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조심2025중1289, 2025.06.05 기각
【제목】 처분청 조사에 따르면, 청구법인과 쟁점거래처들은 사업영위를 위한 인적·물적 설비를 갖추지 않았거나 쟁점거래와 관련된 증빙서류 등을 보관하고 있지 않는 등 쟁점거래는 전형적인 자료상의 금융거래를 띠고 거래한 것으로 나타나는 반면, 청구법인이 제시한 자료만으로는 쟁점거래를 정상거래로 인정하기 어려움(기각)
【세목】 부가가치세법 【구분】 심판청구
주제어 공급시기의 특례 관심주제어 등록

【주문】
  심판청구를 기각한다.
【이유】
  
  1. 처분개요
  
  가. 청구법인은 배관자재 도소매 업체로, 2021년 제1기~2023년 제2기 부가가치세 과세기간 동안 ㈜A 외 7개 업체(이하 "쟁점매입처"라 한다)로부터 공급가액 합계 OOO원 상당의 매입세금계산서(이하 "쟁점매입세금계산서"라 한다)를 수취하는 한편, ㈜B 외 3개 업체(이하 "쟁점매출처"라 하고, 쟁점매입처와 합하여 이하 "쟁점거래처"라 한다)에게 공급가액 합계 OOO원의 매출세금계산서(이하 "쟁점매출세금계산서"라 하고, 쟁점매입세금계산서와 합하여 이하 "쟁점세금계산서"라 한다)를 발급하였다.
  
  나. 중부지방국세청장(이하 "조사청"이라 한다)은 청구법인의 2021~2023사업연도에 대한 법인통합조사를 실시한 결과, 쟁점세금계산서를 재화의 공급 없이 거짓으로 기재하여 수수한 세금계산서(이하 "가공세금계산서"라 한다)로 보아 처분청에 관련 과세자료를 통보하였다.
  
  다. 처분청은 이에 따라 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아, 아래 <표1>과 같이 2024.7.11. 및 2024.7.23. 청구법인에게 2021년 제1기~2023년 제2기 부가가치세 합계 OOO원 및 2021ㆍ2022사업연도 법인세 합계 OOO원을 각 경정ㆍ고지하는 한편, 가공매입액 합계 OOO원을 청구법인의 대표이사에 대한 상여로 소득처분하여 2021ㆍ2022사업연도 소득금액변동통지를 하였다.
  
  <표1> 이 건 처분 내역
  
  ○○○
  
  라. 청구법인은 이에 불복하여 2024.9.23. 이의신청을 거쳐, 2025.2.18. 심판청구를 제기하였다.
  
  2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
  
  가. 청구법인 주장
  
  (1) 청구법인은 배관파이프 등을 납품하는 도소매업체로, 배관자재 등을 매출하면 운송료가 필수적으로 발생하는바, 청구법인은 매출 발생 시 자체 보유하고 있는 트럭[1톤 트럭 2대(OOO 및 1.2톤 트럭 1대(OOO)]과 승용차를 주로 이용하여 물품을 운송하였다. 주요 매출처의 작업현장은 주식회사 C의 영등포 D 및 E 공사현장과 주식회사 F의 납품현장인 OOO본사, OOO오피스텔 및 OOO도서관 등이다.
  
  (2) 1톤 차량 1대 기준으로 OOO원 정도의 신주(청동) 또는 OOO원 상당의 스텔제품이나 OOO원 상당의 SR제품, OOO원 상당의 배관제품 또는 OOO 상당의 철 부속 물량을 운송할 수 있으므로, 1톤 트럭 1대의 1일 평균 운송매출액은 OOO원으로 일주일에 약 OOO원의 매출이 발생하며, 연간 차량 1대가 담당하는 운송매출액은 OOO원에 달하는바, 청구법인의 보유 차량 3대는 연간 OOO원 정도의 매출 물량을 담당할 수 있다. 따라서 청구법인의 3개 사업연도 동안 발생한 매출은 약 OOO원이므로 이를 차량 운송대수와 외주 운송 물량을 기준으로 계산하면 매출액이 모두 허위가 아님을 알 수 있고, 운송관련 직원으로 G, H, I, J(현직)이 근무한 사실을 보더라도 청구법인의 매출이 모두 허위라고 할 수는 없으며, 자체 운행차량 외에 외주 운송차량을 이용하는 경우 외주관련 운송비는 전액 세금계산서를 수취하고 금융계좌를 통하여 운송비를 지급한 사실이 확인된다.
  
  (3) 청구법인의 모든 거래는 관련 거래명세표와 쟁점세금계산서, 금융자료 및 운반비 지출증빙 등에 의하여 실제 거래임이 확인되고, 실제로 배관파이프 등을 배송하기 위하여 트럭 2대와 승용차를 운행하였으며, 매입액이 증가함에 따라 매월 운수회사에 대차를 하여 배송을 위탁하고 운송회사로부터 매입세금계산서를 수취한 사실을 보더라도 쟁점세금계산서는 정상거래와 관련하여 수수하였음이 확인된다.
  
  나. 처분청 의견
  
  (1) 청구법인이 제시한 운반비는 쟁점세금계산서와 관련된 운반비 내역이라고 보기 어렵다. 청구법인의 주거래처인 ㈜A과의 매입거래(가공확정)의 경우 타 매입처[㈜K, L 등 정상거래]와의 거래와는 달리 출고인수(서명) 및 검수과정이 전혀 없었고, 청구법인은 거래명세서(출력물) 외에 대량으로 인도되었을 재화의 공급을 입증할 만한 증빙자료 등을 제출하지 못하였을 뿐만 아니라 ㈜A 및 하위 거래처(폭탄업체)에 대한 조사 시에서도 입증서류가 전무하였으며, 대표이사 M에 대한 심문조사 시에도 소위 `삥`이라는 물품을 받았다고만 주장할 뿐 별도의 검수나 서명은 하지 않았다고 진술하였다.
  
  (2) 조사청이 가공거래로 확정한 매입거래(전체매입의 약 78%) 외에 ㈜K 등 일부 거래처로부터 수취한 재화는 청구주장과 같이 C산업㈜, ㈜F 등 정상 매출거래처의 판교현장 등에 물품이 운송된 사실이 확인되고, 정상적인 입고확인 및 서명 후 매출처로 출고(운송 포함)되는 구조인 반면, 쟁점세금계산서 관련 거래의 경우 `재고수불, 인수ㆍ입고 및 매출처 출고` 등에 관한 기본적인 서류조차 없을 뿐만 아니라 재화를 매입하였다는 쟁점매입처 어디에서도 실제 제품을 취급한 사실이 전혀 확인되지 아니하므로, 운송비 관련 일부 매입세금계산서만으로 모든 거래가 정상이라고 보기는 어렵다.
  
  (3) 청구법인은 전형적인 자료상 간판업체로서, 부가가치세 탈루 및 이를 통한 가공경비의 계상 목적으로 가공세금계산서를 수취한 사실이 확인되는 등 「조세범 처벌법」을 위반하여 고발되었다. 청구법인 및 하위 거래처들에 대한 금융거래 내역을 조사한 결과, 쟁점매출처로부터 대금이 입금되는 즉시, ㈜A 및 L㈜ 등 상위간판업체로 출금된 후 간판업체에서 다시 현금으로 출금되는 등 전형적인 자료상의 금융조작 형태가 나타나며, 실행위자인 Q도 일부 현금을 출금하는 등 비정상적인 금융거래에 직접 관련된 사실이 확인되었다. 즉, 청구법인은 `폭탄업체[O㈜ 외 5]→간판업체[㈜P 외 1]→상위업체[청구법인 및 ㈜A]`라는 거래단계에서 `상위업체`에 해당하고, 영업을 담당하면서 거래처로부터 대금이 입금되면 이를 하위 간판업체 등으로 이체하여 성명불상자로 하여금 현금으로 출금하게 하였다.
  
  (4) 청구법인에 대한 압수수색 당시 청구법인의 사업장에는 위 간판업체 등과의 거래 내역을 확인할 수 있는 서류가 전무하였고, 대표이사 M에게 해당 거래에 대한 근거서류를 요구하였으나, 2차 조사청 출석(2024.5.10.) 시에도 거래명세표(재출력본) 외에는 재화의 공급을 입증할 수 있는 근거서류를 전혀 제출하지 못하였다. 또한, 위 간판업체 및 폭탄업체들에 대한 조사 결과, 해당 업체들은 배관자재 등을 취급할 만한 창고나 야적장 등이 전무하고, 대부분의 대표자들은 명의만 대여한 자로 확인되는 등 자료상으로 확정 및 고발되었다.
  
  (5) 청구법인 및 그 대표이사 M, 실행위자 Q 등은 수차례 범칙조사 및 범칙처분에도 불구하고 하위 거래처와 법인 명의를 바꿔가며 가공세금계산서를 수수하였고, 이를 통해 부가가치세 탈루와 가공경비 계상 등의 방법으로 고의로 조세를 포탈하고 세금계산서 수수질서를 상습적으로 위반한 자이다. 따라서 기본적인 입출고 증빙조차 없는 상황에서 청구법인이 일부 정상거래 시 수취한 운반비 관련 매입세금계산서만으로 쟁점세금계산서에 의한 거래를 재화의 공급이 있는 정상거래로 주장하는 것은 신뢰할 수 없다.
  
  3. 심리 및 판단
  
  가. 쟁점
  
  쟁점세금계산서를 재화의 공급 없이 수수한 가공의 세금계산서로 보아 부가가치세 등을 부과하고 가공매입액 상당을 대표이사에 대한 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지한 처분의 당부
【관련법령】
  나. 관련 법률
  
  (1) 부가가치세법
  
  ○ 부가가치세법 제32조【세금계산서 등】① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.
  
  1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭
  
  2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호
  
  3. 공급가액과 부가가치세액
  
  4. 작성 연월일
  
  5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항
  
  ○ 부가가치세법 제38조【공제하는 매입세액】① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.
  
  1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)
  
  ○ 부가가치세법 제39조【공제하지 아니하는 매입세액 등】① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
  
  1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.
  
  2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.
  
  ② 제1항에 따라 공제되지 아니하는 매입세액의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
  
  ○ 부가가치세법 제57조【결정과 경정】① 납세지 관할 세무서장, 납세지 관할 지방국세청장 또는 국세청장(이하 이 조에서 "납세지 관할 세무서장등"이라 한다)은 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에만 해당 예정신고기간 및 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정한다.
  
  2. 예정신고 또는 확정신고를 한 내용에 오류가 있거나 내용이 누락된 경우
  
  3. 확정신고를 할 때 매출처별 세금계산서합계표 또는 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별 세금계산서합계표 또는 매입처별 세금계산서합계표에 기재사항의 전부 또는 일부가 적혀 있지 아니하거나 사실과 다르게 적혀 있는 경우
  
  4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 부가가치세를 포탈할 우려가 있는 경우
  
  (2) 조세범 처벌법
  
  ○ 조세범 처벌법 제10조【세금계산서의 발급의무 위반 등】③ 재화 또는 용역을 공급하지 아니하거나 공급받지 아니하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 한 자는 3년 이하의 징역 또는 공급가액에 부가가치세의 세율을 적용하여 계산한 세액의 3배 이하에 상당하는 벌금에 처한다.
  
  1. 「부가가치세법」에 따른 세금계산서를 발급하거나 발급받은 행위
  
  2. 「소득세법」 및 「법인세법」에 따른 계산서를 발급하거나 발급받은 행위
  
  3. 「부가가치세법」에 따른 매출ㆍ매입처별 세금계산서합계표를 거짓으로 기재하여 제출한 행위
  
  4. 「소득세법」 및 「법인세법」에 따른 매출ㆍ매입처별계산서합계표를 거짓으로 기재하여 제출한 행위
  
  다. 사실관계 및 판단
  
  (1) 청구법인은 아래 <표2>와 같이 2021년 제1기~2023년 제2기 부가가치세 과세기간 동안 공급가액 합계 OOO원 상당의 매출세금계산서를 발급하는 한편, 공급가액 합계 OOO원의 매입세금계산서를 교부받아 관련 부가가치세를 신고하였다.
  
  <표2> 청구법인의 부가가치세 신고 내역
  
  ○○○
  
  (2) 조사청은 아래 <표3>과 같이 쟁점세금계산서를 재화의 공급 없이 수수한 가공세금계산서로 보아 관련 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 이 건 부가가치세 및 법인세 등을 경정ㆍ고지하는 한편, 가공매입액 상당액을 청구법인의 대표이사에 대한 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하였다.
  
  <표3> 조사청의 쟁점세금계산서 적출 내역
  
  ○○○
  
  (3) 청구법인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.
  
  (가) 조사청이 이 건 조사 시 확정한 거래처별 가공세금계산서 내역은 아래 <표4>ㆍ<표5>와 같다.
  
  <표4> 쟁점매입세금계산서 수취 내역
  
  ○○○
  
  <표5> 쟁점매출세금계산서 발급 내역
  
  ○○○
  
  (나) 조사청은 청구법인 및 ㈜L, ㈜R 등에 대한 세무조사를 동시착수하여 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 확정하였는바, 그 조사 결과 및 거래흐름을 요약하면 아래 <표6>ㆍ<표7>과 같다.
  
  <표6> 조사청의 조사결과 요약
  
  ○○○
  
  <표7> 조사청의 거래흐름 조사 내역
  
  ○○○
  
  (다) 조사청이 이 건 조사 시 작성한 조사종결보고서의 주요 내용은 다음과 같다.
  
  ○○○
  
  (라) 조사청이 실시한 청구법인의 쟁점매입처인 ㈜A 및 ㈜P 등에 대한 조사 시 작성한 조사종결보고서의 주요 내용은 다음과 같다.
  
  ○○○
  
  (마) 청구법인은 쟁점세금계산서에 의한 거래를 정상거래라고 주장하며 다음과 같은 증빙자료 등을 제시하고 있다.
  
  1) 청구법인은 2021년부터 2023년까지 수취한 운반비 관련 매입세금계산서를 제시하였는데, 그 금액을 정리하면 아래 <표8>과 같다.
  
  <표8> 운송비 관련 매입세금계산서
  
  ○○○
  
  2) 또한, 청구법인은 쟁점매출처 중 ㈜B와의 거래관련 기타 운송비자료 및 화물업체인 S에 대한 운송비 지급 내역을 아래 <표9>ㆍ<표10>과 같이 제시하고 있다.
  
  <표9> ㈜B 거래 관련 운송료
  
  ○○○
  
  <표10> S에 지급한 운송비 내역
  
  ○○○
  
  3) 청구법인이 쟁점세금계산서에 의한 거래와 관련하여 지급하였다고 주장하는 운송비 지급 내역은 아래 <표11>과 같다.
  
  <표11> 쟁점세금계산서 관련 운반비 지급 내역(청구주장)
  
  ○○○
  
  4) 그 밖에 청구법인은 ㈜B에 파이프를 납품하였다고 주장하며 `납품표(인수증)` 및 거래명세표 등을 제시하였으나, 정상거래 업체인 `F ENG`의 거래명세표 등과는 달리 인수자 성명, 날인 등이 없고, 규격이나 단가 등이 기재되어 있지 아니한 것으로 나타난다.
  
  (바) 처분청은 청구법인이 일부 정상거래 시 수취한 운반비 관련 매입세금계산서 등만으로는 쟁점세금계산서에 의한 거래를 정상거래로 볼 수 없다는 의견으로, 다음과 같은 과세근거 등을 제시하고 있다.
  
  1) 국세청의 국세통합시스템에 따르면, 청구법인은 2021.2.10. 서울특별시 금천구 OOO에서 `㈜T`이라는 상호로 개업하였고, 2021.4.9. 현재 상호인 `㈜U`으로 상호를 변경한 후, 2022.6.13. 경기도 수원시 OOO로 사업장을 이전하였는데, 동 사업장은 2021.8.5.부터 2022.5.20.까지 청구법인의 수원지점으로 사용되었을 뿐만 아니라 자료상으로 고발된 ㈜V 및 ㈜W의 사업장으로 등록된 것으로 확인된다.
  
  2) 이 건 조사 시 실행위자로 조사된 Q은 조사청의 위 ㈜V 등에 대한 조세범칙조사에서도 실행위자로 확정된 자로, 청구법인의 직원으로 근무하고 있었고, 위 업체 외에도 2016년에 `X㈜`라는 업체의 대표자를 시작으로 총 8회에 걸쳐 「조세범 처벌법」 위반 혐의로 고발조치되었는바, Q의 상위업체 운영 이력 등은 다음과 같다.
  
  ○○○
  
  3) 청구법인의 대표이사인 M는 조사청과 진행한 수차례의 심문 조사 시 청구법인의 업무에 관한 대부분의 의사결정을 위 Q을 통하는 등 Q이 사실상 청구법인의 전반적인 운영을 주도한 것으로 진술하였는바, M에 대한 1차 심문조서(2024.3.29.)의 주요 내용은 다음과 같다.
  
  ○○○
  
  4) 조사청이 ㈜P 및 O㈜에 대한 조사 시 작성한 그 대표이사 등에 대한 문답서의 주요 내용은 다음과 같다.
  
  ○○○
  
  5) 그 밖에 청구법인 및 쟁점거래처 등의 거래대금 입출금 내역의 일부 등 자료는 다음과 같다.
  
  ○○○
  
  (4) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점세금계산서가 재화의 공급을 수반한 정상세금계산서에 해당한다고 주장하나, 납세의무자가 신고한 특정 재화 또는 용역의 공급 거래에 관한 세금계산서가 재화 또는 용역의 공급 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 가공거래인지 여부가 다투어지고, 납세의무자가 주장하는 특정 거래가 실제로 재화의 인도 또는 용역의 제공 등이 없는 가공거래라는 사실이 상당한 정도로 증명된 경우에는 그러한 거래에 있어서 재화가 실제로 수수되었다거나 용역의 공급이 실제로 있었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등의 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다고 봄이 타당하다 할 것(대법원 2009.8.20. 선고 2007두1439 판결 등 같은 뜻임)인바,
  
  청구법인은 쟁점세금계산서와 관련하여 재화의 공급이 있었다고 주장하면서 일부 운송비 자료 등을 제시하였으나, 이 건 과세기간 동안 발생한 매출액 및 매입액 중 가공비율은 각각 9.8% 및 78.5%로 조사되었는바, 청구법인이 제시한 위 자료 등이 정상거래와 관련하여 발생한 자료일 가능성도 배제하기 어려울 뿐만 아니라 청구법인이 운송비로 지급하였다고 주장하는 금액(OOO원)도 가공매출액(OOO원)의 약 1.34%에 불과하여 통상적인 운송비 비율(약 5%~10% 내외)과 비교할 때 과소해 보이는 점, 청구법인은 `폭탄업체[O㈜ 외 5]→간판업체[㈜P 외 1]→상위업체[청구법인 및 ㈜A]`로 이어지는 거래단계에서 상위업체로서, 상위업체가 원청업체(공사업체, 배관도매업체 등)에 대한 영업을 담당하고, 원청업체로부터 매출대금이 입금되는 즉시 해당 금액을 하위 간판업체 등으로 이체시킨 후 불상자로 하여금 현금을 출금하게 하는 등 전형적인 자료상의 금융거래 형태를 띠고 거래한 것으로 조사된 점, 청구법인이 배관자재 등을 매입하였다는 쟁점매입처도 배관자재 등을 취급할 만한 창고나 야적장 등이 없는 등 인적ㆍ물적 설비를 갖추지 못하였을 뿐만 아니라 청구법인과의 거래를 확인할 수 있는 관련 증빙서류 등을 보관하고 있지 않는 등 공급능력 없이 세금계산서만 발급한 업체로 조사된 점, 청구법인의 사업장은 자료상으로 고발된 업체들[㈜W, ㈜V]의 사업장으로 등록된 소재지와 동일한 곳으로, 동 사업장에서 위 업체 등과 같은 랜카드 고유번호를 이용하여 세금계산서를 발급한 것으로 조사되었고, 청구법인의 실행위자는 같은 장소에서 법인명을 교체해 가며 자료상 행위를 계속하여 실행한 Q인 것으로 확인되며, 쟁점매입처 등 대부분은 가공세금계산서 수수 혐의로 자료상으로 고발된 업체에 해당하는 점 등에 비추어, 쟁점세금계산서가 재화의 공급 없이 수수되었다는 점이 상당한 정도로 증명되었다고 할 수 있는 반면, 청구법인이 제출한 증빙자료만으로는 청구법인이 실제로 ㈜A 등으로부터 배관자재 등을 매입하여 이를 ㈜B 등에게 매출하였다고 보기에는 그 입증이 부족하므로 청구주장을 받아들이기는 어려운 것으로 판단된다.
  
  4. 결론
  
  이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
  
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