• 가.
  청구법인은 수도권 외의 지역에서 포장기계 제조업을 영위하는 법인으로, 조특법 제7조 제1항 제2호 다목에 따른 2017과세연도 중소기업 특별세액감면을 적용함에 있어서 감면비율 30%를 적용하여 법인세를 신고하였다.
  


• 나.
  OOO지방국세청장은 2018. 11. 12.부터 2018. 11. 29.까지 처분청에 대한 감사를 실시하여, 청구법인의 2017과세연도 매출액이 100억원 이상으로 2016. 2. 5. 대통령령 제26959호로 개정되기 전·후의 조특법 시행령(2016. 2. 5. 개정 전 시행령을 이하 “종전 시행령”이라 하고, 개정 후 시행령을 이하 “개정 시행령”이라 하고 합하여 이하 “조특법 시행령”이라 한다) 제6조 제5항에 따른 소기업에 해당하지 아니하여
  조특법 제7조 제1항 제2호 바목에 따른 감면비율 15%의 적용대상이라는 감사지적을 처분청에 하였고, 처분청은 이에 따라 2019. 4. 5. 청구법인에게 2017사업연도 법인세 OOO을 경정·고지(이하 “이 사건 처분”이라 한다)하였다.
  


• 다.
  청구법인은 이에 불복하여 2019.5.31. 심판청구를 제기하였다.
  

기획재정부에서 2016년에 발간한 ‘2015 간추린 개정세법 해설’책자에 따르면, 아래 <표 1>과 같이 조특법 시행령 제6조 제5항의 개정 취지가 소기업 판단기준에 있어
소기업이 고용을 늘리더라도 세제지원이 유지될 수 있도록 매출액 기준으로 일원화하는 데 있다고 하면서 그 적용시기는 2016. 1. 1. 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용하고, 경과조치로 종전 시행령에 따라 소기업에 해당했던 기업이 동 개정에 따라 소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우는 2019. 1. 1.이 속하는 과세연도까지 소기업 유예기간을 적용한다고 하고 있다.

법령을 제정·개정하거나 폐지함에 있어 경과조치를 두는 가장 중요한 취지는 국민이 종전에 정착된 행정법 질서 내의 계속적인 법률관계나 제도가 장래에도 지속될 것이라는 합리적인 신뢰를 바탕으로 개인이 법적 지위형성을 다져왔을 때에는 그 장래에 있어서의 예측가능성, 법적안정성과 신뢰를 국가가 되도록 보호하기 위한 것(헌법재판소 1992. 10. 1. 선고 92헌마68·76 결정)인바, ① 개정 쟁점부칙의 “법률 제13560호 「조세특례제한법」 일부개정법률 시행 당시”를 청구주장대로 2016. 1. 1.로 특정하게 되면 2015. 12. 31. 이전에 소기업이었던 법인은 2016. 1. 1. 이후 중기업으로 성장하게 되더라도 2019. 1. 1.이 속하는 과세기간까지 약 4년 동안 매출액 등과 무관하게 소기업 적용을 받는 혜택을 얻게 되나, 2015. 12. 31. 이전에 중기업이었다가 2016사업연도 이후에 종전규정에 따른 소기업에 해당하게 된 법인들은 소기업 적용에 따른 세제 혜택을 받을 수 없게 되어 이익의 침해를 받을 소지가 있으므로 기존 감면제도의 틀을 유지하면서
개정규정의 시행 시기를 유예하기 위해서는 “법률 제13560호 조특법 일부개정법률 시행 당시”는 유예기간 전체로 해석하는 것이 타당한 것으로 보이는 점, ② 청구법인은 2017사업연도 매출액이 100억원 이상으로 종전규정에 따른 소기업 기준을 초과한 점 등에 비추어, 처분청이 중소기업특별세액감면 적용을 배제하여 청구법인에게 2017사업연도 법인세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다[(조심2019중384, 2019.06.05.), 같은 뜻임].

(1) (사전법령법인-217, 2017.05.12.), (서면법령법인-1463, 2018.05.24.), (서면소득-1311, 2018.10.15.), (서면법령법인-1463, 2018.05.24.)

법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률(이하 ‘일부개정법률’) 시행일(2016. 1. 1.)이 속하는 직전 과세연도에 「조세특례제한법 시행령(2016.2.5. 대통령령 제26959호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘종전 시행령’)」 제6조 제5항에 따른 소기업에 해당하는 법인이 일부개정법률 시행일이 속하는 과세연도 이후에 같은 법 시행령(2016. 2. 5. 대통령령 제26959호로 개정된 것, 이하 ‘개정 시행령’) 제6조 제5항에 따른 소기업에 해당하지 않고, 종전 시행령에 따르더라도 소기업에 해당하지 않는 경우 개정 시행령 부칙 제22조(소기업의 범위에 관한 경과조치)의 적용대상에 해당하지 않는 것임.

(1) 기획재정부 (조세특례제도과-266, 2018.04.06.)

조세특례제한법 시행령(2016.2.5. 대통령령 제26959호로 개정된 것) 부칙 제22조의 규정은 법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률
시행일(2016. 1. 1.)이 속하는 직전 과세연도에 「조세특례제한법 시행령(2016.2.5. 대통령령 제26959호로 개정되기 전의 것)」 제6조 제5항에 따른 소기업에 대하여 적용하는 것임.


(2) 기획재정부 (조세특례제도과-751, 2019.12.24.)
2015 과세연도에 종전규정에 따른 소기업에 해당하는 기업이 개정규정 시행 이후 2019. 1. 1. 속하는 과세연도까지 각 과세연도별로 개정규정에 따라 소기업에 해당하지 않으나, 종전규정에 따른 소기업에 해당하는 경우 개정부칙에 따른 소기업에 해당하는 것임.

(1) 인용사례(조심2017전4105, 2018.02.12.)

2016. 2. 5. 대통령령 제26959호로 개정된 조특법 시행령 부칙 제22조에서 경과조치 적용대상 소기업이 개정 조특법 시행 당시(2016. 1. 1.) 종전의 제6조 제5항에 따라 소기업에 해당되었던 기업이라고 하고 있어, 2016년도 매출액이나 종업원 수가 확정되지 아니한
2016. 1. 1. 당시에는 종전 규정에 의한 소기업 기준인 매출액과 종업원 수를 직전 사업연도인 2015년 말을 기준으로 하여 산정하고 이에 따라 소기업 해당 여부를 판단하는 것이 합리적이라 보이므로, 처분청이 개정된 조특법 시행령 부칙의 경과조치 규정을 해석함에 있어 2016사업연도 매출액을 기준으로 하여 종전 규정에 의한 소기업 해당 여부를 판단한 것은 잘못이 있다고 판단된다.


(2) 기각사례[(조심2018중4073, 2018.11.23.), (조심2018중4073, 2018.11.23.), (조심2018중4073, 2018.11.23.) 외 다수]

청구법인은 개정 조특법 시행령에 대한 부칙 제22조 “개정법률 시행 당시 종전규정에 따라 소기업에 해당되었던 기업”에서 “시행 당시”를 2016. 1. 1.로 보아야 하고, 이 경우 2016. 1. 1. 당시에는 2016년의 매출액이 아직 확정되지 아니하였기에 2015년 매출액을 기준으로 소기업 여부를 판단하여야 한다고 주장하나, 기업의 소득세 및 법인세는 해당 과세기간의 매출액 등을 기준으로 하여 적용하고, 개정법률의 시행일인 2016. 1. 1. 현재의 기업의 지위는 2016. 1. 1.이 속하는 과세기간에는 동일하게 적용되는 것이므로 개정 조특법 시행령 부칙 제22조의 “시행 당시”의 기업의 지위는 2016. 1. 1.이 속하는 과세기간의 매출액 등을 기준으로 결정됨이 타당해 보이는 점, 조세법의 입법취지는 과세기간이 되는 해당 사업연도의 종료일을 기준으로 과세표준의 크기를 확정하여 적정한 세액을 산출하기 위함인데 2016. 1. 1. 시점에 매출액이 확정되지 않아 불가피하게 2015년 매출액을 기준으로 소기업 해당여부를 살펴야 한다고 판단할 법적 근거가 없는 점, 부칙 규정 중 개정규정의 적용방법에 관하여 규정하는 ‘적용례’와는 달리, ‘경과규정’은 법령 개정 과정에서 발생할 수 있는 법적 불안정 및 기존 납세자 이익의 침해 등을 방지하기 위하여 종전규정의 과도기적인 적용방법에 대한 내용을 담고 있는 규정인바, 청구법인이 2016년에 기존 이익이 침해되는지 여부는 2016사업연도에 대해 종전규정을 적용하였을 경우 소기업 혜택을 누릴 수 있었는지 여부로 판단함이 타당하며, 만일 청구주장처럼 2015년 기준으로 판단할 경우에는 이미 2015사업연도에 소기업의 이익을 향유한 사업자에 대하여 법령 개정에도 불구하고 추가적으로 향후 4년간 조세특례의 이익을 보장해주게 되어 경과규정의 취지에 부합하지 아니한 점,

본법인 「조세특례제한법 시행령」 제6조 제5항은 종전규정이나 개정규정 모두 일정 규모를 초과하면 별도의 유예기간 없이 바로 소기업에서 제외하고 있음을 감안하면, 개정규정의 구체적인 적용방법을 정하였을 뿐인 경과조치가 본법을 압도하여 본법에서 규정하지 아니한 4년의 유예기간이 발생한다고 보기 어려운 점, 청구주장에 따를 경우 2015. 12. 31. 이전에 소기업이었던 법인은 2016. 1. 1. 이후 중기업으로 성장하더라도 무조건 4년의 유예기간이 적용되어 2019사업연도까지 과도한 조세혜택을 누리게 되는 반면, 2015. 12. 31. 이전에 중기업이었다가 2016사업연도에 종전규정에 의한 소기업에 해당하는 다른 법인들에게는 조세혜택이 과도하게 제한되는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

이 사건 부칙조항은 위 시행령이 개정된 2016. 2. 5.이 속하는 2016 과세연도에 만약 위 시행령이 개정되지 아니하였다면 종전규정에 따라 계속 소기업에 해당하여 세액감면을 받을 수 있었는데 위 시행령의 개정으로 인하여 더 이상 소기업의 요건에 해당하지 아니하게 된 기업을 그 적용대상으로 한다고 봄이 타당하다.


원고들이 운영하는 OO기업은 2015 과세연도에 매출액이 74억원, 상시 종업원수가 71명이어서 종전규정에 따라 소기업에 해당되었으나, 2016 과세연도에 매출액이 126억원으로 증가하여 개정규정은 물론 종전규정에 따르더라도 소기업에 해당하지 아니하게 되었는바, OO기업은 이 사건 부칙조항의 적용대상에 포함되지 아니하여 중소기업특별세액 감면을 받을 수 없다.

• 가.
  기획재정부의 2018. 4. 6.자 최초 해석(조세특례제한과-266)은 쟁점부칙을 적용함에 있어 개정 조특법 시행일인 2016. 1. 1.이 속하는 직전 과세연도(2015년)에 종전 시행령에 의한 소기업에 대하여 적용하는 것으로 원론적·합리적으로 해석하였다가, 2019. 12. 24.자 해석(조세특례제한과-7561)에서는 2016. 1. 1. 당시 해당 기업이 종전 시행령에 의한 소기업에 해당하는 기업은 2019. 1. 1.까지 규모가 증가하여도 소기업으로 인정한다는 것이 아니라, 2016. 1. 1. 종전 시행령에 의한 소기업이 2019. 1. 1.이 속하는 과세연도까지 매 과세연도에 개정 시행령에 의해 소기업에 해당하지 않지만 종전 시행령으로 소기업을 유지한다면 소기업으로 인정하겠다는 것으로 그 해석을 변경한 것으로 보인다.
  


• 나.
  조세심판원(조심2017전4105, 2018.02.12.)은 쟁점부칙에서 경과조치 적용대상 소기업이 개정 조특법 시행 당시(2016. 1. 1.) 종전의 제6조 제5항에 따라 소기업에
  해당되었던 기업이라고 하고 있어, 2016년도 매출액이나 종업원 수가 확정되지 아니한 2016. 1. 1. 당시에는 종전 시행령에 의한 소기업 기준인 매출액과 종업원 수를
  직전 사업연도인 2015년 말을 기준으로 하여 산정하고 이에 따라 소기업 해당 여부를 판단하는 것이 합리적이라 하여 ‘인용’결정하였다가, 최근 그 입장을 변경[(조심2018중4073, 2018.11.23.) 외 다수]하여 개정 조특법 시행일인 2016. 1. 1. 현재의 기업의 지위는 2016. 1. 1.이 속하는 과세기간으로 하고, 개정 시행령의 시행 시기를 유예하기 위해서는
  유예기간 전체로 해석하는 것이 타당하다고 보아, 아래 <표 2>의 국세청의 해석과 같이 설령, 2016년 귀속이 종전 시행령에 의하여 소기업에 해당된다고 하더라도, 이후 2019년 경과기간 중에도 매년 종전 시행령에 의하여 소기업에 해당되어야 한다고 해석·결정하였고, 현재까지의 1·2 법원[(서울행법2018구합76910, 2019.04.18.) 판결, (서울고법2019누43261, 2019.01.11.) 판결, 현재 대법원 계류 중]도 이와 같은 취지로 판결하였다.
  

• 가.
  국세청과 기획재정부의 유권해석 및 대상 심판결정 등은 관련 쟁점부칙 법령의 집행 있어서 확장해석으로서 조세법률주의의 원칙에 반한다고 볼 수 있다.
  
  헌법 제38조는 “모든 국민은 법률이 정하는 바에 의하여 납세의 의무를 진다.”고 규정하고, 제59조는 “조세의 종목과 세율은 법률로 정한다.”고 규정함으로써 조세법률주의를 채택하고 있다. 이러한 조세법률주의의 원칙은 과세요건 등은 국민의 대표기관인 국회가 제정한 법률로써 규정하여야 하고 그 법률의 집행에 있어서도 이를 엄격하게 해석·적용하여야 하며 행정편의적인 확장해석이나 유추적용은 허용되지 않음을 의미하므로, 법률의 위임이 없이 명령 또는 규칙 등의 행정입법으로 과세요건 등에 관한 사항을 규정하거나 법률에 규정된 내용을 함부로 유추·확장하는 내용의 해석규정을 마련하는 것은 조세법률주의의 원칙에 반한다[(대법원86누694, 1987.09.22.) 전원합의체 판결, (대법원2007두3480, 2009.10.22.) 전원합의체 판결 등].
  
  조세법률주의의 요청에 기해 조세법 해석은 1차적으로 엄격한 문리해석을 행하여야 하며, 제한된 범위 내에서만 목적론적 해석 등 다른 해석 방법을 허용할 뿐이다. 문리해석이란 문언에 충실한 해석을 하고 유추해석과 확장해석을 금지하는 것을 말한다. 납세자에게 유리하다고 함부로 유추해석이나 확장해석을 허용한다면 조세법의 기본이념인 공평과세의 원칙에 반하는 결과가 초래될 수 있다. 따라서 조세법령은 과세요건은 물론 비과세 또는 감면요건도 엄격하게 해석되어야 한다.^*5)
  
  *5) 김외석, 조세법률주의와 조세법의 해석, 지방세연구 통권 제179호, 2009, 6쪽.
  
  
  


• 나.
  쟁점부칙을 살펴보면, “법률 제13560호 조특법 일부개정법률 시행 당시(2016. 1. 1.) 종전의 제6조 제5항에 따라 소기업에
  해당되었던 기업이 법률 제13560호 조특법 일부개정법률 시행 이후 제6조 제5항의 개정규정에 따른 소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 제6조 제5항의 개정규정에도 불구하고 2019년 1월 1일이 속하는 과세연도까지 소기업으로 본다.”고 규정되어 있다.
  
  위 쟁점부칙의 ‘시행 당시’는 글자 그대로 법률 제13560호 조특법 일부 개정 법률이 시행된 때가 2016. 1. 1.이므로 이를 2016. 1. 1.이 속하는 기간이나
  유예기간(2016 ~ 2019년) 전체로 하여 임의로 확대해석하는 것이 타당하지 않다고 보인다.
  
  쟁점부칙에 종전 시행령에 의해 소기업에 해당되었던 기업이라고 규정되어 있어 기간과세 세목인 「소득세법」이나 「법인세법」상 2016년도의 매출액이나 종업원 수가 확정되지 아니한
  2016. 1. 1. 당시에는 종전 시행령에 의한 소기업 기준인 매출액과 종업원 수를 직전 사업연도인 2015년 말을 기준으로 하여 산정하여 소기업 해당 여부를 판단하는 것이 상식적이고 합리적인 해석이라 보인다.
  
  
  


• 다.
  또한, 쟁점부칙 규정에 대하여는 기획재정부의 ‘소기업 판단기준’에 대한 개정 취지에서도 밝힌 바와 같이 「중소기업법 시행령」(2015. 6. 30. 개정, 2016. 1. 1. 시행)의 개정내용과 정확히 일치시킨 규정으로서 당시 「중소기업법 시행령」개정 부칙 제2조를 보면, “제2조(기존 소기업에 관한 특례) 제8조 및 별표 3의 개정규정에도 불구하고
  이 영 시행 당시 종전의 규정에 따라 소기업에 해당하였던 기업이 이 영 시행 이후 제8조 및 별표 3의 개정규정에 따른 소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는
  2019년 3월 31일까지 소기업으로 본다.”고 규정된 바와 같으므로 쟁점부칙 규정을 해석함에 있어 당시의 「중소기업법 시행령」과 달리 해석할 수는 없다고 본다.
  
  
  


• 라.
  아울러 현행 세법 경과 부칙 규정 중에서 당해 부칙에서 정한 유예기간 중에 매년 적용여부를 판정해야 하는 규정은 없으며, 만약 쟁점부칙 규정을 처분청과 조세심판원의 해석대로 하려면 쟁점부칙을 “~시행 기간 중에 종전의 제6조 제5항에 따라 소기업에 (해당되었던이 아니라)
  해당되는 기업이~”라고 규정되어 있어야 할 것이다.^*6)
  
  *6) 배택현의 앞의 책, 310쪽.