가. 조세특례제한법 개정 및 관련예규의 변경 과정
쟁점세액공제 관련 질의에 대해 국세청은 당초 2019.12.31. 법률 제16835호로 개정된 「조세특례제한법」 부칙 제1조와 제2조에 따라 개정후 규정을 2020.1.1. 이후 개시하는 과세연도분부터 적용하는 것으로 해석(
서면법인-1503, 2020.11.19., 이하 “기존예규”라 한다)하였다.
이후 2022.5.4. 기획재정부는 개정후 규정 적용 시 공제 가능한 상시근로자의 수를 계산할 때 1안) 전체 증가한 상시근로자 수를 한도로 하여야 하는지, 2안) 전체 상시근로자의 수가 증가한 경우 각 호별로 청년등상시근로자와 청년등외 상시근로자 증가인원을 각각 적용하여야 하는지의 여부에 대한 질의에 대해 “1안)이 타당하다”고 회신(
조세특례제도과-322, 2022.5.4., 이하 “기재부예규”라 한다)하였으며, 이에 국세청은 2022.7.11. 기존예규를 삭제하였다.
나. 대상판결에 대한 평석
「조세특례제한법」 제29조의 7(고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제)은 신규 일자리 창출에 대한 세제상 지원을 강화하기 위해 종전의 고용창출 투자세액공제와 청년고용증대 세액공제를 통합ㆍ재설계하여 신설된 규정으로, 동 규정은 2018년 1월 1일 이후 개시하는 과세연도분부터 적용하고 있다.
쟁점규정의 신설 당시에는 세액공제 가능한 상시근로자의 수를 계산할 때 청년등상시근로자의 증가인원과, 청년등외 상시근로자의 그 증가인원을 각각 구분계산하여 어느 한쪽의 인원이 감소하였더라도 다른 한쪽의 증가인원과 통산하지 아니하고 별도로 계산하게 되어 있었는데, 2019.12.31. 개정된 쟁점규정에서는 “증가한 상시근로자의 인원 수를 한도로 한다”는 규정을 추가하여 어느 한쪽의 증가한 상시근로자 수에서 다른 한쪽의 감소한 상시근로자 수를 차감하여 이를 한도로 하여 쟁점세액공제의 금액을 산정하도록 개정되었다.
대상판결은 개정후 규정을 2019년 이전 귀속분에 대해서도 적용하는 것이 소급과세금지의 원칙을 위배하는 것인지가 쟁점이 된 사안이다.
처분청은 ① 개정후 규정의 개정이유를 보면, 쟁점이 되고 있는 “증가한 상시근로자의 인원 수를 한도로 한다”는 규정은 세액공제금액을 명확화하기 위한 것이라고 명시하고 있어 종전의 내용을 변경한다는 의미가 아니라 그 내용을 보다 명확하고 확실하게 해석될 수 있도록 개정한 것이라는 점, ② 쟁점 규정은 종전의 같은 법 제26조(고용창출투자세액공제)와 제29조의 5(청년고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제)을 통합한 것으로, 그 전신이라 할 수 있는 종전의 제29조의 5 제1항에서 “상시근로자의 증가한 인원 수 중 작은 수를 한도로 한다”고 규정한 사실이 있고, 쟁점 규정과 비슷한 입법 취지로 2012년 신설된 같은 법 제30조의 4(중소기업 사회보험료 세액공제)에서도 같은 법 시행령 제27조의 4 제3항에서 “해당 과세연도에 직전 과세연도 대비 증가한 상시근로자 수를 한도로 한다”고 규정한 바 있어 세액공제금액 계산 시 전체 상시근로자 증가 인원 수를 한도로 이미 적용된 사실이 있는 점을 감안하면, 쟁점 규정의 해석에 있어서도 전체 상시근로자의 증가인원을 한도로 하는 것으로 해석한다고 하더라도 납세자에게 예측하기 어려운 부담을 지워 법적 안정성을 해친다고 보기는 어렵다는 점, ③ 기재부 해석이 그동안 일반적으로 적용되어 오던 해석을 명확히 하여 쟁점 규정에 대한 해석을 정비한 것이고, 새로운 해석이나 관행이 아니므로 소급과세 금지의 원칙에 반한다고도 볼 수 없다는 점을 이유로 개정후 규정을 2019년 이전 귀속분에 대해서도 적용하여야 한다고 주장하였다.
요컨대 처분청은
국세기본법 제18조 제3항에서 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다는 규정에 근거하여 상기 ① ~ ③을 이유로 개정후 규정은 기존에 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 국세행정의 관행을 명확히 한 것일 뿐 새로운 해석이나 관행이 아니므로 소급과세 금지의 원칙에 반한다고도 볼 수 없다는 주장이다.
이에 대해 대상판결은 개정후 규정 및 관련 부칙에 따라 개정후 규정은 2020.1.1. 이후 개시하는 과세연도분부터 적용되는 것이고, 세액공제 대상 상시근로자 인원 수의 산정에 있어 납세자에게 다소 불리하게 개정된 개정후 규정을 2019년 이전 귀속분에 대해서도 적용하는 것으로 해석할 경우 소급과세금지의 원칙을 위배할 소지가 있는 점 등에 비추어 쟁점세액공제와 관련하여 청구인의 경정청구를 거부한 처분(부작위)은 잘못이 있는 것으로 판단하였다.
대상판결 이후에도 조세심판원에서는 대상판결과 동일한 쟁점을 사안으로 두고 있는 청구에 대해 일관된 법리를 기초로 개정 후 규정은 2020.1.1. 이후 개시하는 과세연도분부터 적용되는 것이라 판단하고 있다(
조심2023부6839, 2023.7.21.).
대상판결은 국세를 납부할 의무가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다는 소급과세금지 원칙에 근거하여, 기존의 기획재정부 및 국세청의 예규와 반대되는 판단을 하였다는 점에 의의가 있다.
