서 조합원 세대에 시공한 쟁점품목에 대하여 공사도급계약서상 도급단가에 포함된 것으로 무상으로 제공한 것이라는 취지로 회신한 것으로 확인된다. ＜표13＞ 청구법인의 회신내용 ○○○ ＜표14＞ 시공사의 회신내용 ○○○ (다) 처분청은 일반분양 입주자 모집공고문상 기재된 쟁점품목과 동일한 추가 선택품목별 공급가액에서 시공사의 2021사업연도 손익계산서상 국내공사부분의 매출원가율(86.75%)과 수익사업 분양면적비율(57.17%)을 반영하여 아래 ＜표19＞와 같이 쟁점비용을 산출하였다는 의견으로 쟁점비용의 산출근거 및 내역과 관련하여 아래 ＜표15＞의 청구법인의 조합원 대상 공급계약서, 아래 ＜표16＞의 쟁점정비사업의 일반 분양 입주자 공고문상 추가 선택품목 관련 내역, 아래 ＜표17＞의 쟁점품목별 공급가액 내역 및 아래 ＜표18＞의 2021사업연도 시공사의 손익계산서를 제출하였다. ＜표15＞ 청구법인의 조합원 공급계약서 ○○○ ＜표16＞ 일반 분양 입주자 공급계약서 및 공고문 상 추가 선택품목 계약 관련 ○○○ ＜표17＞ 쟁점정비사업 일반 분양 입주자 공고문상 추가 선택품목 선택시 추가 공급가액 ○○○ ＜표18＞ 시공사의 2021사업연도 귀속 손익계산서(일부 발췌) ○○○ ＜표19＞ 쟁점비용 산출 세부내역 ○○○ (3) 쟁점품목 및 쟁점비용과 관련하여 청구법인이 제출한 자료는 다음과 같다. (가) 청구법인은 통상적으로 정비사업 수주를 위해 건설사들이 조합원들에게 쟁점품목과 유사한 수준으로 무상 제공하고 있는 관행을 고려할 때 쟁점품목 또한 시공사가 무상으로 제공한 것으로 볼 수 있다고 주장하면서 관련 사례를 제출하였다. ＜표20＞ 건설사들의 조합원 대상 무상제공 사례 ○○○ (나) 청구법인은 처분청이 산정한 쟁점비용이 과다한 수준으로 그 산정근거 또한 불명확하다고 주장하면서 국토교통부 발코니 확장비 심사참고기준 및 유상옵션 관련 기사를 제출하였다. ＜표21＞ 국토교통부 발코니 확장비 심사참고기준(2020.2.27. 발표) ○○○ (4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가) 「조세특례제한법」제104조의7 제2항은 도시정비법에 따른 주택재개발정비사업조합을 비영리내국법인으로 보도록 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제104조의4는 정비사업조합이 도시정비법 및 관리처분계획에 따라 조합원에게 종전의 토지를 대신하여 토지 및 건축물을 공급하는 사업은 「법인세법」제4조 제3항에 따른 수익사업이 아닌 것으로 본다고 규정하고 있어 「법인세법」제4조 제3항에 따라 주택재개발정비사업조합이 실시한 일반 분양사업만이 수익사업에 해당한다고 할 것이다. (나) 한편, 「법인세법」제19조 제1항은 ""손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다""고 규정하고 있고, 같은 조 제2항은 ""손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다""고 규정하고 있으며, 일반적으로 용인되는 통상적인 비용이라 함은 납세의무자와 같은 종류의 사업을 영위하는 다른 법인도 동일한 상황 아래에서는 지출하였을 것으로 인정되는 비용을 의미하고, 그러한 비용에 해당하는지 여부는 지출의 경위와 목적, 형태, 액수, 효과 등을 종합적으로 고려하여 객관적으로 판단하여야 할 것(대법원 2009.11.12. 선고 2007두12422 판결, 같은 뜻임)이다. (다) 청구법인은 시공사가 쟁점정비사업의 수주를 위해 쟁점품목을 무상으로 공급한 것으로 쟁점공사도급계약에 따른 총 공사비에 쟁점품목과 관련된 비용이 포함되지 않았으므로 이 건 처분이 위법ㆍ부당하다고 주장하나, 쟁점정비사업의 일반 분양 입주자 공고문에 따르면 일반 분양 입주자의 경우 쟁점품목과 동일한 추가 선택품목을 공급받기를 희망할 경우 쟁점정비사업에 따른 공동주택 공급계약과 별도로 추가 선택품목에 대한 계약을 체결한 후, 추가 선택품목 공급에 따른 대가를 수분양자가 부담하여 지급한 것으로 확인되는 반면, 청구법인의 조합원 대상 분양 계약서상 당초 청구법인의 조합원이 출자한 자산에 대한 권리가액과 추가로 납부하여야 할 분담금에 따라 산정된 분양가액을 지급하면 신규 아파트 및 대지지분을 공급한다고 명시되어 있을 뿐, 쟁점품목에 대한 공급내역이 없고, 별도로 청구법인의 조합원들이 쟁점품목의 공급과 관련하여 대금을 지급한 사실이 확인되지 않는 점, 쟁점정비사업에 대한 쟁점공사도급계약 제7조 제1항 및 제2항에 따르면 공사도급계약금액의 경우 쟁점품목을 포함한 마감재리스트 품목을 기준으로 산정된 것으로 나타나고, 청구법인이 인정한바와 같이 쟁점공사도급계약상 공사도급계약금액에 따라 총 공사비를 산정하여 시공사에 지급한 것으로 확인되는 점, 쟁점품목에 대한 공사비용이 청구법인의 조합원이 부담하여야 할 비용임에도 시공사가 처분청의 쟁점품목별 공급가액에 대해 회신한 자료에 의하면 쟁점공사도급계약에 따라 산정된 총 공사비에 이를 포함하여 시공사에 지급한 후 이를 공통비용으로 계상하고 수익사업 분양면적에 따라 안분계산한 비용을 수익사업의 손금으로 계상한 것으로 확인되고, 이를 청구법인의 수익사업인 일반 분양사업에 대응되는 비용에 해당한다고 인정할만한 특별한 사정이 없는 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점비용을 손금불산입하여 한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. (5) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 처분청이 산정한 쟁점비용이 객관적인 자료를 근거로 산정된 것이 아니므로 이에 따른 이 건 처분이 위법하다고 주장하나, 처분청이 쟁점품목과 동일한 품목임이 확인된 쟁점정비사업의 일반 분양 입주자 공고문상 추가 선택품목의 공급가액과 시공사의 매출원가율을 기준으로 산정한 쟁점비용이 객관적ㆍ합리적 방법에 의해 산정되지 않았다고 보기는 어렵다고 할 것인 점, 비용을 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서, 구체적 비용지출 사실에 관한 장부기장과 증빙 등 일체의 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자측에서 이를 입증할 필요가 있다고 보아야 할 것인데(대법원 2006.2.9. 선고 2005두8306 판결, 같은 뜻임), 청구법인이 쟁점품목의 공사비용과 관련된 구체적인 지출내역 또는 수익사업과 구분경리한 내역을 제출하지 않은 점 등에 비추어, 쟁점비용이 과다하게 산정되었다는 청구법인의 위 주장을 인정하기는 어렵다고 할 것이다. (6) 마지막으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점비용을 포함하여 도시정비법에 따라 재산정한 비례율에 따라 산출한 청구법인의 조합원분담금에는 변동이 없으므로 청구법인의 조합원들에게 실질적인 이익이 발생하지 않았다고 볼 수 있으므로 쟁점비용을 청구법인의 조합원들에게 배당으로 소득처분하는 것은 부당하다고 주장하나, 정비조합이 정비사업을 실시하면서 일반 분양을 통해 발생한 소득은 조합원들에게 취득원가가 출자가액을 초과하는 아파트를 분양하는 과정을 통해 분배되는 것인바, 청구법인이 청구법인의 조합원이 부담하였어야 할 쟁점품목의 공사비용을 총공사비에 포함하여 시공사에 지급한 이상 이는 청구법인이 쟁점정비사업 중 일반 분양과 관련하여 발생한 소득을 조합원들이 부담하여야 할 공사비가 경감되는 방식으로 청구법인의 소득을 조합원들에게 분배한 것으로 볼 수 있는 점, 또한 정비사업 중 일반분양에서 발생한 이익이 최종적으로 조합원에게 배당될 재원에 해당하는바, 청구법인이 쟁점정비사업을 실시한 결과 최종적으로 이익잉여금이 발생한 것으로 확인되고, 청구법인이 청구법인의 조합원이 부담한 쟁점비용을 대신 납부함으로서 청구법인의 수익사업 부분의 이익이 감소된 부분에 대하여는 이를 청구법인의 조합원들에게 배당될 재원이 감소된 것으로 볼 수 있으므로, 손금불산입되어 사외유출된 쟁점비용의 실질적 귀속자인 청구법인의 조합원들에게 배당으로 소득처분한 이 건 소득금액변동통지 처분이 위법하다고 보기 어려운 점 등에 비추어, 처분청이 손금불산입한 쟁점비용에 대하여 청구법인의 조합원들에게 배당으로 소득처분하여 한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 4.결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. 【관련법령】 (1) 조세특례제한법 ○ 조세특례제한법 제104조의7(정비사업조합에 대한 과세특례) ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 조합(이하 이 조에서 "정비사업조합"이라 한다)에 대해서는 「법인세법」 제2조에도 불구하고 비영리내국법인으로 보아 「법인세법」(같은 법 제29조는 제외한다)을 적용한다. 이 경우 전환정비사업조합은 제1항 단서에 따라 신고한 경우만 해당한다. 1. 「도시 및 주거환경정비법」 제35조에 따라 설립된 조합(전환정비사업조합을 포함한다) ○ 조세특례제한법 제106조(부가가치세의 면제 등) ①다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다. 이 경우 제1호, 제4호의2, 제5호, 제9호의2 및 제12호는 2025년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하고, 제2호, 제3호 및 제4호의5는 2026년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하며, 제8호 및 제8호의2는 2014년 12월 31일까지 실시협약이 체결된 것에만 적용하고, 제8호의3은 2015년 1월 1일부터 2025년 12월 31일까지 실시협약이 체결된 것에만 적용하며, 제9호는 2023년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하고, 제9호의3은 2024년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용한다. 4. 대통령령으로 정하는 국민주택 및 그 주택의 건설용역(대통령령으로 정하는 리모델링 용역을 포함한다) (2) 조세특례제한법 시행령 ○ 조세특례제한법 시행령 제104조의4(정비사업조합의 수익사업의 범위) 법 제104조의7 제2항을 적용할 때 정비사업조합이 「도시 및 주거환경정비법」에 따라 해당 정비사업에 관한 관리처분계획에 따라 조합원에게 종전의 토지를 대신하여 토지 및 건축물을 공급하는 사업은 「법인세법」 제4조 제3항에 따른 수익사업이 아닌 것으로 본다. ○ 조세특례제한법 시행령 제106조(부가가치세의 면제 등) ④ 법 제106조 제1항 제4호에서 "대통령령으로 정하는 국민주택 및 그 주택의 건설용역"이란 다음 각 호의 것을 말한다. 2. 제1호의 규정에 의한 주택의 건설용역으로서 「건설산업기본법」ㆍ「전기공사업법」ㆍ「소방시설공사업법」ㆍ「정보통신공사업법」ㆍ「주택법」ㆍ「하수도법」 및 「가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률」에 의하여 등록을 한 자가 공급하는 것. 다만, 「소방시설공사업법」에 따른 소방공사감리업은 제외한다. (3) 법인세법 ○ 법인세법 제4조(과세소득의 범위) ③ 제1항 제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다. 1. 제조업, 건설업, 도매 및 소매업 등 「통계법」 제22조에 따라 통계청장이 작성ㆍ고시하는 한국표준산업분류에 따른 사업으로서 대통령령으로 정하는 것 2. 「소득세법」 제16조 제1항에 따른 이자소득 3. 「소득세법」 제17조제1항에 따른 배당소득 4. 주식ㆍ신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인한 수입 5. 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입. 다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다. 6. 「소득세법」 제94조 제1항 제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 인한 수입 7. 그 밖에 대가(對價)를 얻는 계속적 행위로 인한 수입으로서 대통령령으로 정하는 것 ○ 법인세법 제19조(손금의 범위) ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 "손비"(損費)라 한다]의 금액으로 한다. ② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다. ○ 법인세법 제66조(결정 및 경정) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조에 따른 신고를 하지 아니한 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다. ② 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다. ③ 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 추계(推計)할 수 있다. ○ 법인세법 제67조(소득처분) 다음 각 호의 법인세 과세표준의 신고ㆍ결정 또는 경정이 있는 때 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)ㆍ배당ㆍ기타사외유출(其他社外流出)ㆍ사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다. 1. 제60조에 따른 신고 2. 제66조 또는 제69조에 따른 결정 또는 경정 3. 「국세기본법」 제45조에 따른 수정신고 ○ 법인세법 제113조(구분경리) ① 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산ㆍ부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다. (4) 법인세법 시행령 ○ 법인세법 시행령 제104조(추계결정 및 경정) ① 법 제66조 제3항 단서에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 1. 소득금액을 계산할 때 필요한 장부 또는 증명서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우 2. 기장의 내용이 시설규모, 종업원수, 원자재ㆍ상품ㆍ제품 또는 각종 요금의 시가 등에 비추어 허위임이 명백한 경우 3. 기장의 내용이 원자재사용량ㆍ전력사용량 기타 조업상황에 비추어 허위임이 명백한 경우 ② 법 제66조 제3항 단서에 따른 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 다음 각 호의 어느 하나의 방법에 따른다. 1. 사업수입금액에서 다음 각목의 금액을 공제한 금액을 과세표준으로 하여 그 세액을 결정 또는 경정하는 방법. 이 경우 공제할 금액이 사업수입금액을 초과하는 경우에는 그 초과금액은 없는 것으로 본다. 가. 매입비용(사업용 유형자산 및 무형자산의 매입비용을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)과 사업용 유형자산 및 무형자산에 대한 임차료로서 증명서류에 의하여 지출하였거나 지출할 금액 나. 대표자 및 임원 또는 직원의 급여와 임금 및 퇴직급여로서 증명서류에 의하여 지급하였거나 지급할 금액 다. 사업수입금액에 「소득세법 시행령」 제145조의 규정에 의한 기준경비율(이하 "기준경비율"이라 한다)을 곱하여 계산한 금액 2. 기준경비율이 결정되지 아니하였거나 천재지변 등으로 장부나 그 밖의 증명서류가 멸실된 때에는 기장이 가장 정확하다고 인정되는 동일업종의 다른 법인의 소득금액을 고려하여 그 과세표준을 결정 또는 경정하는 방법. 다만, 동일업종의 다른 법인이 없는 경우로서 과세표준신고 후에 장부나 그 밖의 증명서류가 멸실된 때에는 법 제60조에 따른 신고서 및 그 첨부서류에 의하고 과세표준신고 전에 장부나 그 밖의 증명서류가 멸실된 때에는 직전 사업연도의 소득률에 의하여 과세표준을 결정 또는 경정한다. 3. 「조세특례제한법」 제7조 제1항 제2호 가목에 따른 소기업이 폐업한 때(조세탈루혐의가 있다고 인정되는 경우로서 기획재정부령으로 정하는 사유가 있는 경우는 제외한다)에는 다음 각 목에 따라 계산한 금액 중 적은 금액을 과세표준으로 하여 결정 또는 경정하는 방법 가. 수입금액에서 수입금액에 「소득세법 시행령」 제145조에 따른 단순경비율을 곱한 금액을 뺀 금액 나. 수입금액에 직전 사업연도의 소득률을 곱하여 계산한 금액 다. 제1호의 방법에 따라 계산한 금액 ③ 법 제66조 제3항 단서에 따른 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 제2항에 따라 계산한 금액에 다음 각 호의 금액을 더한 금액을 과세표준으로 하여 그 세액을 결정 또는 경정한다. 1. 제11조(제1호는 제외한다)의 수익(비영리법인의 경우에는 법 제4조 제3항에 따른 수익사업에서 생기는 수익으로 한정하며, 이하 이 호에서 "사업외수익"이라 한다)의 금액에서 다음 각 목의 금액을 차감한 금액 가. 사업외수익에 직접 대응되고 증명서류나 객관적인 자료에 의하여 확인되는 원가상당액 나. 사업외수익에 해당 사업연도 중에 지출한 손비 중 환입된 금액이 포함된 경우에는 그 금액 다. 부동산을 임대하는 법인의 수입이자가 사업외수익에 포함된 경우에는 부동산임대에 의한 전세금 또는 임대보증금에 대한 수입이자 상당액 2. 특수관계인과의 거래에서 제88조 및 제89조에 따라 익금에 산입하는 금액 3. 법 제34조 또는 「조세특례제한법」에 따라 익금에 산입하여야 할 준비금 또는 충당금이 있는 법인의 경우 그 익금에 산입하여야 할 준비금 또는 충당금 ○ 법인세법 시행령 제105조(추계결정ㆍ경정 시의 사업수입금액계산) ① 내국법인의 각 사업연도의 사업수입금액을 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 계산할 수 없는 경우 그 사업수입금액의 계산은 다음 각 호의 방법에 따른다. 1. 기장이 정당하다고 인정되어 기장에 의하여 조사결정한 동일업종의 업황이 유사한 다른 법인의 사업수입금액을 참작하여 계산하는 방법 2. 국세청장이 사업의 종류ㆍ지역 등을 고려하여 사업과 관련된 인적ㆍ물적시설(종업원ㆍ객실ㆍ사업장ㆍ차량ㆍ수도ㆍ전기 등)의 수량 또는 가액과 매출액의 관계를 정한 영업효율이 있는 경우에는 이를 적용하여 계산하는 방법 3. 국세청장이 업종별로 투입원재료에 대하여 조사한 생산수율이 있는 경우에는 이를 적용하여 계산한 생산량에 당해 사업연도 중에 매출된 수량의 시가를 적용하여 계산하는 방법 4. 국세청장이 사업의 종류별ㆍ지역별로 정한 다음 각목의 1에 해당하는 기준에 의하여 계산하는 방법 가. 생산에 투입되는 원ㆍ부재료 중에서 일부 또는 전체의 수량과 생산량과의 관계를 정한 원단위투입량 나. 인건비ㆍ임차료ㆍ재료비ㆍ수도광열비 기타 영업비용 중에서 일부 또는 전체의 비용과 매출액과의 관계를 정한 비용관계비율 다. 일정기간동안의 평균재고금액과 매출액 또는 매출원가와의 관계를 정한 상품회전율 라. 일정기간동안의 매출액과 매출총이익의 비율을 정한 매매총이익률 마. 일정기간동안의 매출액과 부가가치액의 비율을 정한 부가가치율 5. 추계결정ㆍ경정 대상법인에 대하여 제2호 내지 제4호의 비율을 산정할 수 있는 경우에는 이를 적용하여 계산하는 방법 6. 주로 최종소비자를 대상으로 거래하는 업종에 대하여는 국세청장이 정하는 입회조사기준에 의하여 계산하는 방법 ② 제1항에 따라 수입금액을 추계결정 또는 경정한 경우에도 법인이 비치한 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 있는 경우에는 해당 사업연도의 과세표준과 세액은 실지조사에 의하여 결정 또는 경정하여야 한다. ○ 법인세법 시행령 제106조(소득처분) ① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대해서도 또한 같다. 1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2 제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다. 가. 귀속자가 주주등(임원 또는 직원인 주주등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당 나. 귀속자가 임원 또는 직원인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여 다. 귀속자가 법인이거나 사업을 영위하는 개인인 경우에는 기타 사외유출. 다만, 그 분여된 이익이 내국법인 또는 외국법인의 국내사업장의 각 사업연도의 소득이나 거주자 또는 「소득세법」 제120조에 따른 비거주자의 국내사업장의 사업소득을 구성하는 경우에 한한다. 라. 귀속자가 가목 내지 다목외의 자인 경우에는 그 귀속자에 대한 기타소득 ○ 법인세법 시행령 제156조(구분경리) ① 법 제113조 제1항부터 제5항까지의 규정에 해당하는 법인은 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산ㆍ부채 및 손익을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 구분경리하여야 한다. (5) 법인세법 시행규칙 ○ 법인세법 시행규칙 제75조(구분경리의 범위) ① 영 제156조의 규정에 의한 구분경리를 할 때에는 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산ㆍ부채 및 손익을 각각 독립된 계정과목에 의하여 구분기장하여야 한다. 다만, 각 사업 또는 재산별로 구분할 수 없는 공통되는 익금과 손금은 그러하지 아니하다. ② 법률에 의하여 법인세가 감면되는 사업과 기타의 사업을 겸영하는 법인은 제1항과 제76조 제6항 및 제7항의 규정을 준용하여 구분경리하여야 한다. 이 경우 제76조 제6항 제2호 및 제3호의 규정에 의한 업종의 구분은 한국표준산업분류에 의한 소분류에 의하되, 소분류에 해당업종이 없는 경우에는 중분류에 의한다. ○ 법인세법 시행규칙 제76조(비영리법인의 구분경리) ① 비영리법인이 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 구분경리하는 경우 수익사업과 기타의 사업에 공통되는 자산과 부채는 이를 수익사업에 속하는 것으로 한다. ② 비영리법인이 구분경리를 하는 경우에는 수익사업의 자산의 합계액에서 부채(충당금을 포함한다)의 합계액을 공제한 금액을 수익사업의 자본금으로 한다. ③ 비영리법인이 기타의 사업에 속하는 자산을 수익사업에 지출 또는 전입한 경우 그 자산가액은 자본의 원입으로 경리한다. 이 경우 자산가액은 시가에 의한다. ④ 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 기타의 사업에 지출한 경우 그 자산가액중 수익사업의 소득금액(잉여금을 포함한다)을 초과하는 금액은 자본원입액의 반환으로 한다. 이 경우 「조세특례제한법」 제74조 제1항 제1호의 규정을 적용받는 법인이 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전입한 경우에는 이를 비영리사업에 지출한 것으로 한다. ⑤ 비영리법인의 경우 법 제112조의 규정에 의한 장부의 기장은 제1항 내지 제4항의 규정에 의한다. ⑥ 비영리법인이 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 수익사업과 기타의 사업의 손익을 구분경리하는 경우 공통되는 익금과 손금은 다음 각호의 규정에 의하여 구분계산하여야 한다. 다만, 공통익금 또는 손금의 구분계산에 있어서 개별손금(공통손금외의 손금의 합계액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 없는 경우나 기타의 사유로 다음 각호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하는 것이 불합리한 경우에는 공통익금의 수입항목 또는 공통손금의 비용항목에 따라 국세청장이 정하는 작업시간ㆍ사용시간ㆍ사용면적등의 기준에 의하여 안분계산한다. 1. 수익사업과 기타의 사업의 공통익금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산 2. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 동일한 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산 3. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 다른 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 개별 손금액에 비례하여 안분계산 ⑦ 제6항의 규정에 의한 공통되는 익금은 과세표준이 되는 것에 한하며, 공통되는 손금은 익금에 대응하는 것에 한한다. (6) 국세기본법 ○ 국세기본법 제16조(근거과세) ① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이와 관계되는 증거자료에 의하여야 한다. ② 제1항에 따라 국세를 조사ㆍ결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다. ③ 정부는 제2항에 따라 장부의 기록 내용과 다른 사실 또는 장부 기록에 누락된 것을 조사하여 결정하였을 때에는 정부가 조사한 사실과 결정의 근거를 결정서에 적어야 한다. |
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