원고는 B씨 시조 C의 13세손인 D를 중시조로 하는 종중이다.


원고는 2014.2.10.과 2015.6.26. E 고속도로 건설공사의 사업부로 편입된 양주시 F 임야 등 토지(이하 “이 사건 토지”)를 국토교통부에 협의양도하고 보상금(이하 “이 사건 보상금”)을 지급받았으나, 이를 과세소득으로 신고하지 않았다.


피고는 이 사건 토지 중 지목이 임야인 것을 제외한 나머지 토지는 원고의 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산이 아니어서 그에 대한 보상금은 과세소득에 해당함을 전제¹⁾로 원고에 대하여 ① 2020.2.20. 2014 사업연도 법인세 1,105,062,860원(가산세 포함)을 경정ㆍ고지하고, ② 2020.2.20. 과세예고통지를 거쳐 2020.4.1. 법인세 1,081,363,390원(가산세 포함)을 경정ㆍ고지하였다(이하 2014 사업연도 법인세 경정ㆍ고지한 부분만 “이 사건 처분”). 피고는 2014 사업연도 법인세에 관해서는 과세예고통지를 하지 않고 곧바로 과세처분을 하였다.

1) 이 사건 보상금이 과세소득에 해당한다는 전제가 되는 규정은 아래와 같다.

구 법인세법(2017.12.19. 법률 제15222호로 개정되기 전의 것) 제3조 【과세소득의 범위】

① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 법인세를 부과한다.

1. 각 사업연도의 소득

2. 청산소득(淸算所得)

3. 제55조의 2 및 제95조의 2에 따른 토지등 양도소득

4. 제56조 및 ｢조세특례제한법｣ 제100조의 32 제2항에 따른 미환류소득

③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

5. 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입. 다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다.

구 국세기본법 제81조의 15 제1항은 “세무서장 또는 지방국세청장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 미리 납세자에게 그 내용을 서면으로 통지(“과세예고통지”)하여야 한다.”고 규정하면서, ‘납세고지하려는 세액이 100만원 이상인 경우’(제3호) 등을 과세예고통지 대상으로 들고 있다. 같은 조 제2항 본문 및 제2호는 “과세예고통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사(“과세전적부심사”)를 청구할 수 있다.”고 규정하고 있다. 한편, 같은 조 제3항은 각 호에서 과세전적부심사를 거치지 않아도 되는 예외사유를 규정하고 있는데, 제3호에서 ‘과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우’를 들고 있다.


이 사건에서는 구 국세기본법 제81조의 15 제3항 제3호의 예외사유를 들어 과세예고통지를 생략할 수 있는지 여부, 위 생략 이후 이루어진 과세처분의 위법 여부가 쟁점이 되었다.

과세예고통지의 법적 성격, 과세예고통지를 하여야 하는 구체적인 요건 및 절차 등은 국세기본법 및 같은 법 시행령에서 규정하고 있지 않으나, 행정절차법상 ‘처분³⁾의 사전통지’의 성격을 가지고 있는 것으로 봄이 상당하다.⁴⁾ 그리고 사전통지란 당사자의 의무를 부과하거나 권익을 제한하는 처분을 하고자 하는 경우 당사자에게 일정한 사항을 기재한 문서로 통지하는 것을 의미하고(행정절차법 제21조), 위 사전통지에 대해서는 통상적으로 당사자에게 의견제출권이 인정된다(행정절차법 제21조 제1항 제4호).


과세예고통지를 받은 자는 그 통지를 받은 날부터 30일 이내에 과세전적부심사를 청구할 수 있다.⁵⁾다만, 과세전적부심사를 거치지 않아도 되는 예외사유(‘구 국세기본법 제81조의 15 제3항 각 호의 사유’)에 해당하는 경우 과세관청은 과세전적부심사를 거치지 않고도 과세처분을 할 수 있다.


한편, 관세법 제118조 제1항 단서 및 지방세기본법 제88조 제1항 제5호 및 같은 법 시행령 제58조 제3항에서 과세예고통지를 생략할 수 있는 경우를 규정하고 있는 것과 달리⁶⁾ 구 국세기본법 제81조의15 제1항은 각 호의 사유 중 하나에 해당하는 경우 과세관청의 과세예고통지 의무를 규정하면서 이를 생략할 수 있는 어떠한 예외도 두고 있지 않다.
3) ‘처분’이란 ‘행정청이 행하는 구체적 사실에 관한 법 집행으로서의 공권력의 행사 또는 그 거부와 그 밖에 이에 준하는 행정작용’을 의미한다(행정절차법 제2조 제2호).
4) 심규찬, “과세예고 통지와 과세처분의 절차적 하자(대법원2015두52326, 2016.04.15)”, 『대법원판례해설』 제108호, 법원도서관, 2016., 7면.
5) 과세전적부심사 제도는 현행 조세불복제도 중 유일한 사전적 구제제도로서, 사후적 불복청구제도에 비하여 짧은 시간과 적은 비용을 들여 효율적인 해결이 가능하고, 과세관청의 위법ㆍ부당한 처분 가능성을 감소시킬 뿐만 아니라 납세자에게는 사전적으로 구제받을 추가적인 기회를 부여하게 되므로, 과세관청과 납세자 쌍방에 호혜적인 제도이기도 하다(소순무ㆍ윤지현, 『조세소송』 제11판, 조세통람, 2022., 179~180면.).
6) 위와 같은 관세법과 지방세기본법의 입법태도가 타당한지 의문이라는 견해가 있다(이중교, “과세전 적부심사제도의 운영현황 및 개선방안”, 『저스티스』 통권 제199호, 한국법학원, 2023., 287~288면.).

대법원은 과세전적부심사 제도가 가지는 기능과 이를 통해 권리구제가 가능한 범위, 제도가 도입된 경위와 취지, 납세자의 절차적 권리 침해를 효율적으로 방지하기 위한 통제방법 등을 종합적으로 고려하면, 과세전적부심사 청구의 예외사유로 정하고 있는 등의 특별한 사정이 없는 한, 과세관청이 과세처분에 앞서 필수적으로 행하여야 할 과세예고통지를 하지 아니함으로써 납세자에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 과세처분을 하였다면, 이는 납세자의 절차적 권리를 침해한 것으로서 과세처분의 효력을 부정하는 방법으로 통제할 수밖에 없는 중대한 절차적 하자가 존재하는 경우에 해당하므로, 과세처분은 위법하다고 판단하였다(대법원2015두52326, 2016.4.15.)⁷⁾.


그리고 대법원은 더 나아가 국세기본법 및 국세기본법 시행령이 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있거나 과세전적부심사에 대한 결정이 있기 전이라도 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정하고 있다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 과세예고통지 후 과세전적부심사 청구나 그에 대한 결정이 있기도 전에 과세처분을 하는 것은 원칙적으로 과세전적부심사 이후에 이루어져야 하는 과세처분을 그보다 앞서 함으로써 과세전적부심사 제도 자체를 형해화시킬 뿐만 아니라 과세전적부심사 결정과 과세처분 사이의 관계 및 불복절차를 불분명하게 할 우려가 있으므로, 그와 같은 과세처분은 납세자의 절차적 권리를 침해하는 것으로서 절차상 하자가 중대하고도 명백하여 무효라고 판단하였다(대법원2016두49228, 2016.12.27.)⁸⁾.


다만, 종래 대법원은 이 사건과 같이 과세전적부심사를 거치지 않아도 되는 예외사유에 해당하는 경우 과세관청이 과세예고통지를 생략할 수 있는지 여부에 대하여 판단한 적이 없었다. 한편, 대법원은 절차적 하자와 관련하여, 그 하자가 경미한 것이라거나 치유될 수 있다면 과세처분의 효력에는 영향이 없다고 판단하였다(대법원92누13981, 1993.7.13.).
7) 위 대법원 판결 사안은 ‘감사원의 시정요구에 따라 별도의 과세예고통지 없이 과세처분을 한 사안’이었고, 위 대법원 판결 이후 2018.12.31. 법률 제16097호로 개정된 국세기본법 단서에 ‘｢감사원법｣ 제33조에 따른 시정요구에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세처분하는 경우로서 시정요구 전에 과세처분 대상자가 감사원의 지적사항에 대한 소명안내를 받은 경우’에는 과세예고통지를 하지 않아도 된다는 규정이 신설되었다.
8) (대법원2018두57490, 2020.4.9.) 판결도 위 대법원 판결과 같은 취지로 과세예고통지가 이루어진 후 납세의무자가 과세전적부심사청구를 하였는데, 그 결정이 있기 이전에 이루어진 법인세 부과처분은 납세자의 절차적 권리를 침해하는 것으로서 그 절차상 하자가 중대하고도 명백하여 무효라고 전제한 다음, 구 국세기본법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29534호로 개정되기 전의 것) 제63조의 14 제4항 단서에서 과세전적부심사의 청구에 대한 결정을 하기 전이라도 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정한 구 국세기본법(2018.12.31. 법률 제16097호로 개정되기 전의 것) 제81조의 15 제2항 제3호에서 말하는 ‘국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 미만인 경우’인지의 판단 기준일은 ‘세무조사 결과 통지 및 과세예고통지를 하는 날’일 뿐 피고의 주장과 같이 ‘과세처분일’이라고 볼 수 없다는 원심의 판단은 정당하다고 판시하였다.

과세전적부심사를 거치지 않아도 되는 예외사유에 해당하는 경우에 과세예고통지를 생략할 수 있는지에 관한 견해의 대립이 있다.⁹⁾


다만, ① 헌법 제12조 제1항에서 규정하고 있는 적법절차의 원칙은 모든 국가작용 전반에 대하여 적용되므로 세무공무원이 과세권을 행사하는 경우에도 적법절차의 원칙을 준수하여야 하고(대법원 2014. 6.26. 선고 2012두911 판결 등), 조세법률주의의 원칙상 조세법규는 특별한 사정이 없는 한 법문대로 엄격하게 해석하여야 하며, 이는 납세자의 절차적 권리를 보장하는 국면에서도 마찬가지로 적용된다고 보아야 한다는 점, ② 과세예고통지를 받은 납세자는 과세처분 전에 과세관청에 자신의 의견을 사실상 전달함으로써 과세처분의 오류를 미리 바로잡을 기회를 가질 수 있고, 조기결정신청권을 행사함으로써 가산세를 줄이는 이익을 누릴 수 있는 등 과세전적부심사 외에도 과세예고통지에 관한 일정한 이익을 가진다는 점 등을 고려하면(대법원2023두41659, 2025.2.13.)¹⁰⁾, 과세전적부심사를 거치지 않아도 되는 예외사유 중 하나인 국세부과 제척기간 만료일까지 기간이 3개월 이하인 때(구 국세기본법 제81조의 15 제3항 제3호)에 해당하는 경우에 과세예고통지를 생략할 수 있다고 쉽사리 해석하여서는 안 된다는 대상판결의 판단은 타당하다.


그리고 대상판결은 위 판단과 더불어 위 예외사유 중 하나인 국세부과 제척기간 만료일까지 기간이 3개월 이하인 때에 과세관청이 과세예고통지 없이 과세처분을 하게 된 데에 정당한 사유가 있는 등의 특별한 사정이 있는 경우(즉, 절차적 하자가 경미하다고 볼 수 있는 경우)에는 과세예고통지를 하지 않았다는 사정만으로 과세처분이 위법하게 된다고 평가하기는 어렵고, 위 특별한 사정에 대한 증명책임은 과세관청에 있다는 점을 처음으로 밝혔다는 데에 의의가 있다.¹¹⁾


다만, 어떤 경우에 위 특별한 사정이 있는 것으로 판단되는지 여부에 관한 문제는 여전히 남아 있으므로, 향후 과세관청의 과세실무 및 이에 대한 대법원의 판단을 지속적으로 지켜볼 필요가 있다.
9) 위 예외사유에 해당하는 경우에 과세예고통지를 생략할 수 있다는 견해가 있고(곽태훈, “국세기본법상 과세전적부심사 제도의 현황과 개선방안”, 『인권과 정의』 통권 제459호, 대한변호사협회, 2016., 98면.), 과세예고통지를 생략할 수 없다는 견해가 있다(이중교, 앞의 논문, 287면.).
10) 위 대법원 판결의 취지는 대상판결과 동일하다.
11) 이와 관련하여, 과세예고통지를 생략한 하자의 경우 국세기본법상 특례제척기간 내에 하자를 보완한 후 다시 과세처분을 할 수 있다는 견해가 있으나(김세현, “과세예고 통지 누락과 과세처분의 절차적 위법 여부 – (대법원2015두52326, 2016.4.15.)을 중심으로 -”, 『행정판례연구』 제22권 제2호, 한국행정판례연구회, 2017., 464면.), 이러한 견해가 타당한지 다소 의문이 있다.