관세법 제30조는 우리나라에 수출하기 위하여 판매되는 물품에 대하여 구매자가 실제로 지급하였거나 지급하여야 할 가격에 구매자가 부담하는 비용 등을 가산ㆍ감액하여 조정한 거래가격을 관세의 과세가격으로 한다. 수입재화와의 관련성, 거래조건성 요건을 충족하는 특허권, 실용신안권, 디자인권, 상표권 및 이와 유사한 권리를 사용하는 대가로 지급하는 것(로열티)은 이와 같은 가산요소 중 하나이다.
대상판결 이전에 원고와 과세당국 사이에서 가산요소로서의 로열티가 먼저 쟁점이 되었는데, 원고는 이 사건 로열티가 이 사건 물품의 과세가격에 가산될 수 없다는 이유로 경정청구를 하였고, 이는 인용되었다. 이 사건 물품을 계속하여 수입함에 있어 원고는 감액경정 결과에 따라 이 사건 로열티를 물품의 과세가격에 가산하지 않고 이 사건 물품을 수입하여 왔다.
이후 관세조사과정에서 과세당국은 이 사건 로열티가 이 사건 물품의 과세가격에 가산되어야 한다고 판단하였고, 그에 따라 증액경정이 이루어지며 수정수입세금계산서가 발급되었으나, 감사원의 지적으로 위 수정수입세금계산서의 발급이 취소되었다. 원고의 수정수입세금계산서 재발급신청을 세관이 거부하며 원고에게
부가가치세법 제35조 제2항 제2호 다목의 귀책사유가 있는지 여부가 대상판결의 쟁점이 되었다.
원심판결은 원고의 계열사가 동일한 구조의 계약에 따라 다른 재화를 수입하는 과정에서 문제되어 대법원 판결을 통해 이 사건 로열티가 물품의 과세가격에 가산될 수 있음을 알 수 있었다는 점, 원고가 경정청구 과정에서 수입과 관련된 계약관계에 대하여 사실과 다르게 설명하였고 요청한 자료를 올바로 제출하지 아니하였다는 점 등을 들어 원고에게 귀책사유가 있다고 판단하였다.
그렇지만 원고가 감액경정 당시 제출한 자료들에서 과세가격에 로열티가 가산되어야 한다는 점을 확인할 자료가 포함되어 있었다는 점, 수입신고 및 경정청구에 대한 실지조사권을 가진 세관장이 경정청구를 심사하여 인용한 결과를 원고는 신뢰하여 수입신고를 하여온 것이라는 점에서 원고에게
부가가치세법 제35조 제2항 제2호 다목에서 말하는 귀책사유가 없다고 판단한 대상판결의 결론은 타당하다.