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세관장의 감액경정처분에 따라 수입신고를 하여온 납세자에게 귀책을 이유로 수정수입세금계산서 발급을 거부할 수 없어

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요점

세관장의 감액경정처분에 따라 수입신고를 하여온 납세자에게 귀책을 이유로 수정수입세금계산서 발급을 거부할 수 없어

해설








| 요약 |
대상판결에서는 원고가 지급한 로열티를 수입신고 가격에 가산할 것인지에 대한 질의 및 경정청구에서 세관이 가산대상이 아니라는 취지로 감액경정을 한 후 원고의 사실관계 설명이 잘못되었다는 이유로 감액경정을 번복하고 가산세 부과 및 수정수입세금계산서 발급을 거부할 수 있는지가 쟁점이 되었다.

물품의 수입자가 신고한 관세의 과세가격이 달라져 수정신고를 하면 세관장이 이를 반영하여 수정수입세금계산서를 발급하고, 수입자는 이와 같은 수정수입세금계산서를 토대로 후속 부가가치세를 처리하게 된다. 그런데 부가가치세법 개정으로 과세당국이 수입재화에 대한 부가가치세 과세표준 또는 세액을 결정ㆍ경정하거나, 수입자가 관세조사 등이 있어 과세표준 또는 세액을 결정ㆍ경정할 것을 미리 알고 수정신고하는 경우 등 원고의 귀책사유가 있는 경우에는 세관장이 수정수입세금계산서를 발급할 수 없게 되었다.

대법원은, 이 사건 증액경정의 대상이 된 원고의 이 사건 물품에 대한 수입신고는 실지조사권을 가진 세관장이 이 사건 경정청구를 심사한 후 인용한 당초 감액경정에 따른 것이므로, 그 후 이에 관하여 이 사건 증액경정이 있었더라도 과세가격에 로열티를 가산하기 위한 요건이 충족되었는지 여부에 대하여 법리상 다툴 수 있는 여지가 있으므로 원고에게 구 부가가치세법 제35조 제2항 (다)목 소정의 귀책사유가 있다고 볼 수 없고, 로열티를 수입물품의 과세가격에 가산하지 않고 관세 등을 신고한 점에 관해 원고에게 그 의무를 게을리한 점을 비난할 수 없는 정당한 사유가 있다고 판단하였다.

대상판결은 로열티가 수입신고 가격에 가산되는지에 관해 관세법 제30조 제1항 제4호 소정의 관련성 및 거래조건성 요건 충족 여부 판단을 위한 납세의무자의 과세자료 제출의무의 정도 및 과세관청의 증명책임, 나아가 수정수입세금계산서 발급 및 관세법상 가산세 면제대상에 대한 법리를 상세히 밝혀 중요한 선례로서의 의미가 있다.



사실관계


원고는 1998.1.8. A와 위탁수입 및 배송계약(이하 ‘이 사건 위탁수입계약’이라고 한다)을 체결한 후 식품류 및 기타 소모품을 수입하여 A에 공급하였다.

A는 미국 법인인 B와 라이선스 계약(이하 ‘이 사건 라이선스 계약’이라고 한다)을 체결하고, B의 레스토랑 운영 시스템을 사용하는 대가로 B에 총매출액의 5%에 해당하는 로열티(이하 ‘이 사건 로열티’라고 한다)를 지급하였다.

원고는 2008.1.2.부터 2010.12.30.까지 C가 제조한 냉동감자(이하 ‘이 사건 물품’이라고 한다)를 D로부터 수입하여 A에 전부 공급하면서, 이 사건 로열티를 이 사건 물품의 과세가격에 가산하여 관세 및 부가가치세를 신고ㆍ납부하였다.

원고는 2011.8.8. 및 2012.1.13. 천안세관장에게, 2011.8.10. 창원세관장에게 ‘이 사건 로열티가 이 사건 물품의 과세가격에 가산될 수 없다.’는 이유로 위와 같이 신고ㆍ납부된 관세 및 부가가치세 중 이 사건 로열티에 상당하는 세액의 환급을 구하는 경정청구를 하였다(이하 이를 통틀어 ‘이 사건 경정청구’라고 한다). 천안세관장은 2012.1.16. 및 2012.3.2., 창원세관장은 2012.3.19. 이 사건 경정청구 중 경정청구 기간이 지나지 않은 수입신고분에 대한 경정청구를 인용하였다(이하 이를 통틀어 ‘당초 감액경정’이라고 한다).



원고는 당초 감액경정 이후 2014.5.경까지 이 사건 물품을 수입하면서 이 사건 로열티를 이 사건 물품의 과세가격에 가산하지 않은 채 피고를 포함한 통관지 세관장에게 관세 및 부가가치세를 신고ㆍ납부하였다.서울세관장은 2014.3.3.부터 2014.3.21.까지 원고에 대하여 관세조사(이하 ‘이 사건 조사’라고 한다)를 한 후, 2014.6.26. 원고에게 ‘이 사건 로열티가 이 사건 물품의 과세가격에 가산되어야 한다.’는 내용의 관세조사 결과를 통지한 다음, 원고가 당초 감액경정으로 환급받은 관세 및 부가가치세 본세 합계 930,747,870원과 당초 감액경정 이후 2014.5.경까지 수입신고된 이 사건 물품에 대한 이 사건 로열티 미가산분 상당의 관세 및 부가가치세 본세 합계 1,748,351,760원을 경정ㆍ고지하였다(이하 ‘이 사건 증액경정’이라고 한다).

원고는 이 사건 증액경정에 따른 관세 및 부가가치세 본세를 납부하였고, 위와 같이 경정ㆍ납부된 부가가치세 세액에 대하여 수정된 수입세금계산서(이하 ‘수정수입세금계산서’라고 한다)가 원고에게 발급되었다.

감사원은 2016. 1.경 서울세관에 대한 감사를 실시한 후, 원고가 이 사건 경정청구 과정에서 이 사건 위탁수입계약이 종료되었다고 사실과 다르게 설명하였을 뿐 아니라 C의 모회사 E와 B의 아시아ㆍ태평양ㆍ중동지역 총괄법인인 F 사이에 작성된 거래관계 및 비밀유지 약정서(이하 ‘이 사건 약정서’라고 한다) 등을 제출하지 않는 등 원고에게 귀책사유가 있다고 본 다음, 서울세관장에게 위 수정수입세금계산서의 발급을 취소하도록 요구하였다.

서울세관장은 감사원의 지적에 따라 피고를 포함한 통관지 세관장에게 위 수정수입세금계산서의 발급을 취소하도록 통보하였고, 피고는 2016.2.2. 이 사건 증액경정에 따른 부가가치세 합계 161,621,380원에 대한 각 수정수입세금계산서의 발급을 취소하였다.

원고는 2016.3.24. 피고에게 위 각 수정수입세금계산서의 재발급을 신청하였으나, 피고는 2016.3.28. 이를 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다).



쟁점의 정리


부가가치세법 제35조 제1항은 세관장이 수입하는 재화에 대하여 부가가치세를 징수할 때에는 수입하는 자(이하 ‘수입자’라고 한다)에게 수입세금계산서를 발급하도록 정한다. 같은 조 제2항은 제2호 다목에서 세관장이 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정할 때 수입자가 자신의 귀책사유 없음을 증명하는 경우에는 수정수입세금계산서를 수입자에게 발급하도록 정한다.

당초 감액경정 후 이 사건 증액경정이 이루어진 상황에서, 원고는 증액경정에 따른 부가가치세에 대한 수정수입세금계산서를 발급받았다. 하지만 이후 서울세관장은 감사원의 지적에 따라 수정수입세금계산서의 발급을 취소하였다. 원고는 수정수입세금계산서의 재발급을 신청하였으나 거부당하였는데, 수정수입세금계산서 발급과 관련하여 원고에게 구 부가가치세법 제35조 제2항 제2호 다목에서 말하는 귀책사유가 있는지 여부가 문제된다.



판결의 요지


원심판결


원심은 다음과 같은 사정을 들어 원고에게 구 부가가치세법(2015.12.15. 법률 제13556호로 개정되기 전의 것) 제35조 제2항 제2호 다목의 귀책사유가 있다고 판단하였다.

① 원고는 과거 관계회사가 동일한 구조의 배송대행계약에 따라 오이류를 수입하였을 때의 대법원 판결을 통해 이 사건 로열티가 이 사건 물품의 과세가격에 가산될 수 있음을 알았거나 알 수 있었는데도 불구하고 경정청구를 하였다는 점, ② 이 사건 경정청구 당시 이 사건 위탁수입계약과 이 사건 라이선스 계약이 상호 간의 독립된 계약이고, 이 사건 물품에 무형재산권이 체화 또는 구현되지 않았다고 사실과 다르게 설명하였다는 점, ③ 천안세관장이 이 사건 경정청구 과정에서 원고에게 ‘이 사건 위탁수입계약의 사본과 해당 계약이 만료된 경우 추가로 체결한 계약서 사본 또는 구두 약정에 관한 자료’를 제출하도록 요청하자, 원고가 천안세관장에게 이 사건 위탁수입계약의 사본, 가격합의서(Pricing Protocol), 이 사건 물품의 제품사양설명서(Product Specification)를 제출하였고, 이로 인하여 천안세관장은 이 사건 위탁수입계약이 종료되었다는 착오에 빠졌다는 점, ④ 원고는 이 사건 물품의 생산자인 C, 그 모회사인 E, B 사이의 지분 또는 계약관계를 별다른 어려움 없이 파악할 수 있었음에도 불구하고, 이를 천안세관장에게 알리지 않았다는 점, ⑤ 원고는 이 사건 경정청구에서 천안세관장에게 이 사건 약정서를 제출하지 않은 반면, 서울세관장은 이 사건 조사 당시 A로부터 이 사건 약정서를 제출받은 점, ⑥ 원고는 이 사건 조사 당시 서울세관장에게 확인서(이하 ‘이 사건 확인서’라고 한다)를 제출하였는데, 이 사건 확인서에 따르면 원고는 1998년경부터 D로부터 이 사건 물품 등을 수입하였고, D와 이 사건 물품에 관한 수입가격 협상을 하지 않았으며, 매월 A 또는 D로부터 수입가격을 통보받았다는 점

대상판결


대상판결은 아래와 같은 사정을 종합하여 이 사건 증액경정의 대상이 된 원고의 이 사건 물품에 관한 수입신고는 실지조사권을 가진 세관장이 이 사건 경정청구를 심사한 후 인용한 당초 감액경정에 따른 것이므로, 그 후 이에 관하여 이 사건 증액경정이 있었더라도 원심이 든 이유만으로는 당초 감액경정에 따라 수입신고를 한 원고에게 구 부가가치세법 제35조 제2항 제2호 (다)목에서 말하는 귀책사유가 있다고 볼 수 없다고 판단하였다(대법원은 같은 날 2020.12.24. 선고 2019두54023 판결을 통해 가산세 면제에도 정당한 사유가 있다고 판단하였다).



  • 이 사건은 원심이 언급한 대법원 판결의 사안과 사실관계가 동일하다고 볼 수 없고, 설령 그 사실관계가 유사하더라도 납세의무자인 원고로서는 이 사건 로열티가 이 사건 물품의 과세가격에 가산되어야 하는지에 대해서 위 판결의 법리를 다툴 수도 있으므로, 이 사건 경정청구를 하였다는 사정만으로 원고에게 귀책사유가 있다고 볼 수는 없다.



  • 이 사건 위탁수입계약과 이 사건 라이선스 계약은 당사자가 다를 뿐 아니라 계약의 효력 또는 존속 여부가 서로 연관되어 있지 않으므로, 원고가 이 사건 경정청구 과정에서 위 계약들이 상호 간에 독립된 계약이라고 설명하였더라도 이를 사실과 다른 주장이라고 보기 어렵다. 또한 이 사건 물품에 무형재산권이 체화 또는 구현되었는지에 대해서 법리상 다툴 수 있는 여지가 있는 이상, 원고가 이 사건 경정청구 과정에서 이 사건 물품에 무형재산권이 체화 또는 구현되지 않았다고 설명하였더라도 이를 원고의 귀책사유라고 볼 수 없다. 더욱이 이 사건 위탁수입계약에는 원고가 A를 위하여 위탁수입을 한다는 내용이 명시되어 있고, 이 사건 경정청구서에는 A가 B에 이 사건 로열티를 지급하는 사실관계가 나타나 있으므로, 위와 같은 원고의 설명이 천안세관장의 착오를 일으켰다고 할 수도 없다.



  • 원고가 이 사건 경정청구 과정에서 천안세관장의 요구에 따라 이 사건 위탁수입계약의 사본과 가격합의서 등을 제출하기는 하였으나, 이 사건 위탁수입계약이 종료되었다고 명시적으로 주장한 사실은 없다. 또한 이 사건 위탁수입계약에는 계약시행일만 기재되어 있을 뿐 계약존속기간이나 종료일은 기재되어 있지 않다. 그리고 가격합의서에는 이 사건 위탁수입계약의 존속을 전제로 원고와 A 사이에서 배송료 등을 산정하기 위한 세부 항목이 기재되어 있을 뿐이어서, 이를 이 사건 위탁수입계약이 종료된 후 새로 체결된 계약으로 보기도 어렵다. 따라서 원고가 이 사건 경정청구 과정에서 위와 같은 서류를 제출하였다는 사정만으로 천안세관장으로 하여금 이 사건 위탁수입계약이 종료되었다는 착오를 일으켰다고 할 수 없다.



  • 원고가 이 사건 경정청구 과정에서 천안세관장에게 제출한 제품사양설명서와 C 설명서에는 C, E, F가 명확히 기재되어 있어서 원고가 이들의 존재를 천안세관장에게 알리지 않았다고 볼 수 없다.



  • 원고는 이 사건 경정청구 과정에서 C 및 D가 B와 지분 또는 계약 관계를 맺지 않았다고 밝혔다.



  • 이 사건 약정서는 이 사건 경정청구 이후인 2012.1.31. E와 F 사이에 작성되었으므로, 계약 당사자가 아닌 원고가 이 사건 경정청구 과정에서 이 사건 약정서의 존재를 알았다고 보기 어렵다. 설령 이 사건 약정서의 존재를 알았더라도, 계약 당사자가 아니고 조사권한도 없는 원고가 E 또는 F로부터 이 사건 약정서를 입수하여 천안세관장에게 제출할 것을 기대할 수는 없다.



  • 이 사건 확인서는 이 사건 조사 당시인 2014.3.경 서울세관에 제출된 것이고 이 사건 위탁수입계약 및 가격합의서와 같은 내용이어서, 원고가 이 사건 확인서를 이 사건 경정청구 당시에 제출하지 않았더라도 원고에게 귀책사유가 있다고 보기도 어렵다.






평석


관련 법리


재화의 수입과 수입세금계산서
부가가치세법은 재화 또는 용역의 공급 외에 재화의 수입을 과세대상으로 규정한다(부가가치세법 제3조). 재화의 수입은 기본적으로 외국으로부터 우리나라에 도착한 물품으로서 수입신고가 수리되기 전의 것 또는 수출신고가 수리된 물품을 국내에 반입하는 것을 의미한다(관세법 제2조 제1호ㆍ제4호). 수입재화에 대한 부가가치세 과세표준은 관세의 과세가격에 관세, 개별소비세, 주세, 교육세, 농어촌특별세 및 교통ㆍ에너지ㆍ환경세를 합한 금액이다(부가가치세법 제29조 제2항).국내거래에서는 재화 또는 용역을 공급하는 자가 공급받는 자로부터 부가가치세를 거래징수하며 세금계산서를 발급하고, 공급받는 자는 세금계산서를 통해 매입세액을 공제받는다(부가가치세법 제31조, 제32조). 반면, 재화의 수입에 있어서는 수입자를 납세의무자로 하여 거래당사자가 아닌 세관장이 수입자로부터 부가가치세를 징수할 때 수입세금계산서를 수입자에게 발급한다(부가가치세법 제35조).




수입세금계산서 제도의 변화
2013.7.26. 개정 이전 수입세금계산서제도는 수입자가 부가가치세를 신고ㆍ납부하는 경우뿐만 아니라 부가가치세 누락분을 수정신고하거나 세관장이 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정하는 경우에도 수정수입세금계산서를 제한 없이 발급하도록 하였다. 이에 대하여 추징된 부가가치세의 납부가 수입자가 발급받은 수정수입세금계산서 제출로 상쇄되어 성실 납세신고 및 수입세금계산서 정확성에 대한 담보가 되지 않는다는 비판이 존재하였고, 2013.7.26. 수정수입세금계산서 관련 규정이 개정되었다.

2013.7.26. 개정으로 세관장이 재화의 수입에 대한 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정하거나 수입자가 세관공무원의 관세조사 등 일정한 행위가 발생하여 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정할 것을 미리 알고 관세법에 따라 수정신고하는 경우에는 수정수입세금계산서의 발급이 원칙적으로 제한되는 입법이 도입되었다(부가가치세법 제35조 제2항).




수정수입세금계산서 발급제한과 그 예외
부가가치세법 제35조 제2항 제1호 및 같은 법 시행령 제72조 제2항은 원칙적으로 납세자가 세액 오류를 자발적으로 바로 잡은 경우에 수정수입세금계산서를 발급할 것을 정하고 있다. 반면 세관장이 수입재화에 대한 부가가치세가 저가신고되었음을 확인하고 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정하거나, 세관공무원의 관세조사 등 대통령령으로 정하는 행위가 발생하여 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정할 것을 미리 알고 수정신고를 한 경우에는 원칙적으로 수정수입세금계산서 발급이 제한된다.

부가가치세법 제35조 제2항 제2호 및 부가가치세법 시행령 제72조 제4항은 HS협약에 따른 관세협력이사회나 관세품목분류위원회에서 품목분류를 변경하는 경우, 합병에 따른 납세의무 승계 등으로 당초 납세의무자와 실제 납세자가 다른 경우, 수입자의 착오 또는 경미한 과실로 확인되거나 수입자가 자신의 귀책사유가 없음을 증명하는 경우 수정수입세금계산서 발급제한에 예외를 두고 있다. 이는 과세당국에 위반사항이 적발된 경우라 하더라도 그 위반행위가 수입자가 책임질 수 없는 사정으로 인한 경우 수정수입세금계산서의 발급을 허용하고자 하는 취지이다.

검토


관세법 제30조는 우리나라에 수출하기 위하여 판매되는 물품에 대하여 구매자가 실제로 지급하였거나 지급하여야 할 가격에 구매자가 부담하는 비용 등을 가산ㆍ감액하여 조정한 거래가격을 관세의 과세가격으로 한다. 수입재화와의 관련성, 거래조건성 요건을 충족하는 특허권, 실용신안권, 디자인권, 상표권 및 이와 유사한 권리를 사용하는 대가로 지급하는 것(로열티)은 이와 같은 가산요소 중 하나이다.

대상판결 이전에 원고와 과세당국 사이에서 가산요소로서의 로열티가 먼저 쟁점이 되었는데, 원고는 이 사건 로열티가 이 사건 물품의 과세가격에 가산될 수 없다는 이유로 경정청구를 하였고, 이는 인용되었다. 이 사건 물품을 계속하여 수입함에 있어 원고는 감액경정 결과에 따라 이 사건 로열티를 물품의 과세가격에 가산하지 않고 이 사건 물품을 수입하여 왔다.

이후 관세조사과정에서 과세당국은 이 사건 로열티가 이 사건 물품의 과세가격에 가산되어야 한다고 판단하였고, 그에 따라 증액경정이 이루어지며 수정수입세금계산서가 발급되었으나, 감사원의 지적으로 위 수정수입세금계산서의 발급이 취소되었다. 원고의 수정수입세금계산서 재발급신청을 세관이 거부하며 원고에게 부가가치세법 제35조 제2항 제2호 다목의 귀책사유가 있는지 여부가 대상판결의 쟁점이 되었다.

원심판결은 원고의 계열사가 동일한 구조의 계약에 따라 다른 재화를 수입하는 과정에서 문제되어 대법원 판결을 통해 이 사건 로열티가 물품의 과세가격에 가산될 수 있음을 알 수 있었다는 점, 원고가 경정청구 과정에서 수입과 관련된 계약관계에 대하여 사실과 다르게 설명하였고 요청한 자료를 올바로 제출하지 아니하였다는 점 등을 들어 원고에게 귀책사유가 있다고 판단하였다.

그렇지만 원고가 감액경정 당시 제출한 자료들에서 과세가격에 로열티가 가산되어야 한다는 점을 확인할 자료가 포함되어 있었다는 점, 수입신고 및 경정청구에 대한 실지조사권을 가진 세관장이 경정청구를 심사하여 인용한 결과를 원고는 신뢰하여 수입신고를 하여온 것이라는 점에서 원고에게 부가가치세법 제35조 제2항 제2호 다목에서 말하는 귀책사유가 없다고 판단한 대상판결의 결론은 타당하다.




마치며


대상판결은 로열티가 수입신고 가격에 가산되는지에 관해 관세법 제30조 제1항 제4호 소정의 관련성 및 거래조건성 요건 충족 여부 판단을 위한 납세의무자의 과세자료 제출의무의 정도 및 과세관청의 증명책임, 나아가 수정수입세금계산서 발급 및 관세법상 가산세 면제대상에 대한 법리를 상세히 밝혀 중요한 선례로서의 의미가 있다.


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법인세법 박준석 2025-07-17
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