종합부동산세법 시행령 제4조의2, 종합부동산세법 시행령 제5조의3(이하 “이 사건 시행령”), 종합부동산세법 시행규칙 제5조 제2항 별지 제3호 서식 부표(2) 중 작성방법에 기재된 계산식에서 정한 공제되는 재산세액 산식(이하 “이 사건 시행규칙 산식”, 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용)을 적용하여 종합부동산세를 산출하는 경우 재산세액을 납부한 과세표준에 대하여 일부 종합부동산세를 이중으로 납부하게 된다. 대상 결정은 위 산식을 적용하여 신고납부한 종합부동산세에 관하여 이는 이 사건 시행규칙 산식에 따른 것이 아니라 이 사건 시행령에서 정한 산식에 따라 납부된 것이며, 이 사건 시행령은 위임입법 범위를 벗어나지 않았으므로, 경정청구를 거부한 처분은 위법하지 않다고 한다. 또한, 대상 결정의 논리는 조세심판원 (조심2019인3363, 2019.12.03.), (조심2019인2961, 2019.12.24.) 등 유사한 사례에서 동일하게 적용되고 있다. 그러나 대상 결정은 시행령이 위임받은 범위에 관하여 오해하고 있으므로, 조세심판원 결정에 대해 간략히 소개하고, 이에 대한 필자의 개인적인 견해를 밝히고자 한다.

이 사건 시행령은 이 사건 구 시행령의 의미를 “공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율 중 적은 비율만 적용”하는 방식으로 해석해야 한다는 (대법원2012두2986, 2015.06.23.) 판결에도 불구하고, 이를 회피하기 위하여 이 사건 시행규칙에 규정되어 있던 “종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용”하는 방식으로 구체화한 것이다. 이는 이 사건 시행규칙이 종합부동산세법에서 재산세액을 공제하는 취지에 반하며, 이 사건 시행규칙에 의해 이중과세 문제가 발생하므로 “공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율 중 적은 비율만 적용”해야 한다는 대법원의 판단을 무시한 개정이다.

그럼에도 불구하고 조세심판원은 이 사건 대통령령이 직접적으로 위법하다는 판단을 받은 바 없다는 측면에 기대어 종합부동산세 개정취지 및 이중과세에 대한 구체적인 판단 없이 기계적으로 과세관청의 판단이 적법하다는 취지로 일관하고 있다. 결국 이에 대한 판단은 (서울고법2018누47310, 2019.04.03.) 판결에 대한 대법원 판단이 선고되어야 정리될 것으로 보인다.

하지만 이에 대한 대법원의 판단이 나오더라도 불복을 하지 못한 납세자의 부당이득반환 청구 소송이 이어질 수 있다. 기존 대법원 판결에 따르면, 이 사건 시행령에 기초한 과세처분 당시 법령의 해석에 다툼의 여지가 있다고 판단하여 중대·명백설에 따라 처분의 하자가 명백하지 않다고 판단할 가능성이 있다.⁵⁾ 또한, 이 사건 시행령 산식이 종합부동산세 개정취지에 반하고, 이중과세문제가 있다는 점을 인식하고 이를 대통령령으로 개정하였음에도, 대법원 판결 선고 시 이 사건 시행령이 위법하다는 점이 명백해진다고 판단하여 이를 기준으로 부당이득금에 대한 환급가산금 및 지연이자에 관하여 결정할 가능성이 있다[(대법원2017다242409, 2018.07.19.) 판결 참조]. 부디 법원이 위법한 내용을 기존 대법원 판결을 통해 인식하였음에도 대통령령으로 개정한 내용에 대하여 공정한 판결을 내리기를 기대한다.⁶⁾