원고는 캐나다 소재 Nortel Networks Limited(이하 ‘Nortel’)와 2005.8.17. 합작투자계약(이하 ‘쟁점 투자계약’)을 체결하고, 2005.10.13. 내국법인인 엘지노텔 주식회사(이하 ‘소외 법인’)를 설립하였다.
원고, Nortel 및 소외 법인은 2005.10.26. 원고가 영업권을 포함한 네트워크 사업부문 전부를 소외 법인에 현물출자하는 방식으로 사업을 양도하는 내용의 출자양도계약(이하 ‘쟁점 출자계약’)을 체결하였다. 위 계약에는 소외 법인이 원고로부터 양도받은 실제 매출채권 가액이 목표 매출채권액에 미달할 경우, 원고가 소외 법인에 그 차액을 지급하여 사업양도대가를 정산하기로 하는 사후 정산 조항이 있었다. 한편 원고, Nortel 및 소외 법인은 쟁점 출자계약에 대응하여 Nortel이 소외 법인에 미화 1억 4,700만달러를 현금출자하고 소외 법인 보통주 1,000,001주를 교부받기로 하는 내용의 매매계약도 체결하였는데, 쟁점 출자계약과 위 매매계약은 모두 쟁점 투자계약의 부속계약에 포함되어 있었다.
원고는 쟁점 투자계약 등에 따라 2005.11.2. 네트워크 사업부문 중 매출채권 등 유형자산은 현물출자 방식으로, 영업권을 포함한 나머지 자산은 사업양도 방식으로 소외 법인에 이전하면서, 소외 법인으로부터 현물출자 대상 자산에 관하여는 소외 법인 보통주 999,999주와 우선주 4주, 나머지 사업양도 대상 자산에 관하여는 미화 1억 4,500만달러, 합계 3,044억 1,600만원 상당을 그 대가로 지급받았다. 원고는 위 대가에서 출자ㆍ양도 자산의 장부가액 등 2,758억 900만원을 차감한 286억 700만원을 사업양도이익으로 회계처리하였다.
삼일회계법인은 2006.1.20. 원고가 소외 법인에 네트워크 사업부문 일체를 양도한 날인 2005.11.2.을 평가기준일로 하여 ‘사업부가치평가에 대한 검토용역보고서’를 작성하였는데, 그 보고서에 의하면 원고 네트워크 사업부문의 2006년, 2007년 추정 매출액은 각각 6,000억원을 초과하고, 미래현금흐름할인법에 따라 평가한 영업자산 전체가치는 2,881억 5,600만원에 이른다.
이후 소외 법인이 양도받은 매출채권 가액이 목표 매출채권액에 미달하자, 원고는 쟁점 출자계약에 따라 소외 법인에 그 차액인 39억 600만원을 지급하였다. 소외 법인은 사업양도대가가 사후적으로 감소하였다는 이유로 출자 및 양도받은 자산ㆍ부채 및 영업권 가액을 조정하였다.
한편 원고와 Nortel은 2005.8.17. 우선주약정(이하 ‘쟁점 우선주약정’)을 체결하여 소외 법인 설립 후 2년간 국내 매출액이 각각 4,800억원 이상을 달성할 경우, 소외 법인은 원고에게 위 약정에 따른 환매대가를 지급하여 우선주 2주를 소각하고, 그와 동시에 Nortel에 새로운 우선주 2주를 발행하도록 정하였다. 그런데 쟁점 우선주약정은 쟁점 출자계약 및 위 매매계약과 달리, 쟁점 투자계약의 부속계약에 포함되어 있지 않았다.
소외 법인의 2006년, 2007년 국내 매출액이 쟁점 우선주약정의 우선주 유상감자 조건을 각각 충족하였다.
이에 소외 법인은 쟁점 우선주약정에 따라 2007.5.2. 및 2008.4.30. 임시주주총회를 개최하여 원고가 보유한 우선주 1주를 환매하여 소각하고, 감자대금과 같은 금액으로 Nortel에 우선주 1주를 발행하기로 각각 결의하였다. 그에 따라 소외 법인은 2007년, 2008년에 원고가 보유한 우선주 1주의 유상감자 및 Nortel에 대한 우선주 1주의 신주발행절차를 각각 진행하였는데, Nortel로부터 지급받은 신주 납입대금을 원고에게 감자대금으로 지급하였다.
원고는 소외 법인으로부터 2007년, 2008년에 우선주 감자대금으로 지급받은 합계 797억 7,400만원(이하 ‘쟁점 금원’)을 자본감소에 따른 의제배당액으로 보아, 2007, 2008 사업연도 법인세 신고 시 법인주주의 수입배당금 중 일정액을 익금불산입하도록 하는 구 법인세법(2008.12.26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법’) 제18조의 3 제1항을 적용하여 쟁점 금원 중 합계 283억 4,500만원을 익금불산입하였다.
피고는 쟁점 금원의 실질이 네트워크 사업양도대금으로서 구
법인세법 제18조의 3 제1항을 적용할 수 없다는 등의 이유로, 원고에게 2012.11.30. 2007, 2008 사업연도 법인세(가산세 포함)를 각 경정ㆍ고지하고, 이후 일부 가산세를 증액하였다가 이후 이를 각 감액경정하였다(이하 위 각 처분 중 감액되고 남은 부분을 통틀어 ‘이 사건 처분’).