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쟁점농지의 두 거래를 하나의 거래로 보아 양도소득세를 과세한 처분의 당부

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쟁점농지의 두 거래를 하나의 거래로 보아 양도소득세를 과세한 처분의 당부

해설








Ⅰ. 서 론


토지ㆍ건물 등의 자산을 양도하여 양도차익이 발생하는 경우 원칙적으로 양도소득세가 과세된다.


그러나 농지의 경우 자경농민에 대한 보호 등 사회정책적인 이유로 농지의 교환 또는 분할에 대하여는 「소득세법」 제89조 제1항 제2호에 해당하는 경우 비과세를, 농지의 대토ㆍ8년 이상 자경농지ㆍ8년 이상 축사농지 등의 양도에 대하여는 「조세특례제한법」 제70조ㆍ제69조 및 제69조의 2의 규정에 따라 양도소득세 감면을 적용하는데, ‘8년 이상 자경농지’는 당해 과세연도는 1억 원을, 5년간 합계액에 대하여는 2억 원의 감면한도1)를 적용한다.


「국세기본법」 제14조 제3항은 “제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.”고 규정하고 있는데, 이는 과세대상이 되는 행위 또는 거래를 우회하거나 변형하여 여러 단계의 거래를 거침으로써 부당하게 조세를 감소시키는 조세회피행위에 대처하기 위하여 그와 같은 여러 단계의 거래 형식을 부인하고 실질에 따라 과세대상인 하나의 행위 또는 거래로 보아 과세할 수 있도록 한 것으로서, 실질과세의 원칙의 적용 태양 중 하나를 규정하여 조세공평을 도모하고 있다.2)


최근 조세심판원은 어떤 농민이 2019년 11월 쟁점①농지를, 2020년 2월 쟁점②농지를 양도하고 각각 1억 원의 양도소득세 감면을 적용하여 신고한 데 대하여 이를 하나의 거래로 보아 1회의 감면만 적용하여 과세한 사건에서 외부적인 요인이 개입되어 있을 수 있으므로 여러 단계의 거래를 거친 후 결과만을 가지고 그 실질이 하나라고 쉽게 단정할 수 없다 하여 취소 결정[(조심2022인1866, 2022.6.29.) 이하 “대상심판결정”이라 한다]을 하였는바, 관련 법령과 법원 판례 등에 따른 대상심판결정이 과연 타당한 것인지 등에 대하여 살펴보고자 한다.


1) 감면한도는 자산이 아닌 인별로 계산하는 것이며, 다른 재산을 포함한 감면한도액을 말하며, 한도 적용 시 감면합계액은 자산의 양도순서에 따라 그 한도액을 계산한다(농지대토는 5년간 한도액 1억 원임).






Ⅱ. 사안의 개요


1. 기본적 사실관계



  • 가.
    청구인은 주식회사 AAA(이하 “매수법인”이라 한다)에게 2019.11.1. OOO 소재 답 OOO㎡(이하 “쟁점①농지”라 한다)를 OOO원에, 2020.2.20. 같은 리 OOO 소재 답 OOO㎡(이하 “쟁점②농지”라 한다)를 OOO원에 매도한 후 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제69조 제1항 및 제133조 제1항 제1호에 따른 양도소득세 감면한도 1억 원을 각각 적용(합계 2억 원)하여 2019.11.1. 2019년 귀속 양도소득세 OOO원, 2020.3.31. 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고ㆍ납부하였고, 2020.2.20. 쟁점①농지에 대한 추가보상금 OOO원을 지급받은 후 이를 쟁점①농지의 양도가액에 가산하여 2020.3.31. 2019년 귀속 양도소득세 OOO원을 수정신고하였다.


  • 나.
    처분청은 청구인이 매수법인에게 쟁점①농지와 쟁점②농지를 함께 판매하였음에도 조특법에 따른 양도소득세 감면한도를 각각 적용받고자 형식적으로 각 농지의 매매계약 및 잔금청산일을 분리함으로써 양도소득세를 과소신고하였다고 보아 쟁점①농지 및 쟁점②농지의 양도일을 쟁점②농지의 양도일인 2020.2.20. 하나로 보아 2021.11.5. 청구인에게 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정ㆍ고지(이하 “이 사건 과세처분”이라 한다)하였다.


  • 다.
    청구인은 이에 불복하여 2022.1.17. 심판청구를 제기하였다.




2. 청구 주장ㆍ처분청 의견 및 이 사건의 쟁점

가. 청구인 주장



  • (1)
    쟁점①농지와 쟁점②농지는 별도의 필지로 청구인은 이를 2019.11.1., 2020.2.20. 각각 매도하였으므로 「소득세법」상 쟁점①농지와 쟁점②농지의 양도시기는 각각 2019년, 2020년으로 보아야 한다.

    • (가)
      청구인은 1965.1.12. 취득하여 평생 농사를 지어오던 쟁점①농지와 쟁점②농지를 청구인의 의사와 무관하게 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따라 OOO 일반산업단지사업을 시행하는 매수법인에게 매도하였는바, 청구인은 쟁점①농지, 쟁점②농지에 대해 각각의 손실보상 협의계약을 체결하였다.

    • (나)
      또한 쟁점①농지와 쟁점②농지는 청구인이 이를 취득할 당시부터 별도의 필지로 분할되어 있었고, 각 농지는 약 100m 정도 떨어져 있다.

    • (다)
      나아가 쟁점①농지의 매매대금 OOO원은 2019.11.1. 청구인의 OOO 지점 계좌(356-1410- ****-93)에, 쟁점②농지의 매매대금 OOO원은 2020.2.20. OOO계좌(100537-02-00****)에 각각 전액 입금되었는바, 잔금청산일도 상이하다.



  • (2)
    청구인은 세법의 혜택을 부당하기 받기 위해 매수법인과 어떠한 행위도 한 사실이 없으며 처분청의 과세처분은 사실관계 오인 및 자의적인 판단에 따라 이루어진 것이다.

    • (가)
      청구인과 사업시행자인 매수법인 간에는 아무런 관계도 없고, 오히려 청구인의 의사와 무관하게 이를 매도하였으며 매수법인은 경기도 OOO의 인허가 및 사업시행 일정, 보상가액 결정과정을 고려하여 쟁점①농지와 쟁점②농지를 나누어 매입한 것이지 청구인이 세법의 혜택을 부당하게 받기 위해 매수법인과 어떠한 담합 행위를 할 하등의 이유가 없다.

    • (나)
      청구인은 평생을 농업에 종사한 농민으로 생활의 터전이 OOO 일반산업단지 사업부지에 편입되어 수용당한 것을 처분청은 청구인이 마치 세법의 혜택을 부당하게 받기 위해 매수법인과 공모하여 허위의 매매계약서를 작성하였다고 보아 이 건 과세처분을 하였는바, 처분청은 실질과세 및 근거과세의 원칙 및 「소득세법」상 자산의 양도시기를 잘못 적용하였으므로 이 건 과세처분은 취소되어야 한다.






나. 처분청 의견



  • (1)
    청구인은 쟁점①농지와 쟁점②농지에 관한 매매계약서를 별도로 작성한 후 잔금청산일을 달리하여 2019년, 2020년 각 과세기간별로 조특법 제69조에 따른 양도소득세 감면을 적용받았다.

    • (가)
      청구인이 쟁점①농지와 쟁점②농지를 8년 이상 자경한 사실 및 각 농지의 양도가액, 취득가액에 대하여는 다툼이 없다.

    • (나)
      또한, 쟁점①농지 및 쟁점②농지에 대한 매매계약서에 의하면, 청구인은 쟁점①농지 및 쟁점②농지를 각각 2019.10.14., 2020.2.14. 매도하기로 한 후 계약일로부터 1∼2주 후인 2019. 11.1., 2020.2.20. 매매대금을 각각 지급받았는바, 이에 따라 각 과세기간별로 조특법 제69조에 따른 양도소득세 감면을 적용받았다.



  • (2)
    그러나 청구인은 쟁점①농지와 쟁점②농지를 함께 양도하였음에도 조특법상 양도소득세 감면한도 적용을 회피하기 위해 형식상 쟁점①농지와 쟁점②농지의 양도시기를 달리한 것이다.

    • (가)
      쟁점①농지와 쟁점②농지를 포함한 일대가 일반산업단지로 지정됨에 따라 매수법인은 그 일대를 모두 매수하여야 하는 상황으로서 일부만 매수한 상태에서는 사용이 불가한바, 쟁점①농지와 쟁점②농지는 매수법인이 일괄적으로 매수할 것이 예정되어 있었다.

    • (나)
      이와 관련하여 처분청은 이 건 과세처분 전 청구인에게 해명 요구를 하였는데, 청구인은 수년 전부터 쟁점①농지 및 쟁점②농지의 수용 사실에 관하여 알고 있었고, 청구인과 매수법인 간 매매계약서에는 2017년 손실보상 협의통보서가 첨부되어 있는바, 청구인과 매수법인은 2017년부터 쟁점①농지 및 쟁점②농지의 수용에 관하여 협의한 것으로 보인다.

    • (다)
      이러한 사실을 종합하면 청구인은 매수법인과 쟁점①농지, 쟁점②농지의 매매에 관한 협의를 마친 후 대금을 지급받기 직전 조특법 제69조에 따른 양도소득세 감면을 추가로 받고자 이에 관한 매매계약을 각각 작성한 것으로 판단된다.

    • (라)
      나아가 청구인은 조특법 제69조에 따른 양도소득세 감면을 추가로 받고자 하는 목적 외에는 이에 관한 매매계약을 별도로 나눌 목적이 없으며 이로 인해 회피된 양도소득세를 매매가액에 반영할 경우 청구인과 매수법인 모두 혜택을 나눌 수 있어 조세회피 목적의 거래형식을 갖출 충분한 유인이 있다고 볼 수 있다.






다. 쟁 점


쟁점①농지와 쟁점②농지는 사실상 하나의 거래로 양도한 것임에도 과세기간별 양도소득세 감면한도(1억 원)를 각각 적용받기 위해 과세연도를 달리하여 양도한 것으로 보아 양도소득세를 부과한 처분의 당부이다.


3. 대상심판결정문의 주요 내용


처분청은 쟁점①농지와 쟁점②농지의 일대는 일반산업단지로 지정되어 매수법인이 일괄매입할 것이 예정되어 있으므로 청구인이 각 농지의 양도일을 달리하였다고 한 것은 조특법상 양도소득세 감면한도 적용을 회피하기 위한 것 외 다른 목적이 없는 것으로 보아야 한다는 의견이나, 각 농지의 등기사항전부증명서에 의하면, 쟁점①농지와 쟁점②농지는 청구인이 이를 취득한 1965.1.12.부터 현재까지 구분등기된 개별 필지에 해당하는 점, 쟁점①농지와 쟁점②농지에 대한 손실보상협의계약서, 금융거래 내역에 의하면, 청구인과 매수법인은 해당 농지에 대한 매매계약서를 각각 별도로 작성하여 매매대금을 각각 별도로 수수하였는바, 「소득세법」 제98조 및 같은 법 시행령 제162조 제1항 제2호에 따라 쟁점①농지의 양도시기는 2019.11.1., 쟁점②농지의 양도시기는 2020.2.20.으로 보이는 점, 처분청이 제시한 과세근거는 납세의무자가 선택한 법률관계의 결과를 기초로 한 것에 불과한 반면, 그 외 처분청이 제출한 자료만으로는 청구인에게 조특법상 양도소득세 감면한도 적용을 통해 조세를 회피하고자 하는 목적이 있다고 인정하기 어려운 점 등을 종합하면, 처분청이 쟁점①농지와 쟁점②농지의 양도시기를 2020. 2.20.으로 보아 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.





Ⅲ. 대상심판결정에 대한 분석


1. 이 사건 관련 소득세법령상 양도 또는 취득의 시기


「소득세법」 제98조(양도 또는 취득의 시기)에서 “자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다.”고 규정되어 있고, 같은 법 시행령 제162조(양도 또는 취득의 시기) 제1항에서 “법 제98조 전단에서 “대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 경우를 말한다고 되어 있다(7. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따라 공익사업을 위하여 수용되는 경우에는 대금을 청산한 날, 수용의 개시일 또는 소유권이전등기접수일 중 빠른 날. 다만, 소유권에 관한 소송으로 보상금이 공탁된 경우에는 소유권 관련 소송 판결 확정일로 한다).


2. 「국세기본법」상 실질과세 원칙 등


「국세기본법」 제3조(세법 등과의 관계)는 세법적용의 원칙과 납세의무의 확정ㆍ소멸 등은 국세기본법이 세법에 우선하는 원칙을 규정하면서 제1항에서 “국세에 관하여 세법에 별도의 규정이 있는 경우를 제외하고는 이 법에서 정하는 바에 따른다.”라고 규정되어 있고, 제14조(실질과세) 제3항에서는 “제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.”라고 되어 있으며, 제18조(세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지) 제1항에서는 “세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.”라고 각각 규정되어 있다.


즉, 「국세기본법」 중 실질과세원칙은 「소득세법」 제100조의 기준시가에 의한 양도차익계산규정과 「조세특례제한법」 제99조의 5 영세개인사업자의 체납액 납세의무 소멸특례규정, 같은 법 제15조 벤처기업 출자자의 제2차 납세의무규정, 같은 법 제104조의 7 제4항의 정비사업조합의 제2차 납세의무규정 등은 특례규정에 해당한다 할 것이므로 이를 제외한 규정은 「국세기본법」 제3조에 따라 「국세기본법」의 규정이 우선 적용되어야 할 것이다.


3. 이 사건 과세처분 관련 대법원 판례와 조세심판 및 국세청 심사결정 사례



여러 개의 계약이 체결된 경우에 그 계약 전부가 하나의 계약인 것과 같은 불가분의 관계에 있는 것인지 여부는 계약체결의 경위와 목적 및 당사자의 의사 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 할 것이다.




「국세기본법」에서 제14조 제3항을 둔 취지는 과세대상이 되는 행위 또는 거래를 우회하거나 변형하여 여러 단계의 거래를 거침으로써 부당하게 조세를 감소시키는 조세회피행위에 대처하기 위하여 그와 같은 여러 단계의 거래형식을 부인하고 실질에 따라 과세대상인 하나의 행위 또는 거래로 보아 과세할 수 있도록 한 것으로서, 실질과세의 원칙의 적용 태양 중 하나를 규정하여 조세공평을 도모하고자 한 것이다. 그렇지만 한편 납세의무자는 경제활동을 할 때에 동일한 경제적 목적을 달성하기 위하여 여러 가지의 법률관계 중의 하나를 선택할 수 있고 과세관청으로서는 특별한 사정이 없는 한 당사자들이 선택한 법률관계를 존중하여야 하며, 또한 여러 단계의 거래를 거친 후의 결과에는 손실 등의 위험 부담에 대한 보상뿐 아니라 외부적인 요인이나 행위 등이 개입되어 있을 수 있으므로, 여러 단계의 거래를 거친 후의 결과만을 가지고 그 실질이 하나의 행위 또는 거래라고 쉽게 단정하여 과세대상으로 삼아서는 아니 된다.




청구인이 2020.11.23. 양수법인의 대표이사 BBB과 작성한 쟁점부동산들 각각에 대한 매매계약서에 의하면, 잔금 지급일자를 제외하고는 거래상대방ㆍ작성일자 등 그 주요 내용이 동일한 것으로 나타나고, 쟁점①토지와 그 지상의 쟁점건물을 모두 양수법인에게 양도하면서, 특별히 이 둘을 구분ㆍ양도한 데에 합리적인 사유가 있다고 보기 어려울 뿐만 아니라, 양수법인의 대표이사가 쟁점부동산들을 구분ㆍ양도한 것은 양수법인이 아니라 중개사 측의 요구에 의한 것이었다는 내용의 확인서를 작성한 사실들을 종합하여 보면, 양도소득세 세액감면을 최대한 적용받으려는 목적 외에 달리 쟁점부동산들을 2과세기간(2020ㆍ2021년)에 걸쳐 구분ㆍ양도하였어야 할 특별한 사정이 없다고 보이는 점, 경기 부동산정보조회 시스템에 의하면, 쟁점①토지의 1㎡당 공시지가가 쟁점②토지의 1㎡당 공시지가보다 약 6% 높은 것으로 나타나나, 매매대금의 경우에는 쟁점②토지의 1㎡당 가격이 쟁점①토지의 1㎡당 가격보다 약 48% 높게 책정되어, 쟁점부동산들의 구분ㆍ양도에 대한 적정성을 신뢰하기 어려워 보이는 점 등에 비추어, 이에 대한 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.




청구인이 한 달 미만의 기간 사이인 2017.11.6. 및 2017.11.22.에 쟁점농지를 2분의 1 지분씩 부자(父子) 관계인 양수인들에게 각각 양도하기로 하는 계약을 체결하고, 2017.12.27. 및 2018.1.10.에 과세기간을 달리하여 잔금을 수령한 점, 양수인들은 쟁점농지의 각 지분을 양수한 후 이를 별도로 구분하지 아니하고 일괄하여 사용하고 있는 점, 1차양도농지와 2차양도농지의 위치와 형태가 다름에도 불구하고 매매대금을 동일하게 책정하는 등 각각의 매매계약을 독립된 거래로 보기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 쟁점농지 양도 거래의 형식을 부인하고, 청구인이 쟁점농지를 일괄 양도한 것으로 보아 양도소득세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.




청구인은 총 OOO원(OOO대출 OOO원 및 관련 연체이자 OOO원, 가압류 채무 OOO원, 매수인에 대한 청구인의 차입금 중 일부 OOO원)에 대한 채무승계 및 상환목적으로 쟁점①토지를 양도한 거래와 매수인에 대한 청구인의 차입금 OOO원을 상환할 목적으로 쟁점②토지를 양도한 거래를 별개의 거래로 보아야 한다고 주장하나, 청구인이 동일한 매수인에게 쟁점①토지는 2019.12.17., 쟁점②토지는 2020.2.17. 양도하기로 하는 계약을 체결하였는데 분필하여 구분등기를 마친 후 각 필지별로 양도한 것이 아니라 쟁점토지를 단순히 지분으로 나누어 계약한 점, 2019.12.17. 매수인의 쟁점토지에 설정한 근저당권 등기가 전부 말소되었고 OOO 담보대출을 매수인이 인수함으로써 사실상 쟁점토지의 매매대금 청산이 완료된 것으로 보이는 점, 청구인은 특별한 사정없이 쟁점①토지를 양도한 후 2개월이 지난 시점에 쟁점②토지를 매매한 점 등에 비추어 쟁점토지의 양도는 사실상 2019.12.17.에 거래된 하나의 거래로 보이므로 처분청의 이 건 과세처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.




납세자는 조세법규의 테두리 안에서 조세부담이 적은 거래형식을 취할 수 있고, 이는 납세자로서 보호받고 보장되어야 할 당연한 권리에도 해당하는바, 설령 납세자가 선택한 거래형식의 조세부담이 입법자가 당초 의도한 수준에 못 미쳤다 하더라도 별도의 입법조치를 통해 보완함이 타당한 점, 쟁점토지①ㆍ②는 하나의 토지를 단순히 지분으로 나누어 양도한 것이 아니라, 분필하여 구분등기를 마친 후 각 필지별로 양도하였을 뿐만 아니라, 각 (분할된) 토지별 양수자도 상이하여 이들 각각의 양도행위가 법률적ㆍ경제적 측면에서 완전히 동일하다고 단정할 수 없는 점, 「조세특례제한법」은 과도한 양도소득세의 감면을 제한할 목적으로 1개의 과세기간에 최대 1억 원의 한도를 설정(제133조 제1항 제1호)하고, 이를 보완할 목적으로 5개 과세기간의 합계 감면액은 최대 2억 원으로 설정(제133조 제1항 제2호)하여 명시적으로 규정하고 있는 점을 고려하면, 과세권자가 (이 건 사례와 같이) 2개 과세기간에 과도한 세액감면이 발생하였다는 이유로 세액감면을 제한하려면 그에 부합하는 명시적인 법적장치 또는 근거가 필요한 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점토지①ㆍ②의 양도거래를 하나의 양도거래로 본 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.


사. 국세청 (심사양도2017-139, 2018.1.1.)(기각)


농지 매매대금 수령내역과 토지사용승낙서에 따르면, 당초 농지매매계약 체결 후 2회로 나누어 각각 체결한 것으로 보이고, 주택조합의 일시적 자금부족은 농지를 2회에 걸쳐 양도할 특별한 이유가 될 수 없는 점으로 볼 때 쟁점거래는 양도소득세 감면한도 회피 목적에서 이루어진 거래로서 하나의 거래로 보아 자경감면 한도를 재계산함이 타당함.


4. 이 사건 관련 소득세법령, 「국세기본법」상 실질과세 원칙, 대법원 판례 및 조세심판사례 등에 비추어 본 대상심판결정의 타당성 검토



  • 가.
    국세기본법 기본통칙(14-0-5, 거래의 실질내용 판당기준)에서도 거래의 실질내용은 형식상의 기록내용이나 거래명의에 불구하고 상거래관례, 구체적인 증빙, 거래 당시의 정황 및 사회통념 등을 고려하여 판단한다고 규정하고 있다.


  • 나.
    납세의무자가 동일한 경제적 목적을 달성하기 위해 선택한 여러 가지의 법률관계 중 하나가 과중한 세금부담을 회피하기 위한 행위였다 하더라도, 가장행위에 해당한다고 볼만한 특별한 사정이 없는 이상 유효하다 할 것이며, 실질과세원칙에 따라 특정 거래행위를 법적 형식에도 불구하고 조세회피 행위로 보아 그 효력을 부인하려면 조세법률주의 원칙상 법률에 개별적이고 구체적인 부인규정이 마련되어 있어야 할 것이다.3)



  • 다.
    하나의 계약으로 가능한 매매계약을 굳이 두 개의 매매계약으로 나누어 과세기간을 달리하여 거래한 특별한 사유를 발견하기 어려운 경우에는 「국세기본법」 제14조 제3항의 실질과세원칙을 적용하여 일괄양도한 것으로 보아 양도소득세를 과세하는 것은 잘못이 없다 하겠다.

    그러나, 이 사건의 경우 쟁점①ㆍ②농지가 청구인의 의사와 무관하게 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따라 OOO 일반산업단지사업을 시행하는 매수법인에게 매도된 것이므로 청구인이 매수법인의 의사를 무시하고 임의적으로나 합의하에 거래일자를 조정하는 것은 어려워 보이는 점, 쟁점①농지와 쟁점②농지에 대한 손실보상협의계약서, 금융거래 내역에 의거하여 청구인과 매수법인은 해당 농지에 대한 매매계약서를 별도로 작성하여 이에 따라 매매대금도 각각 별도로 수수한 점, 쟁점①농지와 쟁점②농지는 매수법인이 일괄적으로 매수할 것이 예정되어 있었다는 데에 대한 처분청의 구체적인 입증이 부족해 보이는 점, 처분청은 쟁점①농지와 쟁점②농지의 분할 매매로 회피된 양도소득세를 매매가액에 반영할 경우 청구인과 매수법인 모두 혜택을 나눌 수 있어 조세회피 목적의 거래형식을 갖출 충분한 유인이 있었다는 의견이나, 이에 대한 구체적인 입증4)이 없는 점에서 동 의견은 추정에 불과한 것으로 보이는 점 등에 비추어 처분청의 과세처분을 취소한 대상심판결정은 타당하다고 본다.
    4) 일반적으로 세금부과처분 취소소송에서 과세요건사실에 관한 입증책임은 과세권자에게 있다[(대법원2010두23378, 2012.8.17.) 판결 등 참조].








Ⅳ. 결 론


국세법 중 실질과세원칙에 대한 적용은 「소득세법」 제100조(기준시가에 의한 양도차익계산규정), 「조세특례제한법」 제99조의 5(영세개인사업자의 체납액 납세의무 소멸특례규정), 같은 법 제15조(벤처기업 출자자의 제2차 납세의무규정) 등은 특례규정에 해당한다 할 것이므로 이들 규정을 제외한 규정은 「국세기본법」 제3조에 따라 실질과세원칙의 규정이 우선 적용되어야 할 것이다.


그러나 「소득세법」 제5조(과세기간) 제1항에서 소득세의 과세기간은 1월 1일부터 12월 31일까지 1년으로 한다고 규정되어 있고, 동 규정을 「조세특례제한법」 제2조(정의) 제2호에서 따르고 있으며, 관련 취득 및 양도시기인 「소득세법 시행령」 제162조 제1항 제7호에서 “「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따라 공익사업을 위하여 수용되는 경우에는 대금을 청산한 날, 수용의 개시일 또는 소유권이전등기접수일 중 빠른 날. 다만, 소유권에 관한 소송으로 보상금이 공탁된 경우에는 소유권 관련 소송 판결 확정일로 한다.”라고 명확히 규정하고 있으며, 여러 개의 계약이 체결된 경우에 그 계약 전부가 하나의 계약인 것과 같은 불가분의 관계에 있는 것인지 여부는 계약체결의 경위와 목적 및 당사자의 의사 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 점에서 대상심판결정은 이러한 점 등을 잘 살펴 결정한 것으로 타당한 결정이라고 할 수 있다.




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세목 제목 저자 관련 문서번호 등록일
법인세법 박준석 2025-07-17
법인세법 최보광 2025-07-10
부가가치세법 이상준, 윤상범 2025-07-01
분류중 김한준 2025-06-19
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