원심은 아래와 같은 이유로 이 사건 토지의 양도소득과 별건 토지의 양도소득을 합산총괄하는 양도소득 확정신고를 하지 않은 것은 7년의 부과제척기간을 적용할 수 있는 ‘무신고’에 해당된다고 판단하였다.

1) 자산양도차익 예정신고납부를 해야 하는 자는 납세의무자인 명의신탁자라고 할 것이므로 명의수탁자의 명의로 신고ㆍ납부하였다고 하더라도 이로써 납세의무자의 적법한 신고납부가 있었다고 볼 수 없다(대법원 96누6387, 1997.10.10., 판결).
2) 양도소득세는 각 양도자산이나 양도횟수 별로 계산하여 부과되는 것이 아니라 모든 자산에 대하여 하나의 양도소득 세액을 산출하여 부과하는 것이므로, 원고는 이 사건 토지의 양도 및 별건 토지의 양도로 인하여 하나의 양도소득 세액이 산출되는 2006년 귀속 양도소득세 납세의무를 진다. 그런데 원고는 이 사건 토지의 양도소득 예정신고를 하였을 뿐이므로, 원고는 이 사건 토지의 양도소득과 별건 토지의 양도소득을 합산총괄하는 양도소득 확정신고를 해야 한다.
3) 무신고에 대하여 7년의 부과제척기간을 규정한 것은 납세자의 신고 성실도에 따른 과세권 행사의 난이도 차이를 고려한 것인데, 이 사건과 같이 원고가 확정신고를 하지 않은 경우, 원고의 신고 성실도가 낮고, 이에 따라 과세권 행사의 난이도가 높다고 할 것이다.

대상판결은 아래와 같은 이유로 5년의 부과제척기간이 적용되어야 한다고 보았다.
1) 구 소득세법 제110조 제4항에 의하면 그 단서의 위임에 따라 대통령령이 정한 경우에 해당하지 않는 한 예정신고를 한 자는 ‘당해 소득’에 대한 확정신고를 하지 않을 수 있고, 이는 예정신고를 한 양도소득 외에 동일한 과세연도에 귀속되는 양도소득이 더 있더라도 마찬가지이다. 원고가 이 사건 토지의 양도에 따른 양도소득세를 예정신고 납부하였음은 앞서 본 바와 같고, 위 예정신고가 구 소득세법 시행령 제173조 제4항이 정한 경우에 해당한다고 볼 만한 근거도 없으므로, 위 양도소득에 대하여는 더 이상 확정신고를 할 의무가 없다.
2) 원고가 이 사건 토지의 양도소득과 동일한 과세연도에 귀속되는 별건 토지의 양도소득에 대하여 예정신고를 하지 않아 이에 대한 확정신고를 할 의무를 진다고 하더라도, 그러한 확정신고 의무가 이미 예정신고를 마친 이 사건 토지의 양도소득에 대한 것이라고 볼 수는 없다.

국세기본법 제26조의 2에 규정된 부과제척기간은 법률관계를 신속히 확정하기 위하여 일정한 권리에 관하여 법률이 정한 존속기간이다. 이는 조세법상의 법률관계 역시 언제까지나 불확정한 상태로 놓는 것은 바람직하지 않으므로, 과세관청의 부과권에 관하여 제척기간을 설정하고 그 기간 내에 조세의 부과처분이 없으면 조세채무 자체가 소멸하도록 규정한 것이다.

부과제척기간과 관련하여 1994.12.22. 법률 제4810호로 개정되기 전의 구 국세기본법 제26조의 2 제1항에서는 소득세, 법인세 등에 대하여는 일률적으로 5년의 부과제척기간을 적용하였다. 그러나 납세자가 신고를 하지 아니하거나, 사기 그 밖의 부정한 행위가 있는 경우에는 과세관청이 부과권을 행사하기 어렵다는 점을 감안하여 1994.12.22. 법률 제4810호로 개정된 구 국세기본법에서는 무신고의 경우 7년을, 사기 그 밖의 부정한 행위가 있는 경우에는 10년의 장기 부과제척기간을 규정하였다. 즉, 무신고의 경우에는 단순히 일부 세액을 미신고한 경우에 비하여 “신고성실도”와 “과세권 행사의 난이도”에 차이가 있다는 점을 감안하여 5년보다 장기의 부과제척기간을 적용한 것이다.

한편, 양도소득세는 양도를 함으로써 발생하는 양도차익을 과세대상으로 삼고 있으므로, 비규칙적ㆍ비반복적인 소득의 성격을 가지고 있다. 그래서 소득세법은 양도일이 속하는 달의 말일을 기준으로 2개월 이내에 양도소득세 예정신고를 하도록 하고 있다. 이러한 양도소득세 예정신고제도는 소득의 발생 초기에 미리 세액을 납부하도록 함으로써 세원을 조기에 확보하고 징수의 효율성을 도모하며 조세 부담의 누적을 방지하려는 데 그 입법취지가 있다(대법원 2009두22850, 2011.9.29., 판결).

양도소득세 예정신고를 한 사람은 원칙적으로 확정신고 의무를 부담하지 않는다(구 소득세법 제110조 제4항). 다만 예외적으로 예정신고를 한 사람도 예정신고를 2회 이상 하거나, 양도소득산출세액이 달라지는 등의 경우에는 확정신고의무를 부담한다.

이 사건에서는 우선 이 사건 토지 외에 명의신탁된 별건 토지에 대하여 명의신탁자가 예정신고를 하지 않아 2회 이상 예정신고를 한 자로서 양도소득세 확정신고의무가 있는지가 다투어졌다.

원심은 별건 토지에 대하여 명의신탁자가 예정신고를 하지 않았고, 양도소득세는 과세연도별로 하나의 산출세액이 계산되는 만큼 확정신고의무를 부담해야 한다면서 7년의 부과제척기간이 적용된다고 보았다.

그러나 이 사건에서 문제된 소득세법 문언에는 “예정신고를 2회 이상 한 자”로 규정하고 있는데, 원고는 그에 해당하지 않음에도 불구하고 원심이 그에 해당한다고 본 것은 잘못이다. 대상판결은 이 점을 우선 지적하고 있다.

나아가 원고가 양도소득세 확정신고 의무를 부담한다고 하더라도 이미 예정신고를 이행한 원고에 대하여 “무신고”로 보는 것도 타당하지 않다.

예컨대 납세자가 A토지와 B토지를 순차적으로 양도하였다고 가정해보자. 첫 번째 사례는, A토지에 대해서 예정신고 없이 확정신고를 하고, B토지에 대해서는 전혀 신고를 하지 않은 경우이다. 두 번째 사례는, A토지에 대해서 예정신고만을 하고, B토지에 대해서는 전혀 신고를 하지 않은 경우이다.


첫 번째 사례는 B토지와 관련하여 양도소득세는 과소신고한 것으로 취급되어 5년의 부과제척기간이 적용된다. 그런데 두 번째 사례에서는 원심과 같이 해석할 경우 양도소득세를 ‘무신고’한 것으로 취급되어 7년의 부과제척기간이 적용된다. 즉, 예정신고 의무를 성실히 이행하였음에도 불구하고 7년의 부과제척기간이 적용된다는 결론이 되어 타당하지 않다.

또한, 무신고에 대해 과소신고보다 장기의 부과제척기간을 적용하는 이유는 “신고성실도”와 “과세권 행사의 난이도”에 차이가 존재하기 때문이다. 이 사건에서 원고는 이 사건 토지에 대하여 신고의무를 이행하였고, 별건 토지가 있다고 하여 이 사건 토지의 양도차익과 관련하여 과세관청이 부과권을 행사하는데 특별히 지장이 초래되었다고 보기 어렵다. 이 사건에서 문제되는 것은 별건 토지의 양도차익 관련 납세의무가 아니라, 이 사건 토지의 양도차익 관련 납세의무이기 때문이다. 이러한 점에서도 7년의 부과제척기간이 적용되어야 한다고 보는 것은 타당하지 않다.

대상판결은 위와 같은 사정을 고려하여 별건 토지의 양도소득에 대한 예정신고를 하지 않아 이에 대한 확정신고의무를 진다고 하더라도, 이를 이유로 이 사건 토지의 양도소득에 대하여 ‘무신고’로 취급할 수는 없다고 판단하였다. 이러한 대법원의 태도는 조세법률주의에 부합하고, 부과제척기간을 장기로 둔 취지를 고려한 것으로서 지극히 타당하다고 본다.