1심 판결은 원고의 청구를 기각하였는데, 판결의 요지는 다음과 같다.



“구 지방세법 제105조 제6항에서 말하는 법인의 주식 취득이라 함은, 주식의 취득자가 실질적으로 완전한 내용의 소유권을 취득하는가의 여부에 관계없이 소유권이전의 형식에 의한 주식취득의 모든 경우를 포함하는 것이고, 이 경우 과점주주에게 부과되는 취득세는 주식을 취득함으로써 과점주주가 되었다는 과세요건 사실이 존재함으로써 당연히 발생하는 것이다.



원고가 2009.12.18. 甲으로부터 주식 9,000주를, 乙로부터 주식 6,000주를 각 양수하는 계약을 체결하였고, 주식 등 변동상황 명세서 및 주식·출자지분 양도명세서와 주주명부에 의하면, 원고가 2009.12.18. 甲, 乙로부터 이 사건 회사의 주식을 취득하여 이 사건 회사의 주식 전부를 취득한 것으로 기재되어 있는바, 원고가 甲 및 乙 소유의 주식을 업무 편의상 본인 명의로 등재한 것에 불과할 뿐 실제로는 이를 취득하지 않았다는 점에 대해 증인 丙의 증언만으로 이를 인정하기 부족하다.

원고는 주식 등 변동상황 명세서, 주주명부 등에 이 사건 회사 주식 전부를 취득한 것으로 기재되어 있으므로, 2009.12.18.경 이후 매우 짧은 기간이지만 이 사건 회사의 1인 주주로서 운영을 실질적으로 지배할 수 있는 지위에 있었다고 볼 수 있다.



취득세 납세의무를 부담하는 과점주주라 함은 ‘회사의 운영을 실질적을 지배할 수 있는 지위’, 즉 일정 비율 이상의 주식을 보유한 주주의 지위에 있으면 족한 것으로 보아야 하고, 이에서 나아가 ‘회사의 경영자로서 실제 회사를 운영하는지 여부’는 그 지위에 아무런 영향이 없다고 보아야 한다.”

그러나 2심판결과 대상판결은 1심 판결과 결론을 달리하여 원고의 청구를 인용하였다. 2심판결과 대상판결의 요지는 다음과 같다.



“과점주주는 해당 법인의 재산을 사실상 임의처분하거나 관리·운용할 수 있는 지위에 있게 되어 실질적으로 그 재산을 직접 소유하는 것과 다르지 않다고 보아 위와 같은 과점주주 간주취득세 조항을 둔 것이다. 그러나 이미 해당 법인이 취득세를 부담하였는데 그 과점주주에 대하여 다시 동일한 과세물건을 대상으로 간주취득세를 부과하는 것은 이중과세에 해당할 수 있기 때문에, 모든 과점주주에게 간주취득세를 부과해서는 안 되고 의결권 등을 통하여 주주권을 실질적으로 행사하여 법인의 운영을 사실상 지배할 수 있는 과점주주에게만 간주취득세를 부과하는 것으로 위 조항을 제한적으로 해석하여야 한다. 따라서 주주명부에 과점주주에 해당하는 주식을 취득한 것으로 기재되었다고 하더라도 그 주식에 관한 권리를 실질적으로 행사하여 법인의 운영을 지배할 수 없었던 경우에는 간주취득세를 낼 의무를 지지 않는다고 보아야 한다.



원고가 이 사건 주식을 그 명의로 양수하여 명의개서를 한 것은 주식을 취득하여 주주권을 행사할 의사가 없었는데도 B사의 요청으로 일시적으로 주주명부상 주식을 취득한 것으로 해두었다가 B사에 곧바로 그 명의를 이전하기 위한 것으로 볼 수 있다. 실제로 원고는 자신의 이름으로 명의개서를 한 날부터 6일이 지나 곧바로 이 사건 주식 전부를 B사에 양도하였다. 이 사건 주식을 원고 명의로 양수한 날부터 B사에 양도하기까지의 기간 동안 원고가 B사의 의사에 반하여 이 사건 주식의 주주권을 실제로 행사할 수 있는 지위에 있지 않았다. 이와 같이 원고 명의로 이 사건 주식을 양수한 경위와 목적, 이후 이 사건 주식 양도 경과 등을 종합하면, 원고가 이 사건 주식을 취득하여 그 주식 비율의 증가분만큼 이 사건 회사의 운영에 대한 지배권이 실질적으로 증가함으로써 간주취득세를 부담하는 과점주주가 되었다고 보기 어렵다.



따라서 원고가 이 사건 주식을 취득함으로써 간주취득세를 부담하는 과점주주가 되지는 않으므로, 이와 다른 전제에 있는 이 사건 처분은 위법하다.”

일반적으로 주식의 취득에 대하여는 지방세법상 취득세가 부과되지 아니한다(지방세법 제7조 제1항). 그러자 부동산을 직접 취득하지 않고 부동산을 소유하고 있는 법인의 주식을 취득함으로써 취득세를 회피하고자 하는 시도들이 늘어나게 되었다. 이에 주주 1인과 그와 특수관계에 있는 자들의 소유주식의 합계가 당해 법인의 발행주식총수의 50%를 초과한 자들(과점주주)에 대해 해당 법인 소유의 부동산을 취득한 것으로 간주하여 취득세를 과세하는 과점주주 간주취득세 제도를 도입하였다.

과점주주 간주취득세 제도의 취지는 발행주식총수의 50%를 초과하여 소유하는 과점주주는 그 법인의 재산을 사실상 임의처분하거나 관리·운용할 수 있는 지위에 있어 담세력에 있어서 실질적으로 그 재산을 직접 소유하는 자와 크게 다를 바 없고, 정책적으로도 주식의 분산을 유도하고자 함에 있다고 설명하는 것이 일반적이다.

그러나 이러한 과점주주 간주취득세 납세의무자를 확대하는 것은 경계할 필요가 있다.



즉 법인의 주식을 취득하여 과점주주가 되었다는 사실만으로 법률상 그가 그 법인 소유의 부동산을 직접 소유하였다고 볼 수 없을 뿐 아니라, 그 법인 소유의 부동산을 처분할 수 있는 구체적이고 현실적인 지위를 취득하여 취득세를 부담시킬 만한 새로운 담세력이 발생하였다고 볼 수 있는지에 대해서도 의문이 있다. 또한 과점주주 간주취득세는 법인이 부동산 등을 취득하여 취득세를 납부하였다고 하더라도, 주주가 주식을 50%를 초과하여 취득하게 되면 해당 법인이 취득한 부동산 등을 그 주주가 취득한 것으로 보아 취득세를 재차 납부해야하기 때문에 사실상 이중과세에 해당하는 문제가 있다.



헌법재판소도, 과점주주 간주취득세 조항을 합헌 결정(헌법재판소 2005헌바45, 2006.6.29. 선고 결정)하였지만, “과점주주가 됨으로써 법인 이사의 선임 등 주주권을 행사하여 법인의 의사결정에 직·간접적인 영향력을 행사할 수 있다 하여도 이러한 영향력의 행사가 엄연히 법인과 분리하여 존재하는 개인의 담세력을 보장해주는 것은 아니며 법인에 대한 과점주주의 실질적 지배력이라는 별도 차원의 문제를 들어 법적으로 각기 다른 권리 의무의 주체를 혼동하는 것은 단지 일정한 외관에 의거하여 가공의 취득에 대해, 또는 취득이 귀속되지 않은 자에 대한 과세로서 조세행정의 편의만을 위주로 제정된 불합리한 법률이다”는 반대의견이 있었다.

대법원은 과점주주 간주취득세 납세의무자 범위가 확대되는 것을 경계하는 일련의 판결을 선고하고 있다.

• 
  ①
  (대법원 2018두49376, 2018.11.9.) 선고에서는, 당초 과점주주이던 원고가 다른 사람에게 명의신탁해 두었던 주식을 자신의 명의로 명의개서 하여 주식지분율이 증가된 경우 과점주주 간주취득세 납세의무가 있는지가 문제되었다. 원심은 주주명부상의 주주만이 회사에 대한 관계에서 주주권을 행사할 수 있다는 (대법원 2015다248342, 2017.3.23.) 선고 전원합의체 판결의 법리를 들어 ‘원고가 다른 사람에게 주식을 명의신탁해 둔 상태였다고 하더라도 당시 의결권 등을 통하여 주식에 관한 주주권을 실질적으로 행사하여 법인의 운영을 지배하는 지위에 있었다고 볼 수 없다’는 이유로 간주취득세 과세처분을 적법하다고 보았다. 그러나 대법원은 간주취득세 납세의무를 부담하는 과점주주에 해당하는지 여부는 주주명부상의 주주 명의가 아니라 주주권을 실질적으로 행사하여 법인의 운영을 지배하는지를 기준으로 판단하여야 하며 과점주주의 주식비율이 증가되었는지 여부 역시 주주권을 실질적으로 행사하는 주식을 기준으로 판단하여야 한다고 하면서, 원고 명의로 명의개서를 마친 시기 전후로 원고의 주식 소유비율은 동일하여 명의개서를 통해 과점주주의 주식 비율이 증가된 경우에 해당한다고 할 수 없다고 판단하여 원심 판결을 파기하였다.
  


• 
  ②
  (대법원 2018두44753, 2018.10.4.) 선고는, 워크아웃 과정에서 채권자(금융기관)의 요구조건을 충족시키기 위해 주식을 추가로 매수하였다가 곧바로 채권자에게 의결권 및 경영권포기각서를 제출하게 된 경우에도 과점주주 간주취득세의 요건인 ‘법인의 운영을 실질적으로 지배할 수 있는 지위’를 인정할 수 있는지 여부가 문제된 사안이다. 원심은 기업으로서는 그와 같은 요구를 받아들여 워크아웃절차를 계속 진행할 것인지 아니면 이를 거부하고 회생절차 등으로 이행할 것인지를 선택할 수 있고, 이러한 선택은 해당 기업의 주주들의 의사에 따라 결정되는 것이므로, 그 자체로 기업에 대한 실질적 지배 성격이 인정된다고 판단하였다. 그러나 대법원은 원고의 주식 취득 경위와 목적, 워크아웃 진행 경과, 원고 등이 채권금융기관협의회에 일임·위임하였던 권리의 성격 등을 종합하여 보면, 원고가 주식을 추가 취득하면서 그 주식 비율의 증가분만큼 회사의 운영에 대한 지배권이 실질적으로 증가하였다고 보기 어렵다고 판단하여 원심 판결을 파기하였다.
  

대법원은 종래부터 과점주주 간주취득세 납세의무자에 관하여 형식상 과점주주에 해당하는지 여부만을 기준으로 하는 것이 아니라, 의결권 등을 통해 주주권을 실질적으로 행사하여 법인의 운영을 지배하는지 여부를 중요하게 고려하는 입장을 취하면서, 의결권행사 등을 통하여 주주권을 실질적으로 행사할 수 있는 지위에 있었는지 여부는 개별 사안마다 구체적으로 판단하여 왔다.



대상판결에서도 지적하고 있는 바와 같이, 이미 해당 법인이 취득세를 부담하였는데 그 과점주주에 대하여 다시 동일한 과세물건을 대상으로 과점주주 간주취득세를 부과하는 것은 이중과세에 해당할 수 있으므로 과점주주 간주취득세의 적용범위를 함부로 넓히는 태도는 경계할 필요가 있다. 이 점은 개별사항에서 주주권을 실질적으로 행사할 수 있는 지위에 있었는지 여부를 판단함에 있어서도 마찬가지로 고려하여야 할 것으로 생각된다.



대상판결은 과점주주 간주취득세의 적용범위를 확대하는 것은 이중과세의 면에서나 담세력의 면에서 문제가 있음을 분명히 하면서, 단순히 과점주주의 형식만 가지고 있었을 뿐 과점주주의 실질을 가지지 못한 경우에는 과점주주 간주취득세의 적용대상이 아니라는 종전의 입장을 다시 한 번 확인하였다. 대법원의 입장과 같이 과점주주 간주취득세의 적용범위는 최소한으로 제한됨이 타당할 것이다.