원고는 “한ㆍ미 조세협약 제6조 제3항에 의하면, 미국법인이 국내에 특허권을 등록하여 국내에서 특허실시권을 가지는 경우에 그 특허실시권의 사용대가로 받는 소득만이 국내원천소득에 해당하고, 국내에 등록되지 않은 특허권의 사용대가로 받는 소득은 국내원천소득으로 볼 수 없으므로, 국내에 등록되지 않은 특허권에 대한 사용대가인 이 사건 사용료가 국내원천소득에 해당하여 원천징수의 대상이 된다고 보아 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 위법하다”고 주장하며 이 사건 소를 제기하였다.



반면, 피고는 “한ㆍ미 조세협약이 ‘사용지’를 사용료 소득의 원천지로 판단하는 이른바 ‘사용지주의’를 취하면서도 ‘사용’의 의미에 관하여는 특별히 규정하고 있지 않으므로 한ㆍ미 조세협약 제2조 제2항에 의하여 그 의미는 국내법에 따라 판단하여야 하고, 구 법인세법 제93조 제8호 단서 후문이 ‘국내에 등록되지 않은 특허권에 대한 사용료 소득이라도 그 소득이 해당 특허권을 국내에서 제조ㆍ판매 등에 사용한 대가에 해당한다면 국내원천소득으로 본다.’고 규정하고 있으므로, 이 사건 특허권에 대한 국내에서의 사용대가인 이 사건 사용료는 국내원천소득에 해당하여 원천징수의 대상이 된다.”고 주장하였다.



결국 이 사건에서는 ‘국내 미등록 특허권에 대한 사용대가가 국내원천소득에 해당하는지 여부’가 주된 쟁점이 되고, 이와 관련하여, 위 한ㆍ미 조세협약 규정과 구 법인세법 규정의 관계 및 지위가 문제된다.

• (1)
  구 법인세법 제93조 제8호는 특허권 등을 ‘국내에서 사용’하거나 그 대가를 ‘국내에서 지급’하는 경우 그 대가를 외국법인의 국내원천소득의 하나로 규정하여, 사용료 원천지의 기준으로서 이른바 ‘사용지주의’와 ‘지급지주의’를 모두 채용함으로써 국내원천소득의 범위를 상당히 넓히고 있다. 다만 위 규정은 단서에서 “소득에 관한 이중과세 방지협약에서 사용지를 기준으로 하여 그 소득의 국내원천소득 해당 여부를 규정하고 있는 경우에는 국외에서 사용된 권리 등에 대한 대가는 국내 지급 여부에도 불구하고 국내원천소득으로 보지 아니한다.”고 규정하여 조세조약이 ‘사용지주의’만을 채용한 경우에는 조세조약을 우선하겠다는 취지의 규정을 두고 있다. 그런데, 위 규정은 단서 후문에서 다시 “행사에 등록이 필요한 특허권 등이 국외에서 등록되었고 국내에서 제조ㆍ판매 등에 사용된 경우에는 국내 등록 여부에 관계없이 국내에서 사용된 것으로 본다.”고 규정하여 강한 의제규정을 두고 있다.
  
  
  한편, 한ㆍ미 조세협약 제14조 제4항 제a호 및 제6조 제3항은 특허권 등의 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대한 사용료는 어느 체약국 내의 동 재산의 ‘사용’ 또는 ‘사용할 권리’에 대하여 지급되는 경우에만 동 체약국 내에 원천을 둔 소득으로 취급된다고 규정하여, 사용료 원천지의 기준으로서 이른바 ‘사용지주의’를 채용하고 있다.
  
  
  이와 같이, 구 법인세법 제93조 제8호 단서 후문의 의제규정과 한ㆍ미 조세협약의 규정 내용이 일견 배치되는 것으로 보이는바, 이에 따라 국내 미등록 특허권에 대한 사용료가 국내원천소득에 해당하는지 여부에 대하여 과세관청과 납세의무자 사이에 견해의 대립이 계속되어 왔다.
  



• (2)
  이에 대하여 대법원은 아래와 같이 국내 미등록 특허권에 대한 사용료는 국내원천소득에 해당하지 않는다는 일관된 입장을 취하고 있다.
  
  
  대법원은 ① (대법원91누6887, 1992.5.12.) 판결에서, “외국법인의 특허권이 등록되어 있지 않은 대한민국에서 당해 특허제품이 생산되어 특허권이 등록된 외국으로 수출ㆍ판매되는 경우에 있어서, 당해 특허권의 사용 혹은 침해문제는 특허권을 가진 외국법인이 그 특허권의 효력이 미치는 외국 내에서 위 특허제품의 수입ㆍ판매에 대하여 가지는 특허실시권의 사용ㆍ침해에 관한 문제일 뿐 대한민국 내에서의 특허제품 사용 자체에 관한 문제와는 관계가 없는 것”이라고 판시하였고, ② (대법원2005두8641, 2007.9.7.) 판결에서, “특허권의 속지주의 원칙상 특허권자가 특허물건을 독점적으로 생산ㆍ사용ㆍ양도ㆍ대여ㆍ수입 또는 전시하는 등의 특허실시에 관한 권리는 특허권이 등록된 국가의 영역 내에서만 그 효력이 미치는 것이므로, 구 법인세법 제93조 제9호 (가)목에서 외국법인의 국내원천소득의 하나로 규정하고 있는 ‘특허권을 국내에서 사용하는 경우에 당해 대가로 인한 소득’이나 한ㆍ미 조세협약 제6조 제3항, 제14조 제4항에서의 ‘특허권에 대한 사용료는 어느 체약국 내의 동 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 지급되는 경우에만 동 체약국 내에 원천을 둔 소득으로 취급된다.’는 규정의 의미는 미국법인이 대한민국에 특허권을 등록하여 대한민국 내에서 특허실시권을 가지는 경우에 그 특허실시권의 사용대가로 지급받는 소득을 의미한다.”고 판시하였으며, ③ (대법원2012두18356, 2014.11.27.) 판결 및 ④ (대법원2016두42883, 2018.12.27.) 판결에서도 “국외에서 등록되었을 뿐 국내에는 등록되지 아니한 미국법인의 특허권 등이 국내에서 제조ㆍ판매 등에 사용된 경우 미국법인이 사용의 대가로 지급받는 소득을 국내원천소득으로 볼 것인지는 한ㆍ미 조세협약에 따라 판단하여야 하고, 한ㆍ미 조세협약의 해석상 특허권이 등록된 국가 외에서는 특허권의 침해가 발생할 수 없어 이를 사용하거나 사용의 대가를 지급한다는 것을 관념할 수도 없으므로, 미국법인이 특허권을 국외에서 등록하였을 뿐 국내에는 등록하지 아니한 경우에는 미국법인이 그와 관련하여 지급받는 소득은 그 사용의 대가가 될 수 없어 이를 국내원천소득으로 볼 수 없다.”고 판시하였고, 대상판결 역시 기존의 입장을 유지하고 있다.
  

• (1)
  한편, 대상판결은 주된 상고이유인 ‘국내 미등록 특허권에 대한 사용료가 국내원천소득에 해당하는지 여부’에 대한 판단 이외에 ‘원심 법원의 심리대상’에 대한 판단 부분에서, “원고들은 이 사건 사용료에 특허권 이외의 다른 권리의 사용대가는 포함되어 있지 않다는 전제에서 경정청구를 하였고, 이에 대하여 피고는 원심에서 이 사건 사용료에는 국내원천소득으로서 원천징수대상인 (특허권 이외의 무형자산으로서) 저작권, 노하우, 영업상의 비밀 등의 사용대가가 포함되어 있다고 주장함으로써 처분의 동일성이 유지되는 범위에서 그 사유를 추가하거나 변경하였다고 볼 수 있으므로, 원심으로서는 피고의 위 주장에 관하여 심리ㆍ판단했어야 한다. 그런데도 원심은 이와 다른 전제에서 피고의 위 주장이 법원의 심리대상이 아니라고 판단하였는바, 이러한 원심판결에는 법원의 심리대상 등에 관한 법리를 오해하여 필요한 심리를 다하지 않아 판결에 영향을 미친 잘못이 있다.”고 판시하였다.
  
  
  즉, 대법원은 대상판결에서 직접적으로 판단하지는 않았지만, 이 사건 사용료 중에 특허권의 사용대가로 볼 수 없는 부분(특허권 이외의 무형자산에 대한 사용대가)이 포함되어 있다면, 이는 특허권의 효력범위와는 무관한 영역이라 할 수 있으므로, 이를 국내에서 사용한 경우 국내원천소득으로 볼 수 있다고 판단하여, 국내과세권을 행사할 수 있는 길을 열어놓고 있는 것으로 보인다.
  



• (2)
  이와 관련하여, 대상판결과 같은 날에 선고된 (대법원2018두36592, 2022.2.10.) 판결 역시 “구 법인세법 제93조 제8호 (나)목은 산업상ㆍ상업상ㆍ과학상의 지식ㆍ경험에 관한 정보 또는 노하우를 국내에서 사용하는 대가를 국내원천소득으로 정하고 있고, 이는 지식재산권의 대상이 될 수 있는지 여부와 관계없이 발명, 기술, 제조방법, 경영방법 등에 관한 비공개 정보를 사용하는 대가를 말한다. 그리고 한미조세협약 제6조 제3항, 제14조 제4항 제a호에 따르면 저작권, 비밀공정, 비밀공식 또는 기타 이와 유사한 재산이나 권리, 지식, 경험, 기능 등의 사용 또는 사용할 권리에 대한 사용료가 어느 체약국 내의 동 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 지급되는 경우 동 체약국 내에 원천을 둔 소득으로 취급된다. 따라서 이 사건 계약상 사용료 지급대상에 포함된 무형자산 중 발명, 기술 등에 관한 비공개 정보를 국내에서 무선기기를 제조하는 데 사용하고 원고에게 그 대가를 지급하였다면, 그와 관련한 원고의 사용료소득은 원천징수대상이 되는 국내원천소득에 해당한다.”고 판시하여, 국내 미등록 특허권 이외의 무형자산에 대한 사용료가 국내원천소득에 해당한다는 취지의 판시를 하고 있다.
  

대상판결은 ① 국내 미등록 특허권에 대한 사용료와 ② 국내 미등록 특허권 이외의 무형자산에 대한 사용료를 ‘구분’하여, 전자의 경우 조세조약의 특별법적 지위를 고려하여 국내원천소득에 해당하지 않는다는 기존의 입장을 다시 한 번 확인하였고, 후자의 경우 국내원천소득에 해당할 수 있다는 점을 밝혔다는 점에서 의의가 있다.


이에 따라, 향후 국내 미등록 특허권에 대한 사용료가 국내원천소득에 해당하는지 여부가 쟁점이 되는 사건이 있는 경우, 해당 사용료에 특허권 이외의 무형자산에 대한 사용대가가 포함되어 있는지, 만약 포함되어 있다면 이를 어떻게 구분하고 산정할 것인지가 당사자 간에 중요한 쟁점으로 다투어질 것으로 보이고, 이에 대한 법원의 판단 역시 주목할 필요가 있을 것이다.