적부2024-275, 2025.03.12
【제 목】
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중복조사에 해당하지 않으나 쟁점주식 거래는 비특수관계인간의 거래로서 부당행위계산부인은 적용할 수 없음 | ||
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청구배경과 결정요지
【주문】 이 건 과세전적부심사청구는 채택결정합니다. 【이유】 1.세무조사결과통지 내용 가.청구법인은 2018.7.23. 설립되어 상하수도 설비공사업을 영위하는 법인사업자로, 2018.12.20. ㈜A(이하 "A”라 한다)의 대표 B에게 20억원을 대여하는 조건으로 B이 보유한 A 주식 10,000주에 대하여 양수도계약을 체결하기로 하는 금전소비대차계약을 체결하였다. 나. 청구법인은 2018.12.28. B으로부터 A 주식 10,000주(이하 "쟁점주식”이라 한다)를 50억원에 매수하는 계약을 체결하여 2018.12.20.자 B에 대여한 20억원을 거래대금으로 갈음하면서 나머지 30억원을 추가로 지급하고, ‘A가 C투자를 주선인으로 하여 350억원의 신주인수권부사채 등을 발행할 예정’이며, ‘350억원 중 일부라도 조달되지 않을 경우 청구법인이 B에게 쟁점주식 재매입을 요구할 수 있다’는 특약사항을 약정하였다. 다. 청구법인은 2019.8.28. 위 특약에 따라 재매입을 요구하여 A와 쟁점주식 매매계약을 체결하고 2020.1.25. 쟁점주식을 A에 76.5억원에 매도하였다. 라. D지방국세청장은 청구법인에 대하여 2021.8.18.부터 2022.1.16.까지 2018 사업연도부터 2020 사업연도까지의 법인통합조사를 실시하였고 쟁점주식과 관련한 과세처분은 없었으며, E지방국세청장은 2021.12.19.부터 2022.1.20.까지 A에 대하여 2019 사업연도 법인통합조사를 실시하고 청구법인이 A에 쟁점주식을 저가양도한 혐의에 대하여 2022.2.2. 과세자료를 파생하였다. 마. 통지관서는 2022.7.7. 청구법인에 쟁점주식 양도에 대한 해명자료 제출안내를 발송하고 2024.11.21. ‘부당행위계산부인이 적용되는 저가양도에 해당하는지’를 쟁점으로 D지방국세청의 과세사실판단자문위원회의 과세결정을 거쳐 2024.12.3. 쟁점주식 시가를 보충적 평가방법에 의한 228억원으로 보고 2019 사업연도 법인세 45억원을 과세하겠다는 과세예고통지를 하였다. 바. 청구법인은 이에 대하여 2024.12.31. 이 건 과세전적부심사를 청구하였다. 2. 청구인 주장 가. 사실관계 1) 청구법인은 2018.12.20. 20억원을 대여하면서 B이 보유한 쟁점주식 대해 2018.12.28.까지 근질권을 설정하기로 하였고 금전대여 조건은 A가 2018.12.27.까지 C투자를 주선인으로 하여 350억원의 자금을 유치하면 주식양수도 계약을 체결하고 주식매매대금으로 상계처리하며, 자금유치에 성공하지 못하면 연 24% 금리를 가산하여 지급하도록 하고 B이 계약상 의무를 위반한 경우 10억원을 위약벌로 지급하는 것이다. 2) 청구법인은 2018.12.28. 추가로 30억원을 투자하면서 기존 대여한 20억원을 매매대금으로 갈음하고 B이 보유한 쟁점주식 1만주를 취득하는 주식매매계약(이하 "당초주식매매계약”이라 한다)을 체결하였고 같은 날 약정서를 작성하여 약정서 체결 후 2년간 매수인이 매각, 증여, 기타의 방법으로 제3자에게 주식을 이전할 수 없다고 약정하였으며, 당초주식매매계약 조건으로 A의 350억원 자금유치가 이루어지지 않을 경우 청구법인이 언제든지 B으로 하여금 재매입을 요구할 수 있고, B은 반드시 응하여 2019.2.28.까지 지분을 다시 매입해야 하고, 재매입가액은 투자 원금에 재매입대금 지급일까지 연 이율 24%를 가산한 금액을 지급하여야 한다는 것으로 이러한 당초주식매매계약은 사실상 일정 투자수익을 담보하는 양도담보적 성격이 상당하다. 3) 청구법인은 A의 외부투자가 이루어지지 않자 당초주식매매계약 특약에 따라 B에게 재매입을 요청하여 2019.8.28. 주식매도계약(이하 "주식재매입계약”이라 한다)을 체결하였고 거래대금은 쟁점주식을 매수할 당시 당초주식매매계약 특약사항에 기초하여 원금 50억원, 연 24%의 이자 1,085,589,041원과 투자 실패에 따른 위약금 10억원, 법인세 등 비용과 재매입기일이 지체된 데 대한 보상 564,410,959원의 합계 76억 5천만원으로 산정하였으며 청구법인은 원금을 초과하는 수익을 빠짐없이 계상하였다. 4) D지방국세청장은 쟁점주식 거래가 포함된 2018 사업연도부터 2020 사업연도를 조사대상 기간으로 하여 법인통합조사를 하면서 일체의 모든 장부와 서류를 예치하였고, 그 결과 쟁점주식 거래는 정당한 거래로 인정받아 추징대상에서 제외되었다. 5) 통지관서는 2022.7.7. 청구법인이 이미 D지방국세청장으로부터 중점세무조사를 받은 쟁점주식 거래에 대하여 해명자료 제출안내문을 발송하였고, 2년 4개월의 기간동안 담당 조사관만 4명으로 변경되기까지 질문조사권을 행사하였으며, 청구법인은 2022.10.11.부터 2024.9.4.까지 5회에 걸쳐 63페이지에 달하는 소명자료를 제출하였으나 다만 당시 청구법인 대리인은 ‘D지방국세청장의 세무조사를 받은 사실’ 및 ‘2018.12.28.자 당초주식매매계약에 따라 쟁점주식을 매도하여 정당하다는 사실’은 소명하지 못하였다. 6) 통지관서가 2024.11월 D지방국세청의 과세사실판단자문을 거쳤으나 이미 세무조사를 받은 사실은 청구법인과 통지관서 누구도 언급하지 않았다. 7) 2년 4개월의 기간 중 누구도 중복세무조사에 해당한다는 사실과 당초주식매매계약에 따라 쟁점주식이 매도된 점을 전혀 인식하지 못하여 쟁점주식 매도시점에 청구법인과 A간에 아무런 경제적 이해관계 없는 특수관계자가 아님에도 통지관서는 단순히 외견상 주식 1% 이상을 소유하였다는 점에 착안하여 형식적인 특수관계자로 판정하고 보충적 평가방법에 따른 평가액을 기준으로 부당행위계산부인 대상으로 판단하였다. 8) E지방국세청장이 A에 대한 2019 사업연도 법인통합조사를 하면서 통지관서에 쟁점주식 관련 과세자료를 통보한 것으로 추정되는데, E지방국세청장 역시 D지방국세청장의 세무조사 사실을 인지하지 못하였던 것으로 추정되며, 청구법인이 A에 탐문한바, 단순히 쟁점주식 매매가액이 보충적 평가방법에 의한 평가액과 차이가 있어 검토가 필요하다는 차원의 통보를 한 것으로 알고 있다고 하였다. 9) 청구법인은 이 건 과세예고통지에 따라 대리인을 새로 선임하였고, 이 건 과세예고통지가 위법한 중복세무조사에 기한 것으로 당연무효이기 때문에 이 건 과세전적부심사 청구에 이르게 되었다. 나. 신의성실과 근거과세 원칙을 위반한 중복조사에 해당한다. 1) D지방국세청장은 쟁점주식 거래를 포함하여 예치에 의한 비정기 세무조사를 실시하였고 쟁점주식 거래는 가장 중점적인 조사항목으로 추징 없이 종결되었다. 가) D지방국세청장은 2021.8.18.부터 2022.1.16.까지 무려 5개월 동안 사전통지 없이 비정기 통합세무조사를 실시하면서 일체의 모든 장부와 서류를 예치하였는데, 일시보관된 서류 중 쟁점주식 거래와 관련된 서류가 대부분을 차지하며 금전소비대차계약서와 무통장입금증 사본 등 총 18개의 서류를 예치하였다. 나) 청구법인의 다른 거래는 크지 않고, 쟁점주식 거래가 76억원으로 전 세무기간을 통틀어 가장 큰 거래로(’18년 매출액 25억원, ’19년 매출액 49억원, ’20년 매출액 57억원) 더욱 중점적인 세무조사 대상항목이었는데, D지방국세청장은 일시보관한 장부 등을 통해 비특수관계인간 이루어진 2018.12.28. 당초주식매매계약의 특약, 즉 A의 350억원의 자금유치가 이루어지지 않을 경우 청구법인이 50억원의 대여금, 연 24%의 이자 및 위약금 등의 가액으로 재매입하는 내용의 풋옵션을 설정한 것에 따라 2019.8.28. 주식재매입계약서가 작성되고 쟁점주식 거래가 이루어졌음을 확인하여 해당 거래가 정당한 거래이므로 부당행위계산 부인 대상으로 삼지 아니하고 추징 없이 조사 종결하였다. 2) 이 건 처분의 시작은 E지방국세청장의 과세자료 파생인데, E지방국세청장이 쟁점주식 거래에 혐의가 있다고 판단했다면 정확한 사실관계 파악을 위해 청구법인에 관련자료를 요청했어야 하며, 쟁점주식 거래와 관련하여 E지방국세청장의 세무조사결과 통지서에 아무런 조사항목이 존재하지 않는 것으로 보아 E청은 D지방국세청이 청구법인에 대하여 장기간에 걸쳐 세무조사한 사실을 인식하지 못한 상태에서 단순히 보충적 평가액과의 차이에 대하여 확인이 필요하다는 정도의 과세자료를 파생하였을 가능성이 높다. 3) E지방국세청이나 통지관서 어느 곳이라도 D지방국세청에서 일시보관하여 비정기 통합 세무조사를 한 사실을 알았다면 이 건 과세처분은 근원적으로 발생하지 않았을 것이므로 이 건 과세처분은 신의성실의 원칙과 근거과세의 원칙에 위배되는 중대한 위법 처분이다. 가) 법원은 과세관청에서 최초 세무조사를 부실하게 시행하였더라도, 이를 통해 확보된 자료에 기재된 내용과 동일한 사실에 관한 일부 자료만이라도 추후 보완된다면, 재조사를 몇 번이고 얼마든지 시행할 수 있다는 결론에 이르는바, 이는 과세관청의 부실한 세무조사를 조장할 우려가 있고 재조사를 금지하는 위 입법 취지에도 반하여 허용할 수 없다고 판결하였다(서울고등법원 2023.3.7. 선고 2021누37801 판결). D지방국세청장의 세무조사는 부실하게 시행된 것이 아니라 무려 5개월 동안 원시증빙 서류 일체를 예치하여 중점적으로 이루어진 것이고, E지방국세청장이 쟁점주식 거래를 다르게 보아 과세자료를 통보하여 과세처분토록 한 것은 「국세기본법」 제81조의4 ‘세무조사권의 남용 금지’ 제2항제1호 ‘조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’에 해당하지 않음에도 과세처분한 것으로서 「국세기본법」에서 금지하는 재조사이며 법원 판결에도 반하는 처분이다. 나) 「국세기본법 시행령」 제63조의2제2호의 과세관청 외의 기관이 직무상 목적을 위해 작성하거나 취득해 과세관청에 제공한 자료의 처리를 위해 조사하는 경우에 대해 법원은 과세관청이 종전 세무조사에서 작성하거나 취득한 자료는 포함되지 않는다고 판결하였고(대법원 2015.5.28. 선고 2014두43257 판결), D지방국세청장이 추징 없이 조사종결한 쟁점주식 거래에 대해 E지방국세청장이 거래 상대방에 대한 정기 세무조사를 실시ㆍ종결하고 쟁점주식 거래에 대해 과세자료를 통보하여 처분토록 한 것은 「국세기본법 시행령」 제63조의2 및 법원 판례에 반하는 처분이다. 다) 과세관청은 「국세기본법」 제16조 ‘근거과세’ 제1항 및 제2항에 의거하여야 하는데, 이 건 과세처분은 D지방국세청장이 혐의가 없다고 판단하여 조사결과통지서 조사항목에 추징없이 종결하였는데도 자료통보에 의해 처분한 것으로 근거과세의 원칙에 위배되는 처분이다. 라) 「국세기본법」 제15조는 ‘납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다’고 규정하고 있는데, 통지관서의 상급기관인 D지방국세청장이 근거과세 원칙에 따라 세무조사를 실시하여 정당하다고 판단한 쟁점주식 거래와 관련하여 하급기관인 통지관서가 명백한 조세탈루 혐의와 과세근거도 없이 과세자료처리로써 상급기관의 세무조사에 반하는 처분을 한 것은 상식적으로 합리적인 납세자가 납득하기 힘든 것으로 신의성실의 원칙에도 위배되는 처분이다. 다. 중복조사금지 위반으로 즉시 취소되어야 한다. 1) 같은 세목 및 같은 과세기간에 대해 동일한 개별사안에 대한 이 건 처분은 「국세기본법」에서 금지하는 재조사에 해당하므로 당연 무효로 위법한 처분이다. 가) 쟁점주식 거래는 D지방국세청장의 일시보관을 통한 고강도 비정기 세무조사를 통해 조세탈루의 명백한 혐의가 없어 추징되지 않았으므로 이 건 과세처분은 「국세기본법」 제81조의4에 위배되고 더욱이 동일한 개별사안인 쟁점주식 거래에 대해 이루어진 처분으로 중대ㆍ명백한 위법 처분이다. 나) 이 건 과세처분은 E지방국세청이 조사종결하고 통보한 과세자료에 근거한 것이고, 이미 D지방국세청장이 세무조사를 실시한 것으로 재조사 사유가 되지 못하는바, 「국세기본법 시행령」 제63조의2에 위배되는 중대ㆍ명백한 위법 처분이다. 2) 통지관서의 ‘충분한 소명이 없으면 과세자료 내용대로 처분됨’을 통지한 이 건 과세처분은 2년 4개월동안 4명의 담당 조사관이 변경되면서 질문ㆍ조사권을 행사하여 청구법인이 5차례 소명서를 포함, 방대한 자료를 대면 제출하였으므로 명백한 재조사에 해당하여 위법한 처분이다. 가) 통지관서는 쟁점주식 거래와 관련하여 거래가액의 적정여부 확인을 위하여 주식매매계약서 및 평가기준일 현재 비상장주식평가서와 대금수수내역 등을 제출할 것을 요구하였고, 청구법인은 D지방국세청장이 비정기 세무조사 당시 확보했던 일체의 서류를 다시 제출하는 한편, A의 협조를 받아 쟁점주식 가치평가를 실시하고 도합 63페이지에 달하는 방대한 소명서를 작성하여 5차례 대면제출하였다. 나) 법원은 ① 포괄적으로 질문ㆍ조사권을 행사하고 과세자료를 획득하였다면 원칙적으로 재조사가 금지되는 세무조사에 해당하고, ② 우편 등 서면통지하였다 하더라도 납세자에게 질문에 대답하고 검사를 수인하도록 함으로써 영업의 자유 등에 영향을 미치는 경우에는 현지확인 또는 해명안내의 절차에 따른 것이라고 하더라도 재조사가 금지되는 세무조사에 해당하고, ③ 납세자로서는 해명을 제대로 하지 못할 경우 증액경정이 이루어질 것이 충분히 예상될 경우에는 해명자료 제출안내문을 발송하여 자료제출을 요구하였더라도 재조사가 금지되는 세무조사에 해당되고, ④ 질문조사의 대상과 방법 및 내용, 조사를 통하여 획득한 자료, 조사행위의 규모와 기간 등을 종합적으로 고려하여 납세자 등을 직접 접촉하여 상당한 시일에 걸쳐 질문하거나 일정한 기간 동안의 장부 등을 검사ㆍ조사하는 경우에는 재조사가 금지되는 세무조사라고 판결하였다. 다) ① 통지관서가 청구법인에 A의 전반적인 자료를 제출토록 하여 포괄적인 질문ㆍ조사권을 행사한 점, ② 청구법인이 쟁점주식의 보충적 평가 및 그 적정성을 입증할 수 있는 제반 자료를 제출하기까지 청구법인에 통지관서의 질문ㆍ검사의 수인의무를 이행하도록 한 점, ③ 통지관서가 해명안내의 형식으로 자료제출을 요구하였지만 2년 4개월동안 다섯차례나 해명을 요구하여 자료 수집, 소명서 작성 및 대면 제출하기까지 청구법인의 영업의 자유를 상당히 침해한 점, ④ 청구법인이 적극적으로 해명자료 제출 및 소명을 하지 못할 경우 과세될 것이 충분히 예상되어 세무대리인을 고용하면서 다섯 차례나 소명한 점 등을 보건데, 이 건 처분은 명백히 재조사가 금지되는 세무조사로 중복조사에 해당하므로 당연무효로 위법한 처분이다. 라. 실체적으로도 쟁점주식 거래는 부당행위계산 부인 대상이 아니다. 1) 청구법인은 2018.21.28. 쟁점주식을 취득하면서 A가 350억원에 해당하는 전환사채 등을 발행하여 투자금을 모집하지 못하면 원금 50억원 연 24% 이자 등으로 쟁점주식을 재매입할 것을 특약사항으로 정하였으므로 「상속세 및 증여세법」(이하 "상증세법”이라 한다)상 보충적 평가액을 적용하는 것 자체가 불가능하다. 가) 청구법인은 2018.12.20. 금전소비대차계약서를 작성하여 B에게 20억원을 대여하였고, 2018.12.28. 당초주식매매계약서를 작성하여 기존 대여금 20억원 외 30억원을 추가하여 50억원에 해당하는 A 주식 1만주를 매수하였다. 나) 청구법인은 B이 차용하고자 하는 금전 30억원을 추가 대여하면서 확실한 대여금 담보를 위해 2018.12.28. 당초주식매매계약서의 형식으로 주식을 담보하여 총 50억원에 해당하는 금전을 대여하고, 특약사항으로 A에 쟁점주식을 다시 재매입요청할 수 있는 풋옵션을 설정하였다. 다) 2019.2.28.까지 A의 350억원 투자금 유치가 이루어지지 못하였으나 B의 자금사정이 여유치 않아 즉시 풋옵션을 실행하지 못하고 2019.8.28.에 당초주식매매계약 특약사항에 기초하여 원금 50억원, 연 24% 이자 1,0885,589,041원과 위약금 10억원 및 법인세 등 비용과 재매입기일이 지체된 데 대한 보상 564,410,959원의 합 7,650백만원으로 산정한 가액으로 쟁점주식을 재매매하는 주식재매입계약을 체결하였다. 라) 쟁점주식 거래는 당초주식매매계약에 따라 재매입 요청 및 거래가액을 미리 정한 풋옵션에 의해 이루어진 것으로, 2019.2.28.의 기한을 지키지 못해 지체된 보상액을 더하여 주식을 반환한 것으로 상증세법상 보충적 평가액을 적용하여 거래하는 것 자체가 불가능하며, 통지관서는 쟁점주식 거래가 특약조건의 풋옵션 등에 기초한 거래라는 사정을 몰랐고 종전 세무대리인도 이 사실을 인지하지 못하고 주장하지 않아 상증세법상 보충적 평가액으로 거래해야한다고 하여 과세처분된 것이다. 2) 쟁점주식 거래는 금전소비대차에서 비롯되고 일정 투자수익을 담보하는 등 실질이 양도담보 거래이다. 가) 청구법인은 2018.12.20. B에게 20억원을 대여하면서 금전소비대차계약을 체결하였고 B은 태양광 발전산업 투자를 위해 추가 30억원이 필요하여 청구법인은 기존 대여금 20억원 외 30억원을 대여하면서 쟁점주식에 대해 확실한 담보를 설정하기 위해 당초주식매매계약을 작성하고 대여금 50억원에 해당하는 A의 쟁점주식을 매수하였다. 나) 청구법인이 쟁점주식 재매입을 요구할 수 있고 투자원금에 재매입대금 지급일까지 연이율 24%를 가산한 금액을 지급하는 특약을 확정하고, 2년간 매수인이 매각, 증여, 기타의 방법으로 제3자에게 주식을 이전할 수 없도록 하는 점 등을 종합하연 청구법인이 일정 투자수익을 확실히 담보하고자 하는 양도담보 거래에 해당한다. 3) 쟁점주식 거래는 비 특수관계자간의 당초주식매매계약서의 풋옵션 조항에 따라 미리 정해진 가격으로 거래된 것이고, 실질이 양도담보 거래이므로 부당행위계산 부인의 과세처분은 위법하다. 가) 「법인세법」 제52조제1항은 부당행위계산 부인을 정의하고 있고, 「법인세법 시행령」 제88조제1항은 부당행위계산 부인 거래유형을 열거하며 조세의 부담을 부당하게 감소시키는 경우라고 규정하고 있으며, 법원은 ‘거래행위의 제반사정을 구체적으로 고려하여 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하여야 한다’고 판결하고 ‘부당행위계산부인의 기준시점은 그 거래대금을 확정짓는 거래당시를 기준으로 판단하여야 한다’라고 판결하였다. 나) 청구법인은 특수관계에 있지 아니한 A 측과 2018.12.28. 당초주식매매계약을 체결하면서 특약으로 일정 조건이 충족되지 않았을 때 A 측에 쟁점주식 재매입을 요구할 수 있는 권한을 행사할 수 있고 A는 이를 거부할 수 없으며, 재매입 요구시 거래가액은 재매입 시점의 주식가치 평가액이 아닌 투자원금에 연 24%의 이자와 A측의 위약에 따른 위약금 10억원 등을 합하여 거래대금을 산정하도록 한 사정을 본다면, 쟁점주식 거래는 금전소비대차에 기한 양도담보 거래로서 그 가액은 당사자 간의 거래 제반상황을 비추어 보건데 합리적인 것으로 상증세법상 보충적 평가액을 적용하여 저가양도한 것이라 볼 수 없어 부당행위계산 부인 대상이 아닌바, 이 건 처분은 위법하다. 다) 더욱이 당초주식매매계약서에 재매입 행사조건과 그 가액을 미리 정한 풋옵션에 의해 쟁점주식 거래가 이루어졌으므로, 주식매매거래로 보든 양도담보거래로 보든 부당행위계산 부인과 관련이 없고, 2018.12.28. 당초주식매매계약 체결 당시 청구법인과 A 측은 아무런 특수관계에 있지 아니하여 특수관계자간의 거래를 전제로 하는 부당행위계산 부인의 기본 전제조건조차 충족되지 않는다. 3. 통지관서 의견 가. 신의성실원칙 및 근거과세원칙에 위배되지 않는다. 1) 신의성실원칙은 합법성을 희생해서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의 형평에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있는 경우에 적용되는 것으로 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 법인세 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 때 이를 다시 경정한 사정만으로는 신의성실 원칙을 위배하였다고 볼 수 없다. 2) 통지관서는 청구법인이 쟁점주식 거래에 있어 시가로 볼 만한 거래가액을 결정하기 위해 합리적인 기준을 바탕으로 최선의 노력을 다한 결과로 쟁점주식 양도가액을 결정하였다고 볼 수 없어 상증세법상 보충적 평가방법으로 시가를 산정하여 시가와 양도가액 차액을 익금산입한 것으로 근거과세 원칙에도 위배되지 아니한다. 나. 조세탈루 혐의를 인정할만한 명백한 자료가 있는 경우로서 중복조사에 해당하지 않는다. 청구법인에 대한 D지방국세청장의 조사종결보고서 등 조사 관련 서류 검토결과, 세무조사 당시 쟁점주식 거래에 관한 조사는 이루어지지 않은 것으로 확인된다. 가) 당시 세무조사 담당에게 유선으로 확인한바, 청구법인과 A 관련 서류에 쟁점주식 관련 서류가 포함되어 있었는지는 기억나지는 않으나, 청구법인의 쟁점주식 거래는 조사 당시 소명요구 및 질문조사권 등을 행사한 사실이 없고 조사선정 검토표상 청구법인의 혐의내용에 관한 사항만을 확인하였다고 진술하였다. 나) E지방국세청장은 A의 대표 B과 청구법인의 쟁점주식 거래는 양도담보 실행을 가장한 실질적 양도거래에 해당하는 것으로 판단하였고 이에 B은 세무조사기간 내인 2022.1.12. 쟁점주식 거래에 대한 양도소득세를 기한후신고 한 것으로 확인된다. 다) 더불어, E지방국세청장이 파생한 자료는 청구법인에 대한 세무조사와 별개로 A에 대한 조사 결과 쟁점주식 거래에 관련한 소득을 변칙적으로 탈루하고자 한 명백한 혐의에 따라 파생된 과세자료이다. 라) 당초주식매매계약서에서 청구법인은 2019.2.28.까지 재매입 요구가 가능하도록 약정되어 있었으나 2019.2.28.까지 청구법인의 재매입에 대한 요구가 없었고, 2019.8.28. 청구법인과 A 간의 별도의 주식재매입계약을 체결하고 B이 아닌 A에게 쟁점주식을 매도하였으며 A가 청구법인에 지급한 양도대금 7,650백만원은 당초 B과 청구법인간의 재매입으로 약정된 금액과 상이하므로 이는 양도담보가 아닌 각각 별개의 양도거래로 보는 것이 타당하다. 마) B이 기한후신고에 따른 가산세 448,437,970원을 부담하면서까지 양도소득세를 기한후신고한 사실은 B도 청구법인에 쟁점주식을 양도한 거래가 실질적인 양도거래임을 스스로 인정한 것이며, B의 시인에 따라 청구법인이 A에 쟁점주식을 재양도한 거래 역시 실질 양도거래에 해당한다. 바) 통지관서의 해명요청시 청구법인은 쟁점주식 계약일 시점의 시가평가에 관련한 자료를 제시한 바 없고 사후에 평가한 서류를 제시한 점 등으로 보아 쟁점거래는 D지방국세청장의 조사 시 별도 확인이 이루어지지 않은 것으로 판단된다. 사) 이에 기조사 여부와 별도로 청구법인이 쟁점주식을 주식양도담보거래로 가장하여 쟁점주식을 저가에 양도한 변칙거래 관련 자료로서 조세탈루 혐의를 인정할만한 명백한 자료에 해당하므로 중복조사에 해당하지 않는다. 다. 특수관계자간 저가양도로 부당행위계산 부인 대상에 해당한다. 1) 통지관서는 청구법인이 특수관계인에게 비상장주식인 쟁점주식을 양도한 거래에 대하여 저가양도로 보아 부당행위계산부인 규정을 적용할 수 있는지에 대하여 2024.9.24. D지방국세청의 과세사실판단자문을 심의요청하였다. 가) 과세사실판단자문위원회 회의 당시에도 청구법인이 제시한 금전소비대차계약 및 채권ㆍ채무상계 계약서, 당초주식매매계약서, 2019.8.28.자 주식재매입계약서로 부당행위계산 해당여부를 검토하였으며 자문위원이 쟁점주식 거래의 실질이 주식양도담보에 해당하는지 여부를 청구법인 대리인에게 질의하였으나 청구법인 대리인은 실질적인 주식양도에 해당한다고 일관되게 주장하였다. 나) 2018.12.28. A 대표 B이 청구법인에 양도한 쟁점주식과 관련하여 B이 2022.1.12. 양도소득세를 기한후신고 한 사실에 따르면 B이 쟁점주식을 양도한 것은 금전소비대차에 따른 양도담보 성격이 아닌 실질양도에 해당하는 것이고 2019.8.28. 청구법인이 A에 쟁점주식을 양도한 것은 담보 반환이 아닌 실질양도에 해당하는 것이다. 2) 당초주식매매계약일인 2019.8.28.을 기준으로 특수관계인 여부를 판단하여야 하며 청구법인은 A의 주식을 10,000주(지분율 161.67%) 보유하고 있어 특수관계자에 해당한다. 가) 2024.11.24. D지방국세청 과세사실판단자문위원회는 쟁점주식 거래는 특수관계인간 쟁점주식의 가액을 임의의 방식으로 산정하여 거래한 점, 합리적인 가격결정을 하였음을 인정할 객관적인 증거가 없는 점, 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 점에 따라 부당행위계산부인 적용대상이며, 납세자가 8개월 전 취득한 가액을 매매사례가액으로 인정할 수 없는 점, 시가로 볼만한 매매사례가액 등이 없으므로 주식발행법인의 순자산가치와 순손익가치를 고려한 보충적평가액으로 쟁점주식의 시가를 산정함이 타당하다고 의결하였다. 나) 청구법인과 A의 쟁점주식 거래는 시가로 볼만한 거래가액을 결정하기 위해 합리적인 기준을 바탕으로 최선의 노력을 다한 결과로 쟁점주식 양도가액을 결정하였다고 볼 수 없으므로 쟁점주식의 시가를 산정하기 어려운 경우에 해당하고, 상증세법상 보충적 평가방법으로 시가를 산정하여 그에 따른 평가액과 양도가액의 차액에 대해 부당행위계산 부인을 적용한 이 건 과세처분은 정당하다. 4.심리 및 판단 가.쟁점 1) 중복조사금지원칙 위반이라는 청구주장의 당부 2) 쟁점주식 매각거래는 부당행위계산부인 적용대상이 아니라는 청구주장의 당부 나.관련법령 1)국세기본법 제15조【신의ㆍ성실】(2019.1.1. 법률 제16097호로 개정된 것) 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다. 2)국세기본법 제16조【근거과세】 ① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이에 관계되는 증거자료에 의하여야 한다. ② 제1항에 따라 국세를 조사ㆍ결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다. 3)국세기본법 제81조의4【세무조사권 남용 금지】 ① 세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사(「조세범 처벌절차법」에 따른 조세범칙조사를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다. ② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다. 1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우 4)법인세법 제52조【부당행위계산의 부인】(2019.1.1. 법률 제16009호로 개정된 것) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산”이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다. ② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 "시가”라 한다)을 기준으로 한다. ④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 4-1)법인세법 시행령 제52조【부당행위계산의 부인】(2019.9.16. 대통령령 제29892호로 개정된 것) ① 법 제52조제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 3. 자산을 무상 또는 시가보다 낮은 가액으로 양도 또는 현물출자한 경우. 다만, 제19조제19호의2 각 목 외의 부분에 해당하는 주식매수선택권등의 행사 또는 지급에 따라 주식을 양도하는 경우는 제외한다. 4-2)법인세법 시행령 제89조【시가의 범위 등】 ① 법 제52조제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다. ② 법 제52조제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다. 2. 「상속세 및 증여세법」 제38조ㆍ제39조ㆍ제39조의2ㆍ제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정 및 「조세특례제한법」 제101조를 준용하여 평가한 가액. 이 경우 「상속세 및 증여세법」 제63조제1항제1호나목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가함에 있어 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 한국거래소 최종시세가액으로 하며, 「상속세 및 증여세법」 제63조제2항제1호ㆍ제2호 및 같은 법 시행령 제57조제1항ㆍ제2항을 준용할 때 "직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다)”은 각각 "직전 6개월”로 본다. 4-3)상증세법 제63조【유가증권 등의 평가】(2019.1.1. 법률 제16102호로 개정된 것) ① 유가증권 등의 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다. 1. 주식등의 평가 나. 가목 외의 주식등은 해당 법인의 자산 및 수익 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한다. 4-4)상증세법 시행령 제54조【비상장주식등의 평가】(2019.2.12. 대통령령 제29533호로 개정된 것) ① 법 제63조제1항제1호나목에 따른 주식등(이하 이 조에서 "비상장주식등”이라 한다)은 1주당 다음의 계산식에 따라 평가한 가액(이하 "순손익가치”라 한다)과 1주당 순자산가치를 각각 3과 2의 비율[부동산과다보유법인(「소득세법」 제94조제1항제4호다목에 해당하는 법인을 말한다)의 경우에는 1주당 순손익가치와 순자산가치의 비율을 각각 2와 3으로 한다]로 가중평균한 가액으로 한다. 다만, 그 가중평균한 가액이 1주당 순자산가치에 100분의 80을 곱한 금액 보다 낮은 경우에는 1주당 순자산가치에 100분의 80을 곱한 금액을 비상장주식등의 가액으로 한다. ② 제1항의 규정에 의한 1주당 순자산가치는 다음의 산식에 의하여 평가한 가액으로 한다. 1주당 가액 ＝ 당해법인의 순자산가액 ÷ 발행주식총수(이하 "순자산가치”라 한다) 다.사실관계 1) 청구법인 및 A 기본 사항 가) 청구법인 기본 사항 (1) 청구법인은 2018.7.23. 개업하여 서울 F 사업장에서 상하수도설비공사업을 영위하는 법인으로 국세청 전산시스템에 따르면 2019년 매출액 4,871백만원, 당기순손익 1,580백만원으로 확인된다. (2) 청구법인이 A로부터 쟁점주식을 취득한 2018년 청구법인 대표자는 G이며 현 대표자 H은 2022년 정정등록된 것으로 확인된다. <표> 청구법인의 사업연도별 법인세 등 신고내역  나) A 기본 사항 (1) A는 2011.1.10. 개업하여 전남 I 소재지에서 전기공사업을 영위하는 법인으로, 2017 사업연도말 대표 B이 지분율 100% 주주였다가 2018 사업연도말 현재 B이 50,000주, 청구법인이 10,000주를 보유한 주주이고, 2019 사업연도 매출액 162,051백만원, 당기순이익 5,110백만원으로 확인된다. (2) A는 감사보고서상 2019 사업연도에 청구법인으로부터 자기주식(쟁점주식)을 취득한 것으로 확인되며 2020 사업연도말 현재 주주현황은 B이 50,000주, A가 10,000주의 보유주주로 확인된다. 2) 쟁점주식 관련 사항 가) 2018.12.20. 금전소비대차계약 및 채권ㆍ채무 상계계약 청구법인은 A 대표 B과 당초주식매매계약을 체결하기에 앞서 2018.12.20. 금전소비대차계약 및 채권ㆍ채무 상계계약(이하 "금전소비대차계약”이라 한다)을 체결하였고, 금전소비대차계약 내용에 따르면 ‘B의 요청에 따라 청구법인이 B에게 금전을 대여하고 대여한 금전을 주식매매대금으로 상계처리하기로 하는 계약’으로서 청구법인은 2018.12.27.까지 A의 350억원 상당의 자금조달 성공을 전제로 20억원을 대여해주는 것으로 확인된다. <금전소비대차계약서 일부 발췌> [제4조 금전대여의 조건] ① 을(B)은 위 3조의 대여금 전액(20억원)을 을이 A로부터 대여받은 금액을 상환하는 용도로만 사용하여야 하며, 절대 다른 용도로 사용해서는 안된다. ② 위 3조에 따른 금전의 대여에 있어 2018년 12월 27일까지 주식 양수도계약이 체결되지 않아 주식매매대금으로 상계 처리되지 않았을 경우 을은 본 대여금을 담보하기 위한 목적으로 자신 소유의 A 주식 10,000주에 대해서 본 대여금채권을 위하여 갑(청구법인)에게 담보로 제공하고 2018년 12월 28일까지 주식 근질권설정계약을 체결하고 관련 절차를 이행한다. ③ 위 3조에 따른 금전의 대여는 갑과 을이 주식 양ㆍ수도계약을 체결하기에 앞서 을의 필요와 요청에 따라 이루어지는 것으로서 양 당사자는 상호 간에 주식 양ㆍ수도계약을 체결하면 본 건 대여금 주식매매대금과 상계 처리하는 데에 합의한다. ④ 양 당사자 간의 주식 양ㆍ수도계약은 A가 C투자를 주선인으로 하는 BW, CB 발행 등을 통한 350억원 상당의 자금조달의 성공을 전제로 하며, 양 당사자가 상호 합의한 시점(2018년 12월 27일까지 또는 양 당사자가 달리 합의한 시점)까지 체결하기로 한다. ⑤ A가 2018년 12월 27일까지 BW, CB 발행에 성공하지 못할 경우에는 양 당사자 간의 주식 양ㆍ수도계약은 체결하지 아니한다. ⑥ 위 5항의 경우가 발생하면 을은 갑에게 본건 대여금(원리금)을 2019년 1월 31일까지 전액 상환하여야 한다. 이 때 이자금액은 금전 대여일로부터 연 24% 금리로 가산하여 지급하여야 한다. ⑧ 을이 주식근질권설정의무 등 본 계약상 의무를 위반할 경우, 즉시 기한의 이익을 상실하고 대여금의 변제 등 의무를 이행하여야 하며, 이와 별도로 금 일십억원을 위약벌로 지급하여야 한다. 나) 2018.12.28. 당초주식매매계약 및 약정서 (1) 청구법인은 2018.12.28. B으로부터 쟁점주식을 50억원에 매수하고 금전소비대차계약에 따라 대여한 20억원을 쟁점주식 대금과 상계처리하는 당초주식매매계약을 체결하였다. (2) 청구법인은 당초주식매매계약을 체결하면서 청구법인이 약정서 체결일 이후 1년이 도래하는 날로부터 A의 코스닥 상장 전까지 B에 쟁점주식을 재매각할 수 있는 권리 ‘풋옵션’을 행사할 수 있다는 내용의 약정서를 체결하였고, 약정서에 따르면 ‘청구법인은 쟁점주식 취득 이후 2년간 매각 등의 방법으로 제3자에게 쟁점주식을 이전할 수 없다’고 약정되어 있다. (3) 청구법인 진술에 따르면, A는 태양광 발전사업에 투자하여 코스닥에 상장하기 위해 C투자를 통해 전환사채 등 350억원을 발행할 계획이었으며 태양광 발전사업 관련 전기공사업자 등록기준인 자본금 등의 요건을 충족시키기 위하여 청구법인으로부터 50억원을 차입하면서 위 당초주식매매계약 및 약정서를 체결한 것으로 보인다. 다) 2019.8.28. 주식재매입계약 청구법인은 A가 350억원의 자금조달에 실패하자 2019.8.28. A에 쟁점주식을 7,650백만원에 매도하는 계약을 체결하고 주권은 중도금을 지급하는 2019.11.20. 양도하는 것으로 약정하였다. 라) 쟁점주식 재매입가액 산정 내역 청구법인은 주식재매입계약에서 체결한 쟁점주식 가액 7,650백만원은 ① 50억원의 원금 및 ② 원금 대여일로부터 2019.11.20.까지의 일할계산된 이자(연 24%) 1,085,589,041원, ③ 위약금 10억원, ④ 쟁점주식 거래에 따른 법인세 등의 비용* 564,410,959원이 포함되어 있는 것으로 진술하였다. * 법인세 583백만원[매도가능증권 매매차익 2,650백만원(7,650백만원-5,000백만원)*0.22]+증권거래세 38백만원=621백만원의 일부 564백만원으로 산정함 마) 쟁점주식 양도거래 신고내역 (1) 청구법인은 쟁점주식을 매도한 거래와 관련하여 2020.7.23. 38,250,000원의 증권거래세를 신고하였고 2020 사업연도 법인세 신고시 2,650백만원의 매도가능증권처분이익을 계상한 것으로 확인된다. (2) B은 쟁점주식을 청구법인에 매도한 거래와 관련하여, A에 대한 E지방국세청장의 세무조사 종결 전인 2022.1.12. 2018년 과세연도 양도소득세 1,418,557,970원를 기한후신고하고 같은 날 증권거래세 25,000,000원을 신고하였다. 3) 청구법인 및 A 세무조사 관련 사항 가) 청구법인 세무조사 관련 사항 (1) D지방국세청장은 2021.8.18.부터 2022.1.16.까지 청구법인의 2018.1.1.부터 2020.12.31.까지에 대한 법인통합조사를 실시하였고, 일시보관서류 목록에 ‘A 관련서류’가 기재되어 있으며, 청구법인은 ‘A 관련서류’ 파일에 포함되어 있던 자료로서 금전소비대차계약, 당초주식매매계약서, 20억원 입금증 등의 사진을 제출하였다. (2) D지방국세청장은 세무조사결과 업무무관비용 등의 내용으로 2022.1. 21. 법인세 53백만원의 예상고지세액을 통지하였고, 통지내역상 쟁점주식 관련 항목은 확인되지 않는다. 나) A 세무조사 관련 사항 E지방국세청장은 2021.12.19.부터 2022.1.20.까지 A의 2019 사업연도 법인통합조사를 실시하고 2022.1.21. 62백만원의 예상고지세액을 통지하였고 통지내용 중 쟁점주식 관련된 내역은 확인되지 않는다. 4) 통지관서의 과세예고통지 관련 사항 가) 과세자료 해명자료 제출 안내 통지관서는 청구법인에 쟁점주식을 A에 매도한 거래와 관련하여 2022.2.2. E지방국세청에서 파생한 과세자료에 대하여 2022.7.7. 해명자료 제출 안내를 발송하였다. 나) 청구법인의 해명자료 제출 청구법인은 2022.10.11.부터 2024.9.4.까지 5회에 걸쳐 해명자료를 제출하였고, 해명자료의 주요 내용은 ‘청구법인은 A에 대한 경영권이 없어 특수관계자에 해당하지 않고’, ‘보충적 평가방법에 따른 가액은 객관적 교환가치를 반영하지 못한다’는 것으로 확인된다. 다) 과세사실판단자문위원회 의결결과 통지관서가 2024.9월 D지방국세청의 과세사실판단자문을 신청한 결과 2024.11.21. ‘청구법인이 쟁점주식을 A에 매도한 거래는 특수관계자간 저가양도로 부당행위계산부인 적용대상이며 상증세법상 보충적 평가방법에 따라 시가를 산정하는 것이 타당하다’고 의결된 내용이 확인된다. 라) 과세예고통지 내용 통지관서는 2024.12.3. 상증세법상 보충적 평가방법에 따라 쟁점주식의 시가를 22,807,310,000원으로 산출하여 주식재매입계약에 따른 쟁점주식 거래가액 7,650,000,000원과의 차액 15,157,310,000원을 부당행위계산부인 규정에 따라 익금산입하여 2019 사업연도* 법인세 4,558,682,240원의 예상고지세액을 통지하였다. * A의 2019년 감사보고서 및 주식재매입계약 내용에 따라 2019 사업연도 귀속으로 과세함 라.판단 1)쟁점① 관련 가)관련 법리 세무조사는 국가의 과세권을 실현하기 위한 행정조사의 일종으로서 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하고 장부ㆍ서류 그 밖의 물건을 검사ㆍ조사하거나 그 제출을 명하는 일체의 행위를 말하며, 부과처분을 위한 과세관청의 질문조사권이 행하여지는 세무조사의 경우 납세자 또는 그 납세자와 거래가 있다고 인정되는 자 등은 세무공무원의 과세자료 수집을 위한 질문에 대답하고 검사를 수인하여야 할 법적의무를 부담한다. 한편 같은 세목 및 과세기간에 대한 거듭된 세무조사는 납세자의 영업의 자유나 법적 안정성 등을 심각하게 침해할 뿐만 아니라 세무조사권의 남용으로 이어질 우려가 있으므로 조세공평의 원칙에 현저히 반하는 예외적인 경우를 제외하고는 금지될 필요가 있다. 그러나 과세자료의 수집 또는 신고내용의 정확성 검증 등을 위한 과세관청의 모든 조사행위가 재조사가 금지되는 세무조사에 해당한다고 볼 경우에는 과세관청으로서는 단순한 사실관계의 확인만으로 충분한 사안에서 언제나 정식의 세무조사에 착수할 수밖에 없고 납세자 등으로서도 불필요하게 정식의 세무조사에 응하여야 하므로, 납세자 등이 대답하거나 수인할 의무가 없고 납세자의 영업의 자유 등을 침해하거나 세무조사권이 남용될 염려가 없는 조사행위까지 재조사가 금지되는 ‘세무조사’에 해당한다고 볼 것은 아니다. 그리고 세무공무원의 조사행위가 재조사가 금지되는 ‘세무조사’에 해당하는지 여부는 조사의 목적과 실시경위, 질문조사의 대상과 방법 및 내용, 조사를 통하여 획득한 자료, 조사행위의 규모와 기간 등을 종합적으로 고려하여 구체적 사안에서 개별적으로 판단할 수밖에 없을 것인데, 세무공무원의 조사행위가 사업장의 현황 확인, 기장 여부의 단순 확인, 특정한 매출사실의 확인, 행정민원서류의 발급을 통한 확인, 납세자 등이 자발적으로 제출한 자료의 수령 등과 같이 단순한 사실관계의 확인이나 통상적으로 이에 수반되는 간단한 질문조사에 그치는 것이어서 납세자 등으로서도 손쉽게 응답할 수 있을 것으로 기대되거나 납세자의 영업의 자유 등에도 큰 영향이 없는 경우에는 원칙적으로 재조사가 금지되는 ‘세무조사’로 보기 어렵지만, 그 조사행위가 실질적으로 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위한 것으로서 납세자 등의 사무실ㆍ사업장ㆍ공장 또는 주소지 등에서 납세자 등을 직접 접촉하여 상당한 시일에 걸쳐 질문하거나 일정한 기간 동안의 장부ㆍ서류ㆍ물건 등을 검사ㆍ조사하는 경우에는 특별한 사정이 없는 한 재조사가 금지되는 ‘세무조사’로 보아야 할 것이다(대법원 2017.3.16. 선고 2014두8360 판결). 나) 이 건 과세예고통지가 위법한 중복세무조사에 의한 것인지에 대한 판단 (1)위 법리와 앞서 살펴본 사실관계 및 다음 내용으로 볼 때 이 건 과세자료 처리를 재조사가 금지되는 세무조사로 보기는 어렵다. (가) 통지관서가 2022.2.7. 청구법인에 해명자료 제출 안내를 발송한 이후 이 건 과세예고통지가 이루어지기까지 2년 이상의 시일이 소요되었으나, 공문 등으로 확인되는 해명자료 제출 안내 또는 소명요구는 1회에 그치고, 청구법인이 총 5차례에 걸쳐 50페이지 이상의 해명자료를 제출하였다고는 하나 그 내용은 특수관계 해당여부, 보충적 평가방법의 부적절성 등으로, 5개 해명자료의 내용이 크게 다르지 않아 2년여 동안 5회의 해명자료를 제출함으로 인하여 실질적으로 청구법인의 영업의 자유를 크게 침해하는 영향이 있었을 것으로는 보이지 않고, 통지관서가 청구법인의 사업장 등에서 직접 접촉을 통해 상당한 시일에 걸쳐 지속적으로 질문조사권을 행사한 사실이 확인되지 않으므로 통지관서가 재조사가 금지되는 검사ㆍ조사를 실시하였다고 보기는 어렵다. (나) 또한 동일한 과세기간에 대한 세무조사가 있었다고 하더라도 해명자료 제출 안내 등의 절차를 거치는 것은 과세자료를 처리함에 있어 납세자에게 해명 기회를 제공하는 등 납세자 권리를 보호하는 측면이 있다는 점에서 세무조사권이 남용될 염려가 없는 경우의 과세자료 처리 행위까지 재조사가 금지되는 세무조사로 보는 것은 오히려 납세자의 해명 기회를 박탈하고 불필요한 과세처분으로 이어질 수 있는바 조세공평의 원칙을 해하는 우려가 있다 할 것이다. (2)따라서, 통지관서가 한 이 건 과세예고통지는 달리 위법한 중복세무조사의 잘못이 없는 것으로 판단된다. 2)쟁점② 관련 가) 관련 법리 (1) 「법인세법」의 부당행위계산의 부인은 법인과 특수관계에 있는 자의 거래가 「법인세법 시행령」 제88조제1항 각 호에 해당되는 경우에 한하여 제한적으로 인정되어야 하고, 조세법률주의의 원칙상 유추해석이나 확대해석은 허용되지 않으며, 또한 부당행위계산이라고 하기 위해서는 「법인세법 시행령」 제88조제1항 각 호에 열거된 제반 거래형태를 빙자하여 남용으로써 조세의 부담을 부당하게 회피하거나 경감시킬 것을 의도하는 경우나, 이러한 의도가 없더라도 경제인의 방법에서 부자연스럽고 불합리한 행위 계산을 함으로써 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우이어야 한다(대법원 2990.5.11. 선고 89누8095 판결). (2) 나아가 어떤 행위가 부당행위계산에 해당되는지는 거래 행위의 제반 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래 행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결여한 것인지에 의하여 판단하여야 하고, 경제적 합리성을 판단하는 기준으로 사회통념, 상관행 외에 비특수관계자간의 거래가격, 거래당시의 특수사정 등도 고려하여야 한다(대법원 1997.5.28. 선고 95누18697 판결 등 참조). (3) 부당행위계산에 해당하는지 여부의 기준시기는 거래 당시이고 만약 거래계약 체결시기와 양도시기가 다르다면 그것이 부당행위계산에 해당하는지 여부는 그 대금을 확정 짓는 거래당시를 기준으로 판단하여야 하고, 풋옵션 조항이 있는 약정이 체결된 경우 그 약정 및 풋옵션의 행사가 부당행위인지 여부를 판단하는 기준일 역시 풋옵션을 부여한 약정일을 기준으로 보아야 할 것이다(대법원 2010.5.14. 선고 2007두14978, 대법원 2010.5.27. 선고 2010두1484 판결). 나) 청구법인의 쟁점주식 매도거래가 부당행위계산에 해당하는지에 대한 판단 (1)위 법리와 앞서 살펴본 사실관계 및 다음 내용으로 볼 때 쟁점주식 매도거래를 부당행위계산 대상으로 보기는 어렵다. (가) 청구법인은 계약 체결 당시 비특수관계인인 B과 당초주식매매계약을 체결하였고 당초주식매매계약 및 약정서에서 청구법인이 쟁점주식에 대하여 재매입요구를 할 수 있다는 점, 연 24% 이율과 10억원의 위약금 등 재매입 조건이 이미 약정되어 있었던 것이 확인되므로, 청구법인이 쟁점주식을 매입하였다가 다시 A에 매도한 일련의 쟁점주식 관련 거래의 실질은 사실상 주식을 담보로 한 금전대여로 보이고, 이와 같이 각 거래가 연결된 사정을 고려하면, 청구법인의 쟁점주식 양도가 당초주식매매계약 및 약정서와는 별개로 청구법인이 특수관계 있는 A에 쟁점주식을 부당하게 저가로 양도한 거래라 단정하기 어려워 보인다. (나) 또한 청구법인이 쟁점주식을 매도한 것은 당초주식매매계약 및 약정서에 따른 풋옵션을 행사한 것으로 보이므로, 부당행위계산에 해당하는지 여부는 그 조건이 확정된 당초주식매매계약 시점을 기준으로 판단하여야 할 것으로 보이는바, 당초주식매매계약 체결 당시 청구법인과 B 혹은 A는 특수관계에 해당하지 않아 쟁점주식 거래는 부당행위계산 대상이 아니라고 판단된다. (다) 한편 청구법인은 당초주식매매계약에 따른 재매입요구의 상대방인 B이 아닌 A에 쟁점주식을 매도하였으나, B은 청구법인을 제외하면 A의 100% 주주이자 해당 법인을 운영하는 자로서 B의 자금사정이 어려워 청구법인이 대신 쟁점주식 재매입요구에 응한 것이라는 청구법인 주장에 신빙성이 있고, 쟁점주식 재매입가액이 당초 정해진 이율과 위약금을 당초 매입가액 50억원에 더한 금액과는 상이할지라도, 당초주식매매계약에서 정한 재매입기일을 지키지 못한 것과 관련하여 법인세 명목의 비용을 더하여 오히려 당초 약정보다 더 높은 가액으로 쟁점주식을 매도한 것이라는 사정에 비추어 볼 때 이러한 거래행위가 경제적 합리성을 결여한 것이라고 판단되지는 않는다. (2)따라서, 통지관서의 이 건 과세예고통지에서 법인세를 부과하겠다는 것은 잘못이 있는 것으로 판단된다. 5. 결론 이 건 과세전적부심사청구는 청구주장이 이유 있다고 인정되므로 「국세기본법」 제81조의15제5항제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. |
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건
| 문서번호 / 요지(제목) |
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| 적부2024-253, 2025.05.21 시가로 볼 매매실례가 없고 또 쟁점거래가 객관적 교환가치를 적정하게 반영하고 있다고 보기도 어려우며 다른 방법으로 그 시가를 산정하기 어렵다고 판단되므로 조사청이 시가를 보충적 평가방법으로 평가하여 특수관계인에 저가로 양도한 것으로 보아 부당행위계산부인 규정을 적용한 것은 잘못이 없음 |
| 적부2025-2, 2025.05.15 쟁점금융상품은 법인의 영업활동과 직접적인 관련성이 없고 만기가 3개월 이내 금융상품에 해당하지도 않으므로 증여세를 과세한 처분은 잘못이 없음 |
| 적부2025-46, 2025.05.14 쟁점과세예고통지서에 일부 기재사항이 누락되었다 하더라도 중대한 절차적 하자가 있다고 보기는 어려움 |
| 적부2025-22, 2025.03.26 쟁점고가주택 양도 당시 장기임대주택을 제외하고도 쟁점주택과 대체주택을 소유하고 있어 1세대 3주택 이상에 해당됨 |
| 적부2024-270, 2025.03.26 청구인은 직전사업연도 종료일 현재 양도자인 “주주 1인”이 쟁점법인의 주식을 소유하고 있지 않아 시가총액이 영(0)에 해당하더라도 “주주 1인”과 특수관계에 있는 “기타주주”가 소유하고 있는 쟁점법인의 시가총액이 대주주 요건을 충족하는 경우에는 “주주 1인”과 “기타주주” 모두 대주주에 포함하는 것이 합리적으로 보인다. |