원고는 유아동용 의류의 제조ㆍ판매 등을 영위하는 회사로서, 백화점 또는 대리점(이하 통칭하여 ‘판매점’)과 사이에 판매점들이 원고가 제조한 물품을 외상으로 매입하여 판매한 후, 그 판매수입에서 수수료를 공제한 나머지 금액을 원고에게 지급하고, 판매되지 않은 재고품은 반품하기로 하는 내용의 ‘특약매입계약’을 체결하였다.


원고는 2007 ~ 2009 사업연도 법인세 신고ㆍ납부에 있어, 재고반품조건부 재화공급의 손익귀속시기를 회계처리와 동일하게 “판매점이 최종 소비자에게 판매하는 날이 속하는 사업연도”로 하였는데, 서울지방국세청장(이하 ‘조사청’)은 2010.12.7.부터 2011.3.31.까지 원고에 대한 법인통합조사를 실시하여(이하 ‘1차 세무조사’) 국세청 예규(서이46012-11779, 2003.10.15.)에 따라 그 손익의 귀속시기를 ‘판매점에 인도하는 날이 속하는 사업연도’로 하여 과세표준과 세액을 경정하였다.


이후 기획재정부는 2016.5.2. 제조법인이 조건을 결정하는 거래의 경우 “대리점사업자가 제품을 최종소비자에게 판매하는 시점”으로 손익 귀속시기가 정해져야 한다는 취지로 밝혔다(기획재정부 법인세제과-384, 2016.5.2.). 이 당시 원고는 1차 세무조사 이후 1차 세무조사의 처분내용에 따라 판매점에 인도한 시점에 익금으로 산입하는 세무조정을 하고 있었으나, 조사청은 2018.10.15.부터 2018.11.27.까지 원고의 2013 ~ 2017 사업연도에 대한 법인통합조사를 실시하여(이하 ‘2차 세무조사’) 변경된 기획재정부 예규에 따라 ‘판매점이 최종 소비자에게 판매하는 날이 속하는 사업연도’를 익금의 귀속시기로 보고 과세표준과 세액을 경정하였다.


원고는 기획재정부 예규의 변경에 따라 재조정을 하는 경우 2012 사업연도는 오히려 과세표준이 증가하기에, 원고는 2018.12.3. 피고에게 2007 ~ 2009, 2011 사업연도에 관한 경정청구를 하였다. 그러나 피고는 2012 사업연도의 경우 과세표준이 증가하나 부과제척기간 만료로 경정이 불가하므로 그 이전 사업연도인 2007 ~ 2009, 2011 사업연도는 후발적 경정청구 사유에 해당하지 않는다고 보아 경정청구를 거부하였다. 이에 원고는 조세심판원에 심판청구를 하였으나 조세심판원은 이를 기각하였고, 이후 원고는 소를 제기하였다.

1심[(서울행법2021구합61895, 2023.1.12.) 판결]은 구 국세기본법 제45조의 2 제2항이 통상의 경정청구 외에도 일정한 사유가 발생한 경우 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 후발적 경정청구를 할 수 있도록 규정하고 있고, 같은 항 제4호가 ‘결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때’를 그 사유로 규정한 것은 과세관청이 전과 다른 과세기간에 소득이나 그 밖의 과세물건을 귀속시킴으로써 발생하는 이중과세를 방지하기 위한 것이라고 설시하였다.


그러나 2013사업연도 전기매출 조정분을 제거하는 경정으로 세액의 중복적인 모순확정이 발생하는 부분은 2012사업연도 당기 매출 조정분에 그치는 것이므로 ① 2012 사업연도 전기매출 조정분의 경우 피고가 부과제척기간의 만료로 새로운 경정을 할 수 없는 이상 ‘경정으로 인하여’ 영향을 받는다고 볼 수 없는 점, ② 원고는 2012 사업연도에 대한 후발적 경정청구를 하였다가 심판청구를 한 후 취하하였기에 2012 사업연도 당기매출분 세무조정을 제거하는 내용의 경정결정을 할 수 없었던 점, ③ 과세당국의 해석이 변경된 것은 후발적 경정청구 사유에 해당하지 않는 점, ④ 부과제척기간이 도과하면 과세권자는 감액경정결정도 할 수 없는 점, ⑤ 원고와 유사한 다른 동종업체가 법인세를 환급받은 사실이 있다는 사정만으로는 조세형평에 반한다고 보기 어려운 점, ⑥ 이사건 경정청구가 후발적 경정청구 사유에 해당하지 않는다면 과세관청의 부과권이 보장되었는지 여부는 고려대상이 아니라는 점 등을 고려할 때 이사건 처분은 후발적 경정청구의 요건을 갖추었다고 보기 어려우며, 신의성실의 원칙을 위반하거나 조세형평에 어긋난다고 보기 어렵다고 판시하였다.


2심[(서울고법2023누32374, 2023.7.14.) 판결]은 1심 판결을 그대로 인용하면서 원고의 추가 주장까지 판단하였다. 2심에서 원고는 후발적 경정청구의 대상이 되는 과세기간에는 제한이 없고 후발적 경정청구의 대상은 ‘과세기간에 대한 과세표준 및 세액’이므로 2013 사업연도 과세표준과 세액을 경정하여 모순적인 부분이 발생하는 것은 2012 사업연도 당기매출 조정분에 한정되는 것이 아니라 2012 사업연도의 정당세액에 따라야 한다고 주장하였다.


이에 2심은 원고의 1차 세무조정은 특정 사업연도에 행한 세무조정이 그 다음 사업연도에 반대의 세무조정을 거쳐 소멸하는 구조이므로, 특정 사업연도의 당기매출 세무조정과 그 다음 사업연도의 전기매출 세무조정분이 직접적으로 대응되는 관계에 있어 조정이 이뤄지는 경우 양자를 모두 제거하거나 모두 남겨두어야 한다고 하면서도, 특정 사업연도의 전기매출 세무조정분과 당기매출 세무조정은 아무런 관계가 없다고 판단하였다.


그리고 2013 당기매출 세무조정과 전기매출 세무조정분을 취소함으로 인해 직접적 영향을 받는 것은 2012 사업연도 당기매출 세무조정뿐이고 2012 사업연도 법인세의 경우 국세부과제척기간이 만료되었으므로, 피고는 특례부과제척기간에 따라 원고가 후발적 경정청구를 하는 경우 경정청구일로부터 2개월 내에 필요한 처분을 할 수 있었으나, 원고는 심판청구를 취하하였기에 피고로서는
2012 사업연도 당기매출 세무조정을 제거하는 내용의 경정결정을 할 수 없었다고 보았다. 또한,
2012사업연도 전기매출 세무조정에 대해서는 경정청구를 유지하였더라도 후발적 경정청구의 대상이 아니라고 판단하였다.


그리고 1심이 경정청구를 ‘과세표준’별이 아니라 ‘당기/전기 매출 조정분’으로 판단한 것에 대해서는, 후발적 경정청구의 대상이 되는 부분은 과세관청의 결정 또는 경정으로 인하여 직접적으로 영향을 받는 과세기간만이 포함된다고 하면서, 원고의 후발적 경정청구에 따라 피고가 2012 사업연도 당기매출 세무조정만을 제거하고 전기매출분 세무조정을 제거하지 아니함으로써 하나의 과세기간인 2012 사업연도에 손익귀속시기에 관한 서로 다른 기준이 혼재하게 되더라도, 이는 부과제척기간 도과로 2012 사업연도 전기매출 세무조정분을 제거할 수 없게 되어 발생하는 부득이한 결과에 불과할 뿐이므로, 동일한 사업연도에 하나의 손익귀속시기 기준이 적용되어야 한다는 원칙에 반한다고 볼 수 없다고 판단하였다.


또한, 2012 사업연도 전기매출 세무조정분은 후발적 경정청구의 대상이 아니므로 2012 사업연도 전기매출 세무조정분과 2012 사업연도 당기매출 세무조정분의 다소에 따라 우연적으로 발생하는 2012 사업연도 세액의 증감 여부는 후발적 경정청구 허용 여부의 고려대상이 될 수 없다고 보았으며, 2012 사업연도 당기매출 조정분에 한하여 후발적 경정이 이뤄진 후 환급세액이 원고가 부담해야 할 정당세액과 일치하지 않는 결과가 발생하더라도 이는 사업연도별 적용되는 법인세율의 차이와 누진세액 등으로 인하여 발생하는 것으로서 부과제척기간제도에 따른 부득이한 결과에 불과하고 이러한 차이로 인해 발생하는 세액의 중복적인 모순확정까지 후발적 경정청구 제도가 예정하였다고 볼 수 없다고 판단하였다.


대상판결은 이와 같은 2심 판결을 심리불속행 기각으로 확정하였다.¹⁾

본 사안은 국세청과 기획재정부의 손익귀속시기에 관한 해석의 차이로 인하여 이를 따르는 납세의무자들에게 혼선이 발생한 사례이다. 이와 유사한 사례가 발견된다면, 세무대리인으로서는 관련한 해석에 대해서도 주지할 필요가 있겠지만 더 나아가 후발적 경정청구에 관한 부분까지 한꺼번에 숙지할 필요가 있다. 다만, 대상판결이 전반적인 논리 구조가 명확하지 않은 측면이 있다고도 보이며, 경우에 따라 과세당국의 해석 변경만이 있음에도 불구하고 귀책사유도 없고 그에 상응하는 담세력도 없는 납세의무자가 재산권을 침해받는 사안도 발생할 수 있기에 이 경우 발생하는 불합리한 측면에 대해서는 국가가 책임을 질 필요가 있다고 본다.