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청구방법/절차 청구서 작성방법 문답사례 과세전적부심사례
적부2024-253, 2025.05.21
【제목】 시가로 볼 매매실례가 없고 또 쟁점거래가 객관적 교환가치를 적정하게 반영하고 있다고 보기도 어려우며 다른 방법으로 그 시가를 산정하기 어렵다고 판단되므로 조사청이 시가를 보충적 평가방법으로 평가하여 특수관계인에 저가로 양도한 것으로 보아 부당행위계산부인 규정을 적용한 것은 잘못이 없음
청구배경과 결정요지

【주문】
【이유】
  1. 사실관계 및 통지내용
  
  가. 청구인 A, B, C(이하 이들을 합하여  "청구인들”이라 한다)은 서울특별시 D 대 2,524.8㎡(이하  "쟁점토지”라 한다) 중 60% 지분(이하  "쟁점토지지분”이라 한다)을 소유하고 있는 E기업유한회사(이하  "E기업”이라 한다)의 출자자로, 2022.10.19. 홍콩에 소재한 홍콩법인에 합계 2,499좌(49.98%)를 8,000,000,000원(1좌당 3,201,280원)에 양도하고(이 거래를  "1차양도거래”라 한다), 2022.10.31. 특수관계법인 주식회사 F기업에 합계 2,499좌를 8,000,000,000원에 양도(이 거래를  "2차양도거래”라 하고, 1ㆍ2차양도거래로 합하여  "쟁점거래”라 하며, 청구인들이 양도한 합계 4,998좌를 합하여  "쟁점출자지분”이라 한다)하였는바, 이에 따른 E기업의 출자자 변동내역은 다음 <표1>과 같다.
  
  <표1> 1ㆍ2차거래에 따른 출자자 지분 변동내역
  
  나. 한편, F기업은 쟁점토지의 40%와 쟁점토지를 부지로 하여 2017.12.29. 신축한 G호텔을 소유하고 있다.
  
  다. 조사청은 2024.8.19.부터 2024.11.5.까지 청구인들의 2022년 과세연도 양도소득세를 조사한 후, 쟁점거래를 재구성하여 ① E기업 출자지분을 양수한 당사자는 모두 특수관계법인 F기업이고, ② 쟁점토지 및 G호텔 건물(이하  "쟁점부동산”이라 한다)을 감정평가한 후 「상속세 및 증여세법」(이하  "상증세법”이라 한다) 시행령 제54조 제4항 제3호(부동산과다법인의 주식은 순자산으로만 평가)에 따라 보충적 평가방법을 평가한 1좌당 16,416,868원(쟁점출자지분 총평가액: 82,051,506,264원)을 쟁점거래 당시 쟁점출자지분의 시가로 보고 청구인들이 F기업에 저가로 양도한 것으로 보았다.
  
  이에 「소득세법」 제101조에 따라 부당행위계산 부인하여 2024.11.4. 청구인들에게 다음 <표2>와 같이 2022년 과세연도 양도소득세 합계 16,309,510,886원을 경정ㆍ고지하겠다는 세무조사결과를 통지하였다.
  
  <표2> 세무조사결과통지 내역
  
  라. 청구인들은 이에 대하여 2024.11.18. 이 건 과세전적부심사청구를 제기하였다.
  
  2. 청구인들 주장
  
  가. (쟁점①) 이 건 세무조사결과통지는 기한(조사 종료일로부터 20일 이내)을 경과하여 통지하였으므로 위법하다.
  
  1) 「국세기본법」 제81조의12 제1항에 따르면, 세무공무원은 세무조사를 마쳤을 때에는 그 조사를 마친 날부터 20일 이내에 조사결과를 납세자에게 설명하고, 이를 서면으로 통지하여야 한다고 규정하고 있다.
  
  그러나 B, C의 경우 조사청은 세무조사를 마친 2024.10.14.로부터 20일이 경과한 2024.11.4.(1일 경과) 세무조사결과를 통지하였다.
  
  2) 따라서 이 건 세무결과통지는 「국세기본법」에서 정한 세무조사 절차를 위배한 것이므로, 이에 기초한 이 건 통지는 절차 위반의 위법이 있으므로 취소되어야 한다.
  
  나. (쟁점②) 청구인들이 홍콩법인에 쟁점출자지분을 시가로 양도한 사실은 관련 과세전적부심에서도 인정(채택결정)된 부분인데, 처분청이 F기업에 쟁점출자지분을 저가로 양도한 것으로 보아 부당행위계산 부인을 계속 주장하는 것은 과세전적부심결정의 사실상 구속력 법리에 비추어 보아도 위법ㆍ부당할뿐만 아니라, 부당행위계산 부인의 요건(㉠저가거래, ㉡특수관계인 간의 거래, ㉢경제적 합리성의 부존재)을 모두 충족하지도 못하였으므로 위법하다.
  
  1) 저가거래(㉠) 요건 불충족
  
  가) 쟁점거래가 저가거래가 아니라 시가거래에 해당한다는 점은 선행 적부심 채택결정에서 이미 확정된 사실이고, 조사청이 저가거래에 따른 부당행위계산 부인을 계속하여 주장하는 것은 쟁점결정의 사실상 구속력에 반하여 위법ㆍ부당하다.
  
  (1) 이 건은 E기업 출자지분을 가지고 있던 母가 2022.8.30. 사망함에 따른 조사청의 상속세 조사결과통지에 대한 H 국세심사위원회의의 2024.12.18.자 적부심 채택결정(2000-0000 청구인 A, 2000-0000 청구인 C, 이하  "쟁점결정”이라 한다)과 그 기초사실 및 쟁점(E기업 출자지분의 시가가 1좌당 3,201,280원인지 여부)이 완전히 동일하므로, 조사청의 이 건 세무조사결과통지는 쟁점결정에 정면으로 반하므로 위법하다.
  
  (2) 청구인들은 E기업 지분의 시가를 ① 피상속인(母 AF) 상속개시일 당시(2022.8.30.) 및 ② 청구인들이 홍콩법인에 양도시(2022.10.19.), ③ 청구인들이 F기업에 양도시(2022.10.31.) 모두 1좌당 3,201,280원으로 보아 ① 피상속인의 E기업 1,000좌(20%)에 대하여 3,201,280,512원(1,000좌×1좌당 3,201,280원)을 상속재산가액으로 하여 상속세 2,515,282,758원을 신고ㆍ납부하였고, ②ㆍ③ 양도에 대하여 양도가액을 16,000,000,000원(4,998좌×1좌당 3,201,280원) 하여 양도소득세 합계 3,135,604,876원을 예정신고ㆍ납부하였다.
  
  (3) 그런데, 조사청은 청구인들의 양도거래가액을 부인하고 보충적 평가방법에 따라 E기업 지분의 시가를 1좌당 16,416,868원으로 보아 청구인들에 대하여 ① 2024.8.9. 상속재산가액을 재계산하여 상속세 6,609,525,982원(가산세 포함)을 과세할 것임을 예고하는 세무조사결과통지를 하였고, ② 2024.11.4. 청구인들이 F기업에 시가보다 저가로 양도하였음을 전제로 부당행위계산 부인하여 양도소득세 합계 16,308,317,768원을 과세할 것임을 예고하는 세무조사결과통지를 하였다.
  
  (4) 청구인들은 H 국세심사위원회에게 ① 2024.9.10. 상속세 조사결과통지에 대하여, ② 2024.11.28. 양도소득세 조사결과통지에 대하여 각 과세전적부심사를 청구하였다.
  
  (가) 그 결과 H 국세심사위원회는 2024.12.18. 상속세 결과통지에 대해 먼저 검토하여 ‘②ㆍ③의 양도가액(1좌당 3,201,280원)이 객관적 교환가치를 반영하고 있으므로, 즉 쟁점거래가 시가거래에 해당하므로, ②ㆍ③의 양도가액(1좌당 3,201,280원)을 피상속인의 E기업 지분의 시가로 봄이 타당하다’고 보아 청구주장을 ‘채택’하는 쟁점결정을 하였다.
  
  즉, 쟁점결정과 이 사건은 동일한 사실관계 하에서 ‘양도거래가액(1좌당 3,201,280원)을 E기업 지분의 시가로 보아야 하는지, 아니면 보충적 평가액(1좌당 16,416,868원)으을 시가로 보아야 하는지’라는 동일한 쟁점이 문제되는 것이다.
  
  (나) 위 2건(상속, 양도)은 실체적으로 사실상 동일한 1개의 사건이므로 만약 2건을 병합하여 심리하였다면 이 건도 당연히 ‘채택’ 결정되었을 것이다. 따라서 쟁점결정(채택)이 확정된 이상, 동일한 사실관계와 쟁점이 문제되는 이 건 양도소득세 조사결과통지도 직권으로 취소되어야 함이 마땅하다.
  
  그럼에도 조사청은 직권취소하지 않고 있는데, 청구인들로서는 이를 도저히 납득하기 어렵고, 상속개시일부터 현재까지 약 3년간 2차례의 세무조사 와 수차례의 적부심 심리로 인하여 정상적인 사업활동에 방해를 받는 등 심리적ㆍ경제적 어려움을 겪고 있다.
  
  (다) 국세청도 일관되게 과세전적부심결정의 구속력을 인정하고 있다. 국세청은 ‘과세전적부심사의 채택결정이 과세관청에 의하여 스스로 무시될 경우 과세전적부심사제도가 납세자의 권익을 보호하는 제도라고 믿고서 그 절차 진행에 시간과 비용을 들인 납세자에게 불의의 타격을 주게 된다’며 과세전적부심사결정의 구속력을 인정하고 있다(심사부가 2012-0137, 2012.12.3., 심사양도 2013-0036, 2013.6.20. 같은 뜻임).
  
  나) 조사청이 적용한 각 감정가액은 「소득세법」상의 요건을 갖추지 못하였으므로 그 자체로 양도소득세에서의 ‘시가’에 해당할 수 없다.
  
  (1) 조사청은 다음 <표3>과 같이 각 감정가액의 평균액인 81,660백만원을 쟁점토지지분의 시가로 보아 이를 토대로 상증세법상 비상장주식의 보충적 평가방법에 따라 E기업의 순자산가치를 재계산하여 쟁점출자지분의 시가를 1좌당 16,416,868원으로 산정하여 이 사건 결과통지를 하였다.
  
  <표3> 쟁점토지지분의 감정평가액
  
  (2) 감정가액① 및 감정가액②는 양도일(2022.10.19. 또는 2022.10.31.) 전ㆍ후 3개월 이내의 감정가액에 해당하지 않는다.
  
  「소득세법 시행령」 제167조 제5항, 상증세법 시행령 제49조 제2항 제2호에 따르면, 「소득세법」상 부당행위계산의 부인규정에서 시가로 보는 감정가액은 가격산정기준일과 감정가액평가서 작성일이 모두  "양도일 전후 각 3개월의 기간내에 있는 가액”으로 규정하고 있고(소득세법 시행령 제167조 제5항, 상증세법 시행령 제49조 제2항 제2호), 대통령령으로 정하는 바에 따라 둘 이상의 감정기관에 감정을 의뢰하여야 한다(상증세법 제60조 제5항).
  
  청구인들이 E기업 지분을 홍콩법인에 양도한 날이 2022.10.19.이고, F기업에 양도한 날이 2022.10.31.이므로, 소득세법 상 시가로 볼 수 있는 감정가액이 되기 위해서는 가격산정기준일과 감정평가서 작성일이 모두 2022.7.19.~2023.1.19. 기간 내에 있어야 한다. 그러나, 감정가액①ㆍ②는 동 기간 내에 있지 않다.
  
  따라서 「소득세법」상 시가로 볼 수 있는 감정가액은 조사청의 1개 감정기관의 감정가액(감정가액③)뿐이므로, ‘둘 이상의 감정기관의 감정가액’에 해당하지 않아 조사청이 제시하고 있는 감정가액 평균액은 이 건 쟁점거래(1ㆍ2차양도거래)에 있어 적법한 시가에 해당하지 않는다.
  
  (3) 게다가, 감정가액③은 양도거래일(2024.10.19. 또는 2024.10.31.)이 아닌 상속개시일(2024.8.30.)을 가격산정기준일로 한 평가심의위원회를 거친 가액이다.
  
  국세청은  "증여거래에 대하여 평가심의위원회에서 시가로 인정받은 가액은 양도거래의 시가에 해당하지 않는다”고 유권해석하고 있다(사전-2022-법규재산-0251, 2022.7.20.). 즉, 감정가액③을 이 건 양도거래의 시가로 보기 위해서는 감정평가 가격산정기준일을  "양도일(평가기준일)”로 하여 평가심의위원회를 거쳤어야 한다.
  
  그러나 감정가액③은 조사청이 상증세법 시행령 제49조 제1항 단서규정에 따라 평가기간이 경과한 후부터 상속세 결정ㆍ경정기한까지 기간 내 감정평가를 의뢰하여 평가심의위원회를 거친 가액인바, 해당 감정가액은 상속개시일을 감정평가 가격산정기준일로 하여 평가심의위원회를 거쳤으므로 이 건 양도거래에 시가로 적용할 수 없다.
  
  (4) 따라서 <표3>의 각 감정가액은 (i) 적법한 2개 감정기관의 평균가액에 해당하지 않을 뿐만 아니라, (ii) 양도일을 가격산정기준일로 하여 심의를 거친 것도 아니므로 쟁점거래 당시의 시가로 볼 수 없다.
  
  다) 조사청은 감정가액①, ②는 ""계약체결시점""을 기준으로 전후 각 3개월 내에 있으므로 적법한 감정가액에 해당한다고 주장하나, 이는 다음과 같은 이유로 부당하다.
  
  (1) 조사청은 ""부당행위계산 부인 규정이 적용될 수 있는지는 여부는 거래행위 당시를 기준으로 판단한다(대법원 2010.5.13. 선고 2007두14978 판결 등 참조)""고 하면서, ""잔금지급일(2022.10.19. 및 2022.10.31.)이 아니라 계약체결일(2022.7.21. 및 2022.8.24.)을 기준으로 3개월 내에 있는 감정가액①, ②는 적법한 감정가액이라는 의견이다.
  
  그러나 조사청의 위 주장은 (i) 대법원 2007두14978 판결의 취지를 오해한 것이고, (ii) 소득세법령 상의 문언("양도일 전후 각 3개월")에 정면으로 반하는 것으로서 부당하다.
  
  (2) 조사청이 근거로 든 대법원 2010.5.13. 선고 2007두14978 판결은, 「1995.8.25. 매매계약을 체결하면서 매매대금은 추후 감정평가를 거쳐 결정하기로 약정한 후, 1996.5.12. 감정평가를 거쳐 매매대금을 감정평가액 87억원으로 확정하고, 1996.6.5. 계약금 및 중도금을 제외한 나머지 잔금을 지급하여, 1996.6.19. 소유권이전등기를 마친 사안」에서 "저가양도로 인한 부당행위계산 부인에서 매매계약체결시기와 양도시기가 다른 경우 토지 등의 양도가 부당행위계산에 해당하는지 여부는 그 대금을 확정 짓는 거래 당시(1995.8.25.)를 기준으로 판단하는 반면, 그 토지의 양도차익을 계산하면서는 양도가액을 양도시기(1996.6.5.)를 기준으로 산정한다"고 판시하였다.
  
  위 판례의 취지는, 부당행위계산 부인 규정에 따른 과세를 하기 위하여 대상거래가 부당행위계산 부인의 대상이 되는지 여부는 ""대금확정시점(계약체결시점)""의 시가를 기준으로 할 수 있다고 하더라도, 종국적으로 그에 따른 과세금액 산정함에 있어서는 ""양도일(잔금지급일)""의 시가가 있어야 한다는 것이다.
  
  (3) 한편, 「소득세법 시행령」 제167조 제4항은 부당행위계산 부인의 대상이 되는 경우 "그 취득가액 또는 양도가액을 시가에 의하여 계산한다"고 규정하고 있고, 동조 제5항은 "제3항 및 제4항을 적용할 때 시가는 상증세법 (…생략…) 시행령 제49조 (…생략…)의 규정을 준용하여 평가한 가액에 따른다. 이 경우 상증세법 시행령 제49조 제1항 각 호 외의 부분 본문 중 ""평가기준일 전후 6개월(증여재산의 경우에는 평가기준일 전 6개월부터 평가기준일 후 3개월까지로 한다. 이하 "평가기준일"이라 한다.) 이내의 기간""은 ""양도일 또는 취득일 전후 각 3개월의 기간""으로 본다"고 규정하고 있으며, 같은 법 제98조는 "자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 (…생략…)해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다"고 규정하고 있는바, 이를 상증세법 시행령 제49조 제1항에 대입하여 보면, 양도일(= 대금청산일) 전후 각 3개월의 기간 중에 둘 이상의 감정기관이 평가한 감정가액이 있는 경우 그 감정가액의 평균액이 ""양도인(잔금지급일)""의 시가로 인정되는 것이다.
  
  (4) 결론적으로, 부당행위계산 부인에 따른 과세가 적법하기 위하여는 그 과세금액의 산정이 ""양도일(= 대금청산일) 전후 각 3개월의 기간 중에 있는 둘 이상의 감정기관이 평가한 감정가액의 평균액""에 의하여야 하는바, 본건 세무조사결과통지의 과세금액 산정의 기초가 된 감정가액①, ②는 양도일(= 대금청산일) 전후 각 3개월의 기간 중에 있지 아니함이 기록상 명백하므로, 감정가액①, ②는 부당행위계산 부인에 따른 과세에 있어 적법한 시가에 해당하지 않는다.
  
  (5) 설령 감정가액①, ②가 적법한 감정가액에 해당한다고 보더라도, 감정가액③의 위법이 명백한 이상, 하나의 감정기관(I감정평가법인)에 의해 이루어진 감정가액①, ②만으로는 ""시가""를 인정할 수 없다.
  
  국세청은 "증여거래에 대하여 평가심의위원회에서 시가로 인정받은 가액은 양도거래의 시가에 해당하지 않는다"고 유권해석하고 있으므로(사전-2022-법규재산-0251, 2022.7.20.) 감정가액③이 본건 양도거래에 있어 적법한 감정가액에 해당하기 위하여는 감정평가 가격산정기준일을 "양도일(평가기준일)"로 한 평가심의위원회를 거쳤어야 한다. 따라서 "양도일(평가기준일)"이 아닌 "상속개시일"을 가격산정기준일로 한 평가심의위원회를 거친 감정가액③은 적법한 감정가액에 해당하지 않음이 분명하다.
  
  그런데, 감정가액①, ②는 모두 ""I감정평가법인""이라는 1개의 감정기관에 의해 평가된 가액이다. 결론적으로, 감정가액③은 적법한 감정가액에 해당하지 않는 이상, (설령 감정가액①, ②이 적법한 감정가액에 해당한다고 보더라도) 감정가액①, ②만으로는 상증세법 시행령 제49조 제1항 제2호 소정의 "둘 이상의 기획재정부령으로 정하는 공신력 있는 감정기관이 평가한 감정가액이 있는 경우"에 해당하지 않으므로, 위 각 감정가액에 기초한 이 건 세무조사결과통지는 위법하다.
  
  라) 조사청은 F기업이 홍콩법인 양도대금을 실질적으로 부담하였다고 보아 1차양도거래의 실질적 매수자라고 주장하나, 이는 사실에 반한다.
  
  (1) 조사청은 ""1차양도거래에서 홍콩법인은 형식상 명의만 대여한 것이고, 홍콩법인을 지배하는 F기업이 실질적 매수자""라고 주장한다. 그러나, 조사청의 주장은 그 내용 자체로 아무런 근거 없는 막연한 추측 또는 지나친 논리적 비약에 해당함이 분명하다.
  
  특히, (i) 조사청은 마치 청구인들이 무언가를 은폐하고 있었다거나 대단히 중요한 자금흐름이 새롭게 발견된 것인 것 마냥 주장하고 있으나, 이는 감사보고서 등 공시자료에 의해 이미 외부에 공개된 내용으로서 전혀 새로운 내용이 아니고, 오히려 홍콩법인이 독립된 거래주체로서 1차양도거래의 실질적 당사자임을 더욱 명확히 증명해줄 뿐이다.
  
  (ii) 심지어, 조사청은 J기업이 K펀드에 차입금을 상환한 것을 두고, 마치 J기업이 K펀드를 통해 홍콩법인에 금원을 전달하여 그 자금으로 E기업 지분을 매수한 것 마냥 실제 사실관계를 심각하게 왜곡하고 있다.
  
  (2) 조사청은 「① F기업이 2022.7.25. J기업에 109억원을, ② J기업이 같은 날 K펀드에 107억원을, ③ L펀드가 2022.10.10. 홍콩법인에 약 81억원을, ④ 홍콩법인이 2022.10.19. 청구인들에게 매수대금 80억원을 각 송금」하였다는 점을 들어 F기업이 홍콩법인의 매수대금 80억원을 실질적으로 부담하였다고 주장한다.
  
  즉, 조사청은 금융추적 및 홍콩정부와의 정보교환 결과, 홍콩법인의 1차양도거래 매수자금의 출처가 F기업라고 주장하나, 이는 사실관계를 오인한 것에 지나지 않는다.
  
  (3) J기업의 K펀드에 대한 2022.7.25.자 107억원 송금관련
  
  (가) J기업의 K펀드에 대한 2022.7.25.자 107억원 송금과 관련하여, 이는 J기업이 임의로(무상으로) 지급하여 준 것이 아니라, 위 송금일로부터 무려 약 2년 전인 2020년부터 3차례에 걸쳐 K펀드에 발행했던 사채(대여금)를 상환한 것이다.
  
  (나) K펀드는 2020년부터 2022년까지 기간동안 3차례에 걸쳐 J기업이 발행한 사채를 인수한 바 있다. 구체적으로, K펀드는 사채 인수대금으로, (i) 2020.10.7.경 50억원을, (ii) 2021.1.4.경 26억원을, (iii) 2022.1.경 20억원을 J기업에 각 지급하였고, 위 각 사채의 이자율은 모두 연 8%였다.
  
  따라서 J기업이 2022.7.25. K펀드에 약 107억 원을 송금한 것은 위 사채들의 원리금을 상환한 것이다.
  
  (다) 위와 같이 과거 2020년부터 K펀드에 발행된 사채가 2022년에 상환된 사실은 J기업의 감사보고서로도 쉽게 확인할 수 있는 내용이지, 조사청의 금융추적조사에 의해 새롭게 발견된 사실이 아니다.
  
  (라) 결론적으로, J기업는 「K펀드의 돈(대여금)」을 K펀드에게 반환(변제)」해준 것이고, 위와 같이 대여금의 변제에 해당하는 이상, 조사청 의견처럼 K펀드가 현금을 단순히 수령하여 홍콩법인에 전달하는 ""도관""으로서 역할을 한 것이 아니라, K펀드가 ""채권(사채)""에서 ""현금""으로 그 형태를 바꾼 자신의 고유자산을 홍콩법인에 송금하여 준 것으로 볼 수 있을 뿐이다.
  
  만일 조사청 의견과 같이 K펀드가 J기업으로부터 수령한 위 107억원이 1차양도거래의 재원이 되었다고 보더라도, 이는 K펀드가 1차양도거래의 실질 매수인이었다고 볼 여지가 생기는 것일 뿐, 채무를 변제한 것에 불과한 J기업(또는 J기업에 그 변제 자금을 조달해 준 F기업)를 실질 매수인으로 볼 수는 없다고 할 것이다.
  
  (4) F기업의 J기업에 대한 2022.7.25.자 109억원 송금관련
  
  앞서 설명과 같이 J기업이 K펀드에 당초 부담하고 있던 채무(사채)를 변제한 것인 이상, F기업의 J기업에 대한 2022.7.25.자 109억원의 송금을 통해 이득을 본 자는 J기업이고(= ""채무(사채) 감소""), 손실을 본 자는 F기업이며(= ""현금 감소""), K펀드의 경우 ""채권(사채)""이 ""현금""으로 그 자산의 보유 형태만 바뀐 것에 불과하다. 따라서, F기업과 J기업 간의 자금흐름은 양자 간의 법률관계의 문EE 뿐이므로 이 건과 아무런 관련이 없다.
  
  (5) L펀드의 홍콩법인에 대한 2022.10.10.자 81억원 송금관련
  
  (가) 조사청은 ""홍콩정부와의 정보교환을 통해 L펀드가 2022.10.10. 홍콩법인에 약 81억원을 송금한 사실을 확인하였다""고 하면서, 마치 청구인들이 무언가를 은폐하고 있었다거나 대단히 중요한 자금흐름이 새롭게 발견된 것인 것 마냥 주장하고 있다.
  
  그러나 상속세 조사결과통지에 대한 과세전적부심사청구 절차에서부터 이 건 과세전적부심사청구 절차에 이르기까지, 청구인들이 일관되게 강조해온 내용은 「홍콩법인은 L펀드가 100% 지배하는 법인으로서 사실상 펀드 자금(다수 투자자들의 투자금)으로 E기업 지분을 인수하는 것이므로, 청구인들이나 F기업의 등이 홍콩법인의 의사결정을 좌DD지할 수 있는 구조가 아니었고, 같은 이유에서 법무법인 및 회계법인의 실사 등 전문가의 객관적 검토 과정을 거친 것이다. 따라서 1차양도거래는 아무런 이해관계 없는 비특수관계인 간의 거래로서 그 거래가액은 객관적 교환가치를 반영하고 있다」는 것이었다.
  
  (나) 따라서, F기업이 1차양도거래의 실질적 매수자라는 조사청 의견은 심각하게 왜곡된 사실관계에 기초한 것이고, 오히려 조사청이 들고 있는 여러 자금흐름에 관한 내용들은 이 건 세무조사결과통지의 위법성에 관한 명확한 근거가 된다고 할 것이다.
  
  마) 쟁점거래는 대등한 비특수관계인 간의 정상적이고 합리적인 거래이므로 그 양도가액(1좌당 3,201,280원)은 시가에 해당한다.
  
  (1) 어떠한 거래가액이 ‘시가’인지 여부는 ① 거래당사자들이 각자 이익을 추구하는 대등한 관계에서 합리적인 지식을 갖추고 자유로운 상태에서 거래를 하였는지, ② 거래가액의 산정 근거 및 과정 등을 따져 판단해야 한다.
  
  (가) 쟁점토지 지상에 G호텔이 신축되고 이후 청구인들이 제3자인 홍콩법인에게 출자지분을 1좌당 3,201,280원에 양도하게 된 제반 사정을 살펴보면 다음과 같다.
  
  당초 E기업과 F기업은 쟁점토지 지분을 각각 60% 및 40% 보유해오던 중 공동으로 자금을 조달하여 쟁점토지 지상에 G호텔을 신축하기로 하였다.
  
  그런데, 2013.11.8. E기업의 자금 조달이 어렵게 되자 F기업이 G호텔 신축 자금 전부를 주채무자가 되어 조달하고, 대신 E기업의 입장에서도 F기업의 단독 신축으로 쟁점토지 지분 60%의 가치 상승을 기대할 수 있었다는 점을 고려하여 E기업이 보유한 쟁점토지지분(60%)을 포함한 쟁점토지 전체에 관하여 F기업의 채권자들을 위한 담보신탁을 설정하기로 합의하였다.
  
  (나) G호텔은 2015.7.2. 착공, 2017.12.29. 사용승인, 2018년 2월경 호텔 운영이 개시되었는데, F기업은 호텔 사업 개시 직후인 2018.4.13. 기존 PF기업대출(Project Financing)을 갱신하면서 11개 채권단으로부터 500억원을 추가로 차입하여 총 1,600억 원의 대출 약정을 체결하게 되었고, 이 약정은 연체이자율이 연 17%에 달하는 조건이었다.
  
  (다) 2019년부터 코로나 팬데믹의 영향으로 인해 F기업의 호텔 수익은 매우 악화되었는데, F기업 재무상태 및 손익현황을 보면 2019년부터 2023년까지 5년 동안 한차례도 당기순이익이 발생하지 않았고, 2022사업연도와 2023사업연도 당기순손실은 각각 17억원과 201억원으로 약 11배나 증가하였다.
  
  F기업은 2019사업연도 기준 자기자본 △464억원, 2020사업연도 기준 자기자본 △566억원, 2021사업연도 기준 자기자본 △624억원으로 완전자본잠식 상태가 지속되었고, 이에 따라 F기업의 외부감사인은 회사의 계속기업으로의 존속능력에 대해 유의적인 의문을 제기하는 상황까지 이르렀다.
  
  (라) 설상가상으로 한국은행 기준금리도 2020년 5월 기준 0.5%에서 2023년 1월 기준 3.5%로 급등하였는데, 변동금리로 돈을 빌린 F기업이 채권자들에게 지불해야 하는 이자비용 부담 역시 2022년 74억원에서 2023년 140억원으로 2배가량 증가하였다.
  
  (마) 한편, 피상속인과 청구인들은 2012년 부친 M씨 사망(2012.6.22.) 당시 대부분 부동산인 상속재산의 상속세 납부를 위해 각자가 가진 현금을 모두 사용하였고, 이후 B는 개인부채 변제, C는 자녀들 교육비 지출 등을 위해 현금이 추가로 필요하였던 상황에서 2018년 무렵부터 쟁점출자지분을 포함한 E기업의 지분을 처분해 현금 유동성을 확보하고자 노력해왔다.
  
  이때 N단체 등 여러 매수자를 물색했으며, 당시 홍콩법인도 매수 후보자로 거론되기도 하였다.
  
  (바) 2022년에 이르러 코로나 팬데믹에 따른 호텔업 불황 지속, 금리상승, 국내 부동산 불경기 등으로 총 1,600억원에 달하는 돈을 빌린 F기업이 채무불이행에 놓일 가능성이 커졌고, 이에 따라 피상속인과 청구인들은 담보로 제공된 쟁점토지가 강제 매각되면, 동시에 쟁점토지의 공유지분(60%)에 기초한 E기업 지분도 휴지 조각이 될 것으로 크게 우려하였다.
  
  이에 피상속인과 청구인들은 E기업 지분을 매각하고자 매수자를 물색했지만, 코로나 팬데믹이 아직 종료되지 않아 G호텔 수익을 확신하기 어려운 상태라는 점, 잠재적 매수자가 1,600억원 상당의 차입금의 사실상 연대채무를 부담하게 된다는 특수성 등으로 인해 당시 경기침체 전망이 대세였던 국내에선 매수자를 찾을 수 없어 국외 매수자를 소개받은 것이다.
  
  E기업 지분의 특수성(쟁점토지의 일부(60%)만 소유, 연 6억원의 임대료로 30년간 장기계약, 쟁점토지에 관한 담보신탁으로 사실상 연대채무 부담)으로 인해 다른 공유지분권자인 F기업의 주주 중 한 명인 S씨으로부터 홍콩법인을 소개받게 되었다.
  
  홍콩법인은 KS코리아크레딧 펀드가 100% 소유한 법인으로 사실상 펀드 투자자들의 투자자금으로 매수하는 것이었으므로, 이해관계가 첨예하게 맞서는 독립된 주체들 사이의 계약일 수밖에 없었다. 이에 법무법인 AG의 법률 실사, AH회계법인의 세무 실사, DD 회계법인의 출자지분평가(금융감독원의 가이드라인에 따라 조정 후 순자산가치법 등 3가지 평가방법을 사용), 당사자들 간의 의사소통 및 구두 협상 등 일련의 절차를 거쳐 E기업 지분의 매매가액이 결정되었다.
  
  (사) 특히, 2022년 4월 한국 정부가 일시적으로 사회적 거리 두기를 해제하였는데, 피상속인과 청구인들은 코로나가 재확산되어 다시 국경이 봉쇄되면 진행 중이던 홍콩법인과의 계약이 파기될 수 있다고 생각하였기 때문에, 매수인의 협상력이 상대적으로 높은 상황이었다.
  
  현재 기준으로 되돌아보면, 코로나 팬데믹이 조기 종료되고 국내 관광산업 및 부동산 경기가 예상보다 빨리 회복됨에 따라 양도가액이 낮아 보일 수 있지만, 2022년 당시에는 코로나 팬데믹 종료 여부, G호텔의 수익 창출, F기업의 채무불이행, 금리상승, 부동산 경기침체 등 모든 것이 불확실한 상황이었기 때문에, 피상속인과 청구인들이 홍콩법인에게 1좌당 3,201,280원에 매각한 것은 매우 합리적인 의사결정이었다.
  
  반대로, 홍콩법인은 2022년 4월 사회적 거리두기가 해제되는 것을 기점으로 한국 관광산업 및 부동산업의 회복을 전망하여 토지임대료를 통한 안정적인 수익 보장, E기업 지분(쟁점토지)에 관한 매각차익 기대 등을 따져볼 때, 1,600억원 상당의 차입금에 대한 사실상 연대채무(담보신탁)를 인수하는 부담보다는 출자지분(2,499좌) 매수 실익이 크다고 판단하여 매수에 응한 것으로 추정된다.
  
  (아) 따라서 피상속인과 청구인들이 2022년 당시 제3자인 홍콩법인에게 1좌당 3,201,280원에 양도한 것은 지극히 합리적인 의사결정이므로 이 거래가액은 시가에 해당한다.
  
  (2) 홍콩법인은 법리상ㆍ사실상 청구인들과 특수관계인이 아니고, 매매계약서도 전혀 문제가 없으므로, 거래가액이 객관적으로 부당하다고 인정할 만한 특별한 사정도 없다.
  
  (가) 피상속인 및 청구인들과 홍콩법인이 세법상 특수관계인이 아니라는 점은 청구인들과 조사청 사이에 다툼 없는 사실이다.
  
  따라서, 청구인들에게는 홍콩법인을 위해 저가로 양도할 아무런 경제적 유인이 없다.
  
  (나) 조사청은 쟁점매매사례가액은 실질적으로 홍콩법인을 지배하는 것으로 보이는 F기업이 개입된 거래가액이므로 객관적 교환가치를 적정하게 반영하고 있다고 보기 어렵다는 의견이다.
  
  그러나 홍콩법인은 자신의 계산과 명의로 E기업 지분을 취득하였고, 신한은행에 외국인 투자신고를 이행하는 등 독립된 별개의 권리ㆍ의무 귀속 주체로 인정받고 있다. 따라서 홍콩법인의 법인격을 부인할 수 없다.
  
  (다) 조사청은 ① 홍콩법인이 쟁점출자지분에 질권을 설정해준 점, ② O자산운용(주)(이하  "O자산운용”라 한다)이 작성한 상품제안서에 ‘담보신탁에 관한 수익분배금을 전부 F기업에 전달하기로 한다’고 기재된 점 등을 이유로 F기업이 실질적으로 홍콩법인을 지배하였다는 의견이나, 조사청이 제시하는 위 사정들은 특이하거나 이례적인 조건들이 아니라, 실무상 너무나도 자연스럽고 통상적인 조건들이다.
  
  ① 먼저, 홍콩법인이 질권 설정에 동의한 이유는, F기업의 투자자인 O자산운용이 ‘홍콩법인이 취득할 E기업 지분에 질권 설정이 이루어지지 않는다면 F기업에 투자할 수 없다’는 입장이었다. 만일 홍콩법인이 위 질권 설정에 동의하지 않는다면 O자산운용의 F기업에 대한 투자가 이루어지지 않아 F기업이 E기업 지분 매수거래에 참여할 수 없게 될 것이고, 그렇게 되면 홍콩법인이 E기업 지분을 매수할 실익 자체가 없어진다.
  
  즉, 앞서 언급한 것처럼 홍콩법인은 2022년 4월 사회적 거리두기가 해제되는 것을 기점으로 한국 관광산업 및 부동산업의 회복을 전망하여 토지임대료를 통한 안정적인 수익 보장, 쟁점토지에 관한 매각차익 기대 등을 한 것으로 추정되는데, 홍콩법인의 입장에서 O자산운용에 질권을 설정해주는 부담보다 이를 통해 O자산운용의 F기업에 대한 투자를 유치시켜 F기업이 쟁점토지지분(E기업 지분)을 취득할 수 있게 하고, 향후 F기업이 건물을 양도할 때 홍콩법인 자신의 토지지분(E기업 지분)도 함께 매각(Exit)함으로써 얻을 수 있는 매각차익의 이익이 더 크다고 판단한 것으로 보인다(실무상 토지와 건물이 동일인에게 함께 매각될 때 그 가치를 높게 인정받을 수 있다. 제3자 소유의 건물이 있는 토지 중 일부 지분만을 매각하는 경우 그 일부 지분에 대해 높은 가치를 인정해주는 매수자는 실무상 거의 없다).
  
  ② 다음으로, O자산운용의 상품제안서에 ‘담보신탁에 관한 수익분배금을 전부 F기업에 전달하기로 한다’고 기재된 이유는, O자산운용 입장에서 F기업에 대한 채권 보전을 위한 당연한 요구이고, 심지어 여기서 말하는 ‘수익분배금’은 G호텔에서 발생하는 영업이익 등을 예정한 것이므로 애초부터 홍콩법인의 것도 아니었다.
  
  이처럼 F기업이 실질적으로 홍콩법인을 지배하였다는 조사청 의견은 금융거래 실무에 대한 몰이해에서 비롯된 근거 없는 추측에 불과하고 아무런 증거 없이 이 건 사실관계를 심각하게 왜곡하고 있어 부당하다.
  
  (라) 또한, 조사청은 홍콩법인의 등기부상 Director는 ‘P씨’인 반면, 홍콩법인의 1차양도거래 매매매계약서상 홍콩법인의 대표자(President)로 ‘Q씨’가 기재되어 있어 서로 부합하지 않는다는 의견이다.
  
  그러나 홍콩의 경우 한국과 달리, 법령상 등기이사 1인 이상을 지정하여야 한다는 규정만 두고 있을 뿐(Cap. 622, Companies Ordinance 제457조), 대표이사라는 개념 자체가 존재하지 않는다. 이에 홍콩에서는 실무상 회사가 어떤 계약을 체결하는 경우 그 회사로부터 ‘서명에 관한 권한’을 위임받았다는 사실을 증명하는 별도의 ‘위임장’이 계약서에 첨부되고 있다.
  
  실제로, 이 사건에서도 ① 2022.7.28. 작성된 지분매매확약서(Letter of Commitment)상 첨부서류를 보면 ‘Q씨’가 회사를 대표하여 사인할 권한을 부여받았다는 것을 확인하는 서류가 존재하고, ② 또한 홍콩법인은 국내의 법무법인R를 대리인으로 선임하여 외국인투자신고를 위한 절차를 진행하였는데, 여기서도 ‘Q씨’는 홍콩법인을 대신하여 서명하였다.
  
  (3) 쟁점거래 당시 시장수익률과 비교하여 보더라도, 청구인들이 쟁점출자지분을 저가로 양도한 것으로 볼 수 없고, 오히려 양도거래가액이 높다고 볼 여지가 있을 뿐이다.
  
  E기업이 쟁점토지 중 60%를, F기업이 나머지 40%를 소유하고 있었고, 그 토지 지상 건물인 G호텔은 F기업의 소유였으며, E기업은 J기업(호텔운영법인, 자본금 5천만원, A와 S씨가 각 주식 50% 소유)부터 연간 임대료로 6억원을 받기로 하는 조건으로 쟁점토지지분을 30년 동안 장기 임대하였다.
  
  이러한 임대료를 기준으로 홍콩법인이 얻게 되는 연간 임대료는 3억원 정도(≒ 6억원 X E기업 지분율 49.98%)인데, 당시 시장에서의 수익률이 연간 4% ~ 5%인 점을 고려해 볼 때, 쟁점토지지분의 적정한 가액은 60억원 ~ 75억원 수준(=3억/4%, 3억/5%)에 불과하다.
  
  즉, 홍콩법인과 F기업이 쟁점거래(1ㆍ2차양도거래)에 따라 지급한 쟁점출자지분(4,998좌)의 매매대금은 각각 80억원이므로, 통상적인 시장수익률(4%~5%)을 고려한 쟁점토지지분의 적정 가격(60억원 ~ 75억원)보다 높다고 볼 수 있을 뿐, 청구인들이 쟁점출자지분을 저가로 양도하였다고 보기 어렵다.
  
  (4) 비특수관계인과의 객관적인 거래가액이 존재함에도 조사청 의견대로 이를 부정하고 부동산 감정평가를 통한 보충적 평가방법을 선택적으로 인정하면 납세자의 소득, 재산을 과세관청이 세금 명목으로 모두 몰수하는 결과가 초래되고, 이는 재산권의 본질적인 내용을 침해하는 것이어서 위법하다.
  
  상속세 건에서, 청구인들은 피상속인의 상속지분(1,000좌)을 상속받은 후 곧바로 홍콩법인 및 F기업에 양도하여 실제 총 3,201백만원(=1,000좌×@3,201,280원)의 양도대금을 수령하였는데, 조사청의 보충적 평가액(1좌당 16,416,868원) 적용으로 인해 청구인들이 추가로 부담하여야 할 상속세만 6,609백만원이나 된다. 즉, 청구인들이 상속으로 얻은 모든 재산(상속지분 또는 양도대금)을 상속세 명목으로 무상 몰수당하고, 나아가 약 3,408백만원의 빚을 내어 세금을 납부해야 하는 처지에 놓이게 된다.
  
  또한, 이 건(양도소득세 건)에서도 조사청의 보충적 평가액(1좌당 16,416,868원) 적용으로 인해 청구인들이 추가로 부담하여야 할 양도소득세가 약 16,309백만원이나 된다. 즉, 청구인들이 쟁점출자지분 양도로 얻은 모든 재산(양도대금 16,000백만원)을 양도소득세 명목으로 무상 몰수당하고, 나아가 약 309백만의 빚을 내어 세금을 납부해야 하는 처지에 놓이게 된다.
  
  2) 특수관계자(㉡) 요건 불충족
  
  청구인들 중 A를 제외한 B와 C는 F기업의 주식 1주도 보유하고 있지 않고 F기업 경영에 지배적인 영향력을 행사한 사실이 전혀 없으므로 이들은 F기업의 특수관계인에 해당하지 않기 때문에 「소득세법」 제101조 제1항에 근거한 부당행위계산부인이 적용될 수 없다.
  
  조사청도 인정하고 있듯이 (i) 청구인들과 홍콩법인은 「소득세법」상 특수관계인에 해당하지 않음이 분명하고, (ii) 청구인들 중 B, C과 F기업 간에도 법률상 또는 사실상의 지배관계가 전혀 없어 특수관계인의 관계가 성립하지 않는다.
  
  법원은 ‘개인인 甲(본인)이 직접 乙법인에 출자하지 않았으나, 甲의 동생과 배우자가 乙법인의 발행주식총수의 100%를 보유하고 있는 경우 甲과 乙법인 간의 특수관계가 인정되는지 문제된 사안에서, ‘甲의 특수관계인(친족)이 乙법인에 30% 이상 출자하고 있다는 사정만으로 甲과 乙법인이 특수관계에 있다고 볼 수 없고, 甲과 乙법인 간의 특수관계를 인정하기 위하여는 甲이 乙법인에 지배적인 영향력을 행사하고 있다는 사실이 인정되어야 한다’고 판결하였다(대법원 2024.7.25. 선고 2022두63386 판결, 서울고등법원 2024.5.29. 선고 (춘천)2022누1284 판결 대법원 심리불속행 확정 같은 뜻임).
  
  B와 C의 경우, F기업 경영에 지배적인 영향력을 행사한다고 볼 수 없고, 조사청에 의해 이러한 점이 전혀 입증되지 않고 있으므로, 위 대법원 판례에 따르면, B와 C, F기업 간에는 「소득세법」상의 특수관계가 성립하지 않아 부당행위계산 부인 규정이 적용될 수 없다.
  
  3) 경제적 합리성 부존재(㉢) 요건 불충족
  
  가) 조사청은 청구인들이 쟁점출자지분을 1좌당 3,201,280원에 양도한 것에 경제적 합리성이 없다는 점에 대해 아무런 입증을 하지 않고 있다.
  
  청구인들이 쟁점출자지분을 양도할 당시 ① 시장 상황(코로나 팬데믹, 금리상승 등에 따른 상업용 부동산 경기침체 등), ② 청구인들의 자금곤란 사정(모친 사망 당시 상속세 납부를 위한 대규모 현금 지출 및 청구인들 중 B의 사업 부진 등), ③ 쟁점토지지분의 특수성(쟁점토지 중 60% 지분, 연 6억원의 임대료로 30년간 장기계약, 담보신탁의 존재)으로 인한 매수자 물색의 어려움, ④ 그에 따라 F기업 등과 같이 어느 정도 아는 사람에게 매수 의향을 묻는 것이 실무상 일반적인 점, ⑤ 법무법인 및 회계법인의 실사, 주식가치평가 등의 객관적 검토 절차를 거친 점 등에 비추어 보면, 쟁점거래는 부자연스럽거나 불합리한 거래가 아니므로 경제적 합리성이 인정된다.
  
  나) 반면, 조사청은 쟁점토지지분의 감정가액을 적용한 보충적 평가액과 실제 양도거래가액 간의 차이가 크므로 경제적 합리성이 없다는 의견이다.
  
  그러나 조세심판원은  "전후 사정이나 거래가액 외의 자금 등의 수수 여부를 규명하지 않고 단순히 그 가액이 상증세법상 평가액보다 낮다는 이유만으로 청구인이 특수관계법인에게 시가보다 낮은 금액에 양도하였다고 보아 양도소득세 등을 과세한 이 건 처분은 잘못이 있다”고 판단하고 있다(조심 2018광3733, 2021.10.27., 조심 2010서2046, 2011.04.19. 외 다수 같은 뜻임).
  
  다) 또한, 이 건이 사실상 직접적으로 문제된 쟁점결정에서도 ‘상증세법상 보충적평가액과 쟁점매매사례가액이 크게 차이가 난다는 점 이외에 쟁점거래가 합리적이지 않다는 취지의 조사청 의견이 충분히 입증되었다고 볼 수 없다’고 판단하였다.
  
  라) 게다가, 조사청은 마치 F기업 또는 J기업이 역외탈세 내지 은닉행위 등을 한 것처럼 주장하나, 관련 내용이 본건과 무관함은 별론으로 하더라도, 국내법인이 국외로 송금하는 경우 기획재정부장관에 대한 신고(외국환거래법 제18조), 과세관청에 대한 통보 등이 이루어지므로(외국환거래규정 제4-8조), F기업 또는 J기업의 국외 송금사실은 과세관청 전산망 내에서 쉽게 확인이 가능한 것으로서 역외탈세 내지 은닉행위 등에 해당할 여지가 없다.
  
  다. (쟁점②) 결론적으로, 이 건 세무조사결과통지가 위법하므로 취소되어야 이유를 정리하면 다음과 같다.
  
  1) 조사청은 쟁점거래를 재구성한 근거가 금융추적과 정보교환 결과, 1차양도거래에 있어 홍콩법인의 매수자금 출처가 F기업이라는 새로운 사실관계가 확인되었다는 의견이나, 이는 사실관계(차입금 상환)를 오인한 것에 지나지 않으므로 실질과세원칙을 적용하여 거래를 재구성하는 것은 위법하다.
  
  2) 이 건과 쟁점결정의 사실관계가 동일함이 입증되었고, 쟁점도 E기업지분의 시가여부로 동일한 이상 쟁점결정에 반한 이 건 통지는 위법하다.
  
  3) 본 안을 검토하더라도 쟁점거래는 「소득세법」상 부당행위계산부인 요건을 갖추지 못하여 법리적으로도 위법ㆍ부당하다.
  
  가) 쟁점거래는 저가가 아닌 시가로 거래한 한 것이고, 조사청이 제시하고 있는 가액은 시가로 볼 수 없는 가액이다.
  
  나) 청구인 B 및 C는 F기업과 특수관계도 성립하지 않는다.
  
  다) 쟁점거래한 가액은 경제적 합리성이 있음에도 조사청이 보충적 평가액의 차이가 상당하다는 이유만으로 경제적 합리성이 없다고 단정하는 것은 부당하다.
  
  3. 조사청(통지관서) 의견
  
  가. (쟁점①) 조사청은 B, C에게 기한(조사 종료일로부터 20일)내에 세무조사결과통지를 하였다.
  
  1) 조사청이 청구인 B와 C에게 「국세기본법」 제81조의12 제1항에 따라 조사를 마친 날부터 20일(기한)이 지나서 세무조사결과통지를 하였다고 주장하나, 이는 사실과 달라 청구주장은 이유가 없다.
  
  가) 이 건 양도소득세 조사 중 청구인들이 1차양도거래시 양수자 홍콩법인과 관련한 자료를 의도적으로 제출 지연하여 조사기간을 연장하였다. 이 과정에서 B와 C에 대한 조사 종료일이 2024.10.14.인 반면에, A은 해당 조사연도(2022년) 양도가액이 200억원 이상이기 때문에 조사기간 연장을 위해서는 서울청 납세자보호위원회의 심의를 받아야 하는 절차가 추가되어서 A의 조사기간 종료일은 2024.11.5.이 되었다.
  
  나) 조사청은 B와 C에 대한 조사종료 후 기한(2024.11.3.) 내인 2024.11.1. 이들에게 조사결과통지서를 발송하였고, 기한인 2024.11.3.이 일요일인 관계로 2024.11.4. 송달되었다.
  
  다) 한편, 조사청은 조사결과를 통지하기 이전에 세무대리인과 추가 고지할 세액계산을 서로 맞춰보는 등 이미 조사결과에 대한 내용을 충분히 통지한 사실이 있다.
  
  나. (쟁점②) 청구인들은 형식상 홍콩법인 및 F기업에 나누어 쟁점출자지분을 양도하였으나, 실질적으로는 F기업에 전량을, 저가로 양도하였으므로 부당행위계산 부인한 이 건 통지는 적법ㆍ타당하다.
  
  1) 우선, 청구인 B와 C는 쟁점출자지분을 매수한 F기업은 「국세기본법 시행령」 제1조의2 제3항 제1호 가목에서 정하는 경영지배관계(형제관계인 A가 F기업에 30%이상 출자하고 있고 A를 통하여 F기업에 지배적인 영향력을 행사)에 따른 특수관계가 성립하기 때문에 쟁점거래는 부당행위계산 부인 요건 중 특수관계인 간 거래에 해당한다.
  
  2) E기업과 F기업은 구건물(T빌딩)과 토지를 각 6:4 비율로 공동소유하고 있었고, E기업의 출자자인 청구인 3명은 구건물을 멸실하고 공동소유인 쟁점토지에 F기업이 단독으로 AI 호텔 건물을 신축할 때 E기업이 소유하고 있는 쟁점출토지지분을 담보제공하여 F기업이 건물 신축자금을 원활히 조달하도록 하였으며, E기업과 F기업은 호텔건물 신축과 이를 통한 임대사업에 있어 공동의 이해관계를 가지고 있으며, 청구인 3명은 쟁점출자지분 양도를 하나의 거래단위로 하여 양도하여 청구인 B와 C는 청구인 A와 동일한 이익을 추구한 사실에서 알 수 있듯이 B와 C는 A를 통하여 F기업에 지배적인 영향력을 행사하였기에 A와 F기업 간 특수관계가 성립하는 것은 물론이거니와 BㆍC과 F기업 간에도 특수관계가 성립한다.
  
  3) 다음으로, 실질과세원칙을 적용하여 쟁점거래를 재구성하여 청구인들이 쟁점출자지분 전부를 F기업에 양도한 것으로 조사한 이유는 다음과 같다.
  
  가) 조사청이 금융추적 및 홍콩정부와의 정보교환을 통하여, 1차양도거래에 있어 형식상 매수자는 홍콩법인이나, 실제 매수자를 F기업라고 조사한 내용은 다음과 같다.
  
  가) 대법원 판례에 따르면, 실질과세원칙을 적용하여 거래의 당사자를 실질적 귀속자로 재구성하기 위해서는 ① 재산의 귀속 명의자는 이를 지배 ㆍ관리할 능력이 없고, ② 그 명의자에 대한 지배권 등을 통하여 실질적으로 이를 지배 ㆍ관리하는 자가 따로 있으며 ③ 그와 같은 명의와 실질의 괴리가 조세를 회피할 목적에 의한 것이라는 요건을 충족하여야 한다(대법원 2012.1.19. 선고 2008두8499 전원합의체 판결 등 참조).
  
  나) 쟁점거래가 이루어진 경위와 목적, 실질적 수익자를 살펴보면 형식상 1차양도거래 매수자는 홍콩법인이나 실제 거래당사자는 F기업이다.
  
  (1) (사전계획) F기업은 장기적으로 G호텔을 외부에 매각할 계획을 가지고 있었고, E기업이 보유한 쟁점토지 지분(G호텔 부지의 60%)를인수하거나 또는 E기업의 주식을 인수할 계획을 세우던 중 집합투자업자(펀드 운용사) O자산운용를 통한 ‘O자산운용일반사모투자신탁제000호’(이하  "O자산운용000호펀드”라 한다)를 통한 투자 건이 성사되었고, O자산운용000호펀드의 신탁업자인 U은행이 F기업 전환사채(Convertible Bond) 200억원 인수 및 F기업주식 300억원을 취득하면서 F기업의 개인주주(A와 S씨) 의무사항으로 2022.7.21. E기업 주식을 홍콩법인과 F기업에 이전할 것을 확약하는 ‘주주 간 협약서’(이하  "쟁점협약서”이라 한다)를 체결하였다.
  
  즉, 쟁점협약서를 보면, F기업이 부동산펀드 투자자 모집을 위하고 F기업의 경제적 목적을 위하여 의무사항으로 쟁점거래(F기업을 매수자로 하는 2차양도거래, 홍콩법인을 매수자로 하는 1차양도거래)가 사전에 약정되었고, 양도시기(전환사채인수일로부터 5개월이 되는 날까지) 및 거래가액(1출자좌당 3,201,280원, 쟁점출자지분 전체 160억원)이 이미 확정된 사실이 나타난다.
  
  (2) 피상속인에 대한 상속세조사 과정에서 제출된 B와 C의 카카오톡 내용(2019.5.28., 2021.8.30., 2022.10.26.)을 보면, 이들은 2019년부터 E기업이 보유한 부동산(쟁점토지지분) 매각에 관련한 사항을 모두 A에게 일임하고 그 결정을 기다리고 있는 상태였고, 쟁점거래 계약과 관련하여 B와 C는 거래당사자로서 가격협상 및 의사결정에 참여하지 않았으며, A의 결정에 따라 본인들 소유의 E기업 출자지분을 양도한 사실을 알 수 있다.
  
  (3) (지분인수구조) O자산운용000호펀드 상품제안서를 살펴보면,  "본 건 거래는 신탁형REF(Real Estate Fund, 부동산펀드)로 F기업의 주식 300억원 및 전환사채 투자 및 인수하며, 공동지분자 E기업의 지분을 매입하는 거래 구조임”이라고 설명되어 있다.
  
  F기업이 쟁점토지의 공동지분자인 E기업의 지분을 인수하는 구조에서 ‘제3의 법인’을 언급하면서 ‘제3의 법인’이 E기업의 주식을 공동매입하고 O자산운용000호펀드가 E기업 출자지분 매입자 모두에게 질권 설정을 하는 것으로 설명되어 있어, O자산운용000호펀드 투자자들 입장에서는 F기업이 실질적으로 E기업 지분 전체에 대하여 영향력을 가지고 있는 것으로 판단할 수밖에 없었을 것이다.
  
  홍콩법인이 질권설정에 동의한 이유는 F기업의 투자자 O자산운용이 ‘홍콩법인이 취득할 쟁점출자지분에 질권 설정이 이루어지지 않는다면 F기업에 투자할 수 없다’는 입장이였기 때문임을 청구인들 또한 인정하고 있는 사실이다.
  
  (4) (의사결정 주체) 집합투자업자 O자산운용이 2022.4.13. 처음으로 F기업에 F기업 49%지분 인수 의향을 제시한 후, 펀드신탁업자 U은행이 의무조건 사항으로 E기업 출자지분 매수를 요청하였고, F기업의 주주 A와 S씨의 주도 하에 홍콩법인과 F기업이 E기업의 주식를 매수하는 쟁점거래가 이루어진 것이다.
  
  (가) 이는 쟁점협약서에도 F기업주주 A와 S씨가 E기업의 주식 이전을 확약하고, E기업의 정관 개정 및 신고, 동의 관련사항 및 질권 설정까지 확약한 사실에서 확인된다.
  
  (나) 또한, 쟁점협약서(2022.7.21.)상 특별 합의 내용을 보면 O자산운용의 투자거래 완료일부터 24개월이 경과한 날의 익일로부터 거래종결일로부터 60개월이 경과한 날까지의 기간 동안 F기업주주(A, S씨)와 O자산운용000호펀드가 협의하여 호텔자산 매각을 추진할 수 있다고 되어 있는데, 이는 홍콩법인이 1차양도거래(2022.8.24. E기업 지분 49.98% 매수계약)를 통하여 쟁점토지(호텔부지)의 30% 정도(E기업이 부지 60%를 소유하고 있고 홍콩법인이 그 중 약 1/2를 간접소유)를 소유하는 상황임에도 홍콩법인을 완전히 배제한 채 F기업이 모든 의사결정을 하는 사실이 확인되는 것이다.
  
  (5) (F기업주식 거래가격 산정) 한편, A와 S씨은 쟁점협약에 따라 보유하고 있던 F기업 지분 50% 중 각 4.5%씩 총 9%를 U은행에 양도하였는데, 이때 주식거래가액 산정시 쟁점토지 및 호텔건물 감정평가한 금액(2,901억원)을 기준으로 10% 가량 할인하여, 호텔자산을 약 2,600억원(쟁점토지 100% 지분 포함)으로 평가하여 1주당 5,555,555원으로 양도하였다.
  
  (가) F기업이 2022.10.31. 2차양도거래를 통하여 E기업의 50%를 인수하더라도 쟁점부동산에 대한 F기업의 소유권은 호텔건물 100%와 쟁점토지 70%뿐이고, 나머지 토지 30%는 홍콩법인 소유임이 분명함에도 전체 부동산을 F기업의 소유로 보아 F기업주식 가치를 산정한 후 양도거래하였다.
  
  (나) 이는 F기업이 홍콩법인을 이 거래에 있어 실제로 지배하고 있는 확실한 증거이며, 홍콩법인 명의의 E기업 출자지분 또한 실제로는 F기업의 소유라는 사실을 알 수 있다.
  
  (6) (쟁점거래의 수익자) O자산운용의 투자를 받기 위하여 E기업의 부동산 지분을 매입하여야만 했던 F기업은 E기업 보유 쟁점토지지분을 직접 매수하여 취득하는 것보다 E기업 주식을 매입하는 것이 더 적은 자금으로 E기업의 경영권 및 토지지분을 획득할 수 있었으므로 쟁점출자지분 양수도거래의 궁극적 수익자는 F기업이다.
  
  또한, U은행(O자산운용000호펀드 신탁업자)이 F기업이 2022.7.22. 발행하고 O자산운용000호펀드가 인수한 전환사채 200억원 채무를 담보하기 위하여 2022.10.31. E기업 쟁점출자지분(F기업 2,499좌, 홍콩법인 2,499좌)에 근질권(채무자: F기업)을 설정하였는바, 이는 F기업과 달리 홍콩법인은 O자산운용000호펀드에 대한 채무가 없음에도 본인 소유 출자지분에 근질권 설정에 동의한 것에서 알 수 있듯이 쟁점출자지분을 매수한 쟁점거래는 실질적으로 F기업의 경제적 이익을 위한 양수도거래라는 사실을 알 수 있다.
  
  (7) 홍콩법인은 실체가 없으며, 쟁점거래 당사자는 모두 F기업이다.
  
  (가) (홍콩법인의 실체) 2022.7.21. 작성된 쟁점협약서에 기재되어 있는 ‘제3의 법인’은 홍콩법인인 것으로 확인되고, 홍콩법인은 2022.8.24. E기업 주주들(청구인들)과 1차양도거래 계약을 하였다.
  
  홍콩법인의 등기부상 자본금은 홍콩달러 $100(≒17,000원)으로 법인의 인적ㆍ물적시설 및 사업현황을 알 수 없으며, 등기부상 이사는 P씨(F기업 주주 S씨의 兄)이나 1차양도거래 매매계약서상의 대표자 Q씨(P씨의 배우자 V씨로 추정됨)로 서명되어 있어 상이하고, 등록주소도 등기부와 상이하다.
  
  그래서 조사청은 홍콩법인(담당자: W씨, ㅇㅇㅇ@ㅇㅇㅇ)에 거래당사자로서 회사의 사업목적, 출자지분을 취득한 경위, E기업 주주들과의 거래가액 협상내용, 매매계약 과정에서 참여한 의사결정권자에 대한 자료를 요청하였으나 제출하지 않아 확인되지 않고 있는 상태이다.
  
  (나) 조사청이 정보교환을 통하여 홍콩정부로부터 회신받은 자료에 의하면, 2017/2018~2023/2024 과세연도에 대한 홍콩법인의 법인세 과세 및 납부한 기록이 없고, 2017/208~2021/2022 과세기간에는 신고조차 하지 않은 것으로 확인된다. 또한, 홍콩정부가 홍콩법인에 공식 통지서를 발송하여 자료를 확보하려고 시도하였으나 현재까지 아무런 회신을 받지 못하였다며 홍콩법인으로부터 추가 정보를 얻는 것이 어려울 것으로 예상된다고 회신하였다.
  
  (다) (홍콩법인의 지배구조) 홍콩법인의 주주는 AA국령 조세피난처 Z섬 소재 L펀드(이사: V씨, F기업의 주주 S씨의 兄 P씨의 배우자) 와 K펀드였으나 2020.5.20. L펀드(이사: V씨)가 지분 인수하여 현재 100%지분을 보유하고 있다. 두 개 펀드 모두 주주는 AB(AA국령 조세피난처 Z섬 소재, 이사 P씨)이고, 모기업 AC의 자회사로, 펀드 운용사는 AE(홍콩 소재, P씨 100% 소유)로, 홍콩법인 등록주소와 펀드운용사 AE의 등록주소가 동일하다.
  
  한편, 이 AE는 한국인 P씨 대표가 2008년 설립한 펀드운용사인데, AE가 발행한 AE펀드는 2020년 7월부터 환매가 중단되어 이로 인한 피해금액이 0조 0천억원에 달하고(2020.0.0. 00경제), 외국에 소재하고 있다는 이유로 3년이 넘은 지금까지 금융당국의 조사도 이뤄지지 못하고 있는 상태이다(2023.0.0. 00일보).
  
  (라) (홍콩법인이 1차양도거래를 한 이유) 실체도 없는 홍콩법인이 매년 쟁점토지지분 임대료가 연 6억원의 1/2(30년 장기계약) 정도의 수익만 발생하는 반면, 쟁점토지지분에 1,600억원의 은행담보가 설정이 되어 있고, 홍콩법인 출자지분(2,499좌)에 F기업이 발행한 전환사채 200억원의 부채에 담보로 근질권까지 설정해주면서 E기업 출자지분(2,449좌)를 취득하였다는 자체가 합리적이지 않고 달리 홍콩법인이 1차양도거래한 것에는 독립기업으로서의 사업목적, 경영상 필요나 다른 합리적인 이유를 찾을 수 없었다.
  
  이는 만약, E기업의 기존주주(청구인들)가 F기업에 직접 매도하는 거래를 하였다면 바로 부당행위계산 부인되기 때문에 특수관계가 없는 홍콩법인을 앞세워 1차양도거래라는 위장거래를 한 것으로 판단된다.
  
  (마) (E기업 출자지분 매수자금 원천) 홍콩정부로부터 받은 정보교환 자료를 보면, 홍콩법인은 2022.10.10. 모회사인 L펀드로부터 USD 5,780,500(약 81억원)을 입금받아 그 자금을 2022.10.19. E기업 출자지분 취득(1차양도거래) 대가지급으로 한국에 송금한 것으로 확인되었다.
  
  금융추적결과, 이 자금의 원천은 F기업이 2022.7.25. J기업(호텔운영법인으로 주주는 A와 S씨가 각 지분 50% 소유)에 109억원을 송금하였고, J기업는 2022.7.25. K펀드에 107억원을 송금하였고, 그 자금이 L펀드를 경유하여 홍콩법인에 전달된 것으로 확인된다.
  
  나아가 F기업은 2022.7.25. J기업에 대여한 금액(119억원) 상당액에 대하여 다음 <표4>와 같이 2023.6월 사업연도 결산시 전액 손실(대손충당금 설정)한 것으로 나타난다.
  
  <표4> 2023.6말 현재 F기업의 대여금 계정
  
  한편, 홍콩법인이 L펀드로부터 수취한 금액은 홍콩법인 재무제표상 모회사인 L펀드로부터 차입한 채무로 확인되고, 재무제표 주석을 보면 모회사에 대한 채무는 담보가 없고 이자도 없으며 상환기한이 정해져 있지 않다고 기재되어 있다.
  
  (바) (1차양도거래의 거래당사자) 홍콩법인은 청구인들과 1차양도거래계약을 체결하고, 2022.8.29. 신한은행에 ‘주식 취득 또는 출연 방식에 의한 외국인 투자 신고서’를 제출하는 업무를 법무법인R에 위임하였는데, 법무법인R은 2020년 7월부터 특수관계법인 J기업의 자문(매월 1백만원 자문보수료 수취)을 맡고 있는 곳으로, 조사청에 홍콩법인과는 직접적인 위임계약을 한 사실이 없다고 확인해 주었다.
  
  <표4> 2022~2023년 법무법인R의 세금계산서 발급 현황
  
  또한, 법무법인R은 홍콩법인이 아닌 E기업 출자자(청구인들)부터 자문보수료 58,000,000원을 받은 사실이 있고, 법무법인R의 변호사 김○준이 2022.9.29. 3자 합의서(母가 사망하기 이전 2022.8.24. E기업의 주주 4명이 주식양도계약을 체결하였다가 2022.8.30. 사망하자 3명(청구인들)으로 줄어 들었지만 기존계약을 승계한다는 합의) 최종본을 F기업직원 BB씨와 사주 A에게 이메일로 발송한 것으로 확인된다.
  
  결국, 1차양도거래와 관련하여 법무법인R이 홍콩법인으로부터 위임을 받아 홍콩법인 업무를 수행한 것이 아니라 F기업(또는 사주 A)으로부터 위임을 받아 홍콩법인을 대리하여 1차양도거래 업무를 진행한 것으로 확인되어, 1차양도거래의 당사자는 실질적으로 홍콩법인이 아니라 F기업인 것으로 판단된다.
  
  (사) (실질적 지배관리) 상기 내용과 같이 홍콩법인은 표면상으로는 E기업 주주들과 특수관계가 없는 제3자로 출자지분(2,499좌)를 취득하였으나 F기업의 주주 A와 S씨의 의사결정에 따라 인수한 점, 출자지분에 근질권을 설정하는 것에 동의하는 등의 경제적인 위험을 초래할 수 있는 비합리적인 계약을 체결한 점, 홍콩 등록주소에 인적ㆍ물적 시설도 확인할 수 없고 조사과정에서 1차양도거래에 있어 최종 의사결정권자에 대한 자료도 제시된 사실이 없다.
  
  따라서 홍콩법인의 실체가 드러나지 않고 있어 홍콩법인은 실질적으로 F기업의 지배ㆍ관리하에 있는 명목회사에 지나지 않는다고 판단된다.
  
  3) 청구인들이 보유하고 있던 E기업 쟁점출자지분을 1차양도거래(매수자: 홍콩법인), 2차양도거래(매수자: F기업)로 나누어 양도한 것은 조세회피의 목적이 있었던 것으로 판단된다.
  
  가) (청구인들과 F기업) F기업이 O자산운용000호펀드로부터 투자유치를 하는 과정에서 E기업의 기존주주들(청구인들)이 쟁점출자지분을 특수관계법인 F기업에 직접 양도하는 경우, ① 출자지분 저가 양도에 따른 양도소득세 부당행위계산 부인규정이 적용되고 F기업은 저가취득에 따른 익금산입으로 법인세를 부담하여야 하는 문제, ② F기업이 부동산과다법인인 E기업(부동산 보유비율 92.4%)의 과점주주(1ㆍ2차양도거래후 지분율 99.6%)가 되어 간주취득세를 부담하여야 하는 문제가 발생할 수 있었다.
  
  그래서 쟁점협약서상으로 이미 특수관계법인 F기업의 지분매수거래(나중 2차양도거래가 됨)와 함께 제3자 법인(홍콩법인)과의 지분매수거래(나중 1차양도거래가 됨)가 동일한 시기에 동일한 가액(1좌당 3,201,280원 합계 160억원)으로 거래하기로 하였음에도, 청구인들은 이러한 사정을 숨기고 먼저 실체를 알 수 없는 비특수관계법인 홍콩법인과 양도거래를 가장한 1차양도거래를 하고, 이때 거래가액을 시가라고 주장하면서 특수관계법인인 F기업과 2차양도거래를 한 것으로 조사되는바, 이는 청구인들과 F기업이 정당한 조세를 회피할 목적으로 1ㆍ2차로 나누어 거래한 것으로 판단된다.
  
  나) 그 결과, 쟁점거래 당시 E기업이 보유하고 있는 쟁점토지지분의 감정가액(정당한 시가를 산정할 수 있는 근거)이 있음에도 특수관계법인 F기업에게 감정가액을 무시하고 쟁점출자지분주식을 저가로 양도하여 F기업의 주주들에게 이익을 분여하였을 뿐 아니라, 1차양도거래와 2차양도거래가 서로 관련성이 없는 거래인 것처럼 꾸며 객관적인 시장가치를 반영하지 못한 1차양도거래 가액을 시가라고 주장하며, 청구인들 및 F기업이 정당하게 부담하여야 할 조세(E기업 출자지분 상속에 따른 상속세, 양도에 따른 양도소득세 및 F기업이 부담하여야 할 법인세 및 간주취득세)를 부당하게 감소시켰다.
  
  다. (쟁점②) 청구인들은 실질적으로는 F기업에 쟁점출자지분을 시가보다 저가로 양도하였다.
  
  1) E기업은 F기업이 지고있는 1,600억원 채무에 대하여 2013년부터 쟁점토지지분을 담보신탁으로 제공하고 있는데, 주채무자이자 쟁점토지를 공동 소유하고 있는 F기업 주식지분 9%(5,400주, AㆍS씨 각 4.5%)을 2022.7.28. O자산운용000호 펀드에 양도할 때 거래가액은 1주당 5,555,555원인바, 이는 쟁점토지 및 G호텔 건물의 감정가액을 기준으로 자산가치를 반영하여 매매가격을 산정한 것으로 주주인 A와 S씨의 최대이익을 도모하였다.
  
  반면, E기업의 쟁점출자지분을 양도한 쟁점거래에 있어 양도가액은 감정가액을 반영하지 아니한 채 토지 기준시가에 의한 순자산가치 평가금액(1좌당 3,760,800원)과 F기업이 발행한 전환사채 200억원의 채무를 담보를 위하여 쟁점출자지분에 질권설정된 금액(1출자좌당 4,000,000원)보다도 낮은 1출자좌당 3,201,280원으로 하여 매매가액을 책정하였다.
  
  2) 한편, 청구인들이 주장하고 있는 주채무자인 F기업의 경영악화를 이유로 담보제공된 호텔부지가 강제매각될 우려는 F기업이 고려해야 할 경제상황이지 토지 임대법인 E기업의 주주가 고려할 상황이 아니며, 국내 매수자를 물색하였다는 주장 또한, 구두일 뿐이며 E기업이 보유하고 있는 쟁점토지지분에 대하여 실질적인 매수인과의 쟁점거래 가격에 근접한 가액으로 가격협상이 있었다는 사실을 청구인들은 입증하지 못하고 있다.
  
  3) 쟁점출자지분의 시가를 자체평가하면서 적용하였다는 현금흐름할인법 은 부적절한 것이다.
  
  가) 주식평가 방법인 현금흐름할인법(Discounted Cash Flow method, 이하  "DCF법”이라 한다)은 ‘기업이 보유한 유무형의 자산으로 장래에 얼마만큼의 수익(내지 현금흐름)을 창출할 수 있는가’라는 관점에서 미래의 수익창출 능력으로 기업의 가치를 평가하는 방법으로, 서울고등법원은 DCF법이 쟁점법인의 현재 자산가치를 전혀 고려하지 아니하고 있어 이 사건 계약 체결일 당시 주식의 시가를 평가한 것으로 보기에 부적절하다고 판결하였다(서울고등법원 2011.10.19. 선고, 2011누13424 판결 참조).
  
  나) E기업은 매년 6억원의 고정된 부동산 임대수입만 발생하는 부동산과다보유(92.4%)법인으로, 보유하고 있는 쟁점토지의 자산가치를 반영하지 않은 채 특수관계법인 J기업와 30년 장기계약한 저가의 임대료에 기초하여 미래의 수익창출능력으로 기업의 가치를 평가하는 DCF법을 적용하였으므로 이는 E기업 출자지분 평가에 있어 적절하지 않는 평가방법이다.
  
  즉, E기업의 2022년 6월 사업연도말 현재 미처분이익잉여금이 67억원인 점, 쟁점토지지분에 대한 감정가액(81,660백만원)이 기준시가(18,360백만원) 대비 4.4배 가량 높음에도 불구하고 이 자산가치를 전혀 반영되지 않은 채 단순히 미래현금흐름만으로 출자지분의 가치를 책정하고 이를 기준으로 정한 거래가액을 합리적이고 정상적인 시가로 볼 수는 없다.
  
  4) E기업이 매년 6억원의 고정임대료가 시가보다 현저히 저가라는 사실은 다음과 같이 확인되며, 이 임대료를 기초로 하여 DCF법으로 E기업의 출자지분을 평가하는 것은 명백히 잘못된 것이다.
  
  가) 과거 쟁점토지 및 지상에는 10층 상가건물(T빌딩, 1987년 신축)이 있었는데, E기업이 각 60%를, F기업이 각 40%(2013.11.12. 제3자 삼부개진(유)로부터 취득) 소유하고 있었으며 그 당시 E기업이 수취한 토지임대료는 연간 13억원 ~ 16억원 가량이었다.
  
  즉, 호텔 신축 이전 상가건물은 E기업이 토지 및 건물 모두 60%를 보유하고 있었다.
  
  나) 이후 2014.11.5. 호텔신축에 관한 건축허가를 받아 2015.7.2. 착공하였고, 2017.12.29. 호텔 건물이 완공(사용승인)되었는바, E기업은 2018년 4월 이후부터 현재까지 호텔운영법인인 J기업으로부터 토지임대료로 월 50백만원씩 지급받고 있다.
  
  이는 노후된 건물을 임대하면서도 연간 16억원(월 130백만원) 가량의 임대수입이 있었음에도 불구하고 현재는 신축호텔 부지로 사용되고 있음에도 월 50백만원의 임대료만 받는 것은 특수관계자 간의 계약이 아니라면 납득할 수 없는 저가이다. 2013년의 E기업이 소유한 쟁점토지지분의 기준시가는 102억원이었다가 2022년 기준시가는 180억원으로 176%포인트 가량 상승하였음에도 불구하고 임대료는 오히려 38% 정도로 줄어든 사실에서도 저가라는 사실이 확인된다.
  
  다) 또한, 호텔신축 이후 E기업(토지 60%)과 F기업(토지 40%, 건물 100%)가 연도별로 수취하고 있고 있는 임대수입을 쟁점부동산(토지+건물)의 감정평가액을 기준(32.52%:62.48%=100%)으로 나누어 비교하면 E기업이 J기업으로부터 받고 있는 연간 6억원의 임대료가 시가(27억원~53억원)에 현저히 미달한 가액이라는 사실이 확인된다.
  
  라) 또 다른 한편, 상증세법 제42조【재산사용 및 용역제공 등에 따른 이익의 증여】에 따라 쟁점토지지분의 임대용역의 시가를 산정하여도 연 1,633,210,280원으로 계산되나, E기업이 30년간 고정적으로 수취하고 있는 연간 임대는 6억원에 불과하여 이 임대료가 시가보다 현저히 저가라는 사실이 명백히 드러난다.
  
  라. (쟁점②) 청구인은 이 건과 쟁점결정이 동일한 쟁점이라고 주장하나, 다투고 있는 내용이 동일하지 않다.
  
  1) 쟁점결정은 조사청이 2023.9.18.부터 2024.7.24.까지 피상속인(母, 상속개시일 2022.8.30.)에 대한 상속세 조사결과통지에 대한 과세전적부심사에 대한 결정으로, 쟁점은 홍콩법인이 1차양도거래시 매수가액 1출자좌당 3,201.280원을 상속개시 당시 상속재산인 E기업의 출자지분 1,000좌의 시가에 해당하는지 여부였고, H 국세심사위원회는 시가에 해당한다고 결정하였다.
  
  2) 조사청은 1차양도거래의 거래상대방인 홍콩법인에 대한 자료 확인을 위해 홍콩정부에 정보교환 요청하면서 조사중지를 하였으나, 청구인들은 조사 중지에 대하여 권리보호 요청을 하였고, 상속조사 추가 조사중지를 통하여 상속세 조사와 이 건 양도소득세 조사를 동시에 종결하고자 하였으나 청구인들 반발이 심하여 결국 상속세 조사를 먼저 종결하였다.
  
  3) 이 건 양도소득세 조사시 양수인 F기업에 대한 금융조회 실시하여, F기업의 자금이 J기업에 대여금 형식으로 이전되었고, 그 금전이 K펀드(홍콩법인 주주인 L펀드와 대표, 주주, 운용사가 동일한 법인)로 송금된 사실을 확인하였다.
  
  또한, 홍콩정부가 회신한 정보교환 자료를 통하여 홍콩법인이 자본금 HK$ 100(≒17,000원)에 불과한 사실, 모회사가 AA국령 Z점에 소재한 L펀드라는 사실, L펀드로부터 이자, 상환기한도 없이 81억원(USD 5,780,500)을 차입한 사실, 그 자금원천이 특수관계법인인 F기업인 사실과 그 금전이 1차양도거래에 따른 취득자금으로 사용(신한은행으로 USD 5,640,157.92 송금)된 사실 등 많은 정보를 확인하였다.
  
  이와 같이 조사청이 이 건 양도거래 조사시 금융추적과 정보교환을 통하여 홍콩법인의 실체, E기업 출자지분 취득자금 원천이 F기업인 것을 확인하여 1차양도거래에 있어 실매수자가 홍콩법인이 아닌 F기업이라는 사실을 밝혔고, 이에 쟁점거래를 재구성하여 쟁점거래의 실매수자를 F기업으로 보고, 양도소득세 부당행위계산 부인규정을 적용하여 이 건 세무조사결과를 통지한 것이므로 쟁점결정과는 기초 사실관계 및 다투고 있는 내용이 다르다.
  
  마. (쟁점②) 청구인들은 조사청의 감정가액이 평가기간을 벗어난 것이어서 「소득세법」상의 시가 요건을 갖추지 못한 것이라고 주장하나, 이는 사실이 아니다.
  
  1) 우선, 조사청의 쟁점토지지분을 감정평가한 내용을 일자순으로 정리해 보면 다음과 같다.
  
  2) 청구인들은 상속세 조사결과통지에 따른 이전 과세전적부심사 청구에서 쟁점거래의 매매계약일이 2022.8.24.로 주장하였고, 쟁점결정에서도 실제 매매계약일은 2022.8.24.로 보았다. 한편, 부당행위계산 부인 규정이 적용될 수 있는지는 여부는 거래행위 당시를 기준으로 판단한다(대법원 2010.5.13. 선고 2007두14978 판결 등 참조).
  
  매매계약작성일(2022.8.24.) 기준 또는 출자지분승낙서 및 양도증서제출일(2022.7.21) 기준으로 하여 감정가액①과 감정가액②는 3개월 이내의 감정가액에 해당하고, 감정가액③은 상증세법 시행령 제49조에 따른 감정가액인바, 이들 감정가액은 모두 「소득세법 시행령」 제167조에 따른 상증세법 제60조 및 같은 시행령 제49조에 규정하고 있는 시가로 인정되는 가액이다.
  
  따라서 조사청이 이들 감정가액 평균액(81,660백만원)을 시가로 보아 부당행위계산 부인규정을 적용하여 양도소득세 과세하는 것은 적법ㆍ타당하다.
  
  3) 설령, 잔금일(2022.10.19. 또는 2022.10.31.)을 기준으로 시가평가를 한다고 하더라도, 실질적인 매매계약일(주요 거래조건을 확정하고, 거래당사자 간 구속력 있는 합의가 있는 시점)과 매매계약 잔금일과의 차이는 불과 2~3개월 차이로 쟁점토지에 대한 기준시가도 동일하고 부동산에 대한 가격변동이 이루어진 특별한 사정이 없는바, 조사청이 제시하고 있는 감정가액 평균액이 잔금일 기준으로 하는 평가액과 달라질 이유는 없다.
  
  4) 청구인들은 양도소득세 부당행위계산 시가에 해당하려면 평가심의위원회에 심의를 거친 감정가액만이 시가로 인정받을 수 있다고 주장하고 있으나, 이는 법리를 잘못 이해한 것이다.
  
  가) 상증세법 시행령 제49조는 상속세 및 증여세의 경우 법정결정기한 이내 소급감정평가한 감정가액을 평가심의위원회 심의를 거쳐 시가로 인정을 하고 있으나, 양도소득세는 법정결정기한이 없기 때문에 이러한 감정가액은 평가심의대상이 아니다. 그래서 법원은 증여재산가액 결정목적으로 한 감정가액이 평가심의위원회 심의를 거쳐 시가 인정받은 경우 동 감정가액을 「소득세법」상으로도 시가로 보아 저가양도한 행위에 대하여 부당행위계산부인하여 양도소득세를 과세한 부과처분은 적법하다고 판결하였다(서울행정법원 2023.7.21. 선고 2021구합74075 판결, 국승 종결).
  
  나) 더구나 이 건에서 쟁점출자지분의 양도매매계약일 2022.8.24.과 상속개시일 2022.8.30.은 단 6일차이로 상속세 과세목적으로 평가심의위원회에서 시가로 인정받은 감정가액을 매매계약일 당시 시가로 봄이 당연하고, 시가 아니라는 청구주장은 오히려 상식에 반한다 할 것이다.
  
  5) 청구인이 제시하고 있는 해석례(법규재산-0251, 2022.7.20.)는 양도일로부터 13개월 전에 거래된 매매사례가액을 증여세 과세시 시가로 인정받은 것인데, 이를 근거로 하여 양도시에도 시가로 볼 수 있는냐에 대한 것(양도거래의 시가 해당하지 않음)으로 이 건과 사실관계가 달라 적용할 수 없다.
  
  6) 나아가, 이 건은 쟁점부동산의 기준시가나 재산의 평가특례(저당권 등이 설정된 재산의 평가)를 적용하여 쟁점출자지분을 보충적 방법으로 평가하여도 양도소득세 부당행위계산 부인규정(차액이 3억 또는 5% 이상)을 적용되는바, 설령 조사청의 감정평가액이 「소득세법」상 요건을 갖추지 못하였다고 보더라도 쟁점출자지분의 시가는 새롭게 재산정되어야 할 것이다.
  
  4. 심리 및 판단
  
  가. 쟁점
  
  ① 이 건 세무조사결과통지는 기한을 지나 통지한 위법이 있으므로 취소되어야 한다는 청구주장의 당부
  
  ② 청구인들이 쟁점거래를 통하여 특수관계법인에게 저가로 쟁점출자지분을 양도한 것으로 보아 부당행위계산 부인하는 것은 부당하다는 청구주장의 당부
  
  나. 관련 법령
  
  (쟁점①과 관련하여)
  
  1) 국세기본법 제5조 【기한의 특례】(2021.12.21. 법률 제18586호로 일부 개정된 것, 이하 같다)
  
  ① 이 법 또는 세법에서 규정하는 신고, 신청, 청구, 그 밖에 서류의 제출, 통지, 납부 또는 징수에 관한 기한이 공휴일, 토요일이거나 「근로자의 날 제정에 관한 법률」에 따른 근로자의 날일 때에는 공휴일, 토요일 또는 근로자의 날의 다음날을 기한으로 한다.
  
  1-1) 국세기본법 제81조의12 【세무조사의 결과 통지】
  
  ① 세무공무원은 세무조사를 마쳤을 때에는 그 조사를 마친 날부터 20일(제11조 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 40일) 이내에 다음 각 호의 사항이 포함된 조사결과를 납세자에게 설명하고, 이를 서면으로 통지하여야 한다.(단서 생략)
  
  1. 세무조사 내용
  
  2. 결정 또는 경정할 과세표준, 세액 및 산출근거
  
  3. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항
  
  (쟁점②와 관련하여)
  
  2) 국세기본법 제14조 【실질과세】
  
  ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.
  
  ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다. <
  
  ③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.
  
  3) 소득세법 제101조【양도소득의 부당행위계산】(2021.12.21. 법률 제18578호로 일부 개정된 것)
  
  ① 납세지 관할 세무서장 또는 지방H 국세심사위원회는 양도소득이 있는 거주자의 행위 또는 계산이 그 거주자의 특수관계인과의 거래로 인하여 그 소득에 대한 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 거주자의 행위 또는 계산과 관계없이 해당 과세기간의 소득금액을 계산할 수 있다.
  
  ⑤ 제1항에 따른 특수관계인의 범위와 그 밖에 부당행위계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
  
  3-1) 소득세법 시행령 제98조【부당행위계산의 부인】(2022.2.15. 대통령령 제32420호로 일부 개정된 것, 이하 같다)
  
  ① 법 제41조 및 제101조에서 "특수관계인"이란 「국세기본법 시행령」 제1조의2 제1항, 제2항 및 같은 조 제3항 제1호에 따른 특수관계인을 말한다.
  
  3-2) 국세기본법 시행령 제1조의2【특수관계인의 범위】(2022.2.15. 대통령령 제32424호로 일부 개정된 것)
  
  ③ 법 제2조 제20호 다목에서 "주주ㆍ출자자 등 대통령령으로 정하는 경영지배관계"란 다음 각 호의 구분에 따른 관계(이하 "경영지배관계"라 한다)를 말한다.
  
  1. 본인이 개인인 경우
  
  가. 본인이 직접 또는 그와 친족관계 또는 경제적 연관관계에 있는 자를 통하여 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인
  
  ④ 제3항 제1호 각 목, 같은 항 제2호 가목부터 다목까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 구분에 따른 요건에 해당하는 경우 해당 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 것으로 본다.
  
  1. 영리법인인 경우
  
  가. 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 출자한 경우
  
  나. 임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 경우
  
  4) 소득세법 시행령 제167조 【양도소득의 부당행위 계산】
  
  ③ 법 제101조 제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때를 말한다.(단서 생략)
  
  1. 특수관계인으로부터 시가보다 높은 가격으로 자산을 매입하거나 특수관계인에게 시가보다 낮은 가격으로 자산을 양도한 때
  
  ⑤ 제3항 및 제4항을 적용할 때 시가는 「상속세 및 증여세법」 제60조부터 제66조까지와 같은 법 시행령 제49조, 제50조부터 제52조까지, 제52조의2, 제53조부터 제58조까지, 제58조의2부터 제58조의4까지, 제59조부터 제63조까지의 규정을 준용하여 평가한 가액에 따른다. 이 경우 「상속세 및 증여세법 시행령」 제49조제1항 각 호 외의 부분 본문 중 "평가기준일 전후 6개월(증여재산의 경우에는 평가기준일 전 6개월부터 평가기준일 후 3개월까지로 한다) 이내의 기간"은 "양도일 또는 취득일 전후 각 3개월의 기간"으로 본다.
  
  4-1) 상속세 및 증여세법 제60조【평가의 원칙 등】(2021.12.21. 법률 제18591호로 일부 개정된 것, 이하 같다)
  
  ① 이 법에 따라 상속세나 증여세가 부과되는 재산의 가액은 상속개시일 또는 증여일(이하 "평가기준일"이라 한다) 현재의 시가(時價)에 따른다. 이 경우 다음 각 호의 경우에 대해서는 각각 다음 각 호의 구분에 따른 금액을 시가로 본다. (중략)
  
  ② 제1항에 따른 시가는 불특정 다수인 사이에 자유롭게 거래가 이루어지는 경우에 통상적으로 성립된다고 인정되는 가액으로 하고 수용가격ㆍ공매가격 및 감정가격 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 시가로 인정되는 것을 포함한다.
  
  ③ 제1항을 적용할 때 시가를 산정하기 어려운 경우에는 해당 재산의 종류, 규모, 거래 상황 등을 고려하여 제61조부터 제65조까지에 규정된 방법으로 평가한 가액을 시가로 본다.
  
  ⑤ 제2항에 따른 감정가격을 결정할 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 둘 이상의 감정기관(대통령령으로 정하는 금액 이하의 부동산의 경우에는 하나 이상의 감정기관)에 감정을 의뢰하여야 한다. 이 경우 관할 세무서장 또는 지방H 국세심사위원회는 감정기관이 평가한 감정가액이 다른 감정기관이 평가한 감정가액의 100분의 80에 미달하는 등 대통령령으로 정하는 사유가 있는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 대통령령으로 정하는 절차를 거쳐 1년의 범위에서 기간을 정하여 해당 감정기관을 시가불인정 감정기관으로 지정할 수 있으며, 시가불인정 감정기관으로 지정된 기간 동안 해당 시가불인정 감정기관이 평가하는 감정가액은 시가로 보지 아니한다.
  
  4-2) 상속세 및 증여세법 시행령 제49조 【평가의 원칙 등】(2022.2.15. 대통령령 제32414호로 일부 개정된 것, 이하 같다)
  
  ① 법 제60조 제2항에서 "수용가격ㆍ공매가격 및 감정가격 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 시가로 인정되는 것"이란 상속개시일 또는 증여일(이하 "평가기준일"이라 한다) 전후 6개월(증여재산의 경우에는 평가기준일 전 6개월부터 평가기준일 후 3개월까지로 한다. 이하 이 항에서 "평가기간"이라 한다)이내의 기간 중 매매ㆍ감정ㆍ수용ㆍ경매(「민사집행법」에 따른 경매를 말한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 공매(이하 이 조 및 제49조의2에서 "매매등"이라 한다)가 있는 경우에 다음 각 호의 어느 하나에 따라 확인되는 가액을 말한다. 평가기간에 해당하지 않는 기간으로서 평가기준일 전 2년 이내의 기간 중에 매매등이 있거나 평가기간이 경과한 후부터 제78조제1항에 따른 기한까지의 기간 중에 매매등이 있는 경우에도 평가기준일부터 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 날까지의 기간 중에 주식발행회사의 경영상태, 시간의 경과 및 주위환경의 변화 등을 고려하여 가격변동의 특별한 사정이 없다고 보아 상속세 또는 증여세 납부의무가 있는 자(이하 이 조 및 제54조에서 "납세자"라 한다), 지방H 국세심사위원회 또는 관할세무서장이 신청하는 때에는 제49조의2 제1항에 따른 평가심의위원회의 심의를 거쳐 해당 매매등의 가액을 다음 각 호의 어느 하나에 따라 확인되는 가액에 포함시킬 수 있다.
  
  1. 해당 재산에 대한 매매사실이 있는 경우에는 그 거래가액. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.
  
  가. 특수관계인과의 거래 등으로 그 거래가액이 객관적으로 부당하다고 인정되는 경우
  
  2. 해당 재산(법 제63조제1항제1호에 따른 재산을 제외한다)에 대하여 둘 이상의 기획재정부령으로 정하는 공신력 있는 감정기관(이하 "감정기관"이라 한다)이 평가한 감정가액이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액.(단서 생략)
  
  ② 제1항을 적용할 때 제1항 각 호의 어느 하나에 따른 가액이 평가기준일 전후 6개월(증여재산의 경우에는 평가기준일 전 6개월부터 평가기준일 후 3개월까지로 한다) 이내에 해당하는지는 다음 각 호의 구분에 따른 날을 기준으로 하여 판단하며, 제1항에 따라 시가로 보는 가액이 둘 이상인 경우에는 평가기준일을 전후하여 가장 가까운 날에 해당하는 가액(그 가액이 둘 이상인 경우에는 그 평균액을 말한다)을 적용한다.(단서 생략)
  
  1. 제1항 제1호의 경우에는 매매계약일
  
  2. 제1항 제2호의 경우에는 가격산정기준일과 감정가액평가서 작성일
  
  ③ 제1항 각호의 가액에 2 이상의 재산가액이 포함됨으로써 각각의 재산가액이 구분되지 아니하는 경우에는 각각의 재산을 법 제61조 내지 제65조의 규정에 의하여 평가한 가액에 비례하여 안분계산하되 각각의 재산에 대하여 감정가액(동일감정기관이 동일한 시기에 감정한 각각의 감정가액을 말한다)이 있는 경우에는 감정가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 토지와 그 토지에 정착된 건물 기타 구축물의 가액이 구분되지 아니하는 경우에는 「부가가치세법 시행령」 제64조에 따라 안분계산한다.
  
  5) 상속세 및 증여세법 제63조【유가증권 등의 평가】
  
  ① 유가증권 등의 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다.
  
  1. 주식등의 평가
  
  가. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 증권시장으로서 대통령령으로 정하는 증권시장에서 거래되는 주권상장법인의 주식등 (중략)
  
  나. 가목 외의 주식등은 해당 법인의 자산 및 수익 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한다.
  
  5-1) 상속세 및 증여세법 시행령 제54조【비상장주식등의 평가】
  
  ② 제1항의 규정에 의한 1주당 순자산가치는 다음의 산식에 의하여 평가한 가액으로 한다.
  
  1주당 가액 ＝ 당해법인의 순자산가액 ÷ 발행주식총수(이하 "순자산가치"라 한다)
  
  ④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에도 불구하고 제2항에 따른 순자산가치에 따른다.
  
  3. 법인의 자산총액 중「소득세법」제94조 제1항 제4호 다목 1) 및 2)의 합계액이 차지하는 비율이 100분의 80 이상인 법인의 주식등
  
  6) 상속세 및 증여세법 제66조【저당권 등이 설정된 재산 평가의 특례】
  
  다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재산은 제60조에도 불구하고 그 재산이 담보하는 채권액 등을 기준으로 대통령령으로 정하는 바에 따라 평가한 가액과 제60조에 따라 평가한 가액 중 큰 금액을 그 재산의 가액으로 한다.
  
  1. 저당권, 「동산ㆍ채권 등의 담보에 관한 법률」에 따른 담보권 또는 질권이 설정된 재산
  
  4. 위탁자의 채무이행을 담보할 목적으로 대통령령으로 정하는 신탁계약을 체결한 재산
  
  6-1) 상속세 및 증여세법 시행령 제63조 【저당권등이 설정된 재산의 평가】
  
  ① 법 제66조에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 평가한 가액"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 금액을 말한다.
  
  1. 저당권(공동저당권 및 근저당권을 제외한다)이 설정된 재산의 가액은 당해 재산이 담보하는 채권액
  
  2. 공동저당권이 설정된 재산의 가액은 당해 재산이 담보하는 채권액을 공동저당된 재산의 평가기준일 현재의 가액으로 안분하여 계산한 가액
  
  3. 근저당권이 설정된 재산의 가액은 평가기준일 현재 당해 재산이 담보하는 채권액
  
  6. 법 제66조 제4호에 따른 신탁계약을 체결한 재산의 가액은 신탁계약 또는 수익증권에 따른 우선수익자인 채권자의 수익한도금액
  
  ② 제1항 각호의 규정에 의하여 법 제66조 제1호의 재산을 평가함에 있어서 당해 재산에 설정된 근저당의 채권최고액이 담보하는 채권액보다 적은 경우에는 채권최고액으로 하고, 당해 재산에 설정된 물적담보외에 기획재정부령이 정하는 신용보증기관의 보증이 있는 경우에는 담보하는 채권액에서 당해 신용보증기관이 보증한 금액을 차감한 가액으로 하며, 동일한 재산이 다수의 채권(전세금채권과 임차보증금채권을 포함한다)의 담보로 되어 있는 경우에는 그 재산이 담보하는 채권액의 합계액으로 한다.
  
  ③ 법 제66조 제4호에서 "대통령령으로 정하는 신탁계약"이란 수탁자가 위탁자로부터 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제103조 제1항 제5호 또는 제6호의 재산을 위탁자의 채무이행을 담보하기 위해 수탁으로 운용하는 내용으로 체결되는 신탁계약을 말한다.
  
  다. 사실관계
  
  1) 쟁점거래(1ㆍ2차 양도거래)와 관련한 사실관계 정리
  
  2) 다툼이 없는 사실관계
  
  가) 국세청 대내포털시스템(NTIS)에 따라 G호텔을 소유하고 있는 E기업(쟁점토지 60% 소유), F기업(쟁점토지 40% 소유, 호텔건물 100% 소유), 호텔운영법인 J기업의 사업자등록현황을 보면 다음과 같다.
  
  (1) E기업은 1979.6.20. 주식회사로 설립된 후 2008.2.15. 유한회사로 조직변경되어 부동산 임대업 및 매매업 등을 영위하는 법인으로, 쟁점토지 및 구건물(T빌딩) 지분 각 60%를 소유하고 있었고, 대표자는 B와 A 공동대표에서 2015.4.7. A으로 변경되었다.
  
  (가) E기업은 2018.4.13.부터 G호텔을 운영하고 있는 J기업에 보증금 없이 월임대료 5백만원(연 6억원)에 쟁점토지지분을 30년간 장기임대하고 있으며, 쟁점토지지분의 장부가액은 7,165백만원이고, 임대를 개시한 2018년과 쟁점거래가 일어난 2022년 기준 공사지가는 12,343백만원(㎡당 8,148,000원)과 18,360백만원(㎡당 12,120,000원)이다.
  
  (나) E기업은 6월말 법인으로, G호텔이 신축된 때부터 쟁점거래가 있었던 기간까지 법인세 신고내역과 재무상태는 다음 <표5>ㆍ<표6>과 같다.
  
  <표5> E기업의 법인세 신고내역
  
  <표6> E기업의 재무상태표
  
  (2) F기업은 2013.9.16. 개업하여 2013년에 쟁점토지 및 구건물(T빌딩) 지분 각 40%를 소유(제3자 법인으로부터 매입)하고 있다가 구건물을 멸실하고 2017.12월 G호텔 건물을 신축하였고, 호텔(G호텔) 및 상가는 특수관계법인인 J기업에 임대하여 J기업에서 운영하고 있다.
  
  (가) F기업은 A와 S씨가 설립 당시부터 각각 29,900주(49.83%)를 보유하다 2015년 잔여지분을 매수하여 각 30,000주(50.0%)보유하였으며, 2022.7.28. 보유지분 각 4.5%(2,700주)를 각 150억원(1주당 5,555,555원)에 U은행(O자산운용000호펀드)에 매각하여 다음 <표7>과 같이 현재 각 27,300주(45.5%)를 보유하고 있다.
  
  <표7> F기업 주식변동상황명세서
  
  (나) F기업은 부동산 임대수입이 주된 수입금액으로, 다음 <표8>과 같이 2013년 개업 이후 2021.6월말사업연도 및 2022.6월말사업연도를 제외하고는 지속적으로 결손이 발생하여 2023.6월말 현재 이월결손금은 46,225백만원이다.
  
  <표8> F기업의 법인세 신고내역
  
  (다) F기업은 2018.2월 G호텔 건물을 J기업에 임대하기 시작하였고 수입금액은 2019.6월말사업연도 3,633백만원에서 2023.6월말사업연도.10,859백만원으로 증가하였으나, 당기순손실은 12,010백만원에서 17,924백만원으로 증가(장기차입금 이자비용 7,291백만원 → 11,001백만원, J기업 등 관계회사대여금에 대한 대손상각비가 5,616백만원 → 12,560백만원)한 것으로 나타난다.
  
  <표9> F기업의 재무상태표
  
  나) 홍콩법인에 대한 다툼이 없는 사실관계
  
  (1) 2차양도거래시 E기업의 출자지분을 매수한 홍콩법인의 이사는 F기업 및 J기업의 주주인 S씨의 兄 P씨(2014.12.11. 등록)이고, 사모펀드 L펀드가 지분 100%를 보유한 유한회사이며, L펀드의 이사는 V씨(P씨의 배우자)이며 그 운용사는 AE이다.
  
  (2) AE의 주주는 AB법인으로 AA국령 조세피난처인 Z섬에 위치하고 있으며, 대표자는 P씨이다.
  
  다) 쟁점토지 및 G호텔 등기내용 등
  
  (1) 쟁점토지는 2014.1.20.부터 E기업이 60%를, F기업이 40%를 소유하고 있으며, 2018.3.9. G호텔이 구분등기되면서 대지권으로 등기된 것으로 나타난다.
  
  (2) 부동산등기부에 따르면, 과거 쟁점토지 지상에는 ‘T빌딩’(1900년 신축, 지하 0층 지상 0층)이라는 상가건물이 있었다가 2015.2.3. 멸실된 것으로 나타난다.
  
  (3) G호텔 건물은 2014.11.5. 건축허가를 받아 2015.7.2. 착공하였고, 2017.12.29. 호텔 건물이 완공(사용승인)되었으며, 2018.3.9. 호별로 구분등기된 지하0층 지상00층 건물로, 지하0층부터 지하0층까지는 주차장, 지하0층부터 0층까지는 근린생활시설, 0층부터 00층까지는 숙박시설(생활숙박시설) 000호로 구성되어 있으며 등기부상 소유자는 CC자산신탁(주)이다.
  
  라) 쟁점거래 이전 쟁점부동산에 대한 감정평가
  
  쟁점거래(2022.8.24. 1차양도거래 계약, 2022.10.31. 2차양도거래) 이전 O자산운용와 F기업은 다음 <표10>과 같이 I감정평가법인으로부터 쟁점부동산(쟁점토지+호텔건물)에 대하여 감정평가를 받았다.
  
  <표10> 쟁점부동산에 대한 감정평가
  
  마) 쟁점거래 이전 E기업 출자지분에 대한 주식가치 검토
  
  (1) DD회계법인이 2022.6.21. 작성하여 E기업에 제출한 ‘E기업 유한회사 주식가치 검토보고서’를 보면, 다음과 같이 내부의사결정 지원을 목적으로 작성된 것으로 나타난다.
  
  (2) E기업의 출자지분가치를 DCF법(현금흐름할인법), MultiplE기업(PE기업R) 배수법(상대가치법), 조정 후 순자산가치법 등 3개 방법에 따라 검토를 수행하였고, 그 결과 1좌당 가치를 최소 2,703,523원 ~ 최대 3,000,906원으로 추정하였다.
  
  (3) ‘제약조건 및 보고서 이용상의 유의사항’에는 ‘회사의 사업계획 및 경영진과의 인터뷰 내용, 재무제표 및 재무정보를 그대로 수용하여 의 실현가능성 및 합리성 여부, 정확성 등을 별도로 검토하지 않았다’고 기재되어 있다.
  
  바) 2022년 7월 상품제안서(O자산운용일반사모투자신탁제000호) 내용 등
  
  2022년 7월 상품제안서(O자산운용000호펀드)’에는 F기업 주식 양도가액은 1주당 5,555,555원(5,400주, 300억원)이고, 2023.11.17. O자산운용의 직원 AJ이 보낸 메일에는 2022.6월 I감정평가법인의 쟁점부동산 감정평가액 2,900억원(쟁점토지 포함)을 기준으로 하여 주식가치를 계산한 것으로 기재되어 있다. 그리고 제3법인 및 F기업이 E기업 출자지분 각 50% 인수하고, 자산의 신탁 수익 분배금 전부를 F기업으로 전달한다고 기재되어 있다.
  
  사) 쟁점협약서 내용 등
  
  (1) F기업의 개인주주 A 및 S씨, U은행(펀드 신탁업자), O자산운용(집합투자업자)가 2021.7.21. 맺은 쟁점협약서 제4조 제1항 제2호에를 보면, ‘F기업의 CB 200억원 인수 전까지 E기업 주주들로부터 E기업 발행주식 99.96%를 F기업 및 홍콩법인에 160억원에 이전할 것을 확약하는 확약서를 징구한다’라고 기재되어 있다.
  
  (2) 2022.7.20.자 ‘A 확약서(나머지 주주의 확약서도 제출됨)’에는 ‘피상속인 및 청구인들이 각자가 보유한 E기업 지분 중 50%(A의 경우 E기업 지분 중 649주(보유지분 50%에서 1주를 차감한 주)를 총 매매대금 160억원이 이전할 것을 확약’한 것으로 나타난다.
  
  (3) ‘2022.8.24.자 홍콩법인 서약서’에는 ‘U은행이 F기업의 200억원 전환사채 매수일로부터 5개월이 되는 날 또는 그 이전에 E기업의 기존주주로부터 49.98% 지분을 80억원에 매수할 것을 약속한다’고 기재되어 있다.
  
  아) E기업 출자지분에 관한 상속세
  
  (1) 피상속인(母 AF)이 2022.8.30. 사망하자 청구인들은 2023.2.26. 피상속인이 소유하고 있던 상속재산인 E기업 출자지분 1,000좌(지분율 20%, 이하  "상속출자지분”이라 한다)을 평가함에 있어, 쟁점거래(1ㆍ2차양도거래, 합계 4,998좌, 160억원)를 매매사례로 보아 이때 거래된 가액(1좌당 3,201,280원)이 시가에 해당한다고 보아 3,201,281,000원으로 평가하고, 상속세과세가액을 6,806,015,016원, 자진납부할세액을 2,515,282,758원으로 하여 상속세를 신고하였다.
  
  (2) 조사청은 202.9.18.부터 2024.7.24.까지 피상속인에 대한 상속세를 조사하여, 쟁점거래시 거래된 가액을 상속출자지분의 시가로 인정할 수 없고, 보충적 평가방법으로 평가한 가액(1좌당 16,416,868원)을 시가로 보는 등의 조사내용에 대하여 2024.8.9. 청구인들에게 상속세 조사결과를 통보하였다.
  
  (3) 이에 청구인 AㆍC는 2024.9.5. H 국세심사위원회에게 과세전적부심사를 청구하였고, 그 결과 2024.12.18. 국세심사위원회는 쟁점거래시 거래된 가액(1좌당 3,201,280원)을 상속개시일 현재 E기업 출자지분의 시가로 봄이 타당하다는 취지로 청구주장을 채택하는 쟁점결정(국세청-2000-0000ㆍ0000)을 하였다.
  
  3) 쟁점거래에 거래된 가액이 시가에 해당하는지에 관한 다툼
  
  가) 청구인들은 쟁점거래(1ㆍ2차양도거래, 합계 4,998좌)를 하면서 받은 홍콩법인 및 F기업으로 받은 각 80억원 합계 160억원(1좌당 3,201,280원)을 양도가액으로 하여 양도소득세를 신고하였다.
  
  나) 조사청은 쟁점거래에 있어 매수자는 형식상 홍콩법인과 특수관계법인 F기업으로 나누어져 있으나, 다음과 같은 이유에서 실제매수자는 F기업이라는 의견이다.
  
  (1) 2022.10.31.자 ‘E기업 주식 근질권 설정내역’에 ‘U은행(O자산운용000호펀드)이 2022.10.31. F기업에 대한 채권(CB인수)을 담보할 목적으로, 실채무자 F기업뿐만 아니라 채무자도 아닌 홍콩법인을 채무자에 포함시켰고, 1차양도거래에 따라 매수한 E기업의 주식에도 근질권을 설정하였다.
  
  (2) 조사청이 ① 홍콩정부와 정보교환한 결과, 홍콩법인의 등기부상 자본금은 홍콩달러 $100(≒17,000원)에 불과하고, 법인의 인적ㆍ물적시설 및 사업현황을 알 수 없으며, 2017/208~2021/2022 과세기간에는 법인세를 신고조차 하지 않은 것으로 확인되어 그 실체가 불분명하고, ② 금융추적한 결과, 1차양도거래시 매수자인 홍콩법인의 취득자금 80억원의 원천이 F기업으로 밝혀졌는데, F기업이 2022.7.25. J기업에 109억원을 송금하고 J기업는 2022.7.25. 홍콩소재 K펀드에 107억원을 송금하였고, 그 자금이 L펀드를 경유하여 2022.10.10. 홍콩법인에 81억원이 전달되었고, 2022.10.19. 청구인들에게 80억원이 송금된 것으로 확인된다.
  
  (3) 조사청은, 홍콩법인의 지분을 모두 가지고 있는 L펀드의 운용사는 2008년 홍콩에 설립된 AE(대표 P씨)이고, F기업의 주주 S씨(P씨의 弟) 2022.5.25. 36억원을 AE의 자회사인 L펀드로부터 송금받은 이력이 확인되므로 홍콩법인과 특수관계법인 F기업과의 재무적 연관성을 배제할 수 없다는 의견이고, 청구인들은 이러한 사실관계에 대한 반론이 없다.
  
  다) 청구인은 쟁점거래시 거래가액(1좌당 3,201280원)은 시가에 해당한다는 의견이고, 조사청은 시가보다 현저히 저가라는 의견이다.
  
  (1) 청구인은 조사청에 제출한 ‘거래경위 및 가격결정과정 소명자료’에서 ‘160억원에 주식을 매각한 효과는 E기업의 주주입장에서 쟁점토지를 300억원에 매각한 후 배당한 것과 동일한 효과가 존재하고 이러한 쟁점토지 매각 대응가액 300억원은 2022.6월말 F기업이 보유한 40%의 호텔부지를 무리해서 과대평가된 감정평가액이 478억원임을 감안할 때 양 금액상 차이가 큰 차이는 없다’라는 주장이다.
  
  (2) 조사청은 쟁점거래가 쟁점토지의 2022년 당시 기준시가에 의한 순자산가치(@3,788천원)에도 미치지 못하는 현저히 낮은 가액(@3,201천원)이기 때문에 객관적인 교환가치를 반영한 시가로 볼 수 없다는 의견이다.
  
  4) 조사청이 보충적 평가방법으로 E기업 출자지분을 평가한 내용
  
  가) 조사청은 E기업 출자지분을 보충적 평가방법으로 평가함에 있어 우선, 쟁점부동산을 시가를 감정평가하였다.
  
  조사청이 EE감정평가법인에 감정평가를 의뢰한 결과 EE감정평가법인은 2023.11.30. 쟁점부동산을 241,700백만원으로 감정평가하였고, 그 중 쟁점토지지분 가액은 79,320백만원으로 평가하였다.
  
  나) 조사청 평가심의위원회는 2023.12.21. 다음과 같이 피상속인 상속개시일 현재(2022.8.30.), 79,320백만원을 쟁점토지지분의 시가로 봄이 타당하다고 자문하였다.
  
  다) 조사청은 다음 <표11>과 같이 F기업이 투자유치 과정에서 O자산운용의 의뢰로 2022.6.7 I감정평가법인이 평가한 감정가액①(93,828백만원), F기업의 의뢰로 2022.8.30. 감정가액②(71,833백만억원), 조사청이 자체감정한 감정가액③(79,330백만원)의 평균액 81,660,514,027원을 쟁점토지지분의 시가로 보아 E기업의 출자지분 가치를 1좌당 16,416,868원으로 평가하였다.
  
  <표11> 조사청이 쟁점토지지분의 시가를 감정평가한 내용
  
  라. 판단
  
  1) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 쟁점①부터 살펴본다.
  
  청구인 B와 C에 대한 이 건 세무조사결과통지가 「국세기본법」 제81조의12 제1항에서 정하고 있는 기한(조사를 마친 날로부터 20일 이내)을 넘겨 통지하였으므로 위법하다고 주장하나, 다음과 같은 이유에서 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.
  
  첫째, 「국세기본법」 제5조 제1항에서 기한의 특례로 ‘통지에 관한 기한이 공휴일, 토요일 때에는 공휴일, 토요일 다음 날을 기한으로 한다’고 규정하고 있는바, 조사청이 조사종료 후 기한(2024.11.3.) 내인 2024.11.1. 조사결과통지서를 발송하였고, 기한인 2024.11.3.이 일요일인 관계로 2024.11.4. 송달된 것으로 나타나 기한 이내에 통지된 것으로 확인된다.
  
  둘째, 조사청이 지연통지하였다고 하더라도 조세법은 강행규정이므로 세법이 정한 과세요건을 충족하면 과세관청은 세법이 정하는 바에 의하여 징수하여야 하므로, 세무조사에 있어 절차위반 등이 중대한 것이 아닌 한 이를 이유로 그에 기초한 처분이 무효가 되거나 당해 처분을 취소하기는 어렵다 하겠다(서울고등법원 2008.12.19. 선고 2007누34707 판결, 조심 2020부0280., 2020.10.8. 등 같은 뜻임).
  
  2) 다음으로, 쟁점②에 대하여 본다.
  
  가) 관련 법리
  
  (1) 「소득세법」상 양도소득의 부당행위계산은 제101조 제1항은  "납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득이 있는 거주자의 행위 또는 계산이 그 거주자의 특수관계인과의 거래로 인하여 그 소득에 대한 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 거주자의 행위 또는 계산과 관계없이 해당 과세기간의 소득금액을 계산할 수 있다.”라고 규정하고 있고, 제5항에서 특수관계인의 범위와 그 밖에 부당행위계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정하도록 위임하고 있다.
  
  그 위임을 받은 시행령(제98조 제1항)은 본인이 개인인 경우 본인이 직접 또는 그와 친족관계 또는 경제적 연관관계에 있는 자를 통하여 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인을 특수관계인 범위에 포함하고 있고(「국세기본법 시행령」제1조의2 제3항 제1호 가목), 시가는 ‘상증세법 제60조부터 제66조까지와 같은 법 시행령 제49조, 제50조부터 제52조까지, 제52조의2, 제53조부터 제58조까지, 제58조의2부터 제58조의4까지, 제59조부터 제63조까지의 규정을 준용하여 평가한 가액에 따른다’고 규정하고 있다(「소득세법 시행령」제167조 제5항).
  
  (2) 한편, 상증세법상 시가는 불특정 다수인 사이에 자유로이 거래가 이루어지는 경우에 통상 성립된다고 인정되는 가액으로 하되 시가를 산정하기 어려운 경우에는「 당해 재산의 종류ㆍ규모ㆍ거래상황 등을 감안한 보충적 평가방법에 의하도록 규정하고 있다(제60조). 그러므로 비상장주식의 경우에도 그에 관한 객관적인 교환가치를 적정하게 반영한 매매실례가 있으면 그 가격을 시가로 보아야 할 것이고, 그러한 실례가 없더라도 당해 거래가 일반적이고 정상적인 방법으로 이루어져 당시의 객관적 교환가치를 적정하게 반영하고 있다고 볼 수 있는 경우에는 그 가격을 시가로 볼 수 있다.
  
  따라서 보충적 평가방법에 의하여 평가한 가액을 시가로 보고 적용하는 것은 위와 같은 매매실례가 없고 또 당해 거래가 객관적 교환가치를 적정하게 반영하고 있다고 보기도 어려우며 다른 방법으로 그 시가를 산정하기 어려울 때 비로소 허용되는 것이고, 그와 같이 보충적 평가방법에 의할 수밖에 없다는 점에 대한 증명책임은 과세관청이 부담한다(대법원 2012.11.29. 선고 11181 판결, 대법원 1987.9.8. 선고 87누439 판결 등 참조).
  
  나) 쟁점거래(1ㆍ2차양도거래)를 통한 쟁점출자지분 양도에 대하여 부당행위계산 부인하는 것은 타당한지에 대한 판단
  
  청구인들은 쟁점출자지분을 F기업에 저가로 양도한 것으로 보아 부당행위계산 부인하여 이 건 통지하는 것은 위법ㆍ부당하다고 주장하나, 다음과 같은 이유에서 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.
  
  (1) 먼저, 청구인들은 쟁점거래 시가로 거래한 것으로 인정받은 선행 쟁점결정이 있음에도 채택결정에서 있음에도 과세전적부심 결정의 구속력을 반하여 조사청이 이 건을 통지하는 것은 위법ㆍ부당하다고 주장한다.
  
  그러나 과세전적부심 결정은 사실상 구속력을 있을 뿐 법적 구속력은 없는바(서울고등법원 2022.5.27. 선고 2020누55253 판결 등 참조), 조사청이 이전 상속세 조사 때와 달리 이 건 양도소득세를 조사하면서 쟁점거래에 관한 홍콩정부와의 정보교환과 금융추적한 결과를 터잡아 실질과세원칙을 적용하여 1차양도거래의 실매수자도 F기업이라는 추가적인 조사내용과 이와 관련 사실관계를 제시하고 있으므로 쟁점결정과는 별도로 판단함이 타당하다.
  
  (2) 청구인들은 B와 C의 경우, E기업의 출자자일 뿐 조사청이 주장하는 쟁점출자지분의 실매수자인 F기업에 출자지분이 없어 이들과 F기업 간 「소득세법」상의 특수관계가 성립하지 않아 부당행위계산부인 규정을 적용할 수 없다고 주장한다.
  
  그러나 E기업과 F기업이 쟁점토지 및 구건물(T빌딩)을 공동소유(각 60%, 각 40%)하다가 이를 멸실하고. F기업이 2017년 단독으로 호텔을 신축하면서 E기업은 쟁점토지지분(60%)만 소유하게 되었고, E기업의 출자자이자 형제관계인 청구인 3명은 호텔건물을 신축할 때 E기업 쟁점토지지분을 담보제공하여 F기업이 건물 신축자금을 원활히 조달하도록 하였으며 동 지분은 모두 집합건물(호별 구분등기)의 대지권으로 설정된 점, E기업과 F기업은 호텔건물 신축과 이를 통한 임대사업을 영위함에 있어 공통의 이해관계를 가지는 있는 점, B와 C이 E기업 출자지분 양도를 F기업의 최대주주인 A에 위임하였고 3명이 소유하고 있던 쟁점출자지분이 하나의 거래단위로 쟁점거래를 통하여 양도된 점 등에 비추어 B 및 C는 A를 통하여 F기업 경영에 지배적인 영향력을 행사하고 있다고 봄이 타당하여 A와 F기업 간 특수관계가 성립하는 것은 당연하고 나아가 BㆍC과 F기업 간에도 특수관계가 성립한다고 판단된다.
  
  (3) 청구인들은 쟁점거래시 거래가액(1좌당 3,201,280원)이 시가에 해당하고, 이 거래가액은 경제적 합리성이 있는 가액이라고 주장한다.
  
  (가) 우선, 1차양도거래의 명의상 매수자인 홍콩법인을 보면, 외관상 특수관계가 없으나 조사청이 홍콩정부와 정보교환한 결과 등기부상 자본금이 홍콩달러 $100(≒17,000원)에 불과하고, 2017/208~2021/2022 과세기간에는 법인세를 신고조차 하지 않은 것으로 확인되는 등 그 실체가 불분명한 점, 금융추적한 결과 E기업 출자지분 취득자금 80억원의 유동성 원천이 F기업으로 드러나는 점, 홍콩법인이 매수계약의 당사자로서 주도적인 활동한 내역이 확인되지 않는 점 등에 비추어 1차양도거래에 있어 홍콩법인은 도관회사(conduit company) 정도의 역할만 수행한 것으로 보이므로 조사청이 실질과세원칙을 적용하여 실매수자를 F기업으로 조사한 것에는 달리 잘못이 없어 보인다.
  
  (나) 다음으로, 쟁점거래에 있어 당사자는 청구인들(매도인)과 특수관계인 F기업(매수인)임에도 쟁점거래는 F기업의 개인주주 A와 S씨가 2021.7.21. G호텔에 투자할 투자자를 확보할 목적으로 쟁점출자지분을 이전하기로 미리 확약(시기, 수량, 거래가액)한 상태에서 그 내용대로 이루어져, 쟁점출자지분 매각절차 및 매각대금 수수에 F기업 및 A가 직간접적 영향력을 행사하였으므로 쟁점거래가 매도인과 매수인 간 제3자의 개입 없이 대등한 관계에서 이루어진 정상적인 거래로 보기 어렵다.
  
  (다) 청구인들은 시가로 쟁점거래를 하였다고 주장하나, 다음과 같은 이유에서 시가보다 저가로 양도한 것으로 판단된다.
  
  첫째, 청구인들이 쟁점거래시 거래가액으로 결정한 근거로 DCF법 등 3가지 방법으로 E기업 출자지분가치를 최소 2,703,523원~최대 3,000,906원으로 추정한 주식가치 검토보고서(DD회계법인 작성)를 제시하고 있으나, ① E기업이 보유한 자산 대부분이 부동산(90.3%)임에도 출자지분 평가에 부동산의 현재 시세가 전혀 고려하지 않은 점 ② 거래가액은 1좌당 3,201천원인데, 이는 쟁점토지의 기준시가를 적용한 순자산가치 1좌당 3,788천원에 미치지 못하고, E기업의 2022.6월말 미처분이익잉여금은 75억원도 반영되지 않은 상태의 가격인 점, ③ 동 보고서 작성 이전에 선행하여 쟁점부동산(쟁점토지+호텔건물)에 대한 감정평가액(2,901억원)이 있음에도 이를 활용하지 않은 점, ④ 보고서의 제약조건 등에는 E기업의 사업계획, 경영진과의 인터뷰, 재무제표 및 재무정보 등에 대하여 회사가 제출한 자료를 그대로 수용하여 실현가능성 및 합리성, 정확성 등을 별도로 검증하지 않은 것으로 기재되어 있는 점 등에 비추어 이 검토보고서가 E기업 출자지분의 현재 가치를 제대로 반영한 것으로 보기 어렵다.
  
  둘째, F기업의 주주 A와 S씨은 O자산운용000호펀드에 F기업주식을 감정평가액(2,901억원) 기준으로 하여 양도한 반면, 이후 쟁점출자지분은 감정평가액을 반영하지 않은 거래가액을 결정하였으므로 이 가액을 정상적인 시가로 인정하기는 어렵다.
  
  셋째, 2019년부터 코로나 사태로 인하여 호텔 수익이 악화되는 상황에서 현금 유동성 확보에 필요하여 제3자로부터 투자유치가 필요하여 쟁점거래를 하였다고 주장하나, 호텔건물의 100% 소유자이자 주채무자가 F기업이고 채무불이행시 당사자 위치인 F기업은 장부가액 등이 아닌 감정평가액을 기준으로 하여 F기업 주식을 양도한 반면, 채무보증을 위하여 토지담보를 제공한 위치에 불과한 E기업의 쟁점출자지분 양도에는 이 감정평가액을 반영하지 아니한 사실에서 쟁점거래가 경제적 합리성이 있는 거래라는 주장은 설득력이 떨어진다.
  
  한편, 청구인들은 조사청이 쟁점토지지분의 감정가액을 반영하여 보충적 평가방법으로 쟁점출자지분의 시가를 구한 것에는 잘못이 있다고 주장하나, 쟁점거래는 2021.7.21. 체결한 쟁점협약서의 조건(수량, 거래가액)대로 이행한 특별한 사정이 있고 이에 앞서 협약 참여자(O자산운용, F기업)가 스스로 쟁점부동산(토지+호텔건물)을 감정평가한 사실이 있는 점, F기업이 쟁점거래를 통하여 E기업이 소유하고 있던 감정가액이 약 816억원에 달하는 토지를 160억원에 취득하는 효과를 누리고 있는 점, 조사청이 쟁점토지지분의 가치를 2곳의 3개의 감정가액을 평균한 가액을 기준으로 주식가치를 평가한 점 등에 비추어 조사청의 보충적 평가방법에 따라 산출된 가액을 시가로 인정하는 것이 합리적이고 타당해 보인다.
  
  (4) 따라서, 쟁점거래시 시가로 볼 매매실례가 없고 또 쟁점거래가 객관적 교환가치를 적정하게 반영하고 있다고 보기도 어려우며 다른 방법으로 그 시가를 산정하기 어렵다고 판단된다. 그러므로 조사청이 양도 당시 E기업 출자지분의 시가를 보충적 평가방법으로 평가하여 특수관계법인 F기업에 시가보다 저가로 양도한 것으로 보아 부당행위계산부인 규정을 적용하여 양도소득세 과세를 예고한 이 건 통지는 달리 잘못이 없다고 판단된다.
  
  5. 결론
  
  이 건 과세전적부심사청구는 심리결과 청구주장이 이유 없다고 인정되므로 「국세기본법」제81조의15 제5항 제1호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
  

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건

문서번호 / 요지(제목)
적부2024-253, 2025.05.21 시가로 볼 매매실례가 없고 또 쟁점거래가 객관적 교환가치를 적정하게 반영하고 있다고 보기도 어려우며 다른 방법으로 그 시가를 산정하기 어렵다고 판단되므로 조사청이 시가를 보충적 평가방법으로 평가하여 특수관계인에 저가로 양도한 것으로 보아 부당행위계산부인 규정을 적용한 것은 잘못이 없음
적부2025-2, 2025.05.15 쟁점금융상품은 법인의 영업활동과 직접적인 관련성이 없고 만기가 3개월 이내 금융상품에 해당하지도 않으므로 증여세를 과세한 처분은 잘못이 없음
적부2025-46, 2025.05.14 쟁점과세예고통지서에 일부 기재사항이 누락되었다 하더라도 중대한 절차적 하자가 있다고 보기는 어려움
적부2024-270, 2025.03.26 청구인은 직전사업연도 종료일 현재 양도자인 “주주 1인”이 쟁점법인의 주식을 소유하고 있지 않아 시가총액이 영(0)에 해당하더라도 “주주 1인”과 특수관계에 있는 “기타주주”가 소유하고 있는 쟁점법인의 시가총액이 대주주 요건을 충족하는 경우에는 “주주 1인”과 “기타주주” 모두 대주주에 포함하는 것이 합리적으로 보인다.
적부2025-22, 2025.03.26 쟁점고가주택 양도 당시 장기임대주택을 제외하고도 쟁점주택과 대체주택을 소유하고 있어 1세대 3주택 이상에 해당됨