적부2024-210, 2025.01.15
【제 목】
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손해배상 등에 관련한 소송에 불과하여 건물사용승인이 된 이상 용역의 공급이 완료된 것으로 보아야 함 | ||
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청구배경과 결정요지
【주문】 이 건 과세전적부심사청구는 불채택결정합니다. 【이유】 1.세무조사결과통지 내용 가.청구법인은 2001.2.19. 개업하여 경남 사업장에서 건축공사업을 영위하는 계속사업자로, 2021.11.17. 경남 □□시장 현대화사업 신축공사(이하 "쟁점건설용역”이라 한다)의 수급인으로서 도급인 ㈜○○과 공사도급계약을 체결하였다. 나. 청구법인은 2021.12.31.부터 2023.9.30.까지 쟁점공사를 실시하고 쟁점공사에 따라 신축된 건물(이하 "쟁점건물”이라 한다)을 2023.10.4. □□시청장으로부터 사용승인을 받았으며 2023.11.20. ㈜○○에 공급가액 8,631,660,000원의 매출세금계산서(이하 "쟁점세금계산서”라 한다)를 발행하였다. 다. 청구법인은 쟁점건설용역의 공사대금에 대한 최종 합의가 이루어지지 않아 쟁점건물의 공급시기가 도래하지 않은 것으로 보아 2024.1.23. 쟁점세금계산서를 취소하는 수정세금계산서(이하 "쟁점수정세금계산서”라 한다)를 발급하고 2024. 1.26. 2023년 제2기 부가가치세 기한후신고를 하였으며, ㈜○○은 2024.1.25. 쟁점세금계산서는 포함하고 쟁점수정세금계산서는 미포함하여 부가가치세를 신고, 환급받았다. 라. ○○세무서장은 2024.5.2.부터 2024.7.8.까지 ㈜○○에 대한 부가가치세 부분조사를 실시하고 쟁점건설용역의 공급시기를 사용승인일인 2023.10.4.로 보아 쟁점세금계산서에 대하여 지연수취 가산세를 부과하고 통지관서에 청구법인의 쟁점세금계산서 지연발급 및 쟁점수정세금계산서 가공발급에 대하여 과세자료를 통보하였다. 마. 통지관서는 2024.7.10. 청구법인에 쟁점세금계산서 지연발급 가산세 86,316,600원을 포함한 2023년 제2기 부가가치세 715,938,062원을 과세하겠다는 과세예고통지서를 발송하여 2024.10.8. 송달되었다. 바. 청구법인은 이에 대하여 2024.11.7. 이 건 과세전적부심사를 청구하였다. 2. 청구인 주장 가. 사실관계 1) 청구법인은 쟁점건설용역에 대한 시공계약을 ㈜○○과 체결하고 2023.11월 공사가 종료되었으나 쟁점건물의 준공검사가 이루어지지 않은 상황으로 실질적인 공사의 종료가 이루어지지 않은 상황임에도 2023.11.20. 공급가액 8,632백만원의 매출세금계산서를 발행하였다. 2) 청구법인과 ㈜○○ 간 쟁점건설용역 공사대금에 대한 최종 정산 합의 등이 이루어지지 않게 되어 사실상 쟁점건설용역의 공급시기가 도래하지 않았으므로 청구법인은 2024.1.23. 기발행 쟁점세금계산서를 취소하는 쟁점수정세금계산서를 발행하고 2023년 제2기 부가가치세 기한후신고를 하였으며 추후 공사금액이 확정되는 시점에 재발행하고자 하였으나, ㈜○○은 공사금액에 이견이 있는 상황에서 확정되지 않은 공급가액 및 부가가치세를 2024.1.25. 2023년 제2기 부가가치세 확정신고에 반영하고 부가가치세를 환급받았다. 나. 실질적 용역의 공급시기가 도래하지 않았으므로 쟁점수정세금계산서 발행은 적정행위이다. 1) 「부가가치세법」 제32조제1항은 적법하게 발행된 세금계산서를 교부하도록 되어있고, 쟁점세금계산서는 청구법인이 수행하는 쟁점건설용역이 완료되었다고 해도 세금계산서 발행 시 필수적 기재사항인 공급가액 및 그에 따른 부가가치세가 확정되지 않은 상황에서 발행된 잘못된 세금계산서이다. 2) 따라서 청구인이 발행한 쟁점세금계산서는 「부가가치세법」에 의한 적정한 세금계산서의 발행으로 볼 수 없으므로 동 세금계산서를 취소하는 쟁점수정세금계산서를 발행한 것은 정당한 행위라 할 수 있으며, 공사금액의 확정이 된 이후에 새로운 세금계산서를 발행하는 것이 적법한 행위라 할 수 있을 것이다. 3. 통지관서 의견 가. 사실관계 1) 청구법인은 ㈜○○으로부터 쟁점건설용역을 수주하여 2023.11.20. 준공기성금인 공급가액 8,632백만원의 세금계산서를 발급한 후 2024.1.23. 공급가액 미확정을 사유로 △8,632백만원의 수정세금계산서를 발급하고 위 쟁점수정세금계산서를 반영하여 2024.1.26. 2023년 제2기 부가가치세 기한후신고를 하였다. 2) ○○세무서장은 ㈜○○에 대한 부가가치세 환급검토 중 청구법인이 발행한 쟁점수정세금계산서가 미포함된 사실을 확인하고 ㈜○○에 대한 세무조사를 실시하였고, 통지관서는 청구법인의 기한후신고에 대하여 2024.4.19. ‘㈜○○에 대한 ○○세무서 조사 종결 후 조사결과를 바탕으로 기한후신고 결정을 할 예정’이라는 내용의 통지를 하였다. 3) ○○세무서장은 ㈜○○의 세무조사결과 쟁점세금계산서가 적정한 것으로 보아 2024.6.29. 지연 수취 가산세를 반영하여 약 820백만원을 환급하고 청구법인의 쟁점세금계산서 지연발급 및 쟁점수정세금계산서 가공발급에 대해 통지관서에 과세자료를 통보하였다. 4) 쟁점건설용역에 따라 신축된 쟁점건물은 2023.10.4. 사용승인된 것으로 확인되며, 최종 대금 정산과정에서 시행사 ㈜○○과 시공사 청구법인간의 의견 차이로 인해 현재 법정 다툼 중이다(△△지방법원 2024가합000000, 이하 "쟁점소송”이라 한다). 가) 청구법인은 쟁점세금계산서를 발급하고 ㈜○○에 공사비를 청구하였으나 이에 대하여 ㈜○○은 2023.11.26. 지체상금, 손해배상, 미시공비 공제 등의 명목으로 상계처리한다는 내용증명을 청구법인에 발송하였다. 나) 이에 청구법인은 2023.12.12. ㈜○○에 도급금액과는 별개로 재정산한 추가정산금 524백만원(이하 "추가정산금”이라 한다)을 청구하는 내용증명을 발송하였다. 나. 쟁점세금계산서는 지연발급, 쟁점수정세금계산서는 가공발급된 것이다. 1) 준공 후 소송진행 중인 경우 건설용역의 공급시기 법리 「부가가치세법」상 용역의 공급시기는 ① 통상적인 경우에는 역무의 제공이 완료한 때, ② 완성도기준지급조건부 등으로 용역을 공급하는 경우에는 ‘그 대가의 각 부분을 받기로 한 때’이며, ①, ②의 규정을 적용할 수 없는 경우 ③ 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때로 규정하고 있는바, 이는 역무의 제공이 완료되었음에도 공급시기가 도래하지 않았다고 보는 예외적인 경우로서 역무제공 완료 시 공급가액이 확정되지 않은 경우에 한정하는 것이다(대법원 2005.5.27. 선고 2004두9586 판결). 2) 건설용역의 공급시기 판단 가) 공급가액이 확정되는 때(법원 확정 판결일)를 공급시기로 보는 경우, 부가가치세 집행기준 16-29-1에 의하면 완성도기준지급조건부로 건설용역을 공급하면서 당사자간 기성금에 대한 다툼이 있어 법원의 판결에 의하여 대가가 확정되는 경우, 해당 건설용역의 공급시기는 법원의 판결에 의하여 대가가 확정되는 때(대법원 확정판결일, 단 하급심에서 소송이 종결되는 경우에는 상고기간 종료일)이며, 이는 공급가액 자체에 대한 다툼으로서 공사금액에 대한 약정을 하지 않았거나 역무제공 완료일까지 거래당사자간 용역대가를 확정하지 못한 경우, 공사원가 소요액에 대한 다툼으로 총 공사금액 또는 공사기성고가 결정되지 않은 경우 등에 해당한다. 나) 역무의 제공이 완료된 때(사용승인일 등)를 공급시기로 보는 경우, 건설용역의 제공이 완료된 때란 역무제공의 산출물이 사용가능한 상태에 있는 시점으로 완료여부가 불투명한 경우에는 준공검사일(사용승인일)을 완료일로 보며, 계약에 따라 받기로 한 공사대금이 정해진 상태에서 용역의 제공이 완료되었으나, 대금의 정산이나 공사지연에 따른 지체상금, 하자보수 등에 대한 분쟁으로 소송이 제기된 경우 해당 공급시기는 본 공사의 완료일이고, 이는 그 분쟁이 이미 공급이 완료된 용역의 하자 등으로 인한 손해배상이나 별도의 추가 공사용역에 대한 문제일 뿐이므로 역무제공의 완료 시 공급가액이 확정되지 않은 경우라고 볼 수 없기 때문이다(대법원 2011.2.10. 선고 2010두22924 판결 등). 3) 쟁점건설용역 공급시기에 대한 판단 가) 쟁점건설용역의 경우, 시공사 청구법인이 법원에 제출한 소장 및 준비서면과 시행사 ㈜○○이 발송한 내용증명 등을 살펴보면 쟁점소송은 추가정산금(추가공사와 미시공공사에 대한 정산) 및 미지급 공사대금의 지급요청, 공사지연에 대한 손해배상 및 지체상금 등에 관한 것으로서 당초 공사대금 기성금 8,632백만원 자체에 대한 분쟁으로 보기 어려우므로 공급시기는 준공일(사용승인일) 2023. 10.4.로 보는 것이 타당하다. 나) 쟁점건설용역은 공급시기의 예외사유 즉, 역무의 제공 완료에도 공급가액이 미확정된 경우에 해당하지 않는다. (1) 당초 도급계약금액은 확정된 채권금액이다. 시공사 청구법인은 쟁점소송을 제기하며 그 청구원인으로 추가공사비 등의 지급의무를 주장하면서도 당초 도급계약금액 22,660백만원은 확정된 채권으로, 추가정산금 524백만원은 별개의 청구액으로 구분한 것이 확인된다. (2) 쟁점소송에서 추가정산금 중 추가 공사용역은 당초 도급계약금액에 대한 다툼이 아니다. 추가정산금은 추가공사와 미시공공사에 대한 정산금으로, 청구법인이 정산한 추가금 524백만원 중 증액사항을 살펴보면, 그 증가분은 기존 계약에 있었던 것이 아닌 당초 누락분, 감독기관의 지적사항, 건축주의 요청 등에 의해 새롭게 발생한 추가 공사가 대부분이고, 이러한 사실은 2024.6.13. ○○세무서장의 세무조사에 출석하여 청구법인 담당자가 답변한 진술서에서도 확인되며 해당 금액은 공사대금 변경청구 대상은 될 수 있으나 확정된 도급계약금액에 영향을 미치는 사안은 아니다. (3) 추가정산금 중 미시공공사는 원도급공사의 하자 및 손해배상에 관한 것이다. 청구법인은 정산내역 중 ‘레진몰탈공사’, ‘준공청소’ 등 미시공 감액부분은 준공 전 2023.10월 경 시행사 ㈜○○과 협의한 사항으로 변경계약서는 없다고 하였고, ㈜○○은 이를 계약불이행이라고 주장하는데, 이러한 사항이 당초 계약내용에 따라 당초 계약금액에서 감액되는 사유인지 공사의 하자문제인지에 대하여 살펴보면(즉 당초 계약에의 영향을 검토하면), 계약서 특약사항 제3조에서는 ‘향후 공사금액의 변경청구는 설계변경이 3%이상 있을 경우에만 할 수 있다’고 규정하고 있는바, 쟁점건설용역의 전체내역에서 미시공된 공사부분이 차지하는 비중이 당초 계약의 변경이 필요한 정도로 공사의 주요한 부분에 해당한다고 볼 수 없고(대법원 2016.4.12. 선고 2014두35553 판결) 또한 ㈜○○의 주장대로 계약불이행이라면 당초 계약금액의 감액사유가 아닌 하자에 대한 손해배상의 성격으로도 볼 수 있다. 공사의 하자, 미시공분의 존재, 공사지연 등 공사잔대금 정산에 관하여 소를 제기한 사례에서 대법원은 ‘공사대금이 정해진 상태에서 이 사건 공사가 완료되어 사용검사까지 받은 이상, 공사잔대금 정산에 관한 분쟁으로 소까지 제기되어 그에 관한 판결에서 공사잔대금이 확정되었다고 하더라도 이는 공사에 관한 소가 아니라 원도급 잔대금에 관한 소임과 동시에 공급이 완료된 용역의 하자 및 공사지연으로 인한 손해배상에 관한 문제이므로 공급시기에 영향을 줄 수 없다’라고 판시하여 일부 미시공분에 대한 분쟁도 용역의 하자에 포함하여 보았다(대법원 2005.5.27. 선고 2004두9586 판결). 또한 청구법인은 미시공비를 증액된 추가공사비에서 감액한 후 지급요청하였고, ㈜○○은 지체상금에서 상계한바, 양측 모두 상대방에게서 추가로 받아야할 금액에서 차감하여 당초 공사금액에는 실제 영향이 없는 것으로 보인다. (4) 지체상금, 공사지연에 따른 손해배상, 미지급공사대금 지급요청은 확정된 도급계약금액과 무관하다. 준공승인까지 받아 이미 역무의 제공이 완료된 쟁점건설용역의 경우 진행중인 소송의 판결과는 무관하게 당초 계약에 의한 공급가액은 확정된 것이므로 「부가가치세법 시행령」 제29조제2항제1호를 적용할 여지가 없고 역무의 제공이 완료된 때가 공급시기가 되므로 준공승인일인 2023.10.4.를 공급시기로 보는 것이 타당하며 청구법인이 공급가액 미확정을 이유로 발급한 쟁점수정세금계산서는 「부가가치세법 시행령」 제70조에 의한 수정세금계산서 발급사유에 해당하지 않는다. 4) 추가공사에 대한 부분은 수정세금계산서 발급대상이다. 가) 법원은 당초 계약내용에 포함되지 않은 추가공사부분의 공급시기는 공사가 완료되고 그 추가공사비가 확정된 때가 공급시기가 된다고 봄이 타당하다고 판시하였다(대법원 2005.5.27. 선고 2004두9586 판결). 나) 국세청 또한 사업자가 당초 계약에 따른 조경공사 용역 제공을 완료한 후 발주자와의 사이에 설계 누락 등에 따른 추가공사비에 대한 다툼이 있어 조정위원회의 중재를 통하여 추가공사대금을 수령하는 경우 추가공사의 공급시기는 중재에 의하여 해당 대가가 확정되는 때를 공급시기로 보고 있으며(부가가치세과-2175, 2015.12.29.), 이는 수정세금계산서의 발급사유에 해당한다. 4.심리 및 판단 가.쟁점 이 건 수정세금계산서는 공급시기가 도래하지 않은 채 발급된 세금계산서에 대한 것이므로 수정세금계산서를 부인하고 이 건 부가가치세를 부과하겠다는 과세예고통지는 부당하다는 청구주장의 당부 나.관련법령 1) 부가가치세법 제16조【용역의 공급시기】(2023.7.1. 법률 제19194호로 개정된 것) ① 용역이 공급되는 시기는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때로 한다. 1. 역무의 제공이 완료되는 때 2. 시설물, 권리 등 재화가 사용되는 때 ② 제1항에도 불구하고 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기는 대통령령으로 정한다. 1-1) 부가가치세법 시행령 제29조【할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기】(2023.12.26. 대통령령 제34019호로 개정된 것) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 법 제16조제2항에 따른 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기로 본다. 다만, 제2호와 제3호의 경우 역무의 제공이 완료되는 날 이후 받기로 한 대가의 부분에 대해서는 역무의 제공이 완료되는 날을 그 용역의 공급시기로 본다. 1. 기획재정부령으로 정하는 장기할부조건부 또는 그 밖의 조건부로 용역을 공급하는 경우 2. 완성도기준지급조건부로 용역을 공급하는 경우 3. 기획재정부령으로 정하는 중간지급조건부로 용역을 공급하는 경우 4. 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우 ② 법 제16조제2항에 따른 용역의 공급시기는 다음 각 호의 구분에 따른다. 1. 역무의 제공이 완료되는 때 또는 대가를 받기로 한 때를 공급시기로 볼 수 없는 경우: 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때 2) 부가가치세법 제17조【재화 및 용역의 공급시기의 특례】 ① 사업자가 제15조 또는 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기(이하 이 조에서 "재화 또는 용역의 공급시기”라 한다)가 되기 전에 재화 또는 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고, 그 받은 대가에 대하여 제32조에 따른 세금계산서 또는 제36조에 따른 영수증을 발급하면 그 세금계산서 등을 발급하는 때를 각각 그 재화 또는 용역의 공급시기로 본다. ② 사업자가 재화 또는 용역의 공급시기가 되기 전에 제32조에 따른 세금계산서를 발급하고 그 세금계산서 발급일부터 7일 이내에 대가를 받으면 해당 세금계산서를 발급한 때를 재화 또는 용역의 공급시기로 본다. ③ 제2항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 재화 또는 용역을 공급하는 사업자가 그 재화 또는 용역의 공급시기가 되기 전에 제32조에 따른 세금계산서를 발급하고 그 세금계산서 발급일부터 7일이 지난 후 대가를 받더라도 해당 세금계산서를 발급한 때를 재화 또는 용역의 공급시기로 본다. 1. 거래 당사자 간의 계약서ㆍ약정서 등에 대금 청구시기(세금계산서 발급일을 말한다)와 지급시기를 따로 적고, 대금 청구시기와 지급시기 사이의 기간이 30일 이내인 경우 2. 재화 또는 용역의 공급시기가 세금계산서 발급일이 속하는 과세기간 내(공급받는 자가 제59조제2항에 따라 조기환급을 받은 경우에는 세금계산서 발급일부터 30일 이내)에 도래하는 경우 ④ 사업자가 할부로 재화 또는 용역을 공급하는 경우 등으로서 대통령령으로 정하는 경우의 공급시기가 되기 전에 제32조에 따른 세금계산서 또는 제36조에 따른 영수증을 발급하는 경우에는 그 발급한 때를 각각 그 재화 또는 용역의 공급시기로 본다. ② 제1항에도 불구하고 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기는 대통령령으로 정한다. 3) 부가가치세법 제32조【세금계산서 등】 ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서”라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다. 1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭 2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호 3. 공급가액과 부가가치세액 4. 작성 연월일 5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항 3-1) 부가가치세법 시행령 제70조【수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서의 발급사유 및 발급절차】 ① 법 제32조제7항에 따른 수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서는 다음 각 호의 구분에 따른 사유 및 절차에 따라 발급할 수 있다. 3. 계약의 해지 등에 따라 공급가액에 추가되거나 차감되는 금액이 발생한 경우: 증감 사유가 발생한 날을 작성일로 적고 추가되는 금액은 검은색 글씨로 쓰고, 차감되는 금액은 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급 5. 필요적 기재사항 등이 착오로 잘못 적힌 경우(다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우로서 과세표준 또는 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우는 제외한다): 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급하고, 수정하여 발급하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 발급 가. 세무조사의 통지를 받은 경우 나. 세무공무원이 과세자료의 수집 또는 민원 등을 처리하기 위하여 현지출장이나 확인업무에 착수한 경우 다. 세무서장으로부터 과세자료 해명안내 통지를 받은 경우 라. 그 밖에 가목부터 다목까지의 규정에 따른 사항과 유사한 경우 6. 필요적 기재사항 등이 착오 외의 사유로 잘못 적힌 경우(제5호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우로서 과세표준 또는 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우는 제외한다): 재화나 용역의 공급일이 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한 다음 날부터 1년 이내에 세금계산서를 작성하되, 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급하고, 수정하여 발급하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 발급 다.사실관계 1)청구법인 사업 내역 및 쟁점건설용역 도급계약 내역 가) 청구법인은 2001.2.19. 개업하여 경남 사업장에서 건축공사업을 영위하는 계속사업자로, 2023.11.28. △△지방법원에 회생절차개시를 신청하여 2023.12.28. 회생개시절차가 개시결정된 것으로 확인된다(△△지방법원 2023회합00000 참조). 나) 청구법인은 2021.11.17. ㈜○○으로부터 쟁점건설용역을 도급받는 공사도급계약을 체결하고, 총 계약금액 15,498백만원 중 선급금 1,549백만원과 계약보증금 1,567백만원을 제외한 기성부분금을 매 월 1회 지급하는 것으로 약정하였다. 다) ㈜○○은 2021.12월 쟁점건설용역의 도급인 지위를 ○○신탁㈜에 승계하는 승계계약을 체결하였고, 청구법인은 2022.7월 ㈜○○ 및 ○○신탁㈜과 쟁점건설용역에 관하여 전기소방ㆍ기계소방ㆍ통신 공사를 분리발주하는 공사도급계약 승계계약 변경계약을 체결하였으며, 2022.11.3. 총 도급계약금액을 22,660백만원으로 증액하는 내용의 도급변경계약(1차변경)을 체결하였다. 라) 청구법인은 2023.2.24. ㈜○○과 쟁점건설용역 도급변경계약(2차변경)을 체결하여 준공예정일을 당초 2023.2.27.에서 2023.9.30.로 연장하고 공사금액의 변경청구는 설계변경이 3% 이상 있을 경우만 할 수 있다는 특약사항을 약정하였다. 2) 쟁점건설용역 정산 관련 확인사항 가) 청구법인은 2023.11.20. ㈜○○에 쟁점건설용역 총 계약금 22,660백만원에서 전기소방공사 등 분리발주 하기로 약정한 금액 1,191백만원을 제외한 계약금액 21,468 백만원 중, 기수취한 쟁점건설용역 기성금 11,928백만원을 제외한 공사미수금 9,539,871,000원을 청구하였다. 나) 청구법인은 2023.11.20. 공급가액 8,631,660,000원(공급대가 9,494,826,000원)*, 품목명 ‘□□시장 현대화사업 신축공사 기성금, 공급받는자 ㈜○○의 쟁점세금계산서를 발급하였고, 2024.1.23. 공급가액변동을 사유로 하는 공급가액 (-)8,631,660,000원(공급대가 9,494,826,000원)의 쟁점수정세금계산서를 발급하였다. * 청구법인의 2023.11.20.자 정산요청금 9,539,871,000원에서 기청구 누계 공사미수금 잔액 45,045,000원을 제외한 공급대가 9,494,826,000원의 쟁점세금계산서 발급 다) ㈜○○은 2023.11.26. 청구법인의 공사미수금 청구에 대하여 지체상금, 손해배상부분, 미시공금액 등에 관한 금액 8,133,803,930원을 청구법인이 청구한 공사미수금 9,539,871,000원에서 상계처리한다는 내용증명을 발송하였다. 라) 청구법인은 ㈜○○의 내용증명에 대하여 2023.12.11. 미시공부분, 지체상금, 손해배상부분은 청구법인과 관련이 없는바, 공사미수금 9,539,871,000원을 지급하라는 내용의 회신을 하였고, 같은 날 추가정산금 524,590,000원에 대하여 ㈜○○에 정산요청공문을 송부하였다. 마) 청구법인은 2024.1.26. 2023년 제2기 부가가치세 기한후신고를 하면서 쟁점세금계산서 및 쟁점수정세금계산서를 모두 포함하여 (-)351,763,753원의 부가가치세를 신고하였다. 바) 청구법인은 2024.5.7. 공사미수금 9,539,871,000원과 추가정산금 524,590,000원 중 2023.11.22. 청구법인이 협력업체에 양도한 채권 5,734,767,340원을 제외한 최종 정산금 4,329,693,660원에 대하여 그 10%를 청구하는 소를 △△지방법원에 제기하였다(△△지방법원 2024가합000000 참조). 3) 쟁점건설용역 관련 부가가치세 신고 및 세무조사 내역 가) ○○세무서장은 2023.7.1.부터 ㈜○○에 대하여 청구법인과의 거래에서 사실과 다른 세금계산서 수취 혐의로 부가가치세 부분조사를 실시하고, 쟁점세금계산서와 관련하여 쟁점소송 내용 및 ㈜○○이 발송한 내용증명 등을 살펴볼 때 쟁점소송은 당초 공사대금 자체에 대한 분쟁으로 보기 어렵다고 판단하였다. (1) ○○세무서장의 ㈜○○에 대한 세무조사에서 청구법인 재무팀장은 청구법인이 2023.12.11. 요구한 추가정산금과 관련하여, ‘추가공사’는 당초 계약서의 누락분과 일부변경시공 부분으로, 추가공사금액 공급가액이 476,900,000원(부가가치세 포함 524,590,000원)이라고 진술한 것으로 확인된다. (2) ○○세무서장은 쟁점세금계산서 관련 용역 공급시기를 쟁점건물 사용승인일인 2023.10.4.로 보고 쟁점세금계산서에 대한 지연수취가산세 43백만원을 부과하고 2024.6월 통지관서에 청구법인에 대한 쟁점세금계산서 지연발급 관련 과세자료를 통보하였다. 나) 통지관서는 2024.7.10. 청구법인의 2023년 제2기 부가가치세 기한후신고에 대하여 쟁점수정세금계산서(공급가액 △8,631,660,000원)를 부인하여 매출금액 8,631,660,000원을 증액하고 쟁점세금계산서에 대한 지연발급 가산세 86,316,600원을 포함한 715,938,062원의 예상고지세액을 통지하였다.  라.판단 1)관련 법리 가) 「부가가치세법」 제16조제1항은 역무의 제공이 완료되는 때 등을 용역의 공급시기로 삼으면서 제2항에서 공급시기에 관하여 필요한 사항을 대통령령으로 정하도록 위임하고 이에 따라 위임을 받은 「부가가치세법 시행령」 제29조제1항은 제2호에서 완성도기준지급조건부로 용역을 공급하는 경우 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 용역의 공급시기로 규정하고 있으며 같은 법 시행령 제29조제2항제1호는 역무의 제공이 완료되는 때 또는 대가를 받기로 한 때를 공급시기로 볼 수 없는 경우 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때를 용역의 공급시기로 규정하고 있다. 나) 용역제공의 완료시 공급가액이 확정되는 통상적인 용역공급의 경우에는 역무제공의 완료시가 일반적인 공급시기가 된다 할 것이나, 역무제공의 완료시점에 공급가액이 확정될 수 없는 특별한 사정이 있는 경우에는 그 공급가액이 확정되는 시점을 용역의 공급시기로 보아야 할 것인데, 역무제공의 완료시점에 용역의 공급자와 수급자 사이에 공급가액에 관하여 다툼이 있어 소송으로 나아간 경우 그와 같은 분쟁이 사안의 성질상 명백히 부당하다고 할 수 없는 경우라면 그 공급가액의 확정 여부 및 시기는 거래의 성질이나 내용 및 법률상ㆍ사실상의 여러 사정을 종합적으로 고려하여 결정하여야 할 것이고 그에 따라 결정된 시점을 용역의 공급시기로 볼 것이다(대법원 2008.8.21. 선고 2008두5117 판결 등). 다) 다만 공사대금 정산에 관한 분쟁으로 소송이 제기되어 그에 관한 판결에서 공사잔금이 확정되었다고 하더라도, 공급이 완료된 용역의 하자 및 공사지연으로 인한 손해배상에 관한 문제이거나 별도의 추가공사용역에 관한 문제일 뿐인 경우, 역무제공의 완료시 공급가액이 확정되지 아니한 경우에 적용되는 「부가가치세법 시행령」 제29조제2항제1호를 적용할 것은 아니라고 할 것이다(대법원 2005.5.27. 선고 2004두9586 판결 등). 2)쟁점건설용역의 공급시기가 아직 도래하지 않은 것으로 볼 수 있는지에 대한 판단 가)위 법리와 앞서 살펴본 사실관계 및 다음 내용으로 볼 때 쟁점건설용역의 공급시기는 쟁점건물 사용승인일에 해당하는 것으로 보인다. (1)쟁점건설용역은 공사의 기성고에 따라 그 대금을 지급받기로 한 용역으로 「부가가치세법 시행령」 제29조제1항제2호의 완성도기준지급조건부 용역의 공급에 해당하고, 쟁점건설용역 도급계약에 의하여 준공검사 합격 후 약정된 공사대금을 받기로 정해진 상태에서 쟁점건물이 2023.10.4. 사용승인된 것으로 확인되므로 쟁점건물의 사용승인일을 용역의 공급시기로 보아야 할 것이다. (2) 또한 청구법인과 쟁점건설용역 시행사간에 쟁점건설용역 대금정산에 관한 분쟁으로 쟁점소송까지 제기되어 진행 중이라고 하더라도 청구법인과 시행사의 정산 관련 공문과 쟁점소송 소장에 비추어 볼 때 쟁점소송은 이미 공급이 완료된 쟁점건설용역의 하자 및 공사지연에 의한 손해배상 문제이거나 당초 쟁점건설용역 도급계약에 포함되어 있지 않은 별도의 추가공사용역에 관한 문제인 것으로 판단되며, 쟁점세금계산서는 추가정산금이 아닌 당초 약정된 공사대금에 관한 것으로 보이는바, 용역제공의 완료시점에 공급가액이 확정될 수 없는 특별한 사정이 있는 경우에 해당된다고 보이지 않는다. (3) 따라서 쟁점건설용역 도급계약에 의하여 받기로 한 대금이 정해진 상태에서 쟁점건설용역이 완료되어 쟁점건물의 사용승인까지 받은 이상, 쟁점소송이 진행 중이라는 이유로 역무제공의 완료시 공급가액이 확정되지 아니한 경우에 적용되는 「부가가치세법 시행령」 제29조제2항제1호를 적용할 수는 없는 것이므로 쟁점건설용역의 공급시기는 쟁점건물 사용승인일로 보는 것이 타당하다. 나)따라서, 통지관서가 세금계산서 지연발급가산세를 포함하여 이 건 부가가치세를 과세하겠다는 과세예고통지는 잘못이 없는 것으로 판단된다. 5. 결론 이 건 과세전적부심사청구는 청구주장이 이유 없다고 인정되므로 「국세기본법」제81조의15제5항제1호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. |
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477
건
| 문서번호 / 요지(제목) |
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| 적부2024-253, 2025.05.21 시가로 볼 매매실례가 없고 또 쟁점거래가 객관적 교환가치를 적정하게 반영하고 있다고 보기도 어려우며 다른 방법으로 그 시가를 산정하기 어렵다고 판단되므로 조사청이 시가를 보충적 평가방법으로 평가하여 특수관계인에 저가로 양도한 것으로 보아 부당행위계산부인 규정을 적용한 것은 잘못이 없음 |
| 적부2025-2, 2025.05.15 쟁점금융상품은 법인의 영업활동과 직접적인 관련성이 없고 만기가 3개월 이내 금융상품에 해당하지도 않으므로 증여세를 과세한 처분은 잘못이 없음 |
| 적부2025-46, 2025.05.14 쟁점과세예고통지서에 일부 기재사항이 누락되었다 하더라도 중대한 절차적 하자가 있다고 보기는 어려움 |
| 적부2025-22, 2025.03.26 쟁점고가주택 양도 당시 장기임대주택을 제외하고도 쟁점주택과 대체주택을 소유하고 있어 1세대 3주택 이상에 해당됨 |
| 적부2024-270, 2025.03.26 청구인은 직전사업연도 종료일 현재 양도자인 “주주 1인”이 쟁점법인의 주식을 소유하고 있지 않아 시가총액이 영(0)에 해당하더라도 “주주 1인”과 특수관계에 있는 “기타주주”가 소유하고 있는 쟁점법인의 시가총액이 대주주 요건을 충족하는 경우에는 “주주 1인”과 “기타주주” 모두 대주주에 포함하는 것이 합리적으로 보인다. |